2VW2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw2A02
1EUSA 4XZPA 1V3EA 1DQ5A 1IVFA 4ITCA 1AX2A 1W6MA 2DUOA 4KS5A 2SBAA 4M4NA 5EYYA 2D3SA 5H9PA 2ZHKA 5JMCA 1V00A 1HLCA 1V6IA 1I3HA 1LESA 4FZHA 3GALA 1AF9A 2E7QA 3PVEA 5DZGA 1NNBA 4JC1A 2ZKNA 1HDKA 2AYHA 4XHXA 1NMCA 2ZA9A 4GXLA 4Q8LA 1QDCA 1C4RA 1H30A 2WT0A 3I4IA 5JDBA 2GMMA 3AP6A 3V0AA 2A3WA 2QWIA 2OW4A 1Z50A 5AVAA 4CPOA 1ONAA 4JCKA 2AENA 3ILNA 2ZGLA 2F25A 1H9WA 5KXBA 4SLIA 1LODA 4X49A 2GNMA 1GZWB 4MWQA 3OY8B 4CTEA 4FOVA 4FQZA 1JHNA 2Q5TA 1DBNA 1Q8VA 3BIWE 1Q56A 4X6KA 3M1HA 2EF6A 1FAYA 2EALA 2OVUA 3ZSJA 2QWGA 1GANA 2EXIA 3NN9A 5CAZA 2W39A 3WG2A 2E6VA 2P37A 4FP2A 1WW5A 3NV3A 2ZGRA 2ES3A 5GALA 2JKBA 4H55A 1MZ6A 2WLQA 4PBPA 2HTUA 4BPZA 4UW6A 1G86A 1XOGA 1W6PA 3SH5A 2F29A 1DLLA 1O4ZA 2DTWA 2JECA 1LGCA 1C1FA 1YI7A 1SBEA 4FPEA 1JN2P 1MS1A 2ZBJA 2D43A 2HT7A 1LOAA 2CTVA 1A3KA 1Q8QA 2DVBA 4Y1VA 3ASIA 2EXKA 1F8BA 4K1IA 1HQWA 2KM2A 1INFA 3TIBA 5GLZA 4GZOA 1V6NA 3K38A 1UAIA 4B7JA 3OGGA 4PQ9A 4GALA 2F13A 3ZXFA 3U4XA 4YM1A 3INBA 2ZGNA 2CNAA 3WDVA 4X4AA 3AZYA 1MS4A 4YZ3A 3HR9A 4BMBA 4MWYA 3L2YA 2CY6A 3CNAA 2ZB5A 4NOTA 2EXJA 3K3AA 4YW4A 1IVDA 2A75A 3VKNA 4GZSA 1LEMA 3AFKA 5GLUA 5JOZA 1F31A 1IOAA 2LTNA 2NM1A 1ZM1A 4R9BA 1QOOA 2WKKA 1SNTA 3O12A 5T50A 2YXSA 4MJVA 4XJRA 4WA4A 3USUB 1JBCA 1HQLA 1S0FA 5FREA 5JYYA 4MWJA 4QNPA 3TI8A 3R05A 2W52A 3O0XA 2VH9A 1SLAA 1LOCA 1W6MB 3VV1A 5T5LA 1BZWA 4GKYA 4WEFA 3ILRA 2GNTA 3H73A 1MR5A 2VUAA 4ZXKA 1QNWA 1N3PA 1SLLA 1QDOA 1DHKB 1W8OA 4GB1A 2JE9A 2EXHA 2C5DA 1JYCA 4FOYA 3AJYA 4FPOB 1Q8OA 2PHXA 3FBYA 1N1SA 2LALA 2VK5A 1GZWA 1LHVA 3OY8A 2F28A 1AX1A 3TI4A 3V0AB 1MACA 3AJZA 4M3CF 2FHRA 1Z4VA 4MZAA 1OKQA 1WLCA 2DVDA 3WVJA 4Q26A 3BTAA 4H52A 1FV3A 2W38A 2UWBA 2C9AA 3WDXA 1LEDA 5DZEA 2R0FA 4K3YA 2VY0A 3WG3A 1UZYA 1WW4A 1SO7A 1PZ7A 1A8DA 1UZZA 4RA0A 4Y26A 3H6JA 3D4KA 