The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
|
sequence length |
326
|
structure length |
302
|
Chain Sequence |
SPGGVASLLRLPRGCGEQTMIYLAPTLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTAFVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVALTAFVTIALHHGLAVFQDEGAEPLKQRVEASISKASSFLGEKASAGLLGAHAAAITAYALTLTKAPADLRGVAHNNLMAMAQETGDNLYWGQAPALWIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQASAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASHT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of the C4d fragment of human complement component C4.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
COMPLEMENT FACTOR C4A
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
109
|
| structure length |
302
|
| sequence length |
326
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.43: Classical-complement-pathway C3/C5 convertase. |
| pdb deposition date | 2001-01-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07678 | TED_complement | A-macroglobulin TED domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FO8 B; 2V8J A; 3KLS A; 1H3B A; 2BED B; 2WII B; 1O6R A; 2V8I A; 4GTO B; 1LTX B; 4D4D A; 1H37 A; 2PMV A; 1GXM A; 4YDE B; 4V1S A; 1TNO B; 3E32 B; 3E37 B; 3EU5 B; 1LD7 B; 3Q7F B; 3E34 B; 3HXD B; 3SQC A; 3Q79 B; 3DSX B; 2V3N A; 3Q73 B; 4ZRP A; 3RJ3 A; 4D4A A; 2A73 B; 4ZH1 A; 3D5S A; 1N4Q B; 4M76 A; 1N94 B; 1O1T B; 2I07 B; 3K7X A; 3DSU B; 1N9A B; 2H6F B; 3HXC B; 1O6H A; 3E30 B; 2V8K A; 4ZRQ A; 2BBC A; 4L9P B; 1GHQ A; 1KZP B; 4MBG B; 4YDO B; 4GTV B; 1D8E B; 2GOX A; 5AGD A; 1N95 B; 4D4C A; 2H6I B; 4MU9 A; 1SA4 B; 1TN6 B; 2PN5 A; 1TNZ B; 1O1S B; 2IEJ B; 3G6J B; 1H39 A; 4D4B A; 1S64 B; 2F0Y B; 3PZ3 B; 4FXK B; 2SQC A; 3OXU A; 5FOB B; 1S63 B; 3PZ1 B; 1LD8 B; 3SFY B; 1R76 A; 1W6J A; 2G0D A; 3DSW B; 4KKI A; 1GSZ A; 4GTP B; 3OED A; 3HXF B; 1TNU B; 3KSL B; 3HXE B; 4BOK A; 3DRA B; 1C3D A; 2WIN B; 2V3P A; 2XWB B; 1O79 A; 2XWJ B; 2BB5 A; 4GTS B; 2H6H B; 3HXB B; 4V1R A; 1QBQ B; 5FO9 B; 2WY8 