The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
91
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sequence length |
365
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structure length |
365
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Chain Sequence |
SIPGVRKVEDVVIYRNEKFHAAFPSVIKKKNGEIVLAFRRAPDRKVFGEKGTNHVDPNSYLVSVKSKDGKTWTPEPELIYSHPFGGSQDPCLLQLKDGTILCASYGWAFLRPDGMENLKKPYFLAGGAVFLGGYVLRSTDGGKSWQGPLYPPHIEPEINYTAMGEKLPAYNRGAMYEGKNGRILWVVAATDRQSPNKTSNHLLISDDKGLTWKYSAPVAVDEKVSFNEASVYETPKGDVVAFLRTAGLGDQACIARSVDGGKTFTAWEKMGFQGHPMHALRLPDNRVLLSYGYRHKPLGIRARILNAECTDFATAPEIVLRTDGGTTDLGYPWAVQLDKNRVLVSYYFNVPGGPQHIAGSILEIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Dyadobacter fermentans (strain atcc 700827 / dsm 18053 / ns114)
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| publication title |
Crystal structure of unknown function protein Dfer_1899 fromDyadobacter fermentans DSM 18053
rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein Dfer_1899
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| total genus |
91
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| structure length |
365
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| sequence length |
365
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13088 | BNR_2 | BNR repeat-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N1V A; 2HTQ A; 4MWR A; 1ING A; 4XE9 A; 4FPY A; 1V3E A; 3O9J A; 4M3M A; 4QNP A; 4XMA A; 2XZI A; 3B69 A; 1USR A; 3H6J A; 3NSS A; 3TI6 A; 3K37 A; 1SNT A; 4YZ2 A; 2QWC A; 2C4L A; 1WCQ A; 4YZ5 A; 1MS3 A; 3A72 A; 4XMI A; 1EUR A; 2W5N A; 4XIL A; 4MWU A; 4CPY A; 2XZJ A; 1BJI A; 1W0P A; 3H71 A; 1MR5 A; 4CPO A; 1A4Q A; 4GJT A; 3K3A A; 3CKZ A; 4B7R A; 4XJA A; 3TIB A; 2QWE A; 1MS1 A; 4FPK A; 3K36 A; 3D12 A; 4MWV A; 2JKB A; 5HX0 A; 2VSK A; 4FPE A; 4XYX A; 4MZA A; 2HTW A; 4MWL A; 4FOY A; 2C4A A; 3CL0 A; 2F13 A; 2VVZ A; 4Q6K A; 2QWG A; 1V3C A; 3H73 A; 4K1I A; 4WEF A; 4YW2 A; 5JYY A; 1NCC N; 4XJ8 A; 2F10 A; 1EUU A; 1F8E A; 2FHR A; 3TI4 A; 1Z50 A; 2YDT A; 2HT8 A; 2QWF A; 2VW2 A; 4HZV A; 2VSM A; 1MWE A; 1Z4W A; 4YW5 A; 4JF7 A; 5NN9 A; 2BER