The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
112
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sequence length |
389
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structure length |
389
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Chain Sequence |
RTFLNLTKPLCEVNSWHILSKDNAIRIGEDAHILVTREPYLSCDPQGCRMFALSQGTTLRGRHANGTIHDRSPFRALISWEMGQAPSPYNTRVECIGWSSTSCHDGMSRMSICMSGPNNNASAVVWYGGRPITEIPSWAGNILRTQESECVCHKGVCPVVMTDGPANNRAATKIIYFKEGKIQKIEELAGNAQHIEECSCYGAGGVIKCICRDNWKGANRPVITIDPEMMTHTSKYLCSKVLTDTSRPNDPTNGNCDAPITGGSPDPGVKGFAFLDGENSWLGRTISKDSRSGYEMLKVPNAETDIQSGPISNQVIVNNQNWSGYSGAFIDYWANKECFNPCFYVELIRGRPKESSVLWTSNSIVALCGSKKRLGSWSWHDGAEIIYFE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of Type a Influenza Virus Neuraminidase of the N6 Subtype Reveals the Existence of Two Separate Neu5Ac Binding Sites
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Influenza virus type a
|
| molecule keywords |
NEURAMINIDASE SUBTYPE N6
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| total genus |
112
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| structure length |
389
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| sequence length |
389
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase. |
| pdb deposition date | 2004-06-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00064 | Neur | Neuraminidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WA4 A; 4FJ6 A; 4GDI A; 4KS5 A; 6NN9 A; 5B2D A; 1A4G A; 4KS3 A; 4QN7 A; 1IVB A; 4CPM A; 1NMB N; 4XJR A; 4KS2 A; 1N1Y A; 4MZA A; 4XMI A; 1F8D A; 1L7F A; 4YZ5 A; 3ALW A; 2F13 A; 4GZO A; 4MWW A; 2YA8 A; 4XIK A; 4M4U A; 2BZD A; 3T1E A; 4YZ4 A; 4JF7 A; 1W1X A; 2ZB6 A; 2F10 A; 5HUM A; 2SLI A; 4YW3 A; 5HUN A; 2QWH A; 1MS3 A; 1EUU A; 4FPJ A; 1INW A; 3B7E A; 4MWY A; 2W5N A; 4NCS A; 4WEF A; 2F29 A; 4QN3 A; 3H71 A; 2YDT A; 4CPL A; 2YDP A; 3CKZ A; 3JU4 A; 4YW5 A; 1L7H A; 1MZ6 A; 3CYE A; 2HTR A; 2VK7 A; 4K3Y A; 4M4N A; 3TIB A; 1B9T A; 1VCU A; 3OPZ A; 1Z4W A; 4MWX A; 1ING A; 3GVL A; 2F25 A; 2VK6 A; 2AGS A; 2QWK A; 4H53 A; 1Z4Y A; 2HTY A; 1INY A; 1W0O A; 4FPL A; 4WA5 A; 1SO7 A; 2HT8 A; 1Z50 A; 