The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
308
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structure length |
307
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Chain Sequence |
MFLQDLIFMISEEGAVAYDPAANECYASLSSQVPKNHVSLVTKENQVFVAGGLFYNEDNKEDPMSAYFLQFDHLDSEWLGMPPLPSPRCLFGLGEALNSIYVVGGREIKDGERCLDSVMCYDRLSFKWGESDPLPYVVYGHTVLSHMDLVYVIGGKGSDRKCLNKMCVYDPKKFEWKELAPMQTARSLFGATVHDGRIIVAAGVTDTGLTSSAEVYSITDNKWAPFEAFPQERSSLSLVSLVGTLYAIGGFATLETESGELVPTELNDIWRYNEEEKKWEGVLREIAYAAGATFLPVRLNVLRLTKM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Cul3 Assembly with the Btb-Kelch Family of E3 Ubiquitin Ligases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
KELCH REPEAT AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5
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| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
57
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| structure length |
307
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| sequence length |
308
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01344 | Kelch_1 | Kelch motif |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Kelch-type beta propeller |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZZK A; 4L7C A; 4ZGC A; 1U6D X; 2XN4 A; 4ASC A; 4ZY3 A; 1ZGK A; 2VPJ A; 5FNT A; 4IFL X; 5FNR A; 2ZWA A; 2Z32 A; 4YY8 A; 2ZW9 A; 4N1B A; 5FNS A; 4L7B A; 3VNH A; 5FNQ A; 2WOZ A; 5CGJ A; 2FLU X; 4IN4 A; 3WDZ A; 1X2R A; 1X2J A; 4CHB A; 3ZGD A; 4IFN X; 3ZGC A; 4IFJ A; 3VNG A; 4L7D A; 3ADE A; 5F72 C; 4CH9 A; 3II7 A; 4IQK A; 4XMB A; 5FZJ A; 5FNU A; 5FZN A; 2DYH A; 3WN7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NMC A; 2GVX A; 4FOY A; 3TIB A; 4B7Q A; 2A75 A; 4XHB A; 2ZW9 A; 1NSC A; 4I00 A; 1V0E A; 4WEG A; 5FNQ A; 2XCY A; 3K3A A; 5H47 A; 4FP2 A; 4CHB A; 3HLI A; 1B9S A; 4XOG A; 2VW1 A; 5GTQ A; 3JU4 A; 1IUB A; 4CH9 A; 4IQK A; 2YDP A; 3SOV A; 1NSB A; 2GVV A; 2GVW A; 2ISM A; 2JKB A; 1ZI0 A; 1Z50 A; 4J9T A; 3FVZ A; 4FVK A; 3AMR A; 2VVZ A; 3B69 A; 4WA5 A; 4HZV A; 2YA5 A; 2XZI A; 2IAT A; 2FP9 A; 2SLI A; 1X2J A; 2DG1 A; 4NN9 A; 3ADE A; 3S2K A; 4MWX A; 3OPZ A; 4B7M A; 1NSD A; 4R40 A; 3L6V A; 2HU4 A; 3A9G A; 2FPB A; 2ZB6 A; 1K32 A; 2F25 A; 4YW3 A; 1ZGK A; 4XJA A; 2C4L A; 3T1E A; 4GNA A; 1POO A; 2GHS A; 4FPH A; 2H2N A; 