The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
210
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structure length |
198
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Chain Sequence |
QVLEGLDAVRKRPGMYIGSTDGAGLHHLVWEIVDNAVDEALSGFGDRIDVTINKDGSLTVQDHGRGMPTGMHAMGIPTVEVIFTILHAGGLHGVGSSVVNALSSWLEVEITRDGAVYKQRFENGGKPVTTLKKIGTALKSKTGTKVTFMPDATIFSTTDFKYNTISERLNESAFLLKNVTLSLTDKRTDEAIEFHYEN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Thiazolopyridine Ureas as Novel Antitubercular Agents Acting through Inhibition of DNA Gyrase B.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase/isomerase inhibitor
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| source organism |
Streptococcus pneumoniae
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| molecule keywords |
DNA topoisomerase IV, B subunit
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| total genus |
61
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| structure length |
198
|
| sequence length |
210
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| ec nomenclature |
ec
5.99.1.-: |
| pdb deposition date | 2013-08-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YEF A; 4AS9 A; 4PRX A; 2ZBK B; 4P7A A; 3RLP A; 3O2F A; 2YI0 A; 5CTX A; 5CTY A; 3NMQ A; 2BRC A; 2XHT A; 3PEH A; 2FWZ A; 2CCT A; 3A0Y A; 4CWT A; 4B6C A; 1YET A; 2XX5 A; 2UWD A; 4PRV A; 4XCL A; 1YT2 A; 3OW6 A; 2CGF A; 2YGF A; 3FV5 A; 2XD6 A; 3A0W A; 1AJ6 A; 3WQ9 A; 4X9L A; 2CCS A; 4ZVI A; 4GEE A; 4EFT A; 4LPB A; 3WHA A; 4O04 A; 3VHC A; 4V26 A; 4LWF A; 4KTN A; 4FCR A; 4CE3 A; 3B25 A; 4XTJ A; 3H80 A; 4KSG A; 4WUD A; 1UYK A; 3G75 A; 2FXS A; 1YS3 A; 4MP7 A; 2HG1 A; 2YE2 A; 4KQV A; 4YKT A; 4R1F A; 1I58 A; 2JKI A; 4CWR A; 2YGE A; 3Q5L A; 5F3K A; 3CRK A; 4HY1 A; 2YEC A; 3JZ3 A; 5IN9 A; 3TZ4 A; 2VCJ A; 4E00 A; 1UY9 A; 3TZ0 A; 1GJV A; 2YGA A; 2WI7 A; 4GGL A; 2CG9 A; 4EMV A; 1ZXN A; 3C0E A; 2XJG A; 1UYC A; 2BSM A; 3R4O A; 2XCM A; 2YE7 A; 1B3Q A; 4P8O A; 4XIR A; 3C11 A; 1AH8 A; 1BKN A; 1ID0 A; 2XX2 A; 5D7R A; 2YE9 A; 3EHF A; 5D7D A; 3HZ1 A; 1JM6 A; 4DUH A; 1Y8N