1MS4A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 179
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms4A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms4A01
4FQ4A 2ZGPA 1INYA 1MS1A 1SLLA 2CYFA 1D2SA 1QGLA 1IVBA 3USUA 2YA5A 4FOYA 4U36A 2HTWA 2PHUA 4XE9A 4XMAA 3A71A 1F31A 1N1SA 4UF7A 2D44A 1LOEA 1JYCA 2B7YA 1HQWA 2DURA 2VW1A 3KM5A 4QN4A 1A3KA 3FLRA 1BXHA 1WCSA 1DBNA 3ILRA 2ZB5A 4Q1RA 4LBNA 5JDBA 2A3XA 2D6NA 1HQLA 2F26A 2SIMA 1L7HA 1NCAN 1A14N 2YMZA 1JN2P 2W5NA 3WV6A 3NN9A 1A78A 1SBEA 4GDIA 3K37A 1INXA 3VKOA 2BQPA 1JHNA 1QOOA 1VLNA 2F24A 2VU9A 4YW4A 4WA4A 4ATEA 2HTQA 1OFSA 3M3OA 1PZ7A 1IVFA 4YW3A 2F28A 1LU2A 4Y1YA 3IPVA 3OBTA 1JOJA 1QOTA 2ENRA 4YZ1A 1A4QA 1LECA 2QWDA 1IS4A 3VKNA 3ZSMA 1Z4WA 2D6KA 5F9TA 2P2KA 1V6JA 1Z50A 3AXDA 3FUQA 1W0PA 4DQAA 1E8UA 3AP5A 4L8QA 1XQNA 3WCRA 4M00A 3OY8B 3MW2A 4M3CB 1UPSA 1LCLA 2WLQA 2FHRA 3WDXA 4WEGA 1KJLA 1NCDN 4H53A 3RMXA 4GJTA 2ZACA 3NV4A 2C4LA 1W6PB 1SLTA 1IS5A 5GLVA 4TYSA 4CPZA 4LBLA 4R9AA 5JYYA 1ULGA 3ZSKA 2W20A 1NSCA 4YG6A 3KQRA 4AVVA 2HTVA 4GZTA 1YIFA 1D0HA 1E8TA 1MZ5A 5B2DA 1PZ9A 4YZ2A 4AGRA 1V6LA 3RQ0A 4HZWA 5E88A 4GKYA 1S0DA 5E89A 4QN3A 4JCKA 2WSVA 3NSSA 5SV8A 1CPMA 3O0XA 5DUVA 1BJQA 3AZWA 1FYUA 1AX2A 4KBBA 2ZBJA 3T1EA 4YGCA 1NLSA 4Q1PA 1YI7A 2QWFA 1JXNA 3V0AB 2A6XA 2QWGA 1V3CA 3N7MA 4FP3A 1E8VA 3AYEA 4JC1A 4XBNA 4D69A 2D3RA 1Q56A 1N1YA 2AREA 1LOBA 2A3YA 1URXA 1Z4ZA 3L2YA 3OGGA 2C4AA 3T2TA 2R1BA 1INVA 1INHA 1NNCA 4FOWA 1DLLA 1MS4A 4GA9A 4XIOA 5T5PA 4CRQA 3WOGA 2PHWA 1LULA 2D43A 3C2UA 1F8DA 5HUGA 3N7KA 2E7TA 3LCPA 3WG3A 3POYA 4YW1A 1ULDA 4Q8LA 1AZDA 3H0OA 5HX0A 2TEPA 1L7GA 4MYEA 3WDWA 1DQ1A 4FPHA 2YA6A 2D7FA 4XJAA 2VY0A 3WDYA 1YRZA 1SLBA 2D6LX 4M3CF 4P9YA 1S0CA 4K1KA 1W21A 3A0KA 1APNA 4AGVA 4YG3A 1G9AA 1OQ1A 2DV9A 1C1FA 2YY1A 3D6EA 3K3AA 2HT5A 1VALA 3A0NA 1DQ2A 4XMIA 2GMPA 1B9SA 1CESA 1GZWB 1SNTA 1G9DA 3WG2A 2HYKA 1WBFA 1JBCA 4BMEA 2W39A 1W6MB 2ZABA 3RG0A 1USRA 3AZVA 3OYWB 2ZGKA 2JDZA 4AVSA 1V3DA 2ZMNA 1Z4VA 4XTMA 3AP9A 3OPZA 3JU9A 3ZVXA 4CPNA 2EIGA 1Z0HA 1WUVA 3HMYA 1WW7A 4DFSA 