A; 1X81 B; 1KZO B; 1HZF A; 3PZ2 B; 1O5M B; 1D8D B; 4BOJ A; 3EUV B; 3DSV B; 4LNV A; 1N4R B; 1O6Q A; 2NOJ A; 3CU7 A; 5JPN B; 1O1R B; 1TNB B; 1SQC A; 3D5R A; 4D94 A; 4EHM B; 3DST B; 1H3A A; 2XQW A; 1QQF A; 2H6G B; 2ZIS B; 2R2L B; 1GXN A; 1W6K A; 4GTM B; 3DPY B; 4GTT B; 3E33 B; 4GTQ B; 4ONT A; 1N4S B; 1QSJ A; 4FXG B; 1DCE B; 3DSS B; 4C1S A; 1MZC B; 1H36 A; 1NL4 B; 3KSQ B; 4KKJ A; 4GTR B; 1N4P B; 1H3C A; 5JPM B; 1FPP B; 1JCQ B; 3C72 B; 3Q78 B; 3SFX B; 1TNY B; 1NI1 B; 2ZIR B; 1GXO A; 1TN7 B; 2G02 A; 2B39 A; 1FT2 B; 1TN8 B; 3Q75 B; 1JCR B; 4LNG B; 1H35 A; 2BB6 A; 3Q7A B; 1FT1 B; 1SA5 B; 2WY7 A; 3PZ4 B; 4LNB B; 5FO7 B; 1UMP A; 3KQ4 A; 1JCS B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5M7Y A; 3SDU A; 4Z4L A; 4AYP A; 2WII B; 1H14 A; 4DOD A; 2PMV A; 3WC3 A; 3RSY A; 4MMI A; 1LD7 B; 2CQS A; 3SQC A; 2B4F A; 3PMM A; 3ANK A; 1GAI A; 1WU5 A; 3Q73 B; 1HX9 A; 1AYX A; 2EAC A; 1NC5 A; 3E7J A; 3DSU B; 2P0V A; 3A3V A; 3D3I A; 3E30 B; 2V8K A; 2EAB A; 1N1Z A; 1GHQ A; 1I8Q A; 2GOX A; 4WVB A; 3SAE A; 3E6U A; 4MU9 A; 1CLC A; 1N22 A; 2IEJ B; 2CQT A; 4FXK B; 3ANI A; 3PZ1 B; 1CB8 A; 2GH4 A; 5EAU A; 1N24 A; 5CZL A; 3SFY B; 5ILY A; 1OJO A; 3DSW B; 2G0D A; 2DRQ A; 2JG0 A; 1F9D A; 3CIH A; 1X9D A; 1WZZ A; 3OED A; 3HXF B; 3W7T A; 1C3D A; 3ANJ A; 1C82 A; 2XWB B; 2XWJ B; 2BB5 A; 3HXB B; 5FO9 B; 2WYN A; 2A8Z A; 3VSN A; 1DOG A; 3GLY A; 5GW7 A; 3W7W A; 3H7L A; 1SQC A; 3WKF A; 1XW2 A; 3M7C A; 4EHM B; 1LF9 A; 2QNO A; 2FV1 A; 1QAZ A; 1W6K A; 3DPY B; 4GTQ B; 4JJJ A; 1QSJ A; 4FXG B; 1J0N A; 1WU4 A; 3DSS B; 1IA6 A; 1J0M A; 4C1S A; 3SDT A; 3P5P A; 3C72 B; 1OJP A; 3Q78 B; 5IL3 A; 3ON6 A; 3NFV A; 2ZIR B; 1GXO A; 1F9G A; 1OJM A; 1VD5 A; 2B39 A; 1JCR B; 4LNG B; 2BB6 A; 1FT1 B; 2BRP A; 1KRE A; 5ILI A; 1FO3 A; 1KWF A; 4CJ1 A; 3ACS A; 5ILH A; 5IL8 A; 4L0G A; 1GAH A; 2V8J A; 3E73 A; 4TXT A; 2FUZ A; 2BED B; 4J5T A; 1RWG A; 5E2J A; 3RX8 A; 4D4D A; 1H37 A; 5CD2 A; 4Q2B A; 1IS9 A; 4V1S A; 3EU5 B; 2NVP A; 3PYB A; 3Q7F B; 4F10 A; 3E34 B; 3M72 A; 1RWC A; 3G4D A; 