4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase, NanC
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
1EURA 4YLZA 4M3CF 4PCRA 2NMOA 4ITCA 2DURA 2VWDA 4P9YA 5HCAA 3WUDA 1PZ7A 1CPNA 4K1YA 2TEPA 1JHNA 2DUOA 4YFZA 1LU1A 4NOTA 3INBA 4GZXA 4FQ4A 4KS1A 1IVGA 4GZPA 1GZ9A 2E7QA 2BQPA 5H9RA 5IK4A 1SO7A 2F13A 1Q8OA 1WW7A 3TI5A 2JJ6A 1LEMA 3T2TA 5KXEA 1D0HA 2UWBA 4P9XA 2XZKA 1F8BA 1G9CA 4WA5A 5LK5A 1AF9A 2DV9A 1S1AA 1H9WA 4WA4A 4LBQB 5T55A 4Y22A 1FAYA 4ATEA 1VALA 4K21A 4H53A 2D6PA 1FV3A 3SALA 1W6MB 4XDQA 2CNAA 3POSA 4LBQD 1SFYA 1IVDA 2P34A 3SH5A 4CPZA 1Z50A 3A0KA 2YY1A 3NWKA 1VCUA 1WUVA 5JMCA 1ZM1A 4LBJA 2QWGA 3O9KA 3N36A 1WW5A 1VAMA 1IVEA 4FOYA 2WKKA 4HZWA 4FPHA 1NMBN 2BATA 3ILRA 1QMJA 2DVGA 4Y1VA 1W20A 5B2DA 2R49A 1JYIA 2Z42A 4W65A 1DILA 2WQZC 4FPGA 2HTRA 4XXAA 3NV3A 2CY6A 4DGRA 4XJZA 1IS4A 4BMEA 2CTVA 4D8SA 3A71A 5EWSA 4LBQA 3TB0A 4YZ1A 2I2SA 1A78A 3M1HA 3WG1A 2B7YA 2ZHLA 4U36A 4GKYA 4OZXA 5L73A 4FPJA 1ENSA 2YA4A 1V3EA 1BQPA 1W6MA 3K39A 4WZFA 3BODA 4FPEA 1BJIA 1G86A 3TIAA 1KDMA 5EXOA 3TI3A 1AX1A 1KITA 4TZDA 3JU4A 4M3CB 3ZXEA 4Y1UA 1S0JA 3N7MA 3VKFC 4B7QA 1WCQA 3T1EA 4FVVA 2YV8A 2AREA 1BYHA 3TAYA 4NCSA 3BIWE 5CAZA 1F9KA 3BEQA 5NN9A 3FLPA 1LHOA 1Q8PA 1N3QA 3NN9A 5EYYA 4BOWA 3CL0A 1E8TA 2PHUA 1Z4WA 3ZXKA 2V73A 1SCRA 4FPYA 3AP4A 2ZGPA 2GMPA 4YW2A 4FPOB 3AJZA 5DZGA 3LSDA 3SILA 2YA7A 3APBA 1FNYA 1LENA 3V65A 3B3QE 1LGBA 1UPSA 1WW6A 2PHWA 2E53A 3DGTA 4GEZA 2R0FA 4GZTA 1V3CA 3OBRA 3ZSKA 4ASMB 3N35A 3MEPA 2ZGNA 3UJOA 2A3XA 2OUHA 4MJVA 3TI8A 1W21A 1F8CA 4M3MA 4YZ4A 2DUPA 1DGLA 2C5DA 4YZ2A 3TICA 3NV4A 3DUIA 4X4AA 3PJQA 4WV8A 3SANA 1W6QB 4HZVA 1AXYA 3W59A 1C1LA 4HIZA 2F26A 1GV9A 3H0OA 4M3CA 1GNHA 3UK9A 1IKPA 4YZ3A 1LU2A 4XBLA 4IQPA 1V6NA 5GALA 1GKBA 1DYKA 1AJKA 1NSBA 1N3PA 5T52A 3OY8B 2AENA 3D12A 3WDWA 2A5ZA 3AP9A 4NO4A 4XMIA 1LECA 3AZXA 5DUWA 3POWA 