2VW2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw2A02
2P3IA 1JUIA 2F27A 1H9PA 3OPZA 2D6NA 2JDZA 2QWEA 4M00A 1V00A 1W0OA 1QU0A 5DUUA 1VAMA 2CL2A 4WA5A 4FOQA 1S0IA 1VAVA 3I8TA 4BM8A 1X50A 2ZBJA 2YMZA 2ZGLA 2NMNA 1N3QA 2F29A 2CNAA 4JRAA 4YZ5A 1WW4A 2ZMLA 4MZEA 1KITA 1Z4YA 1QOSA 3AP6A 4KS4A 2VU9A 2QWGA 4KS2A 1G86A 4GA9A 1SLAA 1INFA 2WT2A 1HLCA 3AYAA 1G9AA 2E51A 5F5QA 1A78A 1Z78A 1G7YA 3PVEA 1TEIA 3AYEA 2W68A 3W59A 5T55A 2DVBA 4UW4A 4W65A 3WUCA 5GZFA 2CTVA 4CTEA 5JDBA 3AX4A 4KS5A 4FPHA 1WBFA 3OBTA 1UL9A 2Q5TA 2ZGUA 1UX6A 4WA4A 1MS5A 3JU4A 2ZMNA 4LBKA 1CPMA 4Y20A 2DTYA 2F25A 1S0EA 2C9AA 4B7RA 2XCYA 1ONAA 1W20A 4PCRA 3T1MA 4XBLA 1UZYA 3WVJA 2XZJA 5GLTA 4Q27A 4MWUA 2D6PA 5GLVA 2VVZA 1I3HA 5IUQA 3ENRA 2A6VA 2XB6C 3TIAA 3A72A 3WDVA 3BEQA 3WNXA 1V6OA 3AZYA 2HT5A 4MJVA 1HDKA 2HTRA 5HUGA 1FNZA 3GNEA 1Z4ZA 2A71A 2PHXA 1YRZA 2P34A 4XJZA 2QWHA 1WW7A 4X47A 4XOGA 1V6JA 3TI8A 1W6MB 3O12A 4I00A 2ENRA 3WG3A 1FV2A 4ATFA 4HL0A 4B7JA 2GNDA 1ULFA 1J1TA 1C1LA 3W09A 2PHWA 2A6ZA 1GBGA 2R0FA 3H73A 3Q9OA 3MW4A 1W8NA 1NSCA 2AH2A 4FVKA 1UZZA 1BJIA 5CNAA 4YM2A 3AP4A 3M3CA 4Q1RA 3SANA 3I4IA 3IPVB 2ZB6A 4J9TA 2AEPA 2EALA 1LOEA 3MPPG 3OY8A 2F24A 1C4RA 3A71A 2VK5A 2YA5A 3A4UA 1LODA 3SH3A 3C2UA 4MWRA 5NN9A 1KJLA 2QWBA 4XILA 1BQPA 1HQWA 2DUPA 3H72A 1HQLA 3RMYA 4YW2A 4CZSA 1GZWB 3V0AB 1W6QB 1BJQA 3B9CA 2F10A 2G4IA 4XMAA 4ZKTB 1H9WA 5E8AA 2A6WA 3CYEA 2I2SA 2ZB5A 4GB1A 1NNBA 3AJYA 1WCSA 3B69A 2R49A 4GDIA 1INHA 4PQ9A 1DYKA 2YA4A 2F26A 4M01A 1Q8OA 4M4NA 3MEPA 1JHNA 1I1EA 1KRIA 1F8EA 2BQPA 1GV9A 1YXWA 4XJAA 4WV8A 4D69A 1SO7A 4Y1ZA 3D12A 5CA6A 2ZABA 1DHKB 1DIMA 4Y22A 1Q8SA 2DU0A 3M1HA 4Y1UA 1NSBA 2X9MA 1ENQA 4XBNA 3SILA 2ZGMA 2AEQA 3WDWA 3AXEA 3IKWA 4P9XA 4QN5A 3D5OA 1DIWA 5GLUA 1QMJA 4XBQA 2V5YA 4JC1A 4PBOA 2P2KA 2DTWA 1LHNA 2D6OX 2DYCA 1NNAA 1CESA 1IOAA 1CJPA 1S0CA 