A; 3Q5K A; 1YC1 A; 3B28 A; 1EI1 A; 3OMU A; 4JAS A; 4LWE A; 4URN A; 3LPS A; 2YI6 A; 4EFU A; 2YE6 A; 3PEJ A; 4XE2 A; 5L3J A; 1GKX A; 3EKO A; 2EXL A; 2YEG A; 1UY6 A; 1UYI A; 3CWV A; 1NHJ A; 3D0B A; 1US7 A; 1QY8 A; 4GT8 A; 2ESA A; 1AH6 A; 2BT0 A; 1KIJ A; 5FND A; 2XDS A; 4WUB A; 1YC3 A; 1ZXM A; 2WI1 A; 2XHR A; 2WI5 A; 3D2R A; 3D36 A; 4PL9 A; 1ZW9 A; 3TTZ A; 2GFD A; 4BXI A; 4O05 A; 3R91 A; 2YE3 A; 4CWS A; 2YKE A; 3A0X A; 4XIQ A; 4BQJ A; 4LWG A; 4V25 A; 4YKZ A; 4LWI A; 2O1U A; 3R4P A; 2YEJ A; 4WUC A; 1R62 A; 2XDL A; 4FPP A; 1UYE A; 2BU7 A; 4U7N A; 3BMY A; 3U2D A; 2Q8G A; 2PNR A; 3TZ2 A; 3Q5J A; 2XDK A; 4CWP A; 4ASG A; 1UY8 A; 1NHI A; 2IWX A; 3T0Z A; 2YK9 A; 4XDM A; 3G7B A; 4XKA A; 4CWQ A; 4L93 A; 4YKQ A; 4EGH A; 5M4E A; 1TID A; 2ZDX A; 1L0O A; 1UYM A; 1Y8O A; 2BZ5 A; 5GGZ A; 2E0A A; 4LWH A; 2WI3 A; 1TC0 A; 1Y4S A; 4HXW A; 2FWY A; 4CE2 A; 2YKJ A; 2BU5 A; 1I5D A; 3VHD A; 1YER A; 5J6A A; 1YC4 A; 4L8Z A; 3FT5 A; 4XCJ A; 3INW A; 4URO A; 3B27 A; 1TH8 A; 2HCH A; 2YI5 A; 4HZ5 A; 3RLR A; 2BU8 A; 4XIT A; 2VW5 A; 4HZ0 A; 4MPC A; 2H8M A; 2O1V A; 4LP0 A; 4HXZ A; 2AKP A; 4O07 A; 4CWN A; 2YKI A; 1I5A A; 2WI6 A; 5D6Q A; 4XIP A; 1I5C A; 3SL2 A; 4MPN A; 2O1W A; 2XHX A; 1YT1 A; 3HEK A; 2HKJ A; 3EKR A; 4PU9 A; 1BGQ A; 1H7U A; 4GCZ A; 4ZKI A; 4E02 A; 3T10 A; 1BYQ A; 4W7T A; 2VCI A; 3GIF A; 2YKB A; 2IOP A; 4L91 A; 5CF0 A; 4Q20 A; 4I3H A; 1UYG A; 4L94 A; 1PVG A; 2YE5 A; 4O09 A; 3R92 A; 1YT0 A; 3O0I A; 2Q8F A; 4O0B A; 4JAV A; 2BU2 A; 2IOQ A; 5IDM A; 3A0Z A; 5D6P A; 2IWU A; 4QPK A; 4DZY A; 1I5B A; 4MP2 A; 3VAD A; 5M4M A; 1TIL A; 1NHH A; 4R3M A; 4L90 A; 1EA6 A; 3DGE A; 5M4H A; 3ZM7 A; 1TC6 A; 4FCQ A; 4HYM A; 4JAU A; 3KE6 A; 2WER A; 4GQT A; 2ZKJ A; 3ZXQ A; 3T2S A; 5FWK A; 3T1K A; 3K60 A; 2YEE A; 4KFG A; 3O6O A; 1OSF A; 2YJW A; 1THN A; 5M4N A; 3HYY A; 1Y4U A; 3ZKD A; 2GQP A; 4ASA A; 2Q2E B; 3CGY A; 3K97 A; 4XKO A; 3BM9 A; 3K98 A; 2XX4 A; 2XK2 A; 4MB9 A; 1Z5C A; 1ZWH A; 3B26 A; 5C93 A; 2C2A A; 3H4L A; 2YK2 A; 2YKC A; 4EGI A; 1Z59 A; 1B63 A; 2YEA A; 5FNF A; 3K99 A; 3B24 A; 2CCU A; 3R4N A; 4BQG A; 1TBW A; 1U2O A; 1MU5 A; 4FCP A; 3RLQ A; 4XC0 A; 