2NP0 | Genus

Total Genus 418

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	418
sequence length	1290
structure length	1289
Chain Sequence	PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVKPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Botulinum neurotoxin type B
publication title	Structural basis of cell surface receptor recognition by botulinum neurotoxin B. pubmed doi rcsb
source organism	Mus musculus
total genus	418
structure length	1289
sequence length	1290
ec nomenclature	ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date	2006-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01742	Peptidase_M27	Clostridial neurotoxin zinc protease
A	PF07951	Toxin_R_bind_C	Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A	PF07952	Toxin_trans	Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A	PF07953	Toxin_R_bind_N	Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1120.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain	Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain	2np0A02
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	2np0A03
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	2np0A04
3.90.1240.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Zincin-like	Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like	2np0A01

1O4ZA 1ULCA 1DFCA 4XJ8A 2RG9B 4TLPA 1Z0HA 2X2SA 4QKRA 5H9PA 5HCFA 4BLIA 4JKXB 1QOTA 4X39A 2KM2A 4W65A 4BLJA 3M1HA 1Q03A 3C8BA 1EYLA 1QMJA 4M3CE 3K1XA 2K4AB 2DURA 2ZGOA 1RIRA 2RHPA 3OJBA 4R9BA 1SZ6B 4FPFA 2ZGNA 1S0EA 2WSUA 4KC3A 1WW4A 4Q27A 4NOTA 5BQMA 2D7RA 3O4BA 1HQWA 2P34A 2R16A 4FOWA 4YZ3A 1HKNA 3OJ2A 4YGEA 5BP5C 1M16A 3B3QE 1CPMA 4XFSA 4LBOA 3ZYPA 1JHNA 1V6UA 1U0AA 5SV8A 2AAIB 5GM0A 1IJTA 4HR6C 3BB2A 4FPOB 1BXHA 1C4RA 4QD2B 4EL4A 4IZXA 1HQLA 4DFSA 1IS6A 3D3XA 3WDYA 2WLQA 3TAYA 1XG6A 5T5JA 1YYNA 1V6KA 3P53A 3T1LA 3VKOA 4WBCA 1PZ7A 2JDZA 1T9FA 3N7JA 1UZZA 3VWCA 1DIWA 2B7YA 2MIBA 1KNMA 1NXD1 2NVHA 1LULA 5EWSA 3DEBA 2DVDA 3C88A 4J2XA 3AZZA 2ZGTA 3Q7XA 3BOOA 1QNYA 3QR5A 4ELCA 1WLDA 2KI4A 1ISVA 3A4UA 1G8WA 5T54A 2UWAA 3O44A 2ISHA 1JT4A 5E88A 1BA7A 5GLTA 3A07A 3OGFA 1SBEA 3JUTA 2C5DA 1X50A 4XXAA 1LEDA 1MVQA 