The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
229
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structure length |
229
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Chain Sequence |
GDQRFGDLVFRQLAPNVWQHTSYLDMPGFGAVASNGLIVRDGGRVLVVDTAWTDDQTAQILNWIKQEINLPVALAVVTHAHQDKMGGMGALHAAGIATYANALSNQLAPQEGLVAAQHSLTFAANGWVEPATAPNFGPLKVFYPGPGHTSDNITVGIDGTDIAFGGCLIKDSKAKSLGNLGDADTEHYAASARAFGAAFPKASMIVMSHSAPDSRAAITHTARMADKLR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
NDM-8 metallo-beta-lactamase
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| publication title |
structure of metallo-beta lactamase
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
76
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| structure length |
229
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| sequence length |
229
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-07-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00753 | Lactamase_B | Metallo-beta-lactamase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HLK A; 2P18 A; 4ZEJ A; 2BTN A; 4RM5 A; 3LVZ A; 4EXS A; 5EW0 A; 3X2Y A; 5ACX A; 4TYT A; 2I7X A; 4NQ4 A; 5LCF A; 2YNT A; 3T9M A; 2WYM C; 2ZWR A; 2FU6 A; 3SRX A; 4Z6X A; 1VJN A; 4EYL A; 1DD6 A; 3I11 A; 3G1P A; 4NQ2 A; 4AX1 B; 2NZF A; 2BG6 A; 5LCH A; 1X8I A; 3QH8 A; 3S0Z A; 2Q0I A; 3Q6V A; 3IEK A; 1KR3 A; 4UA4 A; 2P1E A; 2ZO4 A; 4EYF A; 3IDZ A; 5A0V A; 5B1U A; 4TZ9 A; 2BG2 A; 3KL7 A; 5KIK A; 3I13 A; 4GYU A; 5LSC A; 3SBL A; 2QDS A; 4D02 A; 4Z5Z A; 2XF4 A; 4D1W A; 2FM6 A; 3SPU A; 2NYP A; 1YCH A; 4UWS B; 4ZO2 A; 4Z67 A; 3DHB A; 2ZZI A; 1K07 A; 2ZNB A; 5ACQ A; 4F6Z A; 3SFP A; 3ZQ4 A; 4RL0 A; 4C1G A; 3AF6 A; 4NQ5 A; 5K4M A; 2FU9 A; 3RKJ A; 4O98 A; 3BV6 A; 2YNW A; 4TZF A; 1XTO A; 4XWT A; 2BG8 A; 2HB9 A; 3X2X A; 4YSL A; 4TYF A; 1KO3 A; 2YNV B; 5EHT A; 4BZ3 A; 5AXR A; 2DOO A; 2UYX A; 2FHX B; 1QH5 A; 3VQZ A; 2M5D A; 3L6N A; 5EV8 A; 4C1F A; 3T3N A; 4F6H A; 5HIO A; 2Y8B A; 5ACV A; 3BC2 A; 5A5Z A; 4DIL A; 1SML