1MR5A

Orthorhombic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
630
structure length
621
Chain Sequence
GSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords trans-sialidase
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 175
structure length 621
sequence length 630
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mr5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mr5A01
5IK4A 5SV8A 3B7EA 2D43A 3RMXA 4DFSA 4BMEA 1XOGA 1DQ1A 1BXHA 1O4ZA 1LOGA 1V2IA 5HUNA 3H73A 4TZDA 3V64A 1N1TA 2ZGPA 4JRAA 1V00A 4M4NA 2A3YA 5IT6A 1Z4XA 1EPWA 1W6QA 1S1AA 1KDKA 3WG4A 2HT8A 4B7MA 2W38A 1APNA 5HCBA 2VW2A 2P3JA 1UL9A 2ZB6A 3LCPA 4I30A 2P2KA 2YDPA 4C1WA 3CYEA 1I3HA 1QU0A 1WBLA 1MS3A 1DGLA 1A8DA 1V6MA 1MS9A 1N3QA 2AR6A 2KM2A 1QDOA 1S0DA 3I4IA 1HQLA 1V6OA 2WJSA 4K20A 5EYYA 4WV8A 4GZQA 2H0BA 4WEGA 2ZGMA 1CIWA 3OPZA 5HUGA 4MWUA 3D11A 4Y1ZA 2R1BA 2DUOA 2ZGTA 3CNAA 1ULFA 4GDIA 3RG0A 2WT2A 4GKYA 2HU4A 1U0AA 2WLQA 2F27A 1VCJA 4Y1YA 2YA5A 1C1FA 1IVBA 2DU1A 2E51A 1V6IA 4K1KA 4FPCA 2QWAA 4CTEA 2QWJA 3W59A 4XIKA 3OGGA 1INWA 5DUUA 1G9DA 1MWEA 1GZWA 3IPVA 1FYUA 2WT0A 3NV4A 1CR7A 4X4AA 1URXA 2EXJA 3RMYA 1LEMA 1SBEA 2F13A 2X9MA 2RHPA 4MWWA 1DHKB 1SLAA 2DVAA 5HX0A 1SLCA 4AVTA 3OBRA 1IS4A 1F5FA 3POWA 5HUKA 3OBTA 2CYFA 1B9TA 2W20A 3V0AB 2AGSA 5CAZA 4ZXKA 2I2SA 3C2UA 3MPPG 3V0BB 4X47A 4BBWA 5JVVA 1NMBN 2PHTA 1WD4A 2DTWA 2XZIA 1LGBA 1S0FA 1GKBA 2HYKA 4QN6A 1DQ5A 3TI6A 3WG3A 1DQ6A 2GN7A 4M3MA 1SFYA 2D7FA 5DUXA 4YM3A 1C57A 1CPMA 2ZACA 3SH3A 2JE9A 4XJ9A 1LOFA 2NZ9A 1DZQA 2VK5A 1Q8PA 5GZFA 2C4AA 1NNCA 3WVJA 4K1YA 2Z42A 3GVJA 6NN9A 1V6JA 2PHRA 1N1VA 5KXCA 2TEPA 3FFZA 2CY6A 3AXDA 4XJQA 3WDUA 1ONAA 3ZYRA 2ZGQA 1XOEA 4DRVA 2WKKA 3FUQA 2JE7A 4GA9A 1XQNA 1F8DA 4XHXA 1BJQA 1LECA 3TB0A 4YGBA 1INGA 2ZBJA 3PVNA 1W6MB 2E53A 1JBCA 1LENA 2QWIA 1UKGA 1OQ1A 4P9WA 4Y1XA 1LOAA 2Q5TA 4AGVA 2ZKNA 1S0JA 3GVLA 1WLCA 1NCAN 4CRQA 1NSDA 4J9TA 1RIRA 2A3WA 1E8TA 1QNWA 2VW1A 3UJQA 1QOOA 2EXHA 4DGRA 1EUUA 2WSVA 3DUIA 4KBBA 3SH4A 1IS5A 4H52A 3ILNA 3W58A 4XOGA 4SLIA 1EUSA 3RSJA 1NCCN 4BQ1A 2DVFA 1OFSA 2W68A 2OVUA 3KQRA 4CPYA 2DUPA 3VV1A 3B9CA 