3AP6A 4NOTA 2YA7A 2EXKA 1GKBA 4C1XA 1FAYA 5E8AA 2YDPA 4NO4A 1WCQA 4WV8A 3AZXA 4XHBA 1DQ5A 1KITA 2P3KA 2E53A 1V00A 1A4GA 1DIWA 2DU1A 2DYCA 2QWJA 3V64A 2QWAA 1GNHA 2DTYA 4P9WA 2NP0A 4FPOB 1NCBN 1GZ9A 4HZYA 4XJQA 2QWBA 1KJRA 4YGEA 3O0WA 2BERA 1USXA 1BJIA 1V6KA 1Z78A 1MS3A 4ITCA 3WDUA 4LBJA 4HL0A 1HDKA 4PBPA 4SLIA 2A6YA 2VK5A 4QN5A 1J1TA 1QDOA 1LU1A 2VW0A 3CL2A 2P3JA 4Y20B 3CYEA 1EUUA 1SLCA 4MJUA 1V3BA 1GV9A 3WHUA 1Q8PA 3B00A 2DVBA 4FVVA 2CWSA 1UAIA 1SLIA 2AUYA 2WT1A 3BTAA 1SBFA 2JECA 3TICA 3WG4A 1MR5A 2D3PA 4MX0A 3UK9A 1X50A 1MS8A 3VKFC 2PHXA 2QWKA 4XHXA 1IKPA 2HU0A 3SILA 1CIWA 2P37A 2R0HA 3ALWA 4YGBA 1MACA 4ZXKA 2H0BA 3M1HA 4R9CA 4W65A 3BIWE 1GSLA 1BZWA 2ZMKA 5GM0A 1WLDA 1QNYA 2DUOA 1KQRA 1ULEA 2E7QA 2SILA 3JUUA 4DRRA 5EWSA 1Z4YA 2WT0A 4GDJA 4KS5A 3GVLA 4H55A 1Q8SA 4FQZA 4YZ5A 2YA4A 4YFWA 2W38A 1R1ZA 1BYHA 4ATFA 4YW5A 4WA5A 4Q8KA 1AXKA 3ZXEA 1EUSA 4X6KA 3USUB 3OBRA 1G9BA 4DGRA 3ZYPA 4K3YA 1UL9A 2YV8A 1NXD1 2W68A 3QLQA 2OW4A 1G8WA 4UW5A 2D3SA 3VUOA 1LHVA 4KS3A 2ZGMA 2CTVA 2YROA 1V3EA 1Q8VA 3V65A 3GVKA 5GZGA 1WW4A 2DVGA 2EF6A 1LJ7A 4Z8BA 2C5DA 1H30A 1V6MA 1NCCN 2ZGQA 4Y1XA 2UURA 3N7JA 2W08A 3ATGA 2QWEA 3POSA 2ZGNA 4FOVA 4GXLA 2QWCA 5T54A 4FPYA 4UW4A 5M1ZA 2ZHLA 5JMCA 3WUDA 4BOWA 2DTWA 3AYAA 4X4AA 3IPVB 4LBQD 1IVDA 2JD4A 3SNMA 4Q26A 4Q27A 2ZZJA 4GZXA 5BYNA 3O9JA 4GWNA 2PHFA 5IUQA 3AFKA 2JJ6A 1SACA 3ENRA 4D8SA 2F10A 3WDVA 3TIAA 3UJQA 4WZFA 3NWKA 4B7NA 4HZVA 2AYHA 1W6QA 4NC5A 2R1DA 1LTEA 4M3MA 2B8HA 1N3PA 1BQPA 1RINA 2BZDA 1UMZA 4GZPA 3VKLA 3R05A 4BQ1A 2HT7A 2VVZA 3H73A 2QWIA 2DWRA 4YM1A 1IKQA 2GNDA 5JOYA 4Y1ZA 4MZEA 1W6OA 1S0GA 3R4UA 3MW4A 1FV3A 3CKZA 5H9QA 4P9XA 2GN7A 4JRAA 2F12A 1QKQA 4MWYA 2GNBA 5HUMA 4XJ9A 3MW3A 4GZSA 4MWLA 2LTNA 2X9MA 4UW6A 1G7YA 2DVDA 3O5SA 3ZYRA 4DRVA 2ZB6A 1Q8QA 2D6MA 4GB1A 3PVNA 1UZYA 5LK5A 5KXDA 3N36A 4B7RA 1MVEA 1MS9A 4MJVA 3AZYA 4X47A 2KM2A 1LGNA 2RKCA 5HUKA 2ZMLA 4XILA 2VSMA 1INWA 3GNEA 3U4XA 1CVNA 3PMEA 1DHKB 2YXSA 4J9TA 4PBOA 5JLVA 1W8NA 1UN1A 3IKWA 4B7QA 4AGGA 2W52A 1SLAA 1W20A 3O9KA 2Q5TA 3AX4A 2ZGSA 3M3CA 