4FPEA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpeA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpeA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpeA02
2D43A 1A78A 1WW7A 2DVDA 3TIAA 1MS3A 3D6EA 1IS6A 5GLTA 4JCKA 2QWHA 2JDZA 1NMAN 1GNZA 2UWBA 1FV2A 3O0XA 4PBOA 3TICA 3OGGA 4PQ9A 2PHFA 4R9BA 3ZVXA 1AF9A 1INFA 3OJBA 4D69A 1HKDA 2EALA 3LSDA 3AZWA 1Z50A 2YY1A 3H6JA 1OFSA 3AZZA 1IVGA 2W5NA 3NV2A 4K1JA 4GJTA 3V0BA 1G8WA 4DPNA 2AENA 5T50A 2YA5A 3WVJA 4GALA 5IUQA 4BPZA 4FOWA 5E89A 1AJOA 2ZB5A 1BZWA 1LGBA 4TYSA 4AGGA 2ZHNA 5KXEA 1INYA 5KXDA 2YZ4A 5DZEA 3N35A 1GV9A 2F29A 5T54A 4ZKTB 3AYCA 5DZGA 2BF6A 5GZEA 2I2SA 3BEQA 2DUPA 1EURA 4CPYA 1NNCA 1UX6A 2VW0A 2ZHLA 3NV3A 1N47A 3O9JA 2YDTA 2DUOA 1DGLA 3UJQA 2QWJA 2JKBA 4GWNA 4YGCA 4KS1A 3PVNA 4XIKA 4GZPA 3WDUA 3AXDA 1BJIA 1MACA 1ULEA 2ZABA 1OQ1A 3CKZA 1DQ5A 2JD4A 2DTWA 4DGRA 2A70A 4WEGA 1MZ6A 4C1XA 3QLQA 2BQPA 4BBWA 1EUSA 5F5QA 4M00A 4Z8BA 2AEQA 4Y24A 3DUIA 1S0DA 2YA4A 3D5OA 2WNEA 4W65A 4D8SA 5GZDA 1LHNA 1DLLA 3TI5A 1MZ5A 1URXA 2ZACA 3AP9A 3INBA 4Y1YA 2YDPA 1UAIA 4YM1A 3FFZA 4B7QA 2GMPA 4YW3A 4YM0A 3AFKA 4B7RA 3ALXA 5F9TA 1KRIA 5JOXA 2EIGA 4RL7A 2A3YA 1S0JA 2BATA 4Q26A 3N7LA 1DYKA 4YW1A 4Y22B 3USUB 2DU1A 1CQ9A 1YI7A 3GVKA 4MYEA 3K36A 1V3DA 3O0VA 3ASIA 2QWCA 4Q6KA 4R9AA 1GZWB 4GZTA 3U4XA 5JYYA 1CJPA 1JUIA 1CIWA 3FLRA 3HN1A 5CBLA 1LU1A 4CPOA 5JVVA 4AWDA 1LODA 1INWA 4MX0A 1QGLA 4Q8LA 1SLLA 3AYDA 3JU9A 1V2IA 1PZ8A 3O9KA 4XXAA 3BODA 3B69A 2FMDA 1AX0A 1D2SA 4P9YA 1WLDA 1W20A 4WA3A 3WG3A 1YIFA 2ARXA 3IMNA 1LENA 1W8OA 4GZQA 1Y7BA 1MS8A 1EUTA 2X9MA 1HLCA 4K1IA 1LGCA 1W6QB 1W6PA 5CNAA 1SBEA 4MJUA 4J9TA 2HYKA 3O5SA 1SLCA 4DRVA 1JYIA 1V6MA 2KM2A 2ENRA 1SBFA 3ILRA 2V5YA 1RINA 4MWVA 1LESA 4DQAA 2UWAA 2D7FA 2R1DA 1JBCA 4XJQA 5DUVA 3LCPA 1SCSA 4WVWA 1INGA 4BM8A 2YV8A 5IK7A 4BLJA 1WLCA 1NSBA 4BOWA 3FUQA 2HTRA 2ZGSA 