1N1TA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana at 1.6 a
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 179
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1tA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1tA01
3AK0A 4CPLA 4P9WA 2SIMA 2SLIA 1EUTA 4XDQA 2PHUA 5DUXA 1HKDA 1GNZA 1NLSA 5H9QA 5DXDA 1NCBN 4Y1ZA 4M3CF 3IPVA 3WDVA 4C1WA 2DURA 2ZB6A 2E51A 1VAMA 1MZ6A 3N3HA 2AGSA 4XZPA 2QWCA 4JRAA 3INAA 1IKPA 2W52A 4AGRA 3L2YA 1DGLA 2JE7A 4WVWA 4FPYA 5HCFA 4XJWA 4DGRA 3GVLA 4I30A 2ZGUA 1V3CA 1AVBA 3LSDA 3N7JA 3OJBA 3SALA 3D6EA 1RIRA 1IOAA 2F24A 1S0EA 3ATGA 3AP4A 1VAVA 1B9VA 4Y1VA 4K20A 3VKNA 3AP9A 1S0CA 4FJ6A 2E7QA 3AP7A 4PF5A 3K37A 1MS3A 3A0KA 2EXIA 1INVA 1WUVA 2ZABA 4MWXA 4PBPA 3D5OA 2P37A 3WG4A 4XXPA 1BJQA 3FFZA 1ULDA 1LECA 1V3DA 2CMLA 2F26A 5DZEA 3WG3A 5NN9A 4AVVA 1MACA 1F9KA 5T55A 5T5PA 1AX2A 1FX5A 4FOYA 4J9TA 2WT1A 4MWRA 3W09A 1F31A 3M3QA 1SBDA 4GB1A 4XMIA 2ZGNA 5KXCA 2ZMKA 3POYA 5JDBA 1XOEA 2EXHA 1INHA 4XOGA 4QN3A 5HUNA 2ZKNA 4NN9A 3SNMA 1Q56A 2UWBA 4YLZA 2BQPA 2F0ZA 2YMZA 4X47A 4WZFA 2TEPA 3UJQA 1WLDA 1WBLA 4Q8KA 1HLCA 3CL2A 1QDOA 4FVKA 1VALA 2DUOA 5GZFA 4GZWA 4D69A 4Y22A 4FPGA 3A72A 1C57A 2ZHMA 3USUA 1CPMA 1EUUA 2G4IA 3ZYPA 3HMYA 1CVNA 2A3WA 4FZHA 2PHXA 3WOGA 1E8VA 1ZM1A 4GDJA 1QOTA 5L73A 2FMDA 3UJOA 1S1AA 4R9DA 3V0BB 4GZSA 2QWAA 4YW5A 4Q6KA 1LHNA 3AP6A 1Z4ZA 1FV2A 1H9PA 2GALA 3VUOA 4B7QA 4CRQA 3BIWE 4BMBA 4XJRA 4FQZA 1A4GA 1YIFA 5H9SA 5DZGA 5CA6A 4XYXA 1W0OA 1QNWA 1W6PA 1WCQA 3FLPA 4FP3A 1LGCA 1DQ4A 1FV3A 1CESA 2PHRA 1FATA 4MWLA 2R49A 2NMOA 4BMEA 4LBMA 1D2SA 1NNCA 1BXHA 4DRRA 4YM1A 4CPZA 2R0FA 4Q8LA 3IPVB 4CTEA 3T1MA 4GKXA 1WLWA 2ZGKA 3ZVXA 4W65A 4D8SA 1USRA 3ZSMA 1IVCA 3MW2A 1S0BA 2QWKA 1A78A 2AEQA 1Q8OA 2D3PA 2DVFA 4HZWA 5CAZA 2YA6A 2A3XA 2CWMA 2V73A 4YGBA 1SCSA 4UW5A 4M01A 5HUKA 3FLRA 1MS0A 2A7AA 2P34A 2EXJA 1SLAA 3H72A 4HL0A 5GLWA 4GJTA 2JD4A 2D6OX 3SITA 3I4IA 4LBLA 3FUOA 1DIMA 1GNHA 4Y1UA 5IK5A 4Q1RA 4GZQA 2ERFA 1SACA 1KQRA 1GICA 3AYDA 1URXA 1YYNA 2ZACA 2VK7A 3N7KA 4UW4A 1DIWA 3RQ0A 4HZYA 2HU4A 2BF6A 3INBA 4FOQA 2GNMA 