4XOGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and dana
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 193
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xogA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xogA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xogA02
1G7YA 1DZQA 4PBPA 2B7YA 1DIMA 4FPJA 3O9JA 3OBRA 4YZ4A 1V3EA 5GLWA 2EXKA 3B7EA 1G86A 3AP5A 2EXJA 2QWHA 2R0FA 5M1ZA 5T5PA 3FLTA 1IS6A 2VW1A 1VCJA 1FYUA 3IPVB 3O0WA 3K3AA 4Q2FA 2QWAA 1KDMA 1E8VA 3K39A 1JOJA 1UKGA 5DG2A 1OFSA 4YLZA 2W39A 1N1SA 3M3OA 3B9CA 1GV9A 4IQPA 4K1ZA 1V0EA 4WVVA 4FPOB 3WHTA 3ZVXA 1DBNA 1V6KA 3N7MA 2PELA 3AYDA 4XILA 1WD3A 1L7GA 1KDKA 3K38A 3WCSA 1NSDA 1YYNA 2A6YA 2HTYA 3TI8A 1LOCA 2OUJA 3O9KA 1GZCA 4UW5A 4FOWA 4QN6A 3TAYA 2ZGSA 3K37A 4KS4A 1UMZA 4YG3A 1QNWA 4KS1A 4MWYA 3FFZA 1B9TA 3CL2A 4WEFA 1W6QB 2XZJA 2BQPA 5KXBA 1NNAA 5EYYA 2ZBJA 1QF3A 1HKDA 1WLDA 3SH5A 1EUSA 2SBAA 2B8HA 1LGNA 1SCSA 2DVFA 3POYA 5IK4A 1VALA 3DUIA 2GDFA 1XQNA 3JU9A 1IKQA 4R9BA 3ALXA 2QWIA 1W0PA 3GVJA 4MWUA 1QOTA 3RMYA 4LBNA 2VW2A 1GNZA 3N7KA 3ZYPA 2RHPA 5E8AA 1INHA 2DTYA 2HTWA 4GWNA 4XMAA 1FNYA 2W08A 4YW3A 1J1TA 5GJ6A 1UAIA 2VK5A 3L2YA 5KXCA 4ASMB 5GLZA 2DU1A 4CPOA 3V65A 4MJVA 1DQ6A 1IS3A 4Y1ZA 1G9DA 4Y20A 2HTUA 3BIWE 3VKMA 1JBCA 4NOTA 2AYHA 3MEPA 1LGCA 4GALA 1ULFA 4DGRA 2VSMA 1NSBA 2VU9A 4JC1A 4PQ9A 2ZZJA 1V6NA 5CBLA 4QNPA 1LODA 1ENSA 2I2SA 3TI5A 3AK0A 3TI4A 1LHUA 1D2SA 1DFQA 4TZDA 1DYPA 1EURA 4GZTA 3PMEA 2C9AA 1UZYA 4XJUA 5E89A 4Q8LA 2BATA 2C5DA 3WUCA 5GZDA 2JE9A 5JOXA 4FP2A 1RINA 2R0HA 2D6MA 1Z4YA 2DURA 2X9MA 2AGSA 3N35A 3NN9A 4WV8A 4GWMA 1MVEA 2ZHKA 3PVEA 2GMEA 2W20A 2EALA 4WZFA 4DRRA 4GJTA 2A6XA 2WT0A 1DILA 4QN4A 1LENA 1AZDA 1SBEA 1BZWA 3T1LA 3NSSA 5B2DA 1S0FA 2A3WA 2XB6C 3K36A 4FJ6A 3WDVA 2ZACA 3JUUA 3WG1A 1WBFA 3HN1A 3R05A 5DUWA 2D6KA 2R16A 1IVCA 4XJRA 2WQZC 3ZXLA 4XYXA 1S0DA 1FAYA 1S0IA 1GZWA 