A; 4MWW A; 4X6K A; 4GZP A; 1IVD A; 2F27 A; 4KS2 A; 2BF6 A; 1NNA A; 4FPG A; 4XHX A; 4FQ4 A; 2AEP A; 1SLI A; 5HUK A; 2SIL A; 1IVG A; 5HUM A; 4FVK A; 2HTU A; 1B9V A; 4MWQ A; 1N1Y A; 3GVK A; 1EUT A; 4YZ1 A; 1INV A; 1VCU A; 2CML A; 4D8S A; 4GZT A; 4HZZ A; 4XIK A; 1L7G A; 4YW4 A; 2YA8 A; 3SIL A; 3ALW A; 2HTR A; 1SO7 A; 4QN3 A; 2HU0 A; 2AH2 A; 3TI5 A; 3TI8 A; 1MZ5 A; 4FP3 A; 5M1Z A; 4FPC A; 4FP2 A; 2VK7 A; 1SLL A; 1NN2 A; 4YZ4 A; 1S0J A; 4QN7 A; 1IVC A; 4XJQ A; 2QWB A; 3JU4 A; 4K1H A; 4M4N A; 1N1T A; 4QN4 A; 2QWK A; 4M4V A; 3A71 A; 3T1E A; 1NNB A; 2F12 A; 1KIT A; 1NSB A; 2W20 A; 3NN9 A; 4B7N A; 1XOE A; 1W0O A; 1Z4X A; 4MZE A; 2XCY A; 1NCA N; 1F8B A; 3OPZ A; 2F11 A; 2HU4 A; 1V2I A; 4BBW A; 1F8C A; 1W20 A; 4B7Q A; 1L7H A; 4YW3 A; 1NSD A; 5B2D A; 2F26 A; 4XHB A; 4KS3 A; 1IVE A; 1E8U A; 4K1K A; 1INH A; 1NNC A; 4MWJ A; 4YZ3 A; 4YW1 A; 1N1S A; 4I00 A; 1XOG A; 2B8H A; 4FJ6 A; 2F28 A; 3ALX A; 1L7F A; 4GDI A; 4XOG A; 4XIO A; 1B9S A; 2SIM A; 2VW0 A; 1A14 N; 1MS8 A; 1WCS A; 1W1X A; 2BZD A; 1W21 A; 4GEZ A; 4X49 A; 1V0Z A; 2W5O A; 2HTV A; 1V0F A; 4X47 A; 2YA7 A; 1V3B A; 1USX A; 4CPM A; 4SLI A; 4GB1 A; 3TIA A; 4NC5 A; 3CYE A; 4FOQ A; 1EUS A; 4K1J A; 4MWY A; 3GVL A; 1NCB N; 4MWX A; 3K38 A; 1INY A; 3INB A; 5F9T A; 4XJR A; 4HZW A; 3TI3 A; 4XJ9 A; 2ZB5 A; 1IVF A; 4FPH A; 4MX0 A; 4FPJ A; 3BEQ A; 2VW1 A; 4QN5 A; 1MZ6 A; 1Z4V A; 1MS5 A; 1Z4Z A; 2F29 A; 1NMA N; 4DGR A; 2QWD A; 4HZY A; 1W8N A; 6NN9 A; 1NMC A; 2RKC A; 4WEG A; 4CPZ A; 1NSC A; 1VCJ A; 2QWH A; 4MC7 A; 2XZK A; 1E8V A; 4CPL A; 4FZH A; 2VWD A; 2A75 A; 2QWJ A; 4HIZ A; 3SAL A; 4NCS A; 3CL2 A; 1E8T A; 2AEQ A; 4KS1 A; 3SAN A; 2HT5 A; 5HUN A; 2YA6 A; 1W8O A; 4XJW A; 7NN9 A; 4M4U A; 3SLI A; 3PJQ A; 2AGS A; 2VK6 A; 4B7J A; 1NMB N; 4GZS A; 4QN6 A; 4GZW A; 1MS4 A; 4B7M A; 4FOW A; 4UF7 A; 4CPN A; 1INX A; 2X9M A; 4KS5 A; 4GZO A; 4HZX A; 3B7E A; 4FPL A; 1INF A; 4GZQ A; 2SLI A; 4FOV A; 2QWI A; 1S0I A; 2BAT A; 3GVJ A; 3TIC A; 2YDP A; 4MJU A; 4FPF A; 2F24 A; 4H52 A; 3D11 A; 1MS0 A; 4GDJ A; 1MS9 A; 4NN9 A; 2YA4 A; 1Z4Y A; 2ZB6 A; 4K3Y A; 4XJU A; 1NCD N; 3W09 A; 1V0E A; 3H72 A; 2F0Z A; 4GZX A; 4XJZ A; 1A4G A; 3O9K A; 4WA5 A; 3K39 A; 1V3D