The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
142
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sequence length |
540
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structure length |
540
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Chain Sequence |
QESSGNKIHFINVQEGGSDAIILESNGHFAMVDTGEDYDFPDGSDSRYPWREGIETSYKHVLTDRVFRRLKELSVQKLDFILVTHTHSDHIGNVDELLSTYPVDRVYLKKYSDSRITNSERLWDNLYGYDKVLQTATETGVSVIQNITQGDAHFQFGDMDIQLYNYENETDSSGELKKIWDDNSNSLISVVKVNGKKIYLGGDLDNVHGAEDKYGPLIGKVDLMKFNHHHDTNKSNTKDFIKNLSPSLIVQTSDSLPWKNGVDSEYVNWLKERGIERINAASKDYDATVFDIRKDGFVNISTSYKPIPSFQAGWHKSAYGNWWYQAPDSTGEYAVGWNEIEGEWYYFNQTGILLQNQWKKWNNHWFYLTDSGASAKNWKKIDGIWYYFNKENQMEIGWVQDKEQWYYLDVDGSMKTGWLQYMGQWYYFAPSGEMKMGWVKDKETWYYMDSTGVMKTGEIEVAGQHYYLEDSGAMKQGWHKKANDWYFYKTDGSRAVGWIKDKDKWYFLKENGQLLVNGKTPEGYTVDSSGAWLVDVSIEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insights Into Pneumococcal Pathogenesis from Crystal Structure of the Modular Teichoic Acid Phosphorylcholine Esterase Pce
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TEICHOIC ACID PHOSPHORYLCHOLINE ESTERASE/ CHOLINE BINDING PR
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Streptococcus pneumoniae
|
| total genus |
142
|
| structure length |
540
|
| sequence length |
540
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00753 | Lactamase_B | Metallo-beta-lactamase superfamily |
| A | PF01473 | CW_binding_1 | Putative cell wall binding repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4O98 A; 4RL2 A; 2WHG A; 4XWT A; 4UWR B; 2GKL A; 3AF6 A; 3T9M A; 2DOO A; 1ZTC A; 3I11 A; 2BR6 A; 4C09 A; 3IOF A; 4C1H A; 2Q0J A; 4B87 A; 3I14 A; 4TZE A; 5HH5 A; 5IQK A; 1BVT A; 2GFK A; 5HH6 A; 1Y44 A; 2NYP A; 2R2D A; 5AXO A; 4KEP A; 4XUK A; 4HL2 A; 2M5C A; 2BC2 A; 4Z6X A; 5ACS A; 3RKJ A; 1XTO A; 3IOG A; 5FQC A; 1JT1 A; 5K0W A; 3Q6V A; 3LVZ A; 3X2X A; 2YNW A; 4UAM A; 2Y8B A; 1QH3 A; 4AX0 B; 4ZO2 A; 3AJ3 A; 3IE1 A; 4EXY A; 4Z7R A; 2WYM A; 2FU7 A; 4RM5 A; 2DKF A; 1WUO A; 4TZB A; 2CBN A; 4YSB A; 4EYL A; 2FM6 A; 5FQA A; 4Z5Z A; 2BFK A; 2YNV A; 4UBQ A; 3T3O