The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
209
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sequence length |
635
|
structure length |
622
|
Chain Sequence |
KEEAKAATQYTQQVNQNYAKSLPFSDRQDFDDAQRGFIAPLLDEGILRDANGKVYYRADDYKFDINAAAPETVNPSLWRQSQINGISGLFKVTDKMYQVRGQDISNITFVEGEKGIIVIDPLVTPPAAKAALDLYFQHRPQKPIVAVIYTHSHTDHYGGVKGIISEADVKSGKVQVIAPAGFMDEAISENVLAGNIMSRRALYSYGLLLPHNAQGNVGNGLGVTLATGDPSIIAPTKTIVRTGEKMIIDGLEFDFLMTPAEMHFYIPALKALCTAENATHTLHNFYTLRGAKTRDTSKWTEYLNETLDMWGNDAEVLFMPHTWPVWGNKHINDYIGKYRDTIKYIHDQTLHLANQGYTMNEIGDMIKLPPALANNWASRGYYGSVSHNARAVYNFYLGYYDGNPANLHPYGQVEMGKRYVQALGGSARVINLAQEANKQGDYRWSAELLKQVIAANPGDQVAKNLQANNFEQLGYQAESATWRGFYLTGAKELREGVHKFDTIRGMSVEMLFDFMAVRLDSAKAAGKNISLNFNMSNGDNLNLTLNDSVLNYRKTLQPQADASFYISREDLHAVLTGQAKMADLVKAKKAKIIGNGAKLEEIIACLDNFDLWVNIVTPNLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Escherchia coli uncharacterized protein YjcS
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Putative alkyl/aryl-sulfatase YjcS
|
| total genus |
209
|
| structure length |
622
|
| sequence length |
635
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.1.6.-: |
| pdb deposition date | 2014-04-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00753 | Lactamase_B | Metallo-beta-lactamase superfamily |
| A | PF14863 | Alkyl_sulf_dimr | Alkyl sulfatase dimerisation |
| A | PF14864 | Alkyl_sulf_C | Alkyl sulfatase C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A | SCP2 sterol-binding domain | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Metallo-beta-lactamase; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2I00 A; 2YHE A; 1IKT A; 1QND A; 2NBN A; 2OZG A; 3R1K A; 2CG2 A; 4AXH A; 4MY3 A; 4JGX A; 4UEI A; 5EC4 A; 5A23 A; 5IV0 A; 3UY5 A; 1C44 A; 1WFR A; 2CX7 A; 5AJL A; 2CG3 A; 2C0L B; 4PDX A; 2KSH A; 3BKR A; 2NBM A; 2HV2 A; 4JD6 A; 3N7Z A; 3SXN A; 2KSI A; 2CFZ A; 2CFU A; 3BN8 A; 4MY0 A; 4AV7 A; 3BKS A; 4NUR A; 3BDQ A; 1PZ4 A; 5AIJ A; 4QB9 A; 3RYO A; 5EBV A; 2QZT A; 3CNU A; 3SXO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JPL A; 3ONL A; 4Y6C A; 4OVU A; 2OEV A; 3DEO A; 5EIL A; 2I7X A; 1QYM A; 2XZD G; 3Q7A A; 5T4Y A; 5BNW A; 4UQZ A; 4JW1 A; 3T3O A; 