4XILA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xilA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xilA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xilA02
2WKKA 5DZEA 5HUKA 1SCSA 4CPMA 3ATGA 5IK7A 4GZQA 1NMBN 2BF6A 2VSMA 4F83A 2ZMLA 4CTEA 2EF6A 2YMZA 3NV2A 4XJRA 1V6KA 1IS4A 1Z50A 2SBAA 1IVGA 3A0NA 3OYWA 4Y1XA 2VWDA 3OBRA 1Q8QA 3K37A 1Z4WA 2GMMA 1NCBN 1PZ7A 3KM5A 2NMNA 1W6PB 4FJ6A 1LOGA 1MS4A 2W5OA 3A72A 5IT6A 3C2UA 2ZBJA 1JXNA 2QWEA 1F8DA 1AVBA 4J9TA 4D8SA 4YZ4A 1O4YA 4LBQB 2BQPA 1OQ1A 2V5YA 1V6IA 2CMLA 2GMPA 3SALA 3ZSMA 1HQLA 2ZACA 4R9AA 1Z78A 1GICA 5DXDA 1LESA 3BOPA 4GWNA 4BQ1A 2P34A 4XBQA 1MVEA 4FPHA 2F11A 1NMCA 2A75A 2F12A 2TEPA 3ZYPA 2HU4A 3WUCA 1L7GA 1IS5A 3KQRA 4I30A 2ARXA 1N3PA 2VY0A 4ATFA 3T1MA 3AYDA 4XE9A 1HLCA 4B7MA 3V0AB 2QWIA 4WZFA 2AR6A 3HMYA 4CRQA 1I1EA 4H52A 3CNAA 3UJOA 2F0ZA 2QWDA 3B9CA 2HT5A 1G9CA 1AXKA 1DQ4A 2PELA 3ZVXA 4HZYA 2D7FA 3AP6A 3D5OA 3NSSA 1UZZA 1SLIA 4MYEA 5GALA 4XMIA 4RL7A 4CPLA 4YGCA 3AXEA 4Z8BA 5HCBA 2Z42A 3O12A 1XQNA 4AGRA 1WD3A 1VLNA 1BJQA 1DIMA 4Y22A 1FATA 2R16A 1AXYA 3I4IA 4K1IA 1NLSA 1J1TA 1F31A 2SILA 1QDOA 4R9DA 4D69A 1JW6A 5B2DA 1Q8PA 1NCCN 2ES3A 1UAIA 4AVSA 1GYKA 2E51A 4KBBA 4GB1A 1GZWA 5GLZA 1VALA 2CYFA 2XG3A 4UW3A 4M3CB 3ZXEA 1IOAA 3BIWE 1W20A 2D43A 4PBOA 2VH9A 1W6NB 5H9PA 4FPKA 2HTVA 1D2SA 4WV8A 3A71A 1G9DA 1S0DA 1B09A 2NMOA 1DGLA 1SBEA 4YW3A 1WBLA 3IKWA 3BEQA 4YG3A 4Q27A 2C9AA 2WSVA 3N7MA 1INFA 4XIKA 3SLIA 1R1ZA 4GZSA 3ALXA 3H0OA 2ZHKA 3M3QA 4XDQA 5T54A 2JE7A 3O0VA 3Q9OA 2F25A 5EXOA 4KS5A 1WCQA 4WA5A 4LBMA 1E8TA 4XMAA 4TYSA 1MACA 5GZGA 3ILRA 3BODA 2RKCA 2P3IA 2ZAAA 1QMJA 1U0AA 4TZDA 1N3OA 2Q5TA 3M3OA 2QWGA 2DURA 1V6NA 4MWJA 3WG3A 2EAKA 4HIZA 2NYYA 2HTRA 1C1FA 2WQZC 1DBNA 1LJ7A 5JOYA 1Z4ZA 1KITA 5T5PA 1LOFA 4DRRA 2YA5A 2ZGPA 1DZQA 4YW1A 4K1YA 4OZXA 5BYNA 1FAYA 2EXJA 2NZ9A 1AF9A 4GZWA 4FPGA 