1N1TA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana at 1.6 a
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 179
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1tA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1tA01
1LHUA 3M3EA 2GMEA 3Q9OA 1JBCA 2AEQA 4YFWA 1WCQA 2G4IA 5F5QA 1QOTA 3WZ1A 1G9DA 1KJLA 2B8HA 5IT6A 2EAKA 1B9VA 4HZVA 3D5OA 4QN5A 4BQ1A 1IVDA 1GV9A 2VW0A 1S0CA 2YMZA 1V3EA 3RSJA 3WUCA 2WT1A 1MS0A 2ZZJA 4M00A 1SLAA 1UZZA 1SLBA 4ASMB 1Q8PA 3R4UA 1KJRA 4M3MA 3WDYA 2I2SA 3R4SA 1Z4WA 4HZYA 2A6ZA 4GXLA 4XXPA 2YA7A 1PZ7A 2FHRA 1UKGA 3BOPA 3KQRA 3ATGA 3SILA 4HZXA 4WA3A 1V6LA 3CYEA 1URXA 2YA4A 3H72A 4NOTA 5CBLA 1IVBA 4GZTA 2HTWA 1MVQA 2ZHKA 4GKYA 4Y1ZA 3A72A 1BJQA 4M4VA 5HCAA 2CY6A 4YW1A 3A0NA 3OY8A 4M3CA 2JD4A 1XOEA 3AP4A 3M3CA 3FUQA 3TB0A 4YW3A 2ZGKA 4QN6A 2QWAA 4CPMA 4B7JA 3ALWA 1QDOA 1NSDA 4CPNA 1AX2A 2GN7A 1LULA 3AYCA 3JUUA 5T52A 3D4KA 4K1ZA 5HUKA 4RA0A 1S0GA 2VWDA 3V65A 2DYCA 1WUVA 1KITA 2ZA9A 3O0VA 4KBBA 2QWHA 2D6OX 2C5DA 1GZWA 1UZYA 4YW2A 3ALXA 1L7GA 2DVDA 3BODA 1A4GA 5CA6A 4YG6A 3GVJA 3PJQA 2Q5TA 3NN9A 3OJBA 2ZGLA 4U36A 5KXCA 2HU0A 4FQ4A 4YZ1A 4Y20B 3TI4A 1F31A 5DZEA 2DTWA 4LBLA 3WCRA 3FUOA 1Q8VA 3I4IA 1ZM1A 2GALA 1FATA 2JDZA 4Q1RA 2V73A 3JU4A 2X9MA 2ZHLA 1CPMA 3AZZA 2F10A 1IVCA 1INGA 1MS4A 1QOOA 3TI8A 4B7MA 3WHTA 3A0KA 1W1XA 5GZGA 3W59A 2ZGPA 4Q6KA 3QLQA 4YGEA 2QWEA 2ZAAA 5GJ6A 4HZWA 3V0BB 3PVOA 4X47A 3ILFA 5E88A 1IOAA 2ZGNA 3SH5A 3K3AA 1B9SA 3UJOA 1Z78A 4Y22B 2D3SA 3GVKA 4WVVA 3R05A 2YDPA 3VKNA 3USUB 1F8BA 1X50A 4ZXKA 2A75A 3NV3A 1UMZA 4XJRA 2P3IA 1ULDA 1YXWA 1QU0A 1V6KA 4FVVA 4YFZA 1NN2A 2HTYA 2ZACA 4DGRA 3RS6A 3WG4A 4LBQA 2HU4A 1FX5A 4LBQD 1DIMA 3N35A 1CESA 5DZFA 5T5PA 1L7FA 4FPCA 1WCSA 2HT8A 4LBNA 4NC5A 1FV2A 2ERFA 4KS2A 1I3HA 4L8QA 5IK5A 3CNAA 4B7RA 3ZXKA 2PHUA 1INVA 1WBFA 4XHXA 3VKLA 1WW4A 4YM1A 2VK5A 4MC7A 1ENRA 3BEQA 2R49A 2D44A 1G9FA 3SISA 4PF5A 1NCCN 2EALA 1F8EA 1Q8OA 2PHTA 4HIZA 4NN9A 1CVNA 3OYWA 4ISQA 4MWWA 1S0JA 1LODA 1EPWA 1LOAA 1ENSA 4AVVA 2EF6A 5DUVA 1OKQA 2AYHA 4WA5A 2D3PA 4JCKA 1MS5A 4BOWA 4H55A 2XG3A 