The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
|
sequence length |
201
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structure length |
180
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Chain Sequence |
GLEPVRRRPGMYTDTTRPNHLGQEVIDNSVDEALAGHAKRVDVILHADQSLEVIDDGRGMPVDIHPEEGVPAVELILCRLISVVNALSKRVEVNVRRDGQVYNIAFENGEKVQDLQVVGTCGKRNTGTSVHFWPDETFFDSPRFSVSRLTHVLKAKAVLCPGVEITFKDEINNTEQRWCY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Design and syntheses of novel C7-derived-aminobenzimidazole ureas: bacterial gyrase/topoisomerase IV inhibitors with potent Gram-positve antibacterial activity
rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
DNA topoisomerase 4 subunit B
|
| total genus |
54
|
| structure length |
180
|
| sequence length |
201
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
5.99.1.-: |
| pdb deposition date | 2009-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02518 | HATPase_c | Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UY7 A; 3A0R A; 1ZXM A; 4O04 A; 1UYK A; 2YE3 A; 4L94 A; 1KIJ A; 4CE2 A; 2QFO A; 4XC0 A; 5F3K A; 4XE2 A; 3FT8 A; 5BOC A; 2YEB A; 4MOT A; 1Y8O A; 2XJJ A; 3KE6 A; 4O09 A; 3R91 A; 3EHH A; 1Y4U A; 1AM1 A; 1I59 A; 1H7U A; 5CPH A; 4U7N A; 3C11 A; 4JAS A; 4PL9 A; 3H4L A; 3BMY A; 3OPD A; 4CWR A; 4JQL A; 4L90 A; 3TZ0 A; 2BU8 A; 3U67 A; 2YKI A; 5D7C A; 1BXD A; 1L0O A; 1EI1 A; 4KFG A; 4WUB A; 5L3J A; 5F5R A; 1UYL A; 1EA6 A; 2IOP A; 2YKB A; 4ASF A; 4P7A A; 3O2F A; 4CWQ A; 2FWY A; 3JZ3 A; 2WI2 A; 4LP0 A; 3EHJ A; 3NMQ A; 5CTW A; 2YI7 A; 4LWG A; 3TTZ A; 1UYE A; 1JM6 A; 2JJC A; 4LPB A; 4B6C A; 1NHJ A; 2VWC A; 1UYH A; 4H85 A; 4WUC A; 2XHT A; 1Y8P A; 1UYI A; 2YEF A; 2BT0 A; 2XHR A; 2WI3 A; 2XX4 A; 4JAV A; 4CWT A; 3INX A; 1B62 A; 4NH9 A; 4E02 A; 2ZDX A; 3ZXO A; 1ZWH A; 4I3H A; 3RKZ A; 4BQG A; 2YEC A; 4XKO A; 5FNC A; 2WI7 A; 3D0B A; 3HHU A; 1YER A; 3H80 A; 2YEA A; 1QY8 A; 4XKK A; 3Q5K A; 4YKQ A; 2XD6 A; 1H7S A; 4MPN A; 3T0Z A; 4NH8 A; 3K97 A; 1Z59 A; 2IOR A; 2VCI A; 4EGH A; 2GQP A; 1MU5 A; 3T2S A; 2BU5 A; 