1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
1ISYA 2DTWA 4FPHA 4OW4A 3WCRA 3HSMA 1MS4A 4EEEB 2MLLB 1OFSA 3WMUA 4Y26A 3MW4A 3ZC9A 1J0SA 3OBRA 5CB7A 2VSEA 2D6NA 2ILPA 2YXSA 2R0HA 3C88A 2MIBA 2IWTB 3A22A 1R8OA 2ZAAA 2RHPA 3SH4A 5GLWA 3C8BA 3WCSA 1URXA 3K1XA 1WD4A 1IHKA 41BIA 4JQ0A 1FYUA 4Q2FA 1JHNA 3HMYA 5FRAA 1CVSA 2ZHKA 3WDXA 3O3QA 31BIA 4JC1A 1FGAA 2WQZC 4H04A 1UZYA 1YBIA 4CZSA 1ZKWA 1YIFA 2D44A 2GO2A 1ZL6A 4FPFA 1BFCA 4XJAA 1IOAA 3O49A 4F83A 4ZKTB 3FJDA 4WV8A 1EVTA 3RRDA 2Q9XA 3BONA 3I8TA 2VW1A 2ZMKA 1XHBA 3WVJA 4QALA 2RQ9A 2E51A 3Q7XA 3N7KA 1L2HA 1LTEA 3ZXGA 3FUQA 1UX6A 4M3CB 2CWMA 3QW6A 1XZZA 3UD8A 3AZXA 4M3CF 3KMVA 3MW2A 1FWVA 3FJ9A 2NP0A 4X39A 4RL7A 1GICA 2VU9A 1AXMA 1DZDA 1VCLA 3H6RA 1AXYA 5FZUA 1V6WA 3WDVA 4IYBA 3OYWA 3AZYA 4P9YA 4YZ5A 1S0CA 3AJZA 1RINA 4GKYA 1T3AA 2HYKA 2ISGA 1Q56A 1KNMA 2NZ9A 1WW4A 3FLTA 1DQGA 3HBWA 1FV2A 4M01A 1W6QA 4IZEA 1IS4A 4LBQD 1HCDA 3ZVXA 3A0KA 2D23A 1O4ZA 3IPVA 3O4CA 3NBDA 4LBQB 1IILA 1ENQA 3V0AB 4ATEA 1TWEA 4J2SA 1HWPB 2W08A 1MR5A 3RG0A 1IOBA 4QD2B 1YVGA 1LOAA 4FPEA 3AP6A 1CE7B 3IIRA 4QD2C 1N3PA 1KJLA 1ISWA 2VLCA 2DUPA 1G82A 1WLDA 1N3OA 5EWSA 1II4A 3WO4A 1WW6A 5FZZA 3UJ4A 5GLZA 1S0JA 1JYIA 3O4DA 2UWCA 1F9KA 4XFSA 3TB0A 4KUFA 2BEBA 4R9CA 1VAVA 4BQ1A 5BXSA 4I4SA 2XHLB 3D6EA 2D6PA 5GM0A 1G8WA 1ZB7A 2EALA 4AGGA 3SISA 4ZJXA 1MS9A 3N7MA 3BAOA 1A8DA 1IT0A 4H55A 5JOWA 5AVAA 3OY8B 3FGMA 1JXNA 1WW7A 3K3QB 3B3QE 1S0FA 4M3CA 4K21A 1DZCA 1QOSA 2YV8A 3MALA 2CNAA 1MVQA 1LGBA 1E0OA 1WD3A 4G9MA 1MS8A 3ILRA 4FPJA 3ZYPA 1ISXA 1IRPA 1V6MA 1WLCA 4XOGA 1MVEA 4UW5A 3WUDA 5GLVA 4KTXA 1ULFA 5DVHA 3RMYA 4Y24A 1TOOA 5FREA 2KM2A 4I1BA 5CA6A 1Z7HA 1DFQA 1F5FA 1BFBA 5BP5A 4YZ2A 4XFTA 4XJUA 4DPNA 3T1MA 4LBQA 5DG1A 1ZM1A 3V0AA 4I3NA 4AN7B 4ZGRB 3AKGA 2AAIB 4Y22B 4QC4A 2ZZJA 1RY7A 3FJAA 2GN7A 5H9RA 2GN3A 4AN6A 3DUIA 2ERMA 1CPNA 4A7YA 3DDBA 