4XJ8A

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 181
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj8A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj8A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj8A02
1E8VA 4NOTA 5HX0A 1LCLA 4YW4A 1FATA 1IS5A 3V0BB 1EPWA 3ATGA 4CPZA 1O4ZA 1NCBN 5HCBA 4AVTA 3IPVB 2F29A 4XTMA 3H71A 3N7JA 4FOYA 1IVEA 1DLLA 3HN1A 3TIAA 2VW2A 5E89A 2HT7A 4FOWA 1GICA 1ONAA 1VCJA 4YGDA 4YM3A 5H9QA 4YZ5A 3BIWE 1ZM1A 3T1LA 4Q8KA 4YG0A 1WLDA 2VWDA 3INBA 4KS1A 2DUOA 4YW5A 3OBRA 2D6LX 2DURA 4XBLA 1YO8A 1ENRA 4PBOA 4AVSA 1GANA 1OQ1A 3TI3A 2WT1A 2YY1A 1LECA 4KS5A 1V6OA 3D4KA 1N47A 3CL0A 2VSKA 1QOOA 2KM2A 3ZSKA 2YA6A 4BOWA 4YGBA 2DVDA 1WCSA 3OYWB 1Z4YA 5CAZA 5M1ZA 2DUPA 1Z4ZA 3ZSLA 4UW4A 1DBNA 1LGCA 1DQ6A 1DQ0A 2GNMA 1INWA 3T1EA 4OZXA 2BZDA 4HIZA 1JBCA 1GZ9A 4ASMB 1S0CA 1QMJA 5FREA 2CWMA 5JDBA 3SANA 4GWMA 1N1TA 3JU9A 4XXAA 1B09A 2XCYA 4GZQA 4XJWA 5DXDA 1LOBA 2DVBA 1Q8OA 3H0OA 2DVFA 2F27A 1LTEA 1CESA 4MZAA 4XMIA 3PVOA 1H9PA 3TAYA 2ZGKA 1NCCN 2D6PA 3BODA 2AENA 4FVKA 4XJRA 1HQLA 2WJSA 1IVGA 3DUIA 1YRZA 2D44A 5GZGA 2D7FA 4KS2A 2EALA 2A6ZA 3AZXA 1ENSA 1R1ZA 3SH4A 3TICA 3VKOA 4XIOA 2ZGMA 3POYA 1AX1A 2B7YA 3O9JA 4BQ1A 4YM2A 2PHTA 4FPLA 4XZPA 4BM8A 2GN3A 1LJ7A 3LCPA 1FAYA 3OGGA 1F9KA 4YG3A 1YIFA 1F8CA 1G7YA 4XTPA 1HLCA 1V6NA 1W8NA 3USUA 1N1SA 1A4GA 4LBNA 1CPNA 1W6MA 3ZSMA 5GLVA 5DUWA 2ZHKA 1NSBA 1I1EA 3KQRA 2ZABA 3V0AA 2A7AA 3BTAA 4B7MA 3GVJA 4R9AA 5E8AA 1AVBA 1NMAN 4QN7A 2LALA 4GDJA 2OVUA 3M3EA 3R4UA 1GYKA 4DS0A 4M00A 2QWAA 2HT5A 1BJQA 4BMEA 2NZ9A 3RMYA 1B9SA 2JJ6A 3A4UA 1IVFA 2A3YA 4B7NA 4GALA 1L7HA 2QWGA 3VV1A 2NMNA 4HANA 1FV2A 2FHRA 3IPVA 2F28A 4PBPA 3WOGA 4YZ2A 4DFSA 2ZMNA 1IS3A 2R16A 1ENQA 1DQ4A 3D6EA 1GZWB 4NCSA 3VKFC 4MJUA 3A0KA 4LBJA 2ZMKA 3N7LA 2HT8A 2ARBA 3VUOA 3OPZA 1MS4A 5F9TA 2YZ4A 5GLTA 5HUMA 2E51A 1NSDA 3L2YA 1Q56A 2C4LA 1ULFA 3IN9A 1LOEA 1WD3A 1N1YA 4TYSA 1V0FA 4P9WA 2UU8A 2RKCA 5HUGA 4K1JA 4GKXA 2A6YA 3K37A 1NN2A 4NO4A 4XJ8A 1IS6A 1GV9A 2A70A 2ENRA 3ILNA 3TI5A 1JHNA 3WCSA 4UF7A 5T5OA 3WHTA 4Y1UA 1B9VA 3OYWA 