The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
257
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structure length |
247
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Chain Sequence |
MEGRLLLLETPGNTRMSLAYDEAIYRSFQYGDKPILRFYRHDRSVIIGYFQVAEEEVDLDYMKKNGIMLARRYTGGGAVYHDLGDLNFSVVRSSDDMDITSMFRTMNEAVVNSLRILGLDARPGELNDVSIPVNKKTDIMAGEKKIMGAAGAMRKGAKLWHAAMLVHTDLDMLSAVLKVPSTRERVANVTDFVDVSIDEVRNALIRGFSETLHIDFREDTITEKEESLARELFDKKYSTEEWNMGLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of lipoate-protein ligase A bound with the activated intermediate: insights into interaction with lipoyl domains
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Thermoplasma acidophilum
|
| molecule keywords |
Lipoate-protein ligase A
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| total genus |
78
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| structure length |
247
|
| sequence length |
257
|
| ec nomenclature |
ec
6.3.1.20: Lipoate--protein ligase. |
| pdb deposition date | 2005-08-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03099 | BPL_LplA_LipB | Biotin/lipoate A/B protein ligase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HXV A; 2QHV A; 4UP9 A; 1Z7M A; 1JJC A; 4H2U A; 3HXW A; 1H4S A; 2I4N A; 3W3S A; 2ZZF A; 1ASY A; 1NJ5 A; 2ARU A; 1ASZ A; 4YRP A; 3VBB A; 1G51 A; 4P3O A; 2DTH A; 1X2G A; 3EFR A; 3MF2 A; 4TVW A; 2Q7H A; 2DZC A; 1GGM A; 3A7A A; 4HWR A; 2RHS B; 2ODR D; 4YRG A; 3V7R A; 1NJ6 A; 1LYL A; 2ZIM A; 4TVA A; 3L1A A; 4P73 A; 3V8K A; 3RUX A; 1L0W A; 2C8M A; 4HWP A; 2ODR C; 2DVE A; 4H2X A; 4H2W A; 3UGQ A; 2RHQ B; 3QNE A; 4CH6 A; 1ADJ A; 2EJ9 A; 12AS A; 3HRK A; 4YRL A; 1YFT A; 3UGT A; 3VQV A; 5K1P A; 2DTI A; 5C51 B; 3P8Y A; 4EO4 A; 1WQ7 A; 2CIM A; 2AMC A; 4DQ2 A; 5KNN A; 1N9W A; 1X55 A; 4G84 A; 4XTU A; 3NEL A; 4XTV A; 2ZZE A; 4EX5 A; 4YRO A; 2E64 A; 2P0L A; 4K88 A; 2EWN A; 2EJG A; 1ATI A; 1IL2 A; 3RKX A; 3PCO A; 4XTW A; 4XU2 A; 1NJ2 A; 4BW9 A; 4K86 A; 4BWA A; 5C52 B; 4CS4 A; 5E3I A; 4YRI A; 1YFR A; 1NYR A; 2CGH A; 4CH4 A; 2I4M A; 4XTY A; 2E65 A; 1PYS A; 4P72 C; 1VQZ A; 5ELO A; 3A7U A; 2ART A; 4P71 C; 1RIQ A; 3UH0 A; 1EVK A; 3BJU A; 2P5I A; 2Q7G A; 4P74 C; 4YPF A; 1C0A A; 4YRM A; 1HC7 A; 2ZNJ A; 2CJB A; 4P75 C; 1E22 A; 3HY0 A; 4TQD A; 2DZ9 A; 3HFV A; 2ZR2 A; 3A32 A; 4UPA A; 4KQE A; 3G1Z A; 1USY A; 3V8J A; 1WU7 A; 4RDX A; 4RQE A; 3TEH B; 2ZXF A; 4YCU A; 3PZC A; 2ZIO A; 2DTO A; 4XTX A; 3MF1 A; 1EIY B; 3IAL A; 1B7Y A; 3REX A; 3DSQ A; 