4Q8LA 1LU1A 3A72A 4K1ZA 3K38A 4M00A 4FPFA 5EWSA 4Z8BA 1FV3A 2D3RA 4XE9A 1DFQA 1N1SA 2QWDA 1MZ6A 3V0AA 4K21A 3VKOA 3HMYA 2ERFA 3AFKA 3V0BA 1BKZA 1LOEA 1W20A 3O0VA 3ZXEA 2ZGSA 3MW3A 2UWBA 1AX1A 3DGTA 1AXKA 3MW4A 1WD3A 4GZTA 3SLIA 4MJUA 4P9XA 5T5OA 4FPLA 2P37A 5FREA 3WUDA 3SITA 4LBJA 4XBQA 2VK6A 1V6KA 2JD4A 2ARBA 3TI5A 2W52A 1UPSA 1V0FA 3BIWE 1NMAN 4FPEA 4CPOA 2VSMA 4YG3A 1SBFA 1YRZA 1ENSA 4FPKA 2YMZA 1O4YA 2UWAA 4CPMA 4DRRA 5T5PA 1INXA 3AZZA 2RKCA 3M3CA 4FOWA 1ULDA 3ZPYA 3WDVA 3NWKA 3VKFC 3A0KA 2WQZC 2D6LX 1N3PA 3AJZA 1FNZA 2YROA 3K39A 2DTYA 1G86A 2ZGOA 2D6PA 2EXKA 4K1IA 4CZSA 2G4IA 1LOFC 4PF5A 4FP3A 4Y1VA 4MZEA 2C4LA 1QKQA 2GNTA 2YY1A 4M3CB 2QWKA 3UL2A 5KXBA 3IKWA 1Q8SA 3LSEA 2HTWA 1UAIA 4K1HA 1QNYA 1VAVA 3M3OA 1A4QA 2HTUA 2VH9A 4YZ5A 1B9SA 7NN9A 2ZHLA 1GSLA 2UURA 4GJTA 2ZMNA 1J1TA 3MEPA 2P3KA 2PHFA 5GLUA 3ALXA 3B01A 4B7JA 2AH2A 3ILFA 1JUIA 3Q9OA 4Y24A 3AYAA 3O12A 3HR9A 5EXOA 3SALA 1MVQA 2EIGA 4QN7A 3B00A 2WNEA 4Y22A 1VLNA 3WV6A 2JKBA 3OJBA 1PZ8A 2ZMLA 4FQZA 5JOWA 1NXD1 2A71A 3MW2A 5DXDA 1DILA 1ULGA 4DPNA 2SLIA 2QWGA 1IS6A 1MS0A 2E7QA 2A6VA 1S0IA 2YV8A 5JOXA 1L7HA 3WNXA 2VSKA 5GZGA 1W6OA 4XBNA 4YM1A 4K1JA 3ZXJA 2VY0A 1SNTA 4FPHA 5JOYA 1NSCA 2AENA 2ZHKA 4BMBA 1PZ7A 1V3BA 1LHVA 1HDKA 3M1HA 1CVNA 4FQ4A 2D6NA 2PHUA 4X6KA 5CA6A 5IK5A 1UX6A 1V3CA 4LBOA 1B09A 4BOWA 2DYCA 5IK8A 1BJIA 1AX2A 5GALA 1BZWA 3TIAA 1JXNA 4WVVA 1W21A 4XDQA 5BYNA 3K3AA 3T1EA 4YW3A 4Q6KA 4TYSA 4AWDA 2P3IA 2W08A 1ULEA 4M3CA 1D0HA 5JLVA 4DS0A 1MZ5A 4F83A 3ZVXA 2F0ZA 3WDXA 2JJ6A 2GMMA 1WW6A 4MWVA 4FVKA 4HL0A 3WZ1A 3ATGA 1AX0A 2AYHA 2VW0A 1Y7BA 1TEIA 3AZXA 4M4VA 1F31A 2BATA 2AUYA 1UZYA 3AXEA 1IOAA 3WHTA 4HANA 2AEPA 5GLVA 3N35A 2VVZA 1A4GA 4YM2A 1CN1A 2NM1A 2GALA 3PMEA 1Z50A 2XB6C 2ZB5A 4I00A 1RINA 2F10A 3INBA 1NLSA 4MWYA 4WZFA 4LBQB 5F5QA 1NMCA 1N3OA 1W8OA 2GNMA 3OYWB 1FATA 2LALA 1A3KA 5GJ6A 2OUHA 3IM0A 5GLWA 2DU0A 1IVFA 3B3QE 4YZ3A 4HIZA 1JN2P 1Q8OA 2LTNA 1F8CA 1R1ZA 1S0GA 5DG1A 3OY8B 4Q27A 4Y20B 2VK7A 1RITA 2WT1A 4PCRA 1ENRA 1DQ4A 4MWLA 2EAKA 1G9FA 3PVOA 1AF9A 4NC5A 1KDMA 2CWSA 1FX5A 2A5ZA 1Z78A 1MACA 3M2MA 4C1XA 4Q8KA 1F8EA 