The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
|
Knots found |
|
sequence length |
275
|
structure length |
275
|
Chain Sequence |
HGSVEVQVLIENVVFARNFVAEHGLSLLLKKGNKEIVVDTGQSENFIKNCGLMGIDVGRIKKVVLTHGHYDHIGGLKGLLERNPEVKIYTHKEILNKKYAMRKGGQFEEIGFDLSFYEKYKNNFVLIDKDAEIEEGFYVITNTDITYDNEFTTKNFFVEKEGKRIPDKFLDEVFVVVKEEDGINVVTGCSHAGILNILETARNRFGVSYIKSLIGGFHLRGMEEEKVKDIARKIEEYGVKKVLTGHCTGIDEYGFLKSVLKDKISYLTTSSSIVV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Tflp: A ferredoxin-like metallo-beta-lactamase superfamily protein from Thermoanaerobacter tengcongensis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Metal-dependent hydrolases of the beta-lactamase superfamily
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermoanaerobacter tengcongensis
|
| total genus |
90
|
| structure length |
275
|
| sequence length |
275
|
| chains with identical sequence |
B
|
| other databases |
 KnotProt 2.0: K
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00753 | Lactamase_B | Metallo-beta-lactamase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4D1U A; 4C1H A; 4C1E A; 4TZE A; 5EVD A; 5IQK A; 1QH5 A; 2WYL A; 3ZWF A; 3L6N A; 2BG2 A; 3BV6 A; 3DHC A; 3I11 A; 2Q42 A; 4AWY B; 2QDS A; 3KNR A; 3SRX A; 2ZWR A; 4GCW A; 5EH9 A; 2FU6 A; 3ESH A; 2P18 A; 5LCH A; 5HIO A; 2P97 A; 4WD6 A; 3RKJ A; 3SFP A; 5ACP A; 4EFZ A; 4TYF A; 4D1T A; 4UBQ A; 2ZO4 A; 2FHX B; 1MQO A; 1ZTC A; 2I7V A; 5LCA A; 2AIO A; 5K4N A; 5ACT A; 1YCH A; 1JJT A; 4EYF A; 3SD9 A; 5FQC A; 1DXK A; 3QH8 A; 4Z5Y A; 3PY6 A; 1KO2 A; 4UA4 A; 2BIB A; 1ZKP A; 3S0Z A; 3KNS A; 4Z7R A; 5ACS A; 2M5C A; 4TZ9 A; 4C1D A; 4Z60 A; 4EXS A; 2YNT B; 1WW1 A; 3AF5 A; 3F9O A; 1XTO A; 4UWR B; 3RKK A; 5AXO A; 1KR3 A; 2BFL A; 1WRA A; 2GCU A; 3IDZ A; 2CBN A; 1QH3 A; 4EXY A; 2WYM C; 2OHH A; 2Y8B A; 3ADR A; 4HL1 A; 5B1U A; 4UWP B; 3KL7 A; 3ZR9 A; 3SW3 A; 3ZNB A; 4PVT A; 4AX0 B; 5A87 A; 4TZB A; 5A0V A; 4RAM A; 3P2U A; 2OHI A; 5HIS A; 2Q9U A; 4FR7 A; 2BG7 A; 1VJN A; 3AF6 A; 3IOG A; 1WUO A; 4B87 A; 