4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
5H9QA 2FMDA 1QOSA 3RMYA 3ZPYA 4FPKA 4QN3A 1QU0A 3M3CA 4LBNA 3R4SA 1V6JA 1W0OA 1UZYA 5E8AA 2YDTA 1NN2A 5T52A 4Z8BA 3T1EA 5DG2A 5T5JA 1LOAA 3GNEA 1B09A 2NM1A 4M00A 4FPHA 3ALWA 1VAVA 3T1LA 3UK9A 2ZKNA 3SALA 3O12A 3FUQA 3NV2A 1SBFA 1V0ZA 2DWRA 5DG1A 4BPZA 2EF6A 2AYHA 4HIZA 4CPZA 4PCRA 4YZ4A 3T1MA 1H9PA 4ASMB 1ENSA 2PHUA 1INHA 1DIMA 4FPJA 2BERA 4P9YA 3AYEA 1W20A 1F8EA 5CB7A 4X6KA 1LCLA 1LHUA 3GALA 3JUUA 4HL0A 2HTVA 4YGBA 2C9AA 1INGA 2ZGOA 3IPVB 3O0WA 3WV6A 4J9TA 1V0FA 3WCRA 4FPEA 4XJWA 2JD4A 3ZSJA 3N7JA 5GM0A 2F12A 2QWCA 1INXA 5GZGA 3BTAA 3SITA 1SNTA 3BOPA 4YZ3A 3O0VA 3WHTA 1IS4A 3ILFA 4RL7A 4FJ6A 4Y1UA 4XJZA 5EXOA 1HLCA 2HTYA 2WNEA 3K3AA 3NSSA 5CA6A 1V3EA 4XHBA 4XILA 1S0CA 3GVJA 4JC1A 2VUAA 4Y1VA 3JU9A 1V0EA 2ZGUA 3TIBA 5F5QA 2GN3A 1AX2A 4XZPA 5GLTA 4ZXKA 3WNXA 1MS9A 2ZMLA 1JHNA 3NWKA 3OYWA 1W6NB 4HZYA 2D3SA 4B7QA 2UURA 3O5SA 2ZMNA 4FOYA 3AP9A 4TYSA 4GXLA 4Q8LA 1MS5A 3BEQA 1APNA 1BJIA 3N35A 1EUTA 4MYEA 2ZHLA 4LBQB 3AK0A 3SISA 3Q9OA 3POSA 3NV3A 4HZZA 2A3WA 5AVAA 1S0DA 2ZABA 2A7AA 1WD4A 5B2CA 3TIAA 3RQ0A 1LOFC 2HTWA 1Z4WA 1V6KA 3GVLA 3A0NA 1E8UA 1WW7A 4FVKA 2YZ4A 4FOQA 1PZ9A 4Q1RA 1H9WA 3ZYRA 3N3HA 1FNZA 2HT8A 2ZB6A 2YDPA 4YZ5A 3W58A 4H52A 2F25A 4ATFA 3WDVA 3PVNA 1GZWA 4GZXA 1WLCA 2QWEA 4FPOB 2YA6A 4Y1YA 3OY8A 4MWXA 2ZGKA 3RG0A 2VK6A 3USUA 1S0IA 4WZFA 1LEMA 4XMIA 1DILA 2A70A 3TI6A 2OVUA 2BQPA 2P3KA 3RS6A 4XXAA 3V65A 1QOOA 4PQ9A 1N47A 5DUVA 1BYHA 1ULDA 4UW3A 4DRVA 1V6NA 2P3JA 1Z0HA 2ZGMA 1BZWA 2ZB5A 2SIMA 2RHPA 4HZXA 4NO4A 4GZQA 1WCQA 1FV3A 4SLIA 1N1SA 1JN2P 3MW2A 3A71A 1LGCA 1QF3A 3B7EA 1WW5A 2PHTA 4XE9A 3ASIA 3B01A 4Y20B 2JECA 1KDMA 3M2MA 4AGGA 3MW3A 4FZHA 1FV2A 3WZ1A 4CPOA 3A4UA 1KDKA 1SLIA 1WD3A 2A75A 1AX1A 1TEIA 1CJPA 4MWUA 1QNWA 3WG1A 1W6PB 7NN9A 1J1TA 3MPPG 2DYCA 1GNHA 3B00A 