1CN1A 2WQZC 3L2YA 2JJ6A 2P3KA 3W09A 1TEIA 5JMCA 4MWLA 1UPSA 2E7QA 5GLUA 3I4IA 2D6KA 5FRAA 2R1BA 4CPZA 1H9PA 3V65A 4GEZA 1S0BA 3KM5A 4MWQA 3HMYA 2YA8A 4NCSA 1G86A 4PBPA 2EF6A 3OYWB 4NO4A 5KXCA 3T1MA 2F26A 1LECA 3D4KA 3SALA 4I00A 4XTMA 5JOYA 2SBAA 1HQLA 3TI8A 1QDCA 4YG0A 4FQZA 2V73A 4ITCA 1E8UA 4U36A 1CONA 1CR7A 4NC5A 1V0ZA 1LCLA 1QU0A 1Z4WA 1V0EA 4K3YA 4XMIA 4YZ1A 3RMYA 2D6LX 3ILFA 2HU0A 4FPKA 2BZDA 4MWUA 1UL9A 4WV8A 2ZKNA 4UW3A 4WA4A 3FLTA 2YXSA 3AK0A 1Q56A 2CL2A 2NMNA 1CESA 5JOWA 4WVVA 4M4NA 1NXD1 2EAKA 4GZOA 2EXKA 4LBQA 2P34A 2P2KA 5H9SA 4B7JA 3V0AB 2WJSA 4FPCA 1SO7A 2XZJA 4M3MA 3ZXEA 4XJZA 2A75A 3UL2A 3PVOA 1FNYA 4BQ1A 1B09A 2YROA 4AVSA 5DZFA 1B9SA 1S0IA 2OUJA 4XXPA 1DZQA 4M01A 1MS0A 1JHNA 4JRAA 1N3PA 3A71A 2OUHA 4YZ4A 3FLPA 3SH4A 1SLTA 1FX5A 2D44A 4AGRA 2F10A 4HZWA 4XHXA 1WD3A 3TB0A 4FPFA 4Y20B 1SFYA 3KQRA 3A0NA 1NSDA 1WW5A 2JE9A 1S0GA 1S0FA 1UMZA 3HR9A 1C4RA 3ZSMA 2WSUA 4HANA 1KDKA 4ISQA 1DILA 5AVAA 2ZZJA 1O4YA 1Z0HA 3N7JA 1HDKA 1RIRA 5T55A 4AVVA 3T1EA 4QN6A 1W6OB 3WCSA 2VSKA 2E7TA 1IVEA 1G9DA 5HUNA 1QNYA 4FP2A 1C1LA 3AZYA 3R4SA 1Q8PA 3M3OA 5EXOA 3IN9A 2ZMKA 3NV1A 4OZXA 5M1ZA 1S0CA 4FVVA 1O4ZA 4C1WA 2CYFA 1LOAA 3RSJA 1HQWA 1WLWA 1BYHA 5GLZA 2HU4A 1GKBA 1Z4XA 1CPNA 1DBNA 1AXZA 2ZGUA 4FQ4A 4FVKA 1INVA 1QOOA 1WBLA 1U0AA 3RQ0A 3POWA 1LULA 2P3JA 4GA9A 1YO8A 1GNHA 4QN7A 1GICA 3GNEA 2A6VA 4FPJA 2VW2A 3AYAA 2A6WA 2A6XA 4QN5A 4M3CB 2WSVA 2RHPA 3RG0A 2VU9A 1SNTA 4MWJA 1MS4A 4XILA 2E51A 3B3QE 3WDTA 4XMAA 1LEDA 2F28A 4MZEA 3WUDA 1LEMA 3IPVB 4HZXA 1DQ6A 2GNBA 4M3CF 4IQPA 3WDXA 3D12A 4HL0A 4B7MA 4LBKA 1IKQA 4CRQA 2D6OX 3OBTA 4FJ6A 4KBBA 1RITA 1NNBA 4M4VA 4HZZA 4P9WA 4YGEA 1UZZA 1X50A 4JC1A 1W6MB 3BTAA 5GZFA 5DG2A 2DVAA 5HCFA 5T5LA 1GSLA 3AP4A 2VY0A 2YA6A 4MJVA 1VIWB 3H71A 4MWRA 2A3WA 1IKPA 4YLZA 1N1VA 1ENSA 2FHRA 2HTVA 1IS5A 3ILNA 1N1SA 3K3AA 2ZB6A 1L7GA 1D0HA 2OVUA 