The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
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sequence length |
252
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structure length |
252
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Chain Sequence |
SMNLNSIPAFQDNYIWVLTNDEGRCVIVDPGEAAPVLKAIAEHKWMPEAIFLTHHHHDHVGGVKELLQHFPQMTVYGPAETQDKGATHLVGDGDTIRVLGEKFTLFATPGHTLGHVCYFSRPYLFCGDTLFSGGCGRLFEGTPSQMYQSLMKINSLPDDTLICCAHEYTLANIKFALSILPHDSFINEYYRKVKELRVKKQMTLPVILKNERKINLFLRTEDIDLINEINKETILQQPEARFAWLRSKKDTF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Biochemical and Structural Characterization of Salmonella typhimurium Glyoxalase II: New Insights into Metal Ion Selectivity
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hydroxyacylglutathione hydrolase
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Salmonella typhimurium
|
| total genus |
90
|
| structure length |
252
|
| sequence length |
252
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.2.6: Hydroxyacylglutathione hydrolase. |
| pdb deposition date | 2007-06-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00753 | Lactamase_B | Metallo-beta-lactamase superfamily |
| A | PF16123 | HAGH_C | Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y8A A; 3SD9 A; 5ACS A; 2GFJ A; 3BV6 A; 4UA4 A; 1A8T A; 2M5D A; 5A0V A; 2OHI A; 4U4L A; 3X2X A; 2WYL A; 1P9E A; 4YSB A; 5FQA A; 2NXA A; 4C1H A; 2FM6 A; 4EYL A; 2I7T A; 3X2Y A; 1KO2 A; 3TP9 A; 3KNS A; 3ZNB A; 1KO3 A; 3IE2 A; 5AHO A; 2YNU A; 3BK1 A; 5K4N A; 3IE1 A; 3FAI A; 3BC2 A; 2GMN A; 2FU7 A; 2NZE A; 2YNW A; 4HL2 A; 4JO0 A; 4C1E A; 1VGN A; 3WXC A; 2WRS A; 2CBN A; 5LS3 A; 4YSL A; 1E5D A; 2P4Z A; 2QIN A; 4C09 A; 1M2X A; 4D1V A; 2BG8 B; 4ZNB A; 4RAW A; 4D1T A; 2GFK A; 3PY6 A; 4H0D A; 5LLD A; 1MQO A; 4AX0 B; 3X2Z A; 5AXO A; 4WD6 A; 5K4K A; 2WHG A; 2Y8B A; 4D02 A; 3I0V A; 3T9M A; 2I7X A; 1HLK A; 3JXP A; 3PG4 A; 1DD6 A; 4EYF A; 4RAM A; 2M5C A; 2WYM C; 1BMC A; 5HH4 A; 4PVT A; 3Q6V A; 5KIL A; 4GCW A; 4FSB A; 3X30 A; 4HKY A; 2BFZ B; 2P18 A; 5AYA A; 2Q9U A; 5HH5 A; 