1MZ6A

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with the inhibitor dana
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
630
structure length
620
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVATADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVGSNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRFIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPACGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPGAPTDSRVTVTNIVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis of sialyltransferase activity in trypanosomal sialidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
molecule tags Hydrolase, hydrolase inhibitor
total genus 161
structure length 620
sequence length 630
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mz6A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mz6A01
2D6PA 3AZZA 4FPOB 4YLZA 4B7QA 2E51A 3N3HA 2VW0A 4Q26A 2ZB6A 3AJYA 1QDCA 3FUQA 3BODA 1SLAA 4YW2A 4MJVA 2CWMA 1S0EA 4GWNA 2LTNA 4Q27A 2XB6C 2HTWA 4MWYA 1GANA 2EXKA 4WA5A 4XJ9A 2A70A 4D69A 1EURA 2XZKA 3UK9A 1F8DA 4Q1PA 2DVDA 1Z78A 4PCRA 2A6VA 2ZKNA 4DS0A 1N3OA 2LALA 1MZ5A 5H9QA 3RMYA 3R05A 3TI3A 3MW4A 4H55A 3WDYA 1FNZA 3A72A 3D6EA 4XMIA 1GKBA 3SNMA 1RITA 4U2AA 1BJQA 4BOWA 2GALA 1S0IA 5JOWA 3CKZA 4X49A 2HTQA 1LJ7A 4MWRA 3A4UA 1W8OA 1IKQA 2UWAA 1IS5A 2C5DA 2NYYA 2ZMNA 1N47A 1SLTA 1EUUA 2WT2A 3K38A 2F13A 4MWXA 1IVDA 2F29A 2FMDA 1BYHA 3WDTA 2I2SA 4BM8A 1DGLA 4XMAA 3ZSJA 1YI7A 2SBAA 4YZ1A 3O0VA 2NN8A 2WSVA 1GLHA 5EYYA 1CVNA 2JD4A 4PF5A 4HL0A 5JDBA 1N1VA 3AK0A 1LGBA 1ULGA 1I3HA 3WNXA 3SITA 2YROA 1IVBA 5GJ6A 2R49A 2F26A 4WA4A 2W20A 3N35A 2WT1A 3N7JA 1MS9A 1LOEA 1A78A 4MWUA 1NSBA 3M3EA 1JXNA 4R9BA 4IQPA 1SLLA 4YZ5A 1UX6A 1SNTA 2DVAA 2P37A 3B3QE 5CA6A 1G9AA 2PHUA 1USXA 