4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
2E6VA 2XB6C 1QOOA 1SLIA 2GN3A 1AF9A 1V6KA 2CWSA 2ZHLA 2P2KA 1WW7A 1CQ9A 3D4KA 4TZDA 2WT2A 3BOPA 2CNAA 1V6JA 4UF7A 3O9KA 4XIKA 3WV6A 3ZYRA 5HCFA 3N7KA 2ZGNA 2YA5A 2AEPA 4NOTA 3AZZA 2UWCA 3AXEA 4XTPA 4WA4A 2QWCA 1VAVA 4BLJA 4X47A 4MJVA 4ZXKA 4ISQA 1JYCA 1SBEA 5IUQA 2GMPA 1UN1A 3FUQA 3OYWB 1MS5A 4FPLA 4HZWA 4MX0A 1NNBA 2BZDA 4Y1XA 1LCLA 2PHXA 4KS2A 4YGDA 1LGBA 2DUOA 3SLIA 5GZFA 5H9PA 1F5FA 4R9BA 4ASMB 1DQ5A 5IK7A 1YXWA 4ISRA 4HANA 1NSCA 2EIGA 2ZHNA 5E8AA 5H9SA 3WG1A 2NZ9A 1SBDA 5M1ZA 4LBKA 1D0HA 1YI7A 3R05A 1NCAN 2R16A 3WCRA 4YFWA 2CTVA 4Y22B 4YZ5A 1W6QB 4FPGA 2YV8A 1RIRA 5T55A 1KQRA 4FOWA 3V65A 4GEZA 1WD3A 1Q56A 3FLTA 3MEPA 3B69A 4DGRA 2XZJA 2C5DA 5JDBA 4XJ9A 4YGCA 3B9CA 2QWIA 5JLVA 3WCSA 4YGBA 2QWBA 4MWYA 4K1YA 4TYSA 1OQ1A 3N7LA 5JOYA 4LBOA 4QN5A 1BYHA 2BATA 5IK8A 3WDXA 2HYKA 3ZSKA 2WJSA 3ZVXA 1JOJA 1GZCA 1DFQA 2ZGQA 5KXBA 4H55A 4FQ4A 1V6MA 2F10A 4Q2FA 2HTUA 2ARBA 4QNPA 2NP0A 5E89A 4XJZA 3INBA 3N3HA 2I2SA 4R9CA 1X50A 1JXNA 3SNMA 1LODA 3WDYA 3WDUA 1A78A 4MWRA 2D3PA 3Q9OA 1MR5A 2ZHKA 4DQAA 1DLLA 2GNTA 3OY8A 3CL0A 1MS4A 5JOXA 1UX6A 2AREA 2VXRA 1L7GA 4BBWA 2SBAA 3VKLA 2D3RA 2OUHA 4FPHA 1V3BA 3LCPA 5T5PA 4FPJA 2OVUA 1CPMA 3O9JA 1V0FA 4GDIA 1JBCA 4M4VA 1W6OB 5HUNA 2ZACA 1MVEA 4GJTA 2YMZA 7NN9A 1INXA 1AJKA 3FBYA 1INGA 1NSBA 4Q8KA 1G8WA 3WUDA 4CZSA 4Q26A 3HR9A 1W0OA 2H0BA 1FAYA 4LBLA 4BMBA 2A6ZA 2AH2A 1V00A 4M00A 1C1FA 1F8EA 2YA8A 2D6LX 3SALA 2A7AA 2UURA 3AYDA 4YW5A 1QNYA 3CL2A 1HKDA 2VK7A 1LHWA 4YGEA 1NMBN 2LTNA 2UU8A 5KXDA 2ZGMA 3WUCA 3AZYA 1JYIA 1W1XA 5GLVA 1LHVA 4XJQA 5BYNA 1Z0HA 4K1IA 1C4RA 2GALA 1V0EA 1INWA 1AZDA 2ZGUA 4XDQA 4M3CF 1LEDA 3AYAA 4CTEA 4KS5A 2AYHA 3FFZA 4DFSA 4Y1UA 3B3QE 2YA7A 1XQNA 1A4GA 1IS3A 4YG6A 4XYXA 4YFZA 3R4SA 4XTMA 4M3MA 1W6MB 3H73A 1QNWA 1GANA 1DHKB 4JC1A 