2QED A; 5EV6 A; 2I7T A; 3IEM A; 4NQ2 A; 1X8G A; 2FHX A; 2DOO A; 4RAW A; 4YSB A; 2Q0I A; 4NQ4 A; 5HH5 A; 4D1V A; 2XF4 A; 3I15 A; 2YNV B; 4PVO A; 5K0W A; 2XR1 A; 3IEL A; 5ACQ A; 3MD7 A; 5EV8 A; 4Z67 A; 1YCF A; 2Q0J A; 4C1G A; 2ZZI A; 4BP0 A; 5LSC A; 2FU9 A; 2QDT A; 2GFJ A; 2YNT A; 2DKF A; 2P1E A; 1K07 A; 3T9M A; 1Y44 A; 5AHR A; 2H6A A; 4P62 A; 4RL0 A; 5AXR A; 3VPE A; 3X30 A; 3DHB A; 2GMN A; 1BC2 A; 1X8H A; 3IE0 A; 3JXP A; 4AWZ A; 3X2Y A; 4D1W A; 3T3N A; 3PY5 A; 4YSK A; 5LMC A; 2M5D A; 5ACU A; 3SBL A; 4UWO B; 4NQ5 A; 2BG8 A; 4XWW A; 2Y87 A; 3A4Y A; 4RL2 A; 5EVB A; 1JT1 A; 3G1P A; 4HL2 A; 3IE1 A; 1BVT A; 5LM6 A; 4UAM A; 5AHO A; 3I0V A; 2BG6 A; 2BFK A; 2NZF A; 5B15 A; 3T3O A; 4C1C A; 2YNV A; 2YNW A; 1VME A; 3FCZ A; 4Z5Z A; 4LE6 A; 5FQA A; 4TZF A; 2BG8 B; 5AEB A; 2HB9 A; 1M2X A; 4F6H A; 5A5Z A; 3Q6V A; 4H0D A; 3DHA A; 3X2X A; 3I13 A; 2WRS A; 4FSB A; 2FM6 A; 4C1F A; 3FAI A; 5AYA A; 4EYB A; 1DD6 A; 3BC2 A; 3SPU A; 2R2D A; 5ACV A; 5A0T A; 4YSL A; 1XM8 A; 1P9E A; 4RBS A; 4O98 A; 5HIQ A; 3DH8 A; 4ZEJ A; 4KEQ A; 1ZNB A; 5ACW A; 2WYM A; 1JJE A; 3R2U A; 4DIK A; 2Y8A A; 5LCF A; 1SML A; 1YCG A; 5K4M A; 4HKY A; 2E7Y A; 5EWA A; 5KIK A; 4ZO3 A; 5K4K A; 2I7X A; 2BFZ A; 2NZE A; 5LS3 A; 2NYP A; 4AX1 B; 1L9Y A; 2BGA A; 3BK1 A; 5HIP A; 3LVZ A; 4J5F A; 2WHG A; 4F6Z A; 2FK6 A; 5EHT A; 1KO3 A; 2A7M A; 3BK2 A; 5HH6 A; 4XWT A; 4CHL A; 4AD9 A; 4DIL A; 2P4Z A; 1HLK A; 2BFZ B; 2OHJ A; 2YZ3 A; 2ZNB A; 1VGN A; 2UYX A; 1WUP A; 5KIL A; 5HH4 A; 3I14 A; 3PG4 A; 3IE2 A; 3WXC A; 2FU7 A; 2BTN A; 3VQZ A; 3TP9 A; 5ACX A; 4EYL A; 4BZ3 A; 5LE1 A; 4GYU A; 3IEK A; 4ZO2 A; 3IOF A; 4U4L A; 4UWS B; 4C09 A; 4JO0 A; 2FU8 A; 2AZ4 A; 2NXA A; 5LLD A; 1A7T A; 1E5D A; 4KEP A; 2GKL A; 4XUK A; 2VW8 A; 4J5H A; 2GFK A; 4TYT A; 5EVK A; 3RPC A; 1X8I A; 2QJS A; 4Z6X A; 4RM5 A; 4V0H A; 3AJ3 A; 2BR6 A; 2BC2 A; 4NQ6 A; 4FEK A; 4EY2 A; 1BMC A; 2YCB A; 3X2Z A; 5FQB A; 1DDK A; 4GYQ A; 3H3E A; 2BMI A; 3ZQ4 A; 4ZNB A; 4D02 A; 1A8T A; 5EW0 A; 2QIN A; 5ACR A; 5B3R A; 2YNU A; 