4J5H A; 4KEQ A; 4XWW A; 4NQ4 A; 4GYU A; 3PY5 A; 5A0T A; 5FQC A; 4EXS A; 2BGA A; 4RM5 A; 4UWR B; 3RPC A; 3KNR A; 2YNV B; 1JJT A; 4AWZ A; 1QH5 A; 1X8I A; 3P2U A; 2YNT B; 5K4M A; 5B1U A; 2VW8 A; 2QDS A; 5AEB A; 2ZNB A; 2Y87 A; 2BR6 A; 4B87 A; 2Q0J A; 2BMI A; 4XWT A; 5EW0 A; 2OHJ A; 4CHL A; 2DKF A; 1QH3 A; 5HIS A; 5LCF A; 3SPU A; 2FHX B; 5LCH A; 1JT1 A; 3ZQ4 A; 5KIK A; 5EVK A; 4TZE A; 5LSC A; 1ZTC A; 2OHH A; 2H6A A; 3H3E A; 4NQ5 A; 2A7M A; 1WRA A; 4RL2 A; 5EV8 A; 2I7V A; 3SBL A; 1X8G A; 1K07 A; 2AZ4 A; 4Z5Z A; 1ZKP A; 3A4Y A; 4EYB A; 3LVZ A; 4TYF A; 5B15 A; 2E7Y A; 2BFK A; 5ACW A; 4UAM A; 5A5Z A; 1A7T A; 3SRX A; 3BK2 A; 5AXR A; 3SFP A; 3I15 A; 2R2D A; 4BP0 A; 3R2U A; 4UWP B; 2GKL A; 2BG7 A; 3DHA A; 3MD7 A; 4Z60 A; 4F6Z A; 1DXK A; 4NQ2 A; 4Z6X A; 5ACR A; 5ACT A; 4XUK A; 2P97 A; 4NQ6 A; 4ZO2 A; 4RBS A; 4EY2 A; 4UBQ A; 3IEK A; 3IEM A; 1DDK A; 3RKJ A; 2HB9 A; 1XTO A; 4HL1 A; 4C1F A; 5ACQ A; 3I13 A; 5HIQ A; 3KL7 A; 3I11 A; 5HIO A; 5IQK A; 3IDZ A; 2FK6 A; 3DHC A; 2BC2 A; 5EV6 A; 5ACU A; 5LM6 A; 3G1P A; 4Z67 A; 2XR1 A; 1L9Y A; 1ZNB A; 3VQZ A; 2AIO A; 4DIL A; 4YSK A; 2BG8 A; 3SW3 A; 2DOO A; 2ZZI A; 1SML A; 5LCA A; 4LE6 A; 3IEL A; 1WUP A; 1YCF A; 2BG2 A; 4V0H A; 4TZB A; 3T3N A; 2UYX A; 3VPE A; 2FU6 A; 5HH6 A; 1BVT A; 4GYQ A; 1BC2 A; 2WYM A; 2QED A; 3S0Z A; 2Q42 A; 2ZO4 A; 4C1G A; 4D1U A; 2BFZ A; 4F6H A; 3F9O A; 4PVO A; 4C1D A; 5DPX A; 2XF4 A; 4O98 A; 5FQB A; 2BIB A; 3AJ3 A; 4TZF A; 4UWS B; 5EH9 A; 4DIK A; 4Z7R A; 1VJN A; 4AX1 B; 5A87 A; 5ACP A; 1KR3 A; 2BFL A; 1WW1 A; 3DHB A; 4ZEJ A; 3IOF A; 2NZF A; 2QJS A; 4D1W A; 2GCU A; 4EXY A; 2YNV A; 2FU8 A; 4UWO B; 5B3R A; 2Q0I A; 4KEP A; 3IE0 A; 4AWY B; 2NYP A; 2YNT A; 2BG6 A; 4Z5Y A; 3RKK A; 4FR7 A; 4BZ3 A; 4TYT A; 2YCB A; 3IOG A; 3ADR A; 4J5F A; 1WUO A; 4TZ9 A; 3ZWF A; 4RL0 A; 5LMC A; 4C1C A; 1YCH A; 1Y44 A; 2YZ3 A; 5EHT A; 1X8H A; 2FHX A; 5ACX A; 3AF5 A; 2P1E A; 4AD9 A; 4ZO3 A; 3L6N A; 5LE1 A; 5EVD A; 3I14 A; 2QDT A; 1JJE A; 3FCZ A; 3ZR9 A; 3ESH A; 5K0W A; 5ACV A; 5AHR A; 1YCG A; 3DH8 A; 1VME A; 5EWA A; 3AF6 A; 4EFZ A; 4P62 A; 5EVB A; 2BTN A; 2ZWR A; 3T3O A; 1XM8 