3O0XA 4DFSA 4H52A 1SACA 4K1ZA 4KS5A 3IKWA 3ZSLA 5T5OA 3A0NA 4ISRA 3RMYA 1Y7BA 1UAIA 1BXHA 2AGSA 2HTQA 1TEIA 1Z4XA 4YW3A 4YGBA 1INVA 4UW3A 1KJRA 1DQ4A 1AVBA 2OUJA 3WHUA 4FJ6A 4MC7A 2A6ZA 5GLWA 2QWAA 1W6QA 2ARBA 2PHFA 1V6JA 3Q9OA 2P37A 3WNXA 4RL7A 4CPLA 3FBYA 5HCBA 3B69A 2ZB5A 1LOFC 5GLZA 2A70A 3INAA 3IM0A 3OY8A 3WG4A 4MWRA 2W52A 2EXIA 1QGLA 2QWBA 4WEFA 3WDXA 1V00A 1CR7A 1LODA 4I30A 1MS1A 3SH4A 3ZSJA 4AGGA 1DZQA 1DQ5A 2OVUA 1UKGA 3AX4A 4AVTA 4WEGA 2D7FA 5IUQA 2JE7A 1KRIA 1APNA 1HQWA 5IK5A 2BERA 3CYEA 6NN9A 4Y1ZA 3AZVA 3H71A 3T1LA 4M4UA 1LCLA 2YA8A 1G8WA 3PMEA 2XZJA 3BTAA 2FMDA 3NV2A 1OQ1A 3AYDA 2ZGQA 1UZZA 3NSSA 1ULFA 3OGGA 2FHRA 1NCBN 2JECA 5JOXA 1HDKA 1CN1A 4XBNA 1NNCA 4X47A 2XCYA 5H9QA 2W5NA 4DS0A 1GZCA 1V2IA 1LESA 1VLNA 2WJSA 4WVVA 2VVZA 2A6XA 4R9CA 1B9SA 3TIBA 1EPWA 4Q26A 4UF7A 4YW1A 2UU8A 3WG2A 2A3YA 2W68A 4FZHA 4YW5A 3WLUA 1W6OA 4DRVA 4M4NA 2R1BA 1FATA 2CMLA 2EF6A 2ERFA 1MS4A 1NN2A 1RITA 1V6IA 5GLVA 3WDTA 3B7EA 3ZXJA 3PVEA 2XZIA 3A72A 4KBBA 1E8UA 3TI4A 1YRZA 2GN3A 2W08A 4ISQA 3TI6A 2ZZJA 1INYA 2ZHNA 3GALA 2W39A 1ENRA 2DUQA 5HUMA 3MW3A 4R9BA 3N7KA 2PHTA 3W09A 1XOEA 1LHUA 1GSLA 3VKOA 1LGCA 1EUTA 2UURA 1JYCA 5IT6A 2E7TA 2NP0A 2VXRA 1JW6A 2HTYA 3FLTA 4K1JA 2QWJA 1W8OA 1NNAA 1GICA 4MWWA 4B7JA 1OFSA 1WLWA 1AX2A 1NSDA 4K1IA 2ZGTA 2AEQA 3ASIA 1W6NB 2GNDA 3UL2A 4FVKA 4Q1PA 1G9AA 2DYCA 5DZFA 4ZKTB 4XILA 1QOOA 3WHTA 3SLIA 2C4LA 2DVBA 3FFZA 2UWCA 2DU1A 2BF6A 4YM1A 3H6JA 3AXEA 5JOWA 3JUUA 1GBGA 3VUOA 3K38A 4BPZA 2C4AA 1UMZA 5T54A 2A7AA 1YXWA 1A3KA 3BOPA 4F83A 2R16A 4GALA 3D5OA 2GMMA 2EALA 4Y20B 5GZDA 4J9TA 5CNAA 4D69A 3ZSMA 5JVVA 1ULCA 2EXKA 4XTPA 2VW0A 3B9CA 5T5JA 2QWFA 2VK6A 5GZCA 4UW4A 4ATFA 1MS3A 3AYEA 2WT1A 2F10A 2ES3A 2GNBA 1W6NA 1GNZA 1A8DA 4U2AA 5BYNA 2HTUA 2E6VA 1HQLA 1CIWA 4C1XA 5CA6A 1Z4VA 1BZWA 2ZACA 2ZBJA 3CL2A 3R4SA 4FPKA 4PF5A 2QWEA 4QN6A 