A; 2AIO A; 3WXC A; 2WYM A; 4RBS A; 2A7M A; 5LLD A; 2H6A A; 2GFK A; 4BP0 A; 2P97 A; 2FU7 A; 1DXK A; 3KNS A; 1DDK A; 3BK2 A; 5FQC A; 2GCU A; 3DH8 A; 4P62 A; 1JJE A; 1Y44 A; 4Z5Y A; 2E7Y A; 2QED A; 4AWZ A; 2BIB A; 4PVO A; 1JJT A; 4FEK A; 5LE1 A; 5DPX A; 5ACT A; 4JO0 A; 5AHO A; 4HL2 A; 2R2D A; 5EVK A; 5ACR A; 2BFK A; 2DKF A; 4H0D A; 5A0T A; 2M5C A; 1BVT A; 2AZ4 A; 1VGN A; 1YCF A; 4PVT A; 1BMC A; 3FCZ A; 4UWO B; 2QIN A; 3I0V A; 3IE1 A; 4ZO3 A; 3SW3 A; 1WUP A; 5HH6 A; 1L9Y A; 4UWP B; 4UWR B; 5EWA A; 4XUK A; 1WRA A; 1E5D A; 1ZTC A; 3X2Z A; 4UAM A; 1KO2 A; 3I15 A; 3RKK A; 5LCA A; 3PY5 A; 4YSB A; 2CBN A; 3VPE A; 4AD9 A; 3ZNB A; 4CHL A; 1JT1 A; 4EFZ A; 1X8G A; 4KEP A; 3F9O A; 5A87 A; 2YCB A; 2I7V A; 4YSK A; 2GFJ A; 3BK1 A; 2Q42 A; 3TP9 A; 4TZB A; 5LMC A; 3IEM A; 3IOG A; 5AYA A; 4LE6 A; 3FAI A; 1BC2 A; 2FU8 A; 5EV6 A; 2BFZ B; 2Q0J A; 5EH9 A; 3P2U A; 4DIK A; 3T3O A; 2I7T A; 4GYQ A; 2BGA A; 4FSB A; 5AXO A; 2XR1 A; 4RAM A; 5B15 A; 4EY2 A; 1VME A; 2OHJ A; 4RAW A; 3DHA A; 2YNU A; 1YCG A; 2QDT A; 3IOF A; 5ACS A; 5HIP A; 4C09 A; 5LM6 A; 2YNV A; 4J5H A; 2P4Z A; 3X30 A; 4J5F A; 5LS3 A; 2FHX A; 2YNT B; 4C1E A; 4C1D A; 2Y8A A; 5HIS A; 2BC2 A; 5FQB A; 1WW1 A; 4RL2 A; 2NXA A; 2NZE A; 3KNR A; 5HH5 A; 4D1V A; 3JXP A; 3ESH A; 4UBQ A; 1QH3 A; 1XM8 A; 4Z7R A; 5K0W A; 1M2X A; 2GMN A; 3SD9 A; 5ACW A; 4B87 A; 4FR7 A; 1ZKP A; 1ZNB A; 2OHH A; 2OHI A; 2BG7 A; 3I14 A; 4Z60 A; 5K4K A; 1X8H A; 2QJS A; 1MQO A; 2Q9U A; 1A8T A; 5HH4 A; 4AWY B; 4D1T A; 5AEB A; 2WHG A; 3ADR A; 4U4L A; 3H3E A; 3RPC A; 2BMI A; 3AF5 A; 3MD7 A; 4TZE A; 5B3R A; 4AX0 B; 4KEQ A; 3IEL A; 5KIL A; 2BG8 B; 3ZR9 A; 3PY6 A; 3A4Y A; 5FQA A; 4XWW A; 5EVB A; 3DHC A; 2FK6 A; 4NQ6 A; 2BR6 A; 4C1C A; 5IQK A; 2WRS A; 2BFL A; 3IE0 A; 3PG4 A; 5K4N A; 3IE2 A; 4HL1 A; 4EYB A; 4GCW A; 2GKL A; 4V0H A; 5ACU A; 4WD6 A; 2VW8 A; 1P9E A; 2Y87 A; 5ACP A; 4EXY A; 5AHR A; 1A7T A; 2WYL A; 1WUO A; 4ZNB A; 5EVD A; 4C1H A; 3AJ3 A; 3R2U A; 5HIQ A; 4D1U A; 3ZWF A; 2BFZ A; 4HKY A; 2YZ3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HLK