1ILR1 1QF3A 4PC4A 1HKDA 1AVBA 5DUYA 1AVUA 3BA7A 4AGVA 4XJZA 3IM5A 2AREA 1ULGA 3WZ1A 4J23B 1C4RA 1LOFC 3BAGA 3BOOA 2VXRA 4LO7B 1AF9A 3CRHA 4JPZA 1Q03A 3FIEA 4LO7C 4XBLA 4LBKA 2NVHA 4J1LA 2XHLA 4J2YA 1P63A 2AH2A 2OUJA 1VIWB 3C9ZA 2F2FC 1JOJA 4ASMB 4Y1XA 2AR6A 4LBLA 4YM0A 5BXTA 3AKIA 2DREA 4XTPA 2PHRA 3AJYA 1BASA 5I1BA 1KITA 4ZFYB 3QCWA 3DS9A 2LIQA 2FMDA 2A3XA 4XXPA 4G6JA 1SLAA 3WG4A 2P3KA 3FLRA 4ATFA 2F8XC 5E8AA 1W6NA 1AJKA 1LHNA 2SLIA 1ULEA 3VKOA 3AKFA 1PZ9A 4YZ3A 3R05A 3FJ8A 1ISVA 2VSAA 1BJQA 4LBMA 4ZXKA 2Y9XE 1X50A 1RZOB 2FFUA 2GNTA 2P23A 4FVVA 2A70A 1R8NA 4D8HA 3QJ0A 2G4IA 2EXHA 4DFSA 2ZBJA 2ZGQA 3W59A 4P6AA 2PHTA 3CA3A 2D7IA 1DZQA 3AKHA 3PVEA 4Y22A 1GGPB 2HW9A 3RTIB 4LBOA 2EF6A 5GZFA 1YTOA 1GLHA 2JJ6A 2E7TA 2ZHNA 4Y1ZA 1LODA 1HCEA 1SBDA 5EYYA 5BVPI 3JRRA 1UMZA 2GZBA 2WT2A 1SR4C 3LTQA 3SNVA 3ZXLA 3AYEA 1V6UA 1CJPA 3BAQA 3N3HA 1TIEA 1DFCA 2HWAA 3H6SE 2BFHA 4K20A 4PBPA 1UN1A 1Y7BA 4FPKA 4JRAA 4YLZA 3FUOA 4Z8BA 3VWCA 2NYYA 5LK5A 2ZHLA 5DUXA 3WINA 5JDBA 2UWAA 4XIOA 3AP5A 3LSDA 3FJBA 2Y9WC 4LBJA 2OUHA 4YW2A 1LHOA 4AYUA 3D3XA 2WNEA 2Y9FA 1JT5A 4Q1RA 2UURA 2DURA 1NZKA 1RITA 1TTUA 3BX1C 1V00A 1ZN3A 3A21A 3NF3A 3VT1A 1AVXB 1N47A 4KEJA 3O5WB 3JUUA 1V6OA 2DWRA 2NN8A 8I1BA 3BIWE 3C89A 1UL9A 3IN9A 1OQLB 4LO3A 3SLIA 1SBEA 3MPPG 3B9UA 5B2HA 2ZGTA 4K1YA 2ZHMA 5IK5A 2JKBA 2P3IA 1MC9A 4YG0A 1TEIA 2D6MA 2FDBM 5F8WA 3AZVA 1W3GA 1FWUA 2CTVA 3RS6A 4Q91A 4GXLA 3ZUQA 3R4SA 1AX0A 1KDMA 3UJQA 2CWSA 5KXCA 1WW5A 3OJMA 3CA1A 2P3JA 4HL0A 5T5LA 5HCBA 2GNBA 2JD4A 4I4OA 3WHTA 4USPA 4OWLA 1AX1A 1DYKA 1M16A 4Z9WB 1H9WA 4KEIA 3P6JA 1W6OB 1G9DA 5FNWA 1MZ6A 3M3QA 1CVNA 2IMCA 3PVOA 3VKNA 1PZZA 4OWKA 2VXTI 4L4IA 1LHWA 5EG6C 1WBFA 4XJ8A 4TLPA 1T4QA 2W68A 1YXWA 1CONA 2Z42A 1GKBA 1SLIA 1EV2A 3PUBA 3LSEA 5BQNA 1MS1A 5T5PA 2AFGA 4BPZA 5H9QA 3BA4A 4TYSA 4ISRA 4UW3A 4W65A 4II0A 3ILAA 1YF8B 2R16A 