5M1ZA 1INHA 1IKQA 2BF6A 3PJQA 2OW4A 2CL2A 4XZPA 1Z0HA 3INAA 3M3EA 1SACA 1GV9A 3N7MA 2FMDA 2ZA9A 4Q1PA 1LGNA 2QWEA 1LULA 1H9WA 2XZJA 4YFZA 5FRAA 3IMNA 1AVBA 5H9PA 1LHNA 1KITA 2A6YA 2BERA 1LHOA 2DVBA 1WBFA 4YGCA 1LU2A 2NMNA 1N1YA 3RQ0A 1QOTA 3QCWA 2ENRA 3TIBA 1GBGA 5KXEA 1DQ0A 2SBAA 1F8BA 3UK9A 4PBOA 4XHBA 3BODA 4Y22B 4HZWA 5T54A 4AGRA 3N36A 4YLZA 1SCSA 3O9KA 2ZMKA 4H55A 2ES3A 4NN9A 4ISRA 2A6WA 1LHUA 4R9DA 4ATFA 4AGGA 5F9TA 1VIWB 1WCSA 2ZHMA 3CL2A 2EXIA 4GDJA 4MWJA 4GALA 4GZSA 1SLIA 2R0FA 4LBQA 1W6OB 1BYHA 3OYWA 2CMLA 4AYUA 1QMJA 1AXZA 4KS3A 2P34A 3WCSA 3GALA 4DQAA 2R49A 2F12A 2AEQA 3BEQA 1SBDA 2VXRA 1MS5A 3POSA 4D69A 5H9RA 4XJ8A 1YIFA 2F24A 4H53A 1USRA 1DIMA 3H71A 5HUMA 2XCYA 2ARXA 2PHXA 2GNDA 1DYKA 5DZFA 4GZPA 2YXSA 1JW6A 3OY8A 4LBNA 4Y20A 3O5SA 3USUB 4GWNA 4ISQA 4PQ9A 3SH5A 1S0CA 2HT5A 4UW3A 3GNEA 1HKDA 5L73A 1UZZA 4FOYA 2HU0A 1LGCA 1S0BA 5EYXA 1LHWA 1W0OA 5IK7A 1B9VA 1Z4VA 4FVVA 3FBYA 1X50A 1UN1A 1W8NA 3NV2A 3GVKA 1FAYA 1V6NA 4YZ4A 1YI7A 2EALA 2HTQA 1IVCA 4YZ1A 3WUCA 3R4UA 1LESA 3FLTA 1MS1A 2CNAA 3RS6A 3RRDA 2YDTA 1NNBA 2D6KA 1WW5A 2D44A 1ENQA 3O0WA 2A3XA 1E8VA 1CONA 2XG3A 1Q8QA 1WUVA 1JYIA 1IS3A 2W5OA 3A71A 3SNMA 1C4RA 4Q1RA 3I8TA 3ZSJA 3JU4A 2D6OX 1Z4YA 2E7TA 4YG0A 5DUVA 5GZCA 4XJWA 5H9QA 2DWRA 4MWQA 1DQ2A 4BPZA 4WVWA 2PELA 4M3CF 2QWBA 3NSSA 3ASIA 4FOQA 4MZAA 2B8HA 2OUJA 4GXLA 2YA4A 1GNHA 1L7FA 4JF7A 5E8AA 3V65A 4JCKA 3POYA 1W6NB 1YO8A 2ZGNA 5KXDA 2C9AA 3WG2A 4Y26A 4XYXA 5T52A 2R16A 1NSBA 2D6MA 1AXYA 3JUUA 1V0ZA 1Z4ZA 4QN4A 3N7JA 2F11A 4BM8A 3WDYA 3U4XA 1AJKA 4PBPA 3KM5A 5T5LA 3FLPA 1NCDN 1DLLA 2HTRA 1SLBA 1WW4A 1QF3A 2ZGKA 2GDFA 4OZXA 1IVGA 1GNZA 4MWRA 2UWCA 4R9CA 5HCAA 4XMAA 3ZXLA 1LODA 4P14A 2F25A 3M3QA 1I1EA 4UW5A 4ZKTB 5DUWA 1PZ9A 4LBMA 3N7LA 4MWXA 3D4KA 3AP6A 1DIWA 2FHRA 1W6PA 2V5YA 2QWHA 4XIOA 5GZDA 3USUA 2BQPA 3WDTA 4ATEA 2BZDA 1G9CA 3IN9A 1MS4A 4QNPA 3AK0A 3SISA 2HTYA 2D3PA 4LBQD 1USXA 5LK5A 3D6EA 1IVDA 5CNAA 4GKXA 1ZM1A 1LOCA 1YYNA 4FOVA 4HZZA 4U2AA 4Q2FA 1V3EA 4KS4A 1JHNA 4GZXA 2PHWA 3NV1A 3AJYA 3LSDA 4P9YA 2HTVA 1S0EA 1V6LA 4YFWA 3AP5A 3ILRA 3AP7A 2XZKA 1Q8VA 4ASMB 1YXWA 4FZHA 