3D12 A; 1DIL A; 1A4Q A; 4WEF A; 1L7H A; 2P4O A; 2FLU X; 4IN4 A; 4XJ8 A; 2IAQ A; 2VSM A; 2W5N A; 4XJU A; 4X6K A; 5FZJ A; 4XJZ A; 3CL0 A; 5FZN A; 3A72 A; 4XMI A; 3SAL A; 1W1X A; 3SOQ A; 2VSK A; 3SLI A; 4HIZ A; 2DSO A; 4DGR A; 1MS9 A; 4M4U A; 3LI5 A; 2FP8 A; 2QWB A; 1NPE A; 2F29 A; 3V1S A; 4B7J A; 4SLI A; 3DR2 A; 3SAN A; 1F8C A; 3VNH A; 2X9M A; 1S1D A; 2IAS A; 1WCS A; 3CYE A; 2HT5 A; 3SIL A; 5HUG A; 4GZQ A; 2IAO A; 3K36 A; 4IFN X; 1MS3 A; 4YW1 A; 3PJQ A; 4KS1 A; 2G8S A; 1MS1 A; 2IAW A; 3WW9 A; 1NCA N; 3FW0 A; 4GDI A; 3B7E A; 3H72 A; 4HHO A; 2IAR A; 1WP5 A; 5FNT A; 2QWG A; 5HUN A; 5FNR A; 1B9T A; 4FPJ A; 4GZS A; 1V04 A; 4FOQ A; 1V0F A; 1EUS A; 3CL2 A; 2W38 A; 5EO7 A; 2VW0 A; 3H6J A; 2W5O A; 3KGG A; 4O5S A; 2F11 A; 5HX0 A; 4MZE A; 4FPF A; 1SUU A; 1SLI A; 4MJV A; 2HT8 A; 4FQ4 A; 4KS4 A; 1A4G A; 4YW2 A; 5B2C A; 3Q6K A; 3K38 A; 4CPZ A; 1Z4Z A; 5FWW A; 4FJ6 A; 2HT7 A; 3HLH A; 4ASC A; 2VPJ A; 1MS0 A; 2F24 A; 4G3N A; 1N6D A; 4IFL X; 3I1C A; 4FPL A; 1F8B A; 1SLL A; 4CPM A; 1BJI A; 4MWR A; 2Z32 A; 1A14 N; 2VK5 A; 2YDT A; 4XJ9 A; 4XYX A; 4H53 A; 5CGJ A; 2QWK A; 2DG0 A; 2BAT A; 5EO8 A; 1IJQ A; 1IVD A; 4CPN A; 3INB A; 2QWI A; 3CKZ A; 1MS5 A; 3G4E A; 2QWE A; 3H73 A; 4GEZ A; 2QWF A; 4X4A A; 1MS4 A; 1W0O A; 4FPK A; 1IVC A; 2H2U A; 4HZZ A; 1W8N A; 4K1H A; 5GX3 A; 1EUT A; 1DIM A; 4GN8 A; 7NN9 A; 4MWU A; 5GX1 A; 2AH2 A; 2WOZ A; 3GVL A; 4WA3 A; 4QN7 A; 4IFJ A; 1NCB N; 2YA6 A; 4M4N A; 4L7D A; 4YZ4 A; 1Z4V A; 3S8Z A; 4FPY A; 1V3E A; 3AMS A; 3DAS A; 4GB1 A; 1S18 A; 1W0P A; 1E8V A; 4XIO A; 5M1Z A; 5HUK A; 3SRG A; 2ZZK A; 4L7C A; 4FP3 A; 1Q7F A; 4YZ1 A; 4ZY3 A; 1N1T A; 5F9T A; 3TI3 A; 3W09 A; 3NO0 A; 4YY8 A; 3P5B L; 1NMA N; 4L7B A; 2C4A A; 4KS3 A; 3ZGD A; 2IVZ A; 4D4U A; 1N7D A; 2W8B A; 1H6L A; 1N6F A; 1E1A A; 4GZT A; 2W20 A; 3NSS A; 5D9D A; 4YZ5 A; 4MZA A; 1NCD N; 3TI5 A; 4XJR A; 2FPC A; 4XJW A; 4CPY A; 3LI3 A; 3O9J A; 3O9K A; 4ZLR A; 4YZ2 A; 1Z4W A; 3TI6 A; 2CML A; 4K1I A; 1CRU A; 4XIK A; 3TIC A; 1F8D A; 4MJU A; 1IVG A; 1EUR A; 4IMB A; 1INF A; 5FNU A; 1IVB A; 4BBW A; 1IVF A; 2XN4 A; 4K1K A; 4NC5 A; 1IVE A; 2V91 A; 4GZW A; 5HUM A; 3BEQ A; 2VWD A; 4AGT A; 5EX7 A; 1W20 A; 4D52 A; 4YZ3 A; 2SIL A; 4YW5 A; 1INX A; 3GVJ A; 4NCS A; 3Q6T A; 4QN6 A; 5F72 C; 2F27 A; 5GX4 A; 1RWL A; 4XMB A; 1SO7 A; 2YA7 A; 4UOU A; 4FPG A; 3GVK A; 1NNC A; 4HZX A; 2ZB5 A; 1B9V