1MS4A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 179
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms4A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms4A01
1F8EA 4WVVA 3TICA 2P3IA 1LECA 4Q8KA 4Q2FA 2JE7A 1KRIA 1N47A 1ONAA 1QOSA 5IK7A 5CA6A 1I1EA 2ZABA 2BZDA 2E53A 2R0FA 5T5OA 1H9PA 4SLIA 1MS0A 2CY6A 1E8UA 4ZKTB 1LU1A 2Q5TA 2GNTA 1LHOA 1VALA 2P2KA 1JYIA 5BYNA 2A3WA 1QOTA 3GVJA 1G9DA 2V73A 4R9CA 2VVZA 4PBOA 5NN9A 5KXBA 3SILA 1GNZA 5DUVA 3OY8A 1S0IA 2D7FA 1O4ZA 3ALWA 2VK6A 3ILRA 1IVBA 4H52A 5HCBA 3AP4A 1R1ZA 3O12A 4YW3A 4M4NA 4XJ8A 4KBBA 2QWFA 4GZTA 3APBA 2JKBA 1W6QA 1RINA 1GZWB 3N7KA 3A0NA 3WG1A 4KS5A 1DGLA 4M3MA 3D6EA 2DUOA 1F31A 1NNAA 3WG4A 4XJAA 2UWBA 3ZXLA 3AZVA 3O9JA 1SLIA 3AXDA 1JHNA 4YW2A 2HTRA 2C4LA 1BQPA 1G9FA 1H30A 2E51A 5CNAA 4D8SA 1SCSA 4K3YA 4RA0A 1F8CA 4FOQA 3O0WA 2W5NA 1NCCN 5HUGA 3TIAA 1EUSA 3UK9A 3TI4A 4DQAA 2ZGQA 5DG2A 3O9KA 4WVWA 4GA9A 1W6OB 2CTVA 4L8QA 1FNZA 4YW5A 2P3KA 3WDUA 1USRA 1V2IA 4RL7A 4YZ2A 2QWAA 3BIWE 3ZXKA 3V0BB 3AZYA 3USUB 2X9MA 1IS6A 2YROA 4Q8LA 2DU0A 3N7LA 3NV3A 5H9RA 3ZYPA 2VW2A 1Z0HA 3T2TA 1FX5A 1LGNA 3AP9A 2EXIA 1W6PB 2D43A 5IK8A 1V6OA 1GYKA 1V0EA 4B7MA 1V3CA 1GKBA 3INBA 4HZWA 2E7QA 2ZGLA 3W59A 3ZXJA 1DZQA 2LALA 1S0DA 3NV2A 2ZMNA 4YW1A 2GN3A 1INXA 1Z4XA 2CWMA 1GV9A 1DQ6A 1JUIA 4BQ1A 1BYHA 5GLVA 1BKZA 2DTWA 3M3QA 1H9WA 1UMZA 4JC1A 2R49A 1KJRA 4FP3A 2R0HA 3AZWA 1NSBA 1JN2P 4Y1UA 2A3XA 2GMMA 4M3CF 5T50A 4MWXA 4FOYA 4BMBA 1VCUA 2VY0A 2AUYA 4YM1A 4CRQA 4X47A 3WLUA 4XE9A 1CIWA 2I2SA 7NN9A 4H53A 2AYHA 5EYYA 2WNEA 2RKCA 4MZAA 1JYCA 4FPYA 2AH2A 4XZPA 2XB6C 1VLNA 4FPKA 2F24A 4GZQA 3V0AA 4K1HA 3JU4A 1ULEA 4AGGA 3C2UA 4K1KA 2PHXA 3H6JA 1UKGA 4NO4A 1Q8VA 3UL2A 2YXSA 4YGBA 3ILFA 3M1HA 4Y24A 4YFWA 3AFKA 3PVEA 2AREA 2P3JA 4XMAA 1A78A 1INVA 1NN2A 2OW4A 2XZJA 1BZWA 3WNXA 3U4XA 5GLZA 5JOYA 1LOFA 1WW7A 4GALA 3NSSA 4GZWA 1KDMA 3QLQA 2ZMLA 5EYXA 5DG1A 1QNWA 2HT8A 4MWLA 1Z4YA 3POYA 4B7JA 4DRRA 4YZ5A 2NMNA 1IVGA 1PZ7A 1WCSA 2ZB6A 5CB7A 4MWYA 4U36A 1S0FA 5JDBA 4XBLA 3K39A 2ES3A 3N7JA 3ZXFA 3DGTA 4HZZA 5IK4A 