The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
156
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sequence length |
404
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structure length |
404
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Chain Sequence |
AFNNNPSSVGAYSSGTYRNLAQEMGKTNIQQKVNSTFDNMFGYNNTQQLYYPYTENGVYKAHYIKAINPDEGDDIRTQGQSWGMTAAVMLNKQEEFDNLWRFAKAYQKNPDNHPDAKKQGVYAWKLKLNQNGFVYKVDEGPAPDGEEYFAFALLNASARWGNSGEFNYYNDAITMLNTIKNKLMENQIIRFSPYIDNLTDPSYHIPAFYDYFANNVTNQADKNYWRQVATKSRTLLKNHFTKVSGSPHWNLPTFLSRLDGSPVIGYIFNGQANPGQWYEFDAWRVIMNVGLDAHLMGAQAWHKSAVNKALGFLSYAKTNNSKNCYEQVYSYGGAQNRGCAGEGQKAANAVALLASTNAGQANEFFNEFWSLSQPTGDYRYYNGSLYMLAMLHVSGNFKFYNNTF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Study of the active site residues of a glycoside hydrolase family 8 xylanase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Endo-1,4-beta-Xylanase
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Pseudoalteromonas haloplanktis
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| total genus |
156
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| structure length |
404
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| sequence length |
404
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase. |
| pdb deposition date | 2004-10-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01270 | Glyco_hydro_8 | Glycosyl hydrolases family 8 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A3V A; 2VN7 A; 4CJ1 A; 3WIW A; 3RX8 A; 3GLY A; 4KTR A; 4Z4L A; 3WC3 A; 3EZ8 A; 2F6D A; 1KS8 A; 3ANI A; 3EQA A; 1UG9 A; 3QG0 A; 1V5C A; 1FP3 A; 3W5N A; 1DOG A; 1WU4 A; 2YIK A; 2D8L A; 1FO3 A; 2DRO A; 3QSP A; 2NVP A; 3GT5 A; 3WIR A; 1IA6 A; 3H7L A; 4DOD A; 2AHG A; 3CIH A; 5GY3 A; 5DGR A; 1AGM A; 1CEM A; 4Q88 A; 3W7S A; 3QT9 A; 3QWT A; 3ACT A; 3S4C A; 1FBO A; 2ZBL A; 3W7U A; 5DGQ A; 1ULV A; 2EAD A; 2ZZR A; 1L2A A; 1XW2 A; 2Z07 A; 5CZL A; 3QDE A; 1WZZ A; 2VN4 A; 1DL2 A; 4TF4 A; 5M7I A; 3W7X A; 1WU6 A; 4CJ0 A; 5M7Y A; 2JF4 A; 1FO2 A; 2QNO A; 1NC5 A; 5CA3 A; 1F9D A; 1VD5 A; 1XWT A; 1HCU A; 2DRS A; 4AYR A; 3QXQ A; 3W5M A; 1GA2 A; 1G9G A; 2RGK A; 2FUZ A; 1IS9 