5DPX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D1U A; 4C1H A; 4C1E A; 4TZE A; 5EVD A; 5IQK A; 1QH5 A; 2WYL A; 3ZWF A; 3L6N A; 2BG2 A; 3BV6 A; 3DHC A; 3I11 A; 2Q42 A; 5AJL A; 4AWY B; 2QDS A; 3KNR A; 3SRX A; 2ZWR A; 4GCW A; 5EH9 A; 2FU6 A; 3ESH A; 2P18 A; 5LCH A; 5HIO A; 2P97 A; 4WD6 A; 3RKJ A; 3SFP A; 5ACP A; 4EFZ A; 4TYF A; 4D1T A; 4UBQ A; 2ZO4 A; 2FHX B; 1MQO A; 1ZTC A; 2I7V A; 5LCA A; 2AIO A; 5K4N A; 5ACT A; 1YCH A; 1JJT A; 4EYF A; 3SD9 A; 5FQC A; 1DXK A; 3QH8 A; 4Z5Y A; 3PY6 A; 1KO2 A; 4UA4 A; 2BIB A; 1ZKP A; 3S0Z A; 3KNS A; 4Z7R A; 5ACS A; 2M5C A; 4TZ9 A; 4C1D A; 4Z60 A; 4EXS A; 2YNT B; 1WW1 A; 3AF5 A; 3F9O A; 1XTO A; 4UWR B; 3RKK A; 5AXO A; 4NUR A; 1KR3 A; 2BFL A; 1WRA A; 2GCU A; 3IDZ A; 2CBN A; 1QH3 A; 2WYM C; 4EXY A; 2OHH A; 2Y8B A; 3ADR A; 4HL1 A; 5B1U A; 4UWP B; 3KL7 A; 3ZR9 A; 3SW3 A; 3ZNB A; 4PVT A; 4AX0 B; 5A87 A; 4TZB A; 5A0V A; 4RAM A; 3P2U A; 2OHI A; 5HIS A; 2Q9U A; 4FR7 A; 2BG7 A; 1VJN A; 3AF6 A; 3IOG A; 1WUO A; 4B87 A; 2QED A; 5AIJ A; 5EV6 A; 2I7T A; 3IEM A; 4NQ2 A; 1X8G A; 2FHX A; 2DOO A; 4RAW A; 4YSB A; 2Q0I A; 4NQ4 A; 5HH5 A; 4D1V A; 2XF4 A; 3I15 A; 2YNV B; 4PVO A; 5K0W A; 2XR1 A; 3IEL A; 5ACQ A; 3MD7 A; 5EV8 A; 4Z67 A; 1YCF A; 4AXH A; 2Q0J A; 4C1G A; 2ZZI A; 4BP0 A; 5LSC A; 2FU9 A; 2QDT A; 2GFJ A; 2YNT A; 2DKF A; 2P1E A; 1K07 A; 3T9M A; 1Y44 A; 5AHR A; 2H6A A; 4P62 A; 4RL0 A; 5AXR A; 3VPE A; 3X30 A; 3DHB A; 2GMN A; 1BC2 A; 1X8H A; 3IE0 A; 3JXP A; 4AWZ A; 3X2Y A; 4D1W A; 3T3N A; 3PY5 A; 4YSK A; 5LMC A; 2M5D A; 5ACU A; 3SBL A; 4UWO B; 4NQ5 A; 2BG8 A; 2YHE A; 4XWW A; 2Y87 A; 3A4Y A; 4RL2 A; 5EVB A; 1JT1 A; 3G1P A; 4HL2 A; 3IE1 A; 1BVT A; 5LM6 A; 4UAM A; 5AHO A; 3I0V A; 2BG6 A; 2BFK A; 2NZF A; 5B15 A; 3T3O A; 4C1C A; 2YNV A; 2YNW A; 1VME A; 3FCZ A; 4Z5Z A; 4LE6 A; 5FQA A; 4TZF A; 2BG8 B; 5AEB A; 2HB9 A; 1M2X A; 4F6H A; 5A5Z A; 3Q6V A; 4H0D A; 2CG2 A; 3DHA A; 3X2X A; 3I13 A; 2WRS A; 4FSB A; 2FM6 A; 4C1F A; 3FAI A; 5AYA A; 4EYB A; 1DD6 A; 3BC2 A; 3SPU A; 2R2D A; 5ACV A; 5A0T A; 4YSL A; 1XM8 A; 4AV7 A; 1P9E A; 4RBS A; 4O98 A; 5HIQ A; 