5IK4A 3PVNA 1GSLA 1XOGA 3WNXA 1FAYA 2VU9A 1IKQA 2D6MA 4MWLA 2A6XA 1SLIA 2GN3A 3UJQA 1DGLA 1U0AA 4MWRA 1G9BA 2F11A 4M4UA 4XXAA 4FPFA 2HTVA 3ILNA 4DQAA 5JOWA 1FNZA 5H9QA 4MWUA 2DUPA 2QWBA 3H71A 1W6QA 2DURA 3N36A 1LGNA 4Y24A 3N7LA 3OBRA 4LBMA 3W09A 3V0AB 1GNZA 4LBOA 3N7JA 4BMBA 3VV1A 1F5FA 5E89A 1A3KA 4FJ6A 3DGTA 4UW4A 2VK7A 1S0FA 3LCPA 4Q27A 1IVGA 4R9DA 4UW6A 2ZGUA 4P9XA 4FPHA 4SLIA 1NXD1 2JECA 4GZPA 1S0IA 3ZPYA 3H0OA 3AP5A 5EWSA 4WA4A 5H9SA 3POYA 2XZKA 2F13A 2WT2A 1ULGA 4FPOB 2DUOA 2GMMA 2CNAA 4UW3A 1QNYA 4KS4A 4YM3A 3IM0A 4X49A 4XJUA 4MJUA 4QN3A 1C4RA 4H52A 1QNWA 1YRZA 2ZMKA 4M3CF 2F12A 1F9KA 4XJQA 2VK6A 2QWIA 5F9TA 3H73A 4LBKA 1V6MA 2H0BA 1B09A 1DQ5A 4GWMA 5CAZA 2D6LX 5T54A 3IN9A 4GZOA 3AX4A 3ZXFA 2NYYA 5DUWA 1GBGA 2E51A 5E8AA 2P2KA 2NMOA 1SBEA 2GMPA 5IK8A 2C4LA 2WNEA 1NMCA 2D7FA 5DXDA 3A4UA 1GICA 3D12A 3M3OA 1F8CA 5CNAA 2ZABA 4GDIA 4YW5A 1Q56A 5T5JA 2ARBA 2AENA 1VCUA 4LBJA 4Z8BA 2W68A 4YGDA 1WW5A 2QWGA 4JF7A 4MWVA 2XZJA 3K36A 3T1LA 1INXA 1V2IA 4M01A 2E53A 3CL0A 4MWQA 4D8SA 2V5YA 3PMEA 1A14N 3ZXJA 3NV1A 3LSDA 1W6MB 1WLWA 3TICA 2NMNA 2SLIA 3ZSMA 3WDUA 3IMNA 4X6KA 2LALA 4Y1VA 1DHKB 5GLTA 1MVEA 3JU9A 1SBFA 2WLQA 1QMJA 5LK5A 5IUQA 3ZSLA 3APBA 2YROA 1SCSA 1W6OA 4XDQA 1W6NB 4FVKA 1CIWA 1MS3A 5EYXA 1ULCA 2VVZA 1WW6A 3K37A 2ZHMA 5JOYA 4Q8KA 4RL7A 3ZYRA 1J1TA 3U4XA 2ZGMA 1LGCA 2ZMLA 2JJ6A 5SV8A 3ZYPA 1G7YA 1VAMA 7NN9A 1DYPA 5HX0A 4GZSA 4YM0A 3VKMA 1IS5A 1A4QA 2DWRA 3WVJA 1DQ1A 1IKPA 2VW2A 1N3PA 4XE9A 4FPKA 2A6YA 4FPLA 1LHOA 4BPZA 1SCRA 1YIFA 5FREA 3AZVA 3B00A 3CL2A 2WQZC 4X4AA 2QWDA 3CKZA 1PZ9A 3NWKA 4R9BA 1NMAN 3FBYA 3POSA 3AYAA 4DFSA 1JXNA 1DQ6A 2DU1A 2OW4A 2QWFA 1Z50A 3DUIA 2ZGTA 1DBNA 3AK0A 1LENA 2VXRA 1INFA 3RQ0A 1EURA 1APNA 1NSBA 1EUUA 5HUNA 1MZ5A 1B9TA 2AUYA 2JKBA 3AXDA 3N7MA 3VUOA 1BKZA 3SH3A 2BZDA 1LU1A 3O5SA 3HR9A 2A3YA 1LOEA 1INWA 2A6VA 1VIWB 4XIKA 1V3CA 2AREA 4FP3A 3WOGA 4XBNA 1V6NA 2A5ZA 1NCAN 3K38A 1VLNA 2AH2A 1MS1A 1AXKA 4CRQA 2W08A 1QF3A 4GZXA 1DQ0A 5KXBA 2YY1A 5DUUA 2P37A 2EXIA 2NN8A 1S0BA 3TI3A 3FLRA 3O0WA 1SBDA 2HT7A 2VY0A 1V0EA 4UF7A 4CPZA 