1S1AA 4FOYA 1Z4VA 2D3RA 1A3KA 1WCSA 2A6ZA 4P9XA 5GALA 2E53A 2D6PA 1QKQA 1ENQA 2ZMLA 5EYXA 2ZGOA 3VKOA 2SLIA 4Q1PA 4X49A 5DXDA 1EUUA 1BKZA 2XG3A 2C5DA 4UW6A 3IKWA 3TIBA 3CYEA 3AJYA 3WG4A 4H53A 4YW2A 2W38A 1SCRA 5HUKA 4XBNA 1MR5A 2YA7A 1IOAA 1NCBN 2VK7A 2Z42A 4R9CA 1NMBN 2R16A 3WHUA 1H9WA 7NN9A 1GYKA 1LOFA 4SLIA 2SILA 4UF7A 1QF3A 3WCRA 1H30A 1OKQA 2QWBA 2QWEA 1ULCA 2DWRA 4WA5A 4LBMA 3WZ1A 1USXA 2EXHA 2VH9A 1GLHA 3M3EA 4LBJA 2ZGKA 2NN8A 1GZ9A 1L7FA 1Z78A 1LGNA 5HUMA 4AGVA 1AXKA 4XHBA 2AR6A 4XJ9A 2W68A 2GNMA 1Q8SA 5H9PA 3SILA 2W08A 1F5FA 2AEPA 3VKMA 3WG1A 4ATEA 3V0BB 1QDOA 2EXIA 3VUOA 2XB6C 4GWMA 3ZPYA 4HZVA 1ENRA 1YYNA 3R4UA 1LOCA 2GN7A 2NM1A 1E8TA 1W6OA 2GNDA 1GZCA 2F13A 1B9TA 1R1ZA 4M4UA 1LOBA 2B8HA 1JW6A 1UKGA 1FATA 5EWSA 3I8TA 3WV6A 5E88A 1IS3A 4YW4A 4XYXA 3O0WA 4XJAA 4UW4A 1FNZA 2NYYA 3OY8B 1QMJA 2A71A 4MWWA 1ULFA 3AYEA 1LTEA 1LU2A 5EYYA 2P3IA 2PHUA 2ZHKA 3Q9OA 2F27A 2F0ZA 2Q5TA 5E8AA 2VK6A 2A7AA 4GZXA 5GJ6A 2HT7A 1VCJA 4NOTA 1WW6A 4FOVA 2GDFA 3AP6A 3AZVA 4M3CA 2ZGQA 4XDQA 2R0FA 3WUCA 1IVFA 1Q8VA 3R05A 2F11A 4JF7A 4YGDA 1GANA 3SITA 4YZ5A 4BMBA 1N3QA 2A3XA 5T5OA 4Y1ZA 1A8DA 1BJQA 1PZ9A 5T52A 3B7EA 1UZYA 3WOGA 3MW3A 1USRA 1SLIA 5GZGA 3VV1A 1ZM1A 2CY6A 5IT6A 1W21A 3SH5A 1QOTA 3UK9A 4YGBA 4Q8KA 4Q2FA 1VALA 4CPLA 3WG2A 3VKNA 4F83A 4WEFA 5SV8A 2CWMA 4CPNA 4K1KA 1CPMA 1V3EA 1I1EA 3DGTA 3OBRA 2PELA 4HZYA 2R49A 1YXWA 1FAYA 5HCAA 4PCRA 4Y1UA 2LALA 4P14A 2ZMNA 4XZPA 5DUWA 4YFZA 3WDVA 3WLUA 2ZGMA 1XQNA 4Y26A 1F8DA 3CL2A 4NN9A 1DQ1A 4AVTA 3JUUA 5B2DA 2PHXA 3T2TA 1QOSA 4WZFA 4Q27A 1PZ7A 4YG3A 4Y22A 3USUA 4YFWA 4K1YA 4GB1A 4M3CE 3ZSLA 1GZWA 4AYUA 4FPEA 4XJRA 3SNMA 4FPLA 3CL0A 4X47A 4KS3A 2DURA 2SIMA 2AH2A 4LBNA 1W6PB 4BLIA 3PJQA 3ZXFA 1W0PA 2DVFA 2HTQA 1AJKA 1INXA 1NCCN 2VVZA 1AVBA 5CB7A 2D3PA 5HCBA 1W8NA 3M3CA 3BOPA 1A4GA 1VAVA 2HTUA 1I3HA 1DQ0A 1C57A 3N36A 5T5JA 