The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
153
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sequence length |
448
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structure length |
448
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Chain Sequence |
MLDIKLIRENPELVKNDLIKRGELEKVKWVDEILKLDTEWRTKLKEINRLRHERNKIAVEIGKRRKKGEPVDELLAKSREIVKRIGELENEVEELKKKIDYYLWRLPNITHPSVPVGKDENDNVPIRFWGKARVWKGHLERFLEQSQGKMEYEILEWKPKLHVDLLEILGGADFARAAKVSGSRFYYLLNEIVILDLALIRFALDRLIEKGFTPVIPPYMVRRFVEEGSTSFEDFEDVIYKVEDEDLYLIPTAEHPLAGMHANEILDGKDLPLLYVGVSPCFRKEAGTAGKDTKGIFRVHQFHKVEQFVYSRPEESWEWHEKIIRNAEELFQELEIPYRVVNICTGDLGYVAAKKYDIEAWMPGQGKFREVVSASNCTDWQARRLNIRFRDRTDEKPRYVHTLNSTAIATSRAIVAILENHQEEDGTVRIPKVLWKYTGFKEIVPVEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic and mutational studies of seryl-tRNA synthetase from the archaeon Pyrococcus horikoshii
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
Seryl-tRNA synthetase
|
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| total genus |
153
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| structure length |
448
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| sequence length |
448
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.11: Serine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2008-08-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00587 | tRNA-synt_2b | tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) |
| A | PF02403 | Seryl_tRNA_N | Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KMN A; 1H4S A; 5HGQ A; 4H2X A; 1EQR A; 4YCV A; 1SET A; 3NEL A; 4ZIB A; 4P71 A; 4OLF A; 4YRR A; 4XTV A; 4YDQ A; 4CH6 A; 2ZCE A; 3L1A A; 3REX A; 4P72 C; 4YRO A; 4Q6G A; 1ATI A; 3A32 A; 1X56 A; 4DPG A; 1E1T A; 2P5I A; 4P74 A; 2ZIO A; 2EJF A; 4EX5 A; 4CH5 A; 4YCU A; 3BJU A; 3QO7 A; 3VBB A; 3BFM A; 4RMF A; 3L4G B; 1WLE A; 4YRJ A; 1HXD A; 4WJ3 M; 3UGT A; 3HFZ B; 3HXU A; 2P0L A; 4KR3 A; 2RHQ A; 