The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
106
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sequence length |
333
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structure length |
330
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Chain Sequence |
VKVGINGFGRIGRLAFRRIQNVEGVEVTRINDLTDPNMLAHLLKYDTTQGRFDGTVEVKEGGFEVNGQFVKVSAEREPANIDWATDGVEIVLEATGFFASKEKAEQHIHEGAKKVVITAPGGNDVKTVVFNTNHDILDGTETVISGASSTTNCLAPMAKALQDNFGVKQGLMTTIHAYTGDQMILDGPHRGGDLRRARAGAANIVPNSTGAAIGLVIPELNGKLDGAAQRVPVPTGSVTELVATLEKDVTVEEVNAAMKAAANDSYGYTEDPIVSSDIVGISYGSLFDATQTKVQTVDGNQLVKVVSWYDNEMSYTSQLVRTLEYFAKIA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of Group B Streptococcus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase: Apo-Form, Binary and Ternary Complexes.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Streptococcus agalactiae
|
| molecule keywords |
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
|
| total genus |
106
|
| structure length |
330
|
| sequence length |
333
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
1.2.1.-: |
| pdb deposition date | 2016-05-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00044 | Gp_dh_N | Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain |
| A | PF02800 | Gp_dh_C | Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TB4 A; 1VKO A; 4R5M A; 1VKN A; 3LC1 O; 3PFW O; 3DO5 A; 4INA A; 1PQU A; 2NQT A; 3NT4 A; 4NHE A; 1IHX A; 4K9D A; 3RCB A; 3DB2 A; 3PYM A; 3KSD O; 4MIY A; 3RC2 A; 3PYL A; 2XF8 A; 1T4B A; 4L8V A; 4DPM A; 1QXS A; 4PG5 A; 4DIB A; 3UUW A; 5AVO A; 3NT2 A; 4YDR A; 1DPG A; 5AQ1 A; 4MVJ I; 1EBF A; 3K73 O; 1P1H A; 1JN0 A; 1DRV A; 2DAP A; 1GAE O; 2HO5 A; 3WBB A; 4O63 O; 1H94 A; 4IQ8 A; 5GZ1 A; 2DBV O; 5JYF A; 1E77 A; 1Q2X A; 3KV3 O; 1E5Q A; 2VYN A; 1YL7 A; 1I32 A; 3PYX A; 2DC1 A; 1DRU A; 4PG7 A; 2Q49 A; 2I3A A; 1A7K A; 3L6O O; 1LC3 A; 3BIO A; 3EC7 A; 1J0X O; 