2QWCA 4MWJA 4Q26A 4R9BA 5DUUA 4PQ9A 2AR6A 4LBMA 4R9DA 2A75A 3FUOA 4Y22B 1D0HA 1QOOA 4DGRA 2E7TA 1LHNA 3BODA 3SH3A 1LCLA 3TI3A 4ASMB 1S0CA 1B09A 1GICA 5GALA 1OFSA 2NZ9A 3O0VA 1MS8A 1E8VA 2D6LX 1Z50A 5CBLA 1WD4A 2ZZJA 1UZYA 1FV2A 2UWAA 1N1YA 1QKQA 2HU4A 4Q27A 1FV3A 2OVUA 2W20A 4GZPA 3N36A 4YGEA 3MW4A 2F11A 4WV8A 2GMPA 3NN9A 4BPZA 1G8WA 3CL0A 5GLUA 2AEQA 1GSLA 2W38A 2WLQA 1INGA 1AJKA 2C4AA 5E88A 4NN9A 4WA5A 1CONA 1A4GA 3WG2A 4OZXA 3WHTA 1OQ1A 1G7YA 2CWSA 3D11A 1NSCA 1KQRA 1Q8SA 3WCRA 1INHA 3B69A 1EUTA 1AJOA 4P14A 2GNDA 1LHUA 1QGLA 3CKZA 3AJZA 4QN7A 3AP5A 3JUUA 4Y1VA 1AXZA 3I4IA 3M3OA 2Z42A 2TEPA 1KITA 3W09A 2SILA 3UJQA 1LOAA 4K21A 3SH5A 3FFZA 4KS2A 2ZMKA 3CNAA 4XTMA 2CMLA 4HZXA 1NNCA 2F29A 4XMIA 1IVEA 1LOFC 2VH9A 2GMEA 2ZGUA 2QWKA 1PZ9A 3TI6A 1W0PA 3SNMA 3KQRA 2JDZA 2PHFA 3RS6A 2ENRA 5DUWA 4XJUA 5JVVA 3VKNA 2ARXA 3RRDA 3VKMA 1YXWA 2PHTA 5JLVA 4B7RA 1MS9A 3KM5A 1GZWA 2VW0A 3ZPYA 3UJOA 3A72A 1XOGA 4GJTA 1QDCA 3M3EA 4YLZA 4KS4A 2XZIA 1DFQA 1SLBA 1MWEA 1F9KA 1LEDA 1LESA 4XOGA 1BJQA 4Y26A 1WLDA 1KJLA 4CPMA 4GXLA 1FNYA 3AP6A 3NV1A 1L7FA 4Y1ZA 6NN9A 1AXKA 2DVGA 4P9XA 4YM3A 1U0AA 2EIGA 2D6MA 1MZ5A 5E89A 1SNTA 3WV6A 1HKDA 1VCJA 3AK0A 5T5PA 3N7MA 4Y20B 3BEQA 2P37A 3PJQA 1W6OA 1CPNA 3T1EA 4CPNA 1W6NB 3ZSJA 3O5SA 3WDYA 1W8OA 1A8DA 4MWWA 1YRZA 2DVFA 3V0BA 3WCSA 1WCQA 1Z4WA 1X50A 4YM2A 4FQZA 3USUA 4WEFA 4P9WA 4YZ1A 4HZVA 1LHVA 1YIFA 3ALXA 3MEPA 2R1BA 1ULCA 3VKFC 1MS5A 1JOJA 1IVFA 4GKXA 1W6PA 2NP0A 5GLWA 3L2YA 1OKQA 3RG0A 4XDQA 1V3DA 2XCYA 1GANA 3WOGA 4QN5A 1W6MB 3FLTA 2HT5A 2ZA9A 1IKQA 2ERFA 2ZGMA 1RITA 2AEPA 1Z4VA 2UWCA 5HUNA 2QWJA 4CPZA 1YYNA 4JRAA 3AYAA 4M4UA 1MR5A 1ENRA 1LODA 4FVKA 3D5OA 1C4RA 1SBFA 3H73A 3WUCA 4LBJA 4DRVA 4AVVA 4FZHA 1PZ8A 1BXHA 4BLIA 2VUAA 1IVCA 4XHBA 3TAYA 3M3CA 4BOWA 1AXYA 5DZGA 4MJVA 3OGGA 1E8TA 3SISA 3GALA 1Z78A 2HTWA 2A70A 3WHUA 4FOWA 4M3CE 1V6IA 2WKKA 5GLTA 2DTYA 1QNYA 3TB0A 4K1YA 1UAIA 3IPVA 5H9QA 3VV1A 1ULDA 3H72A 1CVNA 5KXDA 2VK5A 4FPFA 1Q56A 2YA4A 1SFYA 4GZOA 3K38A 4C1WA 2SIMA 3R05A 3AXEA 1VIWB 4K20A 4AGRA 4WEGA 5KXCA 