3B00A 4YGDA 4XE9A 1WD4A 3ENRA 1LOGA 2W20A 1JYCA 4ATFA 2DVGA 3V0AA 1UZYA 2ZGSA 1SO7A 2HU0A 1UMZA 4QN5A 5IK4A 4WA5A 4NCSA 4QN6A 2F29A 4BLIA 2PHTA 4WVVA 3WNXA 4I00A 5T54A 4FPJA 4GEZA 3NV3A 4B7NA 1DQ6A 2DU1A 3B9CA 3KM5A 1WW6A 4Y20A 4HZXA 2WNEA 3ZXKA 1RINA 1V6OA 3O9JA 1IS5A 4Y22B 2NMNA 1LJ7A 1YO8A 1OQ1A 1N1SA 1Z4YA 4WEFA 4U36A 2KM2A 2HT5A 2A6VA 2AUYA 1CJPA 3H73A 3R05A 1WW5A 2RHPA 5T5OA 3APBA 4M3CE 4BQ1A 3M3EA 3ILFA 1NXD1 5JLVA 2HTUA 1N3OA 3WHUA 2E53A 1AX1A 5CNAA 1L7GA 1FYUA 3BODA 3MEPA 2VH9A 1GANA 1ONAA 1CONA 4HZZA 2DVAA 2YA8A 4CPYA 3N36A 7NN9A 1C1LA 4MC7A 3OBRA 5HUGA 3SANA 1QOSA 1I1EA 1Q8PA 3B3QE 1W6PB 4AWDA 5T5LA 1ULFA 1S0FA 1NCCN 1ZA4A 4MYEA 3TAYA 2WT2A 2D6PA 1W6NB 4M4UA 2JJ6A 2F13A 1N3PA 2B7YA 5E88A 2EIGA 2R16A 2XZJA 1MS4A 2VVZA 1V0FA 3TI4A 1AXZA 2CY6A 2A6ZA 3DGTA 3PMEA 5GZEA 5DUWA 1JUIA 2VSKA 2E6VA 2F11A 4YG3A 2WKKA 2DTWA 2P3IA 1BZWA 1LENA 1MS8A 5GALA 4YZ3A 3OY8A 3ZXEA 1QDCA 2ZB5A 5JYYA 3PVNA 1A8DA 1DZQA 4YM2A 1JHNA 1G86A 1V0EA 3FBYA 3W58A 5GLZA 4WV8A 4YFZA 2P3JA 3GNEA 4YW2A 2ZZJA 1W6MA 2QWIA 1RITA 2D6MA 3HN1A 1LOFC 1MR5A 1QGLA 4XBQA 2E7TA 3A71A 2ZGTA 1W6OA 5CBLA 5JOWA 1ULCA 1V6NA 1ENQA 2QWDA 4H53A 4YFWA 1ULGA 1BJIA 2ZHNA 3AFKA 4M3CB 5GLUA 2F28A 3SH5A 4JF7A 1SFYA 3I8TA 3BEQA 1PZ7A 3O12A 1NSCA 5GZDA 2HTVA 3AJYA 3NV2A 4QNPA 4Y20B 1AZDA 4R9AA 1DQ0A 3RS6A 5GLVA 1HQWA 3AZVA 3WV6A 1INGA 1GZ9A 2P2KA 1W6QA 3WUDA 3UK9A 3ZSLA 1NMCA 3QLQA 3O0XA 1DILA 1QNYA 1SLBA 4HIZA 2ZHLA 5JVVA 2VK5A 4CZSA 3TICA 1LOAA 2YV8A 4QN7A 1Q8SA 1SBEA 2SILA 1NMAN 1IS3A 3IKWA 4KBBA 3MPPG 4GKYA 2BZDA 2A75A 4ITCA 1KRIA 2W08A 4Y1YA 4B7JA 1V00A 3QCWA 1KJLA 4LBJA 2VXRA 3AYCA 4MWJA 3V64A 3RSJA 1Z4VA 2C9AA 3WG2A 4YW3A 4DS0A 1JYIA 4GXLA 1DQ1A 2W5OA 1MVQA 3GVJA 1JOJA 3T1LA 5M1ZA 1J1TA 1GZWB 1DBNA 1LOFA 1NCAN 4K1YA 4KS4A 1CQ9A 4AVSA 4ISRA 1V6KA 4R9BA 3N7MA 4SLIA 2ZHKA 3PVOA 2SBAA 1IVBA 3B7EA 2HYKA 1SNTA 4TYSA 1LOEA 1MVEA 2W68A 1G9AA 4XJ8A 1N1VA 4XIKA 4UW6A 1G7YA 1G8WA 3JUUA 5HCAA 3T1EA 4TZDA 1V6MA 3U4XA 2VK6A 3O9KA 3SISA 4ASMB 2HT7A 5DG1A 4MWVA 4X49A 3ZXLA 2VW0A 3R4UA 2ES3A 2B8HA 3ZYRA 4MWUA 1MZ5A 