3FFZA 2OUHA 3N7KA 4XJ8A 2W20A 2DUQA 5GZEA 3WLUA 4AVTA 2P3JA 4MJVA 3INAA 1W21A 3POWA 1G9CA 6NN9A 1V3BA 2DVGA 2ZGSA 3ASIA 5GALA 4Y20A 2UU8A 3OPZA 3W58A 2PELA 1C1LA 1UX6A 3AP7A 3WDXA 3WG2A 3PVEA 3WHUA 4ZKTB 2D6NA 1UPSA 2CMLA 1W8OA 1DIWA 1INHA 3D11A 1LECA 1JOJA 4OZXA 1NMBN 5DG2A 2DVAA 3UL2A 3IPVB 2VSMA 2KM2A 4R9AA 2VW1A 5HUGA 1UL9A 4XHBA 1F8DA 1G86A 4B7QA 4PCRA 2RKCA 2OVUA 3V0BA 2NP0A 1RITA 2ZB5A 3T1EA 2RHPA 4GWNA 4Y22A 4UW5A 1QOSA 3AXEA 2A7AA 1QGLA 1QKQA 1SLLA 3WDTA 2QWKA 3USUA 2C4AA 2AEPA 3INBA 1UAIA 4HANA 2FMDA 4WEFA 1W6PB 2YA6A 3B7EA 5B2DA 1CN1A 3OBTA 1WLDA 2ZBJA 1V3DA 2ZGOA 5DUXA 2HYKA 1N1TA 3WG1A 1D0HA 3ZSKA 4MWJA 3RRDA 2CWMA 1KQRA 1MR5A 3SLIA 5IK7A 1JYCA 2HT5A 5JDBA 1LU2A 3SITA 3O9JA 2CWSA 3B3QE 1CPNA 1VALA 2B7YA 3I8TA 1H9WA 3WDVA 4FOQA 5GLVA 4JC1A 4YLZA 1LHVA 2C9AA 4DRVA 4FOWA 1MS9A 1INYA 4XBQA 5B2CA 3AJYA 4GKXA 2E6VA 1V0FA 2ZHNA 5GZFA 3T1MA 4GA9A 2DVFA 1G9AA 4ISRA 1AJKA 4XJ9A 5H9RA 1AXZA 2GNBA 4W65A 4QN7A 3M1HA 2WSUA 2BF6A 5T55A 2HTRA 1LGBA 3K39A 1W0PA 2A3WA 1AX0A 1R1ZA 4PBPA 4AYUA 4AGGA 1W8NA 3HMYA 3GNEA 4U2AA 4XTPA 4DPNA 1C1FA 2NM1A 3B69A 4CPLA 4XMAA 2UWAA 1SACA 3B9CA 4ATFA 1NNCA 1ULFA 4K20A 3M3QA 1KDKA 1MWEA 5BYNA 2QWJA 4TYSA 1GZ9A 3V0AA 2SBAA 4B7NA 1VCJA 3MW3A 3WUDA 1NCBN 3OY8B 4M3CB 1SO7A 4XJWA 2DV9A 5FRAA 5EXOA 1YO8A 1CJPA 1DFQA 4XJZA 3VKOA 4XILA 1V6JA 1Q8SA 4MZAA 3TAYA 4XBLA 3ILRA 1L7HA 3T2TA 1V0ZA 5HUMA 4CTEA 4WVWA 4MX0A 1PZ8A 3MW4A 1S0DA 3GVLA 4I30A 4K1IA 3MW2A 1BXHA 3N3HA 3A71A 3C2UA 2DVBA 1LHWA 2YV8A 4FP2A 1JHNA 1GZWB 4P9YA 4K21A 1ZA4A 2JE9A 4NCSA 3IKWA 4KS1A 1LOFC 1JYIA 2CYFA 1Z4YA 4J9TA 5EYYA 1BQPA 1TEIA 2PHWA 4CPOA 2TEPA 1V00A 1N1YA 2W38A 1LJ7A 4NO4A 1GYKA 1Q8QA 3NSSA 4FZHA 4YZ3A 1DQ4A 1GNHA 3WDWA 1JUIA 3ZVXA 1LTEA 3MEPA 3LSEA 5T5OA 4KS3A 4C1WA 3AFKA 2OUJA 1AZDA 4QN4A 1WW7A 3WV6A 1IVEA 1DILA 3AYDA 2XCYA 2UWCA 2R0HA 3QCWA 1O4YA 1JN2P 5JVVA 2WJSA 4K3YA 1FYUA 5L73A 3BTAA 4TZDA 3RG0A 2W5OA 4D69A 1GANA 3BIWE 2F29A 4FQZA 4XZPA 4YG0A 1WBLA 1YYNA 4GZWA 4YZ4A 2WKKA 2GDFA 4K1KA 4ATEA 3ZXEA 3TIBA 2F27A 5NN9A 3UK9A 1W6MA 2ENRA 2UURA 5JOXA 1CQ9A 