2D6MA 5AVAA 1RMLA 3N7LA 3BAHA 1PZZA 2RSTA 5T5OA 1AXKA 2Z42A 1XYFA 2Y9GA 4P6AA 1MS0A 2P3IA 4DENA 1BFBA 1WW7A 3QJ0A 2AQZA 2DTYA 2ZGRA 4AGGA 2KI6B 3QW7A 1MC9A 3ATGA 1D2SA 2WQZC 4G6MA 2JKBA 3ZXKA 2I1BA 5IK5A 1JY0A 2IHOA 2H0BA 2D6KA 5IK4A 3FJ8A 2W52A 1GNZA 3ZSMA 2ZQOA 4L4IA 1ZB7A 2AUYA 3ILAA 4YM0A 1UKGA 1YI7A 3QW8A 2D6OX 1G9FA 2A5ZA 4YZ2A 5GJ6A 2JE7A 4ZBVB 3O0WA 1ONKB 2Q3NB 3KM5A 4U36A 1AVWB 2DVFA 4Z9WB 2W2DA 1W6QB 4ZOTA 3PVEA 3V0AB 4G1RA 3AYDA 4I4VA 3A21A 5GAQA 3WMVA 4P14A 1BASA 1QGLA 1S0JA 1T3AA 4H55A 1I3HA 1ISWA 3HOMA 3ILFA 3B00A 1II4A 3UD8A 3BRFA 4G9NA 2ZAAA 4DCKC 3SISA 2DS0A 1BLDA 4WZFA 2A7AA 4Y20B 4IZEA 1LHOA 2GNBA 1W3AA 1DHKB 2OUJA 3AXEA 4XJUA 2IMAA 2QN0A 4JCKA 4BQ1A 1RITA 1JUIA 2EXIA 5IK8A 4I4SA 2XB6C 1I1EA 1AJOA 4Z8BA 3NV2A 3WDWA 1A8DA 2AREA 3FJAA 1AVUA 1AX0A 2PHRA 5DUWA 3IN9A 4FPEA 4I4UA 3FJEA 4YLZA 5BQUC 3BAUA 2WT2A 1TWMA 1LGBA 3U4XA 4I96A 4H9WA 2IMCA 4XE9A 4KTXA 1GYKA 3N7MA 2ZACA 3BAGA 1V6NA 2JD4A 5EHAA 2XG3A 4PBPA 1WD4A 5H9SA 4C1XA 2ARBA 1PZ8A 2P3KA 5KXBA 3BA5A 3CRHA 3ZXFA 1W6PB 2LIEA 2SBAA 3H0OA 2GALA 1Z78A 4FPKA 2FGFA 4CTEA 1QOSA 3W9TA 3UD7A 3QLQA 4PF5A 1SLIA 1SLLA 5DUXA 2M49A 1UPSA 3WLUA 4GWMA 3AKHA 4M3CB 3ZXDA 1IRPA 3B9CA 2NMNA 3WOGA 3OPZA 1Z7HA 3FJDA 4LO7C 4I1BA 5F9TA 3WINC 2E6VA 3K3QB 1QNWA 3WCSA 4GXLA 1MZ6A 2A8AA 3ZXGA 5LK5A 3PJQA 1YVGA 2AFGA 4J23B 3M3OA 1SLAA 2DV9A 3WO4A 3ENRA 1JLYA 3MALA 4D8HA 1KITA 3OYWA 1JBCA 2EXHA 4HEVA 3CA6A 1CVSA 3DSEA 4K21A 2ILPA 4SLIA 3AZWA 4FPYA 3WDXA 1N1YA 4YM3A 1AVXB 5CAZA 2VY0A 2X2TA 2CYFA 2YY1A 1VALA 2ZQNA 1V6JA 1W3FA 4ENDA 4PQ9A 4LBJA 1NZKA 3V0BA 1LOBA 3BIWE 4JRAA 3IKWA 3F1RA 1E1HA 2K43A 4LBLA 3FLRA 1IOBA 3JRRA 1N3QA 2DVGA 5GALA 4ITCA 2JJ6A 2Q9XA 2VXTI 4Q91A 3VKNA 5KXDA 3FLPA 1KJRA 2EXJA 2LTNA 3BRGC 1LOFA 1JW6A 3UD9A 4ASMB 4I8MA 3ZVXA 1W6MB 1FGAA 2Y9XE 2W39A 3EF2A 4Y1VA 4OWKA 3QIYA 3OGGA 4QALA 2UWCA 1DYPA 1ENSA 1N47A 1TEIA 1LU1A 41BIA 4YGCA 1LHWA 4BMEA 4Y24A 1IS3A 1G9BA 3UJ4A 4QO3A 4X38A 4IQPA 2EALA 2YZ4A 1R8NA 1W6NB 1JT5A 2ISGA 4FQZA 1OQLB 2BQPA 4GWNA 1DZQA 1YF8B 1J0SA 3O5SA 1DQGA 5F5QA 2WJSA 1LODA 3OJVA 3C89A 5DUYA 4KEIA 5JOWA 2P2KA 2NP0A 2E7QA 1DFQA 4YFWA 3UJQA 1CONA 4XIOA 2G7PA 3NV3A 1G9AA 4YW5A 1SR4A 1Q8PA 4OW4A 2R49A 1N3PA 4P9XA 