3DH8 A; 4ZEJ A; 4KEQ A; 1ZNB A; 5ACW A; 2WYM A; 1JJE A; 5A23 A; 3R2U A; 4DIK A; 2Y8A A; 2CFZ A; 5LCF A; 1SML A; 1YCG A; 5K4M A; 4HKY A; 2E7Y A; 5EWA A; 5KIK A; 4ZO3 A; 5K4K A; 2I7X A; 2BFZ A; 2NZE A; 5LS3 A; 2NYP A; 4AX1 B; 1L9Y A; 2BGA A; 2CFU A; 3BK1 A; 5HIP A; 3LVZ A; 4J5F A; 2WHG A; 4F6Z A; 2FK6 A; 5EHT A; 2CG3 A; 1KO3 A; 2A7M A; 3BK2 A; 5HH6 A; 4XWT A; 4CHL A; 4AD9 A; 4DIL A; 2P4Z A; 1HLK A; 2BFZ B; 2OHJ A; 2YZ3 A; 2ZNB A; 1VGN A; 2UYX A; 1WUP A; 5KIL A; 5HH4 A; 3I14 A; 3PG4 A; 3IE2 A; 3WXC A; 2FU7 A; 2BTN A; 3VQZ A; 3TP9 A; 5ACX A; 4EYL A; 4BZ3 A; 5LE1 A; 4GYU A; 3IEK A; 4ZO2 A; 3IOF A; 4U4L A; 4UWS B; 4C09 A; 4JO0 A; 2FU8 A; 2AZ4 A; 2NXA A; 5LLD A; 1A7T A; 1E5D A; 4KEP A; 2GKL A; 4XUK A; 2VW8 A; 4J5H A; 2GFK A; 4TYT A; 5EVK A; 3RPC A; 1X8I A; 2QJS A; 4Z6X A; 4RM5 A; 4V0H A; 3AJ3 A; 2BR6 A; 2BC2 A; 4NQ6 A; 4FEK A; 4EY2 A; 1BMC A; 2YCB A; 3X2Z A; 5FQB A; 1DDK A; 4GYQ A; 3H3E A; 2BMI A; 3ZQ4 A; 4ZNB A; 4D02 A; 1A8T A; 4PDX A; 5EW0 A; 2QIN A; 5ACR A; 5B3R A; 2YNU A; 5DPX A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4D1U A; 4C1H A; 4C1E A; 4TZE A; 5EVD A; 5IQK A; 1QH5 A; 2WYL A; 3ZWF A; 3L6N A; 2BG2 A; 3BV6 A; 3DHC A; 3I11 A; 2Q42 A; 4AWY B; 2QDS A; 3KNR A; 3SRX A; 2ZWR A; 4GCW A; 5EH9 A; 2FU6 A; 3ESH A; 2P18 A; 5LCH A; 5HIO A; 2P97 A; 4WD6 A; 3RKJ A; 3SFP A; 5ACP A; 4EFZ A; 4TYF A; 4D1T A; 4UBQ A; 2ZO4 A; 2FHX B; 1MQO A; 1ZTC A; 2I7V A; 5LCA A; 2AIO A; 5K4N A; 5ACT A; 1YCH A; 1JJT A; 4EYF A; 3SD9 A; 5FQC A; 1DXK A; 3QH8 A; 4Z5Y A; 3PY6 A; 1KO2 A; 4UA4 A; 2BIB A; 1ZKP A; 3S0Z A; 3KNS A; 4Z7R A; 5ACS A; 2M5C A; 4TZ9 A; 4C1D A; 4Z60 A; 4EXS A; 2YNT B; 1WW1 A; 3AF5 A; 3F9O A; 1XTO A; 4UWR B; 3RKK A; 5AXO A; 1KR3 A; 2BFL A; 1WRA A; 2GCU A; 3IDZ A; 2CBN A; 1QH3 A; 4EXY A; 2WYM C; 2OHH A; 2Y8B A; 3ADR A; 4HL1 A; 5B1U A; 4UWP B; 3KL7 A; 3ZR9 A; 3SW3 A; 3ZNB A; 4PVT A; 4AX0 B; 5A87 A; 4TZB A; 5A0V A; 4RAM A; 3P2U A; 2OHI A; 5HIS A; 2Q9U A; 4FR7 A; 2BG7 A; 1VJN A; 3AF6 A; 3IOG A; 1WUO A; 4B87 A; 2QED A; 5EV6 A; 2I7T A; 3IEM A; 