2WJSA 4FPEA 4YLZA 1W6NA 1N1VA 1Z4XA 3ZXFA 5T55A 2CL2A 4ISQA 4Q2FA 1DYKA 1VAMA 2GMMA 3W58A 3WDTA 2CNAA 3LSEA 1A8DA 2R49A 2DUQA 5JOWA 1UZZA 2PELA 4LBMA 2I2SA 4MWUA 2VH9A 1LESA 5DG1A 1CN1A 4QNPA 4JF7A 2VSKA 3ZXJA 1S1AA 5T5OA 5GZEA 2HTRA 3AYCA 2UU8A 1MS5A 2WNEA 1QOSA 4KS4A 5B2CA 2LALA 1JUIA 3I8TA 2YZ4A 4DS0A 1LGBA 2F0ZA 1V6NA 4K1HA 1NSDA 4BPZA 4KS2A 1DQ4A 1SCSA 4PF5A 1NN2A 4Y26A 1W0OA 4Y22A 3ILNA 2ZGOA 3IMNA 2F13A 4Y1UA 1I3HA 5IK4A 1EURA 2VK6A 5HCBA 1LENA 1ENRA 1F5FA 4MWRA 5H9PA 1MS0A 4OZXA 2A3WA 1Q8OA 1S0EA 2XCYA 1AF9A 5GLWA 2WT2A 1AJKA 1BKZA 3RMYA 3INBA 2A71A 1LHOA 1QU0A 5HUNA 2ARXA 4B7JA 1QF3A 4BMBA 5GZFA 2AEPA 4CPMA 1FATA 5T50A 3MPPG 5GALA 3ALXA 5L73A 4LBQA 3M3EA 2GALA 2SBAA 2F29A 4RL7A 1B09A 1O4ZA 3ZXKA 1ZA4A 4FVKA 1WD4A 1C57A 2ZKNA 2ZGUA 3B01A 4X49A 4H52A 3SH5A 3TIBA 4P14A 3WCSA 2F27A 3D12A 1RITA 1INFA 4LBKA 3RSJA 1XOEA 2VXRA 4XZPA 4LBOA 1AX1A 1MVQA 4BM8A 3LSDA 1PZ8A 3RRDA 2A6WA 1B9VA 1WD3A 5AVAA 3FBYA 3TAYA 5CA6A 5DUWA 5H9SA 2DU0A 2JE7A 2VK7A 1FX5A 4FPGA 3WG1A 3W09A 1CONA 2GNTA 2VW2A 2OVUA 4U2AA 4NCSA 3B69A 1JW6A 3V0BA 5T52A 1LHNA 2HTYA 3TI6A 2AH2A 5JOZA 1AJOA 4XOGA 1LHWA 3CL0A 1IS6A 2CY6A 5DUUA 1FNYA 1G9FA 3M2MA 4CPLA 4MWWA 1XOGA 3D11A 4XBQA 3WUCA 1CPNA 4YM0A 5IK8A 3AJZA 1GICA 5GJ6A 3A72A 3DUIA 2P34A 2EALA 3TI5A 1L7FA 3ZSJA 3DGTA 1YXWA 1S0JA 2R0FA 4GWMA 2HU4A 4WEFA 3BEQA 5IK5A 5GLTA 2NMOA 1EUTA 1S0FA 2AGSA 1WW6A 3GALA 4KS1A 1AVBA 3B3QE 3FLPA 1F8BA 2PHRA 2C9AA 1DFQA 4XBLA 1LODA 4I30A 5CB7A 3BOPA 4XJUA 2XZJA 2XB6C 3NV3A 4YFZA 4FOQA 4QN7A 1ONAA 3H6JA 1VCJA 5EXOA 3QCWA 2YDTA 2A7AA 1V0FA 3TI3A 4MWVA 3NV2A 1GZCA 3SH4A 2ES3A 2FMDA 2UWCA 3PVEA 3VV1A 3FLTA 3RS6A 2HT8A 1ULCA 3SANA 4CPOA 4XJWA 2ZHKA 2E51A 4XJZA 4MWXA 3AP4A 4XXAA 3OY8A 4FPLA 5JOXA 4BLIA 4M3CA 1C1LA 1VAVA 3AK0A 2G4IA 1UX6A 3PJQA 4YM2A 1DGLA 3W59A 4DPNA 5DG2A 1VIWB 4PCRA 1W6PA 4FP2A 5FREA 3INAA 2W5OA 1YO8A 4XYXA 3FUOA 3HR9A 3BODA 4AVTA 3M3QA 1I1EA 3B9CA 4MC7A 2A70A 1GYKA 5JVVA 5EYXA 4XDQA 1WBLA 3IN9A 3T1LA 3ILFA 5HCFA 1F8CA 4AYUA 1SFYA 1QDCA 1IOAA 1W6QB 2GMEA 3K39A 2SLIA 1DQ6A 4M4UA 