1WUVA 3SISA 3ZYPA 2AH2A 1VAVA 3M3QA 4AVTA 4Q6KA 2XG3A 2HTVA 5JVVA 4CPZA 3O9KA 2D6NA 3PVNA 1GV9A 4R9DA 1LHWA 1G7YA 4H53A 5H9RA 4FPKA 1VCUA 3IM0A 2HU4A 1NCCN 1V6JA 4KS2A 2BQPA 4FPFA 1ZA4A 1IVEA 4K1HA 1LOFA 3BEQA 2DWRA 4P14A 3RMYA 2F27A 1QOTA 1SLBA 2I2SA 4Y22B 1S0EA 5T5PA 4K1JA 3R4SA 4MWVA 4XXPA 1FNYA 2Z42A 3WG1A 1GICA 3LSDA 2YMZA 4X47A 4XMAA 1DQ6A 1MZ5A 3TAYA 3WOGA 5KXEA 1WBLA 1KJRA 2NZ9A 1AX0A 1W0OA 3WUDA 3A0KA 2HT5A 1AZDA 1A14N 3A72A 2AUYA 4LBQD 1MS9A 1SLIA 1ULEA 4K21A 2V5YA 1MVEA 2D6LX 2QWFA 2WT2A 4FVKA 1QU0A 1S0IA 1CPMA 1QMJA 1ULCA 2V73A 1AJOA 1JYIA 1N3OA 4YGEA 4XJWA 1IKPA 3UL2A 4BMEA 2RHPA 1INYA 2GDFA 2R49A 5T55A 1MS0A 1W6NB 3QLQA 4TYSA 3AXEA 5B2DA 1USRA 3ILFA 4ATFA 4XIKA 2BERA 2XZJA 4WA5A 1EURA 2PHWA 2DVFA 5F5QA 3LSEA 1F5FA 4XHBA 4PCRA 4XTMA 3AXDA 1V3DA 2YA5A 1AJKA 1SFYA 4FP3A 1KITA 1TEIA 4KS3A 2VW2A 3KM5A 5GM0A 3TIAA 2B8HA 4KBBA 3OYWB 3RRDA 4NCSA 3D5OA 2PHUA 1DYPA 2GALA 1IS5A 3ZSMA 5B2CA 1WW7A 2R16A 1IS3A 2A70A 2GMPA 2WJSA 3VKMA 4B7MA 1V0EA 4MJUA 3PMEA 4WV8A 3AP9A 3AYAA 4XOGA 2VK7A 3B3QE 2R1BA 3RQ0A 1DFQA 4XIOA 2PELA 2E51A 3H0OA 3W09A 2ZGPA 4AGGA 1URXA 4XBLA 1W6QA 2QWJA 3VKOA 3ZXKA 4YW1A 1Z4ZA 4QN7A 3ALXA 1I1EA 1PZ8A 1E8VA 3D11A 4QN6A 1LULA 2D3RA 1V6MA 2ZACA 6NN9A 1F9KA 4MYEA 5IK8A 2UURA 2EAKA 1EUUA 4KS4A 3WZ1A 1Q8SA 3POSA 4F83A 1V0ZA 3MW4A 1NCDN 5H9QA 5EYXA 4XDQA 1SLTA 4YG6A 1QKQA 1JUIA 5JOWA 1BKZA 1NN2A 1WCSA 2JE7A 2E7TA 2QWDA 4DGRA 3WDYA 2DTYA 4GA9A 3T1MA 4Y22A 3T2TA 2SILA 1D0HA 5JOXA 1DIMA 4ATEA 4XJZA 2CMLA 1V6LA 1SLCA 4U2AA 4MX0A 1SBFA 2GN7A 4GKXA 2R1DA 1NMBN 5IK7A 4YM3A 5H9SA 1JOJA 2QWKA 2AREA 3SNMA 5IK5A 1NLSA 1G9FA 1DILA 5SV8A 2D3PA 1QF3A 1LTEA 3O5SA 4Q27A 4Q2FA 4MWLA 4WVVA 1DZQA 5T5JA 4B7RA 2ZGUA 3CKZA 2YY1A 4DFSA 3A4UA 3AYEA 2WSVA 3I8TA 3O0WA 2TEPA 1AXZA 3BODA 3TI5A 1A78A 2XZIA 4K20A 2DU0A 4MWXA 4PBOA 3TI6A 3KQRA 3VUOA 