The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
288
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sequence length |
727
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structure length |
727
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Chain Sequence |
CLRRRGGPYKTEPATDLGRWRLNCERGRQTWTYLQDERAGREQTGLEAYALGLDTKNYFKDLPKAHTAFEGALNGMTFYVGLQAEDGHWTGDYGGPLFLLPGLLITCHVARIPLPAGYREEIVRYLRSVQLPDGGWGLHIEDKSTVFGTALNYVSLRILGVGPDDPDLVRARNILHKKGGAVAIPSWGKFWLAVLNVYSWEGLNTLFPEMWLFPDWAPAHPSTLWCHCRQVYLPMSYCYAVRLSAAEDPLVQSLRQELYVEDFASIDWLAQRNNVAPDELYTPHSWLLRVVYALLNLYEHHHSAHLRQRAVQKLYEHIVADDRFTKSISIGPISKTINMLVRWYVDGPASTAFQEHVSRIPDYLWMGLDGMKMQGTNGSQIWDTAFAIQALLEAGGHHRPEFSSCLQKAHEFLRLSQVPDNPPDYQKYYRQMRKGGFSFSTLDCGWIVSDCTAEALKAVLLLQEKCPHVTEHIPRERLCDAVAVLLNMRNPDGGFATYETKRGGHLLELLNPSEVFGDIMIDYTYVECTSAVMQALKYFHKRFPEHRAAEIRETLTQGLEFCRRQQRADGSWEGSWGVCFTYGTWFGLEAFACMGQTYRDGTACAEVSRACDFLLSRQMADGGWGEDFESCEERRYLQSAQSQIHNTCWAMMGLMAVRHPDIEAQERGVRCLLEKQLPNGDWPQENIAGVFNKSCAISYTSYRNIFPIWALGRFSQLYPERALAGHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
LANOSTEROL SYNTHASE
|
| publication title |
Insight Into Steroid Scaffold Formation from the Structure of Human Oxidosqualene Cyclase
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Isomerase
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| total genus |
288
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| structure length |
727
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| sequence length |
727
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| ec nomenclature |
ec
5.4.99.7: Lanosterol synthase. |
| pdb deposition date | 2004-08-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00432 | Prenyltrans | Prenyltransferase and squalene oxidase repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KLS A; 1QBQ B; 1QQF A; 1GSZ A; 3Q79 B; 1H39 A; 3Q7F B; 1GXO A; 1X81 B; 3DSX B; 1O5M B; 3PZ1 B; 1HZF A; 1TN8 B; 4L9P B; 5FO9 B; 4FXK B; 2I07 B; 4ZRP A; 4GTQ B; 4EHM B; 4V1R