2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
1CPNA 2YA8A 1ULGA 2Z42A 4FQZA 4QN6A 2QWAA 3OPZA 3AP7A 4GALA 1MS4A 1V6NA 3I8TA 3N7MA 1V6JA 3FLTA 2AYHA 5T54A 1F8BA 4LBOA 1LCLA 2P34A 4B7RA 4P9WA 1ULCA 4XTMA 3SITA 5T50A 2E6VA 4GDJA 1E8UA 1UMZA 4LBJA 4XXAA 1FAYA 1UX6A 1C1FA 3SNMA 2A6WA 2ZZJA 1AXKA 1RINA 3T1EA 2R1BA 4YM2A 1JYCA 3IPVA 1MS5A 2DVFA 3HN1A 3AFKA 1BJIA 2DV9A 4YM0A 1W8NA 3GVKA 1MZ6A 4HZXA 4KS1A 3V0BA 5HCFA 1YRZA 1LTEA 2P3JA 5IT6A 2BQPA 3WDYA 4KS2A 1Z4WA 2DWRA 4AVTA 2F10A 3NN9A 1GYKA 3N36A 4CPNA 1PZ8A 1NLSA 4XJQA 1Y7BA 1DHKB 2OUJA 2WSVA 1Z4YA 2UWCA 1PZ7A 1SNTA 2AEPA 1JN2P 4B7NA 2SBAA 1NCDN 2YMZA 5IK8A 4FPKA 3ILRA 2HTWA 2CL2A 4BPZA 1NNCA 3VKFC 1KITA 1Q56A 3OBTA 2VVZA 2E53A 1N3PA 3RG0A 4JC1A 1XOGA 3HMYA 1IKQA 1INXA 1CN1A 4JCKA 3TI8A 3N35A 1W6MB 1DIWA 1UL9A 4XHBA 4X4AA 2WT2A 3I4IA 3NSSA 3AYAA 2WT0A 2R0HA 1BYHA 1OKQA 1A78A 4FOYA 4GXLA 2ZGUA 4NC5A 4Q27A 1AXYA 2JKBA 2A5ZA 2F24A 2GMPA 2A6XA 4AGGA 2VK5A 1R1ZA 4Q8LA 3VKLA 4YGBA 3D12A 1Z78A 4GZPA 4KS4A 3WNXA 2WJSA 4FPHA 4GZSA 4MWWA 4DQAA 4WA4A 3ZXEA 4GZWA 4Y22A 4FQ4A 2VU9A 2BERA 3WLUA 3D5OA 1DQ6A 1Q8VA 1URXA 5B2CA 1L7FA 3O0VA 4Y1XA 1MS1A 4YG3A 1DQ0A 1FNZA 1LHOA 4ATEA 2R1DA 1ZM1A 3M3OA 1G9BA 2UWBA 2VSMA 1YXWA 2ZAAA 1JUIA 1B9SA 1PZ9A 5CB7A 2GNDA 4R9AA 3GVLA 5T5LA 1L7GA 1NSDA 1W6QB 2G4IA 3INAA 2F27A 5GZFA 4MWRA 4LBMA 1MWEA 4FPYA 1WW4A 4AVSA 5JOWA 1MS8A 1C4RA 2AR6A 4WVWA 3POSA 3WUDA 4PBOA 4GJTA 2UWAA 2DVDA 4K1ZA 2C4LA 1NMAN 3L2YA 5GLWA 3OYWA 1SACA 2D6PA 5GALA 2OW4A 2UU8A 2EXIA 3WG4A 2CMLA 5T5JA 4ZKTB 3PVNA 1F9KA 5GLVA 1LGNA 1EUUA 1V6LA 1Z4VA 1JYIA 4M4UA 4BLJA 4YGDA 2VWDA 3NWKA 5H9SA 3B7EA 3UK9A 2HTYA 1V0EA 4XZPA 6NN9A 4XTPA 3KM5A 4GKYA 3SANA 1LU2A 5T52A 5GZDA 1VCJA 3B00A 4LBQA 1CESA 1KQRA 4M01A 3CYEA 4AVVA 5DZEA 5EYYA 4Q2FA 1ENSA 1LGCA 1INYA 4PF5A 1MS9A 3AK0A 1X50A 2F11A 1WLCA 4CPYA 