The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
120
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sequence length |
320
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structure length |
320
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Chain Sequence |
RMLTLDGNPAANWLNNARTKWSASRADVVLSYQQNNGGWPKNLDYNSVGNGGGGNESGTIANGATITEMVFLAEVYKSGGNTKYRDAVRKAANFLVNSQYSTGALPQFYPLKGGYSDHATFNDNGMAYALTVLDFAANKRAPFDTDVFSDNDRTRFKTAVTKGTDYILKAQWKQNGVLTVWCAQHGALDYQPKKARAYELESLSGSESVGVLAFLMTQPQTAEIEQAVRAGVAWFNSPRTYLEGYTYDSSLAATNPIVPRAGSKMWYRFYDLNTNRGFFSDRDGSKFYDITQMSLERRTGYSWGGNYGTSIINFAQKVGY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Cellvibrio cellulosa
|
| publication title |
Convergent Evolution Sheds Light on the Anti-Beta-Elimination Mechanism Common to Family 1 and 10 Polysaccharide Lyases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PECTATE LYASE
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| total genus |
120
|
| structure length |
320
|
| sequence length |
320
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| ec nomenclature |
ec
4.2.2.2: Pectate lyase. |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09492 | Pec_lyase | Pectic acid lyase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BB6 A; 1TNO B; 3PZ4 B; 3HXF B; 1GSZ A; 1GHQ A; 3OED A; 2BB5 A; 1FT1 B; 2XQW A; 2XWJ B; 2V3N A; 4D4B A; 5FOB B; 1H37 A; 3E33 B; 1D8D B; 1LD8 B; 1O6R A; 2V3P A; 4FXK B; 3PZ1 B; 3HXB B; 1UMP A; 1H3A A; 3DSS B; 3HXD B; 1O1S B; 3Q79 B; 3K7X A; 1NI1 B; 1S64 B; 1N4R B; 5FO8 B; 3D5S A; 2BBC A; 2WY7 A; 3DSV B; 4GTM B; 3E34 B; 3E30 B; 4GTP B; 3E37 B; 4ZRP A; 3DST B; 3PZ3 B; 1TN6 B; 2WIN B; 3DSW B; 1H36 A; 5AGD A; 2H6G B; 1R76 A; 1N94 B; 4ZH1 A; 4GTT B; 3DPY B; 4YDE B; 3C72 B; 4GTV B; 2PMV A; 3SQC A; 2H6F B; 1H3B A; 1C3D A; 1QSJ A; 3SFY B; 3SFX B; 2R2L B; 1FPP B; 3EUV B; 1S63 B; 2V8J A; 4BOK A; 3Q73 B; 1O6H A; 