2Z42A 3ALXA 4MWJA 3FFZA 1BJIA 1GZCA 2ZMKA 5GM0A 4K1YA 2C9AA 1Q8PA 4XHBA 1AXZA 3KM5A 2BERA 2QWHA 1LEDA 4NCSA 1NMAN 1F5FA 4MX0A 4Q8LA 1W8NA 1LU1A 5DUUA 4XJAA 1WW7A 3WG4A 1AX2A 1QNWA 2D3SA 4XJ8A 2B8HA 2D6MA 1LENA 4H52A 2E7TA 3IM0A 3LSEA 2D44A 5DXDA 4QN6A 2ES3A 3FLTA 5GZDA 2ZBJA 5T55A 2ARXA 1B9SA 4LBMA 3JU9A 1LOGA 3M3QA 1V6LA 2YV8A 1S0CA 2YA5A 2QWIA 1IKPA 4UF7A 3B9CA 2P3JA 3ZVXA 5KXDA 3APBA 2VVZA 1SCRA 3A0KA 1USRA 1X50A 3WHTA 1OFSA 2A3YA 1V6OA 1EPWA 5GLWA 2WSUA 4XBLA 2BZDA 2YA4A 3W09A 2F28A 1IVGA 1W0OA 3AP4A 4YZ4A 1CPMA 4Q8KA 2EIGA 1CR7A 1KQRA 3JU4A 4BMBA 3OYWB 3TI8A 3MEPA 3OYWA 1LHWA 2PHWA 5DUWA 2ARBA 4L8QA 1V6IA 2ZHMA 4KS3A 2ERFA 4CPLA 2PELA 4GA9A 3WV6A 1MS4A 3SLIA 3WG1A 1S0GA 4LBJA 2VK7A 1YO8A 3B00A 4Y22A 1FYUA 3VKFC 2E53A 2AYHA 1G8WA 2XZJA 5GLUA 4NN9A 1Q8SA 1UAIA 2YXSA 2VY0A 2ZHLA 5IK5A 4WA3A 1H30A 1GNZA 3U4XA 1V0EA 2D43A 2HYKA 1NCAN 3H71A 4QN3A 5L73A 4FVKA 3SISA 3LSDA 4ISQA 3N7MA 3UJQA 1DBNA 3R4UA 2A6XA 1Z4ZA 5T5PA 2AR6A 3AP5A 3D5OA 4DPNA 1A4QA 4YG0A 4X47A 3KQRA 1QOOA 1LTEA 5AVAA 2QWKA 1YYNA 3WDUA 3RMXA 4Y24A 1WBLA 1VAVA 2AENA 4Q1RA 1V6NA 2HTRA 3ZXKA 2A7AA 1INHA 4J9TA 3ZPYA 1DYKA 1JYCA 3NV2A 2DUQA 1QU0A 3HMYA 1H9PA 2WLQA 2P3KA 3ILRA 2CWSA 2WT0A 1OKQA 4MC7A 2KM2A 1VIWB 1BKZA 4UW6A 4YG3A 1Z4VA 3FUOA 1UPSA 3K39A 1Z50A 3CNAA 1F8EA 4LBLA 3BOPA 1V6JA 2GMPA 2YY1A 1QMJA 4YGBA 1LODA 2VK5A 2A6ZA 2Q5TA 2ZZJA 1V3EA 1INGA 1AXKA 1G7YA 4M01A 3INBA 1W6MA 4BPZA 1JBCA 3N7LA 3OGGA 1QF3A 3AP6A 4B7MA 5T50A 5B2CA 3H73A 1QOSA 2YA6A 4NO4A 4FPCA 4M4VA 1AJOA 5EWSA 2CY6A 5CBLA 4P14A 2A71A 1B9VA 5BYNA 2NZ9A 4YZ3A 5DZEA 5JOZA 3NN9A 3AFKA 1KJRA 1DZQA 1N3QA 3AP7A 1S0BA 1N3PA 4XXPA 1DIWA 4YFWA 1WCQA 4HZZA 2QWCA 1U0AA 3GNEA 5F5QA 3TIBA 3UL2A 4GZQA 4FP3A 2A3WA 4GWMA 2BQPA 4LBQB 1OQ1A 4B7RA 4XHXA 4Z8BA 4GEZA 4LBQA 