2YV8A 3B69A 3AKFA 3VUOA 8I1BA 2XOAA 1Y7BA 4UW4A 4YW4A 3SNMA 2VH9A 4X3AA 5H9RA 1H30A 3WNXA 3RTJB 4FOYA 4LO1C 4ZKTB 3I4IA 1CJPA 1LOGA 2P39A 4R9CA 3FJBA 2VLCA 3ZPYA 3POYA 3ZX7A 1XTGA 2OVUA 3AP7A 1N1TA 3WG2A 2G4IA 3C8AA 2A71A 1N4KA 1IRAX 3I2XA 1R8OA 2R1BA 4R9AA 3WDTA 2JECA 1QU0A 4RA0A 1ZN3A 4OZXA 1S0LA 4Z8SB 2UWBA 1UL9A 3AP9A 3CA5A 2K8RA 1H9PA 1QKQA 1W0PA 4XHXA 4IONA 3RTIB 5IT6A 4KEKA 1G9DA 1E0OA 3LCPA 1B09A 1FWUA 6I1BA 2KLLA 1GNHA 5GZDA 5L73A 1QF3A 3M2MA 3AXDA 5I1BA 5GZFA 4Q8KA 4LO7B 2ZZJA 4HANA 3P6JA 1WLWA 1MZ5A 3NWKA 4EFQA 1A78A 4F83A 1GANA 2NMOA 3H6RB 4P9YA 4P9WA 2OUHA 1IS5A 2QN4A 4ZXKA 1MS8A 21BIA 4U2AA 3INAA 5BXSA 2R9KB 4LBNA 4L8QA 2WT1A 4Q1RA 3LLPA 3BWIA 4P0LA 1WW6A 1PC8B 1KDKA 3ZSJA 1AXZA 3KQRA 3O4OA 1W6QA 5CA6A 2D24A 3V0AA 5DVHA 5GLUA 4YW2A 1WUVA 2BEAA 1URXA 3ZSKA 1I1BA 4C1WA 3AP6A 3FBYA 3NV4A 3AJZA 4KBBA 5BVPI 1V00A 1J1TA 2EF6A 4K20A 2D44A 4Y20A 4GA9A 1JT3A 5B2HA 1SLBA 2PHTA 1WLCA 2KKIA 3LSDA 1NUNA 5FREA 31BIA 1ITBA 5EXOA 3VKFC 3KMVA 4LO3C 1YO8A 2ZMLA 1YBIA 3CA0A 2MLLB 5GLZA 1JQZA 1S0FA 4BM8A 5BQNA 5HPZA 4Y1ZA 3V64A 2DVBA 5JLVA 4OEGA 4Y22A 3TC2A 4HA2A 1RINA 3QIZA 2P3JA 1CESA 2AR6A 4YW3A 4ATFA 1XZZA 4YFZA 2DU0A 1UAIA 1Q1UA 4GAFA 3ZXEA 4XDQA 3T2TA 1DJSB 1TOOA 4GAIA 1YTOA 1LOEA 4LBQB 2GMPA 4FVVA 2F2FC 1V6IA 1RY7A 1FATA 4XFUA 1IILA 4A7KA 2FHRA 3VT1A 1F9KA 1DQ2A 4GOVA 5BP5A 1LENA 4I37A 4D0ZA 3SH4A 4XBNA 4DPNA 3WA1A 1HWPB 2GMEA 1K5UA 4M3CA 1BFGA 3BAQA 3POSA 1HKDA 2P37A 4KS6A 3CQAA 3IPVA 1BKZA 2HW9A 2D6LX 2ZHNA 1W6OB 1NLSA 1KRIA 2HYKA 2I2SA 1HDKA 1CN1A 1WCSA 3O0XA 2OW4A 5JMCA 1S0IA 5T50A 4AGRA 3ZUQA 1PZ9A 5HCAA 1MS5A 4Q9GA 3BAOA 1GSLA 4XTPA 3CA1A 3B9UA 5CBLA 1DYKA 3AP4A 4GKXA 3QCWA 5KXEA 3CU1B 3OBTA 4M00A 1ZA4A 3N0KA 4IYBA 1OQ1A 2SLIA 4DRVA 2GN3A 3A23A 2VU9A 1JYIA 2ETFA 2ZA9A 5DZGA 1SCSA 2BEBA 1DQ0A 3WHTA 3CAHA 4H04A 2ISEA 4OEEA 3V65A 1GZWB 2FMDA 1ENQA 1VAVA 4DEPA 3BOPA 5E24E 1LCLA 3L2YA 2WKKA 2D22A 2WSVA 1R1ZA 1WBAA 1CPNA 2AENA 3RMXA 4HJJA 2D3RA 2A6ZA 3FLTA 5D61A 3RSJA 1FAYA 2D23A 3WVJA 1LECA 3CNAA 3ZURA 3AX4A 1OKQA 3AJ5A 2GDFA 1QOOA 3FIIA 1W6MA 4J1LA 3I29B 3IMNA 1DQ6A 2YMZA 3VSZA 4ATEA 1EV2A 4WV8A 1OFSA 2ZGPA 3WO3A 3Q7WA 3ZC9A 1SLTA 1F5FA 1GBGA 3IM6A 4MYEA 3P6IA 3QW5A 4IY8A 