The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
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sequence length |
666
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structure length |
666
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Chain Sequence |
SAKGDGVTDDTAALTSALNDTPVGQKINGNGKTYKVTSLPDISRFINTRFVYERIPGQPLYYASEEFVQGELFKITDTPYYNAWPQDKAFVYENVIYAPYMGSDRHGVSRLHVSWVKSGDDGQTWSTPEWLTDLHPDYPTVNYHCMSMGVCRNRLFAMIETRTLAKNALTNCALWDRPMSRSLHLTGGITKAANQRYATIHVPDHGLFVGDFVNFSNSAVTGVSGDMTVATVIDKDNFTVLTPNQQTSDLNNAGKNWHMGTSFHKSPWRKTDLGLIPSVTEVHSFATIDNNGFAMGYHQGDVAPREVGLFYFPDAFNSPSNYVRRQIPSEYEPDASEPCIKYYDGVLYLITRGTRGDRLGSSLHRSRDIGQTWESLRFPHNVHHTTLPFAKVGDDLIMFGSERAENEWEAGAPDDRYKASYPRTFYARLNVNNWNADDIEWVNITDQIYQGGIVNSGVGVGSVVVKDNYIYYMFGGEDHFNPWTYGDNSAKDPFKSDGHPSDLYCYKMKIGPDNRVSRDFRYGAVPNRAVPVFFDTNGVRTVPAPMEFTGDLGLGHVTIRASTSSNIRSEVLMEGEYGFIGKSIPTDNPAGQRIIFCGGEGTSSTTGAQITLYGANNTDSRRIVYNGDEHLFQSADVKPYNDNVTALGGPSNRFTTAYLGSNPIVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Polysialic Acid-Degrading Endosialidase of Bacteriophage K1F
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ENDO-ALPHA-SIALIDASE
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Coliphage k1f
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| total genus |
139
|
| structure length |
666
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| sequence length |
666
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.129: Endo-alpha-sialidase. |
| pdb deposition date | 2004-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12195 | End_beta_barrel | Beta barrel domain of bacteriophage endosialidase |
| A | PF12218 | End_N_terminal | N terminal extension of bacteriophage endosialidase |
| A | PF12219 | End_tail_spike | Catalytic domain of bacteriophage endosialidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Endosialidase, N-terminal extension domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Endosialidase, domain 4 | Endosialidase, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1V0F A; 4MZA A; 1Z4W A; 4XJR A; 1MZ6 A; 1NSC A; 4WEF A; 4YW4 A; 1V2I A; 2QWE A; 1F8D A; 2AGS A; 1W8O A; 2VSM A; 3GVK A; 1SO7 A; 4MZE A; 5CDF A; 3ZIA A; 1S0J A; 4K1H A; 4YZ3 A; 4X6K A; 1I8D A; 1INF A; 4E0F A; 2F24 A; 4J9T A; 3TI4 A; 