1SLI A; 4FQ4 A; 4K1K A; 4YW2 A; 1USR A; 4XJW A; 4GEZ A; 4B7Q A; 4WA3 A; 4CPY A; 1N1T A; 5HUK A; 2FHR A; 1A4Q A; 2W5O A; 5B2C A; 4XJ8 A; 4GZQ A; 2QWB A; 1V3C A; 1NCC N; 3TI8 A; 3TIA A; 4XJ9 A; 3SLI A; 2XZI A; 1MR5 A; 4FVK A; 4FPO B; 4MWJ A; 4KS4 A; 4QN4 A; 4MX0 A; 1INX A; 4FZH A; 2XCY A; 1W0P A; 1E8V A; 1F8C A; 3O9K A; 1NNC A; 2SIM A; 1DIM A; 4CPO A; 1IVG A; 2F0Z A; 2AEP A; 2YA5 A; 3ALX A; 3SAL A; 1BJI A; 3GVJ A; 4MWL A; 3H72 A; 4K1H A; 4GZT A; 4Q6K A; 2VW1 A; 3NN9 A; 4K1J A; 4CPZ A; 1L7G A; 4QNP A; 4XOG A; 3NSS A; 1F8E A; 3SAN A; 1Z4X A; 2HTU A; 2JKB A; 4XJZ A; 1NSB A; 4NC5 A; 3GVK A; 1NMA N; 3TI4 A; 2VSM A; 3K36 A; 3TIC A; 4FOY A; 1SLL A; 1NCD N; 1INH A; 2F11 A; 1INV A; 1V2I A; 2X9M A; 4GJT A; 1EUT A; 2XZJ A; 1W8O A; 3O9J A; 1Z4V A; 4XJU A; 4FPE A; 4B7R A; 4D8S A; 4J9T A; 4FPK A; 1XOE A; 2VSK A; 4GZX A; 4XMA A; 1MWE A; 3TI3 A; 4X49 A; 2VW0 A; 4WEG A; 3SIL A; 1EUR A; 4B7M A; 4KS1 A; 2BF6 A; 1MS4 A; 1V3B A; 2VK5 A; 2QWD A; 3BEQ A; 3INB A; 2F26 A; 1W8N A; 4MJU A; 3K37 A; 4K1I A; 2YA4 A; 2A75 A; 1KIT A; 3B69 A; 4XHB A; 4HZX A; 4BBW A; 1IVC A; 1MZ5 A; 4HZY A; 2VVZ A; 5F9T A; 1MS8 A; 2HTV A; 2CML A; 4HZZ A; 2F27 A; 4X47 A; 1NCA N; 2HT5 A; 2YA7 A; 1NNA A; 4NN9 A; 2SIL A; 5JYY A; 3H73 A; 1IVE A; 2F24 A; 3D11 A; 4FOW A; 2QWG A; 2XZK A; 2QWC A; 4FPF A; 2QWI A; 3TI6 A; 4UF7 A; 2QWF A; 2AH2 A; 4YZ3 A; 4DGR A; 3CL0 A; 1B9V A; 4B7J A; 1V0E A; 1NN2 A; 4H52 A; 2YA6 A; 5HUG A; 2C4A A; 4FPH A; 4M3M A; 1SNT A; 1F8B A; 4QN6 A; 2F28 A; 4HZV A; 1VCJ A; 3K38 A; 4FPY A; 1E8T A; 4M4V A; 4X6K A; 4GZP A; 2HT7 A; 4I00 A; 4MJV A; 4XYX A; 3PJQ A; 1NCB N; 4X4A A; 4GDJ A; 4MC7 A; 4MWR A; 4XJA A; 2F12 A; 1S0I A; 4FOV A; 2QWA A; 4MWQ A; 1N1S A; 1N1V A; 2W20 A; 4GB1 A; 1MS0 A; 5M1Z A; 1MS1 A; 1IVF A; 2QWE A; 1A14 N; 4GZS A; 4XIO A; 1USX A; 1WCQ A; 4YZ1 A; 4XE9 A; 1V3E A; 1E8U A; 4XHX A; 4FP3 A; 1EUS A; 3TI5 A; 1NSD A; 3A72 A; 3H6J A; 4SLI A; 2B8H A; 4YW4 A; 7NN9 A; 4YW1 A; 3K3A A; 4FP2 A; 1XOG A; 2HTW A; 5HX0 A; 1Z4Z A; 1MS5 A; 4MZE A; 2RKC A; 2W38 A; 3D12 A; 3CL2 A; 4XJQ A; 1INF A; 4QN5 A; 1NMC A; 1IVD A; 4B7N A; 1V3D A; 4HZW A; 4MWU A; 1NNB A; 2VWD A; 2HU4 A; 3A71 A; 4CPN A; 1MS9 A; 4HIZ A; 4FPC