2C9AA 3OPZA 3ALWA 4XJUA 1PZ9A 4JC1A 2VUAA 1MZ5A 1WBFA 4GA9A 1S0BA 3GNEA 5DG2A 2F28A 4K1KA 4K3YA 4K1HA 1V6OA 2A3WA 1YYNA 1R1ZA 1A4GA 2X9MA 2HT5A 3POYA 2AH2A 4GDIA 2G4IA 5DXDA 4Y20A 2SILA 4X49A 1Q8SA 3LCPA 1JN2P 4QN5A 4QN7A 5GZEA 5HCFA 1LHVA 4XYXA 1W0PA 2HTVA 1INWA 1HLCA 1FV2A 1QNYA 2ZGUA 5FREA 1UN1A 2ZGLA 3QLQA 3WDYA 2ZMLA 3GVLA 2WLQA 4XBQA 4CPOA 4Y1YA 2QWKA 4Q2FA 1A14N 1IVFA 4R9AA 1INXA 2A71A 1I3HA 3AJYA 4LBMA 4YM3A 5HUKA 3NV1A 2WT0A 4BBWA 3WDUA 1A4QA 7NN9A 5CBLA 4GWNA 4MWYA 2HU0A 1GZWB 2ZA9A 1Z4YA 1GANA 4M4VA 2NZ9A 3WZ1A 3AP7A 4JRAA 3SNMA 2D6LX 1CVNA 1GLHA 4XOGA 4YG0A 1CESA 2GALA 1INGA 3MW2A 5GJ6A 2E51A 2F24A 1IS6A 2YDTA 2DTWA 2AUYA 4DPNA 2WT2A 1NCDN 3N7JA 4WVWA 1QDCA 1UL9A 4GZOA 3FUQA 1SLCA 4Y26A 3ZVXA 2NMNA 1RINA 1W0OA 4FQZA 3MW4A 1B9TA 2GN7A 2A75A 3RMXA 4Q1RA 3K36A 4XTMA 3M3CA 2NYYA 4MWJA 1QDOA 1EUSA 3KM5A 1NMCA 4CTEA 4MWQA 1V3BA 3HR9A 1DBNA 4HZZA 3M3EA 2ZGKA 2GNMA 3I4IA 1V6MA 1WLDA 5AVAA 3D4KA 1GZWA 3IPVB 4FOQA 3U4XA 3ZXLA 1AX0A 1H30A 1C57A 1USRA 4XE9A 4Q27A 1UZYA 1KJLA 4XJWA 1G9DA 4Q8KA 2D6NA 4BLIA 1B09A 3D6EA 3USUB 1Z0HA 5GZFA 1L7HA 4CPMA 3N3HA 2DVAA 3RSJA 4B7MA 2CL2A 1XOGA 4XJ8A 1IKQA 1S0CA 5GLTA 5IK7A 4YM2A 3O0WA 3VV1A 2XB6C 2ZGRA 2YROA 2DVFA 1W8NA 3C2UA 5B2CA 4PQ9A 2VU9A 3AYAA 5GZGA 2HTWA 4GZQA 4HZXA 2NN8A 1QOTA 1FYUA 2YMZA 1F5FA 3V64A 3FUOA 4MYEA 4AWDA 3WOGA 3LSEA 5DZEA 2F25A 2BZDA 2QWHA 1LOCA 3QCWA 4GWMA 1NSCA 5DG1A 1WD3A 1VCJA 5EYXA 4FPLA 4YFWA 2D43A 2EXJA 5HX0A 3IPVA 1FX5A 2SIMA 5JDBA 2YXSA 1N1VA 2V5YA 2JKBA 3ZYRA 4XJRA 3D11A 3RRDA 1CPMA 1ZA4A 4JCKA 2KM2A 1E8VA 4GZSA 2VY0A 2P3IA 3USUA 3OBTA 3AZYA 3PVNA 1DQ0A 2ZAAA 1QOSA 2F12A 2ZGOA 4XMAA 4L8QA 1MWEA 4PBPA 3AFKA 1LGNA 3HMYA 4FPFA 1SLBA 1IVBA 2SLIA 1AJOA 2CWMA 1WBLA 1G9BA 2NM1A 1LOBA 3R4UA 1SLIA 3K3AA 3V0AB 1YO8A 2R0HA 3M3QA 4BMBA 5GLUA 2A6YA 2GMEA 1S0IA 1IOAA 2ZGSA 1SBFA 4JF7A 