4FPGA 3T2TA 5IK5A 3FLRA 1V6JA 4FOQA 4BPZA 3SNMA 3SITA 3WDXA 3NV1A 3POSA 3ZSJA 1LOFC 3N7LA 4K20A 2F24A 1V6OA 4MC7A 1SLAA 2UWCA 2NZ9A 1SLCA 6NN9A 1N3OA 1ULEA 2HTRA 3UJOA 4MJUA 4Y22B 2EXHA 2A6WA 4BMBA 1MZ6A 1O4ZA 2WJSA 4FPFA 1BKZA 3CKZA 5JOWA 5IT6A 3POWA 4GZSA 2VY0A 1Q8SA 1WW6A 5H9PA 2GNDA 1V3DA 2PHUA 3SH4A 4BBWA 4BMEA 5H9QA 4XOGA 3AYEA 3ZXJA 4Y1UA 1DQ5A 3GALA 2CWSA 3HMYA 1A4GA 1V0FA 1MR5A 4Y26A 5FRAA 4Q26A 2DUPA 3CNAA 4C1WA 4X49A 3RS6A 4Q27A 2JJ6A 1MS9A 2VVZA 3A0KA 1Z4XA 2P37A 1NNBA 4CTEA 2WKKA 2NYYA 3BOPA 3AP6A 5JOZA 1WW4A 3AZVA 4JF7A 2ZGQA 4H55A 1IVFA 1MS0A 2E6VA 1I3HA 1FV3A 1C1LA 1JUIA 1A8DA 1KQRA 2F25A 1ENQA 1LTEA 3LCPA 1H9WA 1SBDA 4BQ1A 1LHWA 3WNXA 3AJZA 3AYAA 2ZHNA 1A3KA 1S0EA 2YA4A 4GZPA 3TICA 4R9CA 4PF5A 4FOVA 3T1EA 3GVLA 2F11A 4YZ1A 4DPNA 3FUQA 2NMOA 2F13A 4KS3A 4DQAA 3ZSMA 1I1EA 2GNTA 2E51A 4HL0A 4LBLA 1AXZA 3RQ0A 5GZGA 5GLTA 1PZ7A 5DZGA 4NO4A 1IOAA 4XIKA 5H9SA 1WBLA 2ZMLA 1BJIA 2D44A 2NP0A 1G9FA 1XOGA 2VUAA 5FREA 3MW4A 1OKQA 4GB1A 1AXKA 3WDWA 1HLCA 2PHRA 1Z4VA 1SCRA 4SLIA 3V0AA 4FOYA 4GZQA 3V0BB 4LBQD 1W6NA 3AP4A 1EPWA 1MS4A 2E7TA 2HU4A 4LBQA 1XOEA 2Z42A 5T5LA 2FMDA 1Z0HA 2GALA 4U2AA 4KS5A 1AX2A 4XE9A 1E8TA 4M3CE 4XBLA 3KM5A 3WCRA 4YM0A 1LCLA 4KS2A 2JDZA 3N3HA 1V6LA 3BODA 1NNCA 4B7NA 1GBGA 4U36A 1AX0A 1AJKA 4ISQA 1LESA 3GVKA 4BOWA 1MS8A 5T54A 4Y1XA 1GICA 1LOGA 3A72A 3AZXA 3AZYA 1LU1A 1Q8OA 4MWRA 5GZFA 1GSLA 1IVEA 1NLSA 1INFA 2HTQA 3B00A 2YMZA 2DWRA 1LJ7A 1C4RA 4K21A 1C57A 4XJ9A 1W6PA 1SACA 2NN8A 4GKYA 3PJQA 5GLUA 4GZWA 4B7QA 5DZFA 4FZHA 1DQ2A 3ZSLA 4K1HA 2XG3A 5T55A 2YDTA 3AJYA 2ZGMA 2GNBA 2YXSA 4FPKA 3AZZA 5JVVA 1W8OA 4Y1VA 1QNYA 4Y1YA 1CJPA 1INYA 4YG0A 2ARBA 3N36A 4B7JA 1CN1A 2ZA9A 3HR9A 3IPVA 2A71A 3UK9A 1Q8QA 1Z50A 5HUKA 3A71A 2D3SA 1A78A 2V73A 2ZGUA 1R1ZA 3O12A 3B3QE 4X6KA 3ZXKA 3R4UA 1MS3A 3ZPYA 4MX0A 2AR6A 2H0BA 1KRIA 3AYCA 2R49A 1B9VA 3OBTA 1AJOA 1NCDN 5IK8A 4AYUA 