A; 2HTQ A; 2BAT A; 2BER A; 4GZW A; 3K39 A; 2VW2 A; 2C4L A; 1S0J A; 2AEQ A; 2QWJ A; 3W09 A; 1W20 A; 5NN9 A; 1NSC A; 4XIL A; 4MWV A; 1V0Z A; 1V0F A; 1DIL A; 4FOQ A; 1W21 A; 4FPG A; 2ZB5 A; 1WCS A; 1B9S A; 2HU0 A; 4YZ2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N6D A; 4FJ6 A; 4WA4 A; 4GDI A; 4KS5 A; 6NN9 A; 5B2D A; 1ZI0 A; 1A4G A; 4KS3 A; 4QN7 A; 1IVB A; 4CPM A; 3BYC A; 3V65 B; 1NMB N; 4XJR A; 4AH4 A; 2QE8 A; 2ZZK A; 5EO7 A; 2V91 A; 3II7 A; 4KS2 A; 1N1Y A; 3WN7 A; 4MZA A; 4XMI A; 3TC9 A; 1F8D A; 1L7F A; 4YZ5 A; 4GNC A; 2FLU X; 3ALW A; 1POO A; 2F13 A; 4GZO A; 4MWW A; 4AGT A; 3A9G A; 2YA8 A; 1X2J A; 1N7D A; 4XIK A; 3KYA A; 4M4U A; 4AGI A; 2GVX A; 2BZD A; 3T1E A; 4YZ4 A; 4JF7 A; 1W1X A; 4GN9 A; 4AHA A; 2ZB6 A; 2IAV A; 2F10 A; 5HUM A; 2Z32 A; 2SLI A; 4YW3 A; 5HUN A; 2QWH A; 1MS3 A; 1OFZ A; 1EUU A; 3S8V A; 4FPJ A; 1K32 A; 1INW A; 5GX3 A; 3B7E A; 4MWY A; 2W5N A; 4C1Y B; 4NCS A; 4WEF A; 2F29 A; 4QN3 A; 3H71 A; 2YDT A; 4N1B A; 2YDP A; 4CPL A; 4D4U A; 4IFJ A; 3CKZ A; 1C9U A; 3JU4 A; 4YW5 A; 1L7H A; 1MZ6 A; 2H2N A; 5FNS A; 2DSO A; 3ZGD A; 3CYE A; 1IUC A; 1S18 A; 4UOU A; 4O5T A; 2HTR A; 4ZLR A; 2W8B B; 2VK7 A; 4K3Y A; 3I1C A; 4M4N A; 3TIB A; 1B9T A; 1VCU A; 3OPZ A; 1Z4W A; 2IAO A; 4MWX A; 3GVL A; 1ING A; 5FWW A; 3FW0 A; 2F25 A; 2VK6 A; 2AGS A; 2QWK A; 3DAS A; 4R40 A; 4H53 A; 1Z4Y A; 2HTY A; 1INY A; 1W0O A; 4FPL A; 4WA5 A; 3SOB B; 3WDZ A; 4YY8 A; 1SO7 A; 1CVM A; 2GVW A; 2HT8 A; 3WWA A; 1Z50 A; 4A0P A; 1SLI A; 4FQ4 A; 2FP8 A; 3LI3 A; 4K1K A; 4YW2 A; 1USR A; 4XJW A; 4GEZ A; 4B7Q A; 1V04 A; 2FPB A; 2FP9 A; 4WA3 A; 4CPY A; 5GX1 A; 3AMR A; 1N1T A; 5HUK A; 2FHR A; 1A4Q A; 1H6L A; 2DG1 A; 2W5O A; 5B2C A; 4XJ8 A; 3O4P A; 4GZQ A; 2QWB A; 2ZW9 A; 5F72 C; 1V3C A; 1NCC N; 2P4O A; 3TI8 A; 3TIA A; 4XJ9 A; 3SLI A; 2XZI A; 1MR5 A; 4FVK A; 4FPO B; 4MWJ A; 4KS4 A; 4QN4 A; 4MX0 A; 1INX A; 5H47 A; 2IAU A; 4FZH A; 4IMB A; 2XCY A; 1W0P A; 1E8V A; 1F8C A; 3VNH A; 3O9K A; 3G4E A; 1NNC A; 2SIM A; 2DG0 A; 1DIM A; 4CPO A; 1IVG A; 2F0Z A; 4JML A; 2AEP A; 2YA5 A; 3ALX A; 1WP5 A; 3SRE A; 3UC1 A; 5D9B A; 3AMS A; 3KGG A; 1IUB A; 3SAL A; 1BJI A; 3GVJ A; 5FNT A; 3U0S A; 4MWL A; 3H72 A; 4K1H A; 4GZT A; 4Q6K