2GALA 3HR9A 4H53A 1C1FA 1LULA 1V6IA 1G9BA 2JDZA 5JVVA 4XBQA 2R1DA 5FRAA 1MVEA 1JW6A 4P14A 2NMOA 5BYNA 1IVBA 1LEDA 3KM5A 4KBBA 1LOBA 2WQZC 4FP2A 1INYA 2DVFA 1DQ4A 5LK5A 4MJUA 1LOGA 4XYXA 1W1XA 1LHVA 2TEPA 5GLVA 1DFQA 1ULCA 4BMEA 1H30A 4WA5A 4Y22B 3IPVA 2SLIA 2V5YA 4TZDA 3AP4A 1IS5A 5T54A 4BMBA 2E53A 4YG6A 2D6OX 4DFSA 2YA8A 1IS3A 1NCAN 1CQ9A 2F27A 2R49A 4U2AA 2WSVA 3JU4A 4CPNA 4GB1A 5DZEA 4CPYA 1W8NA 1OFSA 1XQNA 4U36A 3TI3A 4LBJA 2DVGA 1NNAA 4YGEA 2A6ZA 5E88A 2HU0A 1BXHA 1CONA 1S0GA 1SLBA 2YA7A 4B7MA 1DYKA 2GMPA 1S0EA 2A6VA 4GZPA 5JOXA 3SH5A 4GEZA 4WA4A 4YZ1A 3AZYA 1CN1A 1S0JA 4X47A 2DV9A 1AF9A 2WKKA 1GANA 1NNBA 1VALA 1E8VA 3H73A 2DUQA 2AH2A 2PHWA 5DUXA 1LHOA 4XTMA 1MZ5A 4QN5A 1X50A 3N7LA 4BBWA 3AZVA 2C4LA 4M4UA 2SILA 1YYNA 2I2SA 1W6NA 1S1AA 5KXDA 3GVKA 1WBLA 2W39A 4KS5A 3V0AB 1O4YA 2A3YA 4YW2A 4WVVA 4LBQA 3SILA 3WCSA 2QWDA 4K1HA 2VSKA 1XOEA 5GLWA 2R0HA 2WJSA 3WLUA 5HUMA 1GYKA 4DPNA 5DUUA 4R9AA 4AWDA 2QWIA 2DUOA 3ATGA 3TICA 4CTEA 3BIWE 3AZZA 4H55A 2W38A 4BLIA 3CKZA 1LODA 3K37A 1HQLA 5JOWA 2UU8A 2YY1A 4MWLA 3OBRA 5NN9A 1Z50A 2QWGA 2B7YA 4LBQD 3AYAA 4R9BA 3H0OA 4ISQA 2R1BA 1KJRA 3T2TA 3AZWA 1SLLA 1GZCA 1Z4ZA 2JJ6A 3FFZA 3WDTA 4FVVA 2VH9A 1LHNA 4XTPA 4LBLA 2CY6A 2A6WA 3O9JA 4D8SA 1WUVA 2AENA 1N3OA 4NCSA 3B3QE 1V3CA 1IVFA 2ZGRA 2QWAA 1GKBA 1V6MA 1LU2A 2WT2A 1W6MB 1LJ7A 4Q26A 1A3KA 5CNAA 3H72A 2YMZA 5DZGA 5DZFA 1USXA 4YGDA 1CPMA 2E6VA 3ZXKA 3BODA 1YI7A 1VAMA 2GNBA 3O0XA 4UW4A 1NCBN 3NV4A 4UW6A 4XJUA 2EAKA 2JE9A 1NSDA 4GJTA 5IK7A 2F29A 1I3HA 2HYKA 4Y20A 3FLPA 1W6QB 2ZACA 2EXIA 2W5OA 4MC7A 2HTQA 4FOVA 3WG4A 2F11A 3O9KA 1A4QA 3PVOA 4MWYA 1FAYA 1SLTA 5T50A 1W6PA 1FATA 1LECA 2DTWA 1A8DA 4MWQA 3H71A 2D43A 2F26A 3POYA 3M1HA 5HCBA 4GKYA 2B8HA 2F13A 4W65A 4UW5A 2VWDA 3AP6A 4R9CA 4HZVA 2W20A 1NMCA 5JDBA 1WLDA 4GZOA 3MW4A 4YW3A 1MS8A 4R9DA 1YXWA 1DGLA 