4YZ1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, apo structure.
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative neuraminidase
total genus 190
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz1A02
2QWGA 2C9AA 4YW4A 4XJWA 3LCPA 1WUVA 3UJOA 3GVLA 1W6MB 3N35A 1A3KA 5GZGA 3L2YA 1GZWA 5IK5A 2ZGSA 3ZXJA 4XXAA 4FOWA 4XOGA 2WT0A 3B00A 2P3JA 1LHUA 3AYCA 1Z50A 3IPVA 4PBPA 1AXYA 1SCSA 4XBNA 4I00A 1NMBN 2CMLA 2QWJA 2PHXA 2EXKA 5HUNA 5F5QA 5NN9A 1QOOA 4MC7A 1WW7A 2GMEA 5HCBA 3SITA 3O0XA 2VW2A 1NCBN 4TYSA 1V3BA 3T1EA 1ULCA 3NV4A 3M3EA 4ATEA 1SBDA 3GVKA 2H0BA 1DQ2A 1NSCA 5AVAA 4WV8A 3BODA 3R4SA 3B69A 3DUIA 3V64A 2A5ZA 1QDOA 2WSVA 2NP0A 1EURA 3GVJA 3D5OA 4FPJA 2JJ6A 1LEMA 1V2IA 4UF7A 1LENA 4JRAA 1VAVA 2JD4A 4YZ1A 1DQ6A 2XZKA 3SISA 1LU2A 1V6KA 4P9WA 1F9KA 3O5SA 4MWQA 5DUXA 4GKYA 1MS1A 1AJKA 1BJQA 1W8OA 4MJUA 2TEPA 2XZJA 5EYXA 3POSA 5GLZA 2VSKA 1N1SA 1CQ9A 4M4VA 3W59A 2VWDA 4XIOA 1U0AA 1FV3A 3CL2A 1DGLA 3IM0A 3O9KA 3WG4A 3IMNA 4CPYA 4YZ3A 1SACA 3JU9A 2D6LX 1LODA 1NNAA 4UW5A 4QNPA 3O0VA 4LBMA 2W39A 1F31A 2ZGLA 1VCUA 4PQ9A 1YRZA 4YZ5A 1GZ9A 1W6QB 2B7YA 2UWCA 4I30A 3ZXKA 4X4AA 4YFWA 3ZSMA 5IK8A 3O12A 3VKOA 4KS1A 2ZGNA 4K1IA 1X50A 1OKQA 1NCAN 1DZQA 5GM0A 2YA6A 3TICA 2W68A 2ARXA 4HZZA 4K20A 1USXA 1GBGA 4K3YA 5JYYA 4XBQA 4QN5A 4MWLA 4Q26A 4LBQB 3W58A 1V6NA 1F8BA 4MX0A 4MWJA 4K1KA 4BMBA 2UWBA 5GZCA 4XTMA 2F0ZA 1IKQA 4YW3A 5CAZA 5JOWA 2WKKA 1W8NA 1SLLA 1CN1A 2EF6A 3B7EA 5DZEA 2P3IA 3CNAA 2GDFA 4XMIA 1BXHA 3QLQA 1LHVA 2VK6A 3R4UA 5T5OA 1YI7A 1NMCA 4WVVA 2A6ZA 1E8TA 2QWCA 3OBTA 3USUB 1W6QA 2NN8A 4QN3A 2DTWA 3WG1A 1HLCA 1ULDA 4NC5A 5F9TA 4NOTA 1V0ZA 3M3OA 3QCWA 4LBKA 5EXOA 4XHBA 1GANA 1AXZA 3AZXA 4Y22A 4OZXA 4LBQA 3NV2A 4UW4A 2YDTA 1N1TA 2VVZA 1UMZA 4LBNA 3K3AA 4AVTA 4C1XA 3AX4A 1YXWA 3K36A 2JECA 4X6KA 1IS6A 3ZSJA 1W21A 3WUCA 3WDXA 2XCYA 4FVVA 1LOBA 5GJ6A 3H73A 3UL2A 