A; 2GMN A; 4DIL A; 2BFZ B; 3X2Z A; 2BG6 A; 4DIK A; 4BZ3 A; 5K4N A; 4NQ6 A; 1KR3 A; 1BC2 A; 4C1F A; 4V0H A; 5EVD A; 5K4K A; 2FHX B; 5EWA A; 3DHA A; 5A0V A; 2Y8A A; 1DDK A; 3WXC A; 4JO0 A; 3F9O A; 5LS3 A; 3KL7 A; 1A7T A; 3SD9 A; 1DXK A; 3R2U A; 5A0T A; 4ZNB A; 1KO2 A; 3ZWF A; 4TYT A; 3DH8 A; 4CHL A; 3RKK A; 2P97 A; 2YNT B; 5HH4 A; 2P4Z A; 2ZO4 A; 1A8T A; 2GFJ A; 2Y87 A; 3IE2 A; 2FK6 A; 4TYF A; 3BK2 A; 5ACV A; 1WUP A; 3VQZ A; 4UA4 A; 1WW1 A; 4TZF A; 5B1U A; 1X8H A; 3ZQ4 A; 2WRS A; 5HIP A; 5HIO A; 4RAW A; 1X8G A; 1VME A; 3SRX A; 3X30 A; 4D1T A; 1JJE A; 2OHI A; 1SML A; 4J5F A; 5EW0 A; 3BV6 A; 4EXS A; 4AWY B; 2H6A A; 5B15 A; 3RPC A; 1E5D A; 1MQO A; 4NQ2 A; 4YSK A; 3BK1 A; 4C1G A; 4RBS A; 4PVO A; 4RL0 A; 3MD7 A; 4P62 A; 3IDZ A; 2ZWR A; 2YZ3 A; 2YNU A; 5EVB A; 3SBL A; 3PY6 A; 2WYL A; 2M5D A; 1JJT A; 2ZZI A; 2Q42 A; 5LLD A; 4GCW A; 5A87 A; 3IE0 A; 5AHR A; 4F6H A; 5ACQ A; 2P1E A; 5EV6 A; 5EV8 A; 2OHJ A; 4LE6 A; 3T3N A; 5LE1 A; 5ACW A; 1HLK A; 1X8I A; 5EH9 A; 4C1E A; 5K4M A; 1P9E A; 4C1D A; 3S0Z A; 4EY2 A; 2NZF A; 5LCF A; 4D02 A; 3ADR A; 3IEL A; 4TZ9 A; 2BFZ A; 2BTN A; 3AF5 A; 3FAI A; 4YSL A; 4NQ4 A; 3I13 A; 5HIQ A; 4RAM A; 3IEK A; 3KNS A; 2FHX A; 4Z60 A; 4HL1 A; 2ZNB A; 2YCB A; 2BG8 B; 5ACR A; 1ZKP A; 4F6Z A; 5DPX A; 4ZEJ A; 3PY5 A; 2QIN A; 1DD6 A; 1VGN A; 2OHH A; 1ZNB A; 4GYU A; 1M2X A; 4AX1 B; 3KNR A; 3PG4 A; 3DHB A; 2QDT A; 2YNT A; 1WRA A; 3ZR9 A; 5LCH A; 2NZE A; 1VJN A; 4GYQ A; 5ACU A; 2NXA A; 3L6N A; 2GCU A; 5B3R A; 1YCF A; 3ESH A; 5LM6 A; 2E7Y A; 2QDS A; 5AYA A; 4Z67 A; 2A7M A; 5ACX A; 5FQB A; 2BMI A; 3X2Y A; 5KIK A; 5AXR A; 3JXP A; 2FU8 A; 1BMC A; 3TP9 A; 4FEK A; 5LSC A; 2Q0I A; 4HKY A; 2BFL A; 2XF4 A; 4UWS B; 5A5Z A; 1L9Y A; 4D1W A; 2XR1 A; 2UYX A; 3VPE A; 4D1V A; 5ACT A; 4EYF A; 2WYM C; 3SPU A; 4UWO B; 5EHT A; 5AHO A; 2BG2 A; 3I15 A; 4H0D A; 4ZO3 A; 3H3E A; 2FU9 A; 3IEM A; 5HIS A; 5ACP A; 4AD9 A; 4C1C A; 3QH8 A; 5EVK A; 2BG7 A; 2Q9U A; 3I0V A; 2YNV B; 4AWZ A; 2AIO A; 4Z5Y A; 4UWP B; 4FR7 A; 1QH5 A; 2QJS A; 4KEQ A; 4WD6 A; 1K07 A; 2QED A; 1KO3 A; 1YCH A; 3BC2 A; 1XM8 A; 1YCG A; 4PVT A; 2HB9 A; 4NQ5 A; 2I7T A; 4EYB