A; 2FU9 A; 5HIP A; 3QH8 A; 4FEK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y8A A; 3SD9 A; 5ACS A; 2GFJ A; 3BV6 A; 4UA4 A; 1A8T A; 2M5D A; 5A0V A; 2OHI A; 4U4L A; 3X2X A; 5A23 A; 2WYL A; 1P9E A; 4YSB A; 5FQA A; 2NXA A; 4C1H A; 2FM6 A; 4EYL A; 2I7T A; 3X2Y A; 1KO2 A; 3TP9 A; 3KNS A; 3ZNB A; 1KO3 A; 3IE2 A; 5AHO A; 2YNU A; 3BK1 A; 2CG3 A; 5K4N A; 3IE1 A; 3FAI A; 3BC2 A; 2GMN A; 2FU7 A; 2NZE A; 2YNW A; 4HL2 A; 4JO0 A; 4C1E A; 1VGN A; 3WXC A; 2WRS A; 2CBN A; 5LS3 A; 4YSL A; 1E5D A; 2P4Z A; 2QIN A; 4C09 A; 1M2X A; 4D1V A; 2BG8 B; 4ZNB A; 4RAW A; 2YHE A; 4D1T A; 2GFK A; 3PY6 A; 4H0D A; 5LLD A; 1MQO A; 4AX0 B; 3X2Z A; 5AXO A; 4WD6 A; 5K4K A; 2WHG A; 2Y8B A; 4D02 A; 3I0V A; 3T9M A; 2I7X A; 1HLK A; 3JXP A; 3PG4 A; 1DD6 A; 4EYF A; 4RAM A; 2M5C A; 2WYM C; 1BMC A; 5HH4 A; 4PVT A; 3Q6V A; 5KIL A; 4GCW A; 4FSB A; 3X30 A; 4HKY A; 2BFZ B; 2P18 A; 5AYA A; 2Q9U A; 5HH5 A; 4J5H A; 4KEQ A; 4XWW A; 4NQ4 A; 4GYU A; 3PY5 A; 5A0T A; 5FQC A; 4EXS A; 2BGA A; 4RM5 A; 4UWR B; 3RPC A; 3KNR A; 2YNV B; 1JJT A; 4AWZ A; 1QH5 A; 1X8I A; 4AV7 A; 3P2U A; 2YNT B; 5K4M A; 5B1U A; 2VW8 A; 2QDS A; 5AEB A; 2ZNB A; 2Y87 A; 2BR6 A; 4B87 A; 2Q0J A; 2BMI A; 4XWT A; 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2WYM A; 2QED A; 3S0Z A; 2Q42 A; 2ZO4 A; 4C1G A; 4D1U A; 2BFZ A; 4F6H A; 3F9O A; 4PVO A; 4C1D A; 5DPX A; 2CFU A; 2XF4 A; 4O98 A; 5FQB A; 2BIB A; 3AJ3 A; 4TZF A; 4UWS B; 5EH9 A; 4DIK A; 4Z7R A; 1VJN A; 4AX1 B; 5A87 A; 5ACP A; 1KR3 A; 2BFL A; 1WW1 A; 3DHB A; 4ZEJ A; 3IOF A; 2NZF A; 4NUR A; 2QJS A; 4D1W A; 2GCU A; 4EXY A; 2YNV A; 2FU8 A; 4UWO B; 5B3R A; 2Q0I A; 4KEP A; 3IE0 A; 4AWY B; 2NYP A; 2YNT A; 2BG6 A; 4Z5Y A; 3RKK A; 4FR7 A; 4BZ3 A; 4TYT A; 2YCB A; 3IOG A; 3ADR A; 4J5F A; 1WUO A; 4TZ9 A; 3ZWF A; 4RL0 A; 5LMC A; 4C1C A; 1YCH A; 1Y44 A; 4AXH A; 2YZ3 A; 5EHT A; 1X8H A; 2FHX A; 5ACX A; 3AF5 A; 2P1E A; 4AD9 A; 4ZO3 A; 3L6N A; 5LE1 A; 5EVD A; 3I14 A; 2QDT A; 1JJE A; 3FCZ A; 3ZR9 A; 3ESH A; 5K0W A; 5ACV A; 5AHR A; 1YCG A; 3DH8 A; 1VME A; 5EWA A; 3AF6 A; 4EFZ A; 5AIJ A; 4P62 A; 5EVB A; 2BTN A; 2ZWR A; 3T3O A; 2CFZ A; 