The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
128
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sequence length |
378
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structure length |
355
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Chain Sequence |
VPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSCERTSFAFLRQELPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTLIKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIFSSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIHIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTPIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPLRIIDRLFSYTYSTAPTAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQDDWCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Pyruvate Dehydrogenase Kinase-4 Structures Reveal a Metastable Open Conformation Fostering Robust Core-free Basal Activity
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 4
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| total genus |
128
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| structure length |
355
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| sequence length |
378
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.11.2: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase. |
| pdb deposition date | 2008-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02518 | HATPase_c | Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase |
| A | PF10436 | BCDHK_Adom3 | Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YC4 A; 3C11 A; 4O04 A; 4MPN A; 4O0B A; 3WQ9 A; 4WUD A; 2YGF A; 4BQG A; 3QTF A; 5M4H A; 4FMT A; 4XC0 A; 1B62 A; 1I58 A; 3HEK A; 2BU2 A; 4MP7 A; 3A0R A; 3FV5 A; 2XD6 A; 3HZ1 A; 2Q8G A; 4E02 A; 2WI3 A; 4KFG A; 2BYH A; 3IED A; 3U2D A; 3CRK A; 4P8O A; 2BZ5 A; 2GFD A; 4BQJ A; 1I5A A; 2IWU A; 4O05 A; 4MOT A; 5IN9 A; 3GIF A; 4MPC A; 3B26 A; 2H8M A; 3OPD A; 2YKJ A; 4YKQ A; 2FYP A; 4XCJ A; 3FT8 A; 4EM7 A; 2IOR A; 1UYF A; 1Y8P A; 4EGH A; 2YEA A; 2BU8 A; 1YT1 A; 1Y4S A; 2YE6 A; 4GCZ A; 2XAB A; 2YE5 A; 1U0Z A; 1Y4U A; 4U93 A; 1ZXN A; 3ZM7 A; 4O07 A; 4XKO A; 2IWS A; 2ZDX A; 3R4O A; 3EHF A; 1UYE A; 3A0T A; 5BOD