A; 3ZNB A; 4J5H A; 2AZ4 A; 4EFZ A; 2BIB A; 5LCA A; 2BGA A; 3A4Y A; 5LMC A; 2VW8 A; 2P18 A; 4XWW A; 2FU6 A; 5AEB A; 3P2U A; 2BG8 A; 4FSB A; 5KIL A; 2I7V A; 3G1P A; 3DHC A; 3SW3 A; 4D1U A; 3SFP A; 4U4L A; 3FCZ A; 4BP0 A; 2I7X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O98 A; 4RL2 A; 2WHG A; 4XWT A; 4UWR B; 2GKL A; 3AF6 A; 3T9M A; 2DOO A; 1ZTC A; 3I11 A; 2BR6 A; 4C09 A; 2CG3 A; 3IOF A; 4C1H A; 2Q0J A; 4AXH A; 4B87 A; 3I14 A; 4TZE A; 2CG2 A; 5HH5 A; 5IQK A; 1BVT A; 2GFK A; 5HH6 A; 1Y44 A; 2NYP A; 2R2D A; 5AXO A; 4KEP A; 4XUK A; 4HL2 A; 2M5C A; 2BC2 A; 4Z6X A; 5ACS A; 3RKJ A; 1XTO A; 3IOG A; 5FQC A; 1JT1 A; 5K0W A; 3Q6V A; 3LVZ A; 3X2X A; 2YNW A; 4UAM A; 2Y8B A; 1QH3 A; 4AX0 B; 4ZO2 A; 3AJ3 A; 3IE1 A; 4EXY A; 4Z7R A; 2WYM A; 2FU7 A; 4RM5 A; 2DKF A; 1WUO A; 4TZB A; 2CBN A; 4YSB A; 4EYL A; 2FM6 A; 5FQA A; 4Z5Z A; 2BFK A; 2YNV A; 4UBQ A; 3T3O A; 2GMN A; 4DIL A; 2BFZ B; 3X2Z A; 2BG6 A; 4DIK A; 4BZ3 A; 5K4N A; 4NQ6 A; 1KR3 A; 1BC2 A; 4C1F A; 4V0H A; 5EVD A; 5K4K A; 2FHX B; 5EWA A; 3DHA A; 5A0V A; 2Y8A A; 1DDK A; 3WXC A; 4JO0 A; 3F9O A; 5LS3 A; 3KL7 A; 1A7T A; 3SD9 A; 1DXK A; 3R2U A; 5A0T A; 4ZNB A; 1KO2 A; 3ZWF A; 4TYT A; 3DH8 A; 4CHL A; 3RKK A; 2P97 A; 2YNT B; 5HH4 A; 2P4Z A; 2ZO4 A; 1A8T A; 2GFJ A; 4NUR A; 2Y87 A; 3IE2 A; 2FK6 A; 4TYF A; 3BK2 A; 5ACV A; 1WUP A; 3VQZ A; 4UA4 A; 2CFZ A; 1WW1 A; 4TZF A; 5B1U A; 1X8H A; 3ZQ4 A; 2WRS A; 5HIP A; 5HIO A; 4RAW A; 1X8G A; 1VME A; 3SRX A; 3X30 A; 4D1T A; 1JJE A; 2OHI A; 5AIJ A; 1SML A; 4J5F A; 5EW0 A; 3BV6 A; 4EXS A; 4AWY B; 2H6A A; 5B15 A; 3RPC A; 1E5D A; 1MQO A; 4NQ2 A; 4YSK A; 3BK1 A; 4C1G A; 4RBS A; 4PVO A; 4RL0 A; 3MD7 A; 4P62 A; 3IDZ A; 2ZWR A; 2YZ3 A; 2YNU A; 5EVB A; 3SBL A; 3PY6 A; 2WYL A; 2M5D A; 1JJT A; 2ZZI A; 2Q42 A; 5LLD A; 4GCW A; 5A87 A; 3IE0 A; 5AHR A; 4F6H A; 5ACQ A; 2P1E A; 5EV6 A; 5EV8 A; 2OHJ A; 4LE6 A; 3T3N A; 5LE1 A; 5ACW A; 1HLK A; 1X8I A; 5EH9 A; 4C1E A; 5K4M A; 1P9E A; 4C1D A; 3S0Z A; 4EY2 A; 2NZF A; 5LCF A; 4D02 A; 3ADR A; 2CFU A; 3IEL A; 4TZ9 A; 2BFZ A; 2BTN A; 3AF5 A; 3FAI A; 4YSL A; 4NQ4 A; 3I13 A; 5HIQ A; 4RAM A; 3IEK A; 3KNS A; 2FHX A; 