A; 5FO7 B; 2H6H B; 4YDO B; 1N4P B; 1O1S B; 3Q7A B; 2BED B; 1N4Q B; 1SA4 B; 2SQC A; 2GOX A; 2WII B; 2WY7 A; 2R2L B; 1D8E B; 3E33 B; 1H3B A; 3DRA B; 4D4A A; 1O1T B; 1W6K A; 4BOJ A; 4M76 A; 1KZO B; 3DPY B; 3G6J B; 4KKI A; 1JCR B; 3Q73 B; 3RJ3 A; 4V1S A; 5JPN B; 3PZ3 B; 5AGD A; 3CU7 A; 1JCS B; 1JCQ B; 4MBG B; 3SFX B; 4GTV B; 3E32 B; 1N94 B; 1O6Q A; 1H3A A; 1N9A B; 1O1R B; 1S64 B; 2H6G B; 4GTM B; 1LD8 B; 2H6I B; 1R76 A; 3OXU A; 2IEJ B; 1O79 A; 5JPM B; 1H35 A; 1GHQ A; 4LNB B; 3DSW B; 3Q78 B; 1SA5 B; 3SFY B; 2G0D A; 1QSJ A; 1LD7 B; 3DSU B; 1MZC B; 2ZIS B; 3SQC A; 2PMV A; 1GXN A; 3EU5 B; 1FT1 B; 3KSL B; 4MU9 A; 4ONT A; 2V8J A; 3K7X A; 3PZ2 B; 2BB5 A; 1FPP B; 3KQ4 A; 3C72 B; 3Q75 B; 4LNG B; 4YDE B; 1NI1 B; 3DSS B; 3E34 B; 1TNZ B; 2A73 B; 2BB6 A; 2NOJ A; 3EUV B; 1TNO B; 2WY8 A; 3HXD B; 1TN7 B; 3D5R A; 1N4R B; 1KZP B; 4KKJ A; 2XQW A; 3D5S A; 4GTO B; 1TNY B; 4D94 A; 1N95 B; 3KSQ B; 1TN6 B; 1W6J A; 4GTP B; 1H36 A; 1O6R A; 4D4B A; 5FOB B; 4ZRQ A; 3E30 B; 3DST B; 1FT2 B; 2V8K A; 4D4C A; 4BOK A; 3HXB B; 2BBC A; 2XWB B; 1O6H A; 1NL4 B; 2WIN B; 2ZIR B; 2PN5 A; 3DSV B; 4GTS B; 3E37 B; 2B39 A; 4ZH1 A; 3HXF B; 1LTX B; 3OED A; 4D4D A; 1S63 B; 3PZ4 B; 2V3P A; 2G02 A; 1H37 A; 1GXM A; 4FXG B; 4GTT B; 5FO8 B; 1H3C A; 1TNB B; 1UMP A; 1D8D B; 2V3N A; 1N4S B; 3HXC B; 1C3D A; 2F0Y B; 2XWJ B; 4GTR B; 4LNV A; 1TNU B; 4C1S A; 2V8I A; 1SQC A; 3HXE B; 2H6F B; 1DCE B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N1Z A; 4LF6 Q; 3SEB A; 3Q7F B; 1KSD A; 1N7Q A; 4R4T A; 1AZP A; 2CQT A; 1GUG A; 1HXC A; 3IFT A; 1B7Y B; 5HUR A; 5C3E B; 4A3D G; 3PIO A; 5DGR A; 1TF4 A; 2C9O A; 3BDC A; 4HR7 B; 5IP9 G; 3B6Y A; 5IYD H; 2EXD A; 1XNQ L; 1HTL D; 2ZTE A; 5LHY 1; 1YHB A; 4C1N K; 2H6H B; 1D5Z C; 4IPD A; 4LW1 A; 2Z4H A; 4LWC A; 3SDU A; 1SA4 B; 1TWH B; 2RDF A; 5BR8 L; 4Z4J A; 4L0G A; 4D4A A; 3M4Y A; 2KA7 A; 4F88 A; 4M76 A; 4K2K A; 1L0W A; 1QVC A; 3GTJ B; 2ATW A; 3M4P A; 4BY7 B; 2DGY A; 3HOW H; 3PZ3 B; 4DXF A; 4IFD G; 5EBC A; 4POG A; 2B63 H; 1RWC A; 1TS3 A; 1IS9 A; 5JAV A; 1HR0 L; 3BVM