3K9Q O; 4WNC A; 2P2S A; 3E6A A; 1NQ5 A; 1VSU A; 2EJW A; 4H3V A; 1RYD A; 1NWH A; 3K2B A; 1LA2 A; 1P1J A; 3PWK A; 3TZ6 A; 4R41 A; 3WGZ A; 1RM4 A; 1RM5 A; 1XEA A; 3EZY A; 2PKR A; 2VYN D; 3B1J A; 4XB1 A; 3DAP A; 1BRM A; 3BTV A; 4XB2 A; 2DPG A; 2GZ3 A; 3FHL A; 5M6D A; 4MIO A; 1H6B A; 3Q11 A; 1K3T A; 3C8M A; 3STH A; 2Q22 A; 3OQB A; 1PS8 A; 3PZB A; 1DAP A; 4GQA A; 3QVT A; 3WYC A; 2BH9 A; 1HDG O; 2GYY A; 3E5R A; 2HJS A; 4LRS B; 3KSZ O; 2CZC A; 1P9L A; 3F4L A; 3QVW A; 2I3G A; 4GPD 1; 2I5P O; 2GZ2 A; 1TLT A; 2X5K O; 3WB9 A; 1MB4 A; 3B20 A; 1DSS G; 1NVM B; 1NWC A; 3DR3 A; 1U1I A; 1YS4 A; 3WGY A; 1DC4 A; 1DC5 A; 1H93 A; 3NTO A; 1YWG O; 4R51 A; 4ZHS A; 5GZ6 A; 3B1K A; 5J9G A; 3JSA A; 4DPL A; 3NTR A; 1H6D A; 3FD8 A; 3V2U A; 1H2H A; 4R5H A; 2IXA A; 4MVJ G; 3IJP A; 3WGO A; 1LC0 A; 1CER A; 1PU2 A; 4JN6 B; 1YL6 A; 1XYG A; 4MVJ E; 2X5J O; 1OBF O; 5CEF A; 4MKZ A; 3DMT C; 1RYE A; 3E18 A; 4IQ0 A; 2OZP A; 4FB5 A; 4N54 A; 2POQ X; 3DTY A; 3WBF A; 3ABI A; 3E82 A; 1VSV A; 3O9Z A; 4MVJ A; 4QX6 A; 4BOY A; 1B7G O; 1OFG A; 1DC3 A; 4P8R A; 4WOJ A; 1OZA A; 5EES A; 2HKI A; 5T73 A; 1YL5 A; 4MJL A; 2VYV A; 1RM3 A; 1YDW A; 4F3Y A; 3GFG A; 2G17 A; 4YWJ A; 5A02 A; 4DBV O; 3CPS A; 1RM0 A; 3IP3 A; 2Q4E A; 3EUW A; 1JKI A; 2YYY A; 4RL6 A; 1P1F A; 3QVS A; 3NTQ A; 3NT5 A; 2R00 A; 1PR3 A; 3GDO A; 3U3X A; 4MVJ P; 1DRW A; 3DBV O; 3C1A A; 3WYB A; 2B4T O; 4MVJ D; 1JKF A; 3BTS A; 3ZDF A; 3ZCX A; 3VOS A; 4EW6 A; 3QY9 A; 2B4R O; 5BNT A; 4LGV A; 2VYV D; 1VM6 A; 3CIF A; 3QV1 A; 1E5L A; 1ARZ A; 4KOA A; 3OA0 A; 2GZ1 A; 3RVD A; 5EER A; 2YV3 A; 3MTJ A; 3WGQ A; 1J5P A; 1NPT O; 2G82 A; 3LC2 O; 4GMG A; 1FF9 A; 5GZ3 A; 2O4U X; 1IHY A; 4PG8 A; 3OA2 A; 1GCU A; 4MVJ H; 1I33 A; 1GAD O; 1ZNQ O; 3BTU A; 5A06 A; 1NBO A; 4MVJ M; 1EBU A; 3V1Y A; 1TA4 A; 2GLX A; 2BHL A; 4DPK A; 3L4S O; 3Q2K A; 5JW6 A; 4PG6 A; 1GL3 A; 2IXB A; 5JYE A; 4WNI A; 3CMC O; 2PKQ O; 1GYP A; 4O59 O; 2EP5 A; 5C7I O; 2QZ9 A; 4R3W A; 2EP7 A; 5A05 