The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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sequence length |
374
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structure length |
363
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Chain Sequence |
SYDSSSIKVLKGLDAVRKRPGMYIGDTDDGTGLHHMVFEVVDNAIDEALAGHCKEIIVTIHADNSVSVQDDGRGIPTGIHPEEGVSAAEVIMTVLHAGGKFDDNSYKVSGGLHGVGVSVVNALSQKLELVIQREGKIHRQIYEHGVPQAPLAVTGETEKTGTMVRFWPSLETFTNVTEFEYEILAKRLRELSFLNSGVSIRLRDKRDGKEDHFHYEGGIKAFVEYLNKNKTPIHPNIFYFSTEKDGIGVEVALQWNDGFQENIYCFTNNIPQRDGGTHLAGFRAAMTRTLNAYMDKEGYSAREGLIAVVSVKVPDPKFSSQTKDKLVSSEVKSAVEQQMNELLAEYLLENPTDAKIVVGKIID
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Escherichia coli
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| publication title |
Structure of the N-Terminal Gyrase B Fragment in Complex with ADPPi Reveals Rigid-Body Motion Induced by ATP Hydrolysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GyrB
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| total genus |
108
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| structure length |
363
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| sequence length |
374
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| ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
| pdb deposition date | 2014-03-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00204 | DNA_gyraseB | DNA gyrase B |
| A | PF02518 | HATPase_c | Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZW9 A; 2BSM A; 3INW A; 2H55 A; 2YE5 A; 4LP0 A; 1Z59 A; 3K17 A; 5CTX A; 1Z0G A; 2VF3 A; 3HYZ A; 1HNW E; 2CZ9 A; 3C0E A; 5CTW A; 4DR6 I; 1TH8 A; 5IDJ A; 4HYP A; 4X62 E; 4W7T A; 2XK2 A; 4BXI A; 5IN9 A; 1A4H A; 1NHI A; 1TBW A; 4DUY I; 2NPF A; 3HHU A; 1PIE A; 3PYG A; 2XAB A; 3CGY A; 3NMQ A; 4DPW A; 3GIG A; 5IT9 C; 4JI8 E; 4HZ0 A; 1YT1 A; 1H73 A; 2UXC E; 2VCJ A; 2XJX A; 3OPD A; 2Q8G A; 2Q2E B; 4HY1 A; 1AJ6 A; 2BRC A; 3OWB A; 1N36 I; 1EI1 A; 5CPH A; 4XDM A; 3ZXQ A; 4DR6 E; 4DPT A; 3EHF A; 1UYK A; 1BYQ A; 4DUY E; 5FLX Q; 4E00 A; 1YT2 A; 4DV1 I; 4YKX A; 4YY3 I; 4JI3 I; 2FWZ A; 2XDX A; 4WUC A; 4NXM I; 1Z0V A; 1GJV A; 2K5B A; 