5HCAA 1QDOA 2YA7A 3A71A 1AZDA 4ISRA 1ULCA 1LHVA 3D4KA 1DYPA 3WZ1A 2A75A 1DQ5A 3O5SA 4BBWA 4WVVA 5JOYA 4I30A 3BEQA 1QOTA 4FPGA 1IVCA 4KS5A 2PHTA 1URXA 2ZGSA 2AEQA 3SH5A 5IK8A 1INWA 2WNEA 2DYCA 4R9AA 3PJQA 1NNBA 4JRAA 1LOFC 5GALA 1FV2A 2YDPA 1GSLA 1WW5A 2DWRA 1KJLA 3V65A 2ZGMA 2F11A 1NCBN 3AZVA 4F83A 2F24A 1YRZA 2D3RA 1AX1A 1DFQA 2OUHA 4CPMA 4HZWA 3INAA 1SBFA 1ULFA 2E6VA 4K3YA 3O12A 4XOGA 3POYA 1WUVA 2BF6A 1LCLA 5IK7A 1N1YA 1E8TA 4ATFA 2YMZA 1F8CA 3M1HA 4YW4A 4YGDA 2A3XA 2WJSA 1BQPA 5HX0A 1DIMA 1WBFA 1CJPA 2JE9A 3AXDA 3T1LA 3NWKA 3CL2A 4M4NA 3LCPA 4HIZA 3ASIA 3ZSKA 4FQ4A 4Q6KA 2ZGQA 3ILNA 1E8VA 1YIFA 2VU9A 3HR9A 3WHUA 2JJ6A 4XJUA 1MWEA 3NV1A 2HU4A 1UN1A 1V00A 5E88A 2ZGLA 4YM1A 3ZSLA 1SLCA 2ZMLA 1NXD1 4Y1YA 5EXOA 5T5LA 3SANA 3ALWA 1INYA 4Y1UA 5DUVA 5IT6A 1MZ6A 4GZOA 3CYEA 1N1SA 2DV9A 1SLIA 3PVNA 2DUPA 1W6OB 4HANA 5HUMA 3SH4A 2VXRA 1LHUA 1W6OA 3DUIA 3VKOA 4DQAA 3N7KA 2GNMA 2VUAA 3V0AA 2DTWA 2P34A 2YDTA 1ZM1A 4X6KA 3V0BA 2AH2A 1MS8A 1NSDA 4QN5A 4KS1A 4P9YA 1VAMA 3B01A 4GZPA 4XBQA 4AGGA 1AVBA 3D11A 1GNHA 1FATA 2W08A 1C4RA 5T5JA 1Q8OA 4JC1A 4Y26A 4FP2A 2X9MA 5M1ZA 2CNAA 5B2DA 1A3KA 2HTUA 1UKGA 1KDMA 2AGSA 1GBGA 2ZABA 3VUOA 2VWDA 1L7FA 4FJ6A 1HQLA 3ZXLA 3H0OA 4FPEA 2HTVA 4GZXA 4OZXA 4Y1VA 1AX0A 1MACA 2DUOA 4FOVA 5HUKA 2DU0A 1LEMA 3RRDA 2GMMA 4P9XA 4PBPA 1G9DA 3QCWA 4U36A 3M2MA 4FOWA 4AVVA 5EYXA 1BZWA 3SALA 1H9WA 4M3CE 4UW4A 2DVBA 2XG3A 4FPHA 1C1LA 4BLJA 1GZWB 5DG2A 3RG0A 4NC5A 1INFA 1LULA 3PVEA 5T54A 1XQNA 1GZWA 2A5ZA 3ZYRA 4FPFA 2YZ4A 1ULDA 1F8BA 1CPNA 1DLLA 1MR5A 3W58A 3I8TA 4XTMA 4AYUA 2GNBA 6NN9A 1S0JA 3FLPA 3QLQA 1ENQA 2NM1A 4AWDA 1FV3A 1MS1A 4ASMB 4Y22B 1Q56A 3IPVB 2V73A 3GVJA 3IPVA 1GICA 4PBOA 4ZKTB 1DHKB 1W6NB 4GZTA 2F10A 4GKXA 1W6NA 1HDKA 4K1ZA 1Z0HA 3ZXJA 3R4SA 2VH9A 4YGCA 4M3CF 