1H4V B; 2ZT7 A; 2CIM A; 2CJ9 A; 3HXX A; 1E1O A; 1SES A; 4P73 C; 4YP0 A; 4LNS A; 3RGL A; 1KOG A; 1NJ6 A; 3A7U A; 2PME A; 2E1H A; 5C51 B; 1G5I A; 1X01 A; 4H2W A; 4CH4 A; 2I4O A; 3RF1 A; 4YRN A; 1G51 A; 4RQF A; 4P3N A; 4YRC A; 1ASZ A; 1Z7M A; 1L0W A; 3MEY A; 3VQV A; 4H02 A; 4H2S A; 1ADY A; 1HC7 A; 2DTO A; 1EIY A; 4HWT A; 4DQ2 A; 4RDX A; 3IKM B; 3DSQ A; 1HTT A; 2AMC B; 1H4T A; 1E22 A; 2AKW A; 1B7Y A; 4P3P A; 1WU7 A; 1E24 A; 3UGQ A; 3IKL A; 4YRT A; 4TVA A; 4WF2 A; 4P71 C; 5E3I A; 1USY A; 1X54 A; 3HY0 A; 3TEH A; 2DU5 A; 2DVE A; 3HXV A; 4HWO A; 3RL6 A; 5K1X A; 4H2Y A; 1B70 B; 3HY1 A; 1FYF A; 4YYE A; 2DDZ A; 3P8Y A; 4P74 C; 4PG3 A; 3L2Z A; 1ASY A; 4TTV A; 3V8K A; 1WYD A; 1W66 A; 4YRM A; 4CH3 A; 4RQE A; 1PYS A; 3EFS A; 1NYR A; 2E10 A; 4TVW A; 5ELO A; 3E9I A; 4UPA A; 4P75 A; 1J5W A; 4X5O A; 11AS A; 2EJ9 A; 3RIR A; 4O2D A; 4AH6 A; 1N9W A; 1X2G A; 1NJ5 A; 4TQF A; 4TWA A; 3NEN A; 3PCO B; 2Q5H A; 2ZIN A; 4K87 A; 2DZ9 A; 2ZZF A; 4K88 A; 5C52 B; 2EAY A; 1JJC A; 3R07 A; 2DZC A; 2C7I A; 2RHS B; 1EVK A; 2E5A A; 4YRK A; 2I4M A; 3FJP A; 4P3O A; 3EFR A; 1YGB A; 2CJB A; 1X2H A; 4H2X B; 3V7R A; 3VQX A; 2ODR C; 3PZC A; 4HWR A; 3P8V A; 1YFR A; 1G5H A; 3A74 A; 4E51 A; 1NJ8 A; 1WQ7 A; 1GGM A; 4UP9 A; 4CS4 A; 2ARS A; 4L87 A; 4YRF A; 2EWN A; 2C8M A; 2IY5 A; 4XTY A; 2I4L A; 2XGT A; 5K1P A; 3QNE A; 3HXZ A; 3RKX A; 2ZTG A; 4P72 A; 5ELN A; 2QHT A; 2ALY A; 1KMM A; 3P8T A; 2RHQ B; 2ZZG A; 3IG2 A; 1EOV A; 5KNN A; 2XTI A; 4UP8 A; 4CS3 A; 4PHC A; 2CJA A; 3RUX A; 4HVC A; 4YRQ A; 3TEG A; 4ZTU B; 2DQ3 A; 4XTX A; 4YRG A; 3REU A; 3QO5 A; 3A5Y A; 1BIB A; 1EVL A; 4XU0 A; 1NJ2 A; 4TVY A; 2ZGW A; 1IL2 A; 3A7R A; 4TQD A; 2DJZ A; 3IAL A; 4XEO A; 3RKW A; 4P73 A; 3HXY A; 3WQZ A; 1QF6 A; 2QHU A; 4KQE A; 4YCW A; 3ICA A; 2ZNJ A; 2ODR D; 4WJ4 A; 1EIY B; 3RKY A; 2HNI A; 2I4N A; 3HXW A; 2AKW B; 2DTI A; 1B7Y B; 1ADJ A; 2DXU A; 1Z7N A; 5C53 B; 12AS A; 1BIA A; 4TVA B; 3HRK A; 2E41 A; 1LYL A; 3TEH B; 2ZZE A; 1BBW A; 2E64 A; 3LC0 A; 3VQW A; 3L4G