2CYFA 1BYHA 4MZEA 1NMAN 2GNTA 2CL2A 1NNBA 2OUHA 3TI4A 4M01A 1DBNA 4HL0A 4Z8BA 1YYNA 3USUA 4Y1UA 2G4IA 4FVKA 1C4RA 1LULA 2WJSA 1WCQA 3AJYA 2Q5TA 2E7TA 1INVA 2WQZC 4P9XA 1V3EA 1N47A 1GKBA 2P34A 4GWNA 4CPZA 3NSSA 4Y1YA 3AZWA 3BTAA 4ZKTB 2A6VA 1ZA4A 2ZAAA 1Z4WA 4FQZA 3WDTA 4XJUA 1NCDN 4KS4A 1CPNA 4XJ8A 3M3QA 1S0BA 1V6LA 3FBYA 2F10A 5T50A 4K1JA 3TI5A 1INYA 1VIWB 4DPNA 1JW6A 1GNZA 3AZZA 3AP9A 4Y1VA 4TZDA 1W6PA 1RINA 4FOVA 2D43A 4U2AA 1Z4YA 1ENRA 2NM1A 2DVDA 1HQWA 2A75A 1JUIA 1D0HA 2ZGKA 1S0DA 3AXDA 4GALA 2BF6A 2D7FA 3INBA 3NWKA 1Z78A 1LESA 4AVSA 1IS3A 1WD3A 2D3PA 5JVVA 2BERA 2WT2A 2W5OA 4BLJA 1F8CA 5KXDA 1AJOA 1SLBA 1FNYA 4GKXA 1SLAA 3TB0A 4YZ2A 1HKDA 4GDJA 2QWDA 4YG0A 3WG2A 1LHOA 5GZDA 1IVDA 3OY8A 2R0FA 4FPHA 3TAYA 1W20A 4BM8A 2ERFA 2YY1A 5FREA 3T1MA 2HT5A 2PHFA 1CIWA 1F8EA 1GICA 1SBFA 1ULFA 1S0CA 1WW4A 1EUUA 1E8VA 4QN7A 3PVEA 3ZXFA 5E8AA 4MWWA 4M3CA 1QMJA 1TEIA 5DG1A 4ISQA 4H55A 3FLRA 2PHRA 1Q8VA 3PMEA 2HT7A 2GNBA 3AZYA 1JYIA 3WDUA 2DVFA 1URXA 3ZSKA 1B9VA 2C4AA 2GMPA 2RKCA 2VSMA 1SLCA 3ZXEA 1V6MA 5IK4A 3AFKA 5JLVA 2AH2A 3VV1A 4FPOB 3AP4A 3WUDA 4F83A 5DUUA 2CWSA 1MZ6A 3NV1A 2ZMKA 1WLDA 1UKGA 4AYUA 3SANA 2F28A 5T54A 1SCRA 2AENA 2A3XA 1EPWA 5E88A 1G9FA 3APBA 1YO8A 1W6OA 1N3PA 4X47A 2W38A 3H72A 4FP3A 5GALA 1UZZA 4LBJA 1G8WA 2A70A 5T52A 1D2SA 5KXEA 2DU0A 3FLPA 4L8QA 1JN2P 5T5JA 4MWRA 3VUOA 1WLCA 1OQ1A 3K37A 2YA4A 2PELA 2KM2A 1G86A 1VCJA 4RA0A 3D6EA 4WVWA 1MACA 4WZFA 3TI3A 4M4UA 4CPOA 2HTRA 3B3QE 1NSBA 5B2CA 4XHXA 1DQ5A 4D69A 5GZEA 1LGNA 5HUMA 1LCLA 1LOFA 3UK9A 4MWVA 4B7MA 4H52A 4Y20B 1JXNA 2VH9A 3ZYPA 1LECA 3ILNA 4FPGA 1SBEA 1BKZA 1A78A 4BOWA 4CTEA 2HT8A 5CA6A 1XOEA 2ARBA 3PVOA 3D11A 1DLLA 3ZSLA 2DUOA 1S0JA 4B7JA 3UJQA 2X9MA 5KXCA 3AP5A 3POYA 1KJRA 5FRAA 1XOGA 2C5DA 4MYEA 1PZ7A 5DZFA 2D6KA 3RSJA 1XQNA 3MW4A 3ZPYA 4Q8LA 1GSLA 4XIKA 1LHWA 5L73A 4BQ1A 1WCSA 1CESA 2W52A 2F29A 