1LD7 B; 1W6K A; 1KZO B; 4ZRQ A; 3CU7 A; 1N9A B; 3DSX B; 3HXE B; 4BOJ A; 1TNY B; 1GXM A; 4ONT A; 1TNU B; 2NOJ A; 1O79 A; 1JCR B; 2BED B; 2V8I A; 3Q7A B; 4MU9 A; 1TN7 B; 2H6I B; 2WY8 A; 3Q75 B; 4MBG B; 2WII B; 3DSU B; 2PN5 A; 5JPM B; 1H35 A; 2B39 A; 3G6J B; 1N4P B; 4EHM B; 2A73 B; 2G02 A; 4M76 A; 1D8E B; 1LTX B; 4LNB B; 3KQ4 A; 1NL4 B; 3HXC B; 2H6H B; 2I07 B; 3Q78 B; 1N95 B; 1TN8 B; 2V8K A; 1X81 B; 4D94 A; 3DRA B; 1W6J A; 4GTO B; 3D5R A; 5FO7 B; 1O5M B; 1O1R B; 1O1T B; 1H3C A; 2XWB B; 5FO9 B; 4D4A A; 4KKI A; 2GOX A; 2SQC A; 2ZIS B; 4D4C A; 1SQC A; 4V1R A; 1HZF A; 1O6Q A; 1KZP B; 3OXU A; 3KSQ B; 2ZIR B; 3Q7F B; 4D4D A; 2IEJ B; 4C1S A; 1H39 A; 1JCQ B; 1FT2 B; 1QQF A; 4FXG B; 3PZ2 B; 4GTS B; 4KKJ A; 3RJ3 A; 4LNG B; 3KSL B; 1N4S B; 1JCS B; 4GTR B; 1GXO A; 2G0D A; 1TNZ B; 3KLS A; 4V1S A; 3E32 B; 4YDO B; 1QBQ B; 3EU5 B; 1TNB B; 1MZC B; 1N4Q B; 1SA4 B; 4GTQ B; 5JPN B; 4L9P B; 1GXN A; 1SA5 B; 2F0Y B; 4LNV A; 1DCE B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N21 A; 1GHQ A; 2BB5 A; 1FT1 B; 2XQW A; 2V3N A; 1V7W A; 2V3P A; 4FXK B; 3EZ8 A; 3ANI A; 1C82 A; 3GZK A; 3W7W A; 2E22 A; 3VSN A; 3G4D A; 1O1S B; 3W7T A; 1IA7 A; 1ULV A; 3M76 A; 2BBC A; 3ANJ A; 3DSV B; 4GTM B; 3E34 B; 4GTP B; 1KKT A; 4WU0 A; 3SDT A; 3DST B; 3PZ3 B; 1TN6 B; 5ILJ A; 3DSW B; 1H36 A; 3RX8 A; 2H6G B; 5DHK A; 1R76 A; 1N94 B; 4DOE A; 3M02 A; 4OK4 A; 3M71 A; 4LIX A; 2PMV A; 3SQC A; 4RNQ A; 2H6F B; 1QSJ A; 1RWH A; 3QSP A; 2DRS A; 1HXG A; 2R2L B; 1S63 B; 1RW9 A; 4BOK A; 3Q73 B; 5DHI A; 1O6H A; 1LD7 B; 3E7J A; 3EQA A; 3W7S A; 1N9A B; 1KFG A; 1LOH A; 2J5C A; 3DSX B; 3HXE B; 2GZ6 A; 4BOJ A; 1GXM A; 1G6I A; 4TF4 A; 4Z4J A; 2VN4 A; 4E1Y A; 2V8I A; 5KKB A; 4MU9 A; 1LF6 A; 1I8Q A; 1GAH A; 2BRW A; 2H6I B; 2WY8 A; 5IK6 A; 3DSU B; 5JPM B; 1H35 A; 1N24 A; 2G02 A; 4M76 A; 1N20 A; 5IK0 A; 3SDU A; 1XWT A; 1TN8 B; 4WVB A; 1X81 B; 1FBO A; 3QT3 A; 1OJO A; 2YIK A; 1O1R B; 1UG9 A; 3QXQ A; 