4Z60 A; 4HL1 A; 2ZNB A; 2YCB A; 2BG8 B; 5A23 A; 5ACR A; 1ZKP A; 4F6Z A; 5DPX A; 4ZEJ A; 3PY5 A; 2QIN A; 1DD6 A; 1VGN A; 2OHH A; 1ZNB A; 4GYU A; 1M2X A; 4AX1 B; 3KNR A; 3PG4 A; 3DHB A; 2QDT A; 2YNT A; 1WRA A; 3ZR9 A; 5LCH A; 2NZE A; 1VJN A; 4GYQ A; 5ACU A; 2NXA A; 3L6N A; 2GCU A; 5B3R A; 1YCF A; 3ESH A; 5LM6 A; 2E7Y A; 2QDS A; 5AYA A; 4Z67 A; 2A7M A; 4AV7 A; 5ACX A; 5FQB A; 2BMI A; 3X2Y A; 5KIK A; 5AXR A; 3JXP A; 2FU8 A; 1BMC A; 3TP9 A; 4FEK A; 5LSC A; 2Q0I A; 4HKY A; 2BFL A; 2XF4 A; 4UWS B; 5A5Z A; 1L9Y A; 4D1W A; 2XR1 A; 2UYX A; 3VPE A; 4D1V A; 5ACT A; 4EYF A; 5AJL A; 2WYM C; 3SPU A; 4UWO B; 5EHT A; 5AHO A; 2BG2 A; 3I15 A; 4H0D A; 4ZO3 A; 3H3E A; 2FU9 A; 3IEM A; 5HIS A; 5ACP A; 4AD9 A; 4C1C A; 5EVK A; 3QH8 A; 2BG7 A; 2Q9U A; 3I0V A; 2YNV B; 4AWZ A; 2AIO A; 4Z5Y A; 4UWP B; 4FR7 A; 1QH5 A; 2QJS A; 4KEQ A; 4WD6 A; 1K07 A; 2QED A; 1KO3 A; 1YCH A; 3BC2 A; 4PDX A; 1XM8 A; 1YCG A; 4PVT A; 2HB9 A; 4NQ5 A; 2I7T A; 4EYB A; 3ZNB A; 4J5H A; 2AZ4 A; 4EFZ A; 2BIB A; 5LCA A; 2BGA A; 3A4Y A; 5LMC A; 2VW8 A; 2P18 A; 4XWW A; 2FU6 A; 5AEB A; 2YHE A; 3P2U A; 2BG8 A; 4FSB A; 5KIL A; 2I7V A; 3G1P A; 3DHC A; 3SW3 A; 4D1U A; 3SFP A; 4U4L A; 3FCZ A; 4BP0 A; 2I7X A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4O98 A; 4RL2 A; 2WHG A; 4XWT A; 4UWR B; 2GKL A; 3AF6 A; 3T9M A; 2DOO A; 1ZTC A; 3I11 A; 2BR6 A; 4C09 A; 3IOF A; 4C1H A; 2Q0J A; 4B87 A; 3I14 A; 4TZE A; 5HH5 A; 5IQK A; 1BVT A; 2GFK A; 5HH6 A; 1Y44 A; 2NYP A; 2R2D A; 5AXO A; 4KEP A; 4XUK A; 4HL2 A; 2M5C A; 2BC2 A; 4Z6X A; 5ACS A; 3RKJ A; 1XTO A; 3IOG A; 5FQC A; 1JT1 A; 5K0W A; 3Q6V A; 3LVZ A; 3X2X A; 2YNW A; 4UAM A; 2Y8B A; 1QH3 A; 4AX0 B; 4ZO2 A; 3AJ3 A; 3IE1 A; 4EXY A; 4Z7R A; 2WYM A; 2FU7 A; 4RM5 A; 2DKF A; 1WUO A; 4TZB A; 2CBN A; 4YSB A; 4EYL A; 2FM6 A; 5FQA A; 4Z5Z A; 2BFK A; 2YNV A; 4UBQ A; 3T3O A; 2GMN A; 4DIL A; 2BFZ B; 3X2Z A; 2BG6 A; 4DIK A; 4BZ3 A; 5K4N A; 4NQ6 A; 1KR3 A; 1BC2 A; 4C1F A; 4V0H A; 5EVD A; 5K4K A; 2FHX B; 5EWA A; 3DHA A; 5A0V A; 2Y8A A; 1DDK A; 3WXC A; 4JO0 A; 3F9O A; 5LS3 A; 3KL7 A; 1A7T A; 3SD9 A; 1DXK A; 3R2U A; 5A0T A; 4ZNB A; 1KO2 A; 3ZWF A; 4TYT