The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
163
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sequence length |
533
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structure length |
521
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Chain Sequence |
HMRYSLRQDIAVEPVIAGWYGWSYLLPPQTLARFVHNRFNRIVESYLDDPQVHAAAVRQRRMHGGPWIHAHEHRDAIEAWYRETAPRRERLDELFEAVRRLEEDILPRHHGECLDPVYQELPAALAGRVEVFYGRDNRTADYRFVEPLMYASEYYDESWQQVRFRPVTEDAREFALTTPMLEYGPEQLLVNVPLNSPLLDAVFRGGLTGTELDDLAARFGLDGERAARFASYFEPTPEEDVLEYVGHACVFARHRGTTFLVDPVLSYSGYPGGAENRFTFADLPERIDHLLITHNHQDHMLFETLLRIRHRVGRVLVPKSTNASLVDPGLGGILRRLGFTDVVEVDDLETLSCGSAEVVALPFLGEHGDLRIRSKTGWLIRFGERSVLFAADSTNISPTMYTKVAEVIGPVDTVFIGMESIGAAASWIYGPLYGEPLDRRTDQSRRLNGSNFPQAREIVDALEPDEVYVYAMGLEPWMGVVMAVDYDESHPAIVDSDLLVRHVQDKGGTAERLHLRRTLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Carboxylate Shift Regulates Dioxygen Activation by the Diiron Nonheme beta-Hydroxylase CmlA upon Binding of a Substrate-Loaded Nonribosomal Peptide Synthetase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CmlA protein
|
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Streptomyces venezuelae (strain atcc 10712 / cbs 650.69 / dsm 40230 / jcm 4526 /
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| total genus |
163
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| structure length |
521
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| sequence length |
533
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-06-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12706 | Lactamase_B_2 | Beta-lactamase superfamily domain |
| A | PF18456 | CmlA_N | Diiron non-heme beta-hydroxylase N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Metallo-beta-lactamase; Chain A | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MD7 A; 3IOF A; 2FK6 A; 4TZE A; 1WUP A; 2AZ4 A; 5LLD A; 4C09 A; 4TYF A; 2Q0I A; 3T3N A; 3DH8 A; 4GYU A; 4YSL A; 5KIK A; 2BFZ A; 5ACT A; 2YCB A; 3BK1 A; 5EV8 A; 5B3R A; 3SFP A; 1A8T A; 4AWZ A; 4TZF A; 2BGA A; 4EFZ A; 5FQA A; 2NZE A; 4YSB A; 2FHX A; 5AHR A; 3WXC A; 3I0V A; 5EH9 A; 1WUO A; 4UAM A; 3P2U A; 2BR6 A; 4B87 A; 4XUK A; 2I7V A; 4RM5 A; 4EXS A; 2BG7 A; 3RKJ A; 5LCH A; 2DKF A; 4C1E A; 4C1H A; 3RPC A; 5EVK A; 3BC2 A; 1ZNB A; 4J5H A; 5LSC A; 2YZ3 A; 3RKK A; 4AX1 B; 3KNR A; 5A87 A; 4DIL A; 5K0W A; 3SPU A; 4RBS A; 2YNT B; 5HIP A; 5ACS A; 1M2X A; 3T3O A; 5EVD A; 2HB9 A; 4NQ5 A; 4Z67 A; 4LE6 A; 4J5F A; 2Y87 A; 2ZWR A; 2BG8 A; 4Z5Y A; 5LCF A; 1E5D A; 3AJ3 A; 3QH8 A; 5EVB A; 3Q6V A; 4C1C A; 3ZNB A; 5EW0 A; 2CBN A; 1X8H A; 2NXA A; 2Y8A A; 1VGN A; 1A7T A; 2BTN A; 3JXP A; 1QH3 A; 5HH4 A; 4D1T A; 4KEQ A; 4UA4 A; 5HIS A; 2Q42 A; 3IE2 A; 5LM6 A; 2WYM C; 4UWS B; 3A4Y A; 1XM8 A; 2Q9U A; 2OHJ A; 3F9O A; 3I13 A; 1VME A; 2GFK A; 1JT1 A; 4TYT A; 2UYX A; 2GFJ A; 4TZ9 A; 1MQO A; 3IE1 A; 2NZF A; 4U4L A; 5ACR A; 4XWW A; 4KEP A; 4AX0 B; 4EYL A; 3IOG A; 4Z6X A; 3X2Z A; 3BV6 A; 4BZ3 A; 1DD6 A; 2GKL A; 1BC2 A; 5HIQ A; 2FU9 A; 