3OY8B 1GLHA 5EYXA 5IK7A 1S0JA 2PHFA 4XBNA 3A4UA 4FPEA 4RA0A 4FPLA 3MW3A 4WA3A 1USXA 4Q26A 1V2IA 3AYEA 4UW3A 4GZPA 1LGNA 1KDKA 1S0DA 3AXDA 1UPSA 2AEPA 3TB0A 1CIWA 1G9BA 3GALA 2VY0A 3W59A 1F8CA 2WSUA 4PBOA 4HZVA 2ZA9A 4X4AA 4FPCA 4XBLA 1GV9A 4WA4A 4XJZA 5H9RA 4YG6A 1W6OB 1E8UA 5DUUA 1DYPA 4U2AA 2F12A 2GNDA 3OYWA 2NN8A 4XXAA 3D11A 1VIWB 4LBNA 2F25A 1GKBA 1S0GA 2XB6C 4BM8A 4DRVA 4XTPA 4Q1PA 2UWAA 2QWBA 1SLTA 1BQPA 4MZEA 2W5NA 3AZZA 1UAIA 2DV9A 3AZXA 1OFSA 1LGBA 3VKMA 4K1ZA 2CWSA 2JDZA 3WDTA 3OPZA 2XCYA 3TI6A 4FPFA 3WDYA 1MS5A 1SLLA 3WG1A 1CPNA 3WLUA 3LCPA 1QOOA 4K1KA 4M00A 1W8OA 2DUQA 3RMYA 1JXNA 5CB7A 3KQRA 1N3QA 4C1XA 3K39A 1SBFA 4XHBA 4NO4A 4GZOA 1MS9A 4KS2A 5FRAA 4XJQA 1NMBN 3M3OA 1LHUA 4GWMA 3BOPA 3ZXJA 1I3HA 1NNAA 4MJVA 3LSEA 3AJZA 3USUB 4BBWA 3CYEA 3TI3A 3NWKA 1W0PA 3D12A 1C1FA 1DHKB 1AXKA 2ZGLA 4H52A 1VCUA 2GNBA 5JMCA 1QKQA 1NSBA 4AGVA 2YXSA 1Q8VA 2OW4A 3WDUA 1B9TA 3NV4A 5JOXA 1OKQA 2YZ4A 4Q27A 2ZAAA 1WW7A 2F10A 4ZKTB 4YGCA 4ZXKA 3WDWA 1C4RA 5HX0A 3O5SA 4YZ5A 3V65A 2ARBA 3ALWA 4YZ2A 2VU9A 3NSSA 1AJOA 1O4YA 2AENA 2OVUA 5KXBA 1L7HA 2ARXA 2H0BA 4YW4A 5SV8A 3WCRA 1ULEA 5EXOA 2LALA 4LBQD 1PZ8A 3MW4A 2A70A 4CPNA 3AXEA 1A3KA 2LTNA 3V0BA 2NZ9A 3FLTA 3B01A 2JKBA 1XQNA 2EF6A 1WD3A 4Z8BA 2AR6A 2EAKA 1FNZA 1AXYA 3K38A 1AX0A 3N35A 3IM0A 1EPWA 3UL2A 1LCLA 1BKZA 5JOZA 1VLNA 4XJAA 2QWJA 1INYA 2PHWA 4NC5A 1Z50A 4MJUA 1LU2A 4K1HA 2X9MA 1F8BA 2W38A 1V6IA 2DYCA 5AVAA 4Q2FA 1INXA 4X6KA 3O0VA 4HANA 4IQPA 4ISQA 1IVFA 2A6YA 1XOGA 4B7RA 4BPZA 3NV1A 2A3YA 2NYYA 1MS1A 4P14A 2GMEA 1CR7A 2ZGOA 4WEGA 4AVTA 1SLIA 2HTRA 3NN9A 3WUCA 3OYWB 1HQLA 1KDMA 3TI8A 1LU1A 1Q8QA 2YA5A 1G9FA 1APNA 2OUHA 3H0OA 4LBKA 3RMXA 3IN9A 1B09A 4GALA 4FOVA 1LESA 2HT8A 3T2TA 1NN2A 1A14N 3V0AB 1NCDN 4YGEA 1BYHA 2AREA 4GA9A 4XMAA 2CTVA 4XHXA 3N7LA 1LHOA 1WW4A 4Y24A 2A6XA 4ATEA 1V6JA 1F5FA 1IS6A 1W21A 1EUSA 1H9WA 3ZPYA 3PJQA 1UN1A 1QU0A 1JN2P 3RG0A 4MWYA 3OBTA 2VWDA 3WDXA 2D43A 2YDPA 3SH3A 2WSVA 2UWCA 1LOBA 2QWEA 1V3BA 5GJ6A 3ZSKA 1IS4A 4FPKA 2C4LA 6NN9A 3ILRA 4YZ4A 2WJSA 2FHRA 4XTMA 5F5QA 2YDTA 1IVEA 2F27A 