A; 2P18 A; 4ZEJ A; 2BTN A; 4RM5 A; 3LVZ A; 4EXS A; 5EW0 A; 3X2Y A; 5ACX A; 4TYT A; 2I7X A; 4NQ4 A; 5LCF A; 2YNT A; 3T9M A; 2WYM C; 2ZWR A; 2FU6 A; 3SRX A; 4Z6X A; 1VJN A; 4EYL A; 1DD6 A; 3I11 A; 3G1P A; 4NQ2 A; 4AX1 B; 2NZF A; 2BG6 A; 5LCH A; 1X8I A; 3QH8 A; 3S0Z A; 2Q0I A; 3Q6V A; 3IEK A; 1KR3 A; 4UA4 A; 2P1E A; 2ZO4 A; 4EYF A; 3IDZ A; 4AXH A; 5B1U A; 5A0V A; 4TZ9 A; 2BG2 A; 3KL7 A; 5KIK A; 3I13 A; 4GYU A; 5LSC A; 3SBL A; 2QDS A; 4D02 A; 4Z5Z A; 2XF4 A; 4D1W A; 2FM6 A; 3SPU A; 2NYP A; 1YCH A; 4UWS B; 4ZO2 A; 4Z67 A; 3DHB A; 2ZZI A; 1K07 A; 2ZNB A; 5ACQ A; 4F6Z A; 3SFP A; 2CFZ A; 3ZQ4 A; 4RL0 A; 4C1G A; 3AF6 A; 4NQ5 A; 5K4M A; 2FU9 A; 3RKJ A; 4O98 A; 3BV6 A; 2YNW A; 4TZF A; 1XTO A; 4XWT A; 2BG8 A; 2HB9 A; 3X2X A; 4YSL A; 4TYF A; 1KO3 A; 2YNV B; 5EHT A; 4BZ3 A; 5AXR A; 2DOO A; 2UYX A; 2FHX B; 1QH5 A; 3VQZ A; 2M5D A; 3L6N A; 5EV8 A; 4C1F A; 3T3N A; 4F6H A; 5HIO A; 2Y8B A; 5ACV A; 3BC2 A; 5A5Z A; 4DIL A; 1SML A; 2AIO A; 3WXC A; 2WYM A; 4RBS A; 2A7M A; 5LLD A; 2H6A A; 2GFK A; 4BP0 A; 2P97 A; 2FU7 A; 1DXK A; 3KNS A; 1DDK A; 3BK2 A; 5FQC A; 2GCU A; 3DH8 A; 4P62 A; 1JJE A; 1Y44 A; 4Z5Y A; 2E7Y A; 2QED A; 4AWZ A; 2BIB A; 4PVO A; 1JJT A; 4NUR A; 2CG2 A; 4FEK A; 5LE1 A; 5DPX A; 5ACT A; 4JO0 A; 5AHO A; 4HL2 A; 2R2D A; 5EVK A; 5ACR A; 2BFK A; 2DKF A; 4H0D A; 5A0T A; 2M5C A; 1BVT A; 2AZ4 A; 1VGN A; 1YCF A; 4PVT A; 1BMC A; 3FCZ A; 4UWO B; 2QIN A; 3I0V A; 3IE1 A; 4ZO3 A; 3SW3 A; 1WUP A; 5HH6 A; 1L9Y A; 4UWP B; 4UWR B; 4AV7 A; 5EWA A; 4XUK A; 1WRA A; 1E5D A; 2CFU A; 1ZTC A; 3X2Z A; 4UAM A; 1KO2 A; 3I15 A; 3RKK A; 5LCA A; 3PY5 A; 4YSB A; 2CBN A; 3VPE A; 4AD9 A; 3ZNB A; 4CHL A; 2YHE A; 1JT1 A; 4EFZ A; 1X8G A; 4KEP A; 3F9O A; 5A87 A; 2YCB A; 2I7V A; 4YSK A; 2GFJ A; 3BK1 A; 2Q42 A; 3TP9 A; 4TZB A; 5LMC A; 3IEM A; 3IOG A; 5AYA A; 4LE6 A; 3FAI A; 1BC2 A; 2FU8 A; 5EV6 A; 2BFZ B; 2Q0J A; 5EH9 A; 3P2U A; 4DIK A; 3T3O A; 2I7T A; 4GYQ A; 2BGA A; 4FSB A; 5AXO A; 2XR1 A; 4RAM A; 5B15 A; 4EY2 A; 4PDX A; 1VME A; 2OHJ A; 4RAW A; 3DHA A; 5A23 