The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
137
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sequence length |
489
|
structure length |
489
|
Chain Sequence |
GAMADIGSNIFYAGDATKSNYFRIPSLLALDSGTVIAAADARYGGTHDAKSKINTAFAKSTDGGKTWGQPTLPLKFDDYVAKNIDWPRDSVGKNVQIQGSASYIDPVLLEDKETHRVFLFADMMPAGIGSSNASVGSGFKEVDGKKYLKLHWKDDAAGTYDYSVRENGTIYNDTTNSATEYSVDGEYNLYKNGNAMLCKQYDYNFEGTKLLETQTDTDVNMNVFYKDADFKVFPTTYLAMKYSDDEGETWSDLQIVSTFKPEESKFLVLGPGVGKQIANGEHAGRLIVPLYSKSSAELGFMYSDDHGNNWTYVEADQNTGGATAEAQIVEMPDGSLKTYLRTGSGYIAQVMSTDGGETWSERVPLTEIATTGYGTQLSVINYSQPVDGKPAILLSAPNATNGRKNGKIWIGLISETGNSGKDKYSVDWKYCYSVDTPQMGYSYSCLTELPDGEIGLLYEKYDSWSRNELHLKNILKYERFNIDELKVQP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Discovery of intramolecular trans-sialidases in human gut microbiota suggests novel mechanisms of mucosal adaptation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Anhydrosialidase
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Ruminococcus gnavus atcc 29149
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| total genus |
137
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| structure length |
489
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| sequence length |
489
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Intramolecular trans-sialidase; domain 3 | Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 | ||
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4H53 A; 3TI3 A; 4X4A A; 3NN9 A; 2QWB A; 3K39 A; 4XJA A; 4XJW A; 3O9J A; 4MC7 A; 1NN2 A; 4YW4 A; 1A4G A; 1NCC N; 4FZH A; 2VVZ A; 4YW1 A; 1MS3 A; 4QN5 A; 4MWQ A; 4KS4 A; 4GEZ A; 2QWH A; 1L7F A; 4DGR A; 1N1T A; 4YW2 A; 2W5N A; 4B7M A; 3H6J A; 4XYX A; 2YA6 A; 4B7Q A; 4XMA A; 1NNC A; 4NC5 A; 2SIM A; 2F12 A; 1NCB N; 3SIL A; 1W0O A; 4FPO B; 1NNA A; 2BZD A; 4HZX A; 4B7R A; 1NMB N; 2HU4 A; 1B9S A; 4QN3 A; 4HIZ A; 4H52 A; 4XIL A; 4M3M A; 1F8E A; 3TIC A; 3PJQ A; 2HTU A; 4XIK A; 3OPZ A; 4YZ3 A; 3O9K A; 1Z4Z A; 1B9V A; 2QWK A; 3D12 A; 7NN9 A; 2FHR A; 5HUM A; 4Q6K A; 1KIT A; 1S0J A; 1W0P A; 4WA5 A; 4FVK A; 3H72 A; 2VW2 A; 2ZB5 A; 4HZW A; 2YA5 A; 1W1X A; 2AEQ A; 3TI8 A; 4XMI A; 2A75 A; 