1WLWA 1Q8SA 4WV8A 2Z42A 5E89A 3A72A 4K3YA 5HUGA 2D6MA 4NOTA 4LBMA 4Y22A 1SLAA 1JOJA 4JF7A 4ATEA 1JYCA 1NCDN 4B7NA 4MZAA 2C5DA 5GZCA 4YG0A 1LESA 3IN9A 4YW5A 6NN9A 2DVBA 2A71A 2UWBA 2VY0A 3B9CA 1CESA 3AJYA 2FHRA 4M4VA 4XOGA 2VK5A 3WDWA 1KRIA 1D0HA 3DUIA 1EURA 2D44A 4GDIA 3ZXLA 5H9RA 4CRQA 1S0BA 4XDQA 3ILRA 3OGGA 3N36A 3SH3A 2ZAAA 3IMNA 4M3CF 4Y26A 4RA0A 1UZZA 1IOAA 4HANA 5B2DA 5HCAA 2VSMA 3ENRA 2F0ZA 1CVNA 2EXJA 4FPFA 2JKBA 3UJOA 1G7YA 1QDOA 2E7QA 2HU4A 5KXEA 4YM3A 3W59A 4GZWA 4MWWA 2XZJA 3V0BB 1YRZA 3VUOA 2F28A 4FPYA 3ZXJA 1C4RA 4D69A 3D12A 1G9CA 2PELA 4IQPA 2YA4A 4ITCA 5HCFA 1YO8A 5FREA 5JOYA 2E7TA 3V0AA 1SCSA 1UX6A 2NP0A 4YM0A 2V73A 1UPSA 1L7HA 4K20A 4FPGA 5T55A 3NN9A 5L73A 1Q56A 1U0AA 4JCKA 3WDXA 3LSDA 3QCWA 2YXSA 3ZXEA 4KS3A 5DXDA 1KQRA 3D11A 3AX4A 4K1YA 3ZSLA 1F5FA 3D5OA 2VW1A 4FQ4A 3OYWB 1JUIA 1N3PA 2JE7A 3WUDA 3SH4A 1IKQA 1JBCA 1V6OA 1URXA 2W5NA 3VKFC 3AXEA 1SCRA 4GALA 4FOWA 1Y7BA 2LALA 3ZYPA 4YFZA 4LBOA 1MS3A 2W08A 2NYYA 2Q5TA 4LBKA 3AXDA 4KS1A 3ZVXA 3AYDA 1LOCA 2D6KA 4BQ1A 3N7KA 4AVVA 3OBTA 5KXCA 1D2SA 2P37A 1SFYA 3K38A 2QWJA 4XXPA 2ZGLA 5GLUA 1EPWA 3CL0A 1WW6A 1WW4A 2A3XA 3QLQA 4PBOA 2DVDA 5H9PA 1NMAN 2CL2A 3IM0A 3R05A 5T5OA 4DRRA 3RRDA 1MS1A 1N3QA 2EALA 4I00A 4DQAA 1Q8VA 3CL2A 1ZM1A 1HQWA 1W6MA 2D6NA 4CPLA 1CIWA 1RITA 5IK8A 2BATA 4Y1XA 3APBA 3ZSMA 1AJOA 2RKCA 2XG3A 5IK5A 4M4NA 4MWRA 1W6QA 4ZKTB 2GNMA 2ES3A 1WCSA 4NN9A 4X49A 1MWEA 2ZHNA 4GZTA 5T5PA 1B9VA 3VV1A 4XJAA 1NMBN 2WT0A 1W6OB 3L2YA 1Z4XA 2ENRA 3DGTA 1DYPA 2SBAA 3AFKA 3SANA 3OPZA 2C4AA 1G9DA 2ZGPA 1IS6A 1KITA 3WHUA 1IVDA 4DGRA 2BF6A 2WSUA 1Z4YA 1MZ6A 1G9AA 1EUSA 4L8QA 1SO7A 5H9SA 4QN6A 3WDUA 2EIGA 1OKQA 1ULEA 2WT1A 3V64A 4C1XA 2NMNA 2OUHA 3D6EA 3TAYA 1F8CA 2AEPA 2DVAA 3C2UA 4X4AA 3NV1A 1B9SA 2XZIA 4QN7A 2ZA9A 1AJKA 4UF7A 1INWA 1Q8PA 3SNMA 3I4IA 3TI8A 1QMJA 2W68A 4AVTA 