3R9M A; 5FJY A; 2X6F A; 4I2W A; 2Q0J A; 4V0H A; 2VSN A; 4WNE A; 5EVD A; 2J49 A; 2BG8 A; 4UWK A; 4Z68 A; 4KYO B; 4F53 A; 5EIB E; 1KO3 A; 2EIL E; 4K03 A; 4OVV A; 1TNZ A; 4TYT A; 4TUM A; 4NQ5 A; 3PNL B; 3IKO B; 3C3Q A; 4GZC A; 2P9L G; 2L0I A; 3SI5 A; 4U07 A; 3UQ3 A; 4RM5 A; 3FHE A; 2WRS A; 4D02 A; 1ZKP A; 4HOR A; 4KEP A; 2AZ4 A; 2HE0 A; 1FPP A; 3FUL A; 3HIZ A; 1UOH A; 4P62 A; 2NSG A; 3LEW A; 5AIJ A; 3HXD A; 5AHO A; 3FAI A; 3CST A; 1WUP A; 4LUN U; 3CHS A; 1KPS B; 3EHR A; 5HIO A; 2LNI A; 2WXG A; 4FLH A; 4J8Y A; 2YNT B; 3Q4A B; 4AIF A; 2WXI A; 3RRN B; 3BV6 A; 4HQD A; 3SSO A; 3G1P A; 5ACX A; 2WQ7 A; 3ABK E; 3TWX A; 4GTQ A; 3HXE A; 5CRU A; 3BDQ A; 3SFZ A; 3JXJ A; 1YA0 A; 5CEC B; 2VSY A; 1W3B A; 5AYW D; 3CVX A; 4BP0 A; 1N9A A; 3I13 A; 4BER A; 1X8I A; 3J5Q B; 4N39 A; 1ZB1 A; 4I1O B; 3RKV A; 4ILH B; 1OWM A; 4EFZ A; 3LYA A; 4U04 A; 1X81 A; 4BT8 A; 2X6I A; 3LVZ A; 4TRQ A; 5AHR A; 5D66 A; 1H0A A; 5HRY A; 2EIJ E; 2BG6 A; 3ZXS A; 3RJV A; 4UWF A; 4BSX A; 1DC2 A; 2LSU A; 4LRZ A; 5BXU A; 4Z6X A; 2UWJ G; 3DWL G; 4PS3 A; 4JD2 G; 5HIQ A; 3AG1 E; 2FM6 A; 1ELR A; 1V54 E; 2LAH A; 3B7B A; 3FUJ A; 1E96 B; 4MLP A; 4NAC A; 1QND A; 4AXH A; 3MV3 B; 4BT9 A; 3P2U A; 4GYQ A; 1OY3 D; 3UT8 A; 3LY9 A; 5EX3 A; 4KT6 B; 1BI7 B; 2XPZ A; 3PRZ A; 3ASF A; 3TL5 A; 3T8K A; 4I6J A; 1JT1 A; 3CV0 A; 3CVQ A; 2ZIS A; 4AVX A; 1BD8 A; 3PRE A; 3CHP A; 4C0E A; 5LCA A; 3FP3 A; 4N3C A; 3FUN A; 4GCN A; 4ILI A; 3DEP A; 2YNV B; 5G2N A; 4MKT A; 4EY2 A; 1TNB A; 1L9Y A; 4EXY A; 3TWT A; 3BG1 B; 2I7T A; 3NOG D; 3R2U A; 4YDE A; 5BUZ A; 4ZHB A; 3ZHE A; 3JUI A; 2GRN B; 1JCQ A; 4ACK A; 3FFL A; 2OCC E; 3IEL A; 4FLB A; 1X8H A; 3APD A; 5LSC A; 4AWZ A; 3B7U X; 4U0S A; 2BG2 A; 3U4T A; 1MZC A; 3IE0 A; 3FTS A; 3ABM E; 3PE4 A; 4J8E A; 1E8X A; 4K0R A; 1OCO E; 3C3R A; 5FQ8 A; 2BTD A; 4AY6 A; 5AXR A; 3EJN A; 1VME A; 1UJJ A; 5CCL A; 4D1T A; 3AF6 A; 3RKK A; 3JQ1 A; 3RPC A; 3LPZ A; 3HRA A; 4YDO A; 2LUH A; 3QDN A; 2GRP B; 4ZEJ A; 3SXO A; 2CHZ A; 4CGW A; 5D2M C; 2H6A A; 4NQ4 A; 3LJN A; 3ZUV B; 1TNU A; 1N11 A; 5DBK A; 1MQS A; 4F7A A; 1WFR A; 2GRO B; 2Y4T A; 1KO2 A; 5C2Y A; 1EDU A; 3TWU A; 2XS1 A; 2RFA A; 3T9M A; 3DSW A; 3ZIM A; 2WM9 A; 1YCG A; 3B7T A; 3SHF A; 2YZ3 A; 3VLF A; 3HG0 D; 4EZL A; 2P9P