1H30A 3R4SA 2F29A 4D69A 1Y7BA 4MZAA 1ENRA 5JYYA 3ILNA 4ATEA 4AGRA 5BYNA 5T52A 4UF7A 2EAKA 4P9WA 3OYWB 2YDPA 2R1DA 2BF6A 4YW2A 2A3XA 1W21A 1AF9A 4YG6A 3RMXA 1W6QA 1G9BA 3ENRA 4M4VA 4M4NA 3AP7A 4PBOA 4CPLA 3SLIA 4YM3A 4NCSA 1L7FA 3SILA 4YZ5A 4HZYA 3AXEA 1N47A 1AX1A 1JN2P 2QWEA 1VAVA 3MW3A 3LSEA 1WLWA 5DXDA 2PHTA 1W6OB 5CAZA 1INVA 5HCBA 3A0NA 1W6MB 5GZCA 4C1XA 3USUB 2QWCA 3M3CA 3WG2A 1YO8A 4L8QA 4ATFA 3H72A 1KITA 1S0CA 5E88A 2AREA 3TIBA 2W5NA 3W59A 4HANA 4R9AA 3T1MA 2ARXA 4MWWA 5HX0A 2ZHMA 1LOEA 5GALA 3WDTA 2UWBA 1A14N 2W5OA 2CWMA 2CY6A 1WCQA 1Z4WA 3WHUA 4ZXKA 2DVGA 2HYKA 1F8DA 1NCBN 4FQZA 5JOYA 1JW6A 4M3CB 4K3YA 1INWA 1SNTA 2ES3A 4YFWA 3IN9A 5T50A 2YA8A 4MWXA 2E7QA 4YM2A 1U0AA 5HCAA 2D6OX 4XXPA 3D12A 2JD4A 2EXIA 1DLLA 1YI7A 4GDIA 3V64A 2HT8A 1VCUA 2P2KA 2ZAAA 3D5OA 2DTWA 1OQ1A 3UJQA 1W20A 4XBQA 5GM0A 5HUMA 2AEQA 4UW6A 2SILA 3ALWA 4HZZA 5JLVA 2P3IA 1NSCA 1WLCA 1SLBA 1FV2A 2VK6A 1D0HA 1F5FA 5DZEA 3OY8B 2DVAA 3ILFA 3MPPG 5KXDA 3WG4A 1URXA 2DUOA 4LBKA 4M3MA 1CONA 1JYCA 1LHOA 1VLNA 1CPMA 4BLIA 2WT2A 1Q56A 3WDUA 1GNHA 4XJZA 4M01A 2NMNA 4XTPA 5AVAA 3C2UA 2A7AA 4K1KA 4YZ2A 3WOGA 1HDKA 4XJQA 2UU8A 4Q8KA 1E8UA 1NMCA 2A3YA 2CTVA 3ZSKA 2HTVA 2C4AA 4Y22A 2ZGTA 2NM1A 2A5ZA 1QDCA 4XDQA 2FHRA 2F12A 1WW5A 2C4LA 1S0GA 2DYCA 2QWDA 4AVSA 3DGTA 2ZGLA 4XZPA 1W0OA 1CQ9A 4B7MA 2ENRA 4FVVA 1JYIA 4WA4A 2QWBA 4OZXA 5SV8A 2LTNA 2A6VA 1N3PA 1KJLA 5F5QA 4PCRA 2WLQA 2ZMKA 4CZSA 1F8BA 1G9AA 1USRA 2VWDA 3W58A 4GEZA 4YGCA 3W09A 5B2CA 2WNEA 4H52A 5JDBA 4X4AA 1SO7A 2GN7A 2ZGOA 2ERFA 5IK7A 2PHWA 1QMJA 4YGDA 2D7FA 4FQ4A 1UPSA 2DU0A 4LBOA 1V6IA 1DIWA 4QN7A 1DQ4A 4ISRA 7NN9A 1BYHA 4AVVA 2VW0A 3GNEA 4XJ8A 1MS5A 4Q1RA 4KBBA 3NWKA 4CPMA 3TI3A 1ULDA 1YRZA 4WA5A 1W8NA 1APNA 3TIAA 3A4UA 3WZ1A 4ZKTB 2HU0A 1GZ9A 3NV4A 5CA6A 1B9SA 4I00A 2ZGRA 3SALA 2F26A 1IVGA 2QWFA 1GLHA 1CIWA 2XZKA 5DUVA 3NV3A 3H71A 2OUHA 2F10A 4AGVA 3WVJA 