2RHPA 4B7QA 3T2TA 1GSLA 3CKZA 1Y7BA 3MW2A 3AYCA 2DVAA 3ALXA 3AFKA 1WCQA 3V0BB 5B2DA 4BQ1A 2PHFA 4XE9A 4KS4A 4PCRA 3OPZA 3SH3A 4AVSA 3TI4A 4WEFA 5DXDA 4YW2A 5E88A 3WHTA 1L7HA 2GNDA 2DURA 4YW1A 4XJAA 2A6VA 2GDFA 3GALA 3KM5A 1MWEA 3JU9A 5JVVA 3SILA 3SH4A 2AEQA 5HUKA 3U4XA 1SLLA 2NN8A 3A0KA 4K21A 4FOYA 2W20A 1QOTA 4DRVA 1H9PA 4PQ9A 2QWAA 5FREA 2D3SA 3VKMA 4P9XA 2ERFA 2QWFA 2HTRA 4QN4A 3WDVA 4BMEA 1W6OA 3ZSLA 2F13A 1CR7A 1GKBA 4B7MA 4PBPA 3ILNA 4MWLA 4XXPA 1MZ6A 1E8TA 3UK9A 1W6NB 5HCAA 2PHRA 5CBLA 2P3JA 1ENSA 2D6PA 1Q8VA 5EYYA 4XHXA 2ZGTA 2P37A 1LULA 3KQRA 2ZMNA 4AVTA 2W52A 1IS6A 4DPNA 3QCWA 5IK5A 2E51A 2NMOA 4Q6KA 1Z4XA 4XJUA 4LBMA 4WA3A 5CA6A 1NCDN 2UWAA 4MC7A 2D6KA 2A5ZA 1JW6A 1EUSA 1USRA 1N47A 1CJPA 2VY0A 2A6XA 2G4IA 1LESA 2X9MA 4B7RA 4KS3A 1PZ8A 5CB7A 1MZ5A 2DWRA 4MWVA 4H53A 3I4IA 1F8BA 5NN9A 3CYEA 4XXAA 3ILRA 1MS3A 2QWDA 4XBNA 4YW3A 4M01A 2JE7A 1F8CA 3ATGA 1CIWA 1KITA 1IS4A 2D6OX 1NMCA 2EF6A 2ZHMA 1DBNA 3H71A 3GVJA 4XJWA 3H6JA 1U0AA 2V73A 2VW0A 1DQ2A 2A6YA 1VIWB 4MZEA 2W38A 1WBLA 2WSUA 3ZXJA 2XZKA 2PHWA 1GZWA 1IVFA 1BQPA 4UW5A 2A6WA 4B7JA 4FPFA 1WUVA 3B7EA 3V0BA 1E8VA 5H9RA 2BF6A 3JUUA 3N7MA 3OY8B 4LBQB 5GLWA 3WHUA 4GZQA 1S1AA 3H72A 4NN9A 1KJLA 4LBJA 3O0XA 2SLIA 4K1JA 3GVLA 4Q1RA 2HTVA 5DUUA 3VUOA 1SNTA 2UWBA 1IKPA 4GB1A 1LOFA 3NN9A 1W0PA 4U2AA 3M3CA 1QOSA 4UW6A 3A71A 1MACA 3TB0A 2F24A 1BXHA 1V3DA 3AX4A 1NXD1 3IMNA 1C1LA 1LOAA 2LALA 4XBLA 1MS8A 1W6PA 5DUXA 4LBQD 4JCKA 2WSVA 2E7QA 2V5YA 4FVKA 3OJBA 2F27A 5B2CA 4FVVA 1W6NA 2F28A 1DQ4A 1V6NA 2WT1A 4YZ4A 3AK0A 4XJ8A 5AVAA 1DIWA 1UPSA 4WEGA 3T1LA 4D69A 4HL0A 2A70A 1CPNA 3ALWA 3AYEA 2OUJA 1LJ7A 1B09A 1HLCA 1INVA 4AVVA 3MW3A 3WG2A 1FATA 4GKXA 4XIOA 3ZPYA 1EPWA 1VAMA 2C9AA 2QWGA 1B9VA 1UKGA 3GVKA 1AXKA 1E8UA 2CMLA 2CY6A 1IS5A 4KS1A 1G9CA 4GKYA 4CPOA 1JHNA 1VCUA 1IVBA 2DU1A 4AYUA 1APNA 4K3YA 