4XXPA 3V0AA 2HTQA 4B7QA 4ASMB 4LBQD 1MR5A 2EXIA 3AK0A 4JF7A 1PZ8A 3HR9A 4YM3A 3VKLA 3AYEA 4DRVA 4Y20A 1GYKA 2LALA 3OJBA 2OW4A 1FNZA 2CY6A 1HDKA 4JCKA 2AREA 1UPSA 3POWA 3D4KA 4GB1A 2CNAA 4Y1ZA 2JE7A 2D6PA 2ZB6A 1G7YA 4Y22B 1IVEA 2GNMA 1WBLA 3ZYRA 1A8DA 2E51A 3WDWA 3KM5A 1IVBA 3K38A 2ZB5A 1S0GA 3ALXA 1I1EA 5IK7A 5LK5A 3MPPG 4YGDA 2EALA 2SBAA 4KBBA 2ZGQA 1UZYA 2QWEA 4WA4A 1LOAA 3N7MA 3MW2A 2RHPA 1IOAA 2R16A 3NV3A 1CR7A 3SLIA 3R05A 2D3SA 2P37A 4K21A 4YW2A 2B8HA 4B7NA 1KJLA 4GZWA 2QWAA 5DZGA 1WW6A 4MJVA 3WCSA 1VAMA 1WBFA 3SNMA 1GV9A 3NN9A 4DQAA 4CZSA 1H30A 4XJAA 2YA8A 1KRIA 4YM0A 2W20A 3HN1A 2ZHKA 3GALA 1A14N 2PHTA 2VXRA 1UX6A 1SFYA 3ENRA 1AZDA 4FPLA 1B9TA 2XB6C 5JDBA 5DG2A 4M3CF 3CKZA 4Q1PA 2PHWA 3M1HA 4M3CE 2DUPA 1JOJA 4W65A 1W6PB 3RQ0A 1QDCA 1R1ZA 2FHRA 4BMEA 1NCCN 2EXJA 3IKWA 3WV6A 1DQ1A 1NXD1 1Z4ZA 1DYPA 3V65A 2NMNA 5GLUA 2DURA 2F26A 3AP6A 2VW0A 1B9SA 1LOFC 3RMXA 1DIMA 1BZWA 1Q8QA 3WCRA 4R9CA 1O4YA 2ZABA 2WSUA 2QWKA 1IS4A 4NO4A 1IVFA 1HQLA 4XBLA 3AYAA 5H9PA 4YGCA 1S0EA 1QKQA 4PCRA 2YA7A 2A6XA 2D6MA 4ATFA 2EAKA 4CPMA 1MVQA 1INHA 3SALA 2PHUA 5GLTA 2ZHLA 4GXLA 4YFZA 2NMOA 4B7RA 3JUUA 2GALA 4FPYA 4GZPA 4WEGA 1H9PA 1EUSA 4K1ZA 3WLUA 5EYYA 3O0WA 3ILFA 3OY8B 1WLWA 2ZKNA 1ULEA 2A6YA 1CVNA 3BIWE 2GNDA 2VUAA 1E8UA 3CL0A 1SLIA 4CRQA 1IVGA 2C4LA 3W09A 2V5YA 2BZDA 4WA5A 1A4QA 4GZQA 1V6OA 3A71A 3N7LA 1CONA 1YIFA 4M3CB 1MWEA 2ZMLA 1UAIA 2VU9A 2ZGPA 4C1WA 4JC1A 5IUQA 5HUGA 1AX0A 4XZPA 5CNAA 1S0IA 2EIGA 1INGA 4R9AA 5E89A 3KQRA 3AYDA 1QGLA 2ZGRA 4GZOA 3LSDA 1IS5A 4GZXA 2OUJA 5IT6A 3I8TA 1MS4A 3INAA 2JKBA 1V00A 4XYXA 3LSEA 3AJZA 2F11A 5JMCA 3WVJA 2I2SA 3PVNA 1SO7A 4D8SA 2ZACA 1DILA 3T2TA 4ITCA 3M2MA 2ZMNA 1BQPA 1G9DA 3VKFC 1O4ZA 2YROA 1G9BA 1ENQA 2GN7A 1UN1A 1AXKA 2SLIA 2YA5A 4PBOA 1W6OB 4YLZA 2D3RA 1N1VA 3H0OA 1N3QA 1ZM1A 1WW5A 4GWMA 5T5LA 4YGEA 4YM2A 3ZVXA 2HTUA 3WOGA 4GEZA 2GN3A 