3Q79 B; 3DSX B; 2ONG A; 4FJQ A; 4TF4 A; 3RJ3 A; 1HCU A; 2A73 B; 5IKH A; 1F1S A; 3M74 A; 3EZ8 A; 3VW5 A; 2Q1F A; 2JF4 A; 5ILD A; 3QSP A; 1FBO A; 3HXC B; 4RNQ A; 4ZH5 A; 1O6H A; 1HN0 A; 4MBG B; 3M77 A; 4OJZ A; 1FP3 A; 4LIX A; 4L6X A; 2H6I B; 3NNB A; 3WIR A; 3N0F A; 1TN6 B; 3QXF A; 2PN5 A; 3WKG A; 4D4B A; 1S64 B; 2F0Y B; 3PZ3 B; 3M01 A; 5EAT A; 1RW9 A; 5FOB B; 1ULV A; 2F6D A; 3X17 A; 1LD8 B; 2E24 A; 1EGU A; 1UT9 A; 1GSZ A; 4GTP B; 2BRW A; 5JMD A; 3M7L A; 3KSL B; 4BOK A; 3DRA B; 1V7X A; 1N7O A; 2WDA A; 1HMW A; 1V7W A; 3M7E A; 2VN4 A; 1X81 B; 1V5D A; 3P5R A; 1D8D B; 4BOJ A; 2AHF A; 3EUV B; 1V5C A; 3WKI A; 5IM1 A; 5JPN B; 1O1R B; 1TNB B; 3D5R A; 3QT9 A; 5CA3 A; 4WVC A; 3DST B; 1H3A A; 3A0O A; 4ONT A; 3E33 B; 5DGQ A; 1N4S B; 4OK4 A; 5DGR A; 4CE7 A; 3SDQ A; 2DRR A; 3KSQ B; 1NL4 B; 1RWA A; 5JPM B; 4GTR B; 1N4P B; 5C05 A; 1FPP B; 4Z4J A; 3REN A; 2FV0 A; 3SFX B; 2BRV X; 2Z07 A; 4DI5 A; 3K11 A; 1NI1 B; 1KSD A; 1H54 A; 2G02 A; 1K72 A; 4OZV A; 2D8L A; 2WY7 A; 1KSC A; 4LNB B; 1H13 A; 1L1Y A; 1F9O A; 1JCS B; 3KQ4 A; 3RRS A; 2D5J A; 5FO8 B; 2AHG A; 1G9J A; 3KLS A; 2X03 A; 5M7I A; 1G9G A; 4NEI A; 3QRY A; 4YDE B; 3E37 B; 3S4D A; 3W7U A; 3WIQ A; 1V7V A; 1LF6 A; 1RWF A; 3E80 A; 3GZK A; 2V3N A; 4GL3 A; 4ZRP A; 4FUS A; 2DRS A; 2FUT A; 5ILJ A; 4ZH1 A; 1N4Q B; 4M76 A; 1N94 B; 2I07 B; 4AYO A; 4MMH A; 1OJN A; 1N9A B; 1XWT A; 2H6F B; 3M02 A; 3M73 A; 2BBC A; 1KKT A; 1N1B A; 1RWH A; 1KZP B; 1KFG A; 4GTV B; 2EAE A; 3AFJ A; 4WU0 A; 5AGD A; 1N95 B; 4D4C A; 4QT9 A; 1N20 A; 1TF4 A; 3G6J B; 1H39 A; 2SQC A; 2OKX A; 3RX7 A; 1S63 B; 4Q88 A; 5GZK A; 2ONH A; 1W6J A; 4KTP A; 3VSM A; 1FCE A; 2AFA A; 3WIW A; 3LZ9 A; 4KTR A; 3HXE B; 2DRO A; 2EAD A; 3P2C A; 2V3P A; 2H6H B; 1N7P A; 4V1R A; 3M71 A; 1QBQ B; 5ILZ A; 3H2W A; 1KZO B; 1HZF A; 2WCO A; 5DHI A; 3DSV B; 1HXG A; 1N21 A; 1LXM A; 3EU8 A; 3CU7 A; 2J5C A; 1LOH A; 4F13 A; 2XQW A; 1QQF A; 2H6G B; 4OK2 A; 3S9V A; 1W3Y A; 3QWT A; 1X1I A; 1DCE B; 4EL8 A; 5IK6 A; 1MZC B; 5JMF A; 1H3C A; 3S4C A; 1JCQ B; 3GT5 A; 