4USK A; 4FCP A; 1UYL A; 2YGE A; 4BIU A; 4XE2 A; 4EFU A; 4QPJ A; 5M4N A; 1N36 E; 3RLQ A; 1L0O A; 2BM1 A; 2JKI A; 2F4V I; 3HUL A; 3CRL A; 5GGZ A; 2YI7 A; 3A0X A; 4LF7 I; 1YES A; 4U7O A; 2ZM6 E; 2H8M A; 3T0Z A; 4MYT A; 2XDS A; 2GQP A; 4YY3 E; 4KQV A; 4JI2 I; 4NXM E; 3B8H A; 2BM0 A; 2UUA I; 1I5C A; 4H81 A; 4DPY A; 2XCM A; 3R91 A; 3T0H A; 3T1K A; 4EGK A; 4DXL A; 2YEJ A; 1HNX E; 1YC4 A; 3TZ2 A; 1I94 I; 1S4E A; 4O04 A; 4JI1 I; 3B78 A; 4ASB A; 4AWP A; 1Z0W A; 2F4V E; 1PKP A; 5LL6 R; 2YEC A; 4LF7 E; 4GKJ I; 4JAS A; 3JAM C; 4LWI A; 3Q1Q A; 3VAD A; 4O0B A; 4JI2 E; 3D36 A; 4B3R I; 1Y8P A; 4MPC A; 1Z0B A; 4K4O A; 2V34 A; 3D0B A; 2YK2 A; 1I94 E; 4DR1 I; 2A2C A; 3B82 A; 3T1H I; 1I58 A; 2UXD I; 2WI5 A; 3Q5K A; 4P7A A; 4BAE A; 3WU3 A; 3U67 A; 4JI4 E; 2BU6 A; 1B3Q A; 1YC3 A; 3A0T A; 4LF9 I; 4R3M A; 1KVK A; 4CWR A; 2XJJ A; 1N33 I; 3B26 A; 5J71 A; 2ZDY A; 4KFG A; 3CGZ A; 4YKY A; 4ASA A; 5J6A A; 2UUC I; 4URM A; 4DPU A; 2YEH A; 4B3S I; 4DR7 I; 1Z5B A; 3FV5 A; 3A0R A; 4B7P A; 3T1H E; 3ZKB A; 3QT7 A; 1YSZ A; 2UXD E; 1I5A A; 1N34 I; 3B24 A; 1UYI A; 4DV3 I; 4JI6 I; 3OMU A; 3ZXO A; 4YKU A; 4U7N A; 4DR4 I; 2C2A A; 3R92 A; 4EMV A; 2O1W A; 5F5R A; 4LF9 E; 4URO A; 4K0K I; 1N33 E; 4M1K A; 1HR0 I; 2O1V A; 4MPN A; 4NH7 A; 4YKQ A; 2X36 A; 4X65 I; 2UUC E; 4JYA E; 4WUB A; 4CWP A; 2YI6 A; 4FW9 A; 3HEK A; 4B3T I; 2R3V A; 2Q8F A; 1RRE A; 4B3S E; 4CWN A; 2GFD A; 1RR9 A; 4DR3 I; 2CCS A; 4DV0 I; 2E5L I; 2XX2 A; 4XIP A; 4LF4 I; 1N34 E; 2BYH A; 4DV3 E; 4JI6 E; 1AMW A; 4Z7C A; 3QT6 A; 3J7A G; 3EKR A; 4QPK A; 1YET A; 4FWH A; 2E1R A; 2IOR A; 1BKN A; 2OI2 A; 4K0K E; 4EGH A; 3EHG A; 4DR5 I; 1KIJ A; 4O07 A; 1HR0 E; 2BYI A; 2QG2 A; 5M4E A; 4X65 E; 1DAR A; 4E01 A; 2YEG A; 4HAC B; 1TC0 A; 2ESA A; 2HG1 A; 1B62 A; 3GIG B; 5LMU E; 3WQ9 A; 2JJC A; 2VQF I; 4XKO A; 3LPS A; 1NHJ A; 4GGL A; 3K1J A; 3B25 A; 3RKZ A; 3EHH A; 2WEP A; 3GON A; 4LF8 I; 4JI7 I; 3ZZT A; 1UY8 A; 3R4O A; 2YEE A; 4XIR A; 5FNC A; 3J81 C; 4DV5 I; 4E02 A; 4DR5 E; 4CE1 A; 2YI0 A; 4NH9 A; 4BQJ A; 4KP4 A; 2YEB A; 3PYE A; 1KTV A; 1YS3 A; 3VHD A; 3G75 A; 3QTF A; 4B3M I; 4ED4 A; 4XKA A; 5IT9 Q; 1QZR A; 4MBC A; 4XIT A; 2PNR A; 1MX0 A; 1IBM I; 4FWG A; 1B63 A; 4LF8 E; 2VWC A; 2EFG A; 4X66 