1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
1TIEA 5D62A 1YXWA 1PC8B 2HWAA 5FNXA 2K43A 1DHKB 4CZSA 2M49A 3IM0A 1DQGA 4I4VA 4AVVA 1BYHA 1LEMA 3QLQA 1W3FA 2ZAAA 5T5PA 3VT1A 4ITCA 1IHKA 4I4QA 2VY0A 4AVTA 2W39A 5BQMA 1V6MA 2DUOA 3DDBA 4U36A 3H6RB 2BQPA 4JKXB 3NV3A 1HQLA 4YGCA 4YM0A 3BAHA 3ENRA 3TC2A 2ESUA 2VXTI 1GZ9A 4M3CA 1GSLA 4G9NA 2R0HA 2W2DB 3O0WA 3OY8A 1GNHA 4XFUA 2DUQA 1HWOB 2RSTA 1WBFA 2QN0A 2R1BA 3OPZA 4IONA 1VLNA 3WHTA 4GAIA 2R0FA 2CWSA 2ISGA 2MIBA 1LOCA 4KS6A 1AX0A 2A70A 4PQ9A 5FZYA 3V65A 1IOAA 1AFCA 4BLIA 1MS1A 4DENA 1DJSB 3HALA 1BJQA 3AZVA 5H9PA 3ZXGA 2DYCA 2CNAA 1Z4SA 4ZGRB 4FP2A 4GWMA 3AYEA 4QBCA 1BZWA 3VKOA 2GNTA 3QYDA 2YUGA 2FPQA 3C8AA 2PHTA 4R9DA 3AH1A 4ZJXA 2AENA 4Y1XA 3FJBA 2WRYA 1ISVA 2NMNA 1M2TB 3UJQA 1G9DA 3QIXA 4I4SA 1LHVA 1W6QA 3GALA 4GKXA 1VIWB 4YFZA 2CTVA 1AJOA 4EB2B 2D24A 5T52A 3HN1A 3B00A 1UN1A 4G6MA 2E53A 1D2SA 4Z8SB 2JD4A 2PHWA 21BIA 1W0PA 1ENQA 2CWMA 2UU8A 3DUIA 3LSDA 5GALA 1ENSA 1NUNA 3DSEA 2GZBA 4BQ1A 3FJ9A 4D8HA 1N1SA 2NM1A 4Y1VA 5E89A 5GZFA 4FPEA 1JUIA 1JT4A 3NBNA 4BPZA 4I4UA 2WT0A 1AZDA 2WSVA 4DFSA 2TEPA 3BIWE 3S8KA 1H30A 2BEAA 1OFSA 1FMZA 2I2SA 2NP0A 5BOWA 3O49A 2G4IA 3DEBA 4YW4A 5DG2A 2V73A 1JW6A 3AKGA 1XTFA 1NLSA 3WDYA 5T5OA 4OZXA 2AH2A 1T3CA 4HR6C 4XJWA 2ZR1B 4GOYA 3I2AA 2UUSA 2KLLA 3ZVXA 3A22A 5DSSB 1H9PA 2DS0A 2PHXA 2EALA 3QIZA 3PJQA 3BAUA 1JTCA 1ISXA 1UX6A 1S0GA 3N36A 6I1BA 4HA2A 3BA7A 1P63A 3ZURA 4LBQA 2JECA 3WO3A 2AAIB 3CQAA 1MS3A 2UWAA 3M3CA 3RQ0A 2JE7A 4X3AA 3SISA 1XTGA 1V00A 2MC2A 3IKWA 1IT0A 4I8MA 3UD9A 3AFKA 4X38A 1J1TA 4J2XA 2Y9FA 4M00A 1K5UA 1G86A 3AYDA 4H04A 4CTEA 1ITBA 5BQNA 4JAWA 3AP6A 1N3QA 5JDBA 1FQ9A 3ZYRA 4ELCA 1UL9A 1IKPA 2LTNA 1S0DA 3WV6A 3M3EA 3BAVA 5CAZA 1Q1UA 1WD4A 3M1HA 3AP5A 1PWAA 3PHZA 3JRRA 2ETFA 3H0OA 1YRZA 3OGFA 3AX4A 5CA6A 2FMDA 3BA4A 5FREA 3NBEA 4FP3A 3P6JA 1JHNA 1ULEA 1WLWA 