2A7AA 4GDIA 4YM0A 3POSA 4FVVA 4FPHA 4MX0A 4UW3A 2VSKA 4FJ6A 4BBWA 2DVDA 1LOEA 4LBQB 2ZGTA 3T1MA 1B9TA 1DLLA 1W0OA 1LJ7A 2C9AA 4AVTA 2VK7A 2D3PA 2W5OA 4FQ4A 2ZGPA 4Q1PA 1A3KA 5GM0A 2GNMA 2ZAAA 2ZBJA 5B2CA 2LTNA 3PVOA 1G9BA 3BTAA 5T52A 4YGDA 4ITCA 3B3QE 5GZGA 3R4UA 1LU2A 1V6JA 1W20A 1RIRA 1UZZA 3OYWB 4YFZA 4LBKA 1WBLA 5H9PA 1V00A 1DYKA 1LOBA 3SLIA 1NCBN 3QCWA 3GVKA 3LSDA 4XBNA 4Y22A 4UW5A 2DV9A 3ZXEA 4ISQA 2VU9A 1V3EA 5CAZA 1MS3A 2AENA 2JE9A 4DPNA 2QWBA 1C1FA 1LHWA 1L7GA 4AWDA 1IS5A 1NCAN 4Y1XA 4LBLA 4AVSA 2HTYA 1MS1A 3NWKA 4PCRA 4XILA 2WT2A 2CNAA 5FREA 1VAMA 2DUPA 2D3RA 1G9CA 1EPWA 2SLIA 3ILNA 4KS3A 4MWQA 1V0ZA 4DS0A 4QNPA 5SV8A 4HZYA 2NYYA 4XXPA 4I00A 2ZHLA 2XZKA 4GKYA 3V64A 1DQ2A 2NMOA 4XYXA 2HTVA 2PHWA 1URXA 3JU9A 5HCFA 4LBNA 1NSDA 1UX6A 2WSUA 5T54A 2OUJA 5B2DA 2JECA 3IKWA 4HANA 1SLAA 4XJ9A 1MVEA 1G9AA 2XG3A 2CYFA 1ULGA 5GJ6A 3ZSKA 1A4QA 5HUMA 1LGCA 4ZXKA 1V0FA 1EUUA 1WLWA 2YDPA 2ZACA 4XTPA 4CPOA 1IKPA 3WDTA 1JBCA 4M3CB 3SITA 1B9VA 5F9TA 4CTEA 1S0BA 2YZ4A 1XQNA 2NM1A 2D6OX 1ENQA 3HMYA 2VW1A 1MACA 1AF9A 4NCSA 5AVAA 4Y1YA 2HU0A 2W52A 4UF7A 1Z4ZA 2YDTA 5M1ZA 2ZHMA 4B7QA 3SH4A 3R4SA 2F13A 1CN1A 1N1SA 2BATA 1CR7A 1ZM1A 3B01A 1SBDA 2GN7A 3BOPA 2B8HA 4Q6KA 3WDXA 2E6VA 1GNHA 2YV8A 2F10A 2GNBA 4NC5A 1Q8QA 2ZKNA 4K1IA 1IS4A 2ZGKA 1NMAN 2JD4A 2DWRA 3D4KA 3CL2A 1HDKA 4M00A 3ZYRA 1DQ5A 5F5QA 2A6XA 2QWHA 2BQPA 2D3SA 2W39A 3MPPG 1KDKA 4XJWA 5L73A 4D69A 1G86A 2A6WA 5T55A 4X6KA 1MVQA 3WDVA 3AYCA 5GZEA 1N3OA 4LBOA 1F8BA 5GZFA 3CYEA 3HN1A 2A3YA 1DQ4A 4MJUA 3VKLA 4Y20A 1N3QA 1HQWA 2HTQA 2SBAA 5H9SA 4XJRA 2ZGOA 2W08A 1W6NA 3LSEA 5IUQA 3K3AA 2A6YA 2F0ZA 2EXJA 4CZSA 4Q1RA 4FPCA 4YGCA 1DIMA 4YG6A 1TEIA 1INFA 3W58A 4GZSA 1IOAA 3B9CA 3AX4A 4YZ3A 4CPYA 2BERA 3GVLA 3ATGA 2YMZA 2YA6A 2ZGSA 1W6MA 1SACA 2CL2A 5T5LA 1ENSA 4WZFA 1HQLA 4R9AA 3OJBA 3IMNA 3ASIA 2W68A 4BMEA 2ZGNA 3IN9A 3K37A 4CPLA 3VKOA 2OUHA 3OPZA 1AZDA 2UU8A 1INYA 2H0BA 3OY8B 5E8AA 2DYCA 4KS1A 3AZZA 5T5JA 3TIBA 1LENA 5GZCA 4J9TA 2DVAA 1VAVA 2C5DA 1LULA 5HCAA 1W6QB 2WT0A 1GZ9A 3T1LA 3WUDA 2DURA 1USXA 1SO7A 