1DIL A; 1USX A; 4MWV A; 3TIA A; 5HUN A; 1MS5 A; 3O9K A; 4H52 A; 3NSS A; 2F27 A; 3SAL A; 4FOY A; 4M4V A; 1IVC A; 4SLI A; 1EUS A; 4FVK A; 4I00 A; 2HTY A; 1MWE A; 1N1S A; 3SLI A; 2YA6 A; 4B7N A; 1NSB A; 1V3E A; 2XOK A; 2BZD A; 3GVJ A; 1WCQ A; 1B9S A; 1B9V A; 1COW A; 4CPM A; 3JU4 A; 2F10 A; 1NMA N; 2HU0 A; 4CPY A; 1L7F A; 1IVF A; 4KS3 A; 2AEQ A; 4NC5 A; 2HTU A; 4XJW A; 2F29 A; 1I18 A; 4X47 A; 1E1Q A; 4GZT A; 3OFN A; 4XMI A; 4MC7 A; 4MJU A; 1S0I A; 4MWJ A; 1KIT A; 2C4L A; 1E8V A; 2QWJ A; 3K36 A; 4TT3 A; 2V7Q A; 2F26 A; 2X9M A; 4YZ5 A; 4FJ6 A; 4WA4 A; 4FPL A; 1ING A; 1NNB A; 4GZQ A; 4K3Y A; 3OPZ A; 1E1R A; 1Z4Y A; 1N1V A; 1W0J A; 1EUT A; 2XZI A; 3FKS A; 1DIM A; 3GVL A; 4FPY A; 1INW A; 1F8B A; 1KZL A; 2F11 A; 3DDY A; 1NN2 A; 1SKY B; 3H71 A; 4FP3 A; 4QNP A; 1NBM A; 2YDT A; 4FOV A; 3CL2 A; 3NN9 A; 3A3G A; 4GDI A; 4XHX A; 7NN9 A; 3PJQ A; 4KS2 A; 2HTW A; 2JIZ A; 1L7G A; 1INV A; 4GZW A; 4XJ8 A; 1NSD A; 3TI5 A; 5B2D A; 4GZS A; 2FHR A; 4XIL A; 4D8S A; 4YW2 A; 3TIC A; 3OEH A; 2JKB A; 2W5O A; 2ZB5 A; 1L7H A; 4M3M A; 4HZX A; 4FQ4 A; 1A4G A; 4GB1 A; 5JYY A; 2YDP A; 1SLI A; 4JF7 A; 2VSK A; 1Z4X A; 4MWR A; 4XD7 A; 4GEZ A; 4MJV A; 3ALW A; 4Q6K A; 5M1Z A; 1B9T A; 4GJT A; 1A4Q A; 1IVG A; 1W0K A; 2SIM A; 5HKK A; 4YW1 A; 4XOG A; 4MWW A; 2F43 A; 2QWA A; 2QWG A; 2VW2 A; 4FPG A; 1NMC A; 1V0Z A; 2C4A A; 2WPD A; 3W09 A; 1E8U A; 4XJQ A; 4K1K A; 4K1I A; 1EUR A; 1W21 A; 4MWL A; 2VWD A; 3OAA A; 4DGR A; 3K37 A; 2B8H A; 4XMA A; 4MWU A; 2A75 A; 1MZ5 A; 1VCJ A; 3BEQ A; 2BAT A; 1MS1 A; 3CL0 A; 4GDJ A; 4H53 A; 4XJU A; 1MR5 A; 1H8E A; 1VCU A; 4FP2 A; 1H8H A; 4FPH A; 5F9T A; 2HTR A; 1HZE A; 4YZ2 A; 1BJI A; 2W5N A; 4XYX A; 1KMH A; 1E8T A; 1EFR A; 3H6J A; 1MS0 A; 5NN9 A; 1W0P A; 2ZB6 A; 5FL7 A; 3B7E A; 2SLI A; 2XZK A; 4B7R A; 2VW0 A; 4CPZ A; 2HTQ A; 4XJZ A; 1F8C A; 3ALX A; 4B7M A; 1F8E A; 1XOE A; 3TI3 A; 2JDI A; 1MS8 A; 3OE7 A; 3CKZ A; 2HT8 A; 4HZW A; 5IK2 A; 2CML A; 4X4A A; 2YA5 A; 1INY A; 3A35 A; 2XCY A; 1WCS A; 3OEE A; 1V3B A; 3A72 A; 1NCB N; 4FPE A; 2AEP A; 1Z4V A; 4BBW A; 4GZX A; 3D12 A; 3H72 A; 4XIO A; 2JJ2 A; 1NCA N; 4MWX A; 2QWD A; 1XOG A; 2QWH A; 2BF6 A; 1MS3 A; 4YXW A; 3GQB A; 4FOQ A; 4FPK A; 4WA3 A; 1FX0 A; 1W0O A; 3GW6 A; 1NCC N; 5DN6 A; 2XZJ A; 4MWQ A; 4GQN A; 4M4U A; 3TIB A; 1N1Y A; 1NNC A; 4FZH A; 3SAN A; 1MS9 A; 4YW5 A; 4MX0 A; 4X49 A; 1MAB A; 