1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
2D3PA 1NUNA 1AXMA 3KMVA 5D62A 1YI7A 1AX2A 4I4YA 2ISHA 1V6OA 3RMXA 4QC4A 4DENA 1HIBA 4X3AA 4CJMA 3WOGA 5T5OA 3UJOA 1IRAX 3AH2A 3AKIA 4EL4A 2DTYA 4AVTA 5BQNA 2ZGTA 5DZGA 1DFCA 4XFSA 4XHXA 1YRZA 1ENSA 1K5VA 4YZ1A 1Z78A 4FPFA 4QBCA 4G1RA 2VW2A 4FP3A 1T9FA 1LCLA 2TEPA 3BA5A 1Q56A 2HZ9A 1AZDA 4Y26A 1B09A 1GZWB 3OJMA 5BQUC 3BOPA 1KQRA 1JQZA 4I4OA 2DTWA 3LCPA 3I29B 1IS3A 2C5DA 2JDZA 3C89A 3FJCA 5GJ6A 3POWA 2G7KA 2IMBA 1W3AA 1F9KA 2KM2A 3LSEA 1MS3A 4Y1VA 4BOWA 2CWMA 3USUA 4BLJA 3AH1A 2SBAA 1W6QB 2LIEA 2R9KB 3ZSJA 3QJ0A 3B01A 1AX0A 4ZGRB 2VW1A 2BQPA 4Y1YA 4II0A 4ISQA 3NV4A 2KLLA 2CYFA 1N3QA 3H6QA 3NBEA 3QW5A 2ZZJA 4FOYA 2W2DA 3SNMA 2EAKA 3WCSA 2VY0A 3CA0A 5DZEA 1ZA4A 3A0KA 4LBQB 3WDVA 1DQ6A 1BFFA 4HANA 4I30A 1AJKA 5CAZA 1QDCA 1LULA 2I1BA 1HKDA 3PJQA 4AVSA 3OYWB 3RS6A 4Q1PA 3O12A 2E6VA 2IWTB 1C57A 3I2XA 2CNAA 4GOVA 4WVWA 4CZSA 3PVEA 3UK9A 3C8BA 3AJZA 3WDUA 1H9PA 1DHKB 2OUHA 1HQLA 5T55A 3AYEA 4IY9A 1JLXA 2X2TA 4XJUA 1FMMS 2R0FA 1LESA 1AVBA 1OQ1A 4XE9A 3C9ZA 2ZHLA 4YZ3A 3HN1A 2ZHNA 4BMBA 3VT1A 1DYKA 4AGVA 3O4OA 3ZSKA 3INAA 4GALA 4GXLA 1ULDA 3WNXA 4XIOA 4OW4A 1HWPB 2QN4A 4ENDA 1XQNA 2ES3A 4YG3A 1BQPA 1IHKA 4KEIA 1BKZA 4FPGA 4FPHA 2PHTA 2R0HA 1DQ5A 2GMEA 3BADA 3I2AA 2GNDA 3T1LA 3BOKA 2FFUA 1V6IA 3B00A 1CPMA 4PC4A 1JT3A 1ULCA 1WLDA 1LOFC 4EJ5A 3JU9A 3JUTA 3V79C 4LBQD 3VSFA 2UU8A 3Q7XA 2SLIA 4KEKA 1HWOB 1JN2P 2GZBA 2EIGA 3FIIA 1GZ9A 2EXJA 3O4BA 3BOOA 3VKFC 4FPCA 5HCAA 2ZGLA 2D3RA 2WSUA 2HWMA 2XG3A 2ZACA 1IRPA 3AXDA 1GNHA 1LODA 5BVPI 2UWCA 2HW9A 2PHUA 2A6VA 2DU0A 2ZQNA 1Q8OA 5D63A 3V64A 4LBOA 4XMAA 2EXIA 2ET2A 1S1AA 2NM1A 4JKQA 4GP0A 4KEJA 1VCLA 5GLUA 4EFRA 1EPWA 4ATEA 2E53A 1F5FA 5EYXA 4FPJA 1E1HA 2UWBA 4K1YA 1W6NA 1KDMA 1W6MB 3BB2A 2AGSA 1DGLA 1LGCA 2GNMA 1LGBA 4LO0C 4IZXA 1G9CA 4YFWA 3QW7A 3ZC9A 2WT0A 1XTGA 3CA6A 