1XM8 A; 2FU9 A; 5HIP A; 3QH8 A; 4FEK A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2Y8A A; 3SD9 A; 5ACS A; 2GFJ A; 3BV6 A; 4UA4 A; 1A8T A; 2M5D A; 5A0V A; 2OHI A; 4U4L A; 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3SPU A; 2FHX B; 5LCH A; 1JT1 A; 3ZQ4 A; 5KIK A; 5EVK A; 4TZE A; 5LSC A; 1ZTC A; 2OHH A; 2H6A A; 3H3E A; 4NQ5 A; 2A7M A; 1WRA A; 4RL2 A; 5EV8 A; 2I7V A; 3SBL A; 1X8G A; 1K07 A; 2AZ4 A; 4Z5Z A; 1ZKP A; 3A4Y A; 4EYB A; 3LVZ A; 4TYF A; 5B15 A; 2E7Y A; 2BFK A; 5ACW A; 4UAM A; 5A5Z A; 1A7T A; 3SRX A; 3BK2 A; 5AXR A; 3SFP A; 3I15 A; 2R2D A; 4BP0 A; 3R2U A; 4UWP B; 2GKL A; 2BG7 A; 3DHA A; 3MD7 A; 4Z60 A; 4F6Z A; 1DXK A; 4NQ2 A; 4Z6X A; 5ACR A; 5ACT A; 4XUK A; 2P97 A; 4NQ6 A; 4ZO2 A; 4RBS A; 4EY2 A; 4UBQ A; 3IEK A; 3IEM A; 1DDK A; 3RKJ A; 2HB9 A; 1XTO A; 4HL1 A; 4C1F A; 5ACQ A; 3I13 A; 5HIQ A; 3KL7 A; 3I11 A; 5HIO A; 5IQK A; 3IDZ A; 2FK6 A; 3DHC A; 2BC2 A; 5EV6 A; 5ACU A; 5LM6 A; 3G1P A; 4Z67 A; 2XR1 A; 1L9Y A; 1ZNB A; 3VQZ A; 2AIO A; 4DIL A; 4YSK A; 2BG8 A; 3SW3 A; 2DOO A; 2ZZI A; 1SML A; 5LCA A; 4LE6 A; 3IEL A; 1WUP A; 1YCF A; 2BG2 A; 4V0H A; 4TZB A; 3T3N A; 2UYX A; 3VPE A; 2FU6 A; 5HH6 A; 1BVT A; 4GYQ A; 1BC2 A; 2WYM A; 2QED A; 3S0Z A; 2Q42 A; 2ZO4 A; 4C1G A; 4D1U A; 2BFZ A; 4F6H A; 3F9O A; 4PVO A; 4C1D A; 5DPX A; 2XF4 A; 4O98 A; 5FQB A; 2BIB A; 3AJ3 A; 4TZF A; 4UWS B; 5EH9 A; 4DIK A; 4Z7R A; 1VJN A; 4AX1 B; 5A87 A; 5ACP A; 1KR3 A; 2BFL A; 1WW1 A; 3DHB A; 4ZEJ A; 3IOF A; 2NZF A; 2QJS A; 4D1W A; 2GCU A; 4EXY A; 2YNV A; 2FU8 A; 4UWO B; 5B3R A; 2Q0I A; 4KEP A; 3IE0 A; 4AWY B; 2NYP A; 2YNT A; 2BG6 A; 4Z5Y A; 3RKK A; 4FR7 A; 4BZ3 A; 4TYT A; 2YCB A; 3IOG A; 3ADR A; 4J5F A; 1WUO A; 4TZ9 A; 3ZWF A; 4RL0 A; 5LMC A; 4C1C A; 1YCH A; 1Y44 A; 2YZ3 A; 5EHT A; 1X8H A; 2FHX A; 5ACX A; 3AF5 A; 2P1E A; 4AD9 A; 4ZO3 A; 3L6N A; 5LE1 A; 5EVD A; 3I14 A; 2QDT A; 1JJE A; 3FCZ A; 3ZR9 A; 3ESH A; 5K0W A; 5ACV A; 5AHR A; 1YCG A; 3DH8 A; 1VME A; 5EWA A; 3AF6 A; 4EFZ A; 4P62 A; 5EVB A; 2BTN A; 2ZWR A; 3T3O A; 1XM8 A; 2FU9 A; 5HIP A; 3QH8 A; 4FEK A;
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