A; 3QXF A; 1H13 A; 3QRY A; 3ANJ A; 1H14 A; 3ANK A; 3WIQ A; 2FV1 A; 4ZG8 A; 1GAH A; 1LF9 A; 3PMM A; 3RSY A; 2D5J A; 3QPF A; 1JS4 A; 4J5T A; 4AYP A; 4EL8 A; 4TXT A; 2CQS A; 1FMI A; 4L0G A; 2EAE A; 3H3K A; 1LF6 A; 3VW5 A; 2A8Z A; 3E73 A; 3AFJ A; 2EAC A; 1KRF A; 3QFZ A; 1G87 A; 1CLC A; 1KRE A; 1WU5 A; 2GZ6 A; 2P0V A; 3E6U A; 3H2W A; 1K72 A; 4L6X A; 3W7W A; 1XWQ A; 3ACS A; 1AYX A; 5GW7 A; 1NXC A; 1V7W A; 2DRQ A; 2GH4 A; 4WVB A; 3QFY A; 4Z4J A; 4JJJ A; 2JG0 A; 3RX5 A; 1GAI A; 1L1Y A; 2B4F A; 2RI8 A; 2JJB A; 3K11 A; 2EAB A; 2OKX A; 3D3I A; 1FAE A; 3GZK A; 2XFG A; 1KWF A; 3P2C A; 1G6I A; 2AHF A; 1RQ5 A; 3RRS A; 1KKT A; 1H12 A; 4AYO A; 1V5D A; 4FUS A; 4Q2B A; 1V7X A; 3X17 A; 1KFG A; 3S4B A; 1G9J A; 1UT9 A; 5E2J A; 3WUX A; 4WVC A; 2WYN A; 2DRR A; 5CD2 A; 3WKH A; 3T33 A; 3QT3 A; 3W7T A; 4KTP A; 1GLM A; 2RI9 A; 1TF4 A; 1KSC A; 1IA7 A; 1KSD A; 4WU0 A; 4AYQ A; 3WKI A; 4ZH5 A; 3VXD A; 1V7V A; 3ON6 A; 4CE7 A; 1FCE A; 1F9O A; 1X9D A; 1H54 A; 3WKF A; 3S4D A; 2FBA A; 5KKB A; 3TF4 A; 2AFA A; 3S4A A; 4WVA A; 3REN A; 5MEH A; 1FBW A; 4XUV A; 4DOE A; 2CQT A; 3RX7 A; 3WKG A; 2FV0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NEI A; 4CJ1 A; 4OZV A; 3RX8 A; 4D4C A; 4GTM B; 2BRW A; 3EZ8 A; 3Q7F B; 3ANI A; 1V5C A; 1KZP B; 1O1R B; 3N0G A; 1HXG A; 1FO3 A; 1HX9 A; 2BED B; 3GT5 A; 4OJZ A; 4Q88 A; 2V3N A; 3QWT A; 3ACT A; 3S4C A; 3W7U A; 5IKH A; 1XW2 A; 2F0Y B; 1C3D A; 4GL3 A; 1QSJ A; 5M7I A; 3W7X A; 4CJ0 A; 1FO2 A; 3SFX B; 1VD5 A; 1N22 A; 1TN6 B; 3W5M A; 2X03 A; 3DPY B; 5FO9 B; 1GA2 A; 1MZC B; 2RGK A; 2XQW A; 3M7L A; 1H13 A; 4MU9 A; 4ZG8 A; 4MMI A; 3WIQ A; 2WIN B; 2V8J A; 3RSY A; 1X81 B; 2WY7 A; 4J5T A; 1N7R A; 2E24 A; 4AYP A; 4BOK A; 3M76 A; 1FMI A; 2CQS A; 2EAE A; 2Q1F A; 3KLS A; 1OJP A; 4LIX A; 3VW5 A; 1W3Y A; 2A8Z A; 1FPP B; 4C1S A; 3QFZ A; 3M78 A; 1WU5 A; 2P0V A; 4L6X A; 4RNQ A; 4E1Y A; 3ACS A; 3E37 B; 5ILI A; 5EAU A; 1V7W A; 3QFY A; 4GTR B; 3PZ2 B; 3DSU B; 1L1Y A; 2B4F A; 2JJB A; 1RW9 A; 3D5R A; 2WY8 A; 3RRS A; 1H12 A; 2IEJ B; 4BOJ A; 1NL4 B; 1G9J A; 4GTT B; 4V1R A; 3WUX A; 5FO7 B; 3T33 A; 3M72 A; 1D8D B; 1GLM A; 1NI1 B; 1O6Q A; 1KSC A; 1IA7 A; 3WKI A; 2BRV X; 1CB8 A; 4ZH5 A; 1V7V A; 2ONH A; 1X9D