I; 2FYP A; 2HHH I; 2YEA A; 2XHT A; 4DV5 E; 3GIE A; 5M4K A; 3A0Z A; 4PRV A; 5CTY A; 3V5R A; 2UXB I; 1XNR I; 4FPP A; 1H74 A; 3ZZU A; 4HYM A; 1ZM4 A; 4GEE A; 1UY9 A; 2YE4 A; 1S14 A; 4KSH A; 1I59 A; 3WHA A; 4V25 A; 2QFO A; 4GFN A; 3J80 C; 1TID A; 5GME A; 4B3M E; 4DV1 E; 4JI3 E; 3G7E A; 1IBL I; 2AJ4 A; 2BU2 A; 3D4J A; 1YC1 A; 2QG0 A; 2FXS A; 4AQY I; 4X66 E; 2HHH E; 2HFS A; 4LFA I; 3OW6 A; 4FCQ A; 2DEJ A; 5FWK A; 2ZBK B; 2YE3 A; 3TZ4 A; 1XMO I; 2IWS A; 1N32 I; 2UXB E; 1XNR E; 2WI6 A; 4MP7 A; 2HK3 A; 2HK2 A; 1U2O A; 3QT5 A; 3FT8 A; 2XX5 A; 1UY7 A; 5D7R A; 4X64 I; 2WI7 A; 4JI0 I; 1WUU A; 3VHA A; 4BQG A; 3PYD A; 1UYC A; 2YKB A; 3BMY A; 3EHJ A; 1Z0T A; 4XC0 A; 2UUA E; 4O09 A; 1PVG A; 4FN5 A; 3TUH A; 3U2K A; 3J7A M; 4P52 A; 1R62 A; 4AQY E; 2O1U A; 4XCJ A; 2R42 A; 4LFA E; 4P8O A; 2BV3 A; 1UYD A; 1TIL A; 4CWO A; 1XMO E; 4JI1 E; 1N32 E; 2XJG A; 3ZM7 A; 3IED A; 3INX A; 5A2Q C; 5BR8 I; 3CWV A; 3JAM Q; 3VHC A; 5L3J A; 3RLR A; 4GKJ E; 4X64 E; 4WUD A; 4GT8 A; 4CWS A; 4JI0 E; 1UYH A; 2YJW A; 2WI2 A; 4LWE A; 1ZXM A; 5D6P A; 3TZ0 A; 4UT4 A; 3K60 A; 4B3R E; 4DUH A; 1N0U A; 1H72 C; 2V2V A; 3LNU A; 1ZXN A; 4Q20 A; 2YKC A; 2GS8 A; 2CH4 A; 3TZ5 A; 2YE7 A; 1HNZ I; 4LF6 I; 4DR1 E; 2FWY A; 3PEH A; 4LWF A; 3WU5 A; 1Y8O A; 2BU5 A; 2X7I A; 1Y4U A; 4L90 A; 5BR8 E; 4CWF A; 2UUB I; 4XIQ A; 1BXD A; 2XX4 A; 5BOC A; 5IDM A; 1FKA E; 3QDD A; 1Z0E A; 5D7D A; 2YE6 A; 3O2F A; 2XDU A; 4JV5 I; 4CWT A; 3HZ5 A; 4L93 A; 1S16 A; 3R4N A; 4DR7 E; 4B6C A; 1I5D A; 1MG7 A; 2YKJ A; 4DV6 I; 4L8Z A; 4CE3 A; 2CG9 A; 1UYM A; 3OTO I; 1JM6 A; 4DR4 E; 3GIF A; 2BT0 A; 2BTZ A; 1EA6 A; 2HKE A; 3F0N A; 4L94 A; 4YKR A; 2Q8I A; 4LPB A; 3H4L A; 4EMD A; 1NHH A; 2WI1 A; 3QT8 A; 1A6F A; 2CCT A; 1Y8N A; 3MNR P; 2WI4 A; 2ZKJ A; 1HNW I; 2CCU A; 4LWG A; 4HXW A; 2YJX A; 4L91 A; 1U0Z A; 2LJP A; 4B3T E; 2E0A A; 4FCR A; 3R4P A; 3TTZ A; 4YKT A; 4DR3 E; 4I3H A; 4DV0 E; 4DV6 E; 1XHK A; 2E5L E; 2WI3 A; 2ZDX A; 3RLP A; 5D7C A; 4LF4 E; 3G7B A; 4LFB I; 1IBK I; 4XTJ A; 2YE2 A; 3LTO A; 4EEH A; 4YHH I; 1J5E I; 4DV2 I; 1ZM2 A; 4JI8 I; 2YE8 A; 3M6A A; 2UXC I; 5GMD A; 5IWA I; 4DPX A; 3HYY A; 4HXZ A; 4DV7 I; 3KE6 A; 3K97 A; 1ELO A; 5BOD A; 4URL A; 3K99 A; 4XCL A; 4YKW A; 1FNM A; 