4YZ3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with oseltamivir.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
654
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
publication title Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC.
rcsb
molecule keywords Neuraminidase
total genus 194
structure length 654
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz3A02
4P14A 3AP6A 4FPKA 1AXYA 1DHKB 2AUYA 1KRIA 3TIBA 4YW5A 3UK9A 4FPEA 4GJTA 1MR5A 3PMEA 3U4XA 2X9MA 4BMEA 1LHVA 1GLHA 1INVA 1E8TA 1WW6A 2ZB5A 2W52A 1QU0A 3KQRA 2D44A 2QWDA 3JU4A 1DFQA 3SANA 2F11A 3R05A 2NMOA 4XOGA 2R49A 5HUKA 4YW2A 4XJUA 3NV4A 3HN1A 4M3CE 1MS8A 2LTNA 3D11A 1U0AA 2NYYA 2XB6C 1A14N 3V64A 1HQWA 2GNTA 1Q8VA 3UL2A 2A6WA 3SALA 3AZZA 1BJIA 5HUGA 4GALA 2D6KA 1B9TA 5T5PA 4PQ9A 1F8EA 4YW3A 2P34A 3OY8B 4M3CB 1WCSA 2R0FA 3WDVA 1DQ6A 4K20A 5DUXA 4ISRA 4XHBA 4FP3A 4X4AA 4QNPA 2PHUA 3O0XA 5GALA 1EUTA 1DYPA 1S0CA 1QGLA 2E53A 1YI7A 1Q56A 3M3EA 3TI6A 1JHNA 3OYWB 4Q27A 2OW4A 2ZMKA 3APBA 3ILRA 1XOEA 1DQ2A 4FPJA 1QOOA 4GWMA 3M2MA 4WEGA 2A75A 1YIFA 2EXJA 2YA4A 1GNHA 1G7YA 3ILNA 4MWRA 4MWQA 1LEDA 5EWSA 4NOTA 2DUQA 3N35A 1G9AA 4DFSA 1Z0HA 3TICA 3OY8A 4M3CA 4QN7A 3O0WA 1GBGA 2LALA 3PVOA 4YM0A 2EIGA 3WDTA 4FPHA 5H9SA 3WG1A 3NV3A 3TI8A 1JN2P 1AJKA 3LCPA 4YZ2A 2OVUA 1QOSA 2JKBA 5CNAA 4CPNA 1W6MB 2EAKA 2A3WA 3B69A 1WBFA 1C57A 4MWUA 5T5LA 4YGBA 2GMEA 1F5FA 3ZPYA 1MACA 3QLQA 4YFWA 5JOZA 3ALWA 4QN3A 2W5OA 2G4IA 1CESA 3M3OA 3WZ1A 2ENRA 3ENRA 2JECA 1Z4XA 4FVKA 4TYSA 3AJYA 4FQ4A 2NP0A 5IK7A 1W6NB 1QDOA 1V6LA 1A78A 3TB0A 1BXHA 1QOTA 1FV2A 1INFA 2AEPA 4NCSA 4YG3A 2WT2A 3AP7A 3O0VA 1N1SA 4LBQB 1BYHA 2BATA 1RITA 4XE9A 3A0NA 3AP4A 3K36A 5GZFA 1BQPA 1ULGA 2CNAA 1Q8SA 1W8OA 2SILA 1RIRA 4XJZA 2DURA 3ZSMA 2SIMA 1W6MA 4K1YA 4Y1UA 1V6MA 3M3QA 3O5SA 3RMYA 4F83A 3VKFC 5DUUA 4MWYA 1GKBA 5GLTA 3D5OA 1V6JA 2XZJA 2ZGLA 1FX5A 5B2DA 2E51A 1AVBA 1DLLA 