A; 2E3C A; 4YRI A; 1QE0 A; 3HFZ A; 3HRI A; 4Q15 A; 2G4C A; 3V8L A; 3A7A A; 1PYS B; 1WPY A; 2EJG A; 2E65 A; 2J3L A; 2ZIM A; 3V7C A; 4YRL A; 2ZR2 A; 3KFU A; 3CMQ A; 4XTZ A; 3M4Q A; 1YFS A; 2ZXF A; 3NET A; 4OP0 A; 4H2T A; 4XU3 A; 4G84 A; 2Q7G A; 1BBU A; 3ERR A; 3UFG A; 2Q7H A; 3QTC A; 1JJC B; 1USY C; 1WNL A; 2FYK A; 2ZT6 A; 2AMC A; 4NCX A; 2QHS A; 4K86 A; 1X55 A; 2DXT A; 1NYQ A; 3LSQ A; 3E9H A; 2EL9 A; 3LSS A; 3UH0 A; 4BWA A; 4YRS A; 3V7S A; 1YB3 A; 4YPF A; 1C0A A; 3TUP A; 1SRY A; 3W3S A; 3MF1 A; 1EFW A; 4J15 A; 4WI1 A; 3VQY A; 4XEM A; 1B70 A; 4XTU A; 2ARU A; 3NEM A; 2DU7 A; 4P75 C; 2ZR3 A; 2ZNI A; 4YRP A; 2DTH A; 2IY5 B; 4UP7 A; 2QHV A; 2DQ0 A; 3MF2 A; 3M4P A; 2J3M A; 4HA8 A; 1VQZ A; 4EO4 A; 2ALY B; 3A5Z A; 4ZTZ B; 4XU1 A; 3I7F A; 1NNH A; 1SER A; 2PMF A; 4BW9 A; 3G1Z A; 3V8J A; 4H2U A; 1WQW A; 4HWP A; 2CGH A; 3HTZ A; 4XU2 A; 4G85 A; 1B8A A; 1H4Q A; 1YFT A; 1NJ1 A; 3OD1 A; 2DKG A; 4YRE A; 4HWS A; 4XTW A; 4CS2 A; 2Q7E A; 2ZT5 A; 3PCO A; 3A31 A; 3HFV A; 4H2V A; 1B76 A; 2ZT8 A; 5F5W A; 3QO8 A; 2ART A; 4KR2 A; 1RIQ A; 2RHS A; 2DEQ A; 3RAC A; 2Q5I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LGN A; 3A2F A; 1KMN A; 4MW8 A; 1BE3 H; 1GN4 A; 1KC8 W; 5EBW C; 5HGQ A; 3SPC A; 1SET A; 4ZIB A; 5KMG B; 1RM1 B; 4YRR A; 3KCX A; 4FM1 A; 5EK0 A; 3LDD A; 5F2V O; 1AR1 B; 4DV5 O; 3SJA C; 1KEC A; 3REX A; 4YRO A; 4PDV A; 3CRM A; 2EX3 A; 4NB5 A; 3HKC A; 4UV8 A; 3FYE B; 3W7S A; 1QR8 A; 4KHP O; 4X1Y B; 1NR1 A; 1U97 A; 5LYJ B; 4FIP C; 1AP6 A; 2ZIO A; 2EJF A; 4Q20 A; 4CH5 A; 4YCU A; 3TCU A; 5LP6 A; 3QO7 A; 3OTF A; 1OV9 A; 4RUE A; 1Q7Y W; 1THZ A; 1G6U A; 3GVM A; 5GON B; 1SA0 A; 3K57 A; 4H44 B; 4PDR A; 1TA8 A; 3L9D A; 1TGO A; 2LW7 A; 3ZMU A; 1H4V B; 4JTA B; 2DOS A; 2UUB B; 3AG3 C; 3H1L H; 1JQ0 A; 1EFR G; 4PA7 A; 4DRX A; 4KUM A; 2EBO A; 3KKY A; 1K9M W; 5LGT A; 1NS1 A; 3M7M X; 2UUA O; 4YP0 A; 3RGL A; 3D36 A; 5B1O A; 1NJ6 A; 1HWY A; 2QWP B; 2HP8 A; 5C51 B; 3AK1 A; 4X1I A; 1G5I A; 1X01 A; 2ZD9 A; 2RN9 A; 4HBN