1GNZA 1A4GA 1UN1A 3PJQA 3WG3A 4YLZA 1F31A 1N1YA 1Z78A 2DTYA 4FQZA 1DQ1A 1B9TA 3N7MA 2GDFA 4BM8A 1LENA 1UAIA 2CWMA 1BKZA 4Q2FA 2YROA 2VU9A 2P3IA 1MR5A 1V00A 4JRAA 1BQPA 2LTNA 2ZGTA 1QNYA 2F24A 2ERFA 3RSJA 3WG2A 1GBGA 2XCYA 1SLCA 2GMEA 4AVSA 1G9FA 4K1JA 3PMEA 1MS4A 5T5LA 1I1EA 3TI4A 2G4IA 5IUQA 3VKLA 4K21A 1JXNA 1DIWA 3AZXA 5EYXA 2UWCA 3LSEA 3AJZA 5GLZA 1V3BA 1E8TA 1MS0A 2OUJA 1FYUA 2H0BA 4M3CB 4FPLA 4YW4A 1MACA 4XBNA 4CZSA 2D6PA 4BOWA 4YFWA 5JYYA 1NSCA 3V0BA 3H6JA 5GZEA 2D3RA 2QWFA 3UJQA 1INFA 2ARXA 2GNDA 3TI5A 1G86A 1G8WA 4F83A 5GJ6A 1DQ0A 1RIRA 2VW0A 4XHXA 4XJ9A 2AEQA 1PZ8A 2ZHKA 4HZWA 5IK4A 1FNYA 3M3EA 1QKQA 1QDCA 1AVBA 2NZ9A 3M3QA 1IVEA 3K36A 1LGBA 2ZBJA 3VKMA 3D4KA 2HTRA 4P9WA 3FLTA 4P9XA 2XB6C 5DUWA 2PHFA 1SBEA 4GA9A 1BJQA 2ZZJA 1AXYA 1NXD1 1GLHA 3INAA 4GKXA 3CNAA 1W8OA 1R1ZA 4XJ8A 1Z4VA 1DQ2A 1L7FA 1DLLA 4YGCA 3CYEA 4PF5A 1AZDA 4C1WA 2R0FA 4YM1A 2A6XA 2X9MA 2AGSA 4WEGA 3PVEA 4XMAA 2HT7A 3VKOA 2E51A 2QWHA 1W0PA 2NN8A 2QWKA 5GALA 4GDJA 1NCCN 4XBLA 5JMCA 4WEFA 4XJRA 1Q8QA 4MX0A 1MVQA 1ULGA 4PBPA 2GMMA 4XIOA 1UMZA 2DU0A 4Q27A 2A5ZA 3OJBA 2KM2A 2D6LX 2CTVA 2VK7A 5HUKA 3SLIA 1V6LA 1SBDA 2DU1A 2YA5A 3R4UA 2BZDA 3AP5A 5IT6A 4YZ2A 1GSLA 2VVZA 3TB0A 5F9TA 4M3MA 4CPMA 3LCPA 1ONAA 1IVGA 4MWVA 1RINA 1HKDA 1LHWA 2R16A 2VW2A 2PHRA 5M1ZA 4AGVA 1NNCA 3ZXFA 3INBA 1W6OA 2YV8A 2A6YA 2DUPA 2GN7A 5EWSA 4K1KA 1KJLA 1GZ9A 1F8BA 1L7GA 2P34A 3ALXA 3FLRA 1DQ5A 1LOEA 1WBFA 2WLQA 3ILNA 1ENQA 4ISRA 1DHKB 1V2IA 1LGNA 1JYIA 1N1TA 2CMLA 1EUUA 2P2KA 2F10A 4MWJA 5KXBA 1Q8OA 3FBYA 4B7RA 3FUOA 1UKGA 4BLJA 1IKPA 1CPNA 3MEPA 3UL2A 5CBLA 2ZGQA 1DQ6A 2EXKA 1HDKA 2VXRA 3U4XA 2XZKA 1ZA4A 4FPCA 2AUYA 3WUCA 1USRA 3A0KA 3B69A 2ZMKA 3WDYA 3KQRA 1QOTA 1ENRA 1OQ1A 4I30A 4QN4A 2D3PA 4FP3A 1A78A 3RMXA 4DS0A 1NSBA 4MZEA 4K1ZA 4GWNA 3VKNA 4XIKA 3W09A 2GNTA 1F8DA 3WOGA 1V3DA 