1NMC A; 3K37 A; 4XIO A; 4GZO A; 3CL2 A; 4CPZ A; 4FOW A; 3BEQ A; 3D11 A; 1B9T A; 1A14 N; 2VW1 A; 1XOG A; 4FP3 A; 3SAL A; 1VCJ A; 5M1Z A; 2XZJ A; 1L7G A; 1NNB A; 2AEP A; 4MWY A; 2HT7 A; 1E8U A; 3A71 A; 1V2I A; 4XJZ A; 4QN7 A; 4M4N A; 1Z4V A; 4FPL A; 3H73 A; 1IVB A; 4UF7 A; 5F9T A; 4WEF A; 4FOQ A; 4QN6 A; 3B7E A; 1NSC A; 4GDI A; 1INX A; 4CPL A; 1N1Y A; 3B69 A; 2VSK A; 1SLL A; 1V3E A; 2C4A A; 4XJR A; 4BBW A; 4MWL A; 2XZK A; 2W38 A; 4X49 A; 5NN9 A; 1NCA N; 4FPE A; 1NMA N; 3GVL A; 1MS5 A; 4CPO A; 2VWD A; 2C4L A; 2F24 A; 1NSD A; 1SNT A; 1USR A; 2BF6 A; 4GZQ A; 4K3Y A; 1IVD A; 3TI4 A; 5HUG A; 2B8H A; 2QWG A; 1USX A; 2HTR A; 2HU0 A; 4FPG A; 1MS8 A; 2QWD A; 2AGS A; 4MJV A; 6NN9 A; 2F26 A; 4D8S A; 2VK7 A; 4WA3 A; 4GZW A; 2HTQ A; 4J9T A; 1MZ5 A; 4QNP A; 1L7H A; 4XHB A; 4MWU A; 3K38 A; 3CKZ A; 2YA7 A; 3T1E A; 3SAN A; 1IVC A; 1IVE A; 1MS1 A; 2F27 A; 2ZB6 A; 4MWV A; 4FOY A; 1W21 A; 4KS1 A; 1MZ6 A; 4QN4 A; 2HTV A; 4WEG A; 4XJQ A; 1MR5 A; 3W09 A; 1V3B A; 2F13 A; 1S0I A; 1EUS A; 4HZZ A; 1F8C A; 4X47 A; 1INH A; 4JF7 A; 2F11 A; 2YDT A; 3K36 A; 2CML A; 4XHX A; 2RKC A; 1INV A; 4GZS A; 4FQ4 A; 2XZI A; 2BAT A; 2YDP A; 2BER A; 1Z50 A; 4M4U A; 4XJ9 A; 4KS5 A; 4YW5 A; 1Z4X A; 4I00 A; 3ALW A; 2HT5 A; 1EUR A; 1W8O A; 5JYY A; 4B7N A; 3TI5 A; 1VCU A; 1MS9 A; 2XCY A; 4GJT A; 4XJU A; 4FPF A; 2AH2 A; 3H71 A; 5HX0 A; 1F8B A; 4YZ1 A; 2F25 A; 1SLI A; 4FPH A; 4YZ2 A; 4K1I A; 3JU4 A; 3GVK A; 1NSB A; 1E8V A; 4CPN A; 4GZP A; 4B7J A; 4MZA A; 4X6K A; 3CYE A; 4FP2 A; 2VW0 A; 4YW3 A; 1V0E A; 2W20 A; 1F8D A; 3NSS A; 1NCD N; 1V3C A; 4FPY A; 2QWI A; 2VK5 A; 1INY A; 4CPY A; 1V3D A; 1EUT A; 2JKB A; 2X9M A; 4NN9 A; 2HT8 A; 3K3A A; 2F10 A; 2VK6 A; 2QWF A; 4MWJ A; 2SIL A; 4MWW A; 1INW A; 5HUK A; 4FJ6 A; 4XE9 A; 1E8T A; 4FPJ A; 3A72 A; 1WCS A; 4FPC A; 1N1V A; 4MWR A; 1Z4Y A; 1XOE A; 4MZE A; 4NCS A; 3TIA A; 4GDJ A; 4HZV A; 2F28 A; 2VSM A; 4WA4 A; 1WCQ A; 5HUN A; 5B2D A; 4MWX A; 1W20 A; 2YA4 A; 4HZY A; 4MX0 A; 1N1S A; 1MS4 A; 1A4Q A; 2SLI A; 4K1H A; 2QWA A; 1SO7 A; 2YA8 A; 1V0Z A; 3ALX A; 2QWJ A; 2F29 A; 4GZT A; 2HTY A; 1MWE A; 1W8N A; 3GVJ A; 1INF A; 1DIL A; 1V0F A; 4M4V A; 4YZ4 A; 1EUU A; 2W5O A; 4K1K A; 4FOV A; 2QWC A; 