1MS5A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, soaked with n-acetylneuraminyl-a-2,3-thio-galactoside (na-s-gal)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYFFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 177
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms5A01
4CPOA 1ENSA 2DVAA 2QWAA 1Z78A 4YZ3A 1GSLA 1HLCA 2OW4A 2F11A 3T2TA 1LENA 1JUIA 1B9VA 1AX2A 1S0CA 1W1XA 1DBNA 1MS1A 1CIWA 2HYKA 4GDIA 3B9CA 4MJVA 5DG1A 2VXRA 1A4GA 1A8DA 2EF6A 1IS5A 3WG1A 5DZFA 1B9TA 3PVEA 4FVVA 1QMJA 1WUVA 2FMDA 4DFSA 3TI4A 4MZAA 1GZ9A 4ASMB 5IUQA 3O0XA 2G4IA 3USUB 2AENA 4Q6KA 2AEPA 2ZGQA 2RHPA 4NCSA 2ZABA 4BBWA 3NV1A 2XZJA 4XBNA 1W6MA 4U36A 3W09A 3POWA 2DVDA 1KDKA 3WLUA 2AEQA 2EXJA 1BXHA 1LOBA 1KJLA 3MEPA 1DQ0A 3JUUA 4JRAA 1W6PB 2E6VA 4K1YA 1NCDN 2QWHA 1MS5A 3FUQA 1SLIA 1YO8A 3TI5A 2DURA 2F29A 1Q8QA 4BOWA 5JVVA 3V0BB 4MWYA 1F31A 3TI6A 1SBEA 1UKGA 1MS3A 2YY1A 3V65A 3N7KA 3ZPYA 3ALXA 3CL2A 1UPSA 3CNAA 4FPFA 2VW2A 1BYHA 5EWSA 3OJBA 1RINA 4LBQA 1D2SA 3MW4A 2ZACA 1W6OB 4UW4A 2D3RA 1QOSA 4MWLA 4J9TA 3WNXA 2A6YA 4ZXKA 1NXD1 2HTQA 1WD3A 2GNTA 4D8SA 1GZWA 5T50A 4GZQA 4GA9A 3IN9A 3DUIA 4YG3A 3T1LA 4PQ9A 1WW4A 1G8WA 4WA5A 2VW0A 4Y1ZA 1INWA 4XJ8A 1S0IA 3JU9A 3AP5A 4CPZA 4K1KA 1G9FA 3WDUA 4WA4A 1IVBA 2HTYA 5GLVA 3ZXFA 4XJZA 2D6KA 1LGBA 3APBA 1IS3A 3AZWA 1U0AA 4XMAA 4DRRA 2W52A 5IK7A 2QWJA 1WCQA 1I1EA 2ZGOA 1DIWA 5H9PA 4CPNA 3WZ1A 1LOFC 4K1ZA 4R9DA 4FOQA 5GALA 1MZ5A 2OVUA 2ZB6A 4AVSA 1IS6A 3AJYA 4M01A 4ISRA 1VIWB 5AVAA 2UWBA 2CMLA 3HN1A 3A71A 3WUDA 2VVZA 4FVKA 1URXA 4UW6A 3OBRA 1DQ6A 4WV8A 1GKBA 4XJWA 5GLWA 2ZAAA 2XCYA 2NYYA 3WG2A 1YXWA 4C1WA 3AP7A 1VCJA 3IMNA 1CQ9A 2XZKA 1RIRA 4FZHA 2C4LA 5T52A 1N1TA 3FLTA 5H9SA 5CB7A 4Y20A 1JXNA 5HCFA 2SBAA 1SNTA 2PHFA 1F8EA 1DYPA 3I4IA 2F12A 1S0EA 1VCUA 2NN8A 3ZSLA 4XYXA 3ATGA 3IM0A 1Z4VA 3M3EA 5T55A 5IK8A 1FNZA 3ZVXA 2A3XA 2ZGLA 2F13A 4PBOA 1IVFA 1LHUA 3M2MA 2HTRA 2WSVA 2OUJA 2YA4A 4FPGA 2JD4A 3K36A 2DU0A 3PJQA 2JKBA 3ZSJA 1MVEA 3AX4A 4FQ4A 3N7JA 1A78A 2DVBA 1HDKA 3M3OA 4YFZA 4M3CF 4CPMA 1JYIA 1W6MB 2D6MA 1V6OA 2VH9A 3UJQA 1DHKB 3M1HA 