1KZN A; 1I5D A; 4QPK A; 3TZ2 A; 1UYF A; 2BYH A; 1I5A A; 2YGA A; 3G7E A; 4WUD A; 3B26 A; 3INW A; 3O6O A; 2XCM A; 2XDK A; 4YKW A; 3HZ5 A; 2YEH A; 1A4H A; 2FWZ A; 1TID A; 2YJX A; 2YE2 A; 4H7Q A; 3RLQ A; 4MPC A; 4XDM A; 5J6A A; 2WEP A; 4AWQ A; 3LPS A; 2BZ5 A; 3CGY A; 3B27 A; 4XIP A; 4LWE A; 4EM7 A; 2H8M A; 4O05 A; 2HKJ A; 4X9L A; 1B3Q A; 3SL2 A; 1UYM A; 2YK2 A; 2Q8F A; 4GEE A; 1YS3 A; 1GJV A; 4FCP A; 3T0H A; 4AWO A; 2BYI A; 3R92 A; 4ASG A; 2YE5 A; 2YE8 A; 3K60 A; 3A0X A; 3VHD A; 2CCT A; 1NHI A; 2Q8G A; 1AMW A; 2WI1 A; 4GT8 A; 4BXI A; 4FCQ A; 4BAE A; 4HYP A; 2WI4 A; 2YK9 A; 4URL A; 4O07 A; 4EEH A; 1TH8 A; 4GCZ A; 2YKC A; 1QYE A; 1UYC A; 4XIQ A; 3T1K A; 3VHA A; 2YKJ A; 3G7B A; 4HY1 A; 4I5S A; 2E0A A; 3HEK A; 2YI6 A; 4ZKI A; 3OMU A; 5FNF A; 5M4P A; 3A0W A; 5BOD A; 3OWB A; 1QZR A; 4GQT A; 4XKA A; 3GIG A; 4HXW A; 5CF0 A; 4GFN A; 2YI5 A; 3MNR P; 4CWP A; 1YSR A; 3A0T A; 4XCL A; 1ID0 A; 3EHG A; 2BU2 A; 2YE9 A; 2YE6 A; 5M4H A; 2WER A; 3K99 A; 2XAB A; 2FXS A; 3C0E A; 2QG2 A; 1Z5C A; 3PEH A; 2WEQ A; 2CCS A; 2YGE A; 3B28 A; 5M4N A; 2XX5 A; 1YC3 A; 3VHC A; 4L8Z A; 5M4E A; 4E01 A; 4PRX A; 3Q5J A; 1Y4S A; 4ASB A; 3FV5 A; 2XDX A; 1TC0 A; 2IWU A; 2YE4 A; 2HCH A; 1GKZ A; 2VCJ A; 4HZ5 A; 3WQ9 A; 2XHX A; 2XJG A; 3EKR A; 5CTY A; 5D7D A; 1UYD A; 5IDJ A; 4MPE A; 4V25 A; 1BYQ A; 4LWI A; 2QF6 A; 3T10 A; 2YE7 A; 1YT0 A; 4HXZ A; 5M4M A; 4CWS A; 4KSG A; 2ZBK B; 2IOQ A; 4KQV A; 3QTF A; 4AWP A; 2O1W A; 1ZW9 A; 2BRC A; 1I58 A; 1I5B A; 1S16 A; 1UY9 A; 3O0I A; 4YKY A; 3RLR A; 2XJX A; 1I5C A; 2K5B A; 2YEG A; 3CGZ A; 3HYY A; 2YEI A; 3GIG B; 5CTX A; 4MP2 A; 2Q2E B; 3EHF A; 3R4M A; 2WI5 A; 1Z5A A; 4R3M A; 1U2O A; 2HG1 A; 4E00 A; 2YJW A; 4ZVI A; 4LWF A; 4LWH A; 1Y8N A; 3CRL A; 3HZ1 A; 2UWD A; 5GGZ A; 4P8O A; 3K98 A; 3U2D A; 1U0Z A; 4V26 A; 2CCU A; 4L93 A; 3WHA A; 3GIF A; 3FT5 A; 4YKZ A; 4K4O A; 3CRK A; 4O0B A; 4MB9 A; 3TZ4 A; 3CWV A; 1B63 A; 2PNR A; 3D2R A; 4CWO A; 2GFD A; 2FYP A; 5M4K A; 4HY6 A; 2CGF A; 3TZ5 A; 2YKE A; 2O1U A; 4QPJ A; 4JAU A; 4R3A A; 3HYZ A; 3QDD A; 2Q8I A; 3LNU A; 3R4N A; 1AJ6 A; 5IN9 A; 