1MS5A 3ZYPA 1USXA 4LBOA 2YA5A 2D3PA 4MJUA 1LOGA 5F5QA 4HZYA 4AVVA 3V0BB 2VW1A 1DHKB 2ZHKA 2EXHA 1Q56A 1WD4A 1V6KA 4AGVA 1F31A 3B00A 4AYUA 1LOFA 1F8DA 3SISA 3GVKA 2PHRA 4BM8A 4M3CE 2H0BA 2D6MA 2RHPA 1Q8QA 5IK8A 1RIRA 5H9SA 1MS8A 2ZKNA 3PVOA 5E8AA 3ILFA 2A6WA 3ALXA 4LBNA 1LHWA 1ONAA 2VW2A 3ZPYA 4GDJA 2UWAA 2ZMKA 4C1WA 1NLSA 3AP6A 2WSVA 4FP3A 5HUNA 1URXA 4CPNA 3ILNA 1N1SA 5M1ZA 3WG3A 4WA3A 2P3JA 3AZZA 4Y1XA 4MWXA 1L7GA 1ENQA 1N3OA 1MS0A 1DQ2A 4XIOA 4KS3A 4FOWA 3V0AA 1LTEA 1IVCA 1IS3A 3N7LA 5FRAA 1W6PB 2DTYA 3A4UA 4XIKA 1MVQA 5DUXA 2F11A 2P3KA 1S0DA 3V0BA 2XG3A 1MVEA 2AYHA 1FNZA 4XJAA 1X50A 2LTNA 3M3OA 4AVSA 2W38A 4UW6A 5KXBA 4FOVA 4YM0A 5HUGA 3ZXFA 2QWDA 1LHNA 2F0ZA 4NN9A 1IS5A 5JLVA 4YG3A 4QNPA 2OW4A 3AXDA 1ULGA 1NCCN 5T5PA 4Q8LA 4XJQA 2YZ4A 1Z4ZA 2LALA 4B7NA 4Y24A 2VK7A 1B9VA 4CPYA 1SLTA 2JDZA 5JOYA 2ZB6A 4QN3A 3IN9A 3AP5A 1NXD1 1WCSA 4QN4A 2VSKA 3MPPG 1S0GA 1KQRA 3VKNA 1DIMA 4KS4A 4CRQA 4XXPA 1LEDA 2EIGA 4XJ9A 1W6PA 3HN1A 5E89A 3WCSA 2VH9A 3RG0A 3ATGA 5F9TA 1CONA 1CJPA 1KDKA 3O0VA 3OJBA 3CNAA 1WW4A 3WV6A 4XHXA 5CB7A 1VIWB 4FPCA 1G7YA 4PBOA 3JU9A 3RQ0A 2WSUA 3B01A 1MR5A 1MZ6A 3WDVA 4MX0A 5JOZA 2D3SA 2DWRA 1V0FA 4GB1A 4SLIA 4YGDA 3CKZA 1AXKA 3I8TA 4LBLA 2EAKA 1MS9A 2B8HA 3UJQA 3AK0A 1ULDA 2QWIA 4YW4A 3VKLA 4XZPA 5DUVA 2YDPA 1J1TA 5T50A 1S0EA 4DRRA 2D44A 2QWCA 4MWUA 4YZ5A 4CZSA 1CQ9A 1V3DA 2DVDA 4P9WA 3VKMA 1DFQA 2RKCA 4GXLA 1U0AA 1G9FA 3IMNA 2HT7A 1Q8VA 3W58A 1QKQA 1OKQA 4BLJA 4AGRA 1VAVA 4Z8BA 1QF3A 1NNBA 3O5SA 1H9PA 1LULA 1LJ7A 2PELA 4RA0A 3WUCA 3KQRA 4GZWA 1EUUA 2SBAA 4YGEA 1INHA 5JYYA 4MWLA 4UW5A 1BKZA 1QU0A 1JUIA 5DUUA 1YI7A 4KS2A 2D6KA 3R05A 2F27A 1L7FA 4YG6A 1Z78A 1UX6A 4GJTA 3AYCA 1V0ZA 4X6KA 3L2YA 5T5LA 4R9DA 1C1FA 4MZEA 3RS6A 2JD4A 3GVJA 2Q5TA 1GYKA 2AEPA 4BQ1A 1N47A 1BJQA 1S0FA 1SLLA 4XHBA 1AXZA 1HKDA 2VSMA 1I1EA 1NMAN 2CWSA 4TYSA 3WCRA 