A; 4ZOL B; 4DK1 A; 1QCE A; 2OIE A; 4LFA O; 2ZE8 A; 1TVK A; 2CDY A; 1S76 D; 4P3N A; 2QM7 A; 1M93 A; 4JV5 O; 3A0R A; 1RSO A; 1NQT A; 4FFB A; 3H9V A; 2X7R B; 4X62 B; 4H02 A; 2O57 A; 2B5U A; 1HC7 A; 4HWT A; 3SJB C; 5IDJ A; 3IKM B; 4OXS A; 3R66 A; 1K97 A; 3CP1 A; 4O4J A; 4IHJ A; 2YXH A; 3I5D A; 4O4I B; 3SPG A; 5CN0 A; 3T4D A; 1PNK A; 4W4K A; 2W6J G; 1B7Y A; 4W4L A; 3UGQ A; 2NR5 A; 2QWQ B; 4U7O A; 3IKL A; 3SJC C; 5EYP A; 1YJN V; 3L70 H; 5HFL A; 1ZL8 B; 2RCV A; 3K5M A; 2P4K A; 1USY A; 3TEH A; 3JAR A; 2Q6A A; 2A8E A; 2DVE A; 3H01 A; 3HXV A; 3JAW A; 1ZLZ A; 5K1X A; 5J2T B; 1FYF A; 2K1E A; 3TET A; 3E2E A; 2DDZ A; 4LF9 B; 1F51 A; 4O2B B; 1R1B A; 3OT7 A; 1K5S A; 1AR5 A; 4GZR B; 1YHQ V; 3APQ A; 3V8K A; 4TWK A; 4R6Z A; 1W66 A; 4YRM A; 4UCV A; 4CH3 A; 2KSD A; 5KHJ A; 1NJI W; 4LBE C; 4LF8 O; 3CCE V; 3JAT A; 3RN4 A; 3CB2 A; 3ZHV A; 3E9I A; 4UPA A; 4P75 A; 3KG2 A; 5CB4 B; 4X5O A; 4X65 B; 2WSS G; 4J9Z B; 5LMN B; 3JCU Z; 1J5E O; 4MTF A; 1RPO A; 3OMN B; 3RIR A; 4O2D A; 4QGP A; 1GO3 F; 1X2G A; 4TQF A; 3GWK C; 4AIL C; 4HZ3 A; 1N36 B; 1FXK A; 4J10 A; 2A3Q A; 5JCO C; 1EM1 A; 4TSF G; 1AVM A; 1YF2 A; 4J42 A; 4OX9 B; 1SQB H; 2JIZ G; 4YRK A; 5KHH A; 4FK5 C; 3CCL V; 3FJP A; 1RPR A; 2EIK B; 2Y4T A; 3EFR A; 1KD1 W; 3ZCC A; 1J95 A; 1HNW B; 1SQX H; 1AJQ A; 4H2X B; 2M7W A; 2CTP A; 3D8C A; 2JK5 C; 3E8B A; 4CBC A; 1PPJ H; 3P8V A; 4OPH A; 2X0L A; 3FB6 C; 3QVN A; 4CS4 A; 4L87 A; 1AI4 A; 3A0B Z; 5FL7 G; 2OIG A; 2CGN A; 4JI2 O; 4PI2 A; 2JJ2 G; 2XGT A; 1VQK V; 5K1P A; 4I4T B; 1XMO B; 1HNX O; 4BW5 A; 4P72 A; 2QHT A; 2HR3 A; 4JYA B; 2HFE C; 2V7Q G; 2XTA A; 5KAF Z; 3I56 V; 1G8M A; 3TXS A; 1B3Q A; 2C2A A; 4UP8 A; 4PHC A; 4HT4 A; 2CJA A; 3SYP A; 3CC7 V; 2YSU B; 1PL0 A; 4X88 A; 3IFX A; 5LGU A; 1QLN A; 4TUY A; 4IGG A; 2HHH O; 1K4D C; 2DQ3 A; 2F23 A; 4YJ2 B; 1SQQ H; 1JJO A; 3QO5 A; 1IBK O; 2P06 A; 4FLY A; 3ABL B; 4UCT A; 4QJF B; 3W7W A; 1DGS A; 2WA3 A; 2ZDI C; 1R3L C; 2QM8 A; 1H2K A; 4JZ2 A; 5CA0 B; 3RKW A; 3L75 H; 3FB8 C; 4P30 A; 