A; 2YNU A; 1YCG A; 2QDT A; 3IOF A; 5ACS A; 5HIP A; 4C09 A; 5LM6 A; 2YNV A; 4J5H A; 2P4Z A; 3X30 A; 4J5F A; 5LS3 A; 2FHX A; 2YNT B; 4C1E A; 4C1D A; 2Y8A A; 5AIJ A; 5HIS A; 2BC2 A; 5FQB A; 1WW1 A; 4RL2 A; 2NXA A; 2NZE A; 3KNR A; 5HH5 A; 4D1V A; 3JXP A; 3ESH A; 4UBQ A; 1QH3 A; 1XM8 A; 4Z7R A; 5K0W A; 1M2X A; 2GMN A; 3SD9 A; 5ACW A; 4B87 A; 4FR7 A; 1ZKP A; 1ZNB A; 2OHH A; 2OHI A; 2BG7 A; 3I14 A; 4Z60 A; 5K4K A; 1X8H A; 2QJS A; 1MQO A; 2Q9U A; 1A8T A; 5HH4 A; 4AWY B; 4D1T A; 5AEB A; 2WHG A; 3ADR A; 5AJL A; 4U4L A; 3H3E A; 2CG3 A; 3RPC A; 2BMI A; 3AF5 A; 3MD7 A; 4TZE A; 5B3R A; 4AX0 B; 4KEQ A; 3IEL A; 5KIL A; 2BG8 B; 3ZR9 A; 3PY6 A; 3A4Y A; 5FQA A; 4XWW A; 5EVB A; 3DHC A; 2FK6 A; 4NQ6 A; 2BR6 A; 4C1C A; 5IQK A; 2WRS A; 2BFL A; 3IE0 A; 3PG4 A; 5K4N A; 3IE2 A; 4HL1 A; 4EYB A; 4GCW A; 2GKL A; 4V0H A; 5ACU A; 4WD6 A; 2VW8 A; 1P9E A; 2Y87 A; 5ACP A; 4EXY A; 5AHR A; 1A7T A; 2WYL A; 1WUO A; 4ZNB A; 5EVD A; 4C1H A; 3AJ3 A; 3R2U A; 5HIQ A; 4D1U A; 3ZWF A; 2BFZ A; 4HKY A; 2YZ3 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1HLK A; 2P18 A; 4ZEJ A; 2BTN A; 4RM5 A; 3LVZ A; 4EXS A; 5EW0 A; 3X2Y A; 5ACX A; 4TYT A; 2I7X A; 4NQ4 A; 5LCF A; 2YNT A; 3T9M A; 2WYM C; 2ZWR A; 2FU6 A; 3SRX A; 4Z6X A; 1VJN A; 4EYL A; 1DD6 A; 3I11 A; 3G1P A; 4NQ2 A; 4AX1 B; 2NZF A; 2BG6 A; 5LCH A; 1X8I A; 3QH8 A; 3S0Z A; 2Q0I A; 3Q6V A; 3IEK A; 1KR3 A; 4UA4 A; 2P1E A; 2ZO4 A; 4EYF A; 3IDZ A; 5A0V A; 5B1U A; 4TZ9 A; 2BG2 A; 3KL7 A; 5KIK A; 3I13 A; 4GYU A; 5LSC A; 3SBL A; 2QDS A; 4D02 A; 4Z5Z A; 2XF4 A; 4D1W A; 2FM6 A; 3SPU A; 2NYP A; 1YCH A; 4UWS B; 4ZO2 A; 4Z67 A; 3DHB A; 2ZZI A; 1K07 A; 2ZNB A; 5ACQ A; 4F6Z A; 3SFP A; 3ZQ4 A; 4RL0 A; 4C1G A; 3AF6 A; 4NQ5 A; 5K4M A; 2FU9 A; 3RKJ A; 4O98 A; 3BV6 A; 2YNW A; 4TZF A; 1XTO A; 4XWT A; 2BG8 A; 2HB9 A; 3X2X A; 4YSL A; 4TYF A; 1KO3 A; 2YNV B; 5EHT A; 4BZ3 A; 5AXR A; 2DOO A; 2UYX A; 2FHX B; 1QH5 A; 3VQZ A; 2M5D A; 3L6N A; 5EV8 A; 4C1F A; 3T3N A; 4F6H A; 5HIO A; 2Y8B A; 5ACV A; 3BC2 A; 5A5Z A; 4DIL A; 1SML A; 2AIO A; 3WXC A; 2WYM A; 4RBS A; 2A7M A; 5LLD A; 2H6A A; 2GFK A; 4BP0 A; 2P97 A; 2FU7 A; 1DXK A; 3KNS A; 1DDK A; 3BK2 A; 5FQC A; 2GCU A; 3DH8 A; 4P62 A; 1JJE A; 1Y44 A; 4Z5Y A; 2E7Y A; 2QED A; 4AWZ A; 2BIB A; 4PVO A; 1JJT A; 4FEK A; 5LE1 A; 5DPX A; 5ACT A; 4JO0 A; 5AHO A; 4HL2 A; 2R2D A; 5EVK A; 5ACR A; 2BFK A; 2DKF A; 4H0D A; 5A0T A; 2M5C A; 1BVT A; 2AZ4 A; 1VGN A; 1YCF A; 4PVT A; 1BMC A; 3FCZ A; 4UWO B; 2QIN A; 3I0V A; 3IE1 A; 4ZO3 A; 3SW3 A; 1WUP A; 5HH6 A; 1L9Y A; 4UWP B; 4UWR B; 5EWA A; 4XUK A; 1WRA A; 1E5D A; 1ZTC A; 3X2Z A; 4UAM A; 1KO2 A; 3I15 A; 3RKK A; 5LCA A; 3PY5 A; 4YSB A; 2CBN A; 3VPE A; 4AD9 A; 3ZNB A; 4CHL A; 1JT1 A; 4EFZ A; 1X8G A; 4KEP A; 3F9O A; 5A87 A; 2YCB A; 2I7V A; 4YSK A; 2GFJ A; 3BK1 A; 2Q42 A; 3TP9 A; 4TZB A; 5LMC A; 3IEM A; 3IOG A; 5AYA A; 4LE6 A; 3FAI A; 1BC2 A; 2FU8 A; 5EV6 A; 2BFZ B; 2Q0J A; 5EH9 A; 3P2U A; 4DIK A; 3T3O A; 2I7T A; 4GYQ A; 2BGA A; 4FSB A; 5AXO A; 2XR1 A; 4RAM A; 5B15 A; 4EY2 A; 1VME A; 2OHJ A; 4RAW A; 3DHA A; 2YNU A; 1YCG A; 2QDT A; 3IOF A; 5ACS A; 5HIP A; 4C09 A; 5LM6 A; 2YNV A; 4J5H A; 2P4Z A; 3X30 A; 4J5F A; 5LS3 A; 2FHX A; 2YNT B; 4C1E A; 4C1D A; 2Y8A A; 5HIS A; 2BC2 A; 5FQB A; 1WW1 A; 4RL2 A; 2NXA A; 2NZE A; 3KNR A; 5HH5 A; 4D1V A; 3JXP A; 3ESH A; 4UBQ A; 1QH3 A; 1XM8 A; 4Z7R A; 5K0W A; 1M2X A; 2GMN A; 3SD9 A; 5ACW A; 4B87 A; 4FR7 A; 1ZKP A; 1ZNB A; 2OHH A; 2OHI A; 2BG7 A; 3I14 A; 4Z60 A; 5K4K A; 1X8H A; 2QJS A; 1MQO A; 2Q9U A; 1A8T A; 5HH4 A; 4AWY B; 4D1T A; 5AEB A; 2WHG A; 3ADR A; 4U4L A; 3H3E A; 3RPC A; 2BMI A; 3AF5 A; 3MD7 A; 4TZE A; 5B3R A; 4AX0 B; 4KEQ A; 3IEL A; 5KIL A; 2BG8 B; 3ZR9 A; 3PY6 A; 3A4Y A; 5FQA A; 4XWW A; 5EVB A; 3DHC A; 2FK6 A; 4NQ6 A; 2BR6 A; 4C1C A; 5IQK A; 2WRS A; 2BFL A; 3IE0 A; 3PG4 A; 5K4N A; 3IE2 A; 4HL1 A; 4EYB A; 4GCW A; 2GKL A; 4V0H A; 5ACU A; 4WD6 A; 2VW8 A; 1P9E A; 2Y87 A; 5ACP A; 4EXY A; 5AHR A; 1A7T A; 2WYL A; 1WUO A; 4ZNB A; 5EVD A; 4C1H A; 3AJ3 A; 3R2U A; 5HIQ A; 4D1U A; 3ZWF A; 2BFZ A; 4HKY A; 2YZ3 A;
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