2GNBA 3ZYPA 4PBOA 1QF3A 3AK0A 2EXKA 1JXNA 2QWEA 1KJLA 2BQPA 1DZQA 3R4SA 3V0AB 2D43A 1AX1A 1FATA 2YDPA 1W6NA 3ZYRA 1NXD1 3AYCA 2W38A 1QNYA 4XIOA 4M4VA 5GLVA 1FYUA 3IKWA 1J1TA 5KXBA 1W0OA 4XBQA 2DU0A 4BPZA 2D3SA 3W58A 2PHXA 1SLAA 2A6XA 3SH4A 4Y22A 1MS0A 1HDKA 1LEMA 1AJOA 4H53A 5FRAA 4B7MA 3RSJA 3UJOA 2ARBA 3MW2A 1Q8OA 1FNYA 3FUOA 1QMJA 1VAVA 4XTMA 4XXAA 2HTWA 4AWDA 4I00A 1V6IA 2VW1A 2HT5A 2GN3A 2VWDA 4FOVA 1APNA 2A70A 2XG3A 3O9JA 1S0GA 3NV1A 4WA3A 4HZXA 2PELA 5NN9A 2F0ZA 1YO8A 5DZGA 3O12A 4M00A 2R16A 4BQ1A 3H71A 3CL2A 3WG3A 4WEFA 1F31A 1W6OA 4KS3A 3VKMA 1OFSA 5H9PA 3V0BB 5T52A 3MEPA 4H55A 2UURA 4HL0A 4LBLA 4GZWA 4Y1YA 1SCSA 2D6NA 5F9TA 3OJBA 2E7QA 1INHA 4R9DA 2QWHA 4M4UA 3RQ0A 1Q8PA 1L7FA 1EURA 5GZCA 5HCAA 3WVJA 1IVBA 2DTYA 1UZZA 1INWA 4QN4A 4P9XA 4CZSA 1L7GA 5T5OA 1ZM1A 4GB1A 3D6EA 4XJRA 4FOWA 4GZSA 5EXOA 4MWLA 4L8QA 1V00A 1LHOA 2NMNA 1VCUA 3O9KA 4D8SA 1B9SA 2VXRA 1V0FA 4MWVA 4BLIA 2KM2A 3H73A 4YLZA 4MC7A 4MZAA 1SBFA 4YM3A 4LBOA 3OBRA 1V3DA 1W1XA 1WD3A 4P9YA 4MJUA 3ZXEA 1V6KA 3ZSJA 3V0BA 1A4QA 4MJVA 4PF5A 2JDZA 4X47A 1G86A 1LODA 3D4KA 3SH5A 1NCCN 3B3QE 2ZKNA 4MYEA 4KS4A 2AH2A 4KS1A 1V3BA 4Q8LA 1JBCA 3I8TA 5GZEA 4ASMB 5DG2A 5T55A 2WSUA 2F25A 1CONA 3T1MA 2OUJA 3WHTA 1EUSA 1VLNA 2DVBA 1USRA 2CYFA 3TAYA 2B8HA 5IK5A 4Y20A 2DV9A 1LCLA 4FPFA 4DRVA 1SO7A 1H9PA 3N3HA 3VV1A 1G9CA 4GWNA 2NN8A 1F8BA 1MS5A 1O4ZA 3DUIA 3SH3A 5EYXA 3B9CA 1W6PB 4YGDA 4P9WA 1S0EA 2D6OX 3WDUA 3ZSKA 2JJ6A 3ZSLA 4BLJA 3BIWE 5JYYA 1ENQA 1INYA 1L7HA 4HIZA 1S0FA 5HCFA 1W8NA 2QWGA 3BOPA 2P3JA 1IS3A 4Y26A 2GDFA 2HTQA 1C4RA 3GNEA 1MZ5A 1LOCA 3H0OA 1NNBA 1USXA 2VK6A 5DUVA 2ZBJA 1N3PA 2F29A 2PHWA 1KDKA 2VH9A 1LOBA 4AYUA 2AENA 1B09A 5JDBA 1VAMA 5CB7A 4MZEA 4JRAA 2VW0A 3Q9OA 2DVFA 1D2SA 1FV3A 1F8DA 4LBMA 1W6PA 5T5JA 1LU2A 3FLTA 1JUIA 2CY6A 1UKGA 1NCDN 5DZFA 1INXA 4YW1A 1GNZA 2UWAA 1KDMA 4Q1PA 5JOXA 2QWJA 2P3KA 1SLLA 5HCBA 3WUDA 3OBTA 3IN9A 2ES3A 