1JYCA 4J2KA 1Z7HA 1SLAA 2A3XA 4Q26A 1SLBA 1N47A 1ITBA 4YM2A 1H9WA 1TP0A 4ZBVB 1I1BA 1IOAA 4YW2A 5FRAA 3N35A 4OZXA 1LENA 5I1BA 2WT2A 1JLYA 3CA1A 2C9AA 3WV6A 3OGFA 2WQZC 4GWMA 1CJPA 5BXPA 4G6MA 5E24E 4GA9A 2FGFA 3RRDA 3WUCA 3EF2A 3TC2A 5BQUA 3AZZA 3NV2A 4PBPA 1LOCA 1BYHA 5SV8A 2G7QA 4Q9PA 3HALA 1QOTA 1YF8B 2Y9XE 1Q8QA 2JECA 1ABRB 2E51A 1AXYA 3Q7YA 1Q04A 4JP0A 1ISZA 1V6KA 5GLVA 4JQ0A 1XZZA 1CIWA 3POSA 2VH9A 2MIBA 4SLIA 2G7PA 2NYYA 1J0SA 5GM0A 5E88A 2G4IA 4HL0A 41BIA 3N7LA 2I2SA 4A7KA 3IPVA 1WBLA 4CTEA 5IK4A 3BX1C 3FFZA 1SZ6B 5DG1A 3BRFA 2A6YA 1TWEA 2ZGRA 4JPZA 4FPKA 1MACA 1SBEA 1YXWA 4G9NA 5BP5C 1VAVA 1Q8PA 4G9MA 2WBCA 3OPZA 1SLIA 3CA4A 5LK5A 2JE7A 1RY7A 3QIXA 3QIZA 5BQMB 4QD2C 5EHAA 3WLUA 3DEBA 2D23A 5IT6A 1S0FA 3B9CA 2W08A 3BRGC 3DSEA 2FPQA 3BAQA 4FPLA 3KQRA 5DG2A 1II4A 2Q3NB 3LLPA 3WG1A 3ZXGA 4MYEA 3BWIA 1N1TA 2P2KA 4FOWA 2ZR1B 4OUJA 2NMOA 4A7YA 2IMAA 3CA5A 1YYNA 2LIQA 3BA7A 1H30A 4RA0A 3OJVA 3V0AA 2V5YA 2WT1A 4GKXA 4Q2FA 3ZSLA 5GZCA 1TTUA 2ZMNA 4OEFA 1IS6A 3AK0A 4R9AA 2R1DA 4X38A 1QF3A 1UZZA 1MD6A 1FV3A 4J1LA 3ZYRA 2EXKA 2AENA 4OWLA 5BXSA 1DQOA 2AUYA 4FOVA 4DCKC 4Y20B 5F8YA 1CE7B 3VKNA 3AJ5A 1LOFA 4ZKTB 5JMCA 3PHZA 1EV2A 1AVWB 3WMVA 4BM8A 3O3QA 2D6MA 3FJAA 3WG2A 3LSDA 5D61A 1MS0A 2JD4A 4ZA3B 2Q9XA 5G00A 1WLWA 1BARA 1BFGA 4FPOB 3O4CA 1G82A 5JOZA 4R9BA 4KC3A 3WO2A 2A7AA 3NV1A 1Q1UA 1QOOA 4L8QA 3WDTA 4XTPA 2VSAA 1TWMA 4ISRA 1TFMB 3WINC 1DFQA 1FAYA 3AYDA 1GV9A 2A8AA 2EXHA 4DFSA 5CNAA 2E4MC 2ZGSA 3V0BA 5KXCA 1S0IA 1I1EA 1Q03A 4P14A 2CWSA 3M3EA 3QW8A 2ARXA 3CU1B 1LOBA 5JDBA 1BFCA 4XJZA 3AKFA 4XZPA 1FX5A 1LU1A 5JVVA 2XHLB 1AFCA 3V0BB 4Y22A 1MS9A 4LO7C 1AXKA 1GNZA 3NF3A 4LO0A 3P53A 3WCRA 1WBFA 2FMDA 4D69A 3FLRA 2VUAA 3MEPA 2Z42A 1W3FA 3UJQA 4GAFA 3ZXKA 1G7YA 4YM1A 5DVHA 3T1MA 1ISWA 1WD3A 2GN7A 3D7WB 2ISEA 1FGAA 3HMYA 1W0PA 3D6EA 4QKRA 2D3SA 1HDKA 3W58A 1NXD1 