4K1HA 3WG1A 5HX0A 1GZWA 1JBCA 4Y26A 4Y20B 4XJAA 2CTVA 2W38A 4ITCA 3ZYPA 4FPLA 3O0XA 3M3QA 4UW6A 4YFWA 1I3HA 5HUMA 4CZSA 3LCPA 3OY8B 2ZMKA 5JDBA 4YW3A 3FLPA 2QWHA 1DQ5A 2ZHNA 1LENA 4MJUA 4DPNA 1INFA 4UW5A 4LBLA 2ZGQA 4YG0A 1MS3A 1BZWA 5F5QA 3WDWA 2WLQA 2P2KA 2ZMLA 4ZXKA 1AX0A 4P9XA 2PHXA 2ZGPA 4M00A 1V3EA 3WDTA 3RQ0A 3TI5A 4YLZA 1ULEA 3V0AA 2QWIA 2HU0A 3SH4A 1IOAA 2DUQA 4M3MA 1BKZA 1INHA 1B9TA 3TB0A 3O12A 1W6NA 5H9QA 3WG3A 2DYCA 3PJQA 3N7LA 2EXKA 3K3AA 2SLIA 5GZEA 1NNBA 1Z50A 5E88A 3MPPG 2ZABA 4XJUA 4SLIA 1W21A 4RL7A 1AX1A 4HANA 2ZMNA 5EWSA 4K1IA 3ZXLA 1IS6A 5KXEA 1IVDA 3BODA 1V3BA 2HTQA 3AZZA 3SISA 1BXHA 3WHTA 1YIFA 4BMBA 1C57A 1IVBA 3H72A 3D11A 1GNZA 4MZAA 3B69A 2QWFA 4DRRA 4BLIA 1LODA 1HKDA 1LHUA 4NOTA 1QOSA 4KS5A 2F13A 4D69A 1KDKA 4CRQA 4NO4A 1EUTA 3NV3A 5T55A 3W59A 1QOTA 4FJ6A 1S0BA 1QNWA 3JU4A 3SH3A 5JLVA 1A4QA 3O9JA 1J1TA 2ZGSA 1INGA 3TICA 1Z0HA 4FOWA 1O4YA 3R05A 2DUPA 3FUOA 4Z8BA 2EXHA 5HCAA 4AGVA 4M3CA 1V3CA 1B09A 1JW6A 2TEPA 2PHUA 1WW7A 4WVVA 3ASIA 3IPVB 3INBA 1IS4A 2X9MA 2VH9A 3ATGA 4Q6KA 3T2TA 1INWA 2V73A 2YA7A 2WKKA 2GALA 1S0EA 1EUSA 1NNAA 2C9AA 4WZFA 1SO7A 3B01A 4XIOA 2A6VA 4XJ9A 3SH5A 1A4GA 3CL2A 3A0NA 4GWNA 4HIZA 2D6LX 2D6KA 1LOGA 3AXEA 2GN7A 3ZPYA 1IVFA 1JHNA 1VAMA 1LHNA 1LEDA 1O4ZA 3SILA 1LU1A 2C4AA 1UN1A 5F9TA 4PBPA 4DFSA 2ZGMA 4MC7A 2ZHKA 4YZ2A 3N7KA 2DVBA 1F8EA 1C1LA 1QDOA 1N1VA 3NV4A 1V6KA 4YW4A 1N1YA 1W6OA 4Y1VA 3OBRA 3AX4A 1SLAA 3MW4A 3SLIA 2SIMA 2A3XA 1LOFA 2JD4A 5JVVA 1WBLA 4QN5A 2VY0A 3GNEA 4XJZA 3AYDA 2R16A 3WCRA 5CA6A 5IUQA 4MWXA 1FV2A 2A6YA 1E8VA 4FZHA 1V6MA 3H73A 1LJ7A 1H9WA 2P3IA 2HU4A 1OQ1A 1DLLA 2D3SA 3K39A 1AXZA 3ZSLA 2PHWA 1ENQA 1W0PA 2ZBJA 4XJRA 2VK7A 1LESA 1UZYA 5T5PA 4GKXA 3USUB 4CPLA 2H0BA 1W6PB 4K1JA 3JUUA 2A71A 1V0ZA 1LOEA 5HUKA 1HDKA 1SLCA 5DUXA 4MWQA 4XJ8A 2JE7A 4WV8A 4Y24A 3O9KA 1ULFA 4XBQA 