2F12 A; 2W38 A; 4XE9 A; 4QN4 A; 1INX A; 1NMB N; 3TI6 A; 4GZP A; 4XJA A; 4ASU A; 2HT7 A; 2HTV A; 3SIL A; 4TSF A; 4QN3 A; 4XHB A; 2QWC A; 4WEG A; 3T1E A; 4GZO A; 1EUU A; 2W6J A; 2AH2 A; 4NCS A; 5HUM A; 1IVB A; 3A3B A; 4Z1M A; 2XND A; 1USR A; 2QWI A; 4YW3 A; 3K38 A; 1SNT A; 4HZV A; 1IVE A; 1BMF A; 1NCD N; 2VVZ A; 3O9J A; 4XJ9 A; 4UF7 A; 1V0E A; 2QWF A; 2W6I A; 4KS5 A; 2QWK A; 2SIL A; 4NN9 A; 5HX0 A; 4HZY A; 4KS4 A; 2WSS A; 2F25 A; 2F28 A; 2JJ1 A; 4WA5 A; 2F0Z A; 1OHH A; 2QWB A; 4FPJ A; 2CK3 A; 2VK7 A; 2HLD A; 2HU4 A; 2QE7 A; 4QN5 A; 4B7J A; 1N1T A; 4MWY A; 1NNA A; 2F13 A; 1A14 N; 5HUK A; 1PKV A; 2R9V A; 3CYE A; 4YZ4 A; 4QN7 A; 4YZ1 A; 4FXU A; 3K39 A; 1W1X A; 2VK5 A; 1W20 A; 4CPL A; 1Z4Z A; 3D11 A; 4FPO B; 4KS1 A; 2YA4 A; 4B7Q A; 4M4N A; 1IVD A; 3K3A A; 2VW1 A; 4CPO A; 4FPF A; 6NN9 A; 1W8N A; 1INH A; 5B2C A; 3A71 A; 1MS4 A; 4CPN A; 4XIK A; 4HZZ A; 3INB A; 5HUG A; 4K1J A; 1V3C A; 4HIZ A; 2YA7 A; 4G6I A; 2HT5 A; 1SLL A; 2BER A; 1E79 A; 2W20 A; 2RKC A; 2VK6 A; 3H73 A; 3TI8 A; 4FPC A; 1V3D A; 2YA8 A; 4FOW A; 3VR6 A; 4QN6 A; 3B69 A; 1Z50 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GJR A; 1G7R A; 1MZ6 A; 3HLI A; 1AIP A; 3J81 k; 2VSM A; 4DNR B; 1SO7 A; 2V4D A; 3BY1 A; 3FPK A; 1N07 A; 3KL9 A; 2HDN B; 2GHS A; 3W5U A; 2RRL A; 2B7B A; 1USX A; 5HUN A; 3IHA A; 3NSS A; 3T51 B; 1X2R A; 3BNW A; 3AVY A; 1R5O A; 4ZV4 A; 3SAL A; 4JML A; 1CNE A; 2GK7 A; 4RD3 A; 4JMQ A; 2ISM A; 1IVC A; 4XR6 A; 4Y7C A; 1SUU A; 2HTY A; 2VYQ A; 1M90 D; 1MRZ A; 2YA6 A; 4LBW A; 2XOK A; 1T6Z A; 1WCQ A; 2WZP P; 2WJV A; 2DCU A; 4RLZ A; 4YAU A; 4AH4 A; 2F10 A; 2VBV A; 3E5Z A; 2DER A; 2XNC A; 2BSA A; 2AS0 A; 2WR8 A; 5FIU A; 4KS3 A; 4AHA A; 4XJW A; 4CSD A; 2F29 A; 1I18 A; 4MC7 A; 2POO A; 4MJU A; 1V04 A; 3K36 A; 3R6K A; 2DG1 A; 4DMG A; 2V7Q A; 2X9M A; 3LKL A; 1JA1 A; 3MOG A; 3CP8 A; 1Q81 D; 5KSW B; 1E1R A; 4WZK A; 2XZI A; 5IYR A; 3GVL A; 1H6L A; 2BM0 A; 1KC8 D; 1KZL A; 4G7W A; 2ZO9 B; 1NBM A; 4X07 A; 3NN9 A; 3A3G A; 4GDI A; 4XHX A; 4KS2 A; 3AGQ A; 3KYA A; 4XJ8 A; 1NSD A; 5B2D A; 3AMR A; 4EH1 A; 5BSY A; 1N06 A; 4XIL A; 3TIC A; 3CRZ A; 2W8B A; 3LQ6 A; 4II3 A; 2C4T A; 4M3M A; 1A4G A; 1SLI A; 4X05 A; 4MWR A; 4GEZ A; 2PLF A; 4DQL A; 1IVG A; 3FJO A; 4YEJ A; 1HVX A; 3SOQ A; 1EXM A; 1KK2 A; 4MWW A; 2F4N A; 2QWG A; 2VW2 A; 4FPG A; 4ASC A; 4TMZ A; 1NMC A; 4ZLR A; 4TMV