1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
4GOVA 4XOGA 1Q8VA 4M01A 3WO2A 1IT0A 1LU1A 3Q7WA 1UKGA 4HEVA 1A78A 4R9DA 1FMMS 1YI7A 1ISVA 1FAYA 3O5SA 4QC4A 1CVNA 4XXPA 2A6VA 2LIQA 4GP0A 2D7FA 1NUNA 2K8RA 3A22A 4G9NA 1HCEA 4YZ3A 4YW4A 1CIWA 4QBVA 3LLPA 3I2XA 2FDBM 4A7KA 3PJQA 3AJ6A 1XTFA 1IILA 3ZSMA 1YTOA 2ILPA 2HYKA 2OUHA 2RHPA 4DRVA 3C2UA 4D69A 4X38A 1J0SA 2IMBA 1MS0A 3NBEA 5BP5C 3AZYA 2VUAA 3HMYA 3BAHA 3FLTA 1V00A 5EG6C 3CQAA 4P0JA 4AN7B 1BFCA 5DUVA 4IONA 1JYCA 2PHFA 2GN3A 3WO3A 1QU0A 4AGRA 3Q9OA 2PHTA 1UN1A 1W6NA 1AFCA 2WBCA 4A7YA 5GZGA 1ULFA 3QW8A 1Q56A 3POSA 3WO4A 4GALA 1JN2P 5BXRA 1AVUA 1FYUA 4Y24A 3P6JA 3V0BB 3BTAA 4Z8BA 3F1RA 3VSFA 2DVGA 1LOGA 3AKGA 1N3QA 4BLIA 2QN0A 4M3CF 4G6MA 3BOOA 4YGEA 3O4BA 2BEBA 3R4UA 2E4MC 4I8MA 3FJIA 2PHWA 1CR7A 2A71A 1B09A 2D6NA 1W6NB 5DUXA 3OYWB 2HZ9A 3WUDA 4KBBA 1IOBA 4LO3A 4DCKC 1V6WA 3VKFC 4ZFUB 4Y20B 2YXSA 4ZLBB 5H9PA 5DZUA 1JT4A 1BKZA 2GMMA 4K1YA 4XBNA 1LHUA 3R4SA 1VLNA 4I0YA 5HCFA 5DZGA 5DUYA 5DG1A 1QXMA 3CRIA 3BWIA 3M3EA 2I2SA 1DGLA 3W9TA 3AKHA 1V6OA 2NMNA 3ENRA 3IPVA 3FLRA 3AP7A 2VSEA 3FJ8A 3NBDA 4GOYA 4YM1A 2B7YA 3VKMA 2AQZA 1F9KA 3USUA 2WT1A 3AYCA 1CN1A 2CWMA 1OKQA 4FQ4A 4II0A 3BIWE 2VLCA 1YF8B 3PHZA 3QIXA 4HA2A 3WG2A 3WHUA 2ZHMA 1ENSA 1RZOB 2DRZA 4KUFA 4RL7A 1XYFA 4YOLA 1IS5A 4LBNA 1WD4A 1EVTA 2DUQA 2W52A 3SH4A 2XB6C 4K20A 4I4VA 3WOGA 3C8AA 1D0HA 1QDOA 3FJHA 2AYHA 4P6AA 4ATEA 2J3PA 2NN8A 2FGFA 3VUOA 1Y7BA 4QD2B 3FJBA 1YYNA 2NTDA 3AYEA 1CESA 1FN0A 4AVTA 1VIWB 3ZXJA 1LU2A 2A7AA 1FNYA 2F2FA 1V6JA 3ILNA 2ESUA 4ZOTA 4XKIA 2TEPA 1DJSB 4ZFWB 4GXLA 1FX5A 1MD6A 1FMZA 5GLWA 4PBPA 2ZAAA 4DS0A 5EYYA 1ISZA 4GWMA 3OY8B 2YY1A 2ENRA 3AZXA 4BQ1A 1G8WA 1DQ4A 2A6ZA 3INAA 5JOYA 1QOOA 2IHOA 2DS0A 4I4PA 5HPZA 3CU1B 2P34A 3D6EA 1DQ1A 4I1EA 2F8XC 5FZUA 5JOXA 4AVSA 2P3JA 1JOJA 4JPZA 3B9CA 1K5UA 3CA0A 1JLYA 3IIRA 1R8OA 3B00A 2NVHA 3NBNA 4WV8A 1W6OA 4QBCA 3H6RA 2WT2A 3BA4A 2AUYA 3ZURA 5JLVA 5DSSB 1GKBA 1ISXA 4J23B 1LGCA 4LO2C 5T54A 3BAQA 4JRAA 5GJ6A 4USOA 1TEIA 3BODA 1U0AA 1C1LA 2NMOA 3ZC9A 1GV9A 1LGNA 1V6IA 3AZZA 2X2SA 1LOCA 4D0TA 5F8WA 4D0ZA 3ZXLA 3UL2A 2Z42A 4P9WA 2G7KA 1RY7A 2PELA 1NXD1 2A75A 5BQMA 4XFUA 2R0HA 1ONKB 2UWAA 4LBQB 2ZA9A 3WMVA 3BADA 1V6XA 2ARXA 3AP5A 2OW4A 3IM5A 1W3AA 4SLIA 1SLCA 3WHTA 3HBWA 1Z7HA 2V5YA 1DQ0A 2A5ZA 4UW6A 3WDUA 3WG4A 4BOWA 4EJ5A 4XXAA 3FJFA 5BXTA 4P9YA 1Z0HA 2GMPA 4ISQA 5B2HA 3W58A 4GAFA 2NP0A 5GLUA 4ATFA 2E6VA 3I8TA 1BLDA 1RITA 4RA0A 4OWKA 4ZA3B 1H9WA 1W6PB 4XJUA 1MS3A 2ZGOA 2A6WA 4FGFA 3RS6A 4LO7C 3QCWA 4OZXA 3UK9A 2DWRA 4XTMA 3WLUA 5BQUC 1ULDA 1KNMA 2WRYA 3SITA 5H9QA 3N3HA 5DUUA 1HQWA 4FPKA 4L4HA 3N7LA 2NM1A 4BM8A 3QLQA 1I3HA 3WVJA 3OJ2A 1APNA 2OVUA 2XOAA 1ZA4A 2WNEA 5GZCA 1G7YA 1PZ8A 4F34A 2XHLB 1E0OA 1LHNA 4YW1A 1R1ZA 4DPNA 2Q9XA 4TLPA 1S0BA 3TAYA 1AJOA 4I4OA 3SNVA 4A7ZA 4YW2A 3QW7A 2E7TA 1KJLA 2D1ZA 4FPGA 1IKPA 2AREA 1AJKA 3APBA 4LO1A 2C9AA 4AGVA 2YZ4A 1GYKA 4PQ9A 1QGLA 2ZMLA 4I7IA 1DZDA 3D3XA 2FFUA 1XTGA 3FLPA 4USPA 3B3QE 3ZVXA 3D4KA 4ISRA 5KXEA 3CA1A 1AVXB 2GNDA 1UL9A 2HWAA 6I1BA 3N36A 2Y9GA 1SR4C 2EALA 1ZKWA 1LTEA 2EIGA 2ZGSA 3CA5A 1T4QA 4UW4A 3NV1A 1HQLA 3P6IA 4J2SA 4FPYA 4QALA 1QOSA 4PBOA 1MS1A 1AX1A 1A8DA 1HLCA 1ZN3A 3NV2A 1AX2A 3O0WA 1ISYA 2ZR1B 2R1DA 3WV6A 2P37A 2MIBA 3OPZA 1LESA 1UX6A 1GBGA 1GZWB 2CY6A 3R05A 4AVVA 1FQ9A 2ISEA 5F90A 3WNXA 4DENA 3BAVA 3AP4A 2WT0A 3N0KA 2VSAA 1JQZA 4YGCA 2EAKA 4Y1VA 1FWVA 4I4QA 5GLZA 4BMEA 3CNAA 4U2AA 2ISGA 5H9SA 4YZ2A 4BLJA 1LHVA 4GA9A 5E24E 4Y22B 1HCDA 5BP5A 2FMDA 4X39A 2Z48A 3EF2A 3V0BA 3MW3A 4XMIA 3RG0A 1MVQA 2HWMA 1S0DA 2DURA 1NLSA 1AX0A 3NV4A 3FJ9A 4HL0A 1V6LA 2DYCA 3NJ5A 1F5FA 1N1YA 3ILAA 3WMUA 4IZEA 4OWLA 3B69A 2ERMA 2FHRA 2W39A 2D6LX 1NZKA 3WZ1A 4AYUA 1GNZA 5GAQA 3UDAA 3BA5A 4M3CE 5HCBA 