3E73 A; 2A8Z A; 4KKI A; 1N1Z A; 1N7P A; 1X9D A; 1RWC A; 3KSQ B; 3LZ9 A; 2D5J A; 2ZIR B; 1DOG A; 3ACS A; 2P0V A; 1IA6 A; 3CIH A; 3NNB A; 3QT9 A; 3RJ3 A; 4LNG B; 3M78 A; 4OK2 A; 1RWF A; 3W5N A; 1H14 A; 2B4F A; 4AYQ A; 1J0N A; 1FAE A; 2G0D A; 3D3I A; 4V1S A; 4YDO B; 1HV6 A; 1N4Q B; 1X1H A; 3M7B A; 3M75 A; 2WYN A; 3N0F A; 4Q88 A; 2CQT A; 3QDE A; 3X17 A; 1DCE B; 3OED A; 1FMI A; 3E33 B; 1D8D B; 1LD8 B; 1KRF A; 1WU4 A; 3S4C A; 2Q1F A; 3SDQ A; 1UT9 A; 3Q79 B; 3K7X A; 3SAE A; 3P5P A; 1HCU A; 2WIN B; 1G9J A; 1RQ5 A; 4ZH1 A; 2XFG A; 3DPY B; 5EAU A; 1AYX A; 3C72 B; 1DL2 A; 5E2J A; 4OZV A; 1C3D A; 1H54 A; 5ILK A; 1EGU A; 1CLC A; 1CB8 A; 1W6K A; 1CEM A; 1WU6 A; 3M7E A; 5M7Y A; 3CU7 A; 1L2A A; 4F13 A; 1TNY B; 3SDR A; 3M77 A; 3RX7 A; 4CJ1 A; 3WUX A; 1O79 A; 1X1J A; 3E80 A; 3Q7A B; 4XUV A; 5GY3 A; 1OJP A; 3H3K A; 4MBG B; 2WII B; 3T33 A; 3WKG A; 2B39 A; 3H7L A; 1FBW A; 4AYR A; 3NFV A; 3QWT A; 1D8E B; 1QAZ A; 4LNB B; 4YCR A; 3WIW A; 3WIR A; 3W7X A; 2I07 B; 1F9O A; 2V8K A; 3QG0 A; 1KWF A; 4D94 A; 3QFY A; 3QFZ A; 3S9V A; 5ILZ A; 3D5R A; 1HN0 A; 3AFL A; 5FO7 B; 4EL8 A; 1H3C A; 2F6D A; 3ON6 A; 2ZIS B; 4Z4L A; 1HXC A; 1KZP B; 3OXU A; 1NC5 A; 4C1S A; 5ILI A; 1JCQ B; 4FXG B; 1QQF A; 3M7C A; 3H2W A; 4GTS B; 4KKJ A; 4AYO A; 2JF4 A; 5ILH A; 1N4S B; 1JCS B; 4GTR B; 1TNZ B; 3P2C A; 3GT5 A; 5IL3 A; 2GH4 A; 3E32 B; 3VW5 A; 4CE7 A; 3QPF A; 5GZK A; 2RI9 A; 5DGR A; 5IK9 A; 1GXN A; 1SA5 B; 2BB6 A; 1TNO B; 3S4B A; 3PZ4 B; 1HMW A; 3HXF B; 3S4A A; 2XWJ B; 3AFJ A; 4D4B A; 1F1S A; 5FOB B; 1H37 A; 5EAT A; 2DRR A; 1J0M A; 1HX9 A; 3W5M A; 5MEH A; 3HXB B; 1UMP A; 1WU5 A; 3M00 A; 3DSS B; 3HXD B; 1H12 A; 1S64 B; 1K72 A; 3M74 A; 2WY7 A; 2X03 A; 4L6X A; 1FO3 A; 2ONG A; 4ZRP A; 4F10 A; 1HM2 A; 1KSC A; 3PYA A; 5AGD A; 1L1Y A; 3VSM A; 2RGK A; 5CZL A; 1H3B A; 1FPP B; 3ANK A; 3WKF A; 3ACT A; 4L0G A; 5C05 A; 2FBA A; 3QXF A; 1NXC A; 1GLM A; 2WDA A; 1JS4 A; 5IL8 A; 1TNU B; 2NOJ A; 1OJM A; 