3SLI A; 2HTW A; 4KS3 A; 1ING A; 3CL0 A; 2F0Z A; 1MS0 A; 3INB A; 4MJU A; 4SLI A; 4CPM A; 1IVG A; 4XOG A; 2QWE A; 1Z4W A; 3TI6 A; 4XJ8 A; 3TIB A; 5B2C A; 1IVF A; 4FPK A; 4GB1 A; 4KS2 A; 4K1J A; 4YZ5 A; 4GZX A; 1DIM A; 1BJI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WP5 A; 4H53 A; 5FZJ A; 2IAU A; 3TI3 A; 5GTQ A; 4X4A A; 3NN9 A; 2QWB A; 3K39 A; 4XJA A; 4XJW A; 3O9J A; 4MC7 A; 3LI5 A; 1C9U A; 1NN2 A; 3U0S A; 5FWW A; 4YW4 A; 5FNT A; 2VAQ A; 1A4G A; 1NCC N; 4FZH A; 2VVZ A; 2FP8 A; 2POO A; 2IAP A; 4YW1 A; 1MS3 A; 4QN5 A; 4MWQ A; 4KS4 A; 4GEZ A; 5FNQ A; 5EO7 A; 2QWH A; 1L7F A; 4DGR A; 1N1T A; 2DG0 A; 4YW2 A; 3AMR A; 2IAX A; 2W5N A; 4B7M A; 5CGJ A; 3H6J A; 4XYX A; 3S2K A; 2YA6 A; 4B7Q A; 4XMA A; 1NNC A; 4NC5 A; 2SIM A; 2F12 A; 1NCB N; 3SIL A; 3VNG A; 1W0O A; 4FPO B; 1NNA A; 2BZD A; 4HZX A; 4B7R A; 1NMB N; 2HU4 A; 1B9S A; 4QN3 A; 4H52 A; 3NO0 A; 4HIZ A; 3LI4 A; 4XIL A; 4M3M A; 4L7B A; 1F8E A; 3TIC A; 3PJQ A; 2HTU A; 5GX5 A; 4XIK A; 3OPZ A; 1Q7F A; 4YZ3 A; 4ZLR A; 1C5K A; 4AGT A; 3O9K A; 1Z4Z A; 1B9V A; 4GNC A; 2QWK A; 3D12 A; 5EO8 A; 7NN9 A; 2FHR A; 4IN4 A; 2IAS A; 5HUM A; 4Q6K A; 5FNR A; 1KIT A; 1ZI0 A; 1S0J A; 1W0P A; 1NPE A; 1X2J A; 4WA5 A; 5GX4 A; 2V91 A; 4FVK A; 3H72 A; 2VW2 A; 4PWZ A; 2ZB5 A; 1U6D X; 4HZW A; 2YA5 A; 1N6D A; 2DYH A; 1W1X A; 1CQ1 A; 2AEQ A; 3IAX A; 3TI8 A; 4XMI A; 2A75 A; 4DG6 A; 1S1D A; 1NMC A; 3K37 A; 2H2N A; 4L7C A; 4XIO A; 4GZO A; 3CL2 A; 4CPZ A; 4FOW A; 2GVW A; 3DR2 A; 2IAR A; 3ADE A; 4GN8 A; 3BEQ A; 3D11 A; 1B9T A; 1A14 N; 2VW1 A; 1XOG A; 4FP3 A; 3SAL A; 1VCJ A; 5M1Z A; 2XZJ A; 4R40 A; 3V64 C; 1L7G A; 3WN7 A; 1NNB A; 2AEP A; 1IUB A; 4MWY A; 2HT7 A; 1E8U A; 3A71 A; 1V2I A; 4XJZ A; 4GN9 A; 1V04 A; 4QN7 A; 4M4N A; 1Z4V A; 4CSD A; 4FPL A; 3H73 A; 5FZN A; 1IVB A; 2ZW9 A; 2ZWA A; 5D9B A; 1PJX A; 1ZGK A; 4CHB A; 4UF7 A; 5F9T A; 4WEF A; 4FOQ A; 4HHQ A; 2H2U A; 4G3N A; 4QN6 A; 3B7E A; 1NSC A; 4GDI A; 1INX A; 4CPL A; 1N1Y A; 3WW9 A; 3B69 A; 2OJH A; 2VSK A; 1SLL A; 1S18 A; 1V3E A; 2C4A A; 3TC9 A; 1POO A; 5D9C A; 1OFZ A; 4XJR A; 4BBW A; 4MWL A; 2XZK A; 2W38 A; 4X49 A; 4GNB A; 5NN9 A; 1NCA N; 1IUC A; 4FPE A; 1NMA N; 4L7D A; 3GVL A; 1MS5 A; 2W8B A; 4CPO A; 4XMB