4QN7A 2R1BA 3ZYPA 1H9WA 1V3CA 1YYNA 2QWEA 5JMCA 1D2SA 4YM3A 3NWKA 3M3QA 3SH5A 1WW4A 2W5OA 2SIMA 4JF7A 3POWA 3L2YA 1KRIA 4MWQA 3M1HA 2W39A 3C2UA 2KM2A 2FHRA 4LBQA 4ATEA 2PELA 1BKZA 4QN3A 1NCCN 4DRRA 1W8OA 4J9TA 2ZGOA 1TEIA 3WG3A 1VCJA 3OBTA 3IPVA 5T5LA 1ULCA 3RQ0A 5F5QA 5GLZA 1QDOA 4YG3A 3V0AA 2Q5TA 1GNHA 1AX0A 4BOWA 2YDTA 5DG2A 2QWJA 2HT7A 1LECA 1MS1A 1NNCA 1N3OA 3APBA 3UJOA 3W58A 1IKQA 1IVCA 1VALA 3VV1A 3PMEA 1V2IA 3VKNA 5L73A 2DVDA 5GJ6A 4M4UA 1RINA 3D6EA 4K1HA 2JE9A 4MJUA 3TI3A 4C1XA 1GZ9A 4AWDA 2YA6A 5GM0A 4MWJA 1DGLA 4YM1A 4YZ2A 1NNAA 1AX1A 3FLRA 3AZWA 1AVBA 5EYXA 1LHOA 5JOWA 2VVZA 3FUOA 1JUIA 3CNAA 1I1EA 3GNEA 1V0ZA 4MZAA 2ZZJA 4UW3A 1INFA 1O4YA 4FP2A 4YZ1A 1QF3A 4Y26A 1DQ1A 3WDTA 1AXYA 1OFSA 4P14A 2JJ6A 1UL9A 1Q8QA 1WW6A 2PHTA 1N1VA 1CVNA 4XILA 2AR6A 1IOAA 4MWWA 1FYUA 2EALA 1EUUA 1GZWB 3K38A 2D43A 3ZSMA 4X4AA 4NCSA 4GWNA 1ULFA 3AJYA 3TI6A 1SCRA 1A3KA 4Q8LA 4MYEA 2R1DA 1KJRA 1FNYA 2ZGRA 5JOZA 3O0WA 3WOGA 2ZMLA 1GNZA 3DGTA 4Y20A 4R9DA 4NC5A 4L8QA 2HT8A 5JYYA 1Q8PA 3RMYA 1QGLA 3K37A 1Q8OA 1QMJA 3IKWA 4GXLA 4ATFA 1KDMA 1ZA4A 2NMNA 2YY1A 3N7JA 2DVGA 2HTQA 2AGSA 2VSKA 3M3OA 1LGNA 1W6PB 1NMAN 2XZIA 1URXA 2ZA9A 3A0NA 4HZXA 2E7TA 1R1ZA 2WKKA 1I3HA 4XBQA 2CWMA 3ZXKA 2Z42A 2YDPA 3M3EA 4X49A 4F83A 4YLZA 3RG0A 3K3AA 5T52A 2EXHA 4PF5A 3O12A 3RSJA 2EXIA 2DTWA 2DUPA 4GA9A 4YG0A 5DUWA 1N3PA 2D6MA 1V6OA 1S0JA 1WCSA 5CAZA 2VW2A 1LHUA 4CPLA 3TI8A 1Z78A 1LTEA 1WD4A 1S0DA 4UW4A 5GLUA 1LU1A 1INHA 1O4ZA 1RITA 2ZGKA 2NM1A 3PVEA 2CYFA 3WNXA 4MWXA 4LBNA 2DVBA 5H9QA 2A71A 4HZYA 2VW1A 4K1KA 2ENRA 1J1TA 4FZHA 2B7YA 1LGCA 1ENQA 3OGGA 4BLIA 4HIZA 3T1MA 3K36A 1FNZA 2R0HA 3ZXLA 1WLWA 2GMMA 2JKBA 2HU4A 2WQZC 4FOVA 3LSEA 3TICA 1V6IA 2P34A 2RKCA 3D12A 1LHNA 1IVEA 5T5JA 3WVJA 2DTYA 3O5SA 4YM0A 4PBOA 4FOQA 4BM8A 1Z4ZA 1ZM1A 2ZB6A 1BZWA 2JD4A 4ZKTB 3OBRA 2F29A 