5JYYA 2EXKA 1B9SA 4U2AA 1LEMA 2F25A 2A71A 1LGBA 4X4AA 1MZ6A 2KM2A 2F27A 3WVJA 5KXEA 5IT6A 2DVBA 3Q9OA 2WT1A 2D6KA 2QWEA 4YG3A 3ZSMA 3SANA 1DYPA 1V6LA 1AX0A 1NXD1 1SLLA 4BM8A 2DU1A 3A4UA 4PBPA 1V3BA 3HR9A 2R16A 4WA3A 2VXRA 4XIKA 2R1DA 2QWIA 1NNBA 2YA8A 4MC7A 4X49A 3RMYA 3RSJA 4K1ZA 4LBQA 1AX1A 3FUQA 2EALA 2FHRA 1Q8PA 2JJ6A 1ZA4A 2GALA 2WJSA 4XBQA 4FPLA 4FPJA 3N3HA 1DIWA 4GEZA 1D2SA 1W21A 5HX0A 1N1VA 1N1TA 3DUIA 4M01A 4ATEA 1YO8A 1ULFA 1Y7BA 4YZ4A 1WD3A 1NMBN 1SLTA 1FYUA 2HT7A 1V6NA 1YI7A 2D6NA 4JCKA 3D12A 1S1AA 3AP7A 2BF6A 3LCPA 1NMCA 2PHRA 1JW6A 4YW4A 4GWMA 4LBQD 1S0EA 1AVBA 1WW5A 3FLRA 3OYWA 3TI5A 2F12A 4QN3A 4IQPA 3TI8A 1APNA 2A5ZA 2V5YA 3IPVB 4AYUA 2HTUA 1IS3A 1WW6A 1NLSA 3IM0A 2WSVA 2ZGRA 1QU0A 3PMEA 2RHPA 4QN6A 4FPEA 4TZDA 3ENRA 4H55A 3ZVXA 3GNEA 1DQ0A 4MWUA 1Q8OA 3NV4A 3RMXA 1L7HA 3SALA 1SLCA 5FRAA 4M4VA 3AJYA 4ISRA 2PELA 1F5FA 1S0GA 2NN8A 4MZEA 4K1JA 2D6PA 4W65A 1EURA 5JMCA 3V0AB 1LOGA 3WZ1A 3VUOA 1INWA 1LOCA 2DUQA 5JOXA 2EF6A 2WQZC 1FATA 1O4YA 4FOVA 5HUKA 4XIOA 4NOTA 4FPOB 3FLPA 2ARBA 2A6VA 1CQ9A 4BLJA 1UPSA 2ZB5A 2ZHNA 1JXNA 4JF7A 3B00A 2HYKA 1WLCA 4WA4A 3B7EA 4GB1A 3MW3A 2F26A 1SCRA 1SBEA 1BJIA 3M2MA 2D44A 1GZCA 1QF3A 1FAYA 5GZDA 3AZXA 1CPMA 1IVDA 1XOEA 3FBYA 4XHXA 4M3CA 4QN4A 5LK5A 4HIZA 4XXAA 1DQ1A 2P34A 5JOZA 1I3HA 1A14N 2QWGA 2G4IA 4Z8BA 2YA7A 4FP2A 3H0OA 4MWVA 4PF5A 2PHUA 4I30A 3POWA 1CESA 1WBFA 5JOWA 1UN1A 2EAKA 1C57A 1WUVA 1LTEA 3WG3A 1C1LA 4MYEA 1J1TA 3MW2A 1AX2A 2YY1A 3INAA 2UURA 1F8DA 5EWSA 1QDOA 4TYSA 4P9YA 2QWDA 5DZEA 3AYDA 4HL0A 2F28A 3RQ0A 4GWNA 4UW6A 5EXOA 3PVNA 1DHKB 1V6MA 3O0XA 3OBTA 1WW4A 1NCDN 1GLHA 4F83A 4UW4A 4DFSA 2FMDA 4B7NA 1GBGA 5IK5A 4ATFA 1N3PA 3K36A 2EXHA 2ZHKA 4MWRA 3AYEA 4XJZA 1S0JA 5DXDA 1DILA 5DUXA 2GDFA 2AGSA 2VWDA 1DBNA 3A0KA 4XJQA 3WDWA 2VSMA 3ZSLA 2B7YA 4FPGA 3A71A 1HLCA 4AGVA 3OBRA 1W8NA 1V6KA 4GZXA 1W1XA 3V65A 1QMJA 5DZFA 4C1XA 1MS4A 4GDJA 3H71A 3I8TA 3N35A 1UL9A 1CJPA 2A6ZA 4YG0A 2YA5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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