4NN9A 5KXEA 1MWEA 1NCBN 1PZ9A 5CAZA 3WOGA 2HU0A 3K3AA 4FZHA 1Z78A 3V65A 4FPYA 4GZTA 3ZXJA 2ZGMA 2H0BA 1LOFC 2XCYA 5DG1A 1GZCA 4HZYA 3JUUA 5E8AA 2NM1A 3INBA 1ULEA 1AZDA 3OGGA 3FUQA 3ILFA 3POWA 5T50A 3KM5A 1C1LA 4QN6A 4CPYA 4LBJA 1C1FA 4B7QA 4MWJA 1LGCA 2ZABA 4YZ4A 2PHTA 2ZHNA 3AXEA 3MW4A 1A4GA 3NSSA 5E88A 2VSMA 2ZHLA 1CR7A 2A5ZA 2E7TA 1UPSA 1VALA 1DIWA 2YROA 2D7FA 4R9BA 3TI3A 2D3PA 4FVVA 1WBLA 1N1TA 1GYKA 4FP2A 4JC1A 2HU4A 1R1ZA 4GZQA 2EXHA 1OKQA 2WKKA 4WA4A 1H9WA 1KJRA 2GALA 4XZPA 4LBQD 4Y22B 2C9AA 2UWBA 5HUNA 1TEIA 1DBNA 4FOQA 3PJQA 2C4AA 2B7YA 1YYNA 1E8UA 2ZMNA 4BBWA 4YGCA 1Z4YA 2A71A 3CYEA 3K37A 1PZ7A 1SLTA 3NV2A 2EF6A 3PVNA 1UMZA 1FNZA 2WQZC 1DQ1A 1V3CA 3NN9A 1S0JA 4B7RA 1ONAA 3AFKA 3CL0A 2Z42A 3GVKA 3WCSA 1AX0A 3WLUA 1V0EA 2VSKA 4Q2FA 2R1DA 4GKYA 3WDYA 4GZXA 1W6OB 2YZ4A 2JE9A 5IK8A 4MWWA 5B2CA 5L73A 3W59A 2JD4A 1SLIA 2OUHA 3AYEA 1A3KA 3VKOA 4U36A 2A6YA 3ASIA 2FMDA 1VIWB 1WD4A 4DRRA 3IPVB 1NNAA 3SILA 1B9VA 1LOAA 2ERFA 1QKQA 1Q8QA 5HX0A 4FPCA 1NMBN 1WLWA 4XBLA 3VKNA 1IS4A 2ZGNA 3RG0A 2ZGRA 1NNCA 3TIAA 1IVEA 2VVZA 2HYKA 1LGNA 4M4NA 3JU9A 2VK7A 3UJQA 2QWIA 2VUAA 4DPNA 4XJ9A 3VUOA 4PCRA 1GZWB 6NN9A 1W21A 1SCRA 4GXLA 5T54A 1RINA 4ZXKA 1CJPA 1OQ1A 1JOJA 5GLWA 1JYCA 1IKPA 3TI4A 2I2SA 4FOYA 3ZXLA 1E8VA 3PVEA 1I3HA 2WSVA 3RS6A 3IPVA 3FLPA 4ATFA 1N3QA 4GZPA 1F9KA 1DQ4A 4X6KA 1LENA 1YXWA 4R9AA 1MS9A 1MS4A 2YMZA 3H6JA 4CPMA 3N7LA 4Y20B 4R9CA 4NO4A 3B00A 2Q5TA 1IS6A 4K1JA 2AYHA 3CKZA 3FBYA 4LBNA 3POSA 3AP5A 5AVAA 1CPNA 1G9FA 4Q1RA 1WUVA 1ULCA 4JCKA 1GZWA 4FPLA 5JOYA 3AZYA 2EALA 2HT8A 2DTWA 2DU1A 4XBNA 3USUB 3B01A 2V73A 5DUWA 2SLIA 1SBDA 4K1KA 2A7AA 4Q26A 1F8CA 4GDIA 5DXDA 3M3CA 3WDWA 3K38A 1FAYA 4AGRA 1DYKA 1S0BA 2P3IA 4MX0A 1LOFA 5FREA 4H52A 4K1IA 4Q8KA 2DVAA 3T1EA 2ZA9A 4XXPA 1DQ0A 3TI5A 3HR9A 3MW3A 2GMPA 1V0ZA 5GLZA 4BOWA 4B7JA 2BF6A 3FFZA 5JMCA 4XJAA 2DYCA 1I1EA 2GN7A 2V5YA 2FHRA 2ZAAA 1LESA 4UW5A 3H72A 