1FNZA 2PHRA 1HQWA 3K3AA 1JOJA 1C1FA 5B2CA 3K38A 2ZGRA 4M3MA 4WEFA 1EUUA 4UW3A 1N1VA 1D0HA 2CYFA 4Y20B 2GALA 2V5YA 4YW3A 4GKYA 3R4SA 4XBQA 1SLLA 4FPCA 3TIBA 3RQ0A 3CKZA 2ARXA 5AVAA 2P2KA 2BATA 3O0XA 5GZFA 3V64A 2ZGUA 5GZDA 1C57A 4Q2FA 1W20A 4FPEA 4CPMA 2CL2A 3TI8A 3M3QA 1LHWA 4F83A 1XOEA 4ATEA 5JYYA 3MEPA 5T54A 4JC1A 2I2SA 2NP0A 3AYAA 4FP3A 1SLCA 2HTRA 1GSLA 1EUTA 4GZTA 3NWKA 2AH2A 4GEZA 2XZJA 4Y1VA 1FNYA 2ZGQA 1DQ1A 3U4XA 2RHPA 1QDCA 1JYIA 2DYCA 1CONA 3PVEA 4Q27A 5GLUA 4FOQA 2NN8A 3USUB 5EYYA 4YLZA 3WDVA 1W6MB 4M3CE 4I30A 3O9KA 4WA5A 4K3YA 3CL2A 3FLRA 1PZ7A 1GNZA 3I8TA 2ZGPA 4XJUA 1UAIA 4B7RA 4M4NA 3GNEA 1YXWA 3PJQA 3QLQA 3N7MA 4Q26A 1DQ5A 2W52A 4LBQD 3AYCA 1G9DA 2EXHA 4M3CB 3WDUA 3WNXA 1A3KA 3QCWA 1C1LA 4ISRA 5T55A 1WW7A 1V3BA 1NMCA 4Q8LA 2WSVA 1BQPA 2SBAA 3AJZA 1CN1A 2QWCA 4XJ9A 1Q8QA 4IQPA 2R0FA 1INGA 1LHUA 5GZEA 4C1WA 2D6NA 1LOGA 3OBTA 5T5LA 1CPMA 3WV6A 1B9TA 3M3CA 2ZA9A 2AREA 2VY0A 4LBOA 1E8TA 2W38A 6NN9A 4YZ1A 1QOTA 1W0PA 4M01A 5IK8A 1SNTA 1QF3A 4MZEA 2A75A 4Y1ZA 1QU0A 2F11A 4XE9A 3HR9A 3WG2A 4AYUA 1S0DA 4Y26A 2PHUA 2R1DA 2ZB5A 1SFYA 4FPFA 2UURA 4XJAA 4HZZA 5LK5A 2P3IA 3ALWA 2CY6A 2EIGA 1BJIA 3RG0A 2DWRA 1CVNA 2Z42A 1FX5A 1IOAA 1APNA 1GZWA 5JOWA 4MWUA 4GXLA 4TZDA 4MWJA 3MW4A 3H73A 2SILA 5DUVA 3NV4A 1W6NB 2W08A 2ES3A 3AFKA 4W65A 3WDWA 4GZOA 1INXA 3PVNA 1MS5A 4PF5A 4LBLA 2ZMLA 3AXDA 4KS4A 4GA9A 4CZSA 5T5JA 1MZ5A 3VKMA 2A6WA 3A71A 4B7JA 3WG1A 4XILA 2EXIA 3AP7A 5KXBA 3AP6A 2CWSA 2DV9A 1IVBA 3GVLA 1FV3A 3B00A 5L73A 1ULGA 2R1BA 2JECA 5SV8A 4Y20A 2W68A 5IK7A 3SLIA 1J1TA 1LULA 5E88A 3AP4A 5DZEA 1QKQA 3WZ1A 3ZXKA 2GMPA 1W6PB 1KDKA 5F5QA 2AEPA 4K1KA 2F10A 2EAKA 5DG1A 1EUSA 2D6MA 2NM1A 1MVEA 1LU2A 2UWCA 2PHXA 4MWLA 4WEGA 4QN3A 1W0OA 5EXOA 2XG3A 1JN2P 1GLHA 2PHFA 2VSMA 2YA5A 1X50A 4GDIA 3AP5A 1SLAA 2A5ZA 1S0BA 1WLWA 4YW1A 1G9BA 1O4YA 1L7GA 1V3DA 1NNAA 2VUAA 4R9CA 4L8QA 1SCSA 2XB6C 4WVWA 1NCDN 2EF6A 1UX6A 2AR6A 1S0IA 3FLPA 4H55A 4BLIA 2WNEA 4D69A 1QNWA 3ASIA 2YMZA 3VKLA 2VW1A 1RINA 1SO7A 2GN7A 1JUIA 1SBDA 2P3KA 2GMEA 2YV8A 3H72A 1Q8SA 1WBLA 4QN5A 3N7KA 