1IS9 A; 1G87 A; 1LXK A; 2BED B; 3N0G A; 3P5R A; 2AHF A; 2EAE A; 1TN7 B; 3Q75 B; 2Z07 A; 4DI5 A; 2ZBL A; 2PN5 A; 3G6J B; 4EHM B; 2A73 B; 2AHG A; 2EAD A; 5M7I A; 2DRO A; 1N23 A; 3M7L A; 2H6H B; 2QNO A; 3Q78 B; 2BRV X; 1W3Y A; 4TXT A; 4GAX A; 3DRA B; 4GTO B; 2FV0 A; 1O1T B; 3WKH A; 5FO9 B; 1TF4 A; 2GOX A; 4D4C A; 1HZF A; 1O6Q A; 2BRP A; 2JJB A; 1N1B A; 3Q7F B; 1RWA A; 2IEJ B; 5CA3 A; 1FT2 B; 3M01 A; 2RI8 A; 3PZ2 B; 1H13 A; 3RX5 A; 3W7U A; 4JJJ A; 2D8L A; 1N7R A; 3KLS A; 3EU5 B; 4OJZ A; 1TNB B; 1MZC B; 1SA4 B; 2FV1 A; 4WVC A; 4L9P B; 3M73 A; 2F0Y B; 1N22 A; 4FJQ A; 5DGQ A; 3E6U A; 1GSZ A; 2ONH A; 2VN7 A; 3GLY A; 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1QBQ B; 4ZH5 A; 1HM3 A; 4GTQ B; 1OJN A; 5JPN B; 1AGM A; 4LNV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1GHQ A; 2BB5 A; 1FT1 B; 2XQW A; 2V3N A; 1V7W A; 2V3P A; 4FXK B; 3EZ8 A; 3ANI A; 3GZK A; 3W7W A; 1O1S B; 3W7T A; 1IA7 A; 1ULV A; 3M76 A; 2BBC A; 3ANJ A; 3DSV B; 4GTM B; 3E34 B; 4GTP B; 1KKT A; 4WU0 A; 3SDT A; 3DST B; 3PZ3 B; 1TN6 B; 3DSW B; 1H36 A; 3RX8 A; 2H6G B; 4DOE A; 1R76 A; 1N94 B; 3M71 A; 4LIX A; 2PMV A; 3SQC A; 2H6F B; 1QSJ A; 3QSP A; 2DRS A; 2R2L B; 1S63 B; 4BOK A; 3Q73 B; 1O6H A; 1LD7 B; 3EQA A; 3W7S A; 1N9A B; 1KFG A; 3DSX B; 3HXE B; 2GZ6 A; 4BOJ A; 1GXM A; 1G6I A; 4TF4 A; 4Z4J A; 2VN4 A; 2V8I A; 5KKB A; 4MU9 A; 1LF6 A; 1GAH A; 2H6I B; 2WY8 A; 3DSU B; 5JPM B; 1H35 A; 2G02 A; 4M76 A; 3SDU A; 1XWT A; 1TN8 B; 4WVB A; 1X81 B; 1FBO A; 3QT3 A; 2YIK A; 1O1R B; 1UG9 A; 3QXQ A; 3E73 A; 2A8Z A; 4KKI A; 1X9D A; 3KSQ B; 2D5J A; 2ZIR B; 1DOG A; 3ACS A; 2P0V A; 1IA6 A; 3CIH A; 3QT9 A; 3RJ3 A; 4LNG B; 3M78 A; 3W5N A; 1H14 A; 2B4F A; 4AYQ A; 1FAE A; 2G0D A; 3D3I A; 4V1S A; 4YDO B; 3M7B A; 1N4Q B; 3M75 A; 2WYN A; 4Q88 A; 2CQT A; 3QDE A; 3X17 A; 1DCE B; 3OED A; 1FMI A; 3E33 B; 1D8D B; 1LD8 B; 1KRF A; 1WU4 A; 3S4C A; 3SDQ A; 1UT9 A; 3Q79 B; 3K7X A; 3SAE A; 3P5P A; 1HCU A; 