A; 4KP4 A; 5J71 A; 1EA6 A; 3GIE A; 4CE3 A; 2YI6 A; 2YEF A; 3T10 A; 3EHH A; 4GQT A; 4URO A; 2XCM A; 4PL9 A; 4H7Q A; 2HKJ A; 4GEE A; 2XHR A; 1Z5A A; 4MBC A; 1ZWH A; 3G7B A; 4AS9 A; 4U7O A; 5D6Q A; 4LPB A; 1BYQ A; 2BTZ A; 4NH8 A; 2ZKJ A; 5FNF A; 4ZKI A; 3HYZ A; 5CTW A; 4PRX A; 2C2A A; 1I5B A; 4XKK A; 3HZ5 A; 2YED A; 2IOP A; 5J6A A; 1QY8 A; 3NMQ A; 3EHJ A; 4PU9 A; 4LWI A; 3DGE A; 4HYM A; 2O1U A; 4YKZ A; 2XHX A; 4O09 A; 2CGF A; 3H4L A; 1UYK A; 4XE2 A; 4LWE A; 1B63 A; 2YE9 A; 1UY9 A; 4MB9 A; 4XIP A; 4LWH A; 1I5C A; 1YT2 A; 1Z5C A; 4YKT A; 4YKY A; 4B6C A; 4EGI A; 1AH8 A; 3LNU A; 2XDS A; 1NHJ A; 4V25 A; 4I3H A; 4HZ5 A; 4WUB A; 1US7 A; 3A0W A; 4R3M A; 2FWZ A; 3A0X A; 2YK9 A; 2ZBK B; 3T2S A; 1QZR A; 4XIR A; 3PEH A; 3Q5K A; 1YS3 A; 3CGZ A; 1UY7 A; 5M4M A; 1S14 A; 1YET A; 3GIG B; 3KE6 A; 3R91 A; 3TTZ A; 4EEH A; 1ZXM A; 3R4P A; 4K4O A; 3TZ5 A; 1MX0 A; 5CPH A; 2CH4 A; 2YGA A; 1YT0 A; 1R62 A; 3CGY A; 5M4E A; 1TC0 A; 1YC3 A; 3O6O A; 5M4N A; 2UWD A; 1BXD A; 4FCQ A; 1AH6 A; 1Z59 A; 4XKA A; 2H55 A; 2YE3 A; 4XD8 A; 1AJ6 A; 3R4M A; 5FWK A; 1BGQ A; 1GJV A; 2QFO A; 1UYC A; 5M4P A; 2YKE A; 2Q8I A; 2QG2 A; 1PVG A; 2YK2 A; 2BU5 A; 2Q2E B; 3INX A; 2YI5 A; 4BAE A; 4BIU A; 1QYE A; 2Q8H A; 2WI2 A; 5CTY A; 1EI1 A; 1NHI A; 4R3A A; 4JQL A; 4L94 A; 1YC1 A; 1UYG A; 3A0Z A; 2CG9 A; 3EHG A; 2XDX A; 2QF6 A; 1GKX A; 3B25 A; 2AKP A; 4ASB A; 2CCS A; 2E0A A; 4KTN A; 3C0E A; 4LWG A; 2BYI A; 3U2K A; 5CTU A; 3RLQ A; 2ESA A; 5D6P A; 4H85 A; 5IDJ A; 4EMV A; 3CWV A; 3MNR P; 3T0Z A; 3Q5J A; 4JAS A; 2YGE A; 3TZ4 A; 2O1W A; 2O1V A; 4CWS A; 2YEH A; 2WI6 A; 4XIT A; 1BKN A; 1ZW9 A; 2HCH A; 2VCJ A; 4GGL A; 5CF0 A; 3OWB A; 4XIQ A; 2WI5 A; 2Q8F A; 2WER A; 4KSH A; 3K98 A; 1H7U A; 4W7T A; 4HY6 A; 1I59 A; 4I5S A; 3VHD A; 2YEC A; 5D7R A; 2XX4 A; 5GGZ A; 5L3J A; 4L8Z A; 4P7A A; 2YEI A; 3BMY A; 4URN A; 3BM9 A; 2XDL A; 4CWP A; 5BOC A; 4AWP A; 3TZ2 A; 2WI7 A; 4HYP A; 2GQP A; 2JKI A; 3R4N A; 3TZ0 A; 3VAD A; 4LWF A; 2XJG A; 3K97 A; 4XTJ A; 2YKC A; 1UYL A; 3T1K A; 2VW5 A; 3O0I A; 2BRC A; 5F3K A; 2YKB A; 2HG1 A; 4B7P A; 1U2O A; 2FXS A; 2YJX A; 1I5D A; 3B24 A; 2PNR A; 3T0H A; 4MPE A; 1UY8 A; 1UYH A; 4H81 A; 4ZVI A; 2YE7 A; 2YE4 A; 3G75 A; 4AWO A; 1UYD A; 5F5R