3ZYRA 4GKXA 1S0EA 5T5LA 4X49A 4M4VA 2ZHMA 2H0BA 1W6PA 3AP9A 2ZABA 3FFZA 4DPNA 1S0JA 2QWHA 1AJOA 1W8OA 4HZWA 5CNAA 2UU8A 4YW4A 3QCWA 1Z0HA 4YLZA 4U36A 1H30A 4LBQA 3ZSJA 2AGSA 3MEPA 4Y26A 1MR5A 1ULCA 4XJWA 2CWMA 1AX0A 1GLHA 3AXDA 2DVBA 4LBOA 1YYNA 3VKFC 4R9BA 2QWFA 1V6LA 2GNMA 4W65A 2R49A 1GNZA 4K3YA 4K1ZA 3AZZA 1FNZA 4HZZA 3V65A 3B3QE 3AZXA 3RRDA 1KQRA 3A4UA 1DQ5A 3D6EA 3NN9A 2F24A 3N36A 1FV3A 2R1BA 3V0AA 4HZVA 2XCYA 2XZJA 4KS3A 4UW5A 3ALWA 2CNAA 4FOQA 4QN6A 4PBPA 5KXEA 1YO8A 3ZSKA 4KS2A 3GVKA 5JOXA 4UW6A 2LTNA 2B8HA 1WUVA 4H55A 1IKPA 3PVNA 4FPFA 1MVQA 4YG6A 3NV3A 2P37A 5E88A 1WW7A 2CL2A 4MJUA 4PQ9A 2GNBA 1V6MA 1LULA 5CAZA 3WG4A 3R4UA 2W52A 2ZGMA 3AP7A 3INBA 4MZEA 3ASIA 3CL0A 2LALA 5JMCA 4YM2A 1LGBA 4QN4A 1DHKB 4CPZA 1QKQA 3VKNA 3WDXA 1MWEA 1JOJA 4DS0A 4MWLA 1G86A 3RMYA 5GJ6A 4I00A 3D12A 1B9TA 2ERFA 5DG2A 3AX4A 3R4SA 4QN5A 3B00A 3SANA 4M3CA 1E8UA 3POWA 4UW4A 2A3YA 3NV4A 1C57A 2YROA 4GA9A 4AGVA 1W6NA 2W68A 2VUAA 3B01A 4B7NA 1NMAN 2D44A 3TAYA 4NN9A 3M2MA 3GVLA 1MZ6A 1MZ5A 5M1ZA 1IS6A 1QOOA 2I2SA 1INWA 2VK6A 1DLLA 2HTYA 1S0FA 3TI6A 4FZHA 1IVBA 5H9QA 3T1LA 1INHA 4GXLA 1A3KA 1UX6A 4MZAA 3W59A 2EXKA 4QN3A 2W38A 4Q8KA 5B2CA 3DUIA 2CY6A 4WA4A 5JOWA 2DYCA 1W0PA 2JECA 1G9AA 5NN9A 2VSKA 4H53A 2XB6C 4C1XA 4P9YA 5GLVA 1V3CA 5L73A 1V3BA 2HTWA 4X4AA 5JDBA 5JVVA 3WZ1A 1SLLA 1G7YA 1Q8VA 4P9WA 3H6JA 3WCRA 3V64A 5DUWA 4QNPA 4BBWA 1ENSA 1CR7A 4YGEA 1I3HA 3NV1A 2WT2A 3H72A 4AGGA 2ZB5A 4R9CA 2ZGQA 1SBDA 4K20A 3UL2A 3U4XA 1USRA 2GMEA 3WV6A 4MC7A 1HDKA 4Q6KA 5DUVA 2OVUA 5HCFA 3VKLA 1IVDA 3H71A 3FLRA 3POYA 3IM0A 2F28A 4MX0A 2QWAA 3SILA 4K1JA 4FOVA 1YI7A 4XBNA 1LTEA 4NCSA 2P3JA 3WCSA 5JLVA 1SNTA 3TB0A 5CBLA 2A3XA 3OPZA 2OUJA 3IPVB 2AEQA 4M3MA 3N3HA 1DQ1A 2A70A 1A14N 1INGA 2BERA 1L7HA 1UMZA 3PVEA 1GKBA 1NNAA 4CPOA 1ULGA 3AZVA 2W39A 1A4QA 1FNYA 2EXHA 4FPCA 3VKOA 2F10A 4FPLA 1LOFC 