4K1HA 2CL2A 1Z4WA 4B7NA 1GZ9A 2SILA 4KS4A 2JE7A 4NOTA 2QWGA 3MW2A 4H53A 2W68A 1J1TA 5DG1A 4DRVA 4MWQA 5CB7A 1VALA 3M3CA 1INVA 1MS0A 1NCDN 1JOJA 4K20A 4KS2A 1CESA 3NV3A 4GZWA 2DVFA 4BQ1A 2A6WA 3AYAA 4RL7A 1TEIA 1SCSA 1VCJA 5HUGA 1WW4A 3UJOA 2W5OA 3B69A 2R16A 2WKKA 3OBRA 1WLDA 3FBYA 2R1BA 4YW3A 3BTAA 2ZB5A 1NMBN 3ATGA 4GDJA 1RINA 3WDVA 1AXYA 1PZ9A 2EXJA 1IVFA 4Y1XA 2UURA 4FVVA 1E8UA 2D7FA 3TIAA 1BXHA 3OY8B 4Y20A 3N36A 2R0FA 1G9FA 2ZACA 3OY8A 4GJTA 3JUUA 3TICA 4XZPA 2DVGA 2DTYA 1SBEA 5KXBA 2HT8A 5T5OA 2TEPA 1D2SA 2EXHA 2CYFA 3ZXEA 2GN7A 3AYDA 5H9RA 1JW6A 2F12A 1W6MB 4GB1A 4MZEA 1DQ1A 1O4YA 4FOQA 1HKDA 2C4LA 1LHOA 1QNYA 2ZGKA 1CN1A 1LECA 5GLVA 1V3CA 5IK4A 2QWFA 3TI5A 5DZGA 3TAYA 1LOBA 2SIMA 1W6PB 1LGNA 1W6PA 1FAYA 5GZEA 3VKLA 1MVQA 4PQ9A 4GKYA 2P2KA 3GVKA 3L2YA 2A6YA 3BIWE 1INXA 1F31A 2VW1A 4DRRA 2JDZA 4K1KA 1V0ZA 3ZSMA 2PHFA 1CQ9A 3AYCA 2F0ZA 5JOXA 2H0BA 1LESA 3NSSA 4ZXKA 3O0XA 2W38A 3AZYA 3GVLA 2G4IA 2UWBA 3WCSA 4GXLA 3FLRA 4JF7A 4MJUA 1LHNA 2VSMA 3WUDA 1N1TA 4DFSA 4K21A 1UMZA 4CPNA 4YW1A 2RKCA 4R9CA 2D6KA 2ZGRA 2QWJA 2D6OX 4TZDA 4QN7A 4WEGA 4FZHA 1PZ7A 1GYKA 3M3OA 4XE9A 2W5NA 5HUNA 2ZHNA 5GLTA 3WVJA 4WZFA 1JHNA 4XDQA 3AX4A 3AZWA 4XJZA 1DQ2A 1ULEA 3AP9A 4QN4A 4FPJA 1NMCA 4CPZA 3K36A 2ZGTA 3NV4A 4X4AA 4FQZA 1IS6A 1G9CA 4XJWA 4GZSA 3WDWA 4XTPA 1B9TA 4FOYA 2RHPA 2ZGOA 2ZA9A 5E89A 3WCRA 4AGRA 1QGLA 4XJQA 4I00A 1W0PA 2EXIA 1YXWA 4MYEA 4JCKA 2ZGUA 1Z4YA 1L7HA 2AEPA 4CZSA 1GV9A 5GLZA 2PHXA 3WG2A 4ITCA 2SLIA 1A4GA 4WEFA 1MVEA 2C4AA 2NP0A 3WDXA 3PVOA 2FHRA 2ZGNA 2ZHKA 1V3DA 1NN2A 1Q8VA 1IS4A 2OUJA 2EF6A 1MS3A 2QWEA 1CIWA 4QNPA 4M4UA 3PMEA 2ENRA 2JKBA 4BLIA 1V2IA 4HZXA 1WD3A 4AGVA 4W65A 1ENRA 1MS5A 3IMNA 4P9WA 4UW5A 4LBNA 3O9JA 4LBQD 3T2TA 4YGEA 1UZYA 2OVUA 4XYXA 1LOCA 4K1JA 2PHRA 4R9DA 