1Z0HA 3N35A 1GZCA 1S0FA 4M3CA 3T1MA 2NMOA 4Y1YA 3ZYPA 4XHBA 1G9FA 2BQPA 2QWEA 3DGTA 5DG2A 3ENRA 3W59A 4YZ3A 3LSEA 3FUOA 2JKBA 1A78A 4BMBA 4U36A 4GZXA 2A6VA 1KQRA 2GNBA 2OW4A 2HTUA 4XYXA 5BYNA 1LHVA 2DTYA 2ZGTA 1C4RA 5HUNA 1INHA 4QN6A 2XZIA 1WD4A 2ZHLA 3N3HA 1YYNA 3B9CA 1AZDA 4H52A 5KXEA 5HUKA 2D6OX 1URXA 5KXDA 2SLIA 7NN9A 4CRQA 2AUYA 4D8SA 3UJQA 1H30A 4JRAA 1MR5A 1LOCA 2HTVA 1DQ2A 1Z50A 1ULEA 1Z4WA 5H9PA 4C1XA 1BXHA 2UWAA 1KITA 1F8DA 4X4AA 3I4IA 2ZGOA 3AZZA 3AZWA 3POSA 3IKWA 1W6NA 1G9AA 3FUQA 4GZSA 4YG6A 2D3RA 1V3EA 4SLIA 2D6KA 4RA0A 4X6KA 1JW6A 1A4QA 4FVVA 1NCAN 1PZ9A 2DVAA 2ZGLA 4WA3A 1AXYA 4ITCA 3WG4A 2ERFA 2P37A 1ULDA 5T5PA 4CPOA 4X49A 1QDOA 1NSCA 1G86A 4M4UA 2CMLA 2WLQA 1UZYA 3IM0A 2JE9A 2W20A 2VK5A 1LENA 3SNMA 3BOPA 4ATFA 1V0EA 2WKKA 4FQZA 3AXEA 4RL7A 4ZKTB 3K36A 4YFWA 3OY8B 2AYHA 1EURA 1DHKB 1LEMA 4BLJA 1VLNA 4BPZA 4AGVA 2JE7A 3Q9OA 1WLCA 1NNCA 4R9BA 2GNDA 2R0HA 2ZGSA 1NNBA 4YFZA 4M4VA 3FBYA 2ZGNA 1W6PA 4WA4A 5EYXA 3R05A 4HL0A 4KS3A 1Y7BA 1KJRA 1N3OA 1MACA 5GZCA 3OJBA 1A14N 1W1XA 4UW6A 4FPYA 4GJTA 3ZVXA 1UKGA 1IKPA 5DUXA 1V6LA 3NSSA 2D3PA 4PCRA 1DFQA 1MS3A 1Q8PA 1LU1A 3AX4A 3WCRA 4YGCA 1UZZA 1V6JA 4XHXA 1Z4XA 3AK0A 1F5FA 1I3HA 2QWDA 2FMDA 2CTVA 2YXSA 4YGEA 2PHWA 2BERA 4LBQB 2F13A 1SCRA 3MW2A 1V6MA 1QGLA 1U0AA 4YZ4A 2G4IA 2HTQA 3IMNA 3PMEA 3RMXA 1GBGA 2BF6A 1V3CA 2X9MA 4MWXA 1G8WA 1LOFC 1W8OA 4XXPA 1XOGA 1LGBA 3APBA 1SLBA 2EXJA 1WW6A 4GZWA 1N3PA 4P9XA 2W5OA 2ZB6A 5CA6A 3MW3A 1IVCA 3ZXFA 2WT0A 2WSUA 5CB7A 2XZKA 1WCQA 4GZPA 4YM1A 1WBFA 4JCKA 4K20A 4MWQA 2P34A 2C9AA 1AX0A 2QWKA 1VCUA 1L7FA 1NXD1 2GMMA 3D5OA 2DU0A 5B2DA 5GM0A 4YW2A 1LEDA 2CNAA 5EWSA 1D2SA 1YI7A 5GLZA 5DUUA 4XMAA 4PQ9A 3A72A 5GALA 2HTYA 2VK6A 3CNAA 2DUQA 4M3CF 5T50A 4XOGA 4CPLA 1V6KA 1IVDA 3B69A 3TB0A 3V65A 5JOZA 1AF9A 3M1HA 2ZAAA 1S1AA 2A71A 4H53A 4FOVA 4AGGA 2ZACA 4HZWA 5JVVA 1V0ZA 2VXRA 4Q1RA 1ZA4A 1NLSA 2YDTA 2V73A 1W6QB 4YM0A 2W5NA 4J9TA 2GDFA 3JUUA 3SH3A 2OUHA 3A0NA 3UK9A 1BYHA 3ZXLA 1USXA 1SBFA 2QWHA 1CR7A 3AYDA 3W09A 4R9DA 4MWWA 1OKQA 4WZFA 2ZKNA 4FPOB 2F12A 3H6JA 4HZVA 3TI6A 