1S0CA 4XOGA 1BZWA 3MW3A 2YDTA 1LHOA 3AP5A 1IKQA 3RSJA 2PHFA 5H9SA 4XJAA 5GM0A 3R05A 1INXA 2W5NA 1W1XA 1SCRA 2VK5A 3AYAA 5HUNA 1RITA 4NO4A 5KXBA 4DGRA 3MPPG 3H73A 2W08A 1MS1A 1RINA 1EUTA 4FOYA 4ITCA 1Z4YA 1C4RA 2KM2A 3T2TA 1EUSA 5IK8A 2F13A 1W6OB 3UJQA 1W6QB 2YA4A 4Q8LA 2JE9A 2D3PA 4GZTA 2PHUA 1O4ZA 3O9JA 1W8NA 3N7JA 4MWYA 3RG0A 4M4UA 2QWKA 4WEGA 5H9RA 2C4AA 4YZ1A 3ZSLA 1LOAA 2E53A 2HU0A 3TI4A 1BXHA 2PHRA 4FQZA 1VCJA 2ZZJA 5DZFA 1CVNA 1INVA 3AJYA 4U2AA 3WVJA 2GN3A 1V0ZA 4WA3A 2ZHLA 5IK5A 1L7FA 4XYXA 5IK4A 1ENRA 4PCRA 2EALA 5IUQA 4YM1A 2GN7A 2DTWA 4KS4A 2YXSA 5T52A 3WUDA 3UK9A 2JDZA 1V2IA 4YW2A 2ARBA 2ZGSA 4HZXA 4FOWA 2GDFA 3AYCA 1LGNA 2A7AA 1NSDA 2A6ZA 3OY8B 2DUOA 4YZ5A 1NN2A 1ZA4A 2YZ4A 3CKZA 2E7QA 1AXZA 2UWCA 4XTMA 3BTAA 2AUYA 4WVVA 5GZEA 4ZXKA 1OKQA 2PHXA 2HYKA 2OUHA 3I8TA 4FPJA 1YXWA 4K21A 1G9BA 4MWUA 3FLPA 2YA7A 2PHWA 2DUQA 1GV9A 3VUOA 4XBLA 4FPYA 4Q26A 3APBA 3AZYA 1MS0A 3N7KA 1VCUA 1DIWA 1V0FA 1MS8A 3ZXFA 4BOWA 1GBGA 4LBNA 4GZXA 1WLCA 1JYIA 1ONAA 1JUIA 4YG0A 5T50A 3AFKA 1CN1A 4ISRA 1SLCA 4ISQA 1Z4VA 2DVDA 2D6MA 5SV8A 3MW4A 2P3KA 5CA6A 5EYYA 3WDVA 5T5JA 1EUUA 5AVAA 3TI5A 1RIRA 3B69A 4AVVA 2VW0A 5DUUA 1N1SA 3WDTA 3FUQA 1V3DA 3JU4A 1SLBA 3JU9A 3V0BB 3WDUA 3GVJA 4Y1YA 2YA8A 1C1LA 1GZWB 1SLTA 3MW2A 3USUB 1FYUA 1LECA 3WHTA 4FQ4A 1DQ6A 3HR9A 4SLIA 2DVGA 3ZPYA 3AK0A 3AP4A 3PJQA 1SO7A 1UKGA 1LEMA 1LOBA 4YFWA 3ZXKA 2WT0A 4YW5A 4P14A 3SITA 1W21A 2VXRA 1YIFA 4Y20B 4YZ2A 4C1WA 2ZA9A 3FUOA 3D4KA 2R0FA 3IPVA 2DU1A 3WOGA 2YDPA 2ZGKA 4IQPA 1NXD1 5GZCA 4GZPA 1VAMA 5T55A 1YRZA 4MWQA 4GKYA 1NNBA 5FRAA 1NCDN 1ULDA 1BJIA 3K36A 2W20A 4DQAA 4FVKA 1QOTA 1B9VA 4FVVA 1LU2A 1DYKA 1S0GA 4K1KA 3SH5A 2UURA 1LCLA 2YA6A 2F27A 1WW6A 4L8QA 1JYCA 1V00A 5DUXA 1W6MB 4GWMA 3RMXA 4XXPA 3O5SA 1BKZA 2CWSA 1FV2A 5EYXA 4AVTA 2GNTA 1LHWA 2D6KA 2VW2A 4QN7A 1SBFA 1ENQA 2HTQA 3N35A 1CPNA 1CONA 4JC1A 