1LEDA 3FUOA 5DG2A 1IVEA 5GLTA 4M3CE 3ZSKA 4XJAA 4GB1A 3AYCA 1JOJA 1IKPA 1CQ9A 2D3SA 3N3HA 4B7QA 1CESA 3TICA 3CKZA 4UW6A 3VKLA 1VCUA 4YW1A 3NN9A 3WOGA 3A4UA 1AJOA 3R05A 4WA3A 4W65A 3AZWA 1H9PA 4XILA 3VKNA 2NP0A 1GANA 1SCRA 1W0PA 4X49A 5IUQA 1SLLA 2DV9A 1LTEA 2YA6A 4WEFA 4GWMA 5B2CA 5T55A 5JDBA 3FLRA 1V3DA 3WCRA 4XMIA 2ZGRA 2VWDA 1OKQA 4YZ2A 3ZYPA 4GZOA 5E89A 1FNYA 1WLDA 1W6NA 1G9AA 4JC1A 4YG6A 5E88A 4KS2A 3O0XA 1G7YA 1WW7A 5JMCA 1LCLA 4UF7A 2SIMA 2NN8A 5NN9A 3K37A 4KS5A 4NCSA 4UW4A 4YW2A 1Q56A 4FPYA 4QN5A 4XJRA 4CPZA 4AVVA 1LOBA 1A14N 4GEZA 1N47A 2ZGUA 3D12A 1GICA 4CPLA 4WA4A 3AYDA 2W39A 1MS8A 4XXAA 1VAMA 1SO7A 3ZSMA 3AZVA 1KJLA 4YW5A 3SANA 1QDCA 4RL7A 2DVDA 1W1XA 4Y1UA 4XJUA 1HQWA 1V0EA 2R1DA 2A6XA 1BQPA 4K3YA 1ULCA 2E6VA 3VUOA 1NCBN 3AZYA 3ENRA 4MJVA 1ZA4A 3TI4A 1QGLA 4MX0A 3BTAA 2JECA 1EURA 3APBA 5B2DA 4BLIA 2NMOA 3HN1A 1LJ7A 3AP9A 5GZEA 2SILA 4HZXA 3O9JA 3L2YA 1D2SA 3ALWA 1MR5A 1E8UA 2GMEA 2C5DA 3TAYA 3B69A 1WLWA 1QOSA 1WCQA 1KJRA 2VUAA 3CL0A 2YA7A 2WSUA 2QWFA 1VALA 3N7KA 4FPJA 2NYYA 5T5JA 4U36A 2JDZA 4KS1A 3A0NA 4HZVA 4R9BA 3TI8A 3WLUA 2ZAAA 4QN3A 4R9AA 1Z4WA 3WG1A 3AYEA 4WA5A 4NO4A 3H72A 2A6ZA 2ZGLA 3R4SA 1INFA 4M01A 1L7GA 2DUQA 5GM0A 4M4UA 2HT7A 2GN3A 2EF6A 4BLJA 4MC7A 4YM0A 3SILA 1CPNA 3TI3A 4HZYA 1A78A 3AX4A 5T50A 3PVEA 2ZHNA 2YA8A 3T1MA 3K36A 4YW4A 2YZ4A 1W6QB 4IQPA 2GMPA 5HCFA 4FPOB 2V73A 1HLCA 2A70A 3BOPA 2GNBA 1KRIA 1INVA 4GZWA 3ZXFA 3H6JA 2W5NA 2ZABA 1GLHA 2DVGA 1GYKA 1W6PB 4L8QA 1DBNA 4MYEA 4XJZA 5JYYA 2UU8A 2R0HA 1EUTA 3VKMA 1GZCA 5CBLA 2CTVA 4XBLA 1H30A 4B7NA 1DYPA 2A7AA 2F29A 2QWCA 3WDWA 1CJPA 1W6MA 1UMZA 3H0OA 4D8SA 1FV2A 5DZEA 3NV3A 2A75A 1SLTA 4Q26A 1KQRA 4FJ6A 2ZZJA 1JYCA 4AVSA 1NN2A 4XTMA 2AREA 2B7YA 3D5OA 3T2TA 4YGEA 1INYA 4FP2A 2CWMA 3ZSLA 4YGDA 5DZGA 2VU9A 4XXPA 4XTPA 5GLZA 3ZXKA 1NNAA 1G8WA 1GZWB 3IPVB 5H9SA 2F28A 1MVEA 3QLQA 1GZ9A 4LBKA 3UJOA 4CPNA 4LBLA 3JU9A 2F26A 3W09A 4ITCA 1AZDA 3AP4A 4RA0A 3T1LA 5JOZA 4B7RA 2DURA 1F9KA 1C1LA 3WHUA 4NOTA 5AVAA 5CB7A 1G9BA 4FPGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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