A; 1VMP A; 1JE4 A; 2E2I H; 2B2U A; 3I70 A; 4JBJ A; 2XRQ D; 2RI8 A; 5EQ0 A; 3ONA B; 1SNQ A; 3H2W A; 3BJU A; 3T1Y Q; 1R76 A; 2HUG A; 1NAP A; 3HGB A; 4OL7 A; 3RLO A; 1HNZ L; 3WC3 A; 2NTT A; 1OXV A; 1U5K A; 3J81 E; 1SJE D; 4KKU A; 4Y7N B; 2JA7 H; 3S9V A; 3CRK C; 3OIP A; 3W5M A; 1LT3 D; 1KDA A; 4B3R Q; 4RHR A; 4GKK L; 1H54 A; 4LF8 Q; 4YWL A; 4RKL A; 4A3J B; 3J81 j; 2EE1 A; 5A2Q L; 1NR4 A; 2CWP A; 1NI1 B; 4R9W A; 1HXG A; 1A3U A; 1MHW C; 3QJY A; 2IHE A; 1UE6 A; 4X62 L; 4JI4 L; 4D94 A; 1KXL A; 1T5X D; 1IHZ A; 4C2M B; 3O13 A; 2BRP A; 2K14 A; 4Q88 A; 1E7Z A; 1EY8 A; 1S5E D; 3A8I E; 2HDL A; 4BWG B; 2F0J A; 1LTX B; 4JG2 A; 4X66 L; 5CV9 A; 1V7V A; 4DK3 C; 2Y0S B; 3QO2 A; 4UY8 C; 2EYJ A; 5FO8 B; 2B2Y A; 2CW0 D; 3UDG A; 2VUM G; 2MFI A; 3U58 A; 1CEM A; 4Z9C B; 1L2A A; 2I5H A; 1LF6 A; 5GRO A; 5C5L A; 4AYR A; 5GY3 A; 5I4D A; 1EEI D; 3WUX A; 2MJ8 A; 3PUW A; 1EOV A; 1DOM A; 4RKB A; 1KIX A; 3PIP A; 2OF1 A; 1AE2 A; 2WFW A; 1QNK A; 1GHJ A; 1Y69 U; 3HOU G; 1ROD A; 4MHE A; 4CE7 A; 1HFG A; 4A93 G; 2NUC A; 4K14 A; 3S16 B; 1FR3 A; 1KAB A; 1VQI A; 4L9P B; 4EVO A; 2AHG A; 5FO9 B; 1S5C D; 1JC7 A; 2ES2 A; 4PQX A; 4V1R A; 1B9M A; 3I4M G; 3RD4 A; 5E2J A; 1N4P B; 5ELE A; 1ESR A; 1Y1V G; 1G91 A; 1E2W A; 1N4Q B; 4IPH A; 5ELF A; 3M4O B; 4C3I H; 2A69 C; 3CQZ H; 1W3Y A; 3DRA B; 5FKA C; 1FL0 A; 1QCB D; 5HGT A; 4OX9 L; 4CGY B; 1QZH A; 2A6H C; 4XQQ A; 1EIG A; 4IUT A; 4RH6 A; 3OW2 A; 1IXR A; 5IWA Q; 4LF4 Q; 3OTO L; 5CV4 A; 4FF1 A; 1IKM A; 1TWG B; 4OJZ A; 4IUU A; 4IOC A; 3M85 A; 2E22 A; 3SK5 A; 4I65 A; 5C44 H; 4KTR A; 2F0D A; 4BBR G; 3RX5 A; 3DXJ C; 4HID A; 1SNC A; 3U4V A; 1RWA A; 1N7O A; 3P1H A; 1YNX A; 2PZW A; 3FPU B; 1WI5 A; 1PVO A; 4CJ0 B; 1QIL A; 1L1O C; 1R9T B; 3K0Y A; 2A6E C; 3WIW A; 1EY5 A; 1MI2 A; 2KEC A; 1XPO A; 1J0N A; 4UAI A; 4JI2 Q; 1EZ8 A; 1SMY C; 3N0G A; 4C3J H; 4B3T L; 5ILZ A; 1ET9 A; 5AFW A; 3QOL A; 3J7A F; 1CA5 A; 2JJB A; 1N33 L; 3C72 B; 2CH4 W; 4DR1 L; 4EL8 A; 1TNZ B; 2DRS A; 1Q12 A; 2H4O A; 4LFA L; 1TNO B; 5FLM H; 1STE A; 3VR4 A; 4GTO B; 3OIQ A; 4DK1 A; 4POF