2QWJA 1B9TA 1A4QA 2GNBA 3ZSLA 4YZ3A 5KXBA 1AX2A 3RRDA 4Q8KA 3POSA 5EYYA 3SALA 4XHXA 1EPWA 4CPOA 3VKOA 2WKKA 1IKQA 4P14A 3FUQA 5CAZA 2VUAA 1W6NB 4GZQA 1KDKA 3H71A 5HCBA 2VWDA 4Q1PA 1N3PA 2GMPA 4YGCA 4WZFA 4YW4A 3WHTA 1NCBN 1N1YA 4YGDA 4AVSA 1AZDA 3AZVA 1QGLA 5L73A 2VW2A 2GMMA 4FOWA 4XXPA 2GN3A 1UN1A 4MZAA 3VKNA 1MS4A 2F12A 3CNAA 4XDQA 2DU1A 1W6MA 2B7YA 2ZHNA 3ALWA 3WHUA 3POWA 3OJBA 2P37A 5H9RA 3ZSMA 1N3OA 1N1VA 3NV4A 2NZ9A 4X6KA 3FFZA 3MW3A 2GN7A 4YM0A 1GNZA 5GZCA 4WEFA 2SLIA 3WDXA 2CWSA 1GLHA 1SCRA 4LBQB 1LTEA 4FP3A 3LSEA 2ZZJA 2AUYA 3M3OA 2F0ZA 1V6IA 1ENRA 4FQZA 2HU4A 1EUTA 4F83A 3RG0A 2ZGKA 4M3CE 2GNMA 3IPVA 3LCPA 2PHUA 3TIBA 4NO4A 3OBRA 4SLIA 1BXHA 5B2DA 4MYEA 2YY1A 3VUOA 4P9YA 1CVNA 4Y26A 5DG1A 1SLBA 3HN1A 4MWJA 3WDTA 2HTQA 2EXHA 1S0FA 1ULDA 2VK7A 3B3QE 2ZACA 3FLPA 4H53A 1W0PA 1JBCA 1LGCA 2UWCA 1OKQA 2QWFA 4FJ6A 2TEPA 3WZ1A 1GZWA 3V0AA 1W6QA 4MWLA 5KXDA 1Q56A 2W38A 2DVFA 4UF7A 2FHRA 1RITA 2LALA 3OYWB 2RHPA 2AGSA 3UJOA 4R9DA 3LSDA 5IK7A 2D3SA 3AYDA 5T5PA 1DILA 3ZPYA 1SFYA 3RQ0A 4FPOB 4MJUA 5JOXA 5T5OA 1SBFA 4WA3A 1WLCA 4CPMA 2UU8A 2PHTA 2SIMA 3SLIA 1YO8A 4GKXA 2BF6A 2D3PA 4IQPA 5DZEA 3B01A 4GKYA 2R1DA 1IS3A 2Z42A 4K1IA 2HT8A 4WVWA 2HU0A 5IK5A 1F8DA 4MWYA 2YA7A 4UW5A 3INAA 1UKGA 5GLZA 4MC7A 4NCSA 1MWEA 1XQNA 1LHUA 5GM0A 3A0KA 4FQ4A 3V0BB 1FX5A 3AFKA 4H55A 2ZGPA 1MS9A 2C4LA 1V6NA 1C1FA 3MW2A 2D7FA 4K20A 3O0XA 1IVBA 5JOZA 5F9TA 2EF6A 3GVJA 1GNHA 1Q8QA 4B7MA 1LOFC 1CIWA 3WV6A 2WNEA 4YG3A 4HZYA 5JOYA 2D6MA 2B8HA 2EXKA 3AYCA 1V0FA 4FVVA 1LGNA 2ZHMA 2QWCA 1W6NA 2V73A 1V3CA 4HZXA 4GZXA 3T1EA 1CR7A 4C1XA 4NOTA 2EAKA 2VH9A 1USXA 1AXZA 3FUOA 5HCFA 4PBPA 5GJ6A 3NSSA 5JYYA 3WG1A 3WLUA 4AVVA 2F13A 1MVEA 1AXYA 1IVFA 4XJ8A 1WW5A 3TI3A 1AJKA 5JMCA 3WCSA 4YW1A 4FPEA 1KQRA 2A3WA 4UW6A 1Z50A 3PMEA 1GICA 3ALXA 4XYXA 4MWXA 1S0JA 3ZXKA 4ISQA 4XE9A 4K1HA 