4NQ2 A; 1X8G A; 2FHX A; 2DOO A; 4RAW A; 4YSB A; 2Q0I A; 4NQ4 A; 5HH5 A; 4D1V A; 2XF4 A; 3I15 A; 2YNV B; 4PVO A; 5K0W A; 2XR1 A; 3IEL A; 5ACQ A; 3MD7 A; 5EV8 A; 4Z67 A; 1YCF A; 2Q0J A; 4C1G A; 2ZZI A; 4BP0 A; 5LSC A; 2FU9 A; 2QDT A; 2GFJ A; 2YNT A; 2DKF A; 2P1E A; 1K07 A; 3T9M A; 1Y44 A; 5AHR A; 2H6A A; 4P62 A; 4RL0 A; 5AXR A; 3VPE A; 3X30 A; 3DHB A; 2GMN A; 1BC2 A; 1X8H A; 3IE0 A; 3JXP A; 4AWZ A; 3X2Y A; 4D1W A; 3T3N A; 3PY5 A; 4YSK A; 5LMC A; 2M5D A; 5ACU A; 3SBL A; 4UWO B; 4NQ5 A; 2BG8 A; 4XWW A; 2Y87 A; 3A4Y A; 4RL2 A; 5EVB A; 1JT1 A; 3G1P A; 4HL2 A; 3IE1 A; 1BVT A; 5LM6 A; 4UAM A; 5AHO A; 3I0V A; 2BG6 A; 2BFK A; 2NZF A; 5B15 A; 3T3O A; 4C1C A; 2YNV A; 2YNW A; 1VME A; 3FCZ A; 4Z5Z A; 4LE6 A; 5FQA A; 4TZF A; 2BG8 B; 5AEB A; 2HB9 A; 1M2X A; 4F6H A; 5A5Z A; 3Q6V A; 4H0D A; 3DHA A; 3X2X A; 3I13 A; 2WRS A; 4FSB A; 2FM6 A; 4C1F A; 3FAI A; 5AYA A; 4EYB A; 1DD6 A; 3BC2 A; 3SPU A; 2R2D A; 5ACV A; 5A0T A; 4YSL A; 1XM8 A; 1P9E A; 4RBS A; 4O98 A; 5HIQ A; 3DH8 A; 4ZEJ A; 4KEQ A; 1ZNB A; 5ACW A; 2WYM A; 1JJE A; 3R2U A; 4DIK A; 2Y8A A; 5LCF A; 1SML A; 1YCG A; 5K4M A; 4HKY A; 2E7Y A; 5EWA A; 5KIK A; 4ZO3 A; 5K4K A; 2I7X A; 2BFZ A; 2NZE A; 5LS3 A; 2NYP A; 4AX1 B; 1L9Y A; 2BGA A; 3BK1 A; 5HIP A; 3LVZ A; 4J5F A; 2WHG A; 4F6Z A; 2FK6 A; 5EHT A; 1KO3 A; 2A7M A; 3BK2 A; 5HH6 A; 4XWT A; 4CHL A; 4AD9 A; 4DIL A; 2P4Z A; 1HLK A; 2BFZ B; 2OHJ A; 2YZ3 A; 2ZNB A; 1VGN A; 2UYX A; 1WUP A; 5KIL A; 5HH4 A; 3I14 A; 3PG4 A; 3IE2 A; 3WXC A; 2FU7 A; 2BTN A; 3VQZ A; 3TP9 A; 5ACX A; 4EYL A; 4BZ3 A; 5LE1 A; 4GYU A; 3IEK A; 4ZO2 A; 3IOF A; 4U4L A; 4UWS B; 4C09 A; 4JO0 A; 2FU8 A; 2AZ4 A; 2NXA A; 5LLD A; 1A7T A; 1E5D A; 4KEP A; 2GKL A; 4XUK A; 2VW8 A; 4J5H A; 2GFK A; 4TYT A; 5EVK A; 3RPC A; 1X8I A; 2QJS A; 4Z6X A; 4RM5 A; 4V0H A; 3AJ3 A; 2BR6 A; 2BC2 A; 4NQ6 A; 4FEK A; 4EY2 A; 1BMC A; 2YCB A; 3X2Z A; 5FQB A; 1DDK A; 4GYQ A; 3H3E A; 2BMI A; 3ZQ4 A; 4ZNB A; 4D02 A; 1A8T A; 5EW0 A; 2QIN A; 5ACR A; 5B3R A; 2YNU A; 5DPX A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