3DUIA 1AJKA 1R1ZA 2ZBJA 4DFSA 2D7FA 2ZMNA 3R4SA 4PQ9A 3VKLA 4GDIA 1GYKA 4LBQA 4JCKA 2BATA 2VW1A 4KS1A 3AZYA 3CNAA 3AYAA 2D3RA 3VV1A 1PZ9A 4QN4A 1QF3A 1UZZA 3M2MA 5GLTA 2AYHA 1LEDA 2Z42A 1L7FA 1JW6A 2NM1A 5T5JA 1ENRA 3Q9OA 2CL2A 1EURA 3ZSJA 1N1YA 2EXKA 4GWNA 5B2CA 2A5ZA 2HTQA 4YG0A 1WCSA 3ALXA 3WVJA 3PVEA 1V0ZA 1D0HA 3A0NA 4XJ9A 1LHVA 1UL9A 1VCJA 1DLLA 2GMPA 1F8EA 4M4NA 2C5DA 3WHTA 2ZGRA 4FP2A 2R1DA 4F83A 1W20A 2V5YA 4DQAA 2GMMA 1LODA 1UKGA 4FVVA 5GZGA 5B2DA 2RKCA 4H55A 2QWHA 4YM0A 1YRZA 2YA4A 1GSLA 1B9SA 4Y1XA 2W39A 1W6NA 2QWGA 1AF9A 2HTYA 1INFA 5DZFA 3VKFC 4JC1A 2DU0A 4P9YA 3CL0A 1IKQA 4YZ1A 1Z4XA 4MWQA 3D4KA 4K3YA 2ZGMA 5GZCA 1DFQA 3TI5A 1NNBA 1YI7A 1ENSA 2YY1A 1SCRA 4AYUA 4AGGA 4UF7A 5EWSA 4DPNA 4FPOB 1LHWA 1W1XA 2JE9A 3O0WA 2DVDA 1INWA 1WLCA 2DTYA 4KS3A 4GZXA 1W6MB 3BTAA 5FREA 3ASIA 4RL7A 5IUQA 1FNYA 4K1IA 4FOWA 4XILA 2D6NA 4M4VA 3OGGA 1DQ2A 1LTEA 1KJRA 2WT0A 5HUMA 1GBGA 1G9CA 5JOYA 1N47A 1G9DA 1W8NA 4FQ4A 3M1HA 2WLQA 5T50A 2DVBA 5F9TA 2I2SA 3WZ1A 3HR9A 5E89A 1JBCA 4P9XA 4M3MA 5T52A 1E8TA 1Y7BA 3POWA 2EALA 2ENRA 3H71A 2BERA 2GN7A 3ILNA 3SLIA 5HCBA 1NSDA 2JECA 4B7MA 3TIBA 1UX6A 1IVGA 1W6QB 2OUJA 2R1BA 1IVDA 4K1JA 2DUPA 4MZAA 1DQ5A 1YXWA 2GN3A 2UU8A 2WQZC 5IT6A 3FUQA 3JU4A 3JU9A 5LK5A 5EYYA 2ZMLA 3IMNA 3K3AA 2P3KA 3AP5A 4M3CA 1LEMA 2A6WA 3CKZA 3M3CA 4GZTA 5DG2A 2XZKA 1LOCA 2AH2A 1U0AA 2DWRA 1GZCA 2NP0A 1MWEA 4MX0A 4YW1A 5IK8A 3H6JA 1X50A 3SILA 4LBQB 3WCSA 3RRDA 4R9CA 4BOWA 4KS5A 3C2UA 2C4AA 1Z4WA 2GDFA 5KXDA 1Z78A 2D44A 5BYNA 2XZIA 1Z0HA 4CPOA 2YROA 2CYFA 5GM0A 4LBOA 1H30A 1A4QA 5H9PA 4XIOA 2A71A 1V6LA 3GVKA 5DUVA 2Q5TA 3VKOA 3K36A 1QMJA 1DYKA 1TEIA 1O4ZA 1CN1A 2UURA 1N1TA 2D3SA 4MWWA 4CPMA 1S0IA 4PCRA 4XJUA 2ZGQA 3AZWA 2D6LX 4OZXA 2QWFA 2XG3A 2YA7A 2VSMA 2GNTA 4Y26A 2PELA 2ZGPA 1GZWA 4YM3A 2D6KA 3POSA 2R0HA 3B69A 1KITA 1FAYA 4K21A 2HTWA 4FPHA 3SH4A 4NOTA 3TIAA 4L8QA 1V3EA 2VW2A 3AX4A 1LULA 1F8DA 1HDKA 4BLJA 2VUAA 3ZXFA 2CNAA 5E8AA 5KXEA 1WBFA 1SLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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