5KXEA 4YFWA 1FNZA 2PHUA 2GMMA 4DS0A 1JT3A 1NXD1 1Q04A 3DDAA 2C5DA 4GAIA 4OEEA 2ARXA 4XBQA 1HWMB 3A0NA 4AVSA 3AXEA 3DEBA 3TAYA 2KKIA 4ENDA 4D0TA 1GZWB 4FPOB 1T9FA 1LOCA 5GLUA 1GV9A 1QXMA 1SLCA 3W9TA 3ZYRA 1QMJA 3CAHA 2RG9B 3F1RA 1DIWA 1DQ1A 1SFYA 2FFVA 2E4MA 2QYIB 1S0GA 4R9BA 4FOYA 4DRRA 1JT7A 4DENA 4FOWA 5BYNA 3EF2A 4IZXA 1AFCA 4L8QA 3IAGC 2XOAA 1MACA 3FLPA 4XMAA 4TZDA 5FNXA 2ZGRA 2KH2A 1CESA 3AP9A 1IS5A 5HCFA 5JLVA 5CNAA 1IKPA 5GZGA 1FN0A 2MC2A 1S1AA 3VUOA 1C1LA 3WG3A 3AYAA 1QNYA 4FQ4A 1CN1A 1PWAA 2DVAA 2PHXA 4YW1A 2ZABA 5IUQA 4YGDA 4YGCA 1QNWA 3O5SA 5HPZA 5D62A 4Z8SB 5DZFA 1DBNA 2C9AA 3CA4A 1GNHA 4XXAA 3BAUA 4R9AA 3FBYA 1W0PA 1GNZA 1S0BA 1QOTA 4HR6C 3NV3A 1LULA 3APBA 1APNA 4I2SA 4Q9GA 4WVWA 4OWJA 3I2AA 2LALA 4QBVA 3BWIA 2A71A 4A7KA 1JUIA 3O0XA 4EFQA 3ZURA 1Z78A 3WA1A 1GYKA 1QKQA 2WLQA 2ZGNA 4PF5A 2ZQNA 2QN0A 1R1ZA 3POSA 3B00A 1ENRA 21BIA 1UZZA 4QO3A 2FO1A 2IMAA 4YFZA 3AJ6A 4YW3A 1ISZA 4WZFA 1JLYA 4CTEA 3FJIA 3ZPYA 5G00A 1GZWA 2VW2A 3HALA 4JKQA 4FQZA 5IK8A 4I4QA 5JVVA 3VEQA 3Q7WA 1G9FA 3WDYA 5L73A 4P0JA 2I2SA 1FMZA 4OEFA 3ATGA 1I3HA 3ZC8A 9ILBA 3O4BA 1LENA 3N36A 3POYA 1TFMB 1ENSA 4KBBA 5DZUA 4YOLA 1ZKXA 5IK7A 5DG2A 4ZOTA 1W6PB 4M3CE 1BYHA 5GAQA 4XHBA 4LO1C 3M1HA 2ESUA 1DJSB 4I4UA 2DRZA 2D24A 3PJQA 1UAIA 1Q8OA 3VKMA 3UJ0A 3BOPA 5DUWA 1V6KA 1VLNA 2DUOA 4WVVA 1ONAA 2FPQA 4I30A 3UK9A 4BOWA 1NLSA 1QU0A 2DV9A 4HANA 3FJCA 2YZ4A 2FGFA 3NBNA 2DS0A 2XB6C 3S8KA 4IY9A 1IS6A 3B01A 3SITA 2WSVA 4I1EA 3VT0A 3UD7A 2KI4A 5F8SA 2R1BA 2D3SA 2ZGLA 3AX4A 3ZXEA 4LO2C 3ZXJA 3Q9OA 3H0OA 1H30A 4P14A 2A7AA 4XILA 5BOWA 2D6KA 3I2XA 5CAZA 4I4RA 1JTCA 2EIGA 4PQ9A 2XG3A 4ZLBB 1AX2A 1HLCA 2WJSA 5CBLA 1DQ6A 3QW5A 5JOYA 3WHUA 1H9PA 3WDWA 4D0ZA 5GLTA 2GMPA 3B69A 2HZ9A 5GZEA 3VSZA 4U36A 1GANA 2WSUA 1KDKA 3OY8A 1LJ7A 2BEAA 3ZXDA 4RA0A 2ARBA 5EHAA 3ENRA 3NJ5A 1EYLA 3OGFA 7I1BA 3ZX7A 4XIKA 