3WOGA 1BZWA 2A70A 1F8CA 4AWDA 5DUVA 1GLHA 4YGDA 2WLQA 4Y22A 1NMAN 3B7EA 2SILA 1ULGA 4GZTA 2D6OX 3SILA 3KM5A 2WJSA 1ULEA 3L2YA 4XTPA 4AVVA 2C5DA 1QKQA 4QN5A 2XG3A 3VUOA 3N35A 1G9BA 4B7MA 5JYYA 2F26A 2D6LX 4ISQA 1Q56A 4FOVA 3WUCA 1FNYA 1GZWB 2WKKA 3LSDA 3SH4A 2W39A 4FPHA 3WCSA 3M3QA 2C4AA 2NM1A 5CNAA 4DRVA 2F28A 3N7MA 3LSEA 3T1EA 2ZB5A 2YDPA 1IOAA 2ZHKA 2GMMA 4QNPA 5DUWA 2PHXA 4GZSA 3OY8A 1GBGA 1MS4A 1Q8VA 3WCRA 1QF3A 4Y1XA 2WT2A 1YI7A 1JOJA 2WT1A 2YDTA 1W6NA 2VWDA 2A6XA 4K3YA 1XOGA 3WV6A 3SITA 4MC7A 3T1MA 3R4SA 4YGBA 2PHWA 2B8HA 2GNDA 1W0PA 2P34A 1G9DA 1QGLA 2HU0A 3RQ0A 2SLIA 3K38A 1EUUA 2ES3A 4NN9A 3N3HA 2EXHA 4LBKA 4AYUA 4BMEA 1V0EA 4GZOA 1EURA 4XIKA 1QOOA 1NNBA 1MZ6A 2DYCA 4XBQA 3WDWA 4U2AA 2DV9A 5IK4A 4TYSA 4KS1A 4CRQA 3AYAA 4FPJA 4GKXA 2ZHMA 3TI3A 5T54A 3ZYPA 4BMBA 3SANA 2E51A 3AYDA 1H30A 2QWEA 3AZXA 4B7JA 3ILNA 4GWNA 2E7TA 4RA0A 1UAIA 4FPOB 1GANA 5KXDA 4CTEA 4FPLA 2SIMA 4ITCA 3M3CA 1F5FA 3O0VA 4M4NA 2Q5TA 4XHXA 5JOYA 1ENQA 4YLZA 1FYUA 1GICA 5HUGA 1LGNA 5CA6A 1QDCA 1HQWA 5F9TA 5GZGA 3A72A 3H72A 3R4UA 3A4UA 3PVOA 4UW3A 5H9RA 2DVGA 3D4KA 4NO4A 5DUXA 3UL2A 2EALA 4JCKA 4BPZA 4Y1YA 3PVNA 1DFQA 1JYCA 1DQ4A 2YROA 4PCRA 2BERA 2OUHA 1HQLA 2A3WA 1INVA 1JBCA 3NWKA 3IPVA 4X4AA 4HZXA 2X9MA 1L7GA 4QN7A 1NCBN 1A14N 1V6MA 4B7QA 1LHOA 3D11A 4XZPA 3POYA 4M3MA 2GN3A 4DGRA 2QWGA 1F8DA 2W68A 4HL0A 3WDVA 4HIZA 3WDXA 5JDBA 4XE9A 3GVKA 1LOAA 2QWBA 4Y22B 2E53A 3B01A 2ZGTA 1OQ1A 1F8BA 1A4QA 4KS3A 1ZA4A 2R1BA 2VY0A 1DLLA 4FPCA 1S0DA 5EXOA 2VU9A 4R9BA 2V5YA 4GXLA 2EXKA 2R1DA 4OZXA 1QOTA 1W0OA 1MS8A 3RSJA 2H0BA 2EXIA 4BLJA 4GZPA 3HMYA 2GALA 1FX5A 3AP6A 3V0AA 1G86A 4Y24A 4MWRA 1BJIA 4XBLA 3AXDA 1Q8PA 4F83A 3ZYRA 2DTWA 4XXPA 4GDJA 1LEDA 3W59A 1GNZA 3NV2A 4ATEA 1LESA 4R9CA 1C4RA 4XJUA 3W58A 2DTYA 3INAA 2R0FA 1CN1A 4X47A 2QWDA 4I00A 1N3QA 3MPPG 1NLSA 1MVQA 2F10A 4W65A 2NMOA 5GZDA 1AX0A 1FV3A 1G9CA 1LHWA 1W6NB 4FOWA 1NCAN 4XJRA 4K20A 2PHRA 3WVJA 2I2SA 4DPNA 2A75A 4CZSA 1CPMA 3ILFA 4BLIA 1V3BA 1C57A 3OYWA 1LEMA 3AZZA 1ULFA 3R05A 2D6NA 4AGRA 3K37A 1CVNA 2R49A 5HUNA 1WBLA 1USRA 4KS2A 1B9SA 4Q8LA 