3B00A 5DZEA 1N1SA 2XG3A 1G9AA 4K20A 1LOEA 1ULGA 4CPZA 1G9FA 3V64A 1NN2A 3WLUA 3QLQA 5HX0A 4Y1ZA 4CRQA 1NSDA 1Z50A 1F9KA 5GZEA 6NN9A 1SLCA 4I30A 2F0ZA 3JU4A 3NV2A 3IPVB 4GDJA 3WDWA 3V0AB 1EURA 3W09A 1DYKA 4Y24A 4Y1VA 2GNMA 1LOFC 1HDKA 1DQ0A 2ZGPA 1S0FA 3SANA 1CN1A 4SLIA 1LOGA 1ONAA 5F9TA 2ARXA 2VK5A 1N1YA 3PVOA 4YW4A 3HN1A 1FV2A 1WW5A 3W59A 1SCSA 4DS0A 3IM0A 2NYYA 3MPPG 3NV1A 4M3CB 5T50A 4XJRA 1G9DA 1W21A 1Z4WA 1LOBA 3VKOA 1DILA 1S0EA 4WVWA 2B8HA 2JDZA 4X6KA 2FMDA 2VH9A 1GLHA 4R9AA 4FPKA 1S0IA 2WNEA 1Z4YA 2VUAA 5IK4A 5T54A 4WVVA 3AP9A 2ZABA 1FV3A 3AP5A 2PHUA 2CL2A 4XZPA 2HTWA 1W8NA 3MW4A 1V3EA 1A14N 1A4QA 2ZGSA 3BIWE 5HUMA 5KXEA 2VSMA 1BJIA 4FP3A 2BQPA 5GZCA 2HU0A 3AP7A 4Y1YA 1QDCA 4WZFA 2WT0A 1GYKA 3TIBA 4Q1PA 2BERA 3ENRA 2DYCA 3D5OA 3HMYA 3N35A 1UZYA 4OZXA 1B9SA 2R0FA 4Z8BA 3LSDA 3USUA 1Z4VA 4GZXA 2F26A 2SILA 3R4UA 4FPOB 4Y20B 4GZOA 1GBGA 3H0OA 3DUIA 4P9WA 1SLAA 4NO4A 4HZVA 2P3IA 4BPZA 4GZWA 5GALA 3A72A 4AGRA 4AGVA 1XOEA 5GZDA 2ZBJA 5HUGA 4CPNA 3BTAA 1IVDA 1YIFA 1AX2A 4FPEA 3AP4A 4WV8A 3UL2A 1NCBN 4GZTA 1HQWA 2HTYA 5HCBA 2ZKNA 1C57A 4FQZA 2A75A 4XHBA 4RL7A 3IN9A 1KDKA 2GNBA 5SV8A 1A8DA 1GV9A 4QN6A 4XOGA 3I8TA 2ZB5A 1LU2A 3ZXFA 1MS9A 5CNAA 1YRZA 3NSSA 3OYWA 1YO8A 5DUVA 5DZGA 3TI5A 4M3CA 2OW4A 3TAYA 4M4NA 1QU0A 3A4UA 3AP6A 3T1EA 5LK5A 1IVGA 2YA4A 1MS0A 4GZSA 4AGGA 2EXJA 4YM2A 2QWKA 3POSA 2C4LA 2ES3A 5KXCA 1NLSA 1SLBA 1AXZA 1S0CA 2EAKA 4Y22A 3SITA 1WLCA 4GALA 1W6QA 1OKQA 3RRDA 3TIAA 1SACA 5DG1A 3D11A 4FPYA 1DIMA 3N36A 1S0BA 4W65A 1ENRA 2TEPA 3AZXA 3AZVA 1AJOA 2A3XA 1SFYA 5EWSA 2DU0A 3ZXEA 4WA5A 4KBBA 1UZZA 2P3KA 4H52A 3O0VA 2DV9A 1G86A 1G9BA 4CPMA 4JRAA 1PZ9A 4YZ3A 4HZZA 1H30A 2GN7A 1LOCA 3WZ1A 1INYA 3PVNA 1B9TA 1DQ6A 5EXOA 1S0GA 1L7FA 3AXDA 4Q27A 3ILFA 1USXA 2R49A 3NV3A 5T5OA 2EXKA 1SO7A 1Q8SA 2A3WA 2XCYA 1F31A 4B7NA 4MWUA 3FLPA 1WBFA 