4XEO A; 2Q5I A; 1G5H A; 1W66 A; 2E10 A; 4HWO A; 1NJ1 A; 4P73 C; 4LNS A; 1BIB A; 3MEY A; 2E5A A; 3HFZ A; 3L4G B; 4ZIB A; 4YCV A; 1YGB A; 4H02 A; 2DXT A; 5C53 B; 2AKW B; 2EL9 A; 4HVC A; 2ZR3 A; 3EFS A; 4OLF A; 4O2D A; 3RF1 A; 3KFU A; 1B8A A; 3RL6 A; 4H2S A; 2EJF A; 3HXY A; 1EQR A; 1H4T A; 2XTI A; 3E9I A; 3RAC A; 2ZT7 A; 2Q7E A; 4NCX A; 1B70 B; 2IY5 A; 1JJC B; 4YRT A; 3A5Z A; 1HTT A; 2PME A; 4DPG A; 2G4C A; 4XEM A; 2ALY A; 2DKG A; 3P8T A; 1SER A; 1NJ8 A; 4WF2 A; 1SRY A; 1WLE A; 3A74 A; 1WQW A; 3R07 A; 4UP8 A; 3REU A; 2PMF A; 4TQF A; 3M4P A; 4H2X B; 1QE0 A; 1X01 A; 2I4O A; 1BBW A; 2QHS A; 3L2Z A; 3WQZ A; 3HXZ A; 3NET A; 3QTC A; 3IKM B; 3V8L A; 3A5Y A; 4YRR A; 4TWA A; 4AH6 A; 1G5I A; 5ELN A; 2DJZ A; 2AMC B; 3A7R A; 2C7I A; 1EOV A; 2RHS A; 1E24 A; 1KMM A; 2CJ9 A; 2DEQ A; 2DQ3 A; 1QF6 A; 2ARS A; 1SET A; 3VQY A; 2DU5 A; 4PHC A; 2ZNI A; 3QO5 A; 1KMN A; 2ZIN A; 4YRE A; 3PCO B; 2CJA A; 4YRC A; 1BIA A; 4H2Y A; 1FYF A; 4ZTU B; 4ZTZ B; 2RHQ A; 4RQF A; 4G85 A; 4P74 A; 1WYD A; 2DQ0 A; 4L87 A; 1B76 A; 4UP7 A; 4P75 A; 1WNL A; 4P3N A; 2FYK A; 1X56 A; 5HGQ A; 1B70 A; 4Q6G A; 1PYS B; 1EVL A; 3QO7 A; 3RIR A; 1HXD A; 1J5W A; 2I4L A; 3HY1 A; 2ZT6 A; 3IG2 A; 2ZTG A; 3RKW A; 1YFS A; 4CS2 A; 3VQX A; 4RMF A; 2DU7 A; 2ZZG A; 4KR2 A; 4YRK A; 1E1O A; 4XTZ A; 4YRS A; 1X2H A; 4Q15 A; 4PG3 A; 2J3M A; 2QHT A; 4E51 A; 1WPY A; 4YRQ A; 4H2T A; 3FJP A; 3ICA A; 3VQW A; 2E41 A; 4XU1 A; 3RGL A; 3OD1 A; 1B7Y B; 4WI1 A; 2Q5H A; 2ZT8 A; 4YDQ A; 3M4Q A; 4KR3 A; 3BFM A; 1BBU A; 4YCW A; 5F5W A; 3A31 A; 4WJ3 M; 3V7C A; 3HFZ B; 3NEM A; 4YRF A; 4TVA B; 4TVY A; 4OP0 A; 4XU3 A; 4WJ4 A; 1H4Q A; 1Z7N A; 4TTV A; 1NYQ A; 1EFW A; 3ERR A; 2XGT A; 1SES A; 3IKL A; 4CH3 A; 1ADY A; 3V7S A; 3TEH A; 1H4V B; 4HWT A; 2DXU A; 2ZCE A; 4X5O A; 4K87 A; 1YB3 A; 1X54 A; 2IY5 B; 1EIY A; 5K1X A; 4YP0 A; 3HXX A; 3RKY A; 1USY C; 2HNI A; 4YRJ A; 3LC0 A; 2ZGW A; 4CS3 A; 2EAY A; 3TUP A; 4CH5 A; 2ZT5 A; 3HXU A; 4XU0 A; 4YRN A; 3L4G A; 3CMQ A; 4YYE A; 4J15 A; 1KOG A; 3P8V A; 3HRI A; 3I7F A; 2ALY B; 3LSQ A; 2AKW A; 4P3P A; 2DDZ A; 4P72 A; 4P71 A; 2QHU A; 1NNH A; 3LSS A; 2E1H A; 4HWS A; 11AS A; 3NEN A; 4H2V A; 3E9H A; 2E3C A; 3TEG A; 3UFG A; 2J3L A; 3QO8 A; 3HTZ A; 4HA8 A; 1E1T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HXV A; 2QHV A; 4UP9 A; 4LVL A; 1Z7M A; 1JJC A; 4H2U A; 3HXW A; 1H4S A; 2I4N A; 3W3S A; 2ZZF A; 1ASY A; 1NJ5 A; 2ARU A; 1ASZ A; 4YRP A; 3VBB A; 1G51 A; 4P3O A; 2DTH A; 1X2G A; 3EFR A; 3MF2 A; 4TVW A; 2Q7H A; 2DZC A; 1GGM A; 3A7A