The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
188
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structure length |
188
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Chain Sequence |
SMELLIIKERRIDYDGSAIRSHWAYRNFGILGDSLVVFRGKCNVKVEEMVDIEDLRLRKEIKGDDMVHYILELFWHPDILLASSLQKLLIARLVELLWNYGIEASRRGDDIYVNGRKLSISIATVSPVSIKIHIGLNVKTVGVPPGVDAIGLEELGIDPTEFMERSAKALVEEIEKVRKDSLKVRWVT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of Unknown Protein from Pyrococcus horikoshi
rcsb |
| molecule keywords |
190aa long hypothetical protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| total genus |
61
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| structure length |
188
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| sequence length |
188
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04017 | DUF366 | Domain of unknown function (DUF366) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QF6 A; 4XTZ A; 1KOG A; 1NJ5 A; 4P3O A; 3UH0 A; 1KMM A; 1WQ7 A; 1EVL A; 4UP8 A; 4P72 A; 3IG2 A; 3UFG A; 5ELN A; 4NCX A; 3KFU A; 4UP7 A; 2RHS B; 2ODR D; 2XGT A; 4XTX A; 3IKL A; 1H4Q A; 2ZNI A; 2E10 A; 4YRE A; 1B7Y B; 1X54 A; 4K88 A; 2IY5 A; 5ELO A; 3M4Q A; 3BFM A; 1NJ1 A; 1WLE A; 2ZZG A; 2ZT6 A; 4P71 C; 3PCO B; 4ZTZ B; 4YRJ A; 4DPG A; 4KR2 A; 3V7C A; 2RHQ A; 4CH5 A; 3G1Z A; 3FJP A; 3NEM A; 2ZXF A; 3I7F A; 5E3I A; 3V8L A; 4EO4 A; 2ALY A; 1X2G A; 3TEH A; 1NNH A; 2I4M A; 1LYL A; 4RQE A; 2G4C A; 3A7U A; 2CIM A; 4YRC A; 4YYE A; 2I4O A; 2CJA A; 1EVK A; 4YRG A; 3ICA A; 3VQV A; 1WPY A; 4HA8 A; 4H2X A; 2ZNJ A; 4UP9 A; 3RIR A; 2ZR2 A; 3A31 A; 3RKX A; 1KMN A; 1IL2 A; 3W3S A; 1BBU A; 4P71 A; 4XTU A; 2EAY A; 2E65 A; 3MF2 A; 1NJ8 A; 2DTH A; 3A5Z A; 1EIY A; 4WJ3 M; 4K87 A; 4YDQ A; 1X55 A; 1X2H A; 3RGL A; 3E9H A; 1YFR A; 2DJZ A; 4YCV A; 1H4T A; 1Z7M A; 2DDZ A; 2ZZF A; 3UGT A; 1USY A; 3A7R A; 4CH4 A; 3P8V A; 3HFV A; 4H2W A; 4YRR A; 3L1A A; 3IAL A; 2J3M A; 5F5W A; 1B70 B; 2C7I A; 1N9W A; 4TVA B; 3V7R A; 3QTC A; 2AMC B; 1HXD A; 3RAC A; 3DSQ A; 2AKW B; 