2E7TA 2AQZA 3ZC8A 1SCSA 4FGFA 3P6IA 2Y9WC 1LOFA 1TP0A 4XKIA 2VH9A 2GMPA 2ZGKA 4OWLA 1SACA 1E1HA 1LU1A 4LO1A 3VSFA 3WG4A 1CIWA 2ZGRA 3FLRA 1RINA 4LO7C 3WCRA 1TWMA 1S1AA 3QW7A 3WOGA 2A8AA 1WBAA 1Q8PA 5BP5C 3V0BB 2GN3A 3TB0A 3ZSLA 3N3HA 3BRFA 2GNMA 1MC9A 1IS4A 4ZXKA 5CNAA 1FATA 1NXD1 3WA1A 2QN4A 2V5YA 1LESA 1URXA 4J1LA 4GA9A 4G1RA 3CA3A 2ZA9A 2ZKNA 3OBTA 4KTXA 2IWTB 1SLLA 4YM2A 3OJMA 1Z0HA 4YGBA 5FZZA 3WDWA 2W08A 1SR4A 5SV8A 1GZCA 1BFGA 1CE7B 4IY9A 1LOEA 5D63A 1MD6A 1AVXB 1JLXA 1AVBA 3FJAA 2K8RA 4A7ZA 5IK5A 2ZABA 5EG6C 1S0IA 1CESA 4I2SA 2AGSA 1BKZA 1IRAX 4YZ3A 4I7IA 4EKXB 2F2FC 3RTIB 2OUJA 1WLDA 3MPPG 2DTYA 5BQMB 1PZZA 1S0JA 4FPJA 4QBVA 1VCLA 4LO2C 5DZUA 3RMYA 2Z49A 4EFQA 1GGPB 1AX2A 2D43A 3NV2A 1OQLB 4G9MA 4YZ1A 2WT2A 4BOWA 2Z42A 1MS5A 4Z8BA 1DQ6A 2D3RA 2HW9A 4WBCA 3N7JA 4M3CB 1ISWA 1KDMA 3ZXFA 3BONA 4A7YA 41BIA 2DRZA 3OY8B 3UD7A 4EFPA 2D44A 4GXLA 1UZYA 4FQ4A 2D6LX 1GLHA 5F9TA 4YLZA 2W68A 1S0LA 4QD2C 1V6NA 1LODA 1QNWA 2I1BA 4YGDA 2CL2A 1HCDA 3UJOA 5JVVA 2GALA 4Q9PA 1MR5A 4WVVA 4YM3A 2SBAA 1RZOB 4LO3A 3FUOA 4OUJA 1TTUA 5GJ6A 1OQ1A 4LO0A 5EC5A 2AYHA 2R1DA 3A0NA 3W9TA 3BOOA 4ENDA 3PMEA 2XB6C 5GLTA 3POYA 1ULFA 3AZYA 2IMCA 1A78A 5AVAA 4I30A 5JOYA 3WNXA 5JOWA 1V6OA 4ZLBB 2HYKA 1C4RA 1M16A 1Z78A 4Y20A 1AXMA 3ASIA 1QXMA 1KITA 3VT0A 2P39A 1N3PA 4AWDA 1C57A 1V6LA 2EXIA 5E88A 3ZXJA 4Q8LA 2K4AB 3WO2A 3M3OA 5KXEA 2ET2A 2KM2A 3ZXKA 2JJ6A 1I1EA 2D6MA 3VKMA 2VUAA 1F82A 1SBEA 1W6QB 3INAA 3N7LA 1TFMB 4HJJA 1DLLA 1HKNA 5H9QA 1I3HA 2C5DA 3O4AA 1DQ5A 3ILFA 4QD2B 1JBCA 5T5JA 3GNEA 3D7WB 3ZYPA 2YZ4A 2OUHA 3FJJA 2NN8A 2EF6A 3WINA 3BRGC 1EPWA 4LBNA 3ILRA 1Q8VA 1ABRB 4P0JA 9ILBA 3WCSA 1G8WA 1LOAA 2WQZC 2XG3A 1N47A 4Y22A 3N0KA 5EXOA 4KUFA 3BAOA 1PZ9A 3ZXEA 4I4YA 2XHLA 3AK0A 4Y1UA 3FLTA 5F8WA 3O44A 2NYYA 3UL2A 3QR5A 2A3WA 4DRVA 3WMVA 1WD3A 1J0SA 2P3IA 1R8NA 1TWEA 3C88A 5KXCA 2R16A 