3C2UA 2XB6C 1D2SA 4Q91A 1DQ4A 1Z2VA 2GNBA 1W6PA 2ZHMA 1ISYA 1KDKA 4XXAA 2WJSA 1V6LA 4I7IA 2ZMKA 2HYKA 1RITA 2NVHA 4OEGA 3UD9A 2D20A 3BTAA 1GZCA 1HKNA 4H04A 5E89A 2D6LX 4LBMA 3BAUA 1G9BA 1APNA 4ATFA 3VKLA 3USUB 5EWSA 4XBLA 2R16A 2UWAA 3N3HA 3UJ4A 1AX1A 4ZJXA 1G86A 1FQ9A 2P39A 4JAWA 1JTCA 1FATA 4WZFA 3CRGA 5FZYA 5CA6A 3O4AA 2NZ9A 1ISVA 1LHUA 1P63A 4Z8SB 1MS1A 2W2DB 4K1ZA 1UX6A 4C1WA 1SFYA 2WSVA 1BFBA 3FJBA 3NBCA 1WCSA 5BP5A 1RZOB 2ERFA 1IOBA 1QQLA 1BLAA 1FWVA 1ENRA 1XYFA 2DRYA 1VIWB 3ATGA 2A75A 4GP3A 5FZZA 2WNEA 4YGBA 4IHZA 4R6UB 1CPNA 1V6MA 2YV8A 3T8SA 1WLCA 4LBNA 4LBJA 3IIRA 1UPSA 1PUUB 2MLLB 3DUIA 1T3AA 3KM5A 1JW6A 2M49A 2VXRA 4Q8LA 1LHWA 3A4UA 4L4HA 3AXEA 4RL7A 4J2XA 5DUWA 1GICA 3FIEA 4XKIA 1N1YA 3A07A 3ILRA 3MALA 4ZFUB 4ZOTA 2FDBM 2D7FA 2HWAA 1KNMA 1QKQA 3SISA 1HWNB 4GKYA 3FJDA 3AP9A 3AJYA 1MS5A 3BAVA 1MC9A 3IMNA 5FZUA 1WW6A 4IYBA 1LOEA 4LO3C 2D44A 2JKBA 2A71A 2DURA 4BMEA 1CN1A 1IKQA 4XJAA 1ULFA 4TZDA 5EXOA 2DVDA 3AKHA 1MZ5A 3BA4A 4LO8B 2Z48A 2R49A 2Y9FA 4LO2C 1NLSA 3OY8A 1I3HA 2H0BA 3AZWA 4YW1A 3OBRA 4Y24A 2L5XA 4ITCA 4U36A 4JCKA 4NOTA 4BPZA 2IMCA 2DUOA 3WINA 2K43A 1FV2A 3FJKA 3BONA 5DZUA 2KI6B 1YIFA 4I4SA 2DS0A 1RIRA 2BEBA 1JT5A 1D0HA 2D6NA 2J3PA 4LO1A 4FOQA 2ZGUA 2D6KA 2YY1A 4TLPA 1FNYA 3FUQA 1JY0A 3IAGC 2UURA 4Y1UA 1UZYA 1G9AA 4AYUA 4M3CE 1IS4A 3VT0A 1QQKA 3HSMA 1W6NB 2F2FC 3UDAA 3WO4A 2CY6A 5H9RA 3B69A 3Q9OA 4FPYA 2P3KA 5HCBA 3AKGA 5H9SA 1LGNA 3N7JA 5KXBA 3ZXDA 2R1BA 3NBDA 1JXNA 5GZDA 2F8XC 4U2AA 2E7TA 1O4ZA 2AXMA 3BODA 1HCDA 1N1SA 5F8SA 5GZEA 3S8JA 1U0AA 4USOA 1SCRA 2AFGA 1PWAA 4D8HA 1OQLB 1JT4A 3CQAA 5F8WA 5BOWA 5T50A 1GSLA 4Q9GA 5EC5A 3W9TA 5EYYA 1WW5A 4QKSA 4I1EA 1G8WA 1HWMB 4ZLBB 4M01A 3IKWA 3FJEA 4OEEA 1S0GA 4HJJA 3UD7A 1QU0A 5JOYA 2LALA 2D1ZA 3F1RA 2FFVA 2GALA 4FQ4A 1ZM1A 3M3QA 1SLCA 5GAQA 3ILFA 4I4RA 2A3YA 4YOLA 4K21A 2ESUA 3U4XA 4YM3A 