4XTJ A; 5J71 A; 4BIU A; 3ZXQ A; 2BU6 A; 3PEJ A; 4L91 A; 4MBC A; 5D7R A; 4BQJ A; 4XCJ A; 2JKI A; 4URM A; 2YED A; 1YSZ A; 3VAD A; 2QG0 A; 3DGE A; 2CG9 A; 1AH8 A; 4EFT A; 1YT2 A; 5IDM A; 2AKP A; 1UY6 A; 3B24 A; 1PVG A; 4XIR A; 4BIZ A; 2BRE A; 2BTZ A; 2IWS A; 5CTU A; 4AS9 A; 1NHH A; 2XDL A; 4FCR A; 2BSM A; 2ZKJ A; 2XK2 A; 4KTN A; 1S14 A; 4FPP A; 2ESA A; 2ZDY A; 4YKX A; 1YES A; 2C2A A; 4XD8 A; 4URO A; 4EGI A; 4EGK A; 2XDU A; 2EXL A; 3OWD A; 4MP7 A; 4W7T A; 3R4P A; 2YEJ A; 4XIT A; 2BU7 A; 4U7O A; 1US7 A; 1ZXN A; 4FMT A; 4YKU A; 2Q8H A; 3ZKB A; 5FND A; 4CWF A; 2YI0 A; 1THN A; 2YGF A; 4EFU A; 2XX2 A; 4ASA A; 4DUH A; 4B7P A; 4H81 A; 3EKO A; 3A0Y A; 1UY8 A; 4Q20 A; 4HZ0 A; 1TC6 A; 4CE3 A; 4NH7 A; 3Q5L A; 1YC4 A; 4KP4 A; 4DZY A; 4EMV A; 1TIL A; 1BKN A; 4KSH A; 2WI6 A; 3ZM7 A; 5C93 A; 4GGL A; 4CWN A; 5D6Q A; 5FWK A; 4R1F A; 4PRV A; 3U2K A; 2VW5 A; 1YT1 A; 3GIE A; 2O1V A; 3G75 A; 3B25 A; 4YKR A; 1AH6 A; 4YKT A; 3IED A; 1GKX A; 1OSF A; 3D36 A; 3OW6 A; 1YC1 A; 1YET A; 5D6P A; 2IWX A; 4HYM A; 3TUH A; 2CH4 A; 1UYG A; 2H55 A; 3R4O A; 3RLP A; 4CE1 A; 1R62 A; 4PU9 A; 1Z5B A; 1MX0 A; 4URN A; 1TBW A; 2XDS A; 3BM9 A; 3A0Z A; 2YEE A; 3ZKD A; 4U93 A; 1BGQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UY7 A; 3A0R A; 1ZXM A; 4O04 A; 1UYK A; 2YE3 A; 4L94 A; 1KIJ A; 4CE2 A; 2QFO A; 4XC0 A; 5F3K A; 4XE2 A; 3FT8 A; 5BOC A; 2YEB A; 4MOT A; 1Y8O A; 2XJJ A; 3KE6 A; 4O09 A; 3R91 A; 3EHH A; 1Y4U A; 1AM1 A; 1I59 A; 1H7U A; 5CPH A; 4U7N A; 3C11 A; 4JAS A; 4PL9 A; 3H4L A; 3BMY A; 3OPD A; 4CWR A; 4JQL A; 4L90 A; 3TZ0 A; 2BU8 A; 3U67 A; 2YKI A; 5D7C A; 1BXD A; 1L0O A; 1EI1 A; 4KFG A; 4WUB A; 5L3J A; 5F5R A; 1UYL A; 1EA6 A; 2IOP A; 2YKB A; 4ASF A; 4P7A A; 3O2F A; 4CWQ A; 2FWY A; 3JZ3 A; 2WI2 A; 1F51 A; 4LP0 A; 3EHJ A; 3NMQ A; 5CTW A; 2YI7 A; 4LWG A; 3TTZ A; 1UYE A; 1JM6 A; 2JJC A; 4LPB A; 4B6C A; 5JEN A; 1NHJ A; 2VWC A; 1UYH A; 4H85 A; 4WUC A; 2XHT A; 1Y8P A; 1UYI A; 2YEF A; 2BT0 A; 2XHR A; 2WI3 A; 2XX4 A; 4JAV A; 4CWT A; 3INX A; 1B62 A; 4NH9 A; 4E02 A; 2ZDX A; 3ZXO A; 1ZWH A; 4I3H A; 3RKZ A; 3S5T