4XIKA 3R4UA 1W6NB 3AXDA 2KI6B 4FPYA 1ZB7A 1W6OA 3B3QE 3ZUQA 2NMOA 7I1BA 2X2TA 4UW5A 1YVGA 2DV9A 2ZHMA 1QDCA 2GNBA 4ZFWB 1HDKA 1DQ1A 3B9UA 2DVAA 2WJSA 2QYIB 4AGGA 1GICA 2AUYA 3AZZA 4AN7B 4FQZA 1FNYA 3O0VA 3WDUA 1R8OA 4LBQB 4I6IA 4OEGA 2G7NA 4AGRA 3O5SA 4ASMB 2WLQA 2HWMA 3SLIA 1WLCA 2ZGTA 4DEPA 2GMEA 3IIRA 3K1XA 5BXTA 3POKA 1FN0A 3HBWA 4XE9A 4XFTA 2WKKA 4FPCA 4I4PA 5EYXA 5HCAA 3ILAA 3V0AA 1QGLA 4XIOA 1JQZA 3MEPA 3QW6A 3U4XA 1RITA 1IJTA 4H9WA 4W65A 3CA0A 2A71A 1YBIA 2D7RA 2EIGA 3OJVA 1T3AA 3BWIA 5JOXA 1SLAA 4HL0A 5BXRA 1HCEA 4QKRA 4XJUA 4ZBVB 2VW2A 4XMAA 1F5FA 5KXBA 4Q1RA 3AKIA 1LTEA 5CBLA 1Q03A 4QC4A 3AH4A 1ULCA 2Q9XA 1SR4C 2YROA 1IS3A 1G7YA 4EL4A 2D6PA 3OYWA 1RMLA 2FHRA 3FJDA 2EXKA 2AXMA 1JN2P 3FJIA 1XHBA 3AH2A 3I8TA 4P14A 1KQRA 3WDVA 2EXHA 1BLAA 1WBLA 2W52A 5T55A 3NWKA 4XZPA 1LOBA 1CN1A 1WW5A 4FPLA 1JLYA 1DGLA 1SBFA 2E6VA 5BVPI 1ONKB 1G9FA 2ZMNA 2VW1A 1JOJA 1V6VA 3PG0A 1V6WA 3L2YA 3BX1C 1Q8OA 4XXAA 1G82A 1W6NA 2ZMLA 1R1ZA 2KKIA 4TZDA 2YV8A 3MW3A 3OJ2A 2HZ9A 4HANA 2GO2A 5IK8A 1X50A 1ONAA 3QJ0A 5CB7A 4Y24A 3DDAA 1PZ7A 2D6NA 1VAVA 4FOWA 3FIIA 2C9AA 4ZKTB 3BRDA 1Q8QA 4LBMA 3PVOA 4LO3C 1I1BA 2D7FA 1FV3A 4LO0C 2D6OX 1IS5A 3N7KA 3ZUSA 4GOVA 1PUUB 1V6UA 3CRHA 1BARA 5L73A 5F90A 1KRIA 4Y1YA 2E4MC 3O4OA 2D3SA 3UJ0A 3S8JA 1AF9A 5DVHA 4GAFA 2ZBJA 3HR9A 1Q56A 3A23A 1SLBA 4XJZA 1CONA 3APBA 5KXDA 3Q7XA 1A3KA 1DIWA 2ES3A 3D4KA 1DFQA 3NV1A 3JUTA 1MS4A 1JT7A 4YM1A 3F62B 4KEJA 1EVTA 3BOPA 3I29B 4XMIA 2ZHKA 2F8XC 4Z9WB 3BB2A 3C8BA 1AJKA 3B01A 5HCBA 1UPSA 2DURA 3VUOA 4XILA 4GALA 3WINC 3SNVA 3AZWA 3FGMA 1SZ6B 1DZCA 2YMZA 1N4KA 1DFCA 4YW3A 4WV8A 1LHNA 5IT6A 1MS0A 2AREA 2ZGMA 4CJMA 1LECA 1FNZA 3WG3A 3RRDA 4Y20B 1D0HA 5B2HA 3T2TA 1II4A 3C89A 2ZQNA 5DUUA 4IHZA 5IK7A 3NF3A 1K5VA 1MZ5A 4WVWA 3RMXA 3FUQA 2ZGNA 3AP4A 1XQNA 4GKYA 5DUXA 2A6WA 3CA1A 1JT3A 1S0CA 4DPNA 3D5OA 5BYNA 4GWNA 