2HT8A 2W52A 4XDQA 4GDIA 1N3QA 4Y22B 2ZB5A 1CJPA 2D7FA 5SV8A 3RS6A 1W6MA 4FPGA 5DG2A 4FVVA 1LHVA 2YA4A 1CVNA 1S0GA 1QF3A 1NN2A 3AZYA 3N3HA 3SALA 4C1XA 4FP2A 5HUGA 3K36A 2E7QA 2WQZC 3GALA 2VW2A 4GA9A 2E51A 3WUCA 1IVEA 3ALXA 1LOCA 3V64A 3PVEA 2A3YA 1BJQA 1ZA4A 2ARBA 1G9FA 2DURA 1DGLA 2A7AA 4FOVA 1Q8OA 1WCQA 1DYPA 5JOXA 5AVAA 1IS5A 2ERFA 2W5OA 3MEPA 2YA5A 1DQ2A 1H30A 4CPMA 1IVCA 3AP9A 3VKNA 3CL0A 3A71A 1WLDA 1CIWA 3RRDA 1S0JA 1V6IA 1W6QA 4KS3A 2YV8A 5CBLA 1UKGA 4F83A 3O0WA 5JOYA 4FOQA 4D8SA 4XE9A 3IM0A 1XQNA 3VKOA 1S0DA 1VAVA 1GV9A 2ZGNA 4DRVA 5E8AA 4J9TA 4LBQB 3FLRA 4U2AA 4HZYA 4TZDA 2NMOA 2WT1A 2VUAA 4XILA 1USRA 3ZSMA 3AYCA 1AF9A 3NV1A 2FMDA 2F12A 3H6JA 3VKMA 4B7QA 4UF7A 3DGTA 2EALA 2XB6C 1VCUA 3LSDA 3QLQA 1S1AA 1F5FA 2P3KA 3VV1A 5M1ZA 4R9DA 1NXD1 3WG2A 4NCSA 1OFSA 2F28A 4FPFA 2QWBA 3FBYA 1AX2A 2R49A 1MVQA 2PHFA 2BF6A 1KJRA 2HT5A 1SFYA 2LALA 1WCSA 2NZ9A 2D3PA 3TI6A 1SCSA 2ZGRA 3WDUA 1A14N 2GNBA 2DUOA 3K38A 3OGGA 2R0FA 1IKPA 1EPWA 2W08A 2DTYA 2YROA 2PHTA 4FPEA 2D6OX 5E89A 2EF6A 2HYKA 3WHUA 1QU0A 2VXRA 4NN9A 2XZIA 1N1TA 3V0AB 1APNA 4Y20A 4X49A 4Y1YA 5HUNA 2XZJA 3CNAA 2I2SA 3AXDA 1F8DA 3TAYA 3TIAA 1NCBN 1G8WA 2ENRA 3FUQA 2GNMA 4PQ9A 1G9CA 3OY8A 4JF7A 2BATA 4M4VA 4X6KA 4AYUA 1G9AA 2ZB6A 4HZZA 3AZWA 2NYYA 5L73A 2JJ6A 1GICA 1S0IA 2JE9A 1NMBN 4P14A 2KM2A 2YZ4A 2DVAA 5GLTA 5NN9A 3HR9A 1BQPA 4CPZA 2QWJA 1SCRA 1V0FA 1SLTA 7NN9A 4CPOA 1D2SA 1UZZA 4K20A 1UAIA 1WBFA 4HZVA 4FP3A 5GLUA 3M3EA 5DZFA 5H9RA 1UPSA 2W39A 4U36A 1WW5A 2YA6A 5KXDA 1VIWB 1QMJA 1Q8SA 1LECA 1MVEA 1ULDA 2W5NA 4HL0A 2W68A 1E8TA 3TIBA 4MZEA 4LBQD 1GLHA 4HZWA 2BZDA 2QWCA 2WNEA 4XMIA 1QKQA 3Q9OA 3POWA 1AJOA 4IQPA 4M4NA 2D43A 1G7YA 1WD3A 1DIMA 5T5OA 3RMXA 4ASMB 2JECA 1DZQA 4WEGA 5DZGA 4YZ5A 2XCYA 1JOJA 4M3CF 4OZXA 1GNHA 2VW0A 3AP4A 4WA3A 4R9BA 3K37A 1GSLA 3WCSA 4H53A 1YI7A 3AZVA 1XOEA 