A; 4HWR A; 2RHS B; 2ODR D; 4YRG A; 3V7R A; 1NJ6 A; 4LVM A; 1LYL A; 2ZIM A; 4TVA A; 3MQZ A; 3L1A A; 4P73 A; 3V8K A; 3RUX A; 1L0W A; 2C8M A; 4HWP A; 2ODR C; 2DVE A; 4H2X A; 4H2W A; 3UGQ A; 2RHQ B; 3QNE A; 4CH6 A; 1ADJ A; 2EJ9 A; 12AS A; 3HRK A; 4YRL A; 1YFT A; 3UGT A; 3VQV A; 5K1P A; 2DTI A; 5C51 B; 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4H2S A; 2EJF A; 3HXY A; 1EQR A; 1H4T A; 2XTI A; 3E9I A; 3RAC A; 2ZT7 A; 2Q7E A; 4NCX A; 1B70 B; 2IY5 A; 1JJC B; 4YRT A; 3A5Z A; 1HTT A; 2PME A; 4DPG A; 2G4C A; 4XEM A; 2ALY A; 2DKG A; 3P8T A; 1SER A; 1NJ8 A; 4WF2 A; 1SRY A; 1WLE A; 3A74 A; 1WQW A; 3R07 A; 4UP8 A; 3REU A; 2PMF A; 4TQF A; 3M4P A; 4H2X B; 1QE0 A; 1X01 A; 2I4O A; 1BBW A; 2QHS A; 3L2Z A; 3WQZ A; 3HXZ A; 3NET A; 3QTC A; 3IKM B; 3V8L A; 3A5Y A; 4YRR A; 4TWA A; 4AH6 A; 1G5I A; 5ELN A; 2DJZ A; 2AMC B; 3A7R A; 2C7I A; 1EOV A; 2RHS A; 1E24 A; 1KMM A; 2A8E A; 2CJ9 A; 2DEQ A; 2DQ3 A; 1QF6 A; 2ARS A; 1SET A; 3VQY A; 2DU5 A; 4PHC A; 2ZNI A; 3QO5 A; 1KMN A; 2ZIN A; 4YRE A; 3PCO B; 2CJA A; 4YRC A; 1BIA A; 4H2Y A; 1FYF A; 4ZTU B; 4ZTZ B; 2RHQ A; 4RQF A; 4G85 A; 4P74 A; 1WYD A; 2DQ0 A; 4L87 A; 1B76 A; 4UP7 A; 4P75 A; 1WNL A; 4P3N A; 2FYK A; 1X56 A; 5HGQ A; 1B70 A; 4Q6G A; 1PYS B; 1EVL A; 3QO7 A; 3RIR A; 1HXD A; 1J5W A; 2I4L A; 3HY1 A; 2ZT6 A; 3IG2 A; 2ZTG A; 3RKW A; 1YFS A; 4CS2 A; 3VQX A; 2NS6 A; 4RMF A; 2DU7 A; 2ZZG A; 4KR2 A; 4YRK A; 1E1O A; 4XTZ A; 4YRS A; 1X2H A; 4Q15 A; 4PG3 A; 2J3M A; 2QHT A; 4E51 A; 1WPY A; 4YRQ A; 4HT4 A; 4H2T A; 3FJP A; 3ICA A; 3VQW A; 2E41 A; 4XU1 A; 3RGL A; 3OD1 A; 1B7Y B; 4WI1 A; 2Q5H A; 2ZT8 A; 4YDQ A; 3M4Q A; 4KR3 A; 3BFM A; 1BBU A; 4YCW A; 5F5W A; 3A31 A; 4WJ3 M; 3V7C A; 3HFZ B; 3NEM A; 4YRF A; 4TVA B; 4TVY A; 4OP0 A; 4XU3 A; 4WJ4 A; 1H4Q A; 1Z7N A; 4TTV A; 1NYQ A; 1EFW A; 3ERR A; 2XGT A; 1SES A; 3IKL A; 4CH3 A; 1ADY A; 3V7S A; 3TEH A; 1H4V B; 4HWT A; 2DXU A; 2ZCE A; 4X5O A; 4K87 A; 1YB3 A; 1X54 A; 2IY5 B; 1EIY A; 5K1X A; 4YP0 A; 3HXX A; 3RKY A; 1USY C; 2HNI A; 4YRJ A; 3LC0 A; 2ZGW A; 4CS3 A; 2EAY A; 3TUP A; 4CH5 A; 2ZT5 A; 3HXU A; 4XU0 A; 4YRN A; 3L4G A; 3CMQ A; 4YYE A; 4J15 A; 1KOG A; 3P8V A; 3HRI A; 3I7F A; 2ALY B; 3LSQ A; 2AKW A; 4P3P A; 2DDZ A; 4P72 A; 4P71 A; 2QHU A; 1NNH A; 3LSS A; 2E1H A; 4HWS A; 11AS A; 3NEN A; 4H2V A; 3E9H A; 2E3C A; 3TEG A; 3UFG A; 2J3L A; 3QO8 A; 3HTZ A; 4HA8 A; 1E1T A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3HXV A; 2QHV A; 4UP9 A; 4LVL A; 1Z7M A; 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