2NN8A 3JUUA 5DUWA 4CPLA 1NMAN 2UURA 4LBQA 3FLRA 1F5FA 5JOWA 1F31A 4KBBA 1N47A 3DUIA 4RA0A 1G9BA 1MACA 5GZDA 2NP0A 1QNWA 2ERFA 2QWDA 4GDJA 1RIRA 4XXAA 4OZXA 1XOEA 5BYNA 2DUQA 3K38A 4K21A 2W39A 5CB7A 3N3HA 4FOVA 3QCWA 1ZA4A 2W5OA 4CPZA 2OVUA 1DQ0A 2XG3A 5DXDA 4GJTA 3O9KA 1LULA 1PZ9A 1E8UA 1Z4WA 2YA6A 1LOFA 2VSMA 5GLWA 4QN3A 1DQ6A 4MWVA 1LENA 4XMIA 1L7HA 2UWAA 3M3QA 2DWRA 4GZOA 4Y1VA 3OYWA 5EXOA 1D2SA 1N1TA 4XTPA 5T54A 3AZZA 4HZWA 3WOGA 1V0EA 1G8WA 2WSVA 3USUB 4R9BA 4XJUA 1VIWB 1INVA 3N7LA 1IVGA 4XHBA 1ULCA 3PJQA 1FNYA 5IT6A 1MR5A 1UPSA 3TAYA 1YYNA 4BMEA 2C5DA 3TICA 1EURA 3AZXA 1VLNA 3V0BA 2NM1A 3RSJA 5FRAA 3D4KA 3TI6A 4WEGA 3AXDA 2YZ4A 4YZ4A 2ES3A 4GZSA 1DYPA 2GMEA 1W6PB 5HX0A 4AVTA 4FP2A 1APNA 3GALA 2CWMA 1JYCA 4BBWA 4Y20B 3INBA 3KM5A 4K3YA 3UJQA 1GANA 3BOPA 5DZGA 1YI7A 4FOYA 3SITA 1LEDA 1UMZA 1A3KA 1HKDA 3WDUA 4QN4A 1G9FA 2D6LX 4R9CA 2A6XA 3N35A 3IN9A 1GZCA 2CMLA 2QWKA 4YW3A 4DGRA 3K36A 5M1ZA 4XIOA 3GVKA 5KXCA 1MS8A 2W52A 2ARXA 1SBEA 2AREA 2P3KA 1NMCA 4DRVA 1QNYA 1AX1A 4GWMA 4XJQA 4YFWA 3SISA 3ZXJA 3ASIA 1SLCA 1V3DA 1E8TA 1D0HA 1DZQA 1VCUA 2QWIA 1KDMA 3ATGA 1V3BA 2VXRA 3GVLA 4K1JA 1V6KA 2SILA 1ZM1A 1WCQA 4FPKA 1SBDA 5T5LA 2E6VA 3O9JA 1SLIA 4P9WA 3ZXLA 1WD4A 3VKFC 1F8BA 2VW0A 5DUXA 2ZKNA 3N7MA 1EUSA 1ENSA 2ZGOA 3KQRA 3AP7A 1NLSA 5DG2A 5GALA 4NC5A 3N7KA 5B2CA 2D43A 4Q26A 5GZGA 4BLJA 1JN2P 4BPZA 1AVBA 1S0GA 3V64A 1MZ6A 3UL2A 4M4VA 1A8DA 1LECA 4U36A 3R4UA 1MS0A 2ZGQA 1W21A 4YZ1A 5JVVA 4XTMA 3ZXEA 1DFQA 2GNTA 1QKQA 2DUOA 2WLQA 2DVAA 2F28A 2E7QA 1B09A 3NWKA 3A0NA 5T5JA 3ZVXA 4M4UA 4C1WA 4XJ9A 2QWAA 3NV3A 1IKPA 3OGGA 3POYA 4QNPA 2BZDA 4HZVA 2A7AA 4L8QA 4M3CB 1INWA 3ILFA 4JCKA 4BMBA 4HZZA 4KS1A 3FLTA 4Q6KA 1CONA 4NN9A 1FV3A 5H9QA 4GALA 4M3CF 2R16A 3BTAA 4TZDA 5HUKA 3B00A 2A5ZA 4MX0A 3USUA 4XZPA 4QN7A 1NXD1 3UK9A 3APBA 2EXIA 4GZPA 3VV1A 4TYSA 