1ADJ A; 2QHS A; 4CH6 A; 4XU0 A; 3HFZ B; 4HWO A; 3V7S A; 3VQY A; 4G85 A; 4H2U A; 1NYR A; 3HXW A; 4ZTU B; 1BIA A; 2ARU A; 1C0A A; 2DU7 A; 4YRT A; 3ERR A; 1PYS B; 2ODR C; 2DQ3 A; 1G5H A; 4OP0 A; 1RIQ A; 3PCO A; 2CGH A; 1YB3 A; 2HNI A; 1SER A; 2QHU A; 3HXU A; 2E41 A; 2ZGW A; 4P75 A; 4E51 A; 1WYD A; 4YPF A; 3L4G A; 4YRS A; 4PG3 A; 2Q7G A; 3HXX A; 3NET A; 1HC7 A; 4AH6 A; 3UGQ A; 3E9I A; 3HRI A; 4H2S A; 2ZT8 A; 5HGQ A; 2EJ9 A; 4RMF A; 4TVY A; 2DKG A; 4HWT A; 5K1P A; 3PZC A; 4P74 C; 1E22 A; 2DXU A; 4WF2 A; 2E64 A; 4XTY A; 1SET A; 3A74 A; 3HY0 A; 4XU3 A; 2ZIN A; 3LSQ A; 11AS A; 1JJC B; 2ZR3 A; 3A32 A; 4YRM A; 4BW9 A; 1NYQ A; 5C52 B; 3L2Z A; 4HWS A; 1WNL A; 1EQR A; 1W66 A; 4J15 A; 3QO8 A; 2ZT5 A; 4YRF A; 2IY5 B; 2PME A; 3BJU A; 1YFT A; 3LC0 A; 4TQD A; 1BIB A; 3V8J A; 2QHT A; 4OLF A; 2DEQ A; 3RKW A; 1WU7 A; 4XEM A; 2XTI A; 2P0L A; 2E1H A; 1NJ2 A; 4YRN A; 4TVW A; 3MEY A; 1SES A; 2DVE A; 3REX A; 4P3P A; 4L87 A; 3HRK A; 3EFS A; 3LSS A; 3QNE A; 2RHQ B; 3HFZ A; 2Q5H A; 4HWP A; 4P74 A; 3TEG A; 3HXV A; 3IKM B; 4P73 C; 2ALY B; 2Q7H A; 3TEH B; 1NJ6 A; 1YFS A; 4G84 A; 4HVC A; 1Z7N A; 3HXZ A; 4WI1 A; 3EFR A; 1H4S A; 2DXT A; 3P8T A; 4H2T A; 1FYF A; 2ZTG A; 4UPA A; 2QHV A; 4H2Y A; 2RHS A; 4H2X B; 1B7Y A; 2CJB A; 4TQF A; 2DQ0 A; 1ASZ A; 2PMF A; 1YGB A; 4Q15 A; 2J3L A; 4CH3 A; 4X5O A; 1H4V B; 3CMQ A; 2ARS A; 1G5I A; 4YRQ A; 2E3C A; 4YRL A; 4K86 A; 3HXY A; 4XU2 A; 2DTO A; 2ZZE A; 3RL6 A; 2EWN A; 3QO7 A; 5KNN A; 4YCU A; 1JJC A; 1L0W A; 4XEO A; 1GGM A; 3MF1 A; 4YP0 A; 4HWR A; 4WJ4 A; 4XU1 A; 2DZ9 A; 4ZIB A; 3RKY A; 4KQE A; 5K1X A; 1WQW A; 1E1O A; 1B8A A; 1ASY A; 2I4N A; 2I4L A; 3VQX A; 2P5I A; 2ZCE A; 4EX5 A; 3A7A A; 4BWA A; 4CS3 A; 4DQ2 A; 2DTI A; 1HTT A; 4TTV A; 4Q6G A; 2DU5 A; 3HTZ A; 2EJF A; 3RF1 A; 3L4G B; 4PHC A; 4YRO A; 4TWA A; 4CS2 A; 3WQZ A; 1SRY A; 1USY C; 1J5W A; 3NEL A; 2EJG A; 4YCW A; 3VQW A; 3R07 A; 3NEN A; 4CS4 A; 3VBB A; 3REU A; 1E1T A; 1B70 A; 3V8K A; 4YRK A; 4TVA A; 2ZT7 A; 2AMC A; 2AKW A; 1VQZ A; 3HY1 A; 2EL9 A; 5C53 B; 4P3N A; 3M4P A; 1ADY A; 3TUP A; 1PYS A; 