2W08A 4Z8BA 4B7NA 2F13A 2QWKA 4AGVA 1V2IA 2WT1A 4XHXA 3USUA 3ATGA 2YDTA 4Y1ZA 4CTEA 2ZHMA 4GA9A 4YGEA 2E6VA 1WCQA 2AR6A 1N1VA 1W6QA 3IM0A 3AX4A 4ATEA 2ZGPA 2EXIA 4FPGA 3NWKA 1KQRA 2YY1A 1GICA 1INGA 2TEPA 3CNAA 4Q6KA 5H9QA 4UW3A 5JOWA 1BKZA 1AF9A 1SLBA 4FJ6A 4Y24A 1G9DA 3HMYA 5SV8A 5JLVA 3INAA 3I4IA 4CPZA 3AJZA 4Y1XA 2ZGTA 1N47A 1BZWA 1LJ7A 3QCWA 2ZGQA 2VW2A 1WW5A 2F10A 3AZWA 1GZ9A 4Y1VA 2VK5A 3A4UA 2UU8A 1LHNA 3B7EA 1URXA 4YW4A 4D69A 1N3OA 3A72A 3WG2A 1SLCA 4AGGA 1EPWA 2F27A 1PZ8A 4YG0A 2PHFA 4U2AA 4X49A 4UF7A 1SNTA 2HTRA 5GM0A 5EYYA 4HANA 4JF7A 4HZWA 1SBEA 2DUPA 5LK5A 1DILA 4K1ZA 4YZ1A 4FQZA 3WUCA 1N1YA 1A8DA 4YZ5A 1VCJA 3N36A 4ITCA 1LTEA 2YA7A 3WG4A 1GANA 4XTPA 4AVTA 1IVGA 1ZA4A 1LGBA 4GKXA 2A3YA 2R0HA 5F5QA 2C5DA 1MVQA 5E89A 2D6MA 2JE7A 3IMNA 3LSDA 1CQ9A 3WCRA 1Z50A 1SFYA 1HKDA 3C2UA 3D12A 2CL2A 4KS2A 1NN2A 1LHUA 4M3CF 1EUUA 2ZB6A 5JVVA 2QWBA 3FLRA 2HTUA 5CBLA 3RMXA 1UN1A 2ZGUA 2XZKA 3AP9A 2YA5A 4C1WA 1GSLA 3MPPG 2C4LA 4YFZA 5GLUA 4DGRA 3N7JA 4IQPA 3POYA 2NZ9A 3OYWA 5KXCA 3A71A 4CRQA 4GEZA 1NSBA 4YG6A 3BODA 1NMAN 2YV8A 3WV6A 4XILA 2ZGOA 3N7MA 3BEQA 1XOGA 2BERA 3LSEA 1IS5A 1GV9A 4AVVA 2F24A 2W39A 2D6LX 1IVDA 1LU1A 4HZZA 3WDXA 1Y7BA 2ZGKA 2WJSA 5BYNA 1NCAN 4YZ3A 2GMMA 2VU9A 3AXDA 1DIMA 4MWXA 1MS3A 5GZDA 1WLCA 4K3YA 2YA6A 4WV8A 3ZXFA 2DUOA 1V6NA 2CTVA 4XYXA 5DZEA 2QWFA 4RA0A 1CIWA 5H9RA 1DQ5A 1LULA 2BZDA 2AGSA 2ZGSA 2SBAA 1UX6A 4XDQA 1AX2A 4BMBA 4DS0A 1LECA 4ISQA 2XZIA 1WW7A 2AREA 1QNWA 1W20A 4XJWA 3ZXKA 5IUQA 2HTYA 4CPLA 1MVEA 1S0IA 1IOAA 1CPMA 4XMIA 4TZDA 2YA8A 4GDJA 4GZOA 1SACA 1ULDA 4LBKA 2UWCA 2P37A 4YM2A 2P2KA 4LBQA 3VKLA 3GVJA 4AVSA 2D6PA 3ALXA 3N7KA 1KITA 3W09A 4PBPA 3SNMA 1AXZA 2F28A 2DVGA 3AYDA 1NSCA 2F26A 5KXDA 4NC5A 2A6VA 3AZXA 1QDCA 1O4YA 2GNDA 2WLQA 4OZXA 2HT7A 1S0DA 2GNMA 3T2TA 4XJQA 4K1HA 1G9BA 1ENRA 4YM1A 2QWCA 1CN1A 1LOEA 2DVDA 1Z4ZA 3R4UA 1H30A 2ARXA 3AYAA 1G8WA 4XJ8A 4M3MA 4FPOB 