A; 4FPP A; 4CE2 A; 3K99 A; 4HZ0 A; 4XDM A; 4CE1 A; 4ASG A; 2VWC A; 2WI1 A; 2ZDY A; 5D7D A; 1KZN A; 5M4K A; 1UYM A; 2IWX A; 3O2F A; 4PRV A; 3RLP A; 3WHA A; 1Y8N A; 1AMW A; 4HY1 A; 4AWQ A; 3TUH A; 1TBW A; 2YEG A; 4GT8 A; 3Q5L A; 4L91 A; 4EGK A; 2K5B A; 1TID A; 3D0B A; 4E00 A; 1ID0 A; 1S16 A; 4WUC A; 4KQV A; 2XDU A; 4BXI A; 1THN A; 3OMU A; 2BT0 A; 4NH7 A; 3HHU A; 4CWR A; 2YE2 A; 4L90 A; 4R1F A; 3CRL A; 3GIG A; 3B28 A; 3EKO A; 4GFN A; 3RKZ A; 2IOQ A; 4ASA A; 2XK2 A; 1TIL A; 4BIZ A; 4JAU A; 5D7C A; 3D2R A; 2XDK A; 3H80 A; 1NHH A; 2XHT A; 1UY6 A; 1JM6 A; 2YJW A; 1GKZ A; 4EFT A; 3RLR A; 3SL2 A; 2YEE A; 4U7N A; 3PEJ A; 2YE8 A; 4CWT A; 4CWO A; 2BSM A; 4CWF A; 4KSG A; 2EXL A; 3B27 A; 4MP2 A; 4CWQ A; 2BRE A; 4X9L A; 4EFU A; 3ZXO A; 4HXZ A; 4XCL A; 2BU6 A; 2XX5 A; 4V26 A; 2WEP A; 1A4H A; 4YKR A; 3K60 A; 4ASF A; 1L0O A; 2YEJ A; 1TH8 A; 2XJX A; 2VCI A; 3G7E A; 3OWD A; 3HYY A; 1YSZ A; 1H7S A; 3EKR A; 3VHC A; 2XJJ A; 3LPS A; 4L93 A; 3D36 A; 4NH9 A; 2QG0 A; 1YES A; 2YEB A; 3ZKD A; 4FCR A; 4YKW A; 3FT5 A; 4LP0 A; 1Z5B A; 4QPJ A; 4DUH A; 4FCP A; 3ZKB A; 3ZXQ A; 5FNC A; 4E01 A; 4YKX A; 5FND A; 5IDM A; 1B3Q A; 4JAV A; 2CCU A; 2BU7 A; 2XX2 A; 1MU5 A; 2CCT A; 4YKU A; 3U67 A; 4DZY A; 1KIJ A; 1TC6 A; 1YSR A; 4Q20 A; 3VHA A; 1UYI A; 4QPK A; 1Y8O A; 5CTX A; 3QDD A; 4CWN A; 3OW6 A; 2WEQ A; 2YKI A; 2WI4 A; 3R92 A; 1YER A; 2YI0 A; 2JJC A; 5C93 A; 3INW A; 4HXW A; 1AM1 A; 2FWY A; 2YI7 A; 4URM A; 3JZ3 A; 4URL A; 3A0Y A; 1OSF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A1T A; 1YC4 A; 3C11 A; 4L1F A; 4MPN A; 4O04 A; 4O0B A; 3WQ9 A; 4WUD A; 2YGF A; 4BQG A; 3QTF A; 5M4H A; 4FMT A; 1XFW A; 2YYI A; 4NXL A; 4M9A A; 4XC0 A; 1B62 A; 1RP3 A; 4FF3 A; 1I58 A; 3HEK A; 2BU2 A; 4MP7 A; 3D9G A; 4DOY A; 2XD6 A; 3A0R A; 3FV5 A; 3HZ1 A; 1FS7 A; 2Q8G A; 4E02 A; 2WI3 A; 4KFG A; 4W9U A; 5BRM A; 2BYH A; 4L38 A; 3IED A; 2IX6 A; 3U2D A; 2HHI A; 3CRK A; 4P8O A; 2CJ6 A; 2BZ5 A; 2REH A; 3D1I A; 2GFD A; 4BQJ A; 1I5A A; 2IWU A; 4O05 A; 4MOT A; 5IN9 A; 3GIF A; 4MPC A; 3B26 A; 2H8M A; 3OPD A; 4ZYJ A; 2YKJ A; 4KSA A; 4YKQ A; 2FYP A; 2ZAF A; 4XCJ A; 3FT8 A; 4G5E A; 4EM7 A; 2IOR A; 4X28 A; 1UYF A; 1Y8P A; 3D9E A; 4EGH A; 2JBS A; 3P4T A; 1XFV A; 2R0N A; 