The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
216
|
structure length |
216
|
Chain Sequence |
LPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGVVPKHGLVVLVNAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYASELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVVVWLPERKILFGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLVVPSHSEVGDASLLKLTLEQAVKGLNE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the IMP-1 metallo beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa and its complex with a mercaptocarboxylate inhibitor: binding determinants of a potent, broad-spectrum inhibitor.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| molecule keywords |
IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
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| total genus |
64
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| structure length |
216
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| sequence length |
216
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.5.2.6: Beta-lactamase. |
| pdb deposition date | 1999-11-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4TZB A; 5HH6 A; 4YSB A; 1DDK A; 4RBS A; 4C1G A; 3RKK A; 3KL7 A; 4DIL A; 5EV6 A; 5LLD A; 1E5D A; 5LE1 A; 2GMN A; 4D1U A; 5LCA A; 2CBN A; 3IE2 A; 3I11 A; 4P62 A; 4C1H A; 1JJE A; 2YNW A; 2YZ3 A; 5LCF A; 4NQ2 A; 4RAM A; 3I13 A; 4JO0 A; 5FQA A; 3PY6 A; 5EV8 A; 2Y8A A; 3FAI A; 2FU8 A; 2BC2 A; 1WRA A; 5LS3 A; 1XM8 A; 2QDS A; 5K4K A; 5ACU A; 4EYL A; 3RKJ A; 2GCU A; 1XTO A; 5AHO A; 5ACW A; 4Z67 A; 4PVO A; 4WD6 A; 2OHJ A; 2YNV A; 4DIK A; 1YCH A; 4RAW A; 3SBL A; 5ACS A; 5LMC A; 4C1D A; 3I15 A; 5HIQ A; 2Q42 A; 3SPU A; 2P18 A; 5HIP A; 2Y8B A; 4ZO2 A; 3TP9 A; 2I7V A; 5ACQ A; 4D1W A; 3DHA A; 2NYP A; 2YNV B; 2NZE A; 3IOG A; 5A0T A; 2M5D A; 5K4N A; 4AD9 A; 1ZNB A; 2FU7 A; 4HL2 A; 3DHB A; 4D02 A; 3F9O A; 1BMC A; 3BC2 A; 2WYL A; 5FQB A; 3I14 A; 3ZNB A; 3IDZ A; 4LE6 A; 2ZNB A; 3IE1 A; 3ADR A; 1X8I A; 2WRS A; 3IOF A; 1JJT A; 5LCH A; 1WW1 A; 4EXY