A; 2W38 A; 5B2C A; 1INW A; 1DIM A; 2QWA A; 2VK5 A; 2F25 A; 2YA5 A; 4WA3 A; 1DIL A; 4FPO B; 2HT7 A; 4KS4 A; 1F8D A; 4J9T A; 1IVB A; 4H53 A; 2HTY A; 4WA4 A; 4MJV A; 4X4A A; 1B9T A; 5HUG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N1V A; 2HTQ A; 4MWR A; 1ING A; 4XE9 A; 4FPY A; 1V3E A; 3O9J A; 4L7D A; 4M3M A; 4QNP A; 2XZI A; 4XMA A; 3WDZ A; 3KYA A; 4UOU A; 3E5Z A; 3B69 A; 1ZGK A; 1USR A; 3H6J A; 3NSS A; 3TI6 A; 3K37 A; 1SNT A; 4YZ2 A; 2QWC A; 1OFZ A; 3Q6P A; 4DG6 A; 2C4L A; 1WCQ A; 4YZ5 A; 1MS3 A; 4ZY3 A; 3A72 A; 4XMI A; 5GX1 A; 4C1Y A; 2IAT A; 4G3N A; 2FPB A; 1EUR A; 2W5N A; 4XIL A; 4O5S A; 4MWU A; 2GVV A; 4CPY A; 2XZJ A; 1BJI A; 1W0P A; 4HHO A; 4GNC A; 3H71 A; 1MR5 A; 4CPO A; 3HRP A; 1PJX A; 1A4Q A; 4GJT A; 3K3A A; 3CKZ A; 4B7R A; 4XJA A; 5D9C A; 3TIB A; 5FZN A; 2QWE A; 1MS1 A; 4FPK A; 1CRZ A; 3K36 A; 1Q7F A; 3D12 A; 4MWV A; 1SUU A; 2JKB A; 2W8B B; 5HX0 A; 1IUB A; 2VSK A; 4FPE A; 4ASC A; 4XYX A; 4MZA A; 2HTW A; 4MWL A; 3G4E A; 4IFJ A; 4FOY A; 2C4A A; 3CL0 A; 2F13 A; 1X2J A; 3I1C A; 2VVZ A; 4Q6K A; 4O5T A; 2QWG A; 1V3C A; 3H73 A; 4K1I A; 4WEF A; 4YW2 A; 5JYY A; 2QE8 A; 1NCC N; 4XJ8 A; 2F10 A; 1CQ1 A; 5EO8 A; 1EUU A; 3SOV A; 4AHA A; 1F8E A; 2FHR A; 3DR2 A; 2ZW9 A; 3TI4 A; 1Z50 A; 2YDT A; 2IAP A; 2HT8 A; 2QWF A; 2VW2 A; 2FP8 A; 4HZV A; 2VSM A; 1MWE A; 4ZGC A; 1Z4W A; 4YW5 A; 4JF7 A; 2IAU A; 4CH9 A; 5NN9 A; 3WN7 A; 2BER A; 2GVU A; 4MWW A; 4X6K A; 1RWL A; 4GZP A; 1IVD A; 4XMB A; 2IAO A; 1IJQ A; 2V91 A; 2F27 A; 4KS2 A; 2BF6 A; 1NNA A; 4FPG A; 4XHX A; 1S18 A; 2AEP A; 1SLI A; 4FQ4 A; 5CGJ A; 5HUK A; 3VNH A; 3SRG A; 2HQS A; 3TC9 A; 2SIL A; 1IVG A; 5HUM A; 4FVK A; 1CRU A; 4PWZ A; 5FNS A; 3U0S A; 2HTU A; 1B9V A; 4MWQ A; 1N1Y A; 3GVK A; 3AMR A; 1EUT A; 5GX2 A; 4YZ1 A; 1INV A; 1QLG A; 1VCU A; 2CML A; 4D8S A; 1WP5 A; 4GZT A; 2G8S A; 5H47 A; 4HZZ A; 2VAQ A; 4XIK A; 1L7G A; 4YW4 A; 2YA8 A; 3SIL A; 2IAW A; 3ALW A; 2HTR A; 3S8V A; 3S94 A; 1SO7 A; 4QN3 A; 2HU0 A; 1N7D A; 3NO0 A; 4JML A; 3A9H A; 2AH2 A; 3TI5 A; 3V1S A; 3TI8 A; 1MZ5 A; 4FP3 A; 4A0P A; 5M1Z A; 4FPC A; 4FP2 A; 3O4P A; 2VK7 A; 2IAX A; 1SLL A; 1NN2 A; 4YZ4 A; 1S0J A; 4QN7 A; 4IFN X; 1IVC A; 4YY8 A; 4XJQ A; 2QWB A; 3ADE A; 3JU4 A; 4L7B A; 4K1H A; 4M4N A; 1N1T A; 4IN4 A; 2QWK A; 4M4V A; 4QN4 A; 3A71 A; 3T1E A; 4IQK A; 2H2U A; 1NNB A; 2F12 A; 1KIT A; 4CSD A; 1V04 A; 1NSB A; 2W20 A; 3NN9 A; 3SOB B; 4B7N A; 1XOE A; 3II7 A; 1W0O A; 1Z4X A; 4MZE A; 3ZGD A; 4IYG A; 2XCY A; 3S8Z A; 1NCA N; 4AGT A; 1F8B A; 3OPZ A; 2F11 A; 2HU4 A; 1V2I A; 1C9U A; 2Z32 A; 4BBW A; 1F8C A; 1W20 A; 3L6V A; 4B7Q A; 2FPC A; 1L7H A; 5EO7 A; 4R40 A; 2DG1 A; 1C5K A; 4YW3 A; 1NSD A; 5B2D A; 3UC1 A; 2F26 A; 4XHB A; 4KS3 A; 5F72 C; 1IVE A; 1ZI0 A; 1E8U A; 4K1K A; 4C1Y B; 1INH A; 2DSO A; 4GN8 A; 3IAX A; 1NNC A; 4MWJ A; 4YZ3 A; 4YW1 A; 5GTQ A; 1N1S A; 4I00 A; 2VPJ A; 1XOG A; 2B8H A; 4FJ6 A; 2F28 A; 3ALX A; 1L7F A; 1CVM A; 4GDI A; 4XOG A; 4XIO A; 1B9S A; 2ZZK A; 2SIM A; 2VW0 A; 3A9G A; 1A14 N; 3FVZ A; 3BYC A; 1MS8 A; 4D52 C; 1WCS A; 2IAS A; 1W1X A; 2GVX A; 2BZD A; 4IMB A; 4ZLR A; 1W21 A; 4GEZ A; 2P4O A; 4X49 A; 1V0Z A; 2W5O A; 4GNA A; 2HTV A; 1V0F A; 4X47 A; 2YA7 A; 1V3B A; 2FP9 A; 4GN7 A; 4N1B A; 1USX A; 4CPM A; 4D4U A; 2DYH A; 1U6D X; 3AMS A; 3P5B L; 2XN4 A; 4SLI A; 4GB1 A; 3TIA A; 5EX7 A; 1N6D A; 3CYE A; 4NC5 A; 4FOQ A; 1EUS A; 4K1J A; 3SRE A; 4MWY A; 2DG0 A; 3GVL A; 1NCB N; 4MWX A; 3K38 A; 2IAV A; 1INY A; 3INB A; 5F9T A; 4XJR A; 3LI4 A; 4HZW A; 2GHS A; 3TI3 A; 4XJ9 A; 2ZB5 A; 2ISM A; 1IVF A; 4D52 A; 4FPH A; 2GVW A; 4MX0 A; 4FPJ A; 3BEQ A; 5D9B A; 2VW1 A; 4QN5 A; 3S2K A; 1MZ6 A; 5D9D A; 3Q6T A; 2IAQ A; 1Z4V A; 4HHQ A; 5FNR A; 3FW0 A; 1MS5 A; 1Z4Z A; 3HLH A; 2F29 A; 1NMA N; 4AGI A; 4DGR A; 2QWD A; 4HZY A; 4GNB A; 1W8N A; 6NN9 A; 3WW9 A; 1NMC A; 2RKC A; 4WEG A; 5FNU A; 4AH4 A; 1RWI A; 4CPZ A; 1NSC A; 1N6F A; 1VCJ A; 2QWH A; 4MC7 A; 2XZK A; 1E8V A; 4CPL A; 4FZH A; 2VWD A; 1IUC A; 2A75 A; 2QWJ A; 4HIZ A; 3SAL A; 4NCS A; 3CL2 A; 1E8T A; 2AEQ A; 4KS1 A; 3SAN A; 3V65 B; 3SOQ A; 2WOZ A; 4HW6 A; 2HT5 A; 5HUN A; 2YA6 A; 1W8O A; 4XJW A; 7NN9 A; 4M4U A; 3SLI A; 1H6L A; 3PJQ A; 2AGS A; 2POO A; 2VK6 A; 2IAR A; 4B7J A; 1NPE A; 2OJH A; 3HLI A; 5GX4 A; 4Q1U A; 1NMB N; 4GZS A; 2ZWA A; 2FLU X; 4QN6 A; 4GZW A; 4D52 B; 1MS4 A; 4B7M A; 4FOW A; 4UF7 A; 4CPN A; 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