3OPD A; 4YKX A; 3TZ5 A; 4BIZ A; 3VHA A; 1Z5B A; 2JJC A; 2H55 A; 1UYF A; 3U67 A; 5M4K A; 3GIE A; 1YES A; 2WEP A; 4EEH A; 3CGZ A; 2QG0 A; 2YJX A; 2QFO A; 1H7S A; 2VWC A; 5BOD A; 4BAE A; 2YE4 A; 1YSR A; 5IDJ A; 2WI2 A; 4ASF A; 2YI7 A; 2IWS A; 1YSZ A; 1AM1 A; 4CWF A; 3IED A; 4NH7 A; 3ZXO A; 1BXD A; 4QPJ A; 1UYL A; 2WI4 A; 2XDX A; 3EHJ A; 4YKR A; 3OWB A; 4URM A; 4U93 A; 3MNR P; 2BTZ A; 2XJJ A; 3RKZ A; 1Y8P A; 4AWQ A; 1Z5A A; 3CRL A; 4I5S A; 2Q8H A; 1AMW A; 4MBC A; 2CH4 A; 3EHG A; 2WEQ A; 2FYP A; 4AWO A; 2YE8 A; 2YEI A; 1A4H A; 1U0Z A; 1MX0 A; 4EGK A; 1S14 A; 5CPH A; 3HYZ A; 4KP4 A; 3R4M A; 2BU6 A; 3OWD A; 1QYE A; 2Q8I A; 3G7E A; 4R3A A; 1B62 A; 3A0R A; 3LNU A; 5BOC A; 2BRE A; 2IOR A; 2BYI A; 2YEB A; 4YKU A; 4CWO A; 4XD8 A; 1UYD A; 1KZN A; 3INX A; 4FMT A; 1I59 A; 3FT8 A; 4NH9 A; 3HZ5 A; 4HYP A; 5M4P A; 4YKW A; 4GFN A; 3GIG B; 1GKZ A; 2K5B A; 2XAB A; 2BYH A; 4CE1 A; 4EM7 A; 4URL A; 4H81 A; 4KSH A; 3QDD A; 3A0T A; 4B7P A; 2YEH A; 3GIG A; 4YKY A; 5CTU A; 2XDU A; 4ASB A; 1UY7 A; 4E01 A; 3QTF A; 4AWP A; 5D7C A; 1S16 A; 2ZDY A; 2QF6 A; 4H85 A; 1QZR A; 1UYH A; 3ZKB A; 4H7Q A; 5J71 A; 3HHU A; 4HY6 A; 3TUH A; 5FNC A; 5CTW A; 4JQL A; 4MPE A; 4U7O A; 4MOT A; 4NH8 A; 3EHH A; 2XJX A; 4BIU A; 3T0H A; 2YED A; 2QG2 A; 5F5R A; 4XKK A; 3U2K A; 4K4O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YEF A; 4AS9 A; 4PRX A; 2ZBK B; 4P7A A; 3RLP A; 3O2F A; 2YI0 A; 5CTX A; 5CTY A; 3NMQ A; 2BRC A; 2XHT A; 3PEH A; 2FWZ A; 2CCT A; 3A0Y A; 4CWT A; 4B6C A; 1YET A; 2XX5 A; 2UWD A; 4PRV A; 4XCL A; 1YT2 A; 3OW6 A; 2CGF A; 2YGF A; 3FV5 A; 2XD6 A; 3A0W A; 1AJ6 A; 3WQ9 A; 4X9L A; 2CCS A; 4ZVI A; 4GEE A; 4EFT A; 4LPB A; 3WHA A; 4O04 A; 3VHC A; 4V26 A; 4LWF A; 4KTN A; 4FCR A; 4CE3 A; 3B25 A; 4XTJ A; 3H80 A; 4KSG A; 4WUD A; 1UYK A; 3G75 A; 2FXS A; 1YS3 A; 4MP7 A; 2HG1 A; 2YE2 A; 4KQV A; 4YKT A; 4R1F A; 5JEN A; 1I58 A; 2JKI A; 4CWR A; 2YGE A; 3Q5L A; 5F3K A; 3CRK A; 4HY1 A; 2YEC A; 3JZ3 A; 5IN9 A; 3TZ4 A; 2VCJ A; 4E00 A; 1UY9 A; 3TZ0 A; 1GJV A; 2FTK A; 2WI7 A; 2YGA A; 4GGL A; 2CG9 A; 4EMV A; 1ZXN A; 3C0E A; 2XJG A; 1UYC A; 2BSM A; 2HHI A; 2XCM A; 2YE7 A; 