5EYYA 2ZHMA 4Q6KA 4XJ8A 3H72A 2EXJA 1KRIA 3Q9OA 4K21A 1WW5A 4FZHA 4Y1VA 1LOGA 3AP7A 4GALA 4R9DA 1S0IA 4YGDA 3WHTA 1LEDA 2VWDA 3V0AA 1GNZA 1AXZA 2WSUA 2V73A 1N1TA 1V6OA 3AJYA 4WVVA 1W6OB 1V2IA 4XIKA 4GEZA 2CWMA 1V0ZA 1HLCA 4CTEA 4ISRA 1N3OA 1C4RA 1SCRA 2EXHA 3WVJA 2ZAAA 1WLWA 3ZPYA 1NSBA 3OJBA 2BATA 3HN1A 1LEMA 4ASMB 5NN9A 7NN9A 2AENA 5GZCA 1CJPA 3TI4A 1UKGA 4PQ9A 4GZWA 1O4YA 2NM1A 3AXEA 1ULFA 1DZQA 3SALA 4RA0A 2Z42A 3D4KA 4FPJA 2NN8A 2P3IA 2ARBA 3WZ1A 2CMLA 1GLHA 2OUHA 1IVGA 4GKXA 3R4SA 4HZXA 2XZIA 5DUXA 2AEQA 4K1IA 2ZGLA 1KDKA 3MEPA 1ENQA 3WLUA 1AX0A 1LGCA 3IM0A 4F83A 1NMBN 3N35A 5IT6A 3SISA 2EXIA 4K1ZA 3POWA 4YZ4A 5F5QA 1EPWA 3WNXA 5H9RA 6NN9A 4I00A 1LHUA 4K1YA 2JE9A 1FV2A 2R16A 3PVOA 4UW3A 1ZM1A 3JU4A 1LOCA 1H9WA 2NYYA 1MWEA 3ZSLA 3SITA 1SBDA 2UWBA 2A6ZA 3TB0A 1W6NB 1OKQA 1GANA 1GZWA 1W8OA 5DZGA 2BF6A 5GLUA 4TZDA 4M4VA 1B9TA 4GZOA 1G86A 5CBLA 3GVJA 2UWAA 1W6MA 4HANA 1G9CA 1JYIA 5T5LA 1DIMA 3OYWA 4CZSA 3CNAA 3SLIA 2WQZC 3UJOA 5KXEA 3B7EA 1DQ0A 1LOAA 4WVWA 4C1WA 1Y7BA 4YZ3A 2NZ9A 3AYDA 1FNZA 2GDFA 2JKBA 4MWQA 3I4IA 2NMNA 3T1MA 5HCAA 1H9PA 2ZHNA 2XZKA 1IVEA 2A75A 5CAZA 1HKDA 5KXBA 4XJRA 4BBWA 4XXPA 4YW2A 1DYPA 3TI8A 1CR7A 3APBA 1WLCA 3O12A 1RIRA 2A5ZA 3NV1A 1QMJA 2HTUA 4CPYA 1YYNA 3FFZA 1SO7A 4Y24A 5DZFA 2A6VA 3N3HA 4Y22B 4YG0A 1N3QA 5DZEA 5GLZA 1NMCA 4MWJA 1N47A 5CNAA 4FPCA 4NN9A 4FJ6A 4R9BA 3O0VA 1CQ9A 1V6IA 3H71A 1LOFA 1F9KA 5GZDA 2F11A 4M4NA 1MZ6A 1VCUA 2XG3A 1F8EA 3UL2A 4Y20A 4XTPA 1V0EA 2AR6A 2QWHA 2GNMA 1IS3A 1W1XA 4LBQB 3AZZA 2F25A 3ZXLA 4BLJA 3A4UA 1GBGA 2YA8A 1S0BA 1DILA 2DVAA 4YM3A 4FPFA 2ERFA 4FPKA 5T5JA 2OUJA 5IK7A 1NNAA 2ZA9A 3VKMA 4GZQA 2ZGTA 2V5YA 2DUPA 2PHTA 4HZZA 2D6PA 2ZGRA 3K36A 5KXCA 1LOFC 1NNBA 1QNWA 1U0AA 4AWDA 2EAKA 2DVFA 2VUAA 4ZKTB 5DXDA 1INGA 4WA3A 3N7LA 2D6OX 1TEIA 2RHPA 4B7MA 1IVCA 3V0BB 3SH3A 4MZAA 3D5OA 1ENSA 1KDMA 4K1JA 3K38A 2E6VA 2GN3A 2WKKA 1NMAN 4IQPA 4K20A 5FRAA 3ASIA 4M3CE 1AXYA 4M01A 4QN6A 4HIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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