2ZGMA 3PJQA 1W6NB 3FUOA 1VLNA 3OGGA 4FPFA 1VALA 1QNWA 1ONAA 2A6WA 2DV9A 1LJ7A 1MZ5A 1Z4VA 4GA9A 4HZWA 1Q56A 2E53A 3V0BA 4R9BA 1INWA 1DHKB 4HIZA 1DIWA 1SLTA 3TI8A 3N3HA 1I3HA 2SIMA 2D44A 2SILA 3RRDA 4XE9A 4DFSA 4QN6A 4DGRA 4YGBA 5H9QA 1CJPA 3T1LA 2UURA 1OFSA 1QNYA 4P9YA 3B9CA 3RS6A 3BEQA 3HMYA 4M3MA 2BQPA 4XTPA 1J1TA 1GZCA 2ZGTA 1W6NA 4YG3A 2HYKA 2P2KA 1RIRA 1FYUA 4AGVA 1INXA 4FOQA 4WA3A 4XJQA 1NNCA 1A4GA 4HZYA 1V6IA 4KS5A 5HX0A 4GJTA 1W6MA 1LHNA 4UW3A 2P3KA 2VK7A 4NN9A 5GZFA 3CYEA 3V0AB 1Q8PA 4K1YA 1MS3A 4FPCA 3OYWB 1LTEA 1V3DA 1N1YA 2YV8A 1LOEA 2AEQA 2CTVA 3N7JA 3SH3A 1LEDA 2NYYA 4R9DA 2ZHMA 1G9AA 4FOYA 1V6JA 4Q8KA 1QF3A 4XJ9A 2R1DA 3OBRA 4MWXA 1AF9A 1ULGA 2UWAA 1IKPA 4Y1XA 2JDZA 4FQ4A 5JOYA 2W08A 4YW1A 3ZXLA 4Y26A 1C1LA 2R0HA 5KXBA 1AX2A 1LOGA 5GLVA 4HANA 4KS2A 2Z42A 5T55A 1DYKA 1KDKA 3OYWA 1GNHA 1C1FA 3GNEA 1S0FA 3ATGA 4M00A 3FUQA 4XJRA 3H71A 4LBOA 1FATA 2AEPA 3O9JA 3C2UA 1LGCA 4GDIA 1DQ4A 1KQRA 1MS0A 2YXSA 4HZVA 2ZZJA 1USRA 1MVEA 3RMYA 4RL7A 4XJZA 4ZXKA 2A71A 1V0EA 3TI6A 3AXEA 3RG0A 3OPZA 2CWMA 2UU8A 4AVVA 2XG3A 5DUWA 2GMMA 4FPEA 1QOTA 2VK5A 3VKNA 3FFZA 5HCAA 4Q2FA 4YM1A 1BJIA 3AZVA 1G9CA 4GZSA 3A4UA 3WHTA 4CPLA 1B09A 2WLQA 4Y24A 4GZTA 5HCFA 4CPNA 2HTVA 4Q6KA 4YW5A 1KITA 3U4XA 1H9WA 1DFQA 1QOSA 2F27A 3ASIA 2QWFA 3TIAA 1RITA 1INFA 3N36A 3K39A 1Z0HA 2ZA9A 4XMAA 4K1HA 4SLIA 4BLIA 2HTYA 1QU0A 3N7KA 2VY0A 3A0KA 5CB7A 2FMDA 2AYHA 2DVGA 5GLWA 3ALWA 3WHUA 1LU1A 1CPMA 1FX5A 2F12A 4KS3A 1FV2A 1KDMA 2JE9A 1MS8A 2E7QA 3ILRA 1LOCA 3Q9OA 3DGTA 2ZBJA 2A7AA 1W1XA 1JHNA 1IVCA 2BATA 2YDPA 5JOZA 2R49A 2DVAA 1AX1A 1Q8OA 4FZHA 4J9TA 4MWYA 2ES3A 2ENRA 1LGBA 3VKMA 4MWUA 4AWDA 1ENSA 5JOXA 1Q8SA 4XILA 1JYCA 4H53A 5DUVA 2EXHA 2VW1A 4FP2A 1L7HA 3SH5A 1AVBA 3WDYA 4IQPA 1Z4XA 4M4NA 3A72A 1C57A 1FAYA 2W5NA 2HU4A 3WDVA 3MW3A 2OVUA 2DTYA 2LTNA 4P14A 4QN4A 4YZ4A 1V0FA 2YMZA 3A0NA 1L7GA 2XZIA 3M3CA 