2PI4 A; 1JOY A; 2XAF A; 4XDL A; 4P73 A; 3E89 A; 1EBO A; 2P22 C; 3OR7 C; 4K8Z A; 4B3S B; 4KQE A; 2AXT Z; 4R8C A; 5FLX N; 3ICA A; 2DE0 X; 4FFK A; 4D6T H; 2WLL A; 2IM9 A; 3CRQ A; 4DR3 O; 4YJ3 B; 1PL4 A; 3CME V; 5H6Q A; 1AB3 A; 2R70 A; 4B08 A; 4WCE V; 1NH2 D; 2BSK A; 12AS A; 1P49 A; 3LNN A; 2QSA A; 1OCR C; 4MVS A; 3MQZ A; 5L3G A; 3OM3 B; 4P2Z A; 4JI8 O; 1MAB G; 2ZZE A; 5LHG A; 2JS3 A; 3D36 C; 2CUG A; 5H9C A; 2E3C A; 3HB3 B; 1IBL B; 4DYL A; 4UB8 Z; 2K9P A; 1Q6H A; 5KHI A; 3RYH B; 4DV6 B; 1KKC A; 3M99 B; 4X1K B; 1FD9 A; 1OCC B; 2G4C A; 4BIZ A; 2Y0P A; 3IJ4 A; 1BS3 A; 4IIJ A; 1FPO A; 1H2G A; 3RYC A; 1PYS B; 1WPY A; 1KP2 A; 2J3L A; 3V7C A; 1XBL A; 1I08 A; 2WLI A; 4PA9 A; 2JGU A; 4CZZ A; 5ITZ A; 3G71 V; 2ZR2 A; 1EN4 A; 1VAR A; 3CMQ A; 3M4Q A; 5KX5 B; 4O4H A; 5BY1 A; 2RQ6 A; 5C93 A; 3JAL B; 3C3T A; 3ZHS A; 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4DUZ B; 1QNM A; 2ZT8 A; 4NXM O; 4BIO A; 3UQ8 A; 1QLE C; 3R65 A; 3ZRW B; 4LH6 A; 1RIQ A; 3WB2 A; 4CC6 A; 4LF5 B; 1GAX A; 4JYY A; 4I7Z B; 1K33 A; 1NT2 B; 4KL1 A; 4RO2 A; 2ZE6 A; 2P67 A; 2HLD G; 3K59 A; 1NBM G; 2CH7 B; 1EN5 A; 2ZCE A; 5GTI Z; 1BGY H; 4UB6 Z; 4P72 C; 1VQP V; 1DF4 A; 2WWW A; 4ZHQ A; 4E2L A; 3E35 A; 1XMQ B; 1X56 A; 4LVM A; 4DPG A; 1VF6 A; 4KFM A; 4GX1 A; 1Y76 A; 4F6R B; 5JWP A; 3T4Z A; 4EX5 A; 4MT8 A; 2IH3 C; 2FKX A; 4GLX A; 3VBB A; 2ATK C; 2Y48 A; 3ZS8 C; 3CRC A; 3RW0 A; 3BFM A; 3ETE A; 4YRJ A; 1HXD A; 4DR1 B; 4TV9 A; 3UO3 A; 4AHC A; 2P5O A; 5BZB A; 4Z2W A; 3HFZ B; 3RGB A; 1T5E A; 4X20 B; 1S5H C; 2P0L A; 3A0H Z; 4KR3 A; 4UCO A; 2UU9 B; 2GTA A; 1S0V A; 4LR3 A; 1F4M A; 1SES A; 5LL6 Y; 4P73 C; 4LNS A; 4ZI7 A; 1SQG A; 1R3I C; 1GRJ A; 3CCS V; 1KOG A; 2PME A; 3CCU V; 3K08 A; 2VQF O; 1Y74 A; 5JJN B; 1YIT V; 4CH4 A; 2I4O A; 1TUB A; 3E22 B; 3BRC A; 1DF5 A; 5KA6 A; 3O65 A; 5JCO A; 1K7D A; 1Q8I A; 2EIM B; 1L0W A; 4FM2 A; 3MEY A; 3A8T A; 4JI1 B; 4UCU A; 1MA1 A; 1GH6 A; 4Z1M G; 1ADY A; 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