1DQ1A 2PELA 1DQ2A 4FPGA 2AYHA 4D8SA 1LGBA 2HTWA 1INYA 4YGBA 1WD3A 1YIFA 3K39A 2BATA 4X4AA 1O4YA 3M2MA 4WVVA 4YW5A 1V6LA 2JD4A 3NV2A 1G9DA 3IM0A 1DGLA 2PHFA 4M3MA 4AGGA 5EWSA 4Y22B 1E8VA 5GZEA 1EUUA 2F11A 5CBLA 2E7TA 2HTUA 5HUMA 2YDTA 4BQ1A 2ZAAA 1JW6A 1Q8PA 3PVOA 4LBNA 2WT1A 1A14N 1L7FA 1W6PA 1NNCA 4ITCA 4YG0A 4U2AA 4K1KA 1U0AA 4CPNA 3QLQA 2XZKA 1W8OA 2ZA9A 2WJSA 4DRRA 4JF7A 1A4GA 1R1ZA 2ARBA 2AENA 1SNTA 2R0HA 3FBYA 3ILRA 2YA8A 1S0DA 3CKZA 3ZYPA 4GZWA 1LHVA 3K3AA 1IS6A 3HR9A 2ZHLA 3V65A 1CQ9A 1L7GA 3AP5A 1SLTA 3D6EA 7NN9A 1H30A 3ILNA 4AYUA 4Q8LA 4Y24A 2WSUA 3AZWA 1LEMA 1INXA 1IS4A 1QOTA 2YXSA 1QF3A 5FREA 2KM2A 3WDYA 2W08A 4DQAA 5HCAA 1GSLA 4GXLA 1IVCA 3W58A 2ZMKA 1PZ8A 4HIZA 1SLLA 5E88A 3BODA 1KJRA 2HTYA 5DZFA 4FZHA 4GEZA 2VY0A 3ZSKA 1QDOA 5AVAA 1FYUA 2A6YA 2DV9A 4XJWA 2YDPA 1INGA 4LBLA 1F8CA 3WUDA 1IVEA 1C57A 1B9VA 4K1YA 1W6OB 3H0OA 1LOAA 3T1LA 4DFSA 1B9SA 4Z8BA 2PHRA 3WG2A 1F9KA 5SV8A 1Z4XA 4I30A 3ZYRA 2EIGA 1Y7BA 2DURA 4YG6A 1QOOA 3O0VA 3O0WA 1AX0A 3O5SA 1SCSA 1WW6A 2JJ6A 4YFZA 3TI5A 1XOGA 1LOCA 5DUVA 3BIWE 5T50A 2W20A 1MZ5A 1NCDN 3D11A 4CRQA 4DS0A 1SACA 2R1BA 2RKCA 6NN9A 4M3CA 3TB0A 4Y1XA 1JXNA 4XIKA 2NYYA 4CPYA 3SH5A 2VW1A 2UWBA 4Q2FA 3N7JA 1CPNA 2BERA 1NN2A 2P3JA 3HMYA 3PVNA 4ASMB 4FPLA 1BZWA 1V2IA 3VKLA 2DVDA 1JYIA 1VCJA 4LBJA 3WG4A 5JLVA 4FPFA 1Z4VA 1URXA 1NCCN 3RS6A 2A3XA 2ZHKA 4KS3A 2LTNA 1OQ1A 2HTVA 2YV8A 1IVDA 1FAYA 2A3YA 2YROA 4YLZA 3DGTA 4LBMA 2GDFA 4LBOA 4HANA 1LOBA 1BKZA 2D44A 1Q8VA 1V6MA 1QDCA 4B7QA 4FPYA 5H9PA 1NMBN 3CL0A 2JE7A 5E89A 3ZXFA 4AGVA 4Y1YA 2SBAA 1G9CA 1V0ZA 2WT0A 3R4SA 1PZ7A 4ATEA 3ZSJA 1NSDA 1ULEA 2DVGA 2FMDA 4MWWA 5LK5A 4AWDA 2WQZC 2ZGRA 2C4AA 3H6JA 4YGEA 2OW4A 1LCLA 3IMNA 1RINA 3B7EA 1FATA 1S0BA 5H9SA 1LOGA 1ULGA 3L2YA 3NV1A 5IK4A 1GZ9A 5T52A 3AP9A 3N36A 3M3EA 2ZGSA 3AJZA 4DPNA 1LESA 1LHOA 4GWNA 1Z0HA 