2YA4A 4AWDA 2ZBJA 1PZ8A 5JOYA 4XJQA 2YROA 1SLTA 5CBLA 1USRA 2C4AA 4HZYA 4JF7A 1NMBN 3OY8A 3FFZA 1QNYA 4BBWA 5JMCA 4K21A 2AGSA 5H9SA 2B8HA 2R49A 4MYEA 2VK7A 5HCAA 2SIMA 1DYKA 3NV3A 2QWFA 4CPYA 2OUJA 4GB1A 1SBEA 1W6OA 1LHNA 2HYKA 4WVVA 1UMZA 1KDMA 1DILA 1S0JA 3POWA 2YA8A 1F8EA 4MX0A 4DRRA 3O0VA 3WDYA 5FRAA 1CQ9A 1WUVA 3SALA 2W39A 3ILRA 2QWBA 5DZGA 2ZHNA 5IUQA 2H0BA 4U2AA 3N36A 2E6VA 1LOFA 1SACA 2JD4A 4WV8A 1V6IA 4MWRA 3C2UA 2WQZC 4ISQA 1KJLA 3TI4A 3AZYA 5T52A 1Q8VA 2HU4A 4LBQA 3FLTA 1AJOA 5GLWA 3JU4A 4Y22A 4DQAA 2HU0A 2NYYA 3VKNA 4DGRA 4FPJA 3B01A 3WLUA 5HCFA 3ALXA 5JLVA 4UW5A 1AXKA 4P14A 4XIKA 3NN9A 1H9WA 2A6XA 1DYPA 1LGNA 3RS6A 3ZPYA 1TEIA 1INYA 4Z8BA 1N3QA 3UL2A 4FQ4A 1FYUA 4LBKA 3INAA 3AZVA 1MS1A 4Q6KA 4K1HA 1JYCA 4Q1PA 3V0BA 1F8BA 4XJZA 3D11A 2D3SA 4QN4A 1UN1A 3RSJA 1F31A 1CIWA 1DIWA 1BKZA 4MC7A 1S0EA 2LTNA 3UJOA 3SILA 4CPNA 2QWJA 4CTEA 2A3WA 4FJ6A 3WDXA 4P9YA 2VW0A 2E7QA 2EXKA 3M3OA 4QNPA 4XBNA 3GVKA 1MVQA 3BEQA 3D12A 1DIMA 5NN9A 4NN9A 3HMYA 4ZXKA 3ILFA 1AJKA 3GALA 3W58A 3AYEA 3M2MA 2GNTA 2VVZA 1INVA 2P3JA 1G9CA 2E7TA 1QOSA 1AXZA 2QWIA 4Y24A 3B7EA 1KRIA 1MZ6A 1Z4VA 4FP2A 2VU9A 1W6QA 1WW4A 2DU1A 1V2IA 2UWBA 3KM5A 1MWEA 2HTWA 3SISA 5IT6A 1MS8A 2YA7A 1MS0A 2DTWA 2PELA 1XQNA 4NC5A 4B7QA 3AP9A 3ZXEA 3ZYRA 1IKQA 4FZHA 4KBBA 3SITA 2E53A 3WHUA 3WVJA 3WDTA 1OFSA 1SLIA 1CJPA 1E8UA 1RITA 2F24A 3K39A 1UPSA 3WUDA 4AGRA 1S0GA 1LOAA 3O5SA 2WT2A 1W6OB 3T2TA 1W21A 1RIRA 4K1IA 2D43A 3ZSJA 1AX2A 3AJYA 2TEPA 1LESA 3SH5A 2YDPA 5GJ6A 5IK4A 2DVGA 4HZXA 4I00A 3B3QE 3CYEA 1MS9A 1A8DA 2VH9A 2ZZJA 4AVVA 1BZWA 1INFA 1V00A 3WUCA 4FPKA 3O12A 1WW5A 5H9RA 2F26A 4MWVA 1VIWB 5JOXA 1IS4A 1VALA 4X47A 1HKDA 1LODA 2AEQA 4FPHA 4MWYA 1DGLA 5IK5A 4DPNA 3NV1A 1GNHA 1VAVA 3RRDA 1DZQA 4LBMA 1JXNA 1ULCA 4Y22B 5KXCA 3V0AB 1VAMA 2A3XA 3LSDA 4FPGA 3WG3A 5CNAA 1LHOA 2Q5TA 2F0ZA 2JDZA 3O0WA 3MPPG 4K1YA 4GWNA 1HDKA 1UL9A 4XDQA 2ZHMA 4DRVA 1Z78A 5DZFA 3ZXJA 2F25A 4MJVA 3NV2A 4Y1XA 2C5DA 4K1ZA 1GKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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