4K1IA 2AUYA 2V5YA 5HUGA 1N1TA 4YW5A 1QOOA 4AVTA 4JCKA 2XCYA 2BZDA 1PZ9A 4WVWA 3KQRA 3NV2A 1QU0A 1EUUA 3WDYA 3ATGA 3V0BA 3QLQA 1NXD1 3B01A 2D3RA 4NC5A 3BTAA 3RSJA 3ZXFA 3Q9OA 4XJWA 1S1AA 1USXA 3JU4A 5F9TA 2W68A 3OGGA 4QN5A 1G8WA 1IKPA 1LOBA 1LU2A 2CMLA 4YM1A 4LBJA 4MWLA 3IM0A 1INGA 4XMIA 1UL9A 3M2MA 3SH3A 1F8CA 1TEIA 1DQ0A 3SANA 2PHXA 4FP3A 1G9CA 1GANA 1LOFA 2P3KA 4HZVA 4LBMA 4GKXA 4XHXA 4DRVA 4MWQA 1N1VA 2SLIA 5EWSA 5DUUA 2AH2A 1LHNA 2UURA 2GNMA 4Q1PA 2F0ZA 1X50A 1L7HA 2GMMA 1V6MA 3VKOA 1F8EA 4XIOA 4Y20B 1AVBA 1QKQA 2E53A 1ZA4A 2F27A 1NCCN 2ZHLA 1Q8PA 1F31A 4XHBA 3VUOA 4MWJA 5CNAA 1WCSA 1V0ZA 1IS5A 1HQWA 1MZ5A 1LEDA 2EIGA 1WD4A 1Z78A 4RA0A 2YV8A 4WA3A 4RL7A 3PVNA 4YFZA 1W1XA 1WUVA 2SIMA 2ZABA 1V2IA 2A70A 2WSUA 3VKLA 1SFYA 1UN1A 1UZZA 3ZYRA 2JKBA 3APBA 1JHNA 3M3EA 3RG0A 1BQPA 4K1JA 3INAA 4DS0A 3INBA 3H73A 2VH9A 1IVBA 4YGEA 1ZM1A 3B69A 1BJQA 1YIFA 4BM8A 2RKCA 1F9KA 2AEPA 1MVQA 1O4YA 1NN2A 1HQLA 3CL0A 4GXLA 3FLPA 4R9DA 1VAMA 2KM2A 1PZ8A 2YA5A 5HUNA 3TB0A 1A4QA 1IS4A 4UW3A 4FPLA 4HZXA 3OYWA 1JXNA 3H6JA 2YY1A 3VV1A 2OVUA 2D43A 2P3JA 4YW4A 1LHVA 1V3BA 2VXRA 1GZWB 1SBFA 4CPNA 3CYEA 1RITA 1DHKB 2XZIA 1W6OA 4AGGA 4CRQA 1MACA 2EF6A 1W6MA 4MZEA 1CR7A 3ILRA 3USUA 4BLJA 3ASIA 3QCWA 5H9RA 4B7RA 2QWGA 5EXOA 4P14A 3VKFC 1QDOA 2A75A 4FPEA 3IKWA 1V00A 4FPHA 2GN3A 2WSVA 4JRAA 2D6NA 4XJAA 4QN3A 1NMBN 1SLTA 5DG1A 3SISA 2WT1A 4M00A 2CYFA 3D4KA 2HT5A 4MWVA 5LK5A 1CESA 4XBNA 1INXA 1LEMA 2CL2A 2VK7A 1YXWA 4FPCA 3OJBA 2JECA 2ZKNA 5KXEA 3M3QA 2W38A 4HZWA 1SLIA 3AX4A 2DV9A 1LGBA 1FNZA 1IVDA 4GZOA 4YGBA 4Y24A 2ZMNA 2GMPA 3ZXEA 4F83A 2DUQA 4K1YA 1GYKA 4M3CA 4ITCA 4M4UA 3AXDA 3RRDA 1AXYA 2CNAA 4WEGA 4M3CF 4J9TA 2BERA 1ONAA 1H9PA 2Q5TA 4XXAA 4H53A 2D3PA 4Q6KA 3AFKA 5GLVA 1CPNA 3N7JA 2QWJA 3O0XA 4X47A 5T5JA 2PHFA 2F28A 4W65A 3O0VA 1N1YA 1NMAN 3WUDA 4P9YA 5DUXA 3TI6A 4Z8BA 2DVDA 3D6EA 1SLLA 3AP9A 2D6PA 4GDJA 4GZXA 