5DUWA 1CR7A 2DYCA 1UX6A 1AXKA 4FPYA 2XCYA 2ZHLA 2HTWA 4MC7A 1W6NA 1CN1A 2A71A 2QWAA 1CIWA 1NSBA 2XZKA 4FPHA 1LCLA 5DUXA 1FNZA 3AZXA 2W5OA 5FRAA 2D6OX 1SCSA 4XJAA 4OZXA 2PHRA 3K39A 2SLIA 2DURA 4YM0A 3FFZA 5GLTA 4UW5A 3T1EA 3N7KA 2VSMA 3K37A 1ENRA 3O0VA 3OYWA 1LU1A 3W58A 2DUPA 1CPNA 4XJQA 2A5ZA 1N47A 2P3JA 1N1VA 4FOWA 1VLNA 3V65A 4Y1YA 3H72A 3SILA 4YFZA 4MZEA 3INAA 1LHOA 1W8NA 3ENRA 3HMYA 1XOEA 4LBOA 4XTPA 3WHUA 4JF7A 3SANA 1Y7BA 2ZGOA 2NP0A 1YYNA 2YA6A 2ZGQA 2NMNA 3APBA 2DU1A 1LOBA 1ENQA 4CRQA 3V0BA 3M3CA 5CBLA 2DUQA 3Q9OA 4WVWA 4YW3A 1YRZA 4YG0A 1DGLA 1V3BA 3ALWA 4Y1XA 4D69A 2OUJA 2BZDA 5DZFA 1A4QA 1W6QB 4C1WA 1KRIA 2QWEA 2SIMA 2ZHNA 3N36A 3FLPA 3TICA 3GNEA 1YO8A 3K36A 4CPYA 4GDIA 1S0GA 5GZCA 2D44A 3OPZA 2A6YA 3SALA 1WLDA 1F8DA 3ZYRA 1PZ9A 2F10A 3UJQA 2YZ4A 3N35A 4LBQB 5T52A 3NV2A 3TB0A 4I00A 1WBFA 4M3MA 4YGCA 2EIGA 3AZWA 1W6OA 3O9JA 4GZTA 4HZXA 4AGVA 1OQ1A 1LOFC 3NWKA 4GDJA 2VK6A 3ATGA 1E8TA 3C2UA 4Q8KA 2ARBA 1JXNA 1R1ZA 3T1LA 3V64A 4FVVA 4HZVA 3N3HA 4C1XA 2XB6C 2VSKA 3MW2A 1Z4YA 3MW3A 1GBGA 2YV8A 1S0CA 1AXYA 1GNHA 2GMEA 2F24A 3FUOA 2G4IA 2ZMNA 4BOWA 3IPVB 2DVAA 3R4UA 4ISRA 2H0BA 1V0FA 3RG0A 2A6XA 1CONA 4LBKA 3WV6A 3NV4A 1SCRA 5L73A 4P9WA 4Y24A 2X9MA 5DUUA 1F8CA 1H9PA 4Q1PA 1WCQA 1A4GA 1DQ0A 1GSLA 1C57A 5M1ZA 2F12A 4GWMA 4LBLA 2W5NA 1Z78A 1USXA 1NSDA 2RKCA 2VWDA 1GYKA 5LK5A 4XXAA 1LECA 3PJQA 1IKQA 1MS8A 3N7LA 1QNYA 2ZB6A 2ZGKA 2ZGMA 3AP5A 5DUVA 3FLRA 1KJLA 1NSCA 1EUTA 3NSSA 4YZ1A 2QWCA 5HX0A 4YFWA 1NCAN 5T5OA 4CPNA 4XMIA 1D2SA 3AX4A 3GVLA 1FYUA 1S0BA 4LBNA 4B7NA 2ZHMA 4NO4A 3SH4A 5DG2A 2HYKA 3IKWA 4ZKTB 1UPSA 4YW5A 4P9YA 5BYNA 2JDZA 3CL2A 4GZXA 1INHA 4YZ2A 1JW6A 2WNEA 1F8EA 4YGBA 2WSUA 3WG4A 5GZDA 4NC5A 4HZYA 3A0NA 4UF7A 5KXCA 2AEQA 4DPNA 4M4VA 1V2IA 2C4LA 3ZXEA 1LGBA 3QCWA 1LHNA 2VU9A 4YG3A 4XYXA 4LBJA 5HCFA 1LOGA 1UN1A 1AVBA 1QOSA 