2VK5A 4M00A 2CY6A 4YZ4A 3FBYA 3BEQA 1VLNA 1AVBA 2ZMLA 2CNAA 1INXA 2XB6C 4M3CA 2GMPA 4WVWA 1NNAA 1QU0A 4XMIA 1ZM1A 2E7QA 1DYKA 5GLTA 2ZGPA 4LBQD 4FJ6A 4WA3A 3VKFC 3SALA 4ATFA 3AFKA 1VALA 4GEZA 2TEPA 2BZDA 1V6JA 4FP3A 3FLPA 3RMXA 2VK7A 3VV1A 2NZ9A 3V64A 1ENRA 3U4XA 4WZFA 2VW1A 2BF6A 1DQ1A 3RS6A 4LBOA 4XHBA 2ZZJA 3SISA 2P3IA 3UK9A 1EUTA 3JU4A 2YA8A 2F24A 3O9KA 5DZGA 3WHTA 1V00A 2RKCA 3PMEA 4GJTA 3H71A 2NP0A 3VKLA 3OPZA 3SNMA 2AUYA 4BM8A 4YM2A 2YV8A 4JC1A 2ZGKA 4GZXA 2ZGNA 5E8AA 5GZCA 3QLQA 1LHNA 1USXA 2HT8A 4AVTA 1LU1A 3IPVB 1JN2P 3C2UA 1CPNA 2YA7A 3O0WA 3D6EA 3BODA 5L73A 1YIFA 1SO7A 2QWCA 2ZGSA 4MYEA 1LU2A 1W8OA 4LBNA 1LHVA 1FAYA 2YA6A 1A3KA 1IKQA 1NN2A 3ALWA 3HR9A 1WW7A 4LBQB 4H52A 3OGGA 1SFYA 1E8VA 4DS0A 1NMBN 2DWRA 2ZGUA 2CYFA 5M1ZA 1NNCA 4MWXA 1XOEA 4HZYA 2D7FA 1FATA 4BQ1A 4YFWA 1D0HA 4KS4A 1LJ7A 3ZXKA 4QN3A 4P9YA 1SBDA 2JJ6A 2A3YA 4QN6A 2ARBA 2V73A 5DUUA 2A5ZA 3VKMA 1GV9A 5CAZA 2W38A 2GNMA 3AYCA 1PZ7A 4M3CE 3O5SA 1WCSA 5HCBA 2AREA 1C1LA 4H53A 5GZFA 4GB1A 5CBLA 4SLIA 3VKOA 1SCSA 4GKYA 1SBFA 1W6QA 1VAVA 5GM0A 2DUQA 1E8TA 4QN4A 2D6PA 3I8TA 4GZWA 2BATA 5GJ6A 3AJZA 4Q1PA 3CKZA 1DILA 3N7LA 2ZA9A 1H9PA 2YMZA 4MJUA 1O4ZA 4H55A 4YGEA 1S0GA 1N3PA 1V6LA 2A71A 3CL0A 3OBTA 2R0HA 4FQZA 1AXKA 2CL2A 3B3QE 4CPLA 1Q8SA 5IT6A 1MR5A 5KXCA 4MWWA 1DQ5A 1V0FA 1BQPA 3A0KA 2EAKA 1WLCA 4HZZA 2WNEA 1B09A 2ZHNA 4M3CB 4M4UA 3BIWE 2QWKA 1O4YA 1W8NA 3FLRA 4Y26A 5GLZA 3TB0A 5IK5A 3B00A 1SLTA 4PF5A 1Z4WA 4MWQA 2W5OA 5GZEA 1UL9A 2GNBA 4Y20B 4YZ2A 5DXDA 3ENRA 1CR7A 1S1AA 5FREA 5DZEA 2DUOA 4XTMA 4P14A 1AXZA 5HCAA 1V3DA 4FOYA 1W21A 2F27A 1N1YA 3ZXJA 4Y1UA 4D69A 1G7YA 3NV3A 1LODA 3BTAA 4MZEA 4K21A 4C1XA 1KJRA 4P9XA 2BQPA 2LTNA 1INHA 1Z4YA 4FPEA 1CJPA 3O12A 1NSCA 4YGCA 2P2KA 1C1FA 2VSKA 1FV2A 1UZZA 3K3AA 2P3KA 4P9WA 1LOGA 1NMCA 1N47A 2P37A 2ZHLA 2QWIA 4WEFA 1DQ2A 1WD4A 2ERFA 1KRIA 3TICA 1YYNA 4XIOA 1V2IA 1MS0A 2YZ4A 5T5LA 5LK5A 4Q27A 4FP2A 1H9WA 4XDQA 2WT0A 3A0NA 3N36A 1J1TA 4AGVA 1MWEA 4UW5A 4MWJA 2DVFA 4RL7A 3ZXLA 4YG6A 3GNEA 2A7AA 4FPYA 2PELA 2CWMA 1IS4A 1TEIA 3GVJA 7NN9A 2NMNA 1Z4XA 3MW3A 3NN9A 4GALA 