3OYWA 2HW9A 2ZBJA 1JLXA 4EB2B 2D23A 1URXA 3H6SE 3AXDA 1N3OA 3WDXA 4KC3A 4FPHA 3FJJA 1LHOA 4Y20A 4FOVA 2ES3A 3T1LA 5CA6A 2WKKA 3LSDA 4K1ZA 2D3PA 3QIZA 4Y1XA 3TC2A 3ZXDA 1P63A 1E1HA 3WDYA 1QQLA 1WW7A 2LALA 3IN9A 4I1BA 3D7WB 3TB0A 2A3YA 1BJQA 3RRDA 3JRRA 1RMLA 4P0LA 4LBLA 2VW2A 3VWCA 3O49A 1ONAA 3M2MA 2ZKNA 4K21A 4QKSA 1CJPA 2ZGNA 1MS9A 1WUVA 4WVVA 4TZDA 1DIWA 1RINA 5LK5A 1WW4A 1H30A 1PUMB 3JUUA 1ZKXA 3SH3A 3AKFA 3SH5A 1YXWA 3AFKA 3MEPA 2D7RA 1F82A 1LCLA 2P3KA 1W0PA 4XILA 4DQAA 3V79C 4C1XA 1N1VA 2YV8A 4FPOB 4TYSA 5FZZA 4NOTA 2ZGKA 1TTUA 21BIA 3AKIA 3PVNA 2EXHA 2CNAA 3M3QA 1Q8PA 1RG8A 3M1HA 4LO8B 2W68A 1ZB7A 2VH9A 1SBFA 3UJ0A 4F83A 2SBAA 1HWPB 1J1TA 4GWNA 1ENQA 4YFWA 1O4ZA 5FREA 1XZZA 4YG3A 3PMEA 1LOFC 2DUPA 3WCRA 4KEIA 4FOYA 2X2TA 1GZ9A 3AH4A 5JDBA 1T3CA 2KH2A 2GDFA 1K5VA 1DQ5A 2AH2A 1QNWA 3O0XA 3WG3A 1KDKA 1QOTA 4LBOA 2WLQA 2BQPA 3LTQA 1W6MB 1Z2VA 1V6KA 1FV2A 3NF3A 1G9AA 2QN4A 4AN6A 3RMYA 5T50A 3C9ZA 2RQ9A 1GLHA 4EFQA 2DU1A 2EXJA 1QMJA 3HR9A 3M3CA 5BXPA 3UJQA 3DEBA 3QR5A 3OY8A 3POWA 1CONA 3ZSKA 5CAZA 3FJKA 3O12A 2AR6A 1UZZA 4WVWA 3IAGC 4Q9PA 1EPWA 4YGBA 1ZM1A 3JUTA 1LHWA 2YROA 3ZX7A 2RSTA 1AF9A 4JQ0A 4MYEA 5BOWA 1MACA 31BIA 1V6VA 3F62B 1BFFA 1MS5A 1XQNA 1DQOA 1OFSA 2UURA 4YW3A 3QYDA 2DVDA 1HDKA 1PC8B 4XJ8A 2ZMNA 2D6OX 2SLIA 4XBQA 2W2DB 2VXTI 2ISHA 4OW4A 3DS9A 4XDQA 3AZVA 3VKLA 5GZDA 4I4RA 5BXSA 1GICA 3CRGA 3SNMA 2K43A 4CTEA 2KLLA 1G9CA 5IK8A 3FGMA 4LBKA 1XG6A 3L2YA 5F8YA 1N1TA 3FIEA 3RSJA 5BQNA 4KTXA 2A3WA 1GZCA 2VY0A 3GALA 3OBRA 2D3SA 1TWMA 3A0NA 1C4RA 3LCPA 4X3AA 1QNYA 4GKYA 4Q2FA 4I4SA 4XJZA 5FZYA 4LBQA 4Y26A 1UAIA 5IUQA 3AJYA 3N7MA 3ZC8A 1ULEA 1C1FA 4Q27A 3I4IA 5E8AA 3VT1A 4XIKA 5GM0A 1JYIA 5T5LA 3BAGA 3ZSLA 4J2XA 3T1MA 5GZFA 3CA6A 3ZXFA 5E88A 1SLIA 5G00A 4XFSA 1S0LA 2R9KB 3AYAA 5EYXA 1FNZA 3V64A 4YFZA 1WW6A 3C8BA 3LSEA 2G7QA 1CPMA 1W6PA 3E8LC 2ZGQA 