5IK0 A; 1RQ5 A; 1TNY B; 3WKH A; 3N0G A; 3W7S A; 2E22 A; 1DL2 A; 4FNV A; 3Q7A B; 3M7B A; 2FBA A; 3PZ4 B; 2RI9 A; 1GLM A; 1LXK A; 1X1H A; 1UMP A; 1H3B A; 3SDV A; 1O6R A; 3EQA A; 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4E1Y A; 1SA5 B; 5FO7 B; 1FO2 A; 3QT3 A; 1UG9 A; 1N7N A; 1HV6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5M7Y A; 3SDU A; 4Z4L A; 4AYP A; 2WII B; 1H14 A; 2PMV A; 3WC3 A; 3RSY A; 1LD7 B; 2CQS A; 3SQC A; 2B4F A; 3PMM A; 3ANK A; 1GAI A; 1WU5 A; 3Q73 B; 1AYX A; 2EAC A; 1NC5 A; 3DSU B; 2P0V A; 3A3V A; 3D3I A; 3E30 B; 2V8K A; 2EAB A; 1GHQ A; 2GOX A; 4WVB A; 3SAE A; 3E6U A; 4MU9 A; 1CLC A; 2IEJ B; 2CQT A; 4FXK B; 3ANI A; 3PZ1 B; 2GH4 A; 3SFY B; 5CZL A; 2G0D A; 3DSW B; 2DRQ A; 2JG0 A; 1F9D A; 3CIH A; 1X9D A; 1WZZ A; 3OED A; 3HXF B; 3W7T A; 1C3D A; 3ANJ A; 2XWB B; 2XWJ B; 2BB5 A; 3HXB B; 5FO9 B; 2WYN A; 2A8Z A; 1DOG A; 3GLY A; 5GW7 A; 3W7W A; 3H7L A; 1SQC A; 3WKF A; 1XW2 A; 3M7C A; 4EHM B; 1LF9 A; 2QNO A; 2FV1 A; 1W6K A; 3DPY B; 4GTQ B; 4JJJ A; 1QSJ A; 4FXG B; 1WU4 A; 3DSS B; 1IA6 A; 4C1S A; 3SDT A; 3P5P A; 3C72 B; 3Q78 B; 3ON6 A; 2ZIR B; 1GXO A; 1VD5 A; 2B39 A; 1JCR B; 4LNG B; 2BB6 A; 1FT1 B; 1KRE A; 1FO3 A; 1KWF A; 4CJ1 A; 3ACS A; 4L0G A; 1GAH A; 2V8J A; 3E73 A; 4TXT A; 2FUZ A; 2BED B; 4J5T A; 5E2J A; 3RX8 A; 4D4D A; 1H37 A; 5CD2 A; 4Q2B A; 1IS9 A; 4V1S A; 3EU5 B; 2NVP A; 3PYB A; 3Q7F B; 3E34 B; 3M72 A; 3Q79 B; 3DSX B; 4TF4 A; 3RJ3 A; 1HCU A; 2A73 B; 3M74 A; 3EZ8 A; 3VW5 A; 2JF4 A; 3QSP A; 1FBO A; 3HXC B; 4ZH5 A; 1O6H A; 4MBG B; 3M77 A; 1FP3 A; 4LIX A; 4L6X A; 2H6I B; 3WIR A; 1TN6 B; 3QXF A; 2PN5 A; 3WKG A; 4D4B A; 1S64 B; 2F0Y B; 3PZ3 B; 5FOB B; 1ULV A; 2F6D A; 3X17 A; 1LD8 B; 1UT9 A; 1GSZ A; 4GTP B; 3M7L A; 3KSL B; 4BOK A; 3DRA B; 1V7X A; 1V7W A; 3M7E A; 2VN4 A; 1X81 B; 1V5D A; 3P5R A; 1D8D B; 4BOJ A; 2AHF A; 3EUV B; 1V5C A; 3WKI A; 5JPN B; 1O1R B; 1TNB B; 3D5R A; 3QT9 A; 5CA3 A; 4WVC A; 3DST B; 1H3A A; 4ONT A; 3E33 B; 5DGQ A; 1N4S B; 5DGR A; 4CE7 A; 3SDQ A; 2DRR A; 3KSQ B; 1NL4 B; 5JPM