3VQZ A; 2BG6 A; 2FHX B; 5ACU A; 3IEL A; 2BG2 A; 4RL2 A; 5A5Z A; 2XF4 A; 3AF5 A; 3H3E A; 3I14 A; 2BFK A; 4H0D A; 2I7T A; 2P4Z A; 4UWO B; 5LCA A; 2YNV B; 3ZWF A; 3L6N A; 4V0H A; 5ACQ A; 5AXR A; 5A0T A; 4P62 A; 5ACW A; 4NQ2 A; 1YCF A; 4D02 A; 2ZO4 A; 4BP0 A; 4F6H A; 1Y44 A; 3DHC A; 3KL7 A; 3SRX A; 2E7Y A; 2QJS A; 4RL0 A; 3DHA A; 4JO0 A; 1KR3 A; 5EHT A; 2DOO A; 1YCG A; 1DDK A; 4F6Z A; 1WRA A; 3G1P A; 5DPX A; 5K4M A; 5K4K A; 5LMC A; 4PVT A; 1YCH A; 4EYF A; 4NQ6 A; 5K4N A; 2Y8B A; 3IDZ A; 1ZTC A; 5ACX A; 3ZR9 A; 4AD9 A; 4ZNB A; 2VW8 A; 4C1D A; 5HIO A; 5AYA A; 3SD9 A; 1ZKP A; 5AEB A; 3DHB A; 2M5D A; 5LS3 A; 2QIN A; 2GMN A; 2A7M A; 3PY5 A; 5HH5 A; 1SML A; 4NQ4 A; 4Z60 A; 4HL2 A; 2H6A A; 3BK2 A; 5IQK A; 2BFZ B; 2AIO A; 1X8I A; 4EY2 A; 2ZNB A; 5AHO A; 2YNU A; 2ZZI A; 1JJE A; 1JJT A; 1KO2 A; 1X8G A; 2OHI A; 5FQC A; 3AF6 A; 3X30 A; 5B1U A; 1VJN A; 4C1G A; 2GCU A; 3R2U A; 4WD6 A; 2Q0J A; 4ZO2 A; 2QDT A; 2M5C A; 5AXO A; 2FU7 A; 4YSK A; 2BC2 A; 2QDS A; 5FQB A; 3TP9 A; 4AWY B; 3SW3 A; 3PY6 A; 4XWT A; 5EV6 A; 2WHG A; 4ZO3 A; 1K07 A; 4TZB A; 4UWR B; 2I7X A; 2BMI A; 4DIK A; 3SBL A; 2P18 A; 4CHL A; 3IEK A; 3ZQ4 A; 4UWP B; 1L9Y A; 3FCZ A; 2P1E A; 4FR7 A; 4HL1 A; 1BMC A; 4RAM A; 4GYQ A; 2YNV A; 1DXK A; 5A0V A; 3VPE A; 4Z5Z A; 5KIL A; 4PVO A; 4D1W A; 3IEM A; 3ESH A; 4ZEJ A; 4RAW A; 3LVZ A; 4FEK A; 3S0Z A; 2WYL A; 2NYP A; 2FU6 A; 4EYB A; 4GCW A; 2YNT A; 4D1V A; 4C1F A; 2BG8 B; 2WRS A; 1KO3 A; 2XR1 A; 1QH5 A; 4HKY A; 2BIB A; 5B15 A; 5LE1 A; 3KNS A; 1P9E A; 2FM6 A; 2P97 A; 3X2X A; 1WW1 A; 4D1U A; 5ACV A; 3PG4 A; 4O98 A; 2FU8 A; 4EXY A; 3I15 A; 2QED A; 4Z7R A; 5HH6 A; 3FAI A; 2R2D A; 4FSB A; 4UBQ A; 3T9M A; 3X2Y A; 3IE0 A; 1BVT A; 3I11 A; 1HLK A; 3ADR A; 2WYM A; 5EWA A; 2OHH A; 1XTO A; 2BFL A; 2YNW A; 5ACP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CFZ A; 3MD7 A; 3IOF A; 2FK6 A; 4TZE A; 1WUP A; 2AZ4 A; 5LLD A; 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2GKL A; 1BC2 A; 5HIQ A; 2FU9 A; 3VQZ A; 2BG6 A; 2FHX B; 5ACU A; 3IEL A; 2BG2 A; 4RL2 A; 5A5Z A; 2XF4 A; 3AF5 A; 3H3E A; 3I14 A; 2BFK A; 4H0D A; 2I7T A; 2P4Z A; 4UWO B; 5LCA A; 2YNV B; 3ZWF A; 3L6N A; 4V0H A; 5ACQ A; 5AXR A; 5A0T A; 4P62 A; 5ACW A; 4NQ2 A; 1YCF A; 4D02 A; 2ZO4 A; 4BP0 A; 4F6H A; 1Y44 A; 3DHC A; 3KL7 A; 3SRX A; 2E7Y A; 2QJS A; 4RL0 A; 3DHA A; 4JO0 A; 1KR3 A; 5EHT A; 2DOO A; 1YCG A; 1DDK A; 4F6Z A; 1WRA A; 3G1P A; 5DPX A; 5K4M A; 5K4K A; 5LMC A; 4PVT A; 1YCH A; 4EYF A; 4NQ6 A; 5K4N A; 2Y8B A; 3IDZ A; 1ZTC A; 5ACX A; 3ZR9 A; 4AD9 A; 4ZNB A; 2VW8 A; 4C1D A; 5HIO A; 5AYA A; 3SD9 A; 1ZKP A; 5AEB A; 3DHB A; 2M5D A; 5LS3 A; 2QIN A; 2GMN A; 2A7M A; 3PY5 A; 5HH5 A; 1SML A; 4NQ4 A; 4Z60 A; 4HL2 A; 2H6A A; 3BK2 A; 5IQK A; 2BFZ B; 2AIO A; 1X8I A; 4EY2 A; 2ZNB A; 5AHO A; 2YNU A; 2ZZI A; 1JJE A; 1JJT A; 1KO2 A; 1X8G A; 2OHI A; 5FQC A; 3AF6 A; 3X30 A; 5B1U A; 1VJN A; 4C1G A; 2GCU A; 3R2U A; 4WD6 A; 2Q0J A; 4ZO2 A; 2QDT A; 2M5C A; 5AXO A; 2FU7 A; 4YSK A; 2BC2 A; 2QDS A; 5FQB A; 3TP9 A; 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