A; 2J5C A; 3MAQ A; 1EU4 A; 1DXM A; 5IYD G; 4KHP Q; 5C3W A; 2JN4 A; 2E2H B; 1FP3 A; 3UDI A; 3BZC A; 1LXK A; 3GLY A; 1I5F A; 3ULP A; 2D2C C; 3SDQ A; 2F03 A; 1WJJ A; 1GJX A; 1PFS A; 5DHK A; 2ASB A; 5JJL A; 2PMZ E; 1L0Y B; 1ET6 A; 1BCP D; 4IQZ A; 3K5M A; 1LF9 A; 2JA5 H; 2N78 A; 2QNO A; 2DY7 A; 3KK7 A; 1YJN A; 1N8R C; 2B63 G; 3SR1 A; 4IOA A; 4A3K H; 3S1N B; 3S1M H; 4KHV A; 4IUQ A; 2K28 A; 1F2L A; 3CPF A; 4K6L A; 3GTQ B; 4NB3 A; 1GUS A; 1ICW A; 4NPS A; 3W7X A; 4A3F H; 1S40 A; 1RTN A; 2A68 C; 3PZ1 B; 2NYZ D; 5IGC A; 3W7W A; 2X6L A; 2R3Z A; 3QPF A; 3ER0 A; 1YNN D; 4DV0 Q; 3IL8 A; 3G71 A; 1QOH A; 5FLX L; 1E2V A; 4JI8 L; 2JA7 G; 2E74 C; 3V96 A; 4NXN L; 1CFM A; 3M74 A; 3M72 A; 1JJG A; 1M4V A; 3GTG B; 2FV0 A; 3VDY A; 3GTL B; 2DRQ A; 1XPR A; 1FBW A; 3PCO B; 5KIX A; 1JCR B; 1VQD A; 4JI0 L; 1VQH A; 2KEN A; 1U0L A; 4N8X 1; 3UI2 A; 1PRT B; 3T56 B; 2L9H A; 1YZ6 A; 1N32 L; 3RMH A; 2E24 A; 4L63 B; 2RHQ B; 2F0N A; 2IT1 A; 2EY5 A; 5C4J B; 1H13 A; 4PZ7 A; 4DV3 Q; 1EOT A; 5AJ3 L; 1V7W A; 4GOP B; 1A8V A; 1NC5 A; 2Q8R E; 1BF4 A; 1SA5 B; 3RZO H; 2CKZ B; 4OWX B; 3LZ9 A; 4JV5 Q; 1QSJ A; 2PW7 A; 2F0S A; 4JI1 L; 5IYB H; 4R4C A; 1LTI D; 1HZA A; 3CF5 A; 1PTO H; 4P73 A; 2ZXP A; 4B9X A; 4K5X A; 4MU9 A; 3EQA A; 4K0K L; 3A8J E; 4DKA C; 4G7Z C; 1WTQ A; 4Q5V A; 1VQ9 A; 1XWE A; 2E2J H; 1RL2 A; 4GKJ Q; 3FHW A; 1Q81 C; 3D5R A; 5ILH A; 2EAD A; 2KHI A; 2PCF B; 5DHI A; 1DM0 B; 2R7Z B; 5KKB A; 2IL8 A; 2NVY B; 1I50 H; 3S14 H; 2ZBL A; 1IW7 C; 1HNX L; 1K3B C; 2HD3 A; 1G2T A; 3HOX G; 5KEE A; 4FUS A; 1KTK A; 2QIL A; 3C46 A; 1GKH A; 2ZIR B; 3I2Z A; 3HOZ H; 4DV7 L; 3ND8 A; 2G5D A; 3NTK A; 3HXF B; 1E0B A; 2V3P A; 3KF8 A; 3P2C A; 1HQR D; 4JI3 L; 1AFP A; 1UMP A; 2ZTD A; 3K6O A; 3C2P A; 1W3S A; 4JYA L; 3S4A A; 1F2M A; 2LKV A; 4A3E H; 3M73 A; 2AWO A; 1STA A; 4A3I H; 1TNU B; 4C1S A; 5LL6 S; 1KFG A; 1LT4 D; 2OXP A; 3I4N G; 4QCL A; 1QVF A; 5C44 G; 5EKK A; 3HKZ E; 4IPG A; 2LMC B; 5GAE C; 4NEI A; 4DV5 Q; 2F4V Q; 1HM3 A; 1CHP D; 1PRT D; 5DNF A; 3TP8 A; 1TWA B; 1EY9 A; 2ONH A; 2F0K A; 4A3C H; 2EYL A; 