4Z8BA 4HANA 5E88A 3FLTA 4GZWA 2NYYA 1E8UA 4DQAA 2WT1A 4DRRA 2E53A 4HZWA 4K1ZA 2P3KA 5GJ6A 1DYKA 3A71A 2YROA 3V0BB 1VCJA 1ULGA 4XBNA 3AZZA 4P9XA 4BQ1A 5JOYA 5HUGA 4M3CE 1S0JA 3PVOA 3AK0A 2YA7A 4AVVA 5IUQA 1BYHA 1Z4WA 2ZMLA 4M01A 1WD4A 3AP4A 1B09A 3MPPG 5IK4A 1ULFA 4YW2A 1Z0HA 4GEZA 1INGA 4FPCA 5F9TA 3B01A 4LBQA 7NN9A 3WDUA 1IS4A 1LGNA 1NMAN 3WNXA 1UKGA 1N1YA 2GNBA 4UW3A 3MEPA 4ASMB 3B00A 2CWMA 4Y20A 1VALA 2VVZA 3ZXJA 3WCSA 1XQNA 2UWAA 1FATA 1L7GA 3POYA 4WEGA 4XJ9A 3HN1A 4ISQA 1APNA 4HZZA 3WUCA 1W6OB 1RINA 1ENSA 2W08A 1G9BA 2ZABA 1KQRA 4CPMA 4GJTA 4CZSA 3IPVA 4GZQA 4YM2A 4YZ5A 2HTQA 3POWA 2GN3A 3IMNA 1LENA 2CWSA 2A3YA 4MWRA 2YDTA 4FJ6A 1IS6A 1NNAA 5HUNA 2BF6A 1N3QA 2W68A 2DVGA 4BM8A 2F11A 1V6OA 4I30A 1FX5A 2GNDA 5EXOA 4XE9A 3W59A 2C4AA 4YZ4A 2A6ZA 1W1XA 2ZGSA 3VKFC 2ENRA 4AWDA 1FV2A 1G8WA 1BXHA 2R0HA 1MVQA 1MS3A 3RS6A 4XJUA 2P34A 3ZXLA 2W20A 4B7QA 4BLIA 3UK9A 1CQ9A 1G9CA 5IT6A 3UJOA 2OUHA 1RIRA 2ARXA 1NCBN 1Q8PA 4BBWA 3CL0A 4M3CB 1W0PA 3AP7A 3GVJA 2VW1A 5GLWA 1B9SA 2UU8A 2D7FA 5DG1A 4DS0A 4QN3A 1NNCA 4LBMA 4L8QA 3TI3A 3SITA 1N1TA 4FPJA 1CESA 1QGLA 2YA8A 4BLJA 2ZAAA 3D12A 1GZCA 3D6EA 4D8SA 2UWCA 3M3OA 2JJ6A 4W65A 4WZFA 3AZVA 3ZSLA 2WQZC 3DGTA 1BJQA 2AR6A 1L7FA 2P2KA 3B7EA 4XBQA 1ULDA 5GZEA 1S1AA 4GZPA 1V6KA 2CYFA 3VKLA 1IVCA 1INVA 5CNAA 1C1LA 1MS5A 5T54A 3B69A 1CVNA 3WHTA 2ERFA 1G9DA 2B7YA 1X50A 2DV9A 1J1TA 4DRVA 5DXDA 1INWA 5GZFA 4YLZA 1CJPA 5GLVA 5HCAA 2A6WA 4MWUA 1SACA 3RMXA 3CYEA 1LOEA 4CPLA 3M2MA 1Z4XA 1GKBA 4YGDA 2JD4A 5EWSA 1B9VA 1VIWB 5E89A 2P3IA 4K1KA 4FPLA 1O4YA 5HCBA 4M00A 4FOQA 2AGSA 4UW4A 3RSJA 4QN5A 5JLVA 1B9TA 4AGRA 3BOPA 1KDKA 2PHTA 3NV1A 3WDWA 3WCRA 1INXA 2F0ZA 4FQ4A 1DQ1A 4R9AA 4GWNA 4AVSA 3JUUA 2PHFA 1DQ2A 2YDPA 3ZVXA 1EPWA 2HTRA 3WLUA 4U36A 3OJBA 1GZ9A 2A3XA 4Y20B 1V3CA 4HL0A 1LHUA 2HU0A 2QWBA 3FUQA 4AYUA 3JU4A 4RL7A 