1LTEA 1LU1A 1DBNA 2ZGSA 5GZDA 2QWBA 4GWMA 3AYCA 4AGRA 3POWA 4AYUA 3AP7A 4Y1ZA 5GZFA 1CR7A 3I8TA 4Q1PA 1VCJA 1FX5A 1AXKA 4MJVA 1AXZA 1GV9A 1PZ7A 1GZWB 4OZXA 5EYYA 1DZQA 1VIWB 1W21A 4NC5A 3OY8B 1ULFA 4YM2A 1AX0A 2OW4A 4XJQA 4M3CA 4QNPA 3USUB 4GZSA 2AR6A 4M3CE 1A14N 4WA3A 2PHXA 1QGLA 2UWAA 1S0FA 3K39A 5HUNA 2ZHMA 5CAZA 5JLVA 1NLSA 1UL9A 1INVA 2EXHA 2ARBA 1VCUA 4Q8KA 2HTUA 4YW1A 5JOZA 2W52A 1F9KA 2CNAA 1O4ZA 2CYFA 1C57A 4B7JA 1LOFA 2D7FA 3M3OA 3WVJA 3HMYA 4WVWA 4KS2A 3IKWA 4KS4A 4M01A 4YG3A 5HX0A 1XOGA 4Q6KA 3HN1A 2AREA 5SV8A 2HT5A 4Y24A 3ZSKA 1IVCA 1YIFA 1VLNA 2DURA 4K1IA 2CWSA 1C1LA 1GICA 1SACA 1N1VA 2ZGNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E31A 5H9QA 2FMDA 5FK7A 5IATA 5JXIA 1QOSA 3RMYA 3LDKA 3I2JA 2Z5WA 1F15A 4JTOA 2FLUX 2XN4A 2EAAA 1RUH1 4ARXA 2ZCWA 3HPNA 1SDDB 3ZPYA 4FPKA 1QIQA 4QN3A 1QU0A 1UKRA 3M3CA 4QKBA 2BRTA 4DIQA 1NZCA 5D8AC 4IYGA 4S2HA 2IASA 4LBNA 3K48A 2V91A 3R4SA 1V6JA 3VBUA 1W0OA 3K3OA 1UZYA 3SEEA 3R6SA 4IEPA 3URFA 4B8EA 5E8AA 2HWB1 1R1A2 1UXXX 4P9JA 4N53C 1OA3A 1UZWA 4Q4Y1 4BE3A 3I97A 2JDAA 2HWB3 4ZU4A 2VTXJ 1H6XA 5L9BA 4COVA 1NN2A 2BW8A 2VL4A 5C33A 4I2OA 5T52A 2H6BA 4CCMA 1OMIA 4Z8BA 1QQP2 1Y9QA 3NKTA 1X7NA 4LIVA 4NRMA 5FV3A 3J7MA 5C8CB 3GBGA 3T1EA 3LE0A 2P17A 5DG2A 4XFFA 5T5JA 5FZBA 4HT1T 2VR4A 1GR3A 1LOAA 4PLOA 5FUNA 1DU3D 3GNEA 3ZN4A 1ZRRA 2VZOA 1B09A 2BVBA 3VN4A 1BMV1 3UKNA 2NM1A 4QHBA 1QJU1 4RQPA 3LOBA 1H8TC 4M00A 3JB4C 4FPHA 3KT7A 4AVCA 1VAVA 3T1LA 5K0UB 2JG9B 3ALWA 1STMA 1POV0 2Z69A 5FPBA 5BNPA 3UK9A 1OSGA 2P6HA 2ZKNA 5AC92 5KHJA 3UETA 3C3VA 3VBOB 3VD4A 5A7SA 3O12A 3SALA 1PNGA 1FT9A 3FUQA 3NV2A 1SBFA 4DO0A 3KHBA 5JZGC 3J7LA 2XLFA 3GM8A 4IEUA 4M0NA 2DWRA 4OI2A 1V0ZA 5K9YA 5DG1A 3WT3A 3Q8BA 2ZEXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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