4R1J A; 3MFG A; 3WKI A; 5KNB A; 3QXQ A; 1SYG A; 3I91 A; 1TS5 A; 2V4D A; 3CCE A; 1U4R A; 4LK1 C; 1SRO A; 3U50 C; 3GTO H; 4MTN A; 3A74 A; 3WWV A; 1X32 A; 4H0L C; 3Q24 A; 4KKI A; 1SJH D; 3QG1 A; 3RZD B; 2FIN B; 1PZI D; 3AB9 A; 1PDQ A; 2RBM A; 4V1S A; 1STY A; 5JPM C; 1EZ6 A; 3S1R H; 4KN7 C; 3ICE A; 1PTO C; 5FLM G; 2OKX A; 4DF7 A; 4DR3 L; 1LT5 D; 5IK9 A; 1ENF A; 3M75 A; 1BO0 A; 3T33 A; 1KRF A; 2N8N A; 2XRS D; 5GZK A; 3DEO A; 2O4X A; 4FVM A; 5IK6 A; 1D5X C; 1PYB A; 1VMC A; 1K8O A; 1O7I A; 3W7S A; 4WJW A; 3M02 A; 2H6G B; 2F3V A; 4OWT B; 1WVL A; 1I3Q B; 5MEH A; 3A54 A; 3OXU A; 1Q7Y C; 2R61 A; 1H35 A; 4LNB B; 1IBK Q; 2KHJ A; 1HX9 A; 1J9O A; 3QDE A; 3CW2 C; 4RWS C; 2JA6 B; 4FO2 A; 1X3F A; 4L5S A; 1LD7 B; 1YI2 A; 5ELO A; 5IGF A; 2JQO A; 4CKB A; 2XVS A; 3OMG A; 3CAM A; 1LO5 D; 3Q0A A; 4XXE A; 4WVB A; 3A7A B; 1D2B A; 4GL3 A; 3JAM i; 4JBK A; 5GW7 A; 1CT1 D; 3LWU A; 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3GO5 A; 2K5N A; 3UDF A; 1B53 A; 3SGI A; 1N94 B; 1NCV A; 4DFA A; 3OOC A; 4BBR B; 2DRR A; 3CCJ A; 1F9G A; 5IL3 A; 3J7A 5; 3S15 B; 1LAC A; 1JE5 A; 4APV A; 2OQ0 A; 3HOZ G; 2GVB A; 3A3V A; 3KDF A; 1JOO A; 2JK8 A; 1UAP A; 1YJ9 A; 3H15 A; 2D5J A; 3QWT A; 3KFU A; 3K11 A; 1CM9 A; 1XNR L; 1TY2 A; 4OK2 A; 4FXD A; 5LMU Q; 1DOG A; 1X1I A; 1S5F D; 5CMD A; 1ASZ A; 1G8Z D; 1FT1 B; 3QR8 A; 4RCN A; 1XWT A; 4A3E G; 2PW5 A; 2ALY B; 4XDX A; 4PNY A; 1JS4 A; 2SEB D; 1EY7 A; 2KEE A; 4JCV E; 1K3R A; 4RCO A; 1Y14 B; 2JJQ A; 2ZXO A; 3T16 A; 3BZD B; 3HEJ A; 3KF6 A; 2I46 A; 1UEB A; 1D6E C; 3D5S A; 4HAE A; 4DUY Q; 1BBU A; 4IUP A; 4IO9 A; 4ZAI A; 3UE1 A; 3FPP A; 1PZK D; 4FXG C; 1O6R A; 5C5M A; 2K52 A; 3SDR A; 2AQ3 B; 1TU2 B; 1I94 Q; 2EJG C; 3HXB B; 2OTJ A; 4DOD A; 1UE5 A; 3UDX A; 3PUV A; 1EY0 A; 1N7R A; 3FRP B; 1Q8K A; 3K7A H; 5IL8 A; 2CVR A; 3I3C A; 4YY3 L; 3H0G H; 2Q8I B; 1SYE A; 5E4W C; 1M8A A; 2X6G A; 3RN5 A; 4B08 A; 2DJF C; 4JK1 C; 3F2C A; 4R4Q A; 1SBB B; 3GV6 A; 3TS0 A; 3N52 A; 2Z8L A; 2ZJP A; 3I56 A; 1UUP A; 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