A; 3WKF A; 1H54 A; 5KKB A; 5FOB B; 3TF4 A; 3S4A A; 5MEH A; 1FBW A; 4XUV A; 1LD7 B; 3WKG A; 1S64 B; 4YCR A; 5IL3 A; 3A3V A; 1O1T B; 1HZF A; 1N4Q B; 1N7O A; 1H3A A; 3EUV B; 3LZ9 A; 3QG0 A; 1FP3 A; 3KQ4 A; 1N7N A; 1DOG A; 1WU4 A; 3W5N A; 2H6I B; 3Q79 B; 4DOD A; 1TN8 B; 4D4A A; 2AHG A; 4OK2 A; 3CIH A; 1TNZ B; 1AGM A; 3M01 A; 2GOX A; 5DGQ A; 1OJO A; 1UMP A; 1ULV A; 2ZZR A; 4F13 A; 3M75 A; 4QT9 A; 1JCR B; 1HN0 A; 1WU6 A; 5M7Y A; 2QNO A; 1H35 A; 4D94 A; 1HCU A; 4AYR A; 3M7B A; 5IKA A; 1N7Q A; 3NNB A; 3DSV B; 1F9G A; 3RJ3 A; 2G0D A; 3QXF A; 1EGU A; 5GZK A; 4YDO B; 1H3B A; 3ANJ A; 3HXD B; 1N4S B; 3ANK A; 3SDR A; 1KZO B; 1LF9 A; 3PMM A; 3EU8 A; 5JMD A; 2ZIR B; 3QPF A; 3M73 A; 1QAZ A; 4GAX A; 1N7P A; 1OJM A; 2B39 A; 2R2L B; 1X1H A; 1H37 A; 3P5R A; 1G87 A; 3H2W A; 1K72 A; 4ZH1 A; 1AYX A; 2BB5 A; 2DRQ A; 4WVB A; 4ZRQ A; 5IK6 A; 1O1S B; 1N4R B; 1GXM A; 2JG0 A; 5IK9 A; 3K11 A; 2EAB A; 2V3P A; 1TNU B; 1G6I A; 2AHF A; 1N9A B; 1RQ5 A; 4MBG B; 4AYO A; 4Q2B A; 1V7X A; 1H39 A; 3EU5 B; 3SAE A; 1SQC A; 2A73 B; 2DRR A; 3WKH A; 3QT3 A; 1TNB B; 1J0N A; 1RWF A; 3HXF B; 1FT2 B; 3VXD A; 4CE7 A; 2I07 B; 3OXU A; 1F9O A; 1N1B A; 1N24 A; 2XWB B; 2PMV A; 1SA5 B; 2XWJ B; 3M7E A; 4GTO B; 4YDE B; 2AFA A; 1O79 A; 5IM1 A; 1C82 A; 4M76 A; 5JPM B; 4EHM B; 5GY3 A; 4OK4 A; 3OED A; 3NFV A; 4KTR A; 1F1S A; 4Z4L A; 3WC3 A; 3A0O A; 1QBQ B; 1DCE B; 1JCS B; 5DHK A; 4GTV B; 5JMF A; 2DRO A; 3Q73 B; 1QQF A; 3H7L A; 4GTP B; 1TN7 B; 1GSZ A; 3E80 A; 5IK0 A; 5DGR A; 4D4D A; 1CEM A; 3VSN A; 2V8I A; 3W7S A; 3HXC B; 1L2A A; 3E33 B; 2PN5 A; 1WZZ A; 2VN4 A; 4FXK B; 5C05 A; 1D8E B; 2E22 A; 2JF4 A; 3DSS B; 2FUQ A; 1NC5 A; 1W6K A; 5CA3 A; 2NOJ A; 2BBC A; 2DRS A; 1HM2 A; 1H36 A; 2WCO A; 1G9G A; 4FNV A; 1H14 A; 2FV1 A; 1GAH A; 2WDA A; 1S63 B; 3SDV A; 3DST B; 1JS4 A; 2H6G B; 4L9P B; 1TNY B; 4TXT A; 3H3K A; 2H6H B; 4LNV A; 1LXM A; 3E73 A; 1GXO A; 3AFJ A; 1HM3 A; 1KRF A; 5EAT A; 3E6U A; 2GZ6 A; 3W7W A; 1XWQ A; 2G02 A; 4GTS B; 1X1J A; 2GH4 A; 4Z4J A; 4JJJ A; 1OJN A; 1GAI A; 2BRP A; 2RI8 A; 1FAE A; 3PZ4 B; 4V1S A; 2XFG A; 4ONT A; 1LXK A; 1N4P B; 5DHI A; 2V8K A; 4FUS A; 3X17 A; 4KKJ A; 1KFG A; 3S4B A; 5E2J A; 3KSL B; 2WYN A; 3W7T A; 1JCQ B; 3E7J A; 