2WIN B; 1G9J A; 1RQ5 A; 4ZH1 A; 2XFG A; 3DPY B; 1AYX A; 3C72 B; 1DL2 A; 5E2J A; 1C3D A; 1H54 A; 1CLC A; 1W6K A; 1CEM A; 1WU6 A; 3M7E A; 5M7Y A; 3CU7 A; 1L2A A; 1TNY B; 3SDR A; 3M77 A; 3RX7 A; 4CJ1 A; 3WUX A; 1O79 A; 3Q7A B; 4XUV A; 5GY3 A; 3H3K A; 4MBG B; 2WII B; 3T33 A; 3WKG A; 2B39 A; 3H7L A; 1FBW A; 4AYR A; 3QWT A; 1D8E B; 4LNB B; 4YCR A; 3WIW A; 3WIR A; 3W7X A; 2I07 B; 1F9O A; 2V8K A; 3QG0 A; 1KWF A; 4D94 A; 3QFY A; 3QFZ A; 3S9V A; 3D5R A; 5FO7 B; 4EL8 A; 1H3C A; 2F6D A; 3ON6 A; 2ZIS B; 4Z4L A; 1KZP B; 3OXU A; 1NC5 A; 4C1S A; 1JCQ B; 4FXG B; 1QQF A; 3M7C A; 3H2W A; 4GTS B; 4KKJ A; 4AYO A; 2JF4 A; 1N4S B; 1JCS B; 4GTR B; 1TNZ B; 3P2C A; 3GT5 A; 2GH4 A; 3E32 B; 3VW5 A; 4CE7 A; 3QPF A; 5GZK A; 2RI9 A; 5DGR A; 1GXN A; 1SA5 B; 2BB6 A; 1TNO B; 3S4B A; 3PZ4 B; 3HXF B; 3S4A A; 2XWJ B; 3AFJ A; 4D4B A; 5FOB B; 1H37 A; 2DRR A; 3W5M A; 5MEH A; 3HXB B; 1UMP A; 1WU5 A; 3DSS B; 3HXD B; 1H12 A; 1S64 B; 1K72 A; 3M74 A; 2WY7 A; 4L6X A; 1FO3 A; 4ZRP A; 1KSC A; 3PYA A; 5AGD A; 1L1Y A; 2RGK A; 5CZL A; 1H3B A; 1FPP B; 3ANK A; 3WKF A; 3ACT A; 4L0G A; 2FBA A; 3QXF A; 1NXC A; 1GLM A; 1JS4 A; 1TNU B; 2NOJ A; 1IS9 A; 1G87 A; 2BED B; 3P5R A; 2AHF A; 2EAE A; 1TN7 B; 3Q75 B; 2Z07 A; 2ZBL A; 2PN5 A; 3G6J B; 4EHM B; 2A73 B; 2AHG A; 2EAD A; 5M7I A; 2DRO A; 3M7L A; 2H6H B; 2QNO A; 3Q78 B; 4TXT A; 3DRA B; 4GTO B; 2FV0 A; 1O1T B; 3WKH A; 5FO9 B; 1TF4 A; 2GOX A; 4D4C A; 1HZF A; 1O6Q A; 2JJB A; 3Q7F B; 2IEJ B; 5CA3 A; 1FT2 B; 2RI8 A; 3PZ2 B; 1H13 A; 3RX5 A; 3W7U A; 4JJJ A; 2D8L A; 3KLS A; 3EU5 B; 1TNB B; 1MZC B; 1SA4 B; 2FV1 A; 4WVC A; 4L9P B; 3M73 A; 2F0Y B; 5DGQ A; 3E6U A; 1GSZ A; 2VN7 A; 3GLY A; 1O6R A; 1V7X A; 3PZ1 B; 1H3A A; 3PMM A; 1NI1 B; 1N4R B; 2AFA A; 5FO8 B; 3D5S A; 4FUS A; 1G9G A; 4DOD A; 1FCE A; 2OKX A; 3E30 B; 3E37 B; 4GL3 A; 3REN A; 4GTT B; 3WC3 A; 4YDE B; 4GTV B; 3K11 A; 2JG0 A; 3VXD A; 4ZG8 A; 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