1NCAN 3TI4A 4BLIA 4LBQD 3WCRA 2JKBA 3JU9A 2VK6A 3RMXA 1MS3A 1AF9A 1LHWA 1WLWA 3CL2A 4XJRA 2OUHA 1WLDA 2NMOA 3VKMA 2XZIA 1GKBA 1CN1A 1GYKA 2D3RA 1DLLA 4ISRA 1WUVA 3R05A 4GZTA 2VSKA 1VALA 2EXJA 4K1ZA 3AK0A 5HUNA 1W1XA 4YM3A 2A70A 4YM1A 5IK8A 3SH4A 4RL7A 4FPCA 3T2TA 2HT7A 4BOWA 2GALA 1AJOA 2E53A 2HYKA 1MVQA 1USRA 1BYHA 1AXKA 5EYXA 3SNMA 1OFSA 2H0BA 2A75A 1LJ7A 1W6OA 2CYFA 1IS5A 1DQ5A 1LU2A 3U4XA 4PF5A 1MS1A 2W5NA 2ZGTA 1JOJA 3OY8B 4QN6A 2CY6A 4AGRA 1V3EA 4H52A 2JE9A 3K37A 1LU1A 4ZXKA 4R9AA 4X49A 2AR6A 1UAIA 5KXEA 1O4ZA 1DBNA 3NN9A 1N1SA 4UW3A 4YZ2A 1DQ4A 1WBLA 2JECA 4MWQA 4B7NA 2OUJA 2ZGNA 4FPJA 2D6KA 1S1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FCVA 3EJKA 2P3IA 4K3UA 3QBQA 3WP3A 4DY5A 2ZX1A 1JUIA 4DXRA 1V9U3 2F27A 3AKPA 1H9PA 2DG0A 3OPZA 2D6NA 2BP6A 3HBKA 1X7NA 4NVPA 2VECA 2JDZA 2QKDA 4OULA 5FYBA 4LO4B 3SQOA 4B4QA 2QWEA 2HWD3 2OT7A 2O8QA 3BKZA 3H9AA 3OG2A 5K8SA 2VZ1A 4M00A 2J1RA 1W90A 4ASKA 2YC2A 1OUXA 1V00A 4LKFA 1W03A 4MO3M 4C1YB 2VTXJ 5BNNA 5JMOA 1W0OA 1QU0A 1UYXA 4Q0PA 4QWNA 4JHZA 3DCQA 1HRV1 3BUCA 5DUUA 3BYCA 4IXLA 3WW3A 3VBHA 1VAMA 4DMIA 5EX7A 4A3ZA 2CL2A 4LO7A 4WA5A 3C7OA 4UFIA 4D0QA 1TG7A 1UOGA 4LIUA 4FOQA 1S0IA 2ZPXA 2WZR3 1VAVA 4IEWA 5C71A 3I8TA 4L99A 4BM8A 3II7A 1X50A 2BFUS 2XHKA 1LKNA 5HV4A 4OI0A 3LOBA 2ZW9A 4IV1A 1Q3EA 3KGGA 2ZBJA 2YMZA 5A1AA 3LI3A 2ZGLA 2X5IC 2NMNA 2RR12 2XHNA 3THDA 2IFRA 2ORXA 1N3QA 3KCCA 4COUA 2XJRA 3K2OA 3MIDA 4RR3C 2CNAA 2F29A 4JRAA 3Q6KA 4YZ5A 1WW4A 2WYFA 1R081 2ZMLA 5IFTA 4MZEA 3IB3A 1KITA 4CUGA 4LOSA 1RUD1 3C7HA 1HQNA 5A6YA 5C3PA 1Z4YA 1QOSA 3WD5A 4F8AA 3AP6A 4KS4A 2VU9A 5LEJA 2QWGA 3GYDA 4PT6A 4KS2A 2H6CA 4D4UA 1G86A 4O61A 4CDWB 2I74A 2VNOA 4GA9A 2MNGA 2HYXA 1SLAA 2W92A 1POV0 2WT2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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