2QWCA 3AZYA 1IS6A 4LBQB 2AGSA 2EXHA 4Q8LA 2F28A 4M3CE 1E8TA 1IS4A 3SH4A 4YGCA 3TI6A 1N1SA 1A78A 4CPYA 4AGVA 5DZGA 4Y1YA 2R1BA 4Q1PA 4C1XA 5T5LA 1OFSA 2YDTA 1IS3A 1W6NA 4YM2A 1AX1A 2CL2A 1Y7BA 1IVFA 4JRAA 1S1AA 2YA8A 3VKFC 3WCSA 4K1HA 4FPJA 2XZIA 2F0ZA 4YG3A 3ZXLA 4DRRA 5GLZA 4BM8A 1LEDA 2PHXA 2WT0A 1DZQA 5GLWA 1BYHA 1N47A 4BLJA 4XJAA 3OYWB 5JMCA 3AZXA 2LTNA 2F26A 1BZWA 2R16A 1Z4ZA 2F25A 4KS5A 1EUTA 1W20A 1SLCA 4BBWA 5KXDA 4P14A 2R1DA 1LOFA 2A71A 1E8VA 3TIAA 5CB7A 2R0FA 1SLTA 4FPEA 1NNAA 3AZWA 1DQ2A 3ENRA 5HCFA 2ZMNA 4YW4A 4GALA 2ARXA 3RMXA 1MS8A 3MPPG 1AF9A 1SFYA 1O4ZA 4PBOA 1XQNA 1LOCA 2D43A 2GNTA 4YZ5A 2W52A 2EXJA 1YI7A 4GB1A 5GLUA 4ITCA 4Y26A 5JOZA 1E8UA 1W6QB 3L2YA 1DYKA 4M4NA 2ZKNA 4R9CA 1I1EA 2ES3A 2DU0A 1VAVA 3AJZA 4YZ2A 4BLIA 2D6KA 4CZSA 4Y1UA 2W39A 4FOYA 1QDCA 4I00A 5HCBA 1GKBA 1MACA 2GNMA 2PHRA 4GZQA 4HL0A 1N1VA 2E7TA 5GZCA 1HQWA 2ZGQA 2D6PA 4XIOA 5DG1A 2NZ9A 2BQPA 1ONAA 3D6EA 5AVAA 2XB6C 4MWXA 2SIMA 4MZEA 4FOVA 3FLPA 2HTQA 3AYEA 3SANA 1LOBA 2DTYA 4H53A 4PQ9A 3GALA 1NLSA 1LHNA 1BJIA 1WD3A 3RMYA 1EUSA 3TI5A 1CR7A 3M2MA 4WEGA 2A6WA 2ZB6A 4BMEA 1H9PA 2VH9A 1Z0HA 2P3KA 3O9KA 1SNTA 1AJOA 5GZDA 1KDMA 2A3XA 4XMIA 2HTUA 1V6OA 2D3RA 2VUAA 3SNMA 2P34A 2VSKA 1C57A 4GDJA 4QNPA 3O12A 1H30A 1GLHA 2JE7A 4Q26A 5T50A 2PHFA 1FNYA 2BATA 1Z4VA 4GJTA 4FPGA 4P9WA 1RIRA 1LESA 2YXSA 4F83A 2A70A 3KM5A 3IPVA 2F24A 4XYXA 1LCLA 2W5NA 2SILA 3ZSJA 4XOGA 1ENQA 5JLVA 3H6JA 1GZCA 4WZFA 1NCDN 4Q2FA 1Z4XA 4FPYA 1N3QA 2Z42A 5JYYA 1V6IA 2EXKA 1LOGA 4K1JA 4AVSA 3NV2A 4GEZA 2EIGA 4K1YA 1FV3A 5KXEA 1AVBA 1WLCA 1D2SA 2YZ4A 1CONA 4XTMA 2BERA 1USXA 1UN1A 4AGRA 2E7QA 2GNDA 4YGBA 1W6PA 1USRA 2AR6A 1G8WA 1OQ1A 1S0EA 3HN1A 1HKDA 1JW6A 3AP6A 1HLCA 1N3OA 3OGGA 1HQLA 1AXYA 1NSCA 4DS0A 4MWYA 4MYEA 5H9PA 3WG3A 3SALA 1MZ6A 1DLLA 4HZZA 1W6OB 1HDKA 2ZGRA 4IQPA 5M1ZA 2CTVA 3V64A 3NV4A 3B01A 4AWDA 2UWBA 5GM0A 1A8DA 3AP9A 1RINA 2YA5A 1LEMA 2WSVA 3FLTA 3O0XA 4Y1XA 1KRIA 1ULEA 1NNBA 4WV8A 1WD4A 1W0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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