1E24 A; 2FYK A; 4RQF A; 4KR3 A; 1BBW A; 2DZC A; 2ZIO A; 4P72 C; 3RUX A; 1X01 A; 5C51 B; 2ZIM A; 4XTV A; 4P75 C; 12AS A; 1B76 A; 1EOV A; 1G51 A; 1X56 A; 2ART A; 4XTW A; 3OD1 A; 1QE0 A; 1ATI A; 4YRP A; 4H02 A; 2Q5I A; 4YRI A; 3A5Y A; 2E5A A; 4RDX A; 1EFW A; 1EIY B; 2CJ9 A; 3P8Y A; 4O2D A; 4H2V A; 2C8M A; 2Q7E A; 3QO5 A; 4LNS A; 4P73 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QF6 A; 4XTZ A; 1KOG A; 1NJ5 A; 4LVL A; 4P3O A; 3UH0 A; 1KMM A; 1WQ7 A; 1EVL A; 4UP8 A; 4P72 A; 3IG2 A; 3UFG A; 5ELN A; 4NCX A; 3KFU A; 4UP7 A; 2RHS B; 2ODR D; 2XGT A; 4XTX A; 3IKL A; 1H4Q A; 2ZNI A; 2E10 A; 4YRE A; 1B7Y B; 1X54 A; 4K88 A; 2IY5 A; 5ELO A; 3M4Q A; 3BFM A; 1NJ1 A; 1WLE A; 2ZZG A; 2ZT6 A; 4P71 C; 3PCO B; 4ZTZ B; 4YRJ A; 4DPG A; 4KR2 A; 3V7C A; 2RHQ A; 4CH5 A; 3G1Z A; 3FJP A; 3NEM A; 2ZXF A; 3I7F A; 5E3I A; 4LVM A; 3V8L A; 4EO4 A; 2ALY A; 1X2G A; 3TEH A; 1NNH A; 2I4M A; 1LYL A; 4RQE A; 2G4C A; 3A7U A; 2CIM A; 4YRC A; 4YYE A; 2I4O A; 2CJA A; 1EVK A; 4YRG A; 3ICA A; 3VQV A; 1WPY A; 4HA8 A; 4H2X A; 2ZNJ A; 4UP9 A; 3RIR A; 2ZR2 A; 3A31 A; 3RKX A; 1KMN A; 1IL2 A; 3W3S A; 1BBU A; 4P71 A; 4XTU A; 2EAY A; 2E65 A; 3MF2 A; 1NJ8 A; 2DTH A; 3A5Z A; 1EIY A; 4WJ3 M; 4K87 A; 4YDQ A; 1X55 A; 1X2H A; 3RGL A; 3E9H A; 1YFR A; 2DJZ A; 4YCV A; 1H4T A; 1Z7M A; 2DDZ A; 2ZZF A; 3UGT A; 1USY A; 3A7R A; 4CH4 A; 3P8V A; 3HFV A; 4H2W A; 4YRR A; 3L1A A; 3IAL A; 2J3M A; 5F5W A; 1B70 B; 2C7I A; 1N9W A; 4TVA B; 3V7R A; 3QTC A; 2AMC B; 1HXD A; 3RAC A; 3DSQ A; 2AKW B; 1ADJ A; 2QHS A; 4CH6 A; 4XU0 A; 3HFZ B; 4HWO A; 3V7S A; 3VQY A; 4G85 A; 4H2U A; 1NYR A; 3HXW A; 4ZTU B; 1BIA A; 2ARU A; 1C0A A; 2DU7 A; 4YRT A; 3ERR A; 1PYS B; 2ODR C; 4LVI A; 2DQ3 A; 1G5H A; 4OP0 A; 1RIQ A; 3PCO A; 2CGH A; 1YB3 A; 2HNI A; 1SER A; 2QHU A; 3HXU A; 2E41 A; 2ZGW A; 4P75 A; 4E51 A; 1WYD A; 4YPF A; 3L4G A; 4YRS A; 4PG3 A; 2Q7G A; 3HXX A; 3NET A; 1HC7 A; 4AH6 A; 3UGQ A; 3E9I A; 3HRI A; 4H2S A; 2ZT8 A; 5HGQ A; 2EJ9 A; 4RMF A; 4TVY A; 2DKG A; 4HWT A; 5K1P A; 3PZC A; 4P74 C; 1E22 A; 2DXU A; 4WF2 A; 2E64 A; 4XTY A; 1SET A; 