G; 3N71 A; 2QYU A; 2FHX A; 4U96 D; 4UEI A; 3ZXP A; 2VTB B; 1JJE A; 2C2L A; 4GZ6 A; 3I4G A; 3APF A; 1SVX A; 4WUY A; 1DD6 A; 3GZ2 A; 4FR7 A; 2PNN A; 3EUV A; 1A7T A; 1S64 A; 3JXI A; 1FT1 A; 1EYH A; 3X30 A; 4QQI A; 5BV1 A; 3Q5M A; 4J8D A; 5JMN D; 5EN5 D; 2J4D A; 3RO3 A; 3WXX A; 3SGH A; 1TEZ A; 3L22 A; 1IHB A; 2NC9 A; 2BG8 B; 2Q0I A; 5EV8 A; 1JUQ A; 2VGX A; 4ZY7 A; 2IU1 A; 2VGE A; 3LS8 A; 4BZ3 A; 4GYU A; 1HS6 A; 3IHV A; 3MKQ A; 4IN3 B; 1Z3X A; 1OWL A; 4AWY B; 2FUL A; 2XF4 A; 3AU4 A; 3UUX A; 4HVB A; 1IXV A; 2KCV A; 5ANL A; 4GTT A; 4B8A A; 4NSS A; 5K4M A; 3BEE A; 3T8M A; 2GW1 A; 2BC2 A; 4BX9 A; 2L6B A; 1TN7 A; 3IOF A; 1VGN A; 3QB2 A; 2AVP A; 4UQX A; 4O1P A; 4OYS A; 2KC7 A; 2NSZ A; 4WND A; 2QY7 A; 3MD7 A; 2F8Y A; 3HXC A; 2E7Y A; 1E7V A; 2I1K A; 2IJG X; 3CVY A; 1HFA A; 2VGX B; 3H3E A; 1M2X A; 3Q9U C; 3P2B A; 2GRL A; 3K9I A; 4F6R D; 3ZNG A; 4HOQ A; 1PY1 A; 5KJK A; 4EYF A; 1K3Z D; 4GB9 A; 1Q2Z A; 3EIJ A; 3D9H A; 2BFZ A; 3TAX A; 2KXP C; 4UI9 J; 5EYL A; 4C1E A; 4O1O A; 3UKU G; 1D8E A; 1TN8 A; 4DI3 A; 3DHB A; 4PVO A; 2XCB A; 3D9N A; 3G2V A; 4LG6 A; 4AY5 A; 5ACW A; 1XM8 A; 4KVM A; 2EIM E; 4UA4 A; 4G25 A; 4B93 B; 2ZGD A; 3ADR A; 4AEZ C; 4C1H A; 4CYM D; 4ANU A; 5JJ7 A; 4DIK A; 2KM4 A; 3KSL A; 4KZ0 A; 3NAW A; 2C0L B; 1WAO 1; 3QNK A; 5EX0 A; 3ZKJ A; 3ZRH A; 5CER B; 4XIF A; 2L9B A; 4RAM A; 1SZ9 A; 3I11 A; 2WXM A; 4GCO A; 3ZPJ A; 5FWQ A; 3LCA A; 4ZFH A; 2P9U G; 4HOU A; 2DZN A; 2Q42 A; 3Q6V A; 3NZU A; 4MY3 A; 1ZBP A; 4BX8 A; 3OXG A; 3ASH A; 5B1A E; 4CT0 A; 3LDZ A; 5D0Q D; 2QDS A; 2IO3 C; 4RBS A; 3IE2 A; 4DPR A; 4TZ9 A; 4Q69 A; 4C1G A; 3QC1 A; 5E76 A; 3PDN A; 2WXR A; 1BC2 A; 1QBQ A; 3PZ2 A; 2RKK A; 3KAE A; 4A55 A; 4XE0 A; 3HHM A; 4JXT A; 2QJS A; 1Y44 A; 2ZXW E; 3W9F A; 5HQ8 A; 3C98 A; 2WXL A; 3X2X A; 3R7R A; 5EDS A; 1O5M A; 3SNX A; 4R7L A; 2YCB A; 1H2V C; 1HX8 A; 4EHM A; 3DHC A; 5EYP F; 1WRA A; 5ACT A; 3FH8 A; 4U0U A; 3CK7 A; 2A5E A; 2I2O A; 3HYM B; 4HLL A; 1OCC E; 1HG5 A; 3TWS A; 5BPP A; 3DSU A; 2C0L A; 4GMR A; 2KSH A; 1HZ4 A; 4HL2 A; 5LFA A; 4PUC A; 2XRY A; 5EH9 A; 3FH7 A; 2IO2 C; 4TZE A; 4WAF A; 4U95 D; 4U0Z A; 3PG4 A; 3UI2 A; 4HI8 A; 1HLK A; 2X6H A; 4CZ2 D; 4QB9 A; 4FP7 A; 5AQ9 A; 2YNT A; 1A8T A; 2MYO A; 3ESK A; 5A5Z A; 2GCU A; 