A; 1PQP A; 4HKT A; 1F06 A; 1TVE A; 3RC1 A; 1H9B A; 5C7O O; 4PG4 A; 4LSM A; 5JY6 A; 3HJA A; 5EIO A; 3DOC A; 2AXQ A; 5JYA A; 1GD1 O; 3RC9 A; 2O48 X; 1GPD G; 3RC7 A; 3RBV A; 2PKQ P; 4LRT B; 3V5N A; 1E7Y A; 3KUX A; 3EVN A; 2H63 A; 3Q1L A; 4R4J A; 1P1I A; 2CVO A; 4R54 A; 1H6C A; 3L0D A; 4MIN A; 4MKX A; 1DC6 A; 3DMT A; 3CEA A; 3E1K A; 3HSK A; 2R00 C; 5EIN A; 3OHS X; 4L9R A; 1C3V A; 4MIE A; 5A04 A; 4Z0H O; 1VC2 A; 3IDS A; 4MVJ F; 1GYQ A; 3Q0E A; 3LC7 O; 1ML3 A; 1U8F O; 2D2I A; 3HNP A; 3GNQ A; 1P1K A; 1GR0 A; 3QVX A; 1H9A A; 1CRW G; 3MZ0 A; 1CF2 O; 1SZJ G; 1DIH A; 3GPD G; 5A03 A; 1QKI A; 3M2T A; 4GMF A; 5KVS A; 1EVJ A; 5DDI P; 3ING A; 1NQA O; 4R3N A; 2X0N A; 3H9E O; 1Q7G A; 3QW2 A; 1NX6 A; 1NQO A; 3E9M A; 1DBV O; 3PZR A; 5C7L O; 3UW3 A; 4ZIC A; 3HQ4 O; 5KVQ A; 3VAZ A; 1S7C A; 1ZH8 A; 3CIN A; 1MC4 A; 4HAD A; 2NVW A; 3Q2I A; 3MOI A; 3PWS A; 2DUU A; 1E7M A; 1T4D A; 2GD1 O; 3I23 A; 1H6A A; 3LVF O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TB4 A; 1VKO A; 4R5M A; 1VKN A; 3LC1 O; 3PFW O; 3DO5 A; 4INA A; 1PQU A; 2NQT A; 3NT4 A; 4NHE A; 1IHX A; 4K9D A; 3RCB A; 3DB2 A; 3PYM A; 3DZ4 B; 3KSD O; 4MIY A; 3RC2 A; 3PYL A; 2XF8 A; 1T4B A; 4L8V A; 4DPM A; 1QXS A; 4O89 A; 4PG5 A; 4DIB A; 3IWD B; 3UUW A; 5AVO A; 1QMH A; 3NT2 A; 4YDR A; 1DPG A; 5AQ1 A; 4MVJ I; 1EBF A; 3K73 O; 1P1H A; 1JN0 A; 1DRV A; 2DAP A; 1GAE O; 2HO5 A; 3WBB A; 4O63 O; 1H94 A; 4IQ8 A; 1I7C B; 5GZ1 A; 2DBV O; 5JYF A; 1E77 A; 1Q2X A; 3KV3 O; 1E5Q A; 2VYN A; 1YL7 A; 1I32 A; 3PYX A; 2DC1 A; 1DRU A; 4PG7 A; 2Q49 A; 1QMI A; 2I3A A; 1A7K A; 3L6O O; 1LC3 A; 3BIO A; 3EC7 A; 1J0X O; 3K9Q O; 4TVB A; 4WNC A; 2P2S A; 5TVO B; 3E6A A; 1NQ5 A; 3DZ5 B; 1VSU A; 2EJW A; 4H3V A; 1RYD A; 1NWH A; 3K2B A; 1LA2 A; 1P1J A; 3PWK A; 3TZ6 A; 4R41 A; 3WGZ A; 1RM4 A; 1RM5 A; 1XEA A; 3EZY A; 2PKR A; 2VYN D; 3B1J A; 4XB1 A; 3DAP A; 1BRM A; 3BTV A; 4XB2 A; 2DPG A; 2GZ3 A; 3FHL A; 5M6D A; 4MIO A; 1H6B A; 3Q11 A; 1K3T A; 3C8M