1B3Q A; 3R4O A; 4P8O A; 4XIR A; 3C11 A; 1AH8 A; 1BKN A; 1ID0 A; 2XX2 A; 5D7R A; 2YE9 A; 3EHF A; 5D7D A; 3HZ1 A; 1JM6 A; 4DUH A; 1Y8N A; 3Q5K A; 1YC1 A; 3B28 A; 1EI1 A; 3OMU A; 4JAS A; 4LWE A; 4URN A; 3LPS A; 2YI6 A; 4EFU A; 2YE6 A; 3PEJ A; 4XE2 A; 5L3J A; 1GKX A; 3EKO A; 2EXL A; 2YEG A; 1UY6 A; 1UYI A; 3CWV A; 1NHJ A; 3D0B A; 1US7 A; 1QY8 A; 4GT8 A; 2ESA A; 1AH6 A; 2BT0 A; 1KIJ A; 5FND A; 2XDS A; 4WUB A; 1YC3 A; 1ZXM A; 2WI1 A; 2XHR A; 2WI5 A; 3D2R A; 3D36 A; 4PL9 A; 1ZW9 A; 3TTZ A; 2GFD A; 4BXI A; 4O05 A; 3R91 A; 2YE3 A; 4CWS A; 2YKE A; 3A0X A; 4XIQ A; 4BQJ A; 4LWG A; 4V25 A; 4YKZ A; 4LWI A; 2O1U A; 3R4P A; 2YEJ A; 4WUC A; 1R62 A; 2XDL A; 4FPP A; 1UYE A; 2BU7 A; 4U7N A; 3BMY A; 3U2D A; 2Q8G A; 2PNR A; 3TZ2 A; 3Q5J A; 2XDK A; 4CWP A; 4ASG A; 1UY8 A; 1NHI A; 2IWX A; 3T0Z A; 2YK9 A; 4XDM A; 3G7B A; 4XKA A; 4CWQ A; 3CYG A; 4L93 A; 4YKQ A; 4EGH A; 5M4E A; 1TID A; 3S5T A; 2ZDX A; 1L0O A; 1UYM A; 1Y8O A; 2BZ5 A; 5GGZ A; 2E0A A; 4LWH A; 2WI3 A; 1TC0 A; 1Y4S A; 4HXW A; 2FWY A; 4CE2 A; 2YKJ A; 2BU5 A; 1I5D A; 3VHD A; 1YER A; 5J6A A; 1YC4 A; 4L8Z A; 3FT5 A; 4XCJ A; 3INW A; 4URO A; 3B27 A; 1TH8 A; 2HCH A; 2YI5 A; 4HZ5 A; 3RLR A; 2BU8 A; 4XIT A; 2VW5 A; 4HZ0 A; 4MPC A; 2H8M A; 2O1V A; 4LP0 A; 4HXZ A; 2AKP A; 4O07 A; 4CWN A; 2YKI A; 1I5A A; 2WI6 A; 5D6Q A; 4XIP A; 1I5C A; 3SL2 A; 4MPN A; 2O1W A; 2XHX A; 1YT1 A; 3HEK A; 2HKJ A; 3EKR A; 4PU9 A; 1BGQ A; 1H7U A; 4GCZ A; 4ZKI A; 4E02 A; 3T10 A; 1BYQ A; 4W7T A; 4E72 A; 2VCI A; 3GIF A; 2YKB A; 2IOP A; 4L91 A; 5CF0 A; 4Q20 A; 4I3H A; 1UYG A; 4L94 A; 1PVG A; 2YE5 A; 4O09 A; 3R92 A; 1YT0 A; 3O0I A; 2Q8F A; 4O0B A; 4JAV A; 2BU2 A; 2IOQ A; 5IDM A; 3A0Z A; 5D6P A; 2IWU A; 4QPK A; 4DZY A; 1I5B A; 4MP2 A; 3VAD A; 5M4M A; 1TIL A; 1NHH A; 4R3M A; 4L90 A; 1EA6 A; 3DGE A; 5M4H A; 3ZM7 A; 1TC6 A; 4FCQ A; 4HYM A; 4JAU A; 3KE6 A; 2WER A; 4GQT A; 2ZKJ A; 3ZXQ A; 3T2S A; 5FWK A; 3T1K A; 3K60 A; 2YEE A; 4KFG A; 3O6O A; 1OSF A; 2YJW A; 1THN A; 5M4N A; 3HYY A; 1Y4U A; 3ZKD A; 2GQP A; 4ASA A; 2C1I A; 2Q2E B; 3CGY A; 1IXM A; 3K97 A; 4XKO A; 3BM9 A; 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