1V00A 2QWDA 3IM0A 1WW4A 2WT2A 5IK8A 1V6LA 1SACA 4YZ2A 2QWFA 1FV3A 1UN1A 5HUGA 3NWKA 4YZ3A 1DQ2A 3RRDA 2DUQA 1DIWA 4UW5A 2CTVA 1V6KA 2UWCA 3B00A 1W6QA 3H73A 3V64A 1W6NB 5DUXA 1V3BA 1DYPA 4PF5A 4I30A 1C1FA 1Z4YA 3C2UA 4XOGA 2F12A 1E8VA 1F31A 3GVLA 2PHRA 2C9AA 2UU8A 2XZKA 4TZDA 3OPZA 2ZAAA 4L8QA 5FREA 1S0EA 1N1TA 1Q8OA 2A6YA 2OW4A 1XOEA 3B01A 1Q8QA 2VSMA 4QN3A 1JOJA 4BMEA 1G9CA 2QWKA 4H52A 3ZYPA 4B7NA 1V3CA 2UURA 1WBFA 2XCYA 1V6NA 2DV9A 2TEPA 3OY8A 1YRZA 2C4AA 3H72A 2AUYA 2WLQA 1SBDA 1V6JA 4FPYA 2QWIA 1F8BA 5T5PA 1NLSA 1ULDA 2WT0A 1VAMA 3ZYRA 3ZSJA 1NSCA 1KJLA 3A72A 2ZGRA 4U2AA 5CA6A 3POSA 1LOEA 1MVEA 3OYWA 3SLIA 4Y1VA 4ASMB 5JOZA 3AJZA 4XBQA 2DU0A 1MS5A 2E6VA 4LBQB 3UJOA 3AP7A 5GZCA 1AX2A 3W58A 3SANA 2RKCA 4HIZA 2ZBJA 4XE9A 1ONAA 3POYA 2VUAA 4K21A 4FPOB 2HTYA 2XZIA 5BYNA 5H9QA 2WKKA 3K37A 5DUUA 2CNAA 4CZSA 2DYCA 3CNAA 4MWYA 1EPWA 4FPGA 1G9BA 4MC7A 4XJUA 4X6KA 1QNWA 1J1TA 4XBLA 5HX0A 1LHUA 1KQRA 2QWAA 2DVGA 4R9DA 1DQ4A 2EXJA 3O12A 2GMEA 2CWSA 1KITA 2ES3A 3H0OA 1AZDA 1WUVA 4RA0A 3TI6A 2ARBA 3V0AA 5KXBA 1AXYA 1VLNA 3LSEA 1F8EA 3SH3A 3ATGA 2W5OA 1N1YA 3APBA 2JE7A 3M2MA 3B9CA 2W20A 1ULGA 4KS5A 2DTYA 4GKYA 3JU4A 1W0OA 3D11A 2H0BA 2QWGA 5IK5A 5JDBA 1NCDN 2GN3A 2HTWA 3K38A 1WCQA 3NSSA 3W59A 2VW1A 5GLVA 4FZHA 1IVDA 3M3QA 3TAYA 2AYHA 3NV4A 2W39A 2GMMA 4Y20A 5JLVA 1KDMA 4LBOA 4Q1RA 3GVJA 2R0HA 4XJ8A 3N7MA 4H55A 1V6IA 2VXRA 1BXHA 4ZXKA 4GKXA 3MPPG 3K39A 1ZA4A 4YG6A 1G9AA 6NN9A 5LK5A 1NMCA 4ATFA 1LHWA 4LBLA 2D6MA 3WDYA 2G4IA 4GDJA 4FP3A 2NP0A 1NN2A 3WHTA 4YM2A 1IVCA 5DG1A 2CMLA 1JXNA 4XTPA 1LHOA 3A0KA 2DVBA 2LTNA 1Z4ZA 2F24A 4ISRA 1DIMA 3ENRA 2NMOA 3MW4A 1NNAA 2VWDA 4X4AA 2JECA 1N3OA 4K1HA 5IK4A 1SLAA 2D3SA 1W6NA 2PHWA 3AZXA 2ZHMA 1MS9A 1LOFC 5H9RA 5B2CA 2WT1A 2C4LA 3M1HA 1INHA 3AXEA 1MS1A 3SISA 1JN2P 1APNA 1MWEA 3TI4A 2AREA 1NCAN 2P37A 4FOQA 2HT8A 1F9KA 3ZXJA 3T1LA 2ZGPA 