A; 3STH A; 2Q22 A; 3OQB A; 1PS8 A; 3PZB A; 1DAP A; 4GQA A; 3QVT A; 1I7B B; 3WYC A; 2BH9 A; 1HDG O; 2GYY A; 3E5R A; 2HJS A; 4LRS B; 3KSZ O; 2CZC A; 1P9L A; 3F4L A; 3QVW A; 2I3G A; 4GPD 1; 2I5P O; 2GZ2 A; 1TLT A; 2X5K O; 3WB9 A; 1MB4 A; 3B20 A; 1DSS G; 1NVM B; 1NWC A; 3DR3 A; 1U1I A; 3H0V B; 1YS4 A; 4CLQ A; 2FPN A; 3WGY A; 1DC4 A; 1DC5 A; 1H93 A; 3NTO A; 1YWG O; 4R51 A; 4ZHS A; 5GZ6 A; 3B1K A; 5J9G A; 3JSA A; 4DPL A; 3NTR A; 1H6D A; 3FD8 A; 3V2U A; 1H2H A; 4XQE A; 1I79 B; 4R5H A; 2IXA A; 4MVJ G; 1I72 B; 3IJP A; 3WGO A; 1LC0 A; 1CER A; 1PU2 A; 4JN6 B; 1YL6 A; 1XYG A; 4MVJ E; 2X5J O; 1OBF O; 3EP5 B; 5CEF A; 3EP9 B; 4MKZ A; 3TUX A; 3DMT C; 4II7 A; 1RYE A; 3ZJX A; 3E18 A; 4IQ0 A; 2OZP A; 4FB5 A; 4N54 A; 2POQ X; 3DTY A; 3WBF A; 3ABI A; 3E82 A; 1VSV A; 3EPB B; 3O9Z A; 1MHM B; 4MVJ A; 4QX6 A; 4BOY A; 1B7G O; 1OFG A; 1DC3 A; 4P8R A; 4WOJ A; 1OZA A; 5EES A; 2HKI A; 5T73 A; 1YL5 A; 4MJL A; 3TV1 A; 2VYV A; 1RM3 A; 1YDW A; 4F3Y A; 3IWC B; 1UYJ A; 3GFG A; 2G17 A; 4YWJ A; 5A02 A; 4DBV O; 3CPS A; 1RM0 A; 3IP3 A; 2Q4E A; 3EP6 B; 3EUW A; 1JKI A; 2YYY A; 4RL6 A; 3EP8 B; 1P1F A; 3QVS A; 3NTQ A; 1I7M B; 4XQ9 A; 4AK1 A; 3NT5 A; 2R00 A; 1PR3 A; 3GDO A; 4XRG A; 3U3X A; 4MVJ P; 1DRW A; 4XQC A; 3DBV O; 3C1A A; 3WYB A; 2B4T O; 4MVJ D; 1JKF A; 3BTS A; 3ZDF A; 3ZCX A; 3VOS A; 4EW6 A; 3QY9 A; 2B4R O; 5BNT A; 4LGV A; 2VYV D; 1VM6 A; 3CIF A; 3QV1 A; 1E5L A; 3EPA B; 1ARZ A; 4KOA A; 3OA0 A; 2GZ1 A; 3RVD A; 5EER A; 2YV3 A; 3MTJ A; 3WGQ A; 1J5P A; 1NPT O; 2G82 A; 3LC2 O; 4GMG A; 3EP4 B; 1FF9 A; 5GZ3 A; 3KGD A; 3DZ7 B; 2O4U X; 1IHY A; 4PG8 A; 3OA2 A; 1GCU A; 4MVJ H; 1I33 A; 1GAD O; 1ZNQ O; 3BTU A; 5A06 A; 4O8J A; 1NBO A; 4MVJ M; 3DZ6 B; 1EBU A; 3V1Y A; 1TA4 A; 2GLX A; 2BHL A; 4DPK A; 3L4S O; 3Q2K A; 5JW6 A; 3IWB B; 4PG6 A; 1GL3 A; 2IXB A; 5JYE A; 4WNI A; 3CMC O; 2PKQ O; 1GYP A; 4O59 O; 2EP5 A; 5C7I O; 2QZ9 A; 3EP7 B; 4R3W A; 1JEN B; 2EP7 A; 5A05 A; 1PQP A; 4HKT A; 1F06 A; 1TVE A; 