A; 2VWD A; 2C4L A; 2F24 A; 3BYC A; 1E1A A; 5FNU A; 5D9D A; 3V65 B; 4ZY3 A; 1NSD A; 1SNT A; 1USR A; 2BF6 A; 4GZQ A; 4K3Y A; 2FP9 A; 1IVD A; 2IAV A; 4IMB A; 3TI4 A; 1QLG A; 5HUG A; 3Q6K A; 3HLH A; 2B8H A; 2QWG A; 1USX A; 2HTR A; 2HU0 A; 4FPG A; 4N1B A; 1MS8 A; 2FLU X; 2QWD A; 2P4O A; 1RWI A; 2AGS A; 5GX1 A; 4MJV A; 6NN9 A; 2F26 A; 4D8S A; 4IFL X; 2VK7 A; 4WA3 A; 4GZW A; 2HTQ A; 4J9T A; 3S8Z A; 1MZ5 A; 3O4P A; 3KYA A; 1H6L A; 4QNP A; 4ASC A; 1L7H A; 4XHB A; 4MWU A; 3K38 A; 3CKZ A; 3SOV A; 3L6V A; 2YA7 A; 3T1E A; 3II7 A; 3SAN A; 1IVC A; 1IVE A; 1MS1 A; 2F27 A; 2ZB6 A; 4MWV A; 4FOY A; 2IAW A; 1W21 A; 4KS1 A; 3VNH A; 2FPC A; 1MZ6 A; 1CVM A; 4D4U A; 3Q6T A; 4QN4 A; 2HTV A; 4WEG A; 4XJQ A; 1MR5 A; 3W09 A; 1V3B A; 2VPJ A; 2F13 A; 5FNS A; 1S0I A; 3LI3 A; 1EUS A; 4HZZ A; 1F8C A; 3ZGD A; 4X47 A; 3E5Z A; 4GN7 A; 2Z32 A; 3A9H A; 1INH A; 4JF7 A; 4JML A; 4AHA A; 2F11 A; 1N6E A; 2IAT A; 2G8S A; 2YDT A; 3K36 A; 2CML A; 4XHX A; 2GVV A; 2RKC A; 3FVZ A; 4FQ4 A; 4GZS A; 2GVX A; 1INV A; 2XZI A; 2BAT A; 4YY8 A; 2YDP A; 2BER A; 1Z50 A; 4M4U A; 1SUU A; 5H47 A; 4XJ9 A; 3S8V A; 1K32 A; 4KS5 A; 4YW5 A; 1Z4X A; 3P5B L; 4I00 A; 3ALW A; 1CRZ A; 2HT5 A; 1EUR A; 1W8O A; 5JYY A; 4B7N A; 3TI5 A; 1VCU A; 1MS9 A; 2XCY A; 4GJT A; 2W8B B; 4XJU A; 3SOB B; 4FPF A; 3H71 A; 2AH2 A; 5HX0 A; 1F8B A; 4YZ1 A; 2F25 A; 1SLI A; 4IFJ A; 4FPH A; 4YZ2 A; 4K1I A; 3AMS A; 3JU4 A; 3GVK A; 1NSB A; 1E8V A; 3DAS A; 2IVZ A; 4UOU A; 4CPN A; 1CRU A; 4GZP A; 4IFN X; 3A9G A; 4B7J A; 4MZA A; 4X6K A; 3SOQ A; 3CYE A; 4FP2 A; 2ZZK A; 2VW0 A; 3KGG A; 4YW3 A; 2ISM A; 1V0E A; 2W20 A; 1F8D A; 3G4H A; 3V1S A; 3NSS A; 1NCD N; 4C1Y B; 5GX2 A; 1V3C A; 2XN4 A; 4FPY A; 2QWI A; 2VK5 A; 4GNA A; 1QBI A; 4IQK A; 4ZGC A; 1INY A; 4CPY A; 1V3D A; 1EUT A; 3SRG A; 2JKB A; 3I1C A; 2X9M A; 4NN9 A; 1N6F A; 2HT8 A; 3K3A A; 2F10 A; 2IAO A; 2VK6 A; 4C1Y A; 2QWF A; 4MWJ A; 2SIL A; 4MWW A; 1INW A; 5HUK A; 4FJ6 A; 1RWL A; 4XE9 A; 2FPB A; 1E8T A; 4A0P A; 4FPJ A; 3A72 A; 1WCS A; 4FPC A; 1N1V A; 4MWR A; 2WOZ A; 5GX3 A; 1Z4Y A; 1XOE A; 4MZE A; 4NCS A; 3TIA A; 4GDJ A; 4HZV A; 2F28 A; 2VSM A; 4WA4 A; 4AGI A; 1N7D A; 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