A; 3S0Z A; 3AJ3 A; 1BVT A; 5KIL A; 1X8G A; 2BR6 A; 4EY2 A; 1X8H A; 4F6Z A; 1KR3 A; 4C09 A; 2BG8 A; 2FHX A; 1P9E A; 4EXS A; 4V0H A; 3X2Z A; 4UWR B; 2VW8 A; 3PG4 A; 3SRX A; 2DKF A; 3A4Y A; 3LVZ A; 2HB9 A; 5IQK A; 1HLK A; 4RM5 A; 4TZ9 A; 3RPC A; 2BG8 B; 2P4Z A; 5FQC A; 3IEM A; 2BIB A; 4HL1 A; 1YCF A; 3SW3 A; 4D1T A; 3PY5 A; 1ZKP A; 5AXO A; 1L9Y A; 5A0V A; 4EYB A; 2QIN A; 5ACR A; 2BG7 A; 4AX1 B; 1VME A; 2P97 A; 4UA4 A; 4XWT A; 2GKL A; 4AWY B; 2M5C A; 3IEL A; 1ZTC A; 5EVK A; 2P1E A; 5ACX A; 5DPX A; 4PVT A; 4U4L A; 3KNR A; 5HH4 A; 1JT1 A; 4BZ3 A; 3WXC A; 2OHH A; 2FK6 A; 5KIK A; 2R2D A; 2QED A; 5EVB A; 3P2U A; 3R2U A; 4TZE A; 4CHL A; 3X2Y A; 4NQ4 A; 3X30 A; 4O98 A; 4FSB A; 4J5H A; 4KEQ A; 3DHC A; 4D1V A; 3G1P A; 2Q9U A; 1M2X A; 4TYT A; 3QH8 A; 4UWS B; 5AHR A; 4C1C A; 3I0V A; 1SML A; 1KO3 A; 2UYX A; 5ACP A; 5K0W A; 3JXP A; 3ZQ4 A; 3L6N A; 1WUP A; 4FR7 A; 2ZWR A; 3BK2 A; 2OHI A; 4EFZ A; 2I7T A; 4J5F A; 3AF6 A; 1KO2 A; 1WUO A; 2A7M A; 2Q0I A; 1MQO A; 4RL0 A; 2ZZI A; 1A7T A; 4ZEJ A; 4UAM A; 4ZNB A; 2AZ4 A; 4GYQ A; 2AIO A; 5AEB A; 5LSC A; 3VPE A; 2BGA A; 4BP0 A; 3KNS A; 4Z5Z A; 2BFL A; 2Y87 A; 4RL2 A; 3SFP A; 1YCG A; 2BTN A; 3ESH A; 4C1E A; 2BG2 A; 3ZR9 A; 4TYF A; 5AYA A; 3AF5 A; 3BK1 A; 3FCZ A; 3BV6 A; 3T3O A; 2FHX B; 4ZO3 A; 4UWP B; 4Z7R A; 4F6H A; 3H3E A; 3DH8 A; 5B1U A; 2FM6 A; 2BFZ A; 1DD6 A; 5EWA A; 2FU9 A; 2YNT A; 4FEK A; 4AX0 B; 2QDT A; 2E7Y A; 4TZF A; 4B87 A; 5EHT A; 5HIO A; 2YCB A; 5A87 A; 5A5Z A; 2ZO4 A; 1QH3 A; 2FU6 A; 4UWO B; 3X2X A; 4GYU A; 1Y44 A; 1VJN A; 4XUK A; 4C1F A; 4Z60 A; 2BFZ B; 4Z5Y A; 4HKY A; 2WYM C; 5B3R A; 2YNT B; 2WHG A; 2H6A A; 2QJS A; 2I7X A; 2NZF A; 3IEK A; 2WYM A; 1DXK A; 1A8T A; 5EW0 A; 4YSL A; 5B15 A; 4NQ5 A; 5AXR A; 4H0D A; 4EYF A; 4AWZ A; 5ACT A; 5K4M A; 5HIS A; 2XR1 A; 2DOO A; 2Q0J A; 2BFK A; 4XWW A; 1K07 A; 3Q6V A; 2GFK A; 1QH5 A; 4YSK A; 2BG6 A; 4KEP A; 4UBQ A; 2YNU A; 5EH9 A; 5EVD A; 5HH5 A; 4Z6X A; 2GFJ A; 3T9M A; 1BC2 A; 3ZWF A; 3T3N A; 4NQ6 A; 4GCW A; 2NXA A; 5ACV A; 3IE0 A; 5LM6 A; 2XF4 A; 3VQZ A; 2BMI A; 3SD9 