3G2W A; 3SZ7 A; 5IQK A; 3PUJ A; 3GYZ A; 3CEQ A; 2PQR A; 4O6F A; 1XNF A; 3L08 A; 4DX2 A; 1N52 A; 2JEK A; 3AAA C; 5BW8 C; 3DSV A; 3GZ1 A; 5ARG A; 3UM3 A; 4ABN A; 1P5Q A; 4RG6 A; 4RSY A; 2LXL A; 3SSM A; 4J7W A; 5EC4 A; 2XR1 A; 1N0R A; 5AN8 A; 4CHL A; 5CHE E; 3CLJ A; 1IKN D; 5T3R A; 4B87 A; 4JD6 A; 3UM1 A; 2BMI A; 3FTV A; 4DIL A; 1N4Q A; 2VTB A; 1N4P A; 4FU3 A; 4TXR A; 5CEA A; 2ZWR A; 2WHG A; 2OOE A; 4N2S A; 5IV0 A; 3MA5 A; 4GZD A; 1LTX A; 1N94 A; 3BQO A; 5K0W A; 3FUF A; 1NL4 A; 1UN8 A; 3FU6 A; 2LAI A; 3JXP A; 3DPY A; 4GA1 A; 3AG2 E; 2FF4 A; 5LS3 A; 4G8L A; 5HIS A; 1JCR A; 1MX6 A; 1MYO A; 4H0D A; 4GU5 A; 1NZN A; 4XI9 A; 1OWN A; 3TJP A; 2FI7 A; 3AG3 E; 4UWG A; 5EVB A; 2KCL A; 5K4K A; 3PZD A; 2YQ8 A; 4HNA D; 4K5A B; 4GCW A; 4RL0 A; 3RRU A; 1A17 A; 2YHC A; 1UJK A; 5KJM A; 3Q7F A; 2IOL A; 4CT4 A; 2DYS E; 2P18 A; 1WDY A; 1BMC A; 3SFP A; 3FWV A; 4G23 A; 4B0Z A; 4EYL A; 4GTO A; 3S2A A; 4DK5 A; 1TN6 A; 3HVE B; 1RW2 A; 3ZNB A; 4JVS A; 2WVI A; 4AP2 A; 2R5S A; 2M5C A; 1DCQ A; 3FU5 A; 5ENS D; 2AIO A; 2GMN A; 5E75 A; 2WQH A; 4WWN A; 4GTV A; 4NRH B; 3RAU A; 3EIQ C; 3URZ A; 5KBA A; 1G3N B; 5EV6 A; 1IKT A; 3I5P A; 4EZK A; 4GZ3 A; 3JQ0 A; 5C1D A; 4GA0 A; 1KT0 A; 4N3A A; 2R2D A; 3U3W A; 2LSV A; 1JJT A; 4QFV A; 1LD7 A; 2CHW A; 4WNG A; 4ZO2 A; 3UT7 A; 2NBM A; 2OHH A; 3TG5 A; 4V3I A; 4JHJ A; 1O1S A; 2YNU A; 1FCH A; 2FO7 A; 1ELW A; 3DST A; 4GTM A; 2NXA A; 2XS8 A; 2BGA A; 2J08 A; 3X2Q E; 4LCT A; 4F1S A; 1N95 A; 1KLX A; 5BV0 A; 3SBT B; 3I14 A; 3BG0 B; 4KVO A; 1H2T C; 2VGY A; 4I1A A; 4I9C A; 3FCZ A; 3OXF A; 3HXB A; 3VPE A; 3SXN A; 3UMV A; 2AXV A; 2H6G A; 3BKS A; 5B15 A; 3L6A A; 2QIN A; 3LVR E; 4NQ6 A; 3RIB A; 4WD6 A; 3MJW A; 5G04 C; 4FSB A; 3FTX A; 1BLX B; 5FZS A; 3JYS A; 3D9P A; 1JWG A; 4XEI G; 2WMN A; 3AS4 A; 4XX5 A; 2BKG A; 5ITZ F; 5A87 A; 3PUK A; 5ANR A; 3IEG A; 4E85 A; 4FA6 A; 2YNQ A; 4TXQ A; 3ZR9 A; 3S7J A; 4XZ4 A; 3CQC B; 2Y69 E; 5FIN A; 3AS8 A; 4F6Z A; 1S70 B; 2IFU A; 3IEM A; 3D9O A; 4JC8 A; 5ENO D; 5AQ7 A; 1YCH A; 5HH6 A; 1HE8 A; 3HXF A; 3E37 A; 2ETA A; 2WXK A; 3MKR A; 4A3T A; 5ENR D; 3EHQ A; 3SBS A; 4UWP B; 2CX7 A; 4BEP A; 4N5C A; 3ZN3 A; 2XRZ A; 2P97 A; 2RG8 A; 3ESH A; 4LER A; 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