3FUOA 4P9XA 1B09A 2OW4A 3WLUA 5CB7A 3D11A 3OY8A 1LOAA 1VIWB 4CPZA 4YW1A 3IMNA 2W52A 3AZWA 1DYKA 4MYEA 1LECA 4XTMA 1QOSA 3U4XA 5EYXA 5JMCA 1RIRA 2TEPA 2P34A 4FVKA 1V3CA 1CVNA 1S0JA 2ZGKA 4GA9A 2YROA 2D6LX 3WG3A 3O5SA 1DGLA 3I8TA 2QWKA 2A6ZA 2ZGNA 5IUQA 2YA7A 2G4IA 1LULA 1GKBA 3LSDA 2HT7A 4YZ3A 1ULGA 4DFSA 1DQ1A 1MS1A 3V0AB 3WV6A 5L73A 1FX5A 3M1HA 2AENA 1W6NB 1C1FA 4LBQB 5HCFA 1MWEA 1Z4ZA 4I30A 1ULCA 1KJRA 4UW4A 2ZB5A 4FPYA 5NN9A 2R1BA 1EUTA 2VSKA 4AWDA 3BEQA 2YA6A 4D8SA 3OPZA 4HIZA 2JE7A 3PVOA 3I4IA 3MW2A 1N3QA 1QGLA 3FBYA 5GZEA 2LALA 1Q8VA 4TYSA 2ZGPA 1S0BA 2YZ4A 1NCAN 1WW7A 3UL2A 1BXHA 2ZB6A 3VKNA 3H0OA 1UX6A 2UWAA 1W6PB 2DVBA 5T5OA 4NN9A 4CPYA 1FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G7YA 1DZQA 1RYYA 2B7YA 4PBPA 4FPJA 4YVSA 1DIMA 3O9JA 5DAPA 4KG8A 3OBRA 2Q8EA 1PVXA 2VMEA 3I97A 3N9NA 3QBQA 2BJSA 4YZ4A 3GHMA 5KHGA 5HCHA 1V3EA 1DU3D 3MBWA 4AGIA 1AR71 2EXKA 5GLWA 1IG3A 1UYYA 4JGYA 4ZPIA 4CP9A 1AR73 3THDA 1A8MA 1VBE3 2WUHA 2GC3A 2ZX3A 4IEVA 3OGJA 4NUBA 3B7EA 1W39A 3K77A 1G86A 3AP5A 1DG6A 1JMUB 4JHZA 4NIIA 1PX4A 3WINE 4CXWA 4JZRA 4BK4A 2EXJA 1XSRA 3UGFA 2QWHA 2R0FA 5M1ZA 5T5PA 4IDZA 3ZGDA 3FLTA 2XH6A 2EIBA 1EAH1 2QQMA 5FOJB 1IS6A 2VW1A 4HBNA 1PX3A 4NWWA 1VCJA 2P17A 1FYUA 3IPVB 4R52A 3O0WA 5FQ0B 3K3AA 4PJYA 5JIUA 4O61A 2XQXA 3H7YA 3KCXA 4JKKA 4IQKA 4I0BA 1CAVB 4Q2FA 2QWAA 5L7OA 2C26A 4MLOA 1RC6A 3PMSA 2ZKLA 2PYTA 1W06A 1IZ3A 1RMU1 3VDDB 1KDMA 2Y8KA 4G3NA 3VBHB 1E5HA 1E8VA 1A34A 3K39A 1JOJA 4LEJA 2BV4A 1QHDA 1UKGA 4GH4A 1ZBE1 2GC1A 3RYPA 3KCYA 4NRMA 1OFSA 1XNTA 4URTA 5DG2A 4YLZA 3S6PA 2PHLA 2W39A 5F3EA 2VZ1A 4LO6B 3ZYFA 1H2LA 3BB6A 4CEWC 3LFMA 3PUAA 3WP3A 3IIAA 2R30A 1VJ2A 2XJVA 1JS9A 5A7PA 4AOCA 3WNLA 2FMYA 1JZ4A 2LS6A 3KHCA 2FP9A 5JCTA 1N1SA 2Y6HA 3VNGA 5APAA 3M3OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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