A; 1VGN A; 3MD7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TZB A; 5HH6 A; 4YSB A; 1DDK A; 4RBS A; 4C1G A; 3RKK A; 3KL7 A; 4DIL A; 5EV6 A; 5LLD A; 1E5D A; 5LE1 A; 2GMN A; 4D1U A; 5LCA A; 2CBN A; 3IE2 A; 3I11 A; 4P62 A; 4C1H A; 1JJE A; 2YNW A; 2YZ3 A; 5LCF A; 4NQ2 A; 4RAM A; 3I13 A; 4JO0 A; 5FQA A; 3PY6 A; 5EV8 A; 2Y8A A; 3FAI A; 2FU8 A; 2BC2 A; 1WRA A; 5LS3 A; 1XM8 A; 2QDS A; 5K4K A; 5ACU A; 4EYL A; 3RKJ A; 2GCU A; 1XTO A; 5AHO A; 5ACW A; 4Z67 A; 4PVO A; 4WD6 A; 2OHJ A; 2YNV A; 4DIK A; 1YCH A; 2CG3 A; 4RAW A; 3SBL A; 5ACS A; 5LMC A; 4C1D A; 3I15 A; 5HIQ A; 2Q42 A; 3SPU A; 2P18 A; 5HIP A; 2Y8B A; 4ZO2 A; 3TP9 A; 2I7V A; 5ACQ A; 4D1W A; 3DHA A; 2NYP A; 2YNV B; 2NZE A; 3IOG A; 5A0T A; 2CFZ A; 4AXH A; 2M5D A; 5K4N A; 4AD9 A; 1ZNB A; 2FU7 A; 4HL2 A; 3DHB A; 4D02 A; 3F9O A; 1BMC A; 3BC2 A; 2WYL A; 5FQB A; 3I14 A; 3ZNB A; 3IDZ A; 4LE6 A; 2ZNB A; 3IE1 A; 3ADR A; 1X8I A; 2WRS A; 3IOF A; 1JJT A; 5LCH A; 1WW1 A; 4EXY A; 3S0Z A; 3AJ3 A; 1BVT A; 5KIL A; 1X8G A; 2BR6 A; 4EY2 A; 1X8H A; 4F6Z A; 1KR3 A; 4C09 A; 2BG8 A; 2FHX A; 1P9E A; 4EXS A; 4V0H A; 3X2Z A; 4UWR B; 2VW8 A; 3PG4 A; 3SRX A; 2DKF A; 3A4Y A; 3LVZ A; 2HB9 A; 5IQK A; 1HLK A; 4RM5 A; 4TZ9 A; 3RPC A; 2BG8 B; 2P4Z A; 5FQC A; 3IEM A; 2BIB A; 4HL1 A; 1YCF A; 3SW3 A; 4D1T A; 3PY5 A; 1ZKP A; 5AXO A; 1L9Y A; 5A0V A; 4EYB A; 2QIN A; 5ACR A; 2BG7 A; 4AX1 B; 1VME A; 2P97 A; 4UA4 A; 4XWT A; 2GKL A; 4AWY B; 2M5C A; 3IEL A; 1ZTC A; 5EVK A; 2P1E A; 5ACX A; 5DPX A; 4PVT A; 4U4L A; 3KNR A; 5HH4 A; 1JT1 A; 4BZ3 A; 3WXC A; 2OHH A; 2FK6 A; 5KIK A; 2R2D A; 2QED A; 5EVB A; 3P2U A; 3R2U A; 4TZE A; 4CHL A; 3X2Y A; 4NQ4 A; 3X30 A; 4O98 A; 4FSB A; 5AIJ A; 4J5H A; 4KEQ A; 3DHC A; 4D1V A; 3G1P A; 2Q9U A; 1M2X A; 4TYT A; 3QH8 A; 4UWS B; 5AHR A; 4C1C A; 3I0V A; 1SML A; 1KO3 A; 2UYX A; 2YHE A; 5AJL A; 5ACP A; 5K0W A; 3JXP A; 3ZQ4 A; 3L6N A; 1WUP A; 4FR7 A; 2ZWR A; 3BK2 A; 2OHI A; 4EFZ A; 2I7T A; 4J5F A; 3AF6 A; 1KO2 A; 1WUO A; 2A7M A; 2Q0I A; 1MQO A; 4RL0 A; 2ZZI A; 1A7T A; 4NUR A; 4ZEJ A; 4UAM A; 4ZNB A; 2AZ4 A; 4GYQ A; 2AIO A; 5AEB A; 5LSC A; 3VPE A; 2BGA A; 4BP0 A; 3KNS A; 4Z5Z A; 2BFL A; 2Y87 A; 4RL2 A; 3SFP A; 1YCG A; 2BTN A; 3ESH A; 4C1E A; 2BG2 A; 3ZR9 A; 4TYF A; 5AYA A; 3AF5 A; 3BK1 A; 3FCZ A; 3BV6 A; 3T3O A; 2FHX B; 4ZO3 A; 4UWP B; 4Z7R A; 4F6H A; 3H3E A; 3DH8 A; 5B1U A; 2FM6 A; 2BFZ A; 2CG2 A; 1DD6 A; 5EWA A; 2CFU A; 2FU9 A; 2YNT A; 4FEK A; 4AX0 B; 2QDT A; 2E7Y A; 4TZF A; 4B87 A; 5EHT A; 5HIO A; 2YCB A; 5A87 A; 5A5Z A; 2ZO4 A; 1QH3 A; 2FU6 A; 4UWO B; 5A23 A; 3X2X A; 4GYU A; 1Y44 A; 1VJN A; 4XUK A; 4C1F A; 4Z60 A; 2BFZ B; 4Z5Y A; 4HKY A; 2WYM C; 5B3R A; 2YNT B; 2WHG A; 2H6A A; 2QJS A; 2I7X A; 2NZF A; 3IEK A; 2WYM A; 1DXK A; 1A8T A; 5EW0 A; 4YSL A; 5B15 A; 4NQ5 A; 5AXR A; 4H0D A; 4EYF A; 4AWZ A; 5ACT A; 5K4M A; 5HIS A; 2XR1 A; 2DOO A; 2Q0J A; 2BFK A; 4XWW A; 1K07 A; 3Q6V A; 2GFK A; 1QH5 A; 4YSK A; 4PDX A; 2BG6 A; 4KEP A; 4UBQ A; 2YNU A; 5EH9 A; 5EVD A; 5HH5 A; 4Z6X A; 2GFJ A; 3T9M A; 1BC2 A; 3ZWF A; 3T3N A; 4NQ6 A; 4GCW A; 2NXA A; 5ACV A; 3IE0 A; 5LM6 A; 2XF4 A; 3VQZ A; 2BMI A; 3SD9 A; 1VGN A; 3MD7 A; 4AV7 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4TZB A; 5HH6 A; 4YSB A; 1DDK A; 4RBS A; 4C1G A; 3RKK A; 3KL7 A; 4DIL A; 5EV6 A; 5LLD A; 1E5D A; 5LE1 A; 2GMN A; 4D1U A; 5LCA A; 2CBN A; 3IE2 A; 3I11 A; 4P62 A; 4C1H A; 1JJE A; 2YNW A; 2YZ3 A; 5LCF A; 4NQ2 A; 4RAM A; 3I13 A; 4JO0 A; 5FQA A; 3PY6 A; 5EV8 A; 2Y8A A; 3FAI A; 2FU8 A; 2BC2 A; 1WRA A; 5LS3 A; 1XM8 A; 2QDS A; 5K4K A; 5ACU A; 4EYL A; 3RKJ A; 2GCU A; 1XTO A; 5AHO A; 5ACW A; 4Z67 A; 4PVO A; 4WD6 A; 2OHJ A; 2YNV A; 4DIK A; 1YCH A; 4RAW A; 3SBL A; 5ACS A; 5LMC A; 4C1D A; 3I15 A; 5HIQ A; 2Q42 A; 3SPU A; 2P18 A; 5HIP A; 2Y8B A; 4ZO2 A; 3TP9 A; 2I7V A; 5ACQ A; 4D1W A; 3DHA A; 2NYP A; 2YNV B; 2NZE A; 3IOG A; 5A0T A; 2M5D A; 5K4N A; 4AD9 A; 1ZNB A; 2FU7 A; 4HL2 A; 3DHB A; 4D02 A; 3F9O A; 1BMC A; 3BC2 A; 2WYL A; 5FQB A; 3I14 A; 3ZNB A; 3IDZ A; 4LE6 A; 2ZNB A; 3IE1 A; 3ADR A; 1X8I A; 2WRS A; 3IOF A; 1JJT A; 5LCH A; 1WW1 A; 4EXY A; 3S0Z A; 3AJ3 A; 1BVT A; 5KIL A; 1X8G A; 2BR6 A; 4EY2 A; 1X8H A; 4F6Z