1AJOA 1ZKWA 1MZ6A 3M3OA 3N36A 1FMZA 1G9DA 3IN9A 1ULEA 3ZUSA 4K20A 1KITA 2MC2A 3ZX7A 5F5QA 3O5SA 1V6NA 3IPVB 1FN0A 3BRDA 1RMLA 5FNWA 1QMJA 4A7ZA 2FO1A 4YW3A 4AGGA 4Y1ZA 2OVUA 3FUOA 1PZ9A 1DZDA 4Q8KA 4I37A 3WMUA 1JBCA 4PCRA 5IUQA 3ZSMA 4R9CA 4XFTA 4YGDA 2BEAA 4F34A 2ZGKA 1F82A 5BXTA 2WRYA 1TIEA 2P37A 3POKA 3R05A 4FPEA 2RHPA 3Q7WA 2A6XA 4DRRA 4DS0A 1SR4C 1KRIA 5JOWA 3SLIA 1LJ7A 1J1TA 3W59A 1Q8SA 3AP4A 1JUIA 2A6WA 4KUFA 31BIA 4YLZA 3ZXLA 1YO8A 2DU1A 5HCFA 5FNXA 4Q27A 1UAIA 2Q5TA 2VXTI 3K1XA 3SH3A 1M2TB 3OBTA 2CL2A 3A23A 3QR5A 4I4UA 1S0LA 5H9PA 4FVVA 1EYLA 3QW6A 4P0JA 1Z0HA 4UW5A 5T5PA 4XJ9A 3PVNA 3V0AB 4UW3A 3AP7A 3VUOA 4XBQA 2NTDA 2GO2A 5IK5A 2ZBJA 4LO3A 4YZ5A 3O0VA 3A22A 1QXMA 2ARBA 3OJBA 4GWNA 2ENRA 1NZKA 3ZYPA 3NBNA 3K3QB 1ZL5A 5AVAA 1T3CA 3M3CA 1LOAA 5GZGA 1UL9A 1MS8A 1WBCA 4LO2A 2K4AB 4YW5A 1JT7A 4XIKA 2ISGA 3RQ0A 2GN3A 2Y9WC 4WV8A 4QALA 1X50A 9ILBA 2ZA9A 1IJTA 3ZC8A 5T5LA 3FJJA 6I1BA 1LEDA 1IS5A 3PG0A 4J23B 1G9FA 1A78A 3N7MA 3WUDA 1CVSA 1R8OA 3ILNA 2OUJA 2YROA 4XMIA 3MPPG 4XHBA 1BLDA 3H6RA 1S0DA 4I3NA 2ZQOA 3I4IA 2FHRA 1LTEA 2D6OX 1ILR1 5DSSB 1BZWA 1PZZA 1CONA 4EB2B 3A0NA 5GLZA 3IM7A 3PVOA 4HA2A 2F2FA 2P34A 3VKMA 4P0LA 4EEEB 3WA1A 4XOGA 4QBVA 4FP2A 4I0YA 4Y22B 1QDOA 7I1BA 3CRHA 1DQ2A 3HR9A 4XTMA 4ZFWB 4W65A 1URXA 1DQ1A 2D24A 4L4IA 5T5JA 3NWKA 4GAIA 1GANA 3DGTA 1GZWA 4IQPA 2GNTA 2ETFA 2DVAA 3UL2A 2ZGOA 2ILPA 2YUGA 5F9TA 1KJLA 1W0OA 2PHWA 3D4KA 4FGFA 1CQ9A 1MVQA 2V73A 5DXDA 3ZPYA 2KH2A 4P9XA 2ZABA 4XFUA 4XDQA 3WDXA 4X39A 1WW7A 5L73A 4ZFYB 2EF6A 1PUMB 3PUBA 2Y9GA 4HEVA 1DQ0A 4I4QA 2NP0A 4XYXA 5DUYA 1W6QA 1A3KA 4I1BA 1W6PB 2P3IA 3I8TA 2DV9A 1T4QA 4YG6A 1N1VA 3C88A 2JE9A 4KS6A 3FJ9A 2W39A 8I1BA 3FLTA 4YGCA 1C1FA 1W6OA 1AF9A 3AH4A 5EG6C 2DVBA 4I4XA 3LTQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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