3A74 A; 3HY0 A; 4XU3 A; 2ZIN A; 3LSQ A; 11AS A; 1JJC B; 2ZR3 A; 3A32 A; 4YRM A; 4BW9 A; 1NYQ A; 5C52 B; 3L2Z A; 4HWS A; 1WNL A; 1EQR A; 1W66 A; 4J15 A; 3QO8 A; 2ZT5 A; 4YRF A; 2IY5 B; 2PME A; 3BJU A; 1YFT A; 3LC0 A; 4TQD A; 1BIB A; 3V8J A; 2QHT A; 4OLF A; 2DEQ A; 3RKW A; 1WU7 A; 4XEM A; 2XTI A; 2P0L A; 2E1H A; 1NJ2 A; 4YRN A; 4TVW A; 3MEY A; 1SES A; 2DVE A; 3REX A; 4P3P A; 4L87 A; 3HRK A; 3EFS A; 3LSS A; 3QNE A; 2RHQ B; 3HFZ A; 2Q5H A; 4HWP A; 4P74 A; 3TEG A; 3HXV A; 3IKM B; 4P73 C; 2ALY B; 2Q7H A; 3TEH B; 1NJ6 A; 1YFS A; 4G84 A; 4HVC A; 1Z7N A; 3HXZ A; 4WI1 A; 3EFR A; 1H4S A; 2DXT A; 3P8T A; 4H2T A; 1FYF A; 2ZTG A; 4UPA A; 2QHV A; 4H2Y A; 2RHS A; 4H2X B; 1B7Y A; 2CJB A; 4TQF A; 2DQ0 A; 1ASZ A; 2PMF A; 1YGB A; 4Q15 A; 2J3L A; 4CH3 A; 4X5O A; 1H4V B; 3CMQ A; 2ARS A; 1G5I A; 4YRQ A; 4LVJ A; 2E3C A; 4YRL A; 4K86 A; 3HXY A; 4XU2 A; 2DTO A; 2ZZE A; 3RL6 A; 2EWN A; 3QO7 A; 5KNN A; 4YCU A; 1JJC A; 1L0W A; 4XEO A; 1GGM A; 3MF1 A; 4YP0 A; 4HT4 A; 4HWR A; 4WJ4 A; 4XU1 A; 2DZ9 A; 4ZIB A; 3RKY A; 4KQE A; 5K1X A; 1WQW A; 1E1O A; 1B8A A; 1ASY A; 2I4N A; 2I4L A; 3VQX A; 2P5I A; 2ZCE A; 4EX5 A; 3MQZ A; 3A7A A; 4BWA A; 4CS3 A; 4DQ2 A; 2DTI A; 1HTT A; 4TTV A; 4Q6G A; 2DU5 A; 3HTZ A; 2EJF A; 3RF1 A; 3L4G B; 4PHC A; 4YRO A; 4TWA A; 4CS2 A; 3WQZ A; 1SRY A; 1USY C; 1J5W A; 3NEL A; 2EJG A; 4YCW A; 3VQW A; 4LVK A; 3R07 A; 3NEN A; 4CS4 A; 3VBB A; 3REU A; 1E1T A; 1B70 A; 3V8K A; 4YRK A; 2NS6 A; 4TVA A; 2ZT7 A; 2AMC A; 2A8E A; 2AKW A; 1VQZ A; 3HY1 A; 2EL9 A; 5C53 B; 4P3N A; 3M4P A; 1ADY A; 3TUP A; 1PYS A; 1E24 A; 2FYK A; 4RQF A; 4KR3 A; 1BBW A; 2DZC A; 2ZIO A; 4P72 C; 3RUX A; 1X01 A; 5C51 B; 2ZIM A; 4XTV A; 4P75 C; 12AS A; 1B76 A; 1EOV A; 1G51 A; 1X56 A; 2ART A; 4XTW A; 3OD1 A; 1QE0 A; 1ATI A; 4YRP A; 4H02 A; 2Q5I A; 4YRI A; 3A5Y A; 2E5A A; 4RDX A; 1EFW A; 1EIY B; 2CJ9 A; 3P8Y A; 4O2D A; 4H2V A; 2C8M A; 2Q7E A; 3QO5 A; 4LNS A; 4P73 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1QF6 A; 4XTZ A; 1KOG A; 1NJ5 A; 4LVL A; 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