A; 2VW2 A; 2BF6 A; 3V64 C; 4CPO A; 4Q1U A; 3NN9 A; 4XMA A; 1XOG A; 2YA8 A; 3IAX A; 1MS8 A; 1V0Z A; 2ZWA A; 4CPL A; 1V3D A; 1CVM A; 4M3M A; 1E8U A; 3A9H A; 4FOW A; 1KIT A; 4D52 B; 4B7N A; 1SNT A; 5GX2 A; 3E5Z A; 1MZ5 A; 2OJH A; 3BYC A; 3K39 A; 3LI4 A; 1Z4Y A; 3WN7 A; 2AGS A; 4ZGC A; 1U6D X; 1VCU A; 2AEQ A; 5D9C A; 2GVU A; 2HTV A; 1E8T A; 1N1Y A; 1QBI A; 5JYY A; 1V3B A; 1VCJ A; 4KS2 A; 2POO A; 4UF7 A; 4O5T A; 2VAQ A; 1W8O A; 4MWW A; 4B7R A; 1F8E A; 4GNB A; 4K3Y A; 3ALW A; 4X47 A; 2QWA A; 5NN9 A; 4XJQ A; 3TI8 A; 3WWA A; 5B2D A; 2F28 A; 1IUC A; 3VNG A; 1Z4X A; 5GX5 A; 2AEP A; 2YA4 A; 4K1J A; 3U0S A; 4GJT A; 3II7 A; 4QN4 A; 1MWE A; 4FZH A; 4A0P A; 4M4V A; 4MC7 A; 3SRE A; 3H71 A; 4FPC A; 1S0I A; 1S0J A; 1N6E A; 3K37 A; 4QNP A; 1NCC N; 4DG6 A; 2VK6 A; 1MR5 A; 4HW6 A; 2XZJ A; 2BER A; 4MX0 A; 2IAP A; 2IAX A; 1NN2 A; 3A71 A; 1X2R A; 4GN7 A; 1CRZ A; 1L7G A; 1V3C A; 4C1Y A; 1C9U A; 2B8H A; 2HU0 A; 3TI4 A; 3ALX A; 2QWD A; 2QWC A; 2SIM A; 4D52 C; 1V2I A; 1INY A; 4XIL A; 1WCQ A; 2HTY A; 4Q6K A; 3HRP A; 1OFZ A; 1XOE A; 2QE8 A; 3O4P A; 3TIA A; 2HTR A; 4QN3 A; 3Q6P A; 4X49 A; 4AH4 A; 1NNB A; 2HTW A; 4JF7 A; 1USR A; 4WA4 A; 4D8S A; 4KS5 A; 4MWL A; 1L7F A; 2VK7 A; 1INH A; 4FPO B; 4C1Y B; 4GDJ A; 2F0Z A; 1ING A; 2XZK A; 3G4H A; 1NNA A; 2W8B B; 4H52 A; 1MZ6 A; 2IAU A; 4XHX A; 5D9B A; 2F12 A; 4GN9 A; 4MWJ A; 2F10 A; 1INV A; 4CSD A; 4AGI A; 1C5K A; 4GZO A; 1N1S A; 2RKC A; 3SOB B; 1W21 A; 2F13 A; 3ZGC A; 1PJX A; 1CQ1 A; 4FPE A; 4GZX A; 4QN5 A; 4FOV A; 4AHA A; 1EUU A; 4MWQ A; 4GZP A; 4GNC A; 1N1V A; 2DYH A; 2HTQ A; 2BZD A; 1INW A; 3V65 B; 4IYG A; 2FHR A; 3KYA A; 3D11 A; 2QWJ A; 2HQS A; 4N1B A; 3S94 A; 3S8V A; 5FNS A; 2HTU A; 2QWH A; 1NMB N; 3WDZ A; 4HZY A; 1QLG A; 4HZW A; 3TC9 A; 4HHQ A; 4JML A; 4XE9 A; 2F26 A; 4MWV A; 4PWZ A; 4MWY A; 1RWI A; 4YW4 A; 2IAV A; 1USX A; 3UC1 A; 6NN9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2ZZK A; 4L7C A; 4ZGC A; 1U6D X; 2XN4 A; 4ASC A; 4ZY3 A; 1ZGK A; 2VPJ A; 5FNT A; 4IFL X; 5FNR A; 2ZWA A; 2Z32 A; 4YY8 A; 2ZW9 A; 4N1B A; 5FNS A; 4L7B A; 3VNH A; 5FNQ A; 2WOZ A; 5CGJ A; 2FLU X; 4IN4 A; 3WDZ A; 1X2R A; 1X2J A; 4CHB A; 3ZGD A; 4IFN X; 3ZGC A; 4IFJ A; 3VNG A; 4L7D A; 3ADE A; 5F72 C; 4CH9 A; 3II7 A; 4IQK A; 4XMB A; 5FZJ A; 5FNU A; 5FZN A; 2DYH A; 3WN7 A;
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