2GN3A 4Q8KA 1KJLA 2A70A 4K3YA 3VUOA 1QOOA 4XOGA 4TYSA 2YDPA 4H55A 2NMNA 5GJ6A 3V0BB 3ZXFA 2HT7A 3MW3A 1KDMA 3GVJA 4RA0A 1AJKA 3T1LA 4BOWA 4FPOB 4GZXA 4GZTA 2HTVA 5JOZA 4QNPA 2NP0A 1A8DA 1Z4XA 5DUWA 1W6OB 4XXPA 2ZA9A 2QWKA 2CYFA 2AUYA 1S0FA 1VLNA 5KXCA 4P9YA 1B9VA 1MS0A 4QN7A 4GZOA 4MWYA 1Q8QA 4FVKA 5KXBA 5FRAA 2SILA 5EXOA 2ZHLA 1G9DA 1NSBA 4ISQA 4YM3A 3UJQA 1WUVA 3N7JA 4L8QA 2RHPA 5CAZA 4C1WA 5GZGA 2ARXA 2V5YA 3M1HA 2C5DA 1QNYA 1GKBA 3BEQA 3TI3A 2DU1A 3WVJA 2DTWA 5DG1A 1I1EA 2GMMA 3ILNA 4GWMA 4QN4A 1FATA 1LOAA 2DVGA 4M3CE 2AREA 2W20A 4Y1ZA 1SBDA 1IVGA 1QGLA 1L7HA 3AP6A 4K21A 1RITA 2FHRA 1V2IA 2AH2A 3IMNA 3A72A 3TI4A 2VK6A 1FV3A 1CQ9A 4XYXA 1LULA 2VW1A 1VALA 2ZGLA 2GNTA 1SBFA 3B3QE 1ONAA 2OVUA 4B7MA 4ATFA 2CWMA 1DYKA 3BOPA 3USUA 4MWLA 4MYEA 3A4UA 4YFZA 1N47A 1W6PA 4AGRA 3WV6A 5H9PA 1LGBA 1NCCN 4BMEA 1NCAN 5JYYA 2WSUA 4BQ1A 4MWVA 3D6EA 3AJYA 1W1XA 2XZKA 2VSKA 4UW3A 2NM1A 3M3CA 3JU9A 2JDZA 4K1KA 1LOBA 4Q26A 2YXSA 1N3OA 1USXA 3CKZA 4DS0A 4QN3A 3NV2A 1W20A 1KRIA 1HLCA 3IN9A 3U4XA 1QDCA 1MZ5A 1U0AA 3AZXA 2PELA 5LK5A 1H9PA 1WW6A 1NSCA 5GM0A 3WZ1A 1HQLA 1INVA 2D6NA 4MJVA 1DFQA 3OYWB 1YO8A 2A75A 4YM1A 3T1MA 4XHXA 3R4UA 2EAKA 1LEMA 2GDFA 2F25A 1DILA 1AZDA 4YGEA 1DQ4A 3DUIA 3R4SA 3AYEA 2EXJA 3LSEA 4GEZA 4YW5A 2D6MA 4K1YA 4AWDA 4ISRA 3WDXA 2QWDA 4W65A 1LHWA 4Y1UA 3IKWA 4YZ3A 4WEFA 1W0OA 1WLWA 2ZGTA 2A3WA 4LBKA 2CY6A 2P37A 4DGRA 4YG6A 3ZVXA 3ZXKA 4XBLA 3H71A 3OJBA 1CR7A 1GZWB 4B7JA 3AP5A 3D4KA 1V00A 5HCBA 5GZCA 3KQRA 3B9CA 1AVBA 4MWJA 1HQWA 3ZXJA 4YW2A 2ZGKA 4WA5A 1NMCA 4H52A 4XIKA 4XMAA 5EYXA 1FX5A 5DUVA 2UURA 2AEQA 1GANA 4I00A 1CONA 1Q8PA 1RIRA 3APBA 2OUHA 5FREA 4BM8A 2D3RA 3PVOA 4PCRA 3C2UA 3ENRA 1Z4ZA 4I30A 5CNAA 3ILFA 3RSJA 2F26A 4Q1PA 5IK5A 3W09A 1W8OA 2LTNA 1GBGA 2AENA 3V65A 3ZYRA 2DU0A 1V6OA 1GZCA 3RMYA 4MX0A 2AGSA 3FFZA 1MACA 1N1SA 