3H73A 3SITA 1DLLA 2D3RA 1N1YA 3K37A 2A6VA 4FP2A 3H72A 1ULEA 5SV8A 2ZHMA 3OYWB 4M01A 1SBDA 2GDFA 3AZWA 4I00A 4Q6KA 3ENRA 4P14A 1DIWA 5KXCA 1QNWA 1W6OB 1SBEA 3M2MA 2WNEA 2ARXA 1JBCA 2D6OX 1O4YA 2ZGMA 2HYKA 4YGCA 1DQ6A 2JE9A 2ENRA 2AR6A 2HT8A 4M00A 5H9PA 1XQNA 2W5OA 3WVJA 3FLRA 5E88A 1PZ8A 1AZDA 5KXDA 4H55A 1JOJA 1JXNA 4K20A 4LBKA 1NCAN 1N1TA 1INFA 2DU0A 2P2KA 4MWVA 1WLCA 2W20A 4MZAA 2GNTA 4ZXKA 1DQ1A 4DQAA 1V0EA 4B7RA 4HL0A 1DYPA 2PHXA 4NC5A 1LOAA 3O12A 1W1XA 2ZABA 1V6LA 1SCSA 2VK5A 2ZMNA 2HU4A 3OYWA 3T1MA 4GKXA 2F29A 1F8EA 1O4ZA 1SLAA 1YIFA 2CYFA 5GM0A 4Y22B 1LOEA 2R1DA 1D2SA 3SH3A 3O9JA 1SNTA 1C4RA 1MACA 4HANA 2YA6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WC2A 1Q5OA 1EURA 2HH9A 1E57A 1RYYA 4YLZA 3D0SA 2XL7A 4M3CF 4C90A 2H2NA 4IEUA 1X9TA 3EQEA 4N7UA 4PCRA 4XUNA 1BMV2 4R8HA 1YJLA 5C5UA 4ZGCA 2NMOA 4ITCA 2DURA 2FMYA 1SUUA 3NNLA 3LI3A 5D21A 2VWDA 2Q30A 1QQP3 5FXZA 4PJYA 4Y4YA 4P9YA 5HCAA 4OI0A 5GX5A 3WUDA 3AB0A 3VBSC 1PZ7A 2ZX4A 1CPNA 2X5IC 4K1YA 2TEPA 3ZFGA 4BWOA 4FAHA 1JHNA 1VJ2A 2HWD2 2DUOA 5FUPA 3VDDA 3U78A 4YFZA 4MV2A 5GKAC 1LU1A 5D8AA 5FQ0B 5EIYB 2RS53 4IL7A 3LZZA 2YPJA 4NOTA 1ZZ6A 4HSLA 3INBA 3ME2A 4RFT0 2BFUL 4IFNX 3GYDA 4GZXA 3ZXDA 4FQ4A 2W1UA 2BUKA 4AK3A 1IVGA 3GZEA 4V1PA 5F2SA 4GZPA 4KS1A 4BCUA 1GZ9A 2E7QA 1YC61 2UYBA 4ZHNA 4AW7A 5FZ3A 2QQWA 1MQTB 2BQPA 2JDYA 3KWVA 5FYBA 3WQBA 3JXSA 5H9RA 5IK4A 1A8MA 1SO7A 2F13A 1JI6A 3OB8A 4LIUA 1W8UA 2WABA 1ND2A 3J8F3 1O3RA 3WN7A 2VOWA 5JSPA 1HIXA 5BNOA 4QD2A 1Q8OA 5L19A 1WW7A 3UETA 3TI5A 4RGAA 4Q4Y3 3VD3A 2JJ6A 2IVZA 3E5ZA 4O9GA 1LEMA 3T2TA 4QKFA 5FLJA 3LA2A 2RJLA 3O1VA 3VHNA 3HEIA 1D0HA 2UWBA 4P9XA 5KXEA 2Z69A 5CG8A 2XZKA 2VZQA 4Q1UA 5D2AA 1F8BA 5EO7A 1G9CA 4WA5A 3A22A 2WFF3 4OHYA 2K0GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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