A; 1KR3 A; 4C09 A; 2BG8 A; 2FHX A; 1P9E A; 4EXS A; 4V0H A; 3X2Z A; 4UWR B; 2VW8 A; 3PG4 A; 3SRX A; 2DKF A; 3A4Y A; 3LVZ A; 2HB9 A; 5IQK A; 1HLK A; 4RM5 A; 4TZ9 A; 3RPC A; 2BG8 B; 2P4Z A; 5FQC A; 3IEM A; 2BIB A; 4HL1 A; 1YCF A; 3SW3 A; 4D1T A; 3PY5 A; 1ZKP A; 5AXO A; 1L9Y A; 5A0V A; 4EYB A; 2QIN A; 5ACR A; 2BG7 A; 4AX1 B; 1VME A; 2P97 A; 4UA4 A; 4XWT A; 2GKL A; 4AWY B; 2M5C A; 3IEL A; 1ZTC A; 5EVK A; 2P1E A; 5ACX A; 5DPX A; 4PVT A; 4U4L A; 3KNR A; 5HH4 A; 1JT1 A; 4BZ3 A; 3WXC A; 2OHH A; 2FK6 A; 5KIK A; 2R2D A; 2QED A; 5EVB A; 3P2U A; 3R2U A; 4TZE A; 4CHL A; 3X2Y A; 4NQ4 A; 3X30 A; 4O98 A; 4FSB A; 4J5H A; 4KEQ A; 3DHC A; 4D1V A; 3G1P A; 2Q9U A; 1M2X A; 4TYT A; 3QH8 A; 4UWS B; 5AHR A; 4C1C A; 3I0V A; 1SML A; 1KO3 A; 2UYX A; 5ACP A; 5K0W A; 3JXP A; 3ZQ4 A; 3L6N A; 1WUP A; 4FR7 A; 2ZWR A; 3BK2 A; 2OHI A; 4EFZ A; 2I7T A; 4J5F A; 3AF6 A; 1KO2 A; 1WUO A; 2A7M A; 2Q0I A; 1MQO A; 4RL0 A; 2ZZI A; 1A7T A; 4ZEJ A; 4UAM A; 4ZNB A; 2AZ4 A; 4GYQ A; 2AIO A; 5AEB A; 5LSC A; 3VPE A; 2BGA A; 4BP0 A; 3KNS A; 4Z5Z A; 2BFL A; 2Y87 A; 4RL2 A; 3SFP A; 1YCG A; 2BTN A; 3ESH A; 4C1E A; 2BG2 A; 3ZR9 A; 4TYF A; 5AYA A; 3AF5 A; 3BK1 A; 3FCZ A; 3BV6 A; 3T3O A; 2FHX B; 4ZO3 A; 4UWP B; 4Z7R A; 4F6H A; 3H3E A; 3DH8 A; 5B1U A; 2FM6 A; 2BFZ A; 1DD6 A; 5EWA A; 2FU9 A; 2YNT A; 4FEK A; 4AX0 B; 2QDT A; 2E7Y A; 4TZF A; 4B87 A; 5EHT A; 5HIO A; 2YCB A; 5A87 A; 5A5Z A; 2ZO4 A; 1QH3 A; 2FU6 A; 4UWO B; 3X2X A; 4GYU A; 1Y44 A; 1VJN A; 4XUK A; 4C1F A; 4Z60 A; 2BFZ B; 4Z5Y A; 4HKY A; 2WYM C; 5B3R A; 2YNT B; 2WHG A; 2H6A A; 2QJS A; 2I7X A; 2NZF A; 3IEK A; 2WYM A; 1DXK A; 1A8T A; 5EW0 A; 4YSL A; 5B15 A; 4NQ5 A; 5AXR A; 4H0D A; 4EYF A; 4AWZ A; 5ACT A; 5K4M A; 5HIS A; 2XR1 A; 2DOO A; 2Q0J A; 2BFK A; 4XWW A; 1K07 A; 3Q6V A; 2GFK A; 1QH5 A; 4YSK A; 2BG6 A; 4KEP A; 4UBQ A; 2YNU A; 5EH9 A; 5EVD A; 5HH5 A; 4Z6X A; 2GFJ A; 3T9M A; 1BC2 A; 3ZWF A; 3T3N A; 4NQ6 A; 4GCW A; 2NXA A; 5ACV A; 3IE0 A; 5LM6 A; 2XF4 A; 3VQZ A; 2BMI A; 3SD9 A; 1VGN A; 3MD7 A;
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