1IKQA 2RKCA 4KBBA 2ZACA 1WW4A 3V0AA 4M01A 2A3XA 1NLSA 4UW6A 1AXKA 3AZVA 1HQLA 2ZMLA 3GALA 4HZVA 1IVCA 4ZKTB 2QWAA 1Z4VA 2ZHKA 2ZZJA 1WLDA 1CVNA 5GJ6A 1JYIA 4WZFA 1ENSA 2AEQA 1MZ6A 5CA6A 2R1BA 1HLCA 4QN5A 4SLIA 1UAIA 3WNXA 2PHRA 3SITA 1Z4WA 7NN9A 1NSDA 1W0PA 3SISA 1DGLA 2W68A 4WA5A 4WVWA 1BJQA 1JW6A 1LOGA 3K39A 4XMAA 2A6ZA 2RHPA 1UZYA 1V3EA 3M1HA 1V6OA 1LHWA 3T1LA 1S1AA 1NMCA 1MS1A 1UL9A 4RL7A 1IVFA 2CWMA 5M1ZA 4W65A 3SLIA 3GVLA 5GZGA 3ZVXA 2W20A 5IT6A 3A0KA 2CMLA 1ULFA 4K21A 2HTVA 2WNEA 3DGTA 2YXSA 3OPZA 4XIKA 4WVVA 1W6QB 5HUMA 1D0HA 2WT0A 4DQAA 1YRZA 2F12A 3BTAA 1X50A 2W5NA 4UW4A 4J9TA 4KS5A 3RRDA 4BM8A 2D3RA 2CWSA 2VY0A 4CPOA 3L2YA 5IK4A 3WHUA 2DWRA 4I30A 4C1XA 1XQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JB8A 4KMQA 3WF4A 2O0OA 3MFCA 4P14A 2OPKA 3AP6A 4FPKA 3VBFC 1CIYA 1YIPA 3IAQA 1DCSA 4S2HA 3OSDA 1AXYA 1DHKB 1E5IA 2R30A 4OI0A 2IAWA 2RDRA 2AUYA 5D8AC 1KRIA 3TIBA 4BH9A 4FT8A 4A44A 3RZGA 1TME1 4QX8A 1ND3C 4YW5A 1RUH3 4MSVA 4PLNA 3UK9A 4FPEA 1GOGA 2Z32A 1OPMA 3VBOA 3KYAA 3UYJA 1XRUA 1HN0A 5H47A 2ID4A 4O9EA 3RJRA 1AYM1 1MR5A 1PHMA 1ULOA 3PMEA 4R8HA 3ZXAC 3U4XA 2X9MA 4BMEA 4D7SA 1U6DX 3AMRA 1L3JA 4XF9A 5I0TA 1LHVA 5FAXA 1GLHA 1INVA 2JG9B 5DAQA 5CG8A 4IEZA 3FC0A 1VMFA 4ZXEA 1ASJ2 2QZ2A 3O1PA 4M4RA 5A32B 2Y26A 2CHHA 1OH3A 2G9FA 1E8TA 1WW6A 2ZB5A 2W52A 2IXCA 3UT0A 1QU0A 4AI3A 3KQRA 5LRSA 4XFGA 2D44A 4D52C 2QWDA 4JKMA 1Y9GA 4PT6A 4AHXA 3ZIWA 1AL21 2HLEA 4I0AA 1DFQA 2PHLA 4KG0A 3JU4A 3SANA 4XFBA 1W8UA 2F11A 4DZGA 2UYAA 5FP8A 1SDWA 4AXOA 4QXKA 1JYWA 3M8LA 3R05A 5L9VA 2PLV1 2R7EB 2NMOA 3OUJA 3PUIA 3J7HA 4XOGA 3ELNA 1PVXA 2R49A 2XL7A 2I07B 1I6XA 1UW8A 2J1SA 1CD3G 2WO1A 5HUKA 2PAKA 2ZOEB 5FOJB 4YW2A 4XJUA 2R073 3IIAA 2J1AA 3NV4A 4P02B 3T2QA 4EN8B 3AMMA 1J3QA 5BNPA 3MUY1 3HN1A 1NA1A 5CZKA 4M3CE 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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