3I8TA 1GZ9A 4XJ9A 2HWMA 1W6NA 3WDVA 4XFTA 2A6YA 2RQ9A 4JP0A 1PWAA 1T3CA 3FUQA 3H6QA 3WUDA 1JTCA 2R0HA 3BRDA 1JN2P 1HCEA 4OWLA 5BOWA 2ENRA 3TB0A 3ZXJA 1TP0A 2P23A 1IHKA 3CA3A 2GZBA 1AVAC 4XHBA 1UZYA 2UURA 1DGLA 4LO2C 3VKLA 2YROA 2WT0A 3ZYRA 3ZXLA 2W2DB 4XMAA 4ZGRB 4I0YA 2ARXA 4LO8B 3DS9A 3MW4A 3LSEA 2D6PA 2R1DA 1GV9A 1XHBA 4LO0C 3JU9A 1LOCA 3AP5A 2CWSA 2GN7A 3A0KA 1MS1A 4KEJA 5BQUA 4XILA 4KUFA 3GALA 1ZL6A 1V6XA 1IS4A 3W58A 4GP3A 2A6XA 4JAWA 2G7NA 5KXCA 3B01A 2GMMA 1FWVA 4DQAA 5GLVA 4EFPA 3SNVA 3AYAA 4TYSA 3USUB 3I2AA 4ZLBB 1S0GA 3AZVA 2NZ9A 4YG3A 4UW5A 2ZGQA 5T5PA 1G86A 1LHNA 3FUOA 1V6OA 2W08A 2ZHLA 4HL0A 4FPLA 1VCLA 2D20A 4DRRA 2XHLB 4XTMA 4I30A 1HCDA 4AVTA 4P0KA 3AYCA 4EFRA 4FQ4A 3F62B 2D1ZA 1ZKXA 2DRZA 1LU2A 4UW3A 5CNAA 5EG6C 4Q9PA 3BA7A 3WINA 3OY8B 4YG0A 4EJ5A 4Q2FA 4CRQA 1HWNB 1DZDA 4ZFWB 1BZWA 2DUQA 1N1SA 1WW5A 1LOAA 1BFCA 2ZGSA 3AYEA 5FZYA 1ISYA 2DTWA 3N7KA 3FJIA 3FIEA 3GNEA 2E51A 2QYIB 5FNWA 2Q5TA 2UU8A 3OBRA 1MS9A 5JOXA 2V5YA 3Q7YA 1BQPA 3WV6A 3WCRA 1SBFA 2PELA 4AN7B 1LESA 2AYHA 3AZYA 3S8KA 4R9DA 3BOKA 4I4QA 4I4PA 3V79C 3O4AA 1FX5A 3HALA 1HLCA 4I7IA 1Q8SA 2PHFA 4P0JA 1UN1A 1VAMA 3AFKA 2VSAA 4A7YA 1ZL5A 3AKIA 1ZM1A 4BPZA 3NBNA 3DGTA 5GZCA 5FZUA 1C1LA 5JDBA 1C57A 5DG2A 5GZEA 7I1BA 4ZJXA 2VXRA 4A7ZA 1A3KA 2ZKNA 5FZZA 4JKQA 4FOQA 4ISQA 3PG0A 3MPPG 2FPQA 1F31A 1GICA 3D5OA 1MS4A 1ULEA 2G7KA 5F8WA 1LGCA 2A6VA 1TWEA 1IKQA 2FDBM 2E4MA 1IOAA 4I3NA 3RS6A 1S1AA 3VKMA 1SCRA 1ISXA 5FNXA 4EKXB 1H9WA 3MW3A 5DG1A 1N1VA 3ASIA 4K1YA 4LBQA 1IKPA 2DRYA 1YXWA 3M3QA 4Y1YA 3VV1A 4I4YA 2FO1A 1GZCA 3N36A 3T8SA 2DVAA 1Z2VA 5DUVA 3UL2A 1XQNA 4XYXA 4NO4A 1DLLA 3UK9A 2ZGMA 3BA4A 4LBQD 3BONA 1FV3A 1AXYA 5D62A 4IHZA 3VT0A 2TEPA 1EPWA 4AVSA 2F8XC 3AZXA 1W6OA 2HWAA 1KQRA 3O4CA 1CR7A 1FNYA 4L4HA 3M3CA 9ILBA 4LO1A 2EAKA 4G9MA 4USOA 4AWDA 4XJZA 1DQOA 4JQ0A 1LEMA 2CY6A 1SLCA 1CQ9A 3HSMA 4M3CF 1JT7A 3FJJA 4YGBA 2ES3A 4AN6A 1WBFA 2A70A 3HBWA 3O3QA 3PHZA 1GKBA 3VSFA 1PUUB 1WD3A 1PUMB 2ZR1B 4YG6A 3BODA 4J2KA 5DUUA 3AJ6A 3M3EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2NP0A

Total Genus

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Chain Sequence

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