5B2CA 1E8UA 1AJOA 2D3PA 3FUOA 4B7NA 2VK6A 4ZKTB 1SLLA 5F5QA 2ZMKA 2UWAA 4FPKA 5JLVA 4K1HA 2HTWA 2ARXA 3ZSKA 1DZQA 4CPYA 1G9AA 2ZGRA 1CESA 2ZKNA 2DUPA 3POSA 3CYEA 3ZXEA 2LALA 5BYNA 4K1JA 2W08A 2ENRA 3OY8B 2PHTA 3WG3A 1SLAA 4JF7A 5EYXA 1NSBA 3TIAA 1CONA 1QNYA 4X6KA 1GZCA 2UWCA 2HU4A 1WLDA 4B7RA 5EYYA 2PHUA 1V6NA 1HKDA 3O9JA 4X49A 3H73A 1W6QB 1UMZA 4KS5A 1AZDA 1F9KA 3WG4A 1INGA 5B2DA 1SCRA 3KQRA 1L7FA 1JHNA 2FHRA 4MX0A 4I30A 5JOXA 1N3OA 4WEGA 4YZ5A 5FRAA 1APNA 4YM0A 3SH5A 1OFSA 1SLBA 1AXYA 5JMCA 1EPWA 1SACA 2HTUA 3NV4A 3ZSMA 4UF7A 4Y1VA 5E89A 4MWVA 5JOWA 3AZVA 4GWMA 4IQPA 1UX6A 1IVCA 2CTVA 4LBMA 1V6IA 3UJOA 2ZBJA 2JE7A 2KM2A 2A6ZA 4Q8KA 5H9QA 3TAYA 5SV8A 4NC5A 4R9AA 4TZDA 2P3JA 5DG2A 2UURA 1KITA 2VSMA 1Z50A 2GN7A 4YZ1A 3ILRA 3AXEA 1Y7BA 1NSDA 3QCWA 2GMEA 2GDFA 3IKWA 5E88A 1YRZA 6NN9A 2AYHA 1LULA 1EUSA 1PZ8A 1RITA 5HUKA 2D43A 1DIMA 4HZVA 4Z8BA 2F25A 5T5PA 2W20A 3USUA 1LGCA 2R16A 1AF9A 2WSUA 1JW6A 1KQRA 1ONAA 1NCCN 3GALA 1N1SA 4YW1A 4Q1RA 2XZIA 1DGLA 4PBPA 1S0BA 3DGTA 1S0FA 5NN9A 4XOGA 2JECA 2CWSA 1W6PA 2A6VA 2AGSA 3TI8A 4XJ9A 3D5OA 1V3CA 4Q26A 1AJKA 3VKNA 1N1VA 1R1ZA 1IVDA 3INBA 2D44A 3V0BA 2B7YA 3WDTA 4YM1A 1INYA 4YM3A 2QWFA 1MS9A 1WW6A 4K1IA 2JE9A 4L8QA 1KDMA 4MWUA 4DQAA 3D12A 4LBJA 4NOTA 1W6OA 5GLUA 1Z4ZA 2HTVA 1BJQA 1MACA 1UZYA 2EIGA 3SLIA 2ZGMA 1OKQA 5JOZA 1LCLA 1WBFA 4XILA 5HX0A 3BOPA 4Q2FA 2AH2A 5T5OA 1ULCA 4XJQA 2VUAA 2Z42A 2WQZC 4YG0A 3K39A 1LOFA 5KXEA 3V0AB 1IVGA 1V6KA 3FFZA 3Q9OA 1WLWA 3NSSA 2AR6A 1LOEA 4XJAA 2HT7A 1INFA 2W5NA 1X50A 2F0ZA 1ULDA 3AK0A 4WVVA 1V0ZA 1S0JA 2UU8A 3RG0A 3WDYA 1L7HA 3ASIA 3AZYA 1XQNA 2YA5A 3AP9A 3WHUA 4HZWA 4YW3A 1I3HA 1W20A 1GYKA 4YW4A 2ZMNA 3RMYA 4HANA 1IVEA 4XXAA 3TIBA 5HUMA 2A6WA 5KXBA 3H0OA 2YXSA 1PZ9A 5T5JA 1UN1A 3GVLA 3OYWB 4YW2A 2JDZA 1IKPA 4AGGA 1Q8OA 4KBBA 2C9AA 2DU1A 1LOCA 3AYEA 1Z0HA 1V3EA 1QDOA 1AX1A 1LTEA 3RRDA 3LCPA 1LECA 3MW2A 1VAMA 3AP4A 2HT5A 3SH3A 4M4VA 4LBLA 1GNHA 1SLCA 3H6JA 1BKZA 3B69A 2D3SA 1WW5A 1QNWA 4YW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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