2B7YA 1F31A 1S0CA 4R9CA 4GZQA 1CPMA 4GB1A 2ZHMA 1IS3A 2EIGA 1W6NB 1FNYA 1F8CA 3H0OA 4LBNA 3WDVA 4MWUA 1DQ1A 1SLIA 4FPJA 1FYUA 2RKCA 5IK4A 1MR5A 3A0KA 4YZ1A 5DUUA 3ZSKA 2YY1A 4FPCA 3BTAA 1WD4A 1GZ9A 3WOGA 4YW1A 4CTEA 4UW4A 2F29A 2ZGOA 2CNAA 1A3KA 3ZSJA 3O5SA 1LOFC 5B2DA 5JMCA 4JRAA 2F0ZA 2HTUA 2A6ZA 1DBNA 4KBBA 2HTRA 1EURA 3M2MA 1V3DA 1SLBA 3UL2A 2B8HA 2NN8A 2ZACA 3MW2A 1JXNA 1YYNA 4YGCA 3AJZA 2D44A 4X47A 4Q1RA 2XG3A 2QWGA 2YDTA 2Q5TA 3UJOA 2GMEA 4XBNA 2CWSA 3W58A 4XJWA 5BYNA 1TEIA 1D0HA 5IK7A 1G86A 4M3CB 3QCWA 4BBWA 1ENRA 2PHRA 3BIWE 3PMEA 4YZ4A 3ALWA 5DXDA 5GLZA 2E7TA 1SBEA 2ES3A 1SLLA 2ZKNA 3POYA 2QWEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EE2A 1CPNA 4Q0PA 2YA8A 4OZOA 5LEKA 1HRI2 4PDWC 4B29A 1ULGA 2BOJA 3LOIA 3WF0A 4RQPA 2WNVC 3TEWA 4YARA 2Z42A 4FQZA 5DAPA 5CG8A 3CDZB 4KU8A 2QWAA 3OPZA 1KS4A 4QN6A 3AP7A 1PO21 4QQHA 1IQAA 2F4LA 2AZ5A 1MS4A 2OZJA 4GALA 1V6NA 3I8TA 4NPMA 5F3CA 3M7AA 3N7MA 4KWKA 3MV01 3HNYM 1V6JA 3FMGA 1US3A 2AYHA 3FLTA 4QM8A 5T54A 1F8BA 2B9VA 4AF9A 1X8EA 3C7HA 1I6XA 3MBWA 4DINB 3JB8A 2CGNA 4LBOA 2X5IA 4ET7A 1LCLA 1DZRA 2P34A 5BNNC 3ZKUA 4B7RA 3U1XA 1NA1A 4P9WA 4LA3A 4IE7A 5A3LA 5EO8A 1RMU1 1ULCA 4CCMA 1W03A 1J3PA 4BXSV 4IEQA 4LE4A 2O1QA 4XTMA 4NIGA 3SITA 2ZS6B 4XPVA 5T50A 5D8AB 5BNPB 1AYM1 3GDBA 2E6VA 4XF0A 4N43A 3I2HA 4KWLA 4GDJA 1VPHA 3I2OA 1E8UA 1UMZA 1WA4A 5JXJA 2VAQA 4LBJA 4XXAA 1HJFA 1FAYA 1UX6A 3DV8A 3LEGA 4JTOA 2Q30A 4B3NA 1JYVA 4Z92B 4HG6B 4NRPA 1RTVA 1C1FA 1CAXA 4OULA 1DG6A 4HVOA 4Z82A 3SNMA 2W8BA 2A6WA 2ZZJA 1ZREA 3MLJA 1AXKA 1RINA 4IV1A 4F7ZA 3T1EA 2WFF3 2R1BA 4YM2A 1JYCA 2XWJB 5IVJA 2ETEA 2VC9A 3RNSA 3IPVA 5F3IA 5A3NA 2HWD1 2RMU3 4OQ9A 1ZYBA 4UYBA 3VD9A 4PIZA 3CMGA 1MS5A 3PURA 2DVFA 4A44A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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