B; 4GTR B; 1N4P B; 1FPP B; 4Z4J A; 3REN A; 2FV0 A; 3SFX B; 2Z07 A; 3K11 A; 1NI1 B; 1KSD A; 1H54 A; 2G02 A; 1K72 A; 2D8L A; 2WY7 A; 1KSC A; 4LNB B; 1H13 A; 1L1Y A; 3KQ4 A; 1F9O A; 1JCS B; 3RRS A; 2D5J A; 5FO8 B; 2AHG A; 1G9J A; 3KLS A; 5M7I A; 1G9G A; 3QRY A; 4YDE B; 3E37 B; 3S4D A; 3W7U A; 3WIQ A; 1V7V A; 1LF6 A; 3GZK A; 2V3N A; 4GL3 A; 4ZRP A; 4FUS A; 2DRS A; 4ZH1 A; 1N4Q B; 4M76 A; 1N94 B; 2I07 B; 4AYO A; 1N9A B; 1XWT A; 2H6F B; 3M73 A; 2BBC A; 1KKT A; 1KZP B; 1KFG A; 4GTV B; 2EAE A; 3AFJ A; 4WU0 A; 5AGD A; 1N95 B; 4D4C A; 4QT9 A; 1TF4 A; 3G6J B; 1H39 A; 2SQC A; 2OKX A; 3RX7 A; 1S63 B; 4Q88 A; 5GZK A; 1W6J A; 4KTP A; 1FCE A; 2AFA A; 3WIW A; 4KTR A; 3HXE B; 2DRO A; 2EAD A; 3P2C A; 2V3P A; 2H6H B; 4V1R A; 3M71 A; 1QBQ B; 3H2W A; 1KZO B; 1HZF A; 3DSV B; 3EU8 A; 3CU7 A; 2XQW A; 1QQF A; 2H6G B; 3S9V A; 3QWT A; 1DCE B; 4EL8 A; 1MZC B; 1H3C A; 3S4C A; 1JCQ B; 3GT5 A; 1RQ5 A; 1TNY B; 3WKH A; 3W7S A; 1DL2 A; 3Q7A B; 3M7B A; 2FBA A; 3PZ4 B; 2RI9 A; 1GLM A; 1UMP A; 1H3B A; 3SDV A; 1O6R A; 3EQA A; 2V8I A; 4XUV A; 4GTO B; 1LTX B; 2GZ6 A; 3T33 A; 1GXM A; 1TNO B; 3E32 B; 1GA2 A; 3HXD B; 1FAE A; 3M76 A; 4D4A A; 2JJB A; 3D5S A; 3VXD A; 2ZBL A; 1O1T B; 3QXQ A; 3K7X A; 4ZRQ A; 4L9P B; 4WVA A; 3S4A A; 4YDO B; 4AYQ A; 1D8E B; 4AYR A; 1SA4 B; 3S4B A; 1FBW A; 1H12 A; 1TNZ B; 1O1S B; 3WUX A; 3OXU A; 3PYA A; 1L2A A; 3M78 A; 1CEM A; 2VN7 A; 3QDE A; 1KRF A; 1R76 A; 1KS8 A; 4KKI A; 3RX5 A; 3QG0 A; 1FMI A; 2XFG A; 1TNU B; 2ZZR A; 2WIN B; 3W5M A; 2YIK A; 3TF4 A; 1O79 A; 3QFY A; 4GTS B; 3W7X A; 1XWQ A; 2WY8 A; 3ACT A; 3M75 A; 3PZ2 B; 1O5M B; 1G87 A; 4LNV A; 2RI8 A; 4ZG8 A; 1N4R B; 1O6Q A; 2NOJ A; 3SDR A; 4D94 A; 1NXC A; 2RGK A; 5MEH A; 1G6I A; 5KKB A; 2ZIS B; 2R2L B; 1GXN A; 1AGM A; 3W5N A; 4GTM B; 4GTT B; 3H3K A; 3QPF A; 1H36 A; 4KKJ A; 4CJ0 A; 5GY3 A; 4YCR A; 4DOE A; 1WU6 A; 1TN7 B; 1IA7 A; 1FT2 B; 1TN8 B; 1JS4 A; 3Q75 B; 1H35 A; 3QFZ A; 1SA5 B; 5FO7 B; 1FO2 A; 3QT3 A; 1UG9 A; 4DOD A;
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