A; 4BQG A; 2YEC A; 4XKO A; 5FNC A; 2WI7 A; 3D0B A; 3HHU A; 1YER A; 3H80 A; 2YEA A; 1QY8 A; 4XKK A; 3Q5K A; 4YKQ A; 2XD6 A; 1H7S A; 4MPN A; 3T0Z A; 4NH8 A; 3K97 A; 1Z59 A; 2IOR A; 2VCI A; 4EGH A; 2GQP A; 1MU5 A; 3T2S A; 2BU5 A; 1KZN A; 1I5D A; 4QPK A; 3TZ2 A; 1UYF A; 2BYH A; 1I5A A; 2YGA A; 3G7E A; 4WUD A; 2HHI A; 3B26 A; 3INW A; 3O6O A; 2XCM A; 2XDK A; 4YKW A; 3HZ5 A; 2YEH A; 1A4H A; 2FWZ A; 1TID A; 2YJX A; 2YE2 A; 4H7Q A; 3RLQ A; 4MPC A; 4XDM A; 5J6A A; 2WEP A; 4AWQ A; 3LPS A; 2BZ5 A; 3CGY A; 3B27 A; 4XIP A; 4LWE A; 4EM7 A; 2H8M A; 4O05 A; 2HKJ A; 4X9L A; 1B3Q A; 3SL2 A; 1UYM A; 2YK2 A; 2Q8F A; 4GEE A; 1YS3 A; 1GJV A; 4FCP A; 3T0H A; 4AWO A; 2BYI A; 3R92 A; 4ASG A; 2C1G A; 2YE5 A; 2YE8 A; 3K60 A; 3A0X A; 3VHD A; 2CCT A; 1NHI A; 2Q8G A; 1AMW A; 2WI1 A; 4GT8 A; 4BXI A; 4FCQ A; 4BAE A; 4HYP A; 2WI4 A; 2YK9 A; 4URL A; 4O07 A; 4EEH A; 1TH8 A; 4GCZ A; 2YKC A; 1QYE A; 1UYC A; 4XIQ A; 3T1K A; 3VHA A; 2YKJ A; 3G7B A; 4HY1 A; 4I5S A; 2E0A A; 3HEK A; 2YI6 A; 4ZKI A; 3OMU A; 5FNF A; 5M4P A; 3A0W A; 5BOD A; 3OWB A; 1QZR A; 4GQT A; 4XKA A; 3GIG A; 4HXW A; 5CF0 A; 4GFN A; 2YI5 A; 3MNR P; 4CWP A; 1YSR A; 3A0T A; 4XCL A; 1ID0 A; 3EHG A; 2BU2 A; 2YE9 A; 2YE6 A; 5M4H A; 2WER A; 3K99 A; 2XAB A; 2FXS A; 3C0E A; 2QG2 A; 1Z5C A; 3PEH A; 2WEQ A; 2CCS A; 2YGE A; 3B28 A; 5M4N A; 2XX5 A; 1YC3 A; 3VHC A; 4L8Z A; 5M4E A; 4E01 A; 4PRX A; 3Q5J A; 1Y4S A; 4ASB A; 3FV5 A; 2XDX A; 1TC0 A; 2IWU A; 2YE4 A; 2HCH A; 1GKZ A; 2VCJ A; 4HZ5 A; 3WQ9 A; 2XHX A; 2XJG A; 3EKR A; 5CTY A; 5D7D A; 1UYD A; 5IDJ A; 4MPE A; 4V25 A; 1BYQ A; 4LWI A; 2QF6 A; 3T10 A; 2YE7 A; 1YT0 A; 4HXZ A; 5M4M A; 4CWS A; 4KSG A; 2ZBK B; 2IOQ A; 4KQV A; 3QTF A; 4AWP A; 2O1W A; 1ZW9 A; 2BRC A; 1I58 A; 1I5B A; 1S16 A; 1UY9 A; 3O0I A; 4YKY A; 3RLR A; 2XJX A; 1I5C A; 2K5B A; 2YEG A; 3CGZ A; 3HYY A; 2YEI A; 3GIG B; 5CTX A; 4MP2 A; 2Q2E B; 3EHF A; 3R4M A; 2WI5 A; 1Z5A A; 4R3M A; 1U2O A; 2HG1 A; 4E00 A; 2YJW A; 4ZVI A; 4LWF A; 4LWH A; 1Y8N A; 3CRL A; 3HZ1 A; 2UWD A; 5GGZ A; 4P8O A; 3K98 A; 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