2ZGTA 2JKBA 4HL0A 5T5OA 1APNA 1N1TA 4ATEA 2G4IA 1W6OA 1N3QA 1W6QA 1UPSA 1INYA 3INAA 1H9PA 1QF3A 4FPOB 1SLAA 7NN9A 3PVOA 3L2YA 3O0WA 1H9WA 4MWRA 1XOEA 1LENA 4Y1VA 2QWBA 4Y1UA 2OW4A 2X9MA 4XJ8A 1UZYA 1NNCA 3CL2A 2CTVA 1WD4A 3LSEA 1MS3A 3QLQA 3PMEA 2ZMKA 5E89A 3VKMA 4XHBA 1WLWA 4YM3A 2A5ZA 4B7JA 2D6NA 1F8EA 1GSLA 2UWBA 1IVFA 1IS3A 4YM0A 4GEZA 4GDJA 3OY8A 4BM8A 3K3AA 5GZDA 1DYPA 1NSCA 5EWSA 2R0HA 1F8CA 1AZDA 4BMBA 2YY1A 2GNDA 4YFZA 5GZFA 1BYHA 5HCAA 1N47A 1V6JA 1DILA 2HT8A 3OGGA 3POSA 5CB7A 4Q2FA 1VAVA 3AJZA 2B7YA 3K38A 2C5DA 1N1YA 3A0KA 4BLJA 2SLIA 1G8WA 2WT1A 4M4NA 4YGBA 2A6YA 3RS6A 2PHTA 2NP0A 4MWWA 2E6VA 2D6PA 4GALA 1DQ0A 3ENRA 4FP3A 2D3SA 4WVWA 4XILA 2ZKNA 2HTUA 1KDMA 1Y7BA 1HKDA 1LOEA 4BLIA 4KS1A 4CPNA 2DU0A 1ULEA 1GANA 1WBFA 2V73A 4X6KA 4GJTA 1WW4A 1MS9A 1A78A 1S0IA 2A6XA 4XZPA 1N1VA 4FPEA 2SIMA 3TICA 1TEIA 1X50A 4X47A 4M3CF 4CPYA 3OJBA 3ILFA 4CZSA 4XJ9A 3M3CA 3V0BA 1W0OA 4B7QA 1VIWB 1CIWA 1QNWA 3B7EA 4JCKA 5GLUA 4M3CE 2AH2A 1Q56A 2WLQA 5LK5A 4MJVA 3USUA 1AX1A 3WG1A 1URXA 1Q8SA 1JHNA 4WEFA 1JN2P 4JF7A 4XIOA 3JUUA 5F9TA 2D6LX 4Y20A 1DFQA 4MWXA 3WDYA 4UF7A 5GLTA 1NCAN 5DZGA 2FHRA 3OYWB 2NM1A 4XJZA 2VU9A 1LHUA 3IMNA 1KRIA 2QWCA 3GALA 1WW5A 3ZXJA 3W09A 3TIBA 4FP2A 2VK7A 2ZGLA 2ENRA 2C4LA 1F5FA 4XHXA 3WDWA 2ZMNA 2GALA 1KJRA 2BZDA 2XZKA 3TI8A 1F8BA 2P2KA 2DUPA 2EIGA 1UL9A 1LEDA 5KXDA 4XXAA 1GZCA 4PF5A 4XJUA 1W6MA 3SH3A 1FX5A 2E7TA 3N7LA 2A6WA 3D11A 1MS5A 2ZGUA 1LU1A 2DV9A 3LSDA 2JD4A 1LOCA 2VW1A 3TI3A 1CESA 2AEPA 2XZIA 3T1EA 1A4GA 4Y24A 4BPZA 3WLUA 2R1DA 3TIAA 3OBTA 3SNMA 3FBYA 2DTYA 5FREA 5KXCA 1GNHA 4Q1PA 4LBKA 4K1HA 4LBQD 1HQWA 4Q1RA 5HX0A 1QDCA 4P9XA 3K39A 5HUGA 1ULFA 1BQPA 1GZ9A 1S1AA 5GLWA 1UN1A 3M3EA 3SISA 2ZB6A 1PZ9A 3W58A 1SFYA 2F26A 1IVCA 1XOGA 2AREA 1WCSA 3O0XA 2WJSA 2D6OX 4MWVA 5JYYA 4LBJA 2DWRA 4Y22B 3GNEA 4B7RA 2DVFA 5F5QA 2D3RA 5E8AA 1B9SA 2AYHA 