A; 4DGF A; 4XOR A; 4XJQ A; 4PC2 A; 3KGG A; 4RPD A; 3ZGC A; 1EUR A; 4MWL A; 3I55 B; 1VF7 A; 2ZZF A; 2B8H A; 4MWU A; 2A75 A; 1VCJ A; 3BEQ A; 4UZF A; 1ZUN B; 4RCY A; 2ZOA A; 1H8E A; 1VCU A; 1Q86 D; 1H8H A; 5F9T A; 2GRE A; 3AVX A; 2HTR A; 1HZE A; 1ZM3 A; 4YZ2 A; 2G8S A; 1KMH A; 1MS0 A; 5NN9 A; 1W0P A; 2ZB6 A; 3B7E A; 4B7R A; 2X6Y A; 1F8C A; 2ZBV A; 3ALX A; 4CHB A; 3BYC A; 3QDQ A; 1YLO A; 2GVV A; 4HZW A; 2CML A; 2FLU X; 4GNA A; 3OEE A; 1NCB N; 1VQP B; 4B4D A; 2X3U A; 2IAS A; 1EFC A; 2IAV A; 5AN9 A; 1H42 A; 3H72 A; 2QWH A; 2V31 A; 4YXW A; 2FX3 A; 2C2W A; 1KTV A; 4N3N A; 4DG6 A; 4FPK A; 4L7B A; 2B5O A; 3GW6 A; 2CF4 A; 2RC6 A; 5FA6 A; 1T6X A; 3CCJ B; 2XZJ A; 4Q7J B; 4MWQ A; 4GQN A; 4P25 A; 3WXM A; 3AMS A; 4M4U A; 1N1Y A; 2DIE A; 1NNC A; 3SAN A; 1R5B A; 3CD6 B; 1W9X A; 4X49 A; 1SKQ A; 2F12 A; 3V64 C; 3Q6Q A; 4XE9 A; 3VO2 A; 4ROX A; 1INX A; 3CP2 A; 1NMB N; 4XLE A; 1UMK A; 3FPP A; 3WNB A; 4XN0 A; 1DAR A; 3WWA A; 2QDX A; 4GZP A; 4XJA A; 2GVX A; 4ASU A; 3D26 A; 2HTV A; 5BSX A; 4TSF A; 2PMD A; 2VNJ A; 3CTA A; 4GHN A; 1W87 A; 1E1A A; 5D9C A; 4UZU A; 2DEU A; 1EUU A; 1YJW B; 2AH2 A; 2OBR A; 4NCS A; 4CH9 A; 3L6V A; 5HUM A; 4AGI A; 4Z1M A; 1QVG B; 2XND A; 2OYN A; 2QWI A; 3K38 A; 2KLN A; 2XEX A; 3PA1 A; 3CMM A; 4RDL A; 2VVZ A; 2QWF A; 3QSY A; 1ZGK A; 4KS5 A; 1TIL B; 4XOP A; 1ZM2 A; 3ZGD A; 2ZZE A; 2WSS A; 1I7P A; 2JJ1 A; 2F28 A; 4WA5 A; 2FPC A; 3IH8 A; 3QFC A; 4G1V A; 2J7K A; 1X2J A; 2HLD A; 3F43 A; 4GN7 A; 3S8V A; 2C5H A; 1NNA A; 1RQP A; 1PKV A; 3ASS A; 1N6E A; 1FNM A; 4HE5 A; 3B78 A; 3T6O A; 4FPO B; 4KS1 A; 4XS5 A; 3LO8 A; 4X7D A; 3RY8 A; 3ONU A; 2WOZ A; 2IAU A; 4B43 A; 4FPF A; 3VNH A; 4ZCI A; 1W8N A; 2X53 S; 3A71 A; 1C5K A; 3WQZ A; 4K1J A; 4HIZ A; 2YA7 A; 2HT5 A; 3SOB B; 5GX4 A; 2VK6 A; 4FPC A; 2BGJ A; 3BQJ A; 4TMW A; 4Z4Z A; 3R6J A; 3FW0 A; 3B69 A; 1BPL A; 1Z50 A; 1T5E A; 3V1S A; 1V0F A; 1Z4W A; 4WEF A; 1F8D A; 2AGS A; 1OB5 A; 2IAT A; 1W8O A; 4OPV A; 3GVK A; 1GAQ A; 4YZ3 A; 4K1H A; 3OZV A; 4X6K A; 3GIR A; 1I8D A; 4IQK A; 4J9T A; 2IAR A; 3TI4 A; 4MWV A; 3TIA A; 1MS5 A; 2HMA A; 4H52 A; 3TC9 A; 5EUU A; 4DK0 A; 2GPJ A; 4UOU A; 1HF2 A; 2F1M A; 4HHO A; 4FOY A; 1UD8 A; 4C1Y A; 2V7V A; 4SLI A; 3NE5 B; 4FVK A; 4PWZ A; 2ZL6 A; 2CW5 A; 4ZY3 A; 1N1S A; 3NO0 A; 5EO7 A; 3SLD A; 4AGT A; 1NSB A; 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