3ZKD A; 1UY6 A; 2VW5 A; 2UU9 I; 3H80 A; 4MP2 A; 1VIS A; 4ZKI A; 3OWD A; 3T1Y I; 4JG4 A; 2QF6 A; 2YKI A; 2XHR A; 2ZIT A; 4LF5 I; 2VQF E; 2IOQ A; 1ZM9 A; 5FLX C; 4LFB E; 3U2D A; 4HAC A; 1IBK E; 2HCH A; 1ZM3 A; 4YHH E; 1J5E E; 4DV2 E; 4JI5 I; 3J81 Q; 2XDL A; 4AWO A; 4LFC I; 1H7S A; 4PRX A; 4JI7 E; 3B28 A; 4KHP I; 4V26 A; 4GQT A; 5IWA E; 1K47 A; 4DV7 E; 1UYG A; 3WU6 A; 2XHX A; 4ZVI A; 1OSF A; 4URN A; 1KKH A; 2UU9 E; 1Z5A A; 1U2R A; 1NZ0 A; 4AWQ A; 3T1Y E; 2ZM6 I; 2YE9 A; 4H85 A; 4USM A; 1N0V C; 1AH6 A; 4LF5 E; 4JQL A; 2CGF A; 3O0I A; 4H7Q A; 1IBM E; 1UYE A; 2HKJ A; 1OJ4 A; 4JI5 E; 3Q5J A; 4LFC E; 2BU8 A; 2Q8H A; 4KHP E; 5FNF A; 1HNX I; 4DU8 A; 4XD8 A; 5LMN I; 1AM1 A; 2YEF A; 2XD6 A; 3J80 Q; 1GKX A; 2J7K A; 2YED A; 5F3K A; 5M4H A; 1FJG I; 3Q5L A; 1US7 A; 2A2D A; 4DU7 A; 1IBL E; 2BZ5 A; 4CWQ A; 5M4P A; 1YT0 A; 2BU7 A; 4NXN I; 1XMQ I; 2WEQ A; 4R1F A; 1XNQ I; 4GKK I; 2WW4 A; 2XEX A; 4DZY A; 4FMT A; 1MU5 A; 5D6Q A; 2IWU A; 4MPE A; 1H7U A; 5LMN E; 3SL2 A; 4CE2 A; 1UEK A; 2BRE A; 1QY8 A; 2AKP A; 4JI4 I; 1BGQ A; 4JAV A; 4AS9 A; 3JZ3 A; 1FJG E; 4PU9 A; 4FWD A; 3A0W A; 1KZN A; 2HFU A; 4MYU A; 2VQE I; 5FND A; 2IWX A; 1XMQ E; 4NXN E; 1GKZ A; 4NH8 A; 5CTU A; 3PEJ A; 1THN A; 3B27 A; 1XNQ E; 4GKK E; 1ID0 A; 5A2Q Q; 3A0Y A; 3WU4 A; 4UTG A; 4JAU A; 4GCZ A; 4KTN A; 4ASG A; 4Z7Y A; 1FWL A; 4YKZ A; 3ZZ0 A; 1YER A; 4O05 A; 2XDK A; 1UYF A; 5C93 A; 4DUZ I; 3PYF A; 4OX9 I; 4RPF A; 4XKK A; 3T10 A; 5CF0 A; 5M4M A; 2DEI A; 4DV4 I; 4HZ5 A; 2YKE A; 4PL9 A; 4I5S A; 4DR2 I; 2VQE E; 2YEI A; 2YI5 A; 2V8P A; 4JYA I; 1AH8 A; 3FT5 A; 3HZ1 A; 1FWK A; 4EM7 A; 4BIZ A; 2YK9 A; 3V2U C; 1HNZ E; 4LF6 E; 2UWD A; 4EFT A; 4KSG A; 2EXL A; 4X9L A; 2V2Q A; 2IOP A; 3EKO A; 2UUB E; 1D6T A; 2WER A; 1TC6 A; 3T2S A; 4ASF A; 3CRK A; 1QYE A; 4DUZ E; 4OX9 E; 1Y4S A; 3O6O A; 4DV4 E; 3DGE A; 1Z0C A; 4DR2 E; 3C11 A; 4JV5 E; 4MB9 A; 3R4M A; 4R3A A; 4LWH A; 3K98 A; 4U93 A; 4X62 I; 4MOT A; 2VCI A; 2YGA A; 3BM9 A; 1ZWH A; 5LMU I; 4EGI A; 3OTO E; 2V2Z A; 4HY6 A; 1Z5C A; 2YGF A; 1FI4 A; 1I5B A; 1YSR A; 3D2R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZW9 A; 4FW6 A; 2BSM A; 3INW A; 4BA1 A; 2H55 A; 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