3RC1 A; 1H9B A; 5C7O O; 4PG4 A; 4LSM A; 5JY6 A; 3HJA A; 5EIO A; 3DOC A; 2AXQ A; 3DZ3 B; 5JYA A; 1GD1 O; 3RC9 A; 3EP3 B; 2O48 X; 1GPD G; 3RC7 A; 3RBV A; 2PKQ P; 4LRT B; 3V5N A; 1E7Y A; 2PH5 A; 3KUX A; 3EVN A; 2H63 A; 3Q1L A; 4R4J A; 1P1I A; 2CVO A; 4R54 A; 1H6C A; 3L0D A; 4MIN A; 4MKX A; 1DC6 A; 3DMT A; 4PLP A; 3CEA A; 3PQV A; 3E1K A; 3HSK A; 2R00 C; 5EIN A; 3OHS X; 4L9R A; 1C3V A; 4MIE A; 5A04 A; 4Z0H O; 1VC2 A; 3IDS A; 4MVJ F; 3TW3 A; 1GYQ A; 3DZ2 B; 3Q0E A; 3LC7 O; 1ML3 A; 1U8F O; 2D2I A; 3HNP A; 3GNQ A; 1P1K A; 1GR0 A; 4XR4 A; 3QVX A; 1H9A A; 1CRW G; 3MZ0 A; 1CF2 O; 1SZJ G; 1DIH A; 3GPD G; 5A03 A; 1QKI A; 3M2T A; 4GMF A; 5KVS A; 4XQG A; 1EVJ A; 5DDI P; 3ING A; 1NQA O; 4R3N A; 2X0N A; 3H9E O; 1Q7G A; 3QW2 A; 1NX6 A; 1NQO A; 3E9M A; 1DBV O; 3PZR A; 5C7L O; 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2VYN D; 3B1J A; 4XB1 A; 3DAP A; 1BRM A; 3BTV A; 4XB2 A; 2DPG A; 2GZ3 A; 3FHL A; 5M6D A; 4MIO A; 1H6B A; 3Q11 A; 1K3T A; 3C8M A; 3STH A; 2Q22 A; 3OQB A; 1PS8 A; 3PZB A; 1DAP A; 4GQA A; 3QVT A; 3WYC A; 2BH9 A; 1HDG O; 2GYY A; 3E5R A; 2HJS A; 4LRS B; 3KSZ O; 2CZC A; 1P9L A; 3F4L A; 3QVW A; 2I3G A; 4GPD 1; 2I5P O; 2GZ2 A; 1TLT A; 2X5K O; 3WB9 A; 1MB4 A; 3B20 A; 1DSS G; 1NVM B; 1NWC A; 3DR3 A; 1U1I A; 1YS4 A; 4CLQ A; 3WGY A; 1DC4 A; 1DC5 A; 1H93 A; 3NTO A; 1YWG O; 4R51 A; 4ZHS A; 5GZ6 A; 3B1K A; 5J9G A; 3JSA A; 4DPL A; 3NTR A; 1H6D A; 3FD8 A; 3V2U A; 1H2H A; 4R5H A; 2IXA A; 4MVJ G; 3IJP A; 3WGO A; 1LC0 A; 1CER A; 1PU2 A; 4JN6 B; 1YL6 A; 1XYG A; 4MVJ E; 2X5J O; 1OBF O; 5CEF A; 4MKZ A; 3TUX A; 3DMT C; 4II7 A; 1RYE A; 3ZJX A; 3E18 A; 4IQ0 A; 2OZP A; 4FB5 A; 4N54 A; 2POQ X; 3DTY A; 3WBF A; 3ABI A; 3E82 A; 1VSV A; 3O9Z A; 4MVJ A; 4QX6 A; 4BOY A; 1B7G O; 1OFG A; 1DC3 A; 4P8R A; 4WOJ A; 1OZA A; 5EES A; 2HKI A; 5T73 A; 1YL5 A; 4MJL A; 3TV1 A; 2VYV A; 1RM3 A; 1YDW A; 4F3Y A; 3IWC B; 1UYJ A; 3GFG A; 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