5JLVA 2QWBA 5FRAA 5IUQA 1VCUA 3AXEA 2UU8A 3Q9OA 2ZAAA 1NLSA 2VW2A 3SH3A 1NNCA 3V0AB 3ZXFA 1FX5A 1L7GA 3O0WA 4HZYA 4XIOA 3V0BB 2EALA 1UZZA 4HZVA 4K1IA 2NMNA 2D6NA 1LOAA 5E8AA 3H72A 5DZFA 1APNA 3ZYPA 3GALA 4YZ2A 1ZA4A 1SFYA 5JYYA 1AF9A 4ATEA 3SILA 1KDKA 2W39A 1V0FA 1SBDA 1UL9A 3IN9A 2HT5A 2GMEA 4TYSA 4Q2FA 1XOGA 1JYIA 1I1EA 1SLBA 1W20A 4CRQA 2AREA 3AZXA 1HQWA 4YW5A 1EUSA 4D8SA 3POWA 1A14N 1W1XA 1IVEA 4CTEA 5DUXA 1S1AA 3RS6A 1Y7BA 2B7YA 1WW6A 5JVVA 1XOEA 4XBNA 3RQ0A 1G86A 3D12A 1VLNA 5NN9A 4SLIA 3WUCA 1F9KA 7NN9A 4DGRA 2QWDA 1S0DA 1ONAA 4C1XA 4XILA 5LK5A 4B7JA 5H9SA 3MW3A 2W52A 2JECA 4WV8A 4CPOA 5GZCA 2VK6A 1PZ8A 5HCFA 1D0HA 1JN2P 2QWAA 1W6QB 1W6QA 4Y1ZA 4FPLA 3VKMA 4WVWA 2HU0A 4YM3A 5GZFA 3I4IA 4M3CB 2GN3A 4M3CA 3OBTA 1LOFA 1JUIA 3VV1A 1Q8QA 1EUTA 3TI4A 5KXEA 1G9BA 5CAZA 3VKNA 1QKQA 1KRIA 5JMCA 3V64A 1B09A 2BATA 3T1EA 4XJRA 2VSKA 1DQ0A 5HCBA 4M3MA 1SACA 2CMLA 1A8DA 4GALA 5KXCA 4AVTA 4BMEA 3K37A 4YG6A 2XCYA 2D3PA 2OW4A 2R1DA 4LBKA 5T52A 1AJKA 1IOAA 1WLWA 2DURA 4FPKA 5GZGA 4UW3A 4MZAA 3AJZA 3K3AA 3W59A 1O4ZA 3IKWA 3OPZA 4Y20B 1LU2A 3TI6A 3POSA 3B7EA 4MWVA 3OJBA 3H6JA 3WG3A 3TB0A 3A0NA 2ZGPA 2HTYA 1V6KA 1KITA 1NCCN 3C2UA 4XIKA 4GDIA 1S0FA 4YFZA 2DU1A 2E7QA 2WQZC 3CL0A 2GNDA 5FREA 4LBOA 3RSJA 1IS3A 1Z4XA 2YA8A 2D6LX 2F27A 1C1FA 1WD4A 4RA0A 1RIRA 1CONA 3ENRA 1V3BA 1DQ4A 5CNAA 3T1MA 2GNTA 1SO7A 2F25A 1W21A 4MWWA 1ENSA 2CTVA 4FPYA 3MPPG 1NNAA 2UWCA 2V5YA 3O9KA 3DGTA 4M00A 1NSCA 4C1WA 3AYEA 3ILFA 2P3IA 4YM0A 2HT7A 2AUYA 3WOGA 1DQ6A 1FNYA 4XXAA 1HLCA 5SV8A 1R1ZA 4AVSA 1WCSA 4KBBA 1DILA 3HN1A 2EAKA 1V6MA 3USUB 4YM2A 2GDFA 5F9TA 3USUA 4MWLA 2R0HA 2XZIA 1WLCA 2NMOA 3WLUA 5H9PA 4CPYA 1LGCA 1C57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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