2VSAA 3HSMA 1HWPB 1O4YA 2L5XA 2X2SA 5DG1A 3DGTA 2DVBA 1MS8A 4EFRA 3CU1B 4NO4A 1GYKA 3O12A 4XXPA 1ZL6A 5HPZA 1FWVA 1DZQA 2FO1A 1XYFA 1JT5A 1MVQA 3A21A 4Y22B 4H55A 4PCRA 4XTMA 5DZEA 3SH3A 4TLPA 2XHLB 1O4ZA 1W6PB 4QALA 1XG6A 1N1TA 5GZDA 4AYUA 1V6JA 3R4SA 3AJYA 5GZCA 3Q7WA 4LO8B 1EYLA 1BFFA 1ILR1 2CYFA 4YG6A 2H0BA 4L4IA 2A5ZA 1WW4A 3W58A 3UJ4A 1LOGA 4ZOTA 1W6OB 1CJPA 1CVSA 3QIYA 1SLCA 5GLWA 4I3NA 4YZ2A 1BFBA 5BQUA 3RTJB 1YYNA 2ZGUA 2JKBA 3FJEA 2ZMKA 3O4BA 2ZHLA 4YGEA 4IZXA 1LU2A 1BQPA 4Y26A 4I0YA 1GZWA 4RL7A 3IM7A 3O4CA 1ZA4A 1HIBA 2G7KA 4IZEA 2DRYA 4R6UB 4AN6A 3C9ZA 3USUA 1Q04A 4YFWA 3VV1A 5F8SA 2YY1A 1MS9A 3WUCA 1DQ4A 2ISEA 3V0AB 1QMJA 4K20A 4QKSA 1LHUA 2GN7A 1RIRA 4ISRA 1TEIA 2KI4A 2FDBM 2VXRA 1IOBA 2P3JA 1JYIA 1HWMB 2A75A 2J3PA 4L8QA 4UW6A 3AJ6A 1AVAC 4UW4A 3FJCA 1LENA 3BAGA 3WLUA 5JMCA 1FAYA 2ZHNA 2PHUA 3QW8A 4P9WA 4AGVA 4C1WA 1GKBA 3WO4A 3WDXA 2R49A 1SLIA 2D20A 3O5WB 2A6VA 1YIFA 1ULDA 3AYAA 2E51A 3RS6A 3NV4A 1V6IA 2FFVA 3A07A 1FX5A 4FPGA 4OWKA 3OYWB 5FNWA 4P0KA 4XHXA 3KM5A 2DVDA 3RSJA 4KEIA 1DBNA 4ATEA 1AVWB 3IM5A 2ILPA 1AXZA 4LBQD 3AZXA 1AX1A 3VT2A 4Q1PA 1N3OA 1IILA 4Y1ZA 3R05A 4I4OA 1W6PA 4XTPA 3CAHA 3MW2A 3RG0A 5JOZA 3IMNA 3WUDA 3ZX7A 2RQ9A 1AVUA 3WG1A 4XDQA 3C2UA 2OW4A 1AXYA 1YI7A 3IM6A 1KJLA 1U0AA 1ISZA 3UD8A 3PVNA 2A6ZA 5F8YA 5EWSA 3CRIA 1SCRA 3D3XA 3FJ8A 2WBCA 1YO8A 4OEFA 2A6XA 4OWJA 2A3XA 3V79C 1LHOA 1GBGA 2UURA 1W6MB 5IK4A 2NVHA 4IYBA 1DQ2A 5BP5A 4ISQA 3LLPA 1QDOA 1LOFC 3WZ1A 4KEKA 2WNEA 3POSA 2D6KA 4JQ0A 4JCKA 4YZ4A 4NOTA 4I1BA 4RA0A 2ENRA 3SNMA 4LO1C 4JP0A 4I37A 4CRQA 1BXHA 3IPVA 3M3QA 4QO3A 3EF2A 4WZFA 3T1MA 3CNAA 4XJ8A 2ZGPA 3I2XA 1B09A 4BMEA 1YTOA 3T1LA 5GAQA 2D1ZA 1DQOA 2IMBA 2ZGOA 4SLIA 4DRRA 5GZEA 4LBKA 2KH2A 2E7QA 2F2FA 5FZUA 4BM8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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