A; 4L7B A; 2VW1 A; 3NN9 A; 4K1J A; 5FNU A; 2IVZ A; 4CPZ A; 1U6D X; 1CRZ A; 1L7G A; 1Q7F A; 4QNP A; 4XOG A; 3NSS A; 1F8E A; 3V1S A; 3SAN A; 1Z4X A; 5FNQ A; 4HW6 A; 4L7C A; 2HTU A; 2JKB A; 1E1A A; 4XJZ A; 1NSB A; 4ASC A; 4NC5 A; 4DG6 A; 2FPC A; 3GVK A; 3SOQ A; 1NMA N; 3TI4 A; 2VSM A; 2WOZ A; 3K36 A; 1QBI A; 3TIC A; 5GX5 A; 4FOY A; 4D52 C; 4GN7 A; 1SLL A; 1NCD N; 1INH A; 1ZGK A; 2POO A; 2F11 A; 1INV A; 1V2I A; 2X9M A; 4GJT A; 1EUT A; 2XZJ A; 4G3N A; 1W8O A; 3O9J A; 1Z4V A; 3Q6K A; 4XJU A; 4FPE A; 1SUU A; 4B7R A; 4D8S A; 4J9T A; 4FPK A; 1XOE A; 2VSK A; 4GZX A; 4XMA A; 2ISM A; 1MWE A; 3TI3 A; 4X49 A; 2VW0 A; 4WEG A; 3SIL A; 2XN4 A; 1EUR A; 2VAQ A; 4B7M A; 4KS1 A; 2BF6 A; 1MS4 A; 4GNB A; 1V3B A; 3E5Z A; 2VK5 A; 2QWD A; 3Q6P A; 2IAX A; 3BEQ A; 5D9D A; 3INB A; 2F26 A; 2HQS A; 1W8N A; 5GX4 A; 4MJU A; 4HHO A; 3K37 A; 4K1I A; 4IN4 A; 2YA4 A; 5GX2 A; 3SRG A; 2A75 A; 1KIT A; 3B69 A; 4XHB A; 5EO8 A; 2IAR A; 4GN8 A; 4HZX A; 4BBW A; 1IVC A; 1MZ5 A; 4HZY A; 3VNG A; 2VVZ A; 5F9T A; 3ZGC A; 4O5S A; 1MS8 A; 2HTV A; 2CML A; 5D9C A; 2VPJ A; 2GVU A; 3HRP A; 3IAX A; 4L7D A; 4CHB A; 4HZZ A; 2F27 A; 4X47 A; 1NCA N; 2HT5 A; 2YA7 A; 5CGJ A; 1NNA A; 4NN9 A; 2SIL A; 1CRU A; 5JYY A; 3H73 A; 3Q6T A; 1IVE A; 2F24 A; 3D11 A; 4FOW A; 3P5B L; 2IAT A; 2QWG A; 4IFN X; 1CQ1 A; 2XZK A; 2QWC A; 1X2R A; 4FPF A; 2QWI A; 3TI6 A; 4UF7 A; 4D52 A; 2QWF A; 2AH2 A; 4YZ3 A; 4DGR A; 3CL0 A; 3HLH A; 1B9V A; 4B7J A; 2DYH A; 1V0E A; 1NN2 A; 4IQK A; 4H52 A; 4IYG A; 2YA6 A; 5HUG A; 2C4A A; 4FPH A; 4M3M A; 1SNT A; 1F8B A; 4QN6 A; 2F28 A; 4HZV A; 2GVV A; 1VCJ A; 3K38 A; 4FPY A; 3V64 C; 3S2K A; 1E8T A; 3NO0 A; 4M4V A; 4X6K A; 4GZP A; 2HT7 A; 3A9H A; 2GHS A; 4I00 A; 1C5K A; 4MJV A; 4XYX A; 3PJQ A; 1NCB N; 4X4A A; 4GDJ A; 4MC7 A; 4MWR A; 4XJA A; 2F12 A; 3WW9 A; 1S0I A; 3LI5 A; 3FVZ A; 4FOV A; 2QWA A; 1RWL A; 4MWQ A; 1N1S A; 4Q1U A; 1N1V A; 2W20 A; 4GB1 A; 1MS0 A; 5M1Z A; 1QLG A; 1MS1 A; 1IVF A; 1RWI A; 2QWE A; 5FNR A; 1A14 N; 3ADE A; 2IAS A; 4GZS A; 4XIO A; 1USX A; 4GNA A; 1WCQ A; 2H2U A; 4YZ1 A; 4XE9 A; 1V3E A; 1N6F A; 1E8U A; 4XHX A; 3LI4 A; 4FP3 A; 1EUS A; 3TI5 A; 4ZGC A; 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