3AFL A; 1HXC A; 3P5P A; 1TF4 A; 3M71 A; 1KSD A; 4MMH A; 1J0M A; 4WU0 A; 4AYQ A; 3HXE B; 1H3C A; 3ON6 A; 3PYB A; 1FCE A; 3S4D A; 2FBA A; 1N95 B; 1HMW A; 1RWG A; 1FT1 B; 3REN A; 3SDQ A; 2CQT A; 3M77 A; 3SDT A; 2FV0 A; 2ONG A; 3Q7A B; 1GHQ A; 2VN7 A; 3WIW A; 3C72 B; 2FUT A; 3GLY A; 4FJQ A; 2F6D A; 1KS8 A; 3EQA A; 1UG9 A; 2YIK A; 1RWH A; 3M74 A; 5IL8 A; 1O5M B; 2D8L A; 3G6J B; 3QSP A; 2NVP A; 3SFY B; 1LTX B; 3PZ3 B; 1IA6 A; 3WIR A; 3D5S A; 1I8Q A; 3QT9 A; 1FBO A; 4DI5 A; 2ZBL A; 1R76 A; 3K7X A; 3DRA B; 2J5C A; 3PZ1 B; 2EAD A; 4FXG B; 2Z07 A; 5CZL A; 5AGD A; 3QDE A; 2ZIS B; 5EAS A; 1DL2 A; 4TF4 A; 1TNO B; 1F9D A; 1XWT A; 3QXQ A; 3VSM A; 3E32 B; 2FUZ A; 5ILH A; 1IS9 A; 5ILJ A; 2H6F B; 3G4D A; 3QRY A; 1W6J A; 3Q75 B; 5ILD A; 1O6R A; 2D5J A; 1N23 A; 4F10 A; 1LD8 B; 4EL8 A; 1N94 B; 4L0G A; 1LF6 A; 3DSX B; 1HV6 A; 1N1Z A; 2EAC A; 3HXB B; 3S9V A; 3E30 B; 3Q78 B; 1KRE A; 1CLC A; 3KSQ B; 4KKI A; 4LNB B; 3M02 A; 5GW7 A; 1NXC A; 3G4F A; 4GTQ B; 5ILY A; 1LOH A; 3RX5 A; 1SA4 B; 3N0F A; 1GXN A; 5ILZ A; 2OKX A; 3D3I A; 3GZK A; 1KWF A; 3P2C A; 3M00 A; 1KKT A; 1V5D A; 3M7C A; 3CU7 A; 1O6H A; 1HXA A; 1UT9 A; 3PYA A; 3E34 B; 5JPN B; 4LNG B; 4WVC A; 5CD2 A; 1X1I A; 4KTP A; 2WII B; 2RI9 A; 1N21 A; 4ZRP A; 5FO8 B; 5ILK A; 2SQC A; 3DSW B; 1HMU A; 1RWA A; 4D4B A; 1RWC A; 4OZW A; 4WVA A; 4DOE A; 1N20 A; 3SQC A; 3RX7 A; 2BB6 A; 3SDU A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4CJ1 A; 3RX8 A; 4D4C A; 4GTM B; 3EZ8 A; 3Q7F B; 3ANI A; 1V5C A; 1KZP B; 1O1R B; 1FO3 A; 2BED B; 3GT5 A; 4Q88 A; 2V3N A; 3QWT A; 3ACT A; 3S4C A; 3W7U A; 1XW2 A; 4GL3 A; 2F0Y B; 1C3D A; 1QSJ A; 5M7I A; 3W7X A; 4CJ0 A; 1FO2 A; 3SFX B; 1VD5 A; 1TN6 B; 3W5M A; 3DPY B; 5FO9 B; 1GA2 A; 1MZC B; 2RGK A; 2XQW A; 3M7L A; 1H13 A; 4MU9 A; 4ZG8 A; 3WIQ A; 2WIN B; 2V8J A; 3RSY A; 1X81 B; 2WY7 A; 4J5T A; 4AYP A; 4BOK A; 3M76 A; 1FMI A; 2CQS A; 2EAE A; 3KLS A; 4LIX A; 3VW5 A; 2A8Z A; 1FPP B; 4C1S A; 3QFZ A; 3M78 A; 1WU5 A; 2P0V A; 4L6X A; 3ACS A; 3E37 B; 1V7W A; 3QFY A; 4GTR B; 3PZ2 B; 3DSU B; 1L1Y A; 2B4F A; 2JJB A; 3D5R A; 2WY8 A; 3RRS A; 1H12 A; 2IEJ B; 4BOJ A; 1NL4 B; 1G9J A; 4GTT B; 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