4YGDA 2DVAA 1S0BA 3FLTA 1QU0A 2F29A 3SH4A 1ZM1A 2ZHNA 1EURA 6NN9A 3WNXA 3M1HA 1D0HA 4BMEA 4NOTA 4Y1ZA 3AYEA 4RA0A 4YZ3A 3VV1A 2WSUA 1SACA 1Q8OA 3HN1A 4AYUA 1OFSA 1V6OA 4JRAA 4GZOA 4NC5A 1A8DA 4ZKTB 2A71A 4LBLA 2ZGRA 4XTPA 4ASMB 4M01A 2RHPA 5JOZA 1F9KA 2HT7A 1IVEA 3WHUA 1PZ8A 1NSBA 1CPMA 2A6VA 1Z4XA 1DQ2A 2EXIA 1LGCA 4GDIA 1G9FA 3IN9A 2BATA 1E8VA 3AZWA 3LCPA 2QWJA 2WNEA 1AJKA 2FMDA 3CYEA 1EPWA 4DRVA 1WLDA 1QNYA 1V0EA 2A3WA 1V3EA 1QGLA 4DFSA 2ZGOA 1KJLA 1USXA 3ZXLA 1CJPA 1KDKA 2UWAA 2VVZA 1CQ9A 4XJQA 1AX2A 3DGTA 2ZGNA 4M00A 2YV8A 1LHNA 1LHVA 3O9KA 1QOSA 5DG1A 3WG2A 1JBCA 3ILNA 2JJ6A 4AWDA 3NWKA 4HANA 2AENA 1LODA 2NN8A 3RQ0A 5HUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WKKA 4M0HA 5DZEA 2WWSA 5HUKA 1SCSA 4CPMA 3ATGA 5IK7A 4GZQA 4PIXA 1NMBN 2DFCA 1KFXL 5LRRA 2BF6A 3H8OA 4QT6A 1I9RA 4J25A 4N53A 1UY3A 4RQPB 2VSMA 4K7JA 4F83A 3ZLIA 2ZMLA 4CTEA 4QGMA 2EF6A 2XQRA 2YMZA 3NV2A 3WW4A 1K5MC 2BVVA 4BK5A 1RUE2 2E32A 4LOTA 2VMHA 4XJRA 1U5XA 1V6KA 4ZU4A 4COWA 4MGQA 5L7OA 1IS4A 3LZZA 3ZKYA 1Z50A 4LITA 5BNOB 2SBAA 4H3WA 5LRSA 3A7QA 3TNPB 5HXVA 1IVGA 3GJBA 3A0NA 3OYWA 4O5TA 1RUI1 2B5HA 1VBA3 3P5BL 5C5TA 4Y1XA 3ETQA 2FD8A 2VWDA 3OBRA 3K46A 3U07A 5A3MA 1REDA 1D7PM 2VZRA 1Q8QA 2GP5A 4HVQA 4GJZA 1AR92 3K37A 1VR3A 1Z4WA 1GOGA 5FO9B 3WT3A 2GMMA 3VBRA 1NCBN 1PZ7A 4A3XA 1JYWA 2P4OA 3KM5A 1W06A 3M4FA 4HKLA 2VQAA 2H6CA 1GP6A 3HBZA 2HKXA 2NMNA 3VL9A 1W6PB 4FJ6A 1EP0A 4CEWA 3MUY1 4UFKA 1EYBA 1LOGA 4MGKE 1MS4A 2JDAA 2R042 4GB32 4RN5A 1YIPA 5A1FA 2W5OA 3A72A 4K9SA 5IT6A 1HJGA 1X7NA 3O9KA 1RUC2 3NO8A 2WUHA 3ME2A 2RDNA 2WQ4A 3C2UA 1YWKA 5FYSA 4NHYA 1K3IA 2ZBJA 1AR61 2JDNA 1UOBA 1JXNA 2QWEA 1PMIA 4KNCA 1AVBA 4A4AA 1F8DA 4J9TA 4AQ2A 5C3QA 4D8SA 2X5IB 4KH9A 4O9EA 4NVPA 1OQDA 5FWEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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