2BU8 A; 2YEA A; 1YT1 A; 1Y4S A; 2JBT A; 2YE6 A; 4GCZ A; 2XAB A; 4URL A; 2YE5 A; 1U0Z A; 1Y4U A; 3TTB A; 4U93 A; 4L3Z A; 1ZXN A; 3RKH A; 3VKH A; 4O07 A; 4RM7 A; 4XKO A; 2IWS A; 4XVX A; 3ZM7 A; 4AI6 A; 4JEK A; 2ZDX A; 2VF1 A; 5B5V A; 3R4O A; 2C1G A; 3EHF A; 1UYE A; 3A0T A; 1W07 A; 5BOD A; 4KP4 A; 5J71 A; 4AKG A; 1EA6 A; 3HWC A; 3S5T A; 3GIE A; 4CE3 A; 2CJ7 A; 2YI6 A; 2YEF A; 3T10 A; 3EHH A; 4GQT A; 4URO A; 2FP1 A; 2XCM A; 4PL9 A; 4O5M A; 4H7Q A; 2EBF X; 2J7A A; 2HKJ A; 1T9G A; 4GEE A; 1RX0 A; 4KS9 A; 2OEX A; 2XHR A; 1Z5A A; 3CYG A; 4MBC A; 1ZWH A; 3G7B A; 4L3X A; 2R02 A; 1K8T A; 4AS9 A; 4U7O A; 5D6Q A; 4LPB A; 4Q5B A; 1BYQ A; 2BTZ A; 4NH8 A; 2ZKJ A; 2R0M A; 5FNF A; 3FCJ A; 4ZKI A; 3HYZ A; 2FTK A; 5CTW A; 4PRX A; 2C2A A; 1I5B A; 4XKK A; 2CJ4 A; 3HZ5 A; 2F6L A; 2YED A; 1K90 A; 2IOP A; 3PFD A; 1QDB A; 2R05 A; 3M9V A; 5J6A A; 1QY8 A; 3NMQ A; 3EHJ A; 4PU9 A; 4LWI A; 3Q24 A; 3DGE A; 4HYM A; 1SC5 A; 2O1U A; 4YKZ A; 3KML A; 2XHX A; 1RJ1 A; 3MDD A; 3LMM A; 4O09 A; 2C1I A; 2CGF A; 5JEN A; 3H4L A; 1UYK A; 5B5W A; 4XE2 A; 4OO2 A; 3SXQ A; 4L3Y A; 4LWE A; 1B63 A; 2YE9 A; 1UY9 A; 4MB9 A; 4XIP A; 3EON A; 2OJQ A; 4LWH A; 1I5C A; 5K3G A; 1YT2 A; 1Z5C A; 4YKT A; 4YKY A; 4B6C A; 3BNF A; 4JIO A; 4EGI A; 1X91 A; 5K3I A; 1AH8 A; 4Q1O A; 3LNU A; 2XDS A; 1NHJ A; 4V25 A; 4I3H A; 2E80 A; 1IS2 A; 4HZ5 A; 2CJ8 A; 4WUB A; 2AO2 A; 1LVC A; 1US7 A; 3A0W A; 4R3M A; 2FWZ A; 3A0X A; 2YK9 A; 2RFQ A; 2ZBK B; 3T2S A; 3D6B A; 1SK6 A; 3AFE A; 2VIG A; 1XFX A; 1QZR A; 4XIR A; 3PEH A; 3MDE A; 3Q5K A; 1YS3 A; 3CGZ A; 2C0U A; 1UY7 A; 5M4M A; 1S14 A; 1YET A; 3GIG B; 3KE6 A; 3R91 A; 3TTZ A; 4EEH A; 1ZXM A; 3R4P A; 4K4O A; 4FF4 A; 3TZ5 A; 3FO3 A; 1MX0 A; 5CPH A; 2CH4 A; 2YGA A; 1YT0 A; 1R62 A; 3EOM A; 3CGY A; 1UKW A; 5M4E A; 3SWO A; 1TC0 A; 1YC3 A; 3O6O A; 5M4N A; 2UWD A; 1BXD A; 4FCQ A; 1AH6 A; 1Z59 A; 4FZ4 A; 4XKA A; 1OAH A; 2H55 A; 1XG2 B; 2YE3 A; 4XD8 A; 1AJ6 A; 2E81 A; 3R4M A; 5FWK A; 1BGQ A; 1GJV A; 2QFO A; 3AFF A; 1UYC A; 2CX9 A; 5M4P A; 2YKE A; 2Q8I A; 4Q0T A; 2QG2 A; 3NF4 A; 2EBH X; 1PVG A; 2EBA A; 2YK2 A; 2BU5 A; 2Q2E B; 4P79 A; 2WBI A; 2YI5 A; 3INX A; 4U83 A; 2YYK A; 4BAE A; 4BIU A; 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