4YW5A 1L7HA 1WD4A 2D6NA 3VKLA 4KS4A 1W1XA 3PVEA 4XIOA 3A4UA 1AX1A 2HT5A 3RS6A 3IPVA 5GLWA 2W52A 1CVNA 4GZSA 2AGSA 4MZAA 2PHTA 1SLBA 1A4QA 2GNTA 3GALA 4DFSA 3BIWE 3TI3A 3ALWA 4CPMA 1IVBA 2VK5A 1W6MA 3WNXA 4GDIA 3MW2A 5L73A 1IS4A 2GALA 4K20A 1VCUA 3ZXKA 4DRRA 4MWXA 1B9VA 5NN9A 1GBGA 5GM0A 3MEPA 2F25A 1G9FA 1LOGA 4LBQD 1DHKB 4CTEA 4XJWA 3ZSKA 2ZGTA 3VKFC 4KS2A 2YMZA 5CAZA 1XOGA 1MVQA 1F8CA 3WDWA 3PMEA 4QN4A 3FUOA 4FPHA 4GZWA 3N7KA 1DFQA 3AX4A 4Y1XA 2ZA9A 2B7YA 1A14N 2ZGLA 2NZ9A 3FBYA 1V6OA 4GXLA 1V0FA 3INAA 2A5ZA 2BERA 2ERFA 2ZGNA 3QCWA 4YM3A 1KJRA 4DS0A 4QNPA 3AP5A 1FYUA 1LHVA 1LJ7A 4K1ZA 3NN9A 3ZXLA 1JYCA 1G7YA 3RMXA 1BQPA 3N3HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D43A 1A78A 1WW7A 2CHHA 2DVDA 3D0SA 1J3PA 4Z82A 4AHXA 1CQ1A 3TIAA 3WN7A 3RZKA 1H6XA 1MS3A 3OPWA 4H7MA 5C5UA 5FPXA 2BNMA 3I3EA 3D6EA 4I0BA 5DAVA 4JMLA 1IS6A 3C7GA 4AEDA 1XC6A 3O1OA 5GLTA 3URFA 2XVGA 4OFGA 4JCKA 1AL23 1YJLA 2QWHA 2JDZA 4DUVA 3NJVA 4IERA 3I2GA 1GZTA 2BWCA 1O3SA 2XJVA 1NMAN 4TN7A 1GNZA 3WY6A 2UWBA 1BVP1 5I8SA 3HWJA 1FV2A 4OCTA 2FLUX 1JZ8A 4EN0A 2HWB3 3A22A 3N9QA 3O0XA 4KWKA 1TMF1 2DFCA 4M4RA 4PBOA 3O1TA 4QPIA 1IGOA 3VBOC 3TICA 3ES1A 4XFHA 4IESA 3IBMA 3VBHA 3OGGA 2YYOA 4PQ9A 2WNUC 1AR82 2PHFA 2XJUA 3D3AA 3FHIB 3PUSA 4J25A 4JGZC 4R9BA 3ZVXA 4FT8A 1AF9A 2JENA 4BHPA 2V91A 1ASJ1 1INFA 4L7DA 2XUEA 4LLOA 5FMBA 3OJBA 4OUEA 1K45A 1W2UA 1HKDA 1ST8A 1X33A 2OIIA 3LEMA 3GZUC 4ASLA 2EALA 3LSDA 4C8DA 3AZWA 4K8FA 1LAJA 1Z50A 1N6FA 4DUWA 2JKXA 2YY1A 3POGA 3C8XA 3H6JA 3OG2A 3RNSA 5ANNA 1OFSA 4LK6A 3TEYA 3N4MA 5FY0A 1RXGA 5C8CC 3RZMA 5AC91 3AZZA 4MLOA 1IVGA 2XVKA 3O14A 4HVQA 2W5NA 1QH6A 1STMA 3ETPA 3NV2A 4LULA 3S7IA 1PO12 3OUHA 2QJVA 3VBSB 2XONA 2HLEA 4GJTA 5F5IA 1G8WA 4BQ5A 3V0BA 4DPNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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