4X49A 2F25A 4AGGA 1WD4A 4BPZA 4XDQA 5BYNA 4WEFA 1GLHA 2F24A 2DWRA 2WT1A 2DVBA 2ZHNA 4BBWA 1NSDA 3AP7A 5M1ZA 1V3CA 4FJ6A 3MEPA 3IN9A 3H6JA 2QWHA 4NCSA 1UL9A 5H9RA 3FLTA 2QWBA 2E6VA 3D12A 2QWIA 4Q1RA 3TIBA 3WNXA 4ISRA 1N3OA 2AUYA 3SILA 4PF5A 4LBLA 3WZ1A 3JU4A 4U36A 5H9SA 5CBLA 2A3WA 4DRRA 2D6OX 1DQ0A 5HUKA 2DUQA 3B01A 1L7FA 2A3YA 1NLSA 2F13A 2NZ9A 1W0OA 2ZGOA 4FPKA 2WNEA 1Y7BA 1PZ9A 1MS5A 1GZWB 3V0BB 5B2DA 4DS0A 2HTWA 1APNA 2HU0A 3WG3A 5DXDA 3SH4A 3I4IA 4AGRA 1JBCA 1NN2A 3IPVB 2YZ4A 4UW6A 1F5FA 1MS9A 1F8DA 2AGSA 6NN9A 1S1AA 2V73A 2D6NA 1W0PA 2DU1A 7NN9A 4YG6A 4HZXA 5T5PA 4MZAA 2AR6A 3BOPA 2DYCA 5SV8A 1EUTA 1SNTA 5EWSA 2R1BA 4Q27A 2ZGUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWGA 5KHGA 2JDUA 3SEPA 5FUIA 5G04L 5JSPA 1K42A 4JKLA 4E2SA 3BTZA 1N7DA 2C9AA 4YW4A 4WM7C 3HLHA 4MO3M 4QX2A 4XJWA 1G6NA 2HWF3 2Y6KA 3LCPA 1QJY2 1WUVA 4OZOA 4IEPA 3RJ2X 3UJOA 2Z79A 3S5QA 3GVLA 1O6UA 4P02B 1W6MB 4QX8A 5FK7A 4ZU7A 3N35A 3WQ1A 2HWC2 3LDRA 1A3KA 4ZY9A 5GZGA 3T4VA 3K75B 3AKQA 3NAPB 3PMSA 5FXXA 3L2YA 1ODMA 1GZWA 3KV5A 5IK5A 2ZGSA 3ZOIA 4XXAA 3ZXJA 4FOWA 5FMBA 3WN7A 4XOGA 4A7ZA 3LDBA 1W8ZA 3WNKA 4ZY3A 2WT0A 5FNSA 3BU7A 3B00A 3E1F1 2PMWB 3P6BA 4A6OA 1CRZA 2P3JA 1AR83 1LHUA 3ZFGB 2JG8A 3AYCA 2H6BA 3E6DA 5EJZB 1Z50A 1W0NA 3IPVA 3FMGA 4BISA 3BPZA 4PBPA 4XQ4A 3IZOA 1AXYA 2OIIA 3VL9A 2YUEA 5LEKA 1SCSA 2BWAA 2ET1A 4XBNA 3THCA 3HAGA 3WR0A 4I00A 3LOIA 3WQBA 1NMBN 3KF5A 5EIYB 1HXS1 3U11A 3EJKA 1W2UA 4IEXA 4M4RA 4NIIA 2CMLA 1VJ2A 4WVMA 4YSFA 1RYYA 1OF4A 5FFOC 2QWJA 4LIVA 3J8F2 4LLFA 2Z2SB 2PHXA 2EXKA 1ZBA2 3I2OA 4IYGA 2VOXA 1RUD3 4RYDA 4UFKA 3W21A 1AR92 5F5QA 4RS5B 5NN9A 1QOOA 3K4DA 1W28A 4Z2AA 4CCDA 5IATA 5DPNA 1FOD2 1ZRIA 2JDYA 4MC7A 1WW7A 2WNUC 1BBT2 2XJTA 2GMEA 3O7OA 2BYVE 1K5MB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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