1SLTA 1HQLA 1N3QA 2WLQA 1CESA 1LENA 1V6LA 1BJQA 1FX5A 3SISA 1ULDA 2DUQA 2E53A 5FRAA 2AENA 4XMIA 1VLNA 1WLDA 2YROA 2F11A 3BEQA 4FJ6A 3NV4A 2VU9A 4K1ZA 2F25A 1G7YA 2D44A 1UAIA 5GZGA 2VK6A 4I00A 4ITCA 1XOGA 4P9YA 1F8DA 2VWDA 2AUYA 2W68A 2D6NA 2ZAAA 1GICA 1PZ7A 5IT6A 2YXSA 3POYA 1N1TA 1CONA 4IQPA 1LEMA 2ZGLA 2C4AA 3UJQA 4CPYA 4U36A 1UMZA 1DZQA 2QWHA 1JN2P 1EUTA 2A3YA 5DZFA 1SBFA 2JECA 4XMAA 4C1WA 3M2MA 1QKQA 2F12A 3VKFC 3ZSJA 3K39A 3BODA 1DYPA 3WG4A 5GLTA 2HT5A 1MVQA 4GWMA 4GZPA 2YZ4A 3RS6A 3USUB 3RMXA 4RA0A 4FPCA 1W20A 4M3CE 2ZMKA 3ASIA 2W5NA 2D7FA 3INAA 4D8SA 3AJZA 2DVFA 1W6MA 3PJQA 3B01A 2GMEA 2W08A 1ULEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6VA 2XB6C 1QOOA 4FTSA 1ZX5A 1SLIA 1QHDA 2GN3A 2VC9A 4AVCA 5EHDA 1AF9A 2WAOA 4UFHA 5CG8A 1V6KA 3WP6A 2CWSA 2ZHLA 2ZJCA 4A6OA 1PVC3 2P2KA 3GZUC 1WW7A 4GB33 2Y6FA 3NAPC 3IBMA 5A6ZA 4AEKA 1CQ9A 3V64C 3QH6A 1XE8A 3D4KA 3KGLA 4TZDA 1X2RA 5K0UB 2W47A 3K4ZA 4PJYA 1RMU2 2WT2A 2WAAA 3BOPA 4PLMA 5E6HA 3H8RA 2GVUA 1CJDA 1V6JA 2CNAA 3MIDA 4IDZA 4L97A 3RZKA 2IATA 3O9KA 4UF7A 4XIKA 1TQ5A 5JR7B 4OUEA 2OJHA 1UXXX 2OKXA 3WV6A 2XBO2 3CZJA 4LIUA 5FMCA 1OOPC 3ZYRA 1HB4A 1JZ2A 2E33A 4UT5A 5GX2A 5HCFA 3N7KA 2ZGNA 4PIXA 2YA5A 3OOXA 2AEPA 1O6UA 4NOTA 2BGOA 1AR62 2VNGA 3KV6A 3AZZA 1H6XA 2UWCA 4JTOA 4P5YA 3D0SA 1UU5A 2E26A 1VBD1 4NAMA 5FJKA 1IUBA 4HPKB 2EIBA 4O61A 3AKRA 2G19A 3VBRB 3AXEA 1AL22 4BXSV 4XTPA 4HG6B 4WA4A 4S2HA 1RUJ2 2ORXA 3GBFA 1VAVA 4BLJA 5IVVA 2QWCA 1A6CA 2RS53 2O1QA 2FP8A 4X47A 1DZTA 4MJVA 4ZXKA 3HQRA 5CGJA 4ISQA 1JYCA 3WP5A 1POV0 1SBEA 3H7JA 5IUQA 3TYJA 5F8PA 3WXPA 3ZOIA 2VOTA 1HIXA 2GMPA 3H7YA 3VBUC 1UN1A 3FUQA 3KVBA 3OYWB 4NHMA 4QQOA 3VZLA 4CXXA 4JQTA 5JCTA 1MS5A 1Y9MA 3IAQA 4EN0A 3ME2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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