A; 3DH8 A; 4CHL A; 3RKK A; 2P97 A; 2YNT B; 5HH4 A; 2P4Z A; 2ZO4 A; 1A8T A; 2GFJ A; 2Y87 A; 3IE2 A; 2FK6 A; 4TYF A; 3BK2 A; 5ACV A; 1WUP A; 3VQZ A; 4UA4 A; 1WW1 A; 4TZF A; 5B1U A; 1X8H A; 3ZQ4 A; 2WRS A; 5HIP A; 5HIO A; 4RAW A; 1X8G A; 1VME A; 3SRX A; 3X30 A; 4D1T A; 1JJE A; 2OHI A; 1SML A; 4J5F A; 5EW0 A; 3BV6 A; 4EXS A; 4AWY B; 2H6A A; 5B15 A; 3RPC A; 1E5D A; 1MQO A; 4NQ2 A; 4YSK A; 3BK1 A; 4C1G A; 4RBS A; 4PVO A; 4RL0 A; 3MD7 A; 4P62 A; 3IDZ A; 2ZWR A; 2YZ3 A; 2YNU A; 5EVB A; 3SBL A; 3PY6 A; 2WYL A; 2M5D A; 1JJT A; 2ZZI A; 2Q42 A; 5LLD A; 4GCW A; 5A87 A; 3IE0 A; 5AHR A; 4F6H A; 5ACQ A; 2P1E A; 5EV6 A; 5EV8 A; 2OHJ A; 4LE6 A; 3T3N A; 5LE1 A; 5ACW A; 1HLK A; 1X8I A; 5EH9 A; 4C1E A; 5K4M A; 1P9E A; 4C1D A; 3S0Z A; 4EY2 A; 2NZF A; 5LCF A; 4D02 A; 3ADR A; 3IEL A; 4TZ9 A; 2BFZ A; 2BTN A; 3AF5 A; 3FAI A; 4YSL A; 4NQ4 A; 3I13 A; 5HIQ A; 4RAM A; 3IEK A; 3KNS A; 2FHX A; 4Z60 A; 4HL1 A; 2ZNB A; 2YCB A; 2BG8 B; 5ACR A; 1ZKP A; 4F6Z A; 5DPX A; 4ZEJ A; 3PY5 A; 2QIN A; 1DD6 A; 1VGN A; 2OHH A; 1ZNB A; 4GYU A; 1M2X A; 4AX1 B; 3KNR A; 3PG4 A; 3DHB A; 2QDT A; 2YNT A; 1WRA A; 3ZR9 A; 5LCH A; 2NZE A; 1VJN A; 4GYQ A; 5ACU A; 2NXA A; 3L6N A; 2GCU A; 5B3R A; 1YCF A; 3ESH A; 5LM6 A; 2E7Y A; 2QDS A; 5AYA A; 4Z67 A; 2A7M A; 5ACX A; 5FQB A; 2BMI A; 3X2Y A; 5KIK A; 5AXR A; 3JXP A; 2FU8 A; 1BMC A; 3TP9 A; 4FEK A; 5LSC A; 2Q0I A; 4HKY A; 2BFL A; 2XF4 A; 4UWS B; 5A5Z A; 1L9Y A; 4D1W A; 2XR1 A; 2UYX A; 3VPE A; 4D1V A; 5ACT A; 4EYF A; 2WYM C; 3SPU A; 4UWO B; 5EHT A; 5AHO A; 2BG2 A; 3I15 A; 4H0D A; 4ZO3 A; 3H3E A; 2FU9 A; 3IEM A; 5HIS A; 5ACP A; 4AD9 A; 4C1C A; 3QH8 A; 5EVK A; 2BG7 A; 2Q9U A; 3I0V A; 2YNV B; 4AWZ A; 2AIO A; 4Z5Y A; 4UWP B; 4FR7 A; 1QH5 A; 2QJS A; 4KEQ A; 4WD6 A; 1K07 A; 2QED A; 1KO3 A; 1YCH A; 3BC2 A; 1XM8 A; 1YCG A; 4PVT A; 2HB9 A; 4NQ5 A; 2I7T A; 4EYB A; 3ZNB A; 4J5H A; 2AZ4 A; 4EFZ A; 2BIB A; 5LCA A; 2BGA A; 3A4Y A; 5LMC A; 2VW8 A; 2P18 A; 4XWW A; 2FU6 A; 5AEB A; 3P2U A; 2BG8 A; 4FSB A; 5KIL A; 2I7V A; 3G1P A; 3DHC A; 3SW3 A; 4D1U A; 3SFP A; 4U4L A; 3FCZ A; 4BP0 A; 2I7X A;
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