2A8AA 4JCKA 1N3PA 4HANA 4FPFA 4FOWA 1JBCA 4I4YA 2AENA 1Z4SA 4WBCA 5T5JA 1S0GA 4Q91A 2JDZA 1RIRA 1FV3A 1Z78A 3A4UA 4AWDA 1N47A 3POKA 8I1BA 2XHLA 3QW5A 3AJ5A 4D8HA 2ZACA 2KKIA 1ITBA 3OGGA 3ZUQA 2EF6A 2D43A 1YBIA 3WDTA 3AXEA 5JVVA 4C1WA 1LENA 4XHXA 1G9FA 4XHBA 5F9TA 3UD9A 2W08A 4IQPA 1WW5A 4I30A 3MW4A 1IJTA 2YUGA 3VSZA 5IK7A 2M49A 3O0VA 1S0CA 5EHAA 3WG1A 4G9MA 3O4AA 1MVEA 2JD4A 1JHNA 3A07A 3KQRA 2JE9A 1BARA 1S0FA 5CNAA 1JTCA 2D6MA 4YW5A 4ASMB 3N7JA 3WINA 4P14A 1ZL5A 3ILRA 1W3FA 4Y1ZA 2Y9XE 3QW6A 3T2TA 1MS4A 2ZGMA 1BA7A 4CRQA 1DZQA 2GNBA 4LO7B 1MZ6A 2D6KA 3BRGC 3T8SA 5DG2A 2DVAA 2D3RA 2ARBA 2WQZC 2ZABA 1YIFA 2C5DA 4IZXA 4P9XA 3CA4A 1SZ6B 1SLLA 3C88A 1WLCA 1GGPB 1GZWA 4XMAA 1WLDA 1LOAA 5JOWA 5CBLA 3RTJB 4UW5A 1SR4A 4LO1C 2GO2A 1PZ7A 3IMNA 3MALA 2PHUA 4YM2A 3BX1C 4UW3A 4ZXKA 4FP3A 4FPLA 2GNMA 1IRPA 1TP0A 3BB2A 2DVFA 4FOQA 4LO0C 4Z9WB 4Y22A 3UJ4A 5KXBA 3DDBA 1XHBA 5I1BA 1SLBA 5HCAA 1KITA 2ZGUA 3ZSJA 1PWAA 1SCRA 1LEDA 2Y9FA 2KI4A 5FRAA 5DZEA 2UWBA 4J1LA 4IY9A 3BOPA 5IT6A 4PCRA 2D20A 2YMZA 1F31A 4FQZA 4YZ5A 2DREA 2ZHKA 1IKQA 2JKBA 4KEKA 1HIBA 2ZQNA 1C57A 4M00A 2VXRA 3PVOA 1SFYA 4Q8LA 1IS4A 3WDWA 3JU9A 1GANA 2JJ6A 2ZHNA 2A6YA 3H0OA 2R16A 3O4DA 2ZZJA 5FNWA 3N7KA 3O44A 1WCSA 3SLIA 1M2TB 1UZYA 3M3OA 1QDCA 4ZBVB 2ZGTA 1PZ9A 3BONA 2QYIB 1AXYA 4Q26A 3VT0A 3HOMA 4ZFYB 2ZQOA 3FIIA 3O4OA 4OEFA 1ULCA 4R9CA 2V73A 1LOEA 2ZGRA 1Q8QA 3RTIB 1O4YA 9ILBA 4YG0A 2EXIA 5T55A 1T9FA 2Q5TA 2ERFA 3OJBA 3A23A 1LOBA 1KJRA 1W0OA 4LBMA 2E7QA 2VW1A 5D62A 5DVHA 2A97A 1I1EA 1JY0A 3HSMA 3GNEA 3AP9A 1BFGA 5SV8A 3P53A 2WSUA 1L2HA 3K1XA 3WA1A 2P39A 2E4MA 2WJSA 1OQLB 2LTNA 1Q1UA 1BXHA 3ZXKA 4GAIA 3AX4A 1BASA 1AXZA 2R0FA 1I1BA 1FATA 4ELCA 3FFZA 5IK4A 2D24A 3IM0A 3O4CA 1Q04A 3AK0A 3BAOA 4ZGRB 4H9WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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