3GVKA 2VW0A 4FPGA 1W6PB 2FMDA 3N7MA 1LU2A 1KDMA 2QWHA 1VAMA 2A7AA 1WW6A 4QN4A 4XILA 5CA6A 1WD3A 2ZZJA 2AEPA 2HTYA 1LJ7A 5HUMA 3DUIA 1W21A 4PF5A 1YIFA 1L7HA 4KS1A 1RITA 2NMOA 3ZPYA 4HIZA 4J9TA 1YXWA 4XJ8A 3ZSKA 2ZMKA 2D6PA 4NN9A 3SH3A 1MWEA 1SBDA 3N7JA 2BATA 1GNZA 4M4UA 4MWWA 2F26A 3H71A 4TZDA 3LCPA 4Y1UA 1G9AA 1S0DA 4Y1ZA 2D6KA 5NN9A 1BQPA 4Q1RA 4WA3A 3OBRA 1U0AA 4M3CA 1W20A 1HKDA 3IN9A 4K1YA 1DIWA 1BJIA 2VXRA 1DQ4A 2YA4A 1WLWA 3AYDA 3M3EA 4R9CA 3SLIA 3OBTA 1OFSA 3B9CA 5CB7A 1UL9A 4IQPA 2D6MA 3WDTA 2A6VA 4JRAA 1IVBA 5KXDA 2HT8A 1GLHA 1UMZA 5HUKA 3USUA 2NN8A 3JU9A 1IVGA 5E8AA 3AYCA 2CL2A 1NXD1 2ZGTA 5GZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EIBA 1EUSA 4XZPA 1OF3A 1V3EA 4HKWA 1M4WA 1VMFA 4LO4B 1C5IA 1DQ5A 3J4UH 1AR83 4E4DX 2EVXA 1ZZCA 3DYOA 5FP8A 1IVFA 2XN4A 1O3SA 4ITCA 1EV12 1AX2A 2VGDA 4NHYA 1W6MA 2DUOA 5FZEA 4KS5A 1UW8A 1VJ2A 2IAPA 2SBAA 2GU9A 4M4NA 5EYYA 2D3SA 5H9PA 2JIJA 2ZHKA 3KGLA 2D93A 1OQEA 5JMCA 1V00A 4MGYE 4UFHA 5G04L 1J3RA 5F3IA 2VULA 1HRV3 3DPRB 5FY0A 1HLCA 4IV3A 3UKVA 1V6IA 4HSJA 3S30A 2KR2A 1I3HA 1LESA 1IUCA 2YYOA 4HKLA 2YPDA 1W9YA 1T2XA 4UXAA 4FZHA 2O1QA 5F3CA 5F2WA 3DR2A 3GALA 5EPAA 1F5JA 2QQLA 3K51A 5JR7B 4JDNA 4E27A 1AF9A 2BNNA 2E7QA 1J58A 1I6XA 3EQEA 5FPAA 2IAVA 2QQJA 2VTFA 3PVEA 1QQP3 1YI9A 2WFF3 1PIV3 4JC1A 4LHKA 5DAQA 5DZGA 4CUBA 1NNBA 4GNBA 2ZKNA 1LB2A 1HDKA 1HN0A 4DG6A 4E8DA 3LDBA 5LA9A 1N7DA 4QQ2A 3IBMA 3J7HA 3HN3A 2AYHA 1UYYA 4XHXA 2WS92 3HNBM 3ON7A 5ABJB 1ULPA 3PLQA 1RUE3 1NMCA 1VE0A 5GX5A 4BK5A 3O1UA 1TME1 5FWJA 4E9KA 2CV6A 1US3A 2ZA9A 3P1IA 4GXLA 4Q8LA 3TOJA 3G4HA 4IQKA 2VG9A 5BNPC 1QDCA 4LUKA 2BVVA 3WW2A 4XDOA 3POJA 3VD3A 4QKFA 4B1MA 1UD1A 1OOPB 5FAXA 3O4PA 1C4RA 5DPNA 2HWF1 1AR91 2JX9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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