1LEMA 1NUNA 3R4UA 2K8RA 5BQUC 4JCKA 4K1ZA 4XE9A 1SZ6B 3VSFA 4SLIA 1W6PA 4I7IA 1TWMA 5DXDA 4FPCA 1WBCA 5F9TA 2D1ZA 4ZFUB 1HQWA 1XTGA 4F34A 1PC8B 3QLQA 4IONA 1W3FA 4I6IA 3IM6A 1KRIA 1W3AA 3WMVA 4QKRA 4XKIA 4BLIA 3ILFA 3LCPA 3CA6A 1FV3A 2D43A 1CQ9A 5H9SA 3NV1A 5T5OA 3V0BB 2A6YA 4BMBA 4XJWA 3MEPA 1UPSA 4FGFA 3ZSJA 1SACA 4H9WA 2Z49A 3BODA 2V73A 2ZMNA 1VALA 1XTFA 3FJHA 1HWNB 3KM5A 4AWDA 3O44A 4I4PA 5E24E 1LEDA 4USOA 1LOFA 1DLLA 4EFPA 4XFUA 4G1RA 5T5JA 3AH4A 1LESA 1JQZA 3HOMA 4I0YA 1S0IA 1BFGA 1Q8QA 3QW8A 2ZKNA 1JY0A 2Z48A 4PBOA 1KQRA 1ZL5A 3BA5A 2F2FA 1JYCA 5DUVA 1JN2P 3ZSKA 2DVBA 1FNYA 4C1WA 1RIRA 3AP7A 1I1EA 2X2SA 2D6LX 2D6OX 1MS0A 2ET2A 3V79C 3E8LC 3WG2A 3HR9A 4Q26A 2P2KA 3IM0A 3AYCA 1AXZA 4DEPA 3FIIA 1A78A 3FJKA 3IM7A 4YM2A 3FJFA 1U0AA 1SBFA 3ZXKA 4G9NA 3QYDA 4UW6A 1SLLA 3O12A 5D61A 5HCAA 2ISEA 1YO8A 3NWKA 1K5UA 3AH2A 2JE7A 4YGEA 5BQUA 1V6VA 2OVUA 1V6JA 2G7NA 1YYNA 2D7FA 3O0VA 4IHZA 2YY1A 1BLDA 1GBGA 3OPZA 5EXOA 1N1YA 2ZGKA 1FATA 3AP4A 2E53A 5KXBA 1MZ5A 5DSSB 4YGBA 3AK0A 1QQLA 1ULDA 3ILNA 2CY6A 2VW0A 4AGRA 1SR4A 3QW7A 1BKZA 1VAMA 4ZA3B 1JW6A 1KJRA 1W6QB 3CU1B 2I1BA 3IPVB 4Q27A 1DQ2A 4DRVA 2WRYA 2VY0A 3A07A 1HDKA 3BRGC 2TEPA 1S0EA 1UKGA 5FZYA 1BLAA 3M3OA 5JOXA 3NBEA 1V6LA 3CA5A 1DQ0A 4YW4A 1MS3A 4FP3A 3AJ5A 1MD6A 4XHXA 2PHFA 3PMEA 1K5VA 3ASIA 1IRAX 4U2AA 3NV4A 2E7QA 2EXIA 2B7YA 3QIXA 4ZFWB 3BB2A 2VH9A 1AXKA 1RG8A 2AXMA 2P39A 2KLLA 3AXDA 4Y20B 4DQAA 5H9PA 3ZSMA 1AJOA 5D63A 2R49A 2P34A 3M3CA 2JE9A 4YM1A 2YMZA 1FQ9A 1F82A 3OJVA 4X38A 2J3PA 3O0WA 5IK4A 4QBCA 2WT1A 4I4YA 1IJTA 1DYPA 3IKWA 1PUUB 4I96A 3CNAA 2BQPA 5JOZA 3ZUSA 2QN4A 1WLWA 1SCSA 1ITBA 4IY8A 3A4UA 4G6MA 2D3PA 3C8AA 2AENA 3C2UA 4BLJA 1LU1A 2EXJA 5DZGA 4UW4A 3WV6A 3L2YA 1D2SA 4P0LA 4AVVA 4IQPA 5GALA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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