The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
140
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sequence length |
386
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structure length |
372
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Chain Sequence |
KNLQALAQLYKNALLNDVLPFWENHSLDSEGGYFTCLDRQGKVYDTDKFIWLQNRQVWTFSMLCNQLEKRENWLKIARNGAKFLAQHGRDDEGNWYFALTRGGEPLVQPYNIFSDCFAAMAFSQYALASGEEWAKDVAMQAYNNVLRRTRPMKALAVPMILANLTLEMEWLLPQETLENVLAATVQEVMGDFLDQEQGLMYENVAPDGSHIDCFEGRLINPGHGIEAMWFIMDIARRKNDSKTINQAVDVVLNILNFAWDNEYGGLYYFMDAAGHPPQQLEWDQKLWWVHLESLVALAMGYRLTGRDACWAWYQKMHDYSWQHFADPEYGEWFGYLNRRGEVLLNLKGGKWKGCFHVPRAMYLCWQQFEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Central Cavity from the (Alpha/Alpha)(6) Barrel Structure of Anabaena sp. CH1 N-Acetyl-d-glucosamine 2-Epimerase Contains Two Key Histidine Residues for Reversible Conversion.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Anabaena sp.
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| molecule keywords |
N-acetyl-D-glucosamine 2-epimerase
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| total genus |
140
|
| structure length |
372
|
| sequence length |
386
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
5.3.1.8: Mannose-6-phosphate isomerase. |
| pdb deposition date | 2006-05-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07221 | GlcNAc_2-epim | N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UT9 A; 2WYN A; 3WIW A; 1HCU A; 1KKT A; 1IS9 A; 3QFZ A; 1DOG A; 4Q88 A; 2P0V A; 1FCE A; 4KTP A; 2DRQ A; 2VN7 A; 3GZK A; 1KRE A; 3ACS A; 2RGK A; 2NVP A; 3W7S A; 3WUX A; 5KKB A; 2GZ6 A; 3EZ8 A; 3QG0 A; 2D8L A; 3EQA A; 1KWF A; 4AYQ A; 1H54 A; 1VD5 A; 3WKF A; 2EAC A; 3QFY A; 1L1Y A; 2JF4 A; 3WIQ A; 3QXF A; 1G6I A; 1KSC A; 3H7L A; 3QT9 A; 1FO3 A; 3ANJ A; 2OKX A; 3W7T A; 5E2J A; 4TXT A; 3ACT A; 2RI9 A; 3PMM A; 2FV0 A; 5DGR A; 3ANK A; 5GW7 A; 3RX7 A; 2VN4 A; 4JJJ A; 1RQ5 A; 2EAD A; 1GAI A; 4FUS A; 3S4B A; 3QPF A; 4AYO A; 1LF6 A; 2EAB A; 3E73 A; 1UG9 A; 3RRS A; 1CLC A; 1H12 A; 5DGQ A; 2CQT A; 3S4A A; 4CJ0 A; 4TF4 A; 5CZL A; 2ZBL A; 4EL8 A; 1GA2 A; 4WVA A; 1XWT A; 3A3V A; 4AYR A; 2DRO A; 2A8Z A; 4WVC A; 3S4D A; 1CEM A; 1FP3 A; 2F6D A; 3T33 A; 3CIH A; 5M7Y A; 2FV1 A; 1K72 A; 2EAE A; 1KS8 A; 1G9J A; 1H14 A; 2CQS A; 2RI8 A; 1IA7 A; 4L6X A; 4AYP A; 3W5N A; 5CD2 A; 3WIR A; 1IA6 A; 1KSD A; 2JG0 A; 2JJB A; 2QNO A; 3QT3 A; 3H3K A; 5M7I A; 4ZG8 A; 2AHF A; 4DOD A; 1G9G A; 1G87 A; 4Z4J A; 2DRS A; 2D5J A; 5GY3 A; 5MEH A; 1WU4 A; 3D3I A; 3REN A; 3E6U A; 1V7X A; 1H13 A; 3WKG A; 3W7W A; 3ANI A; 3RX8 A; 4KTR A; 1FBW A; 2B4F A; 3AFJ A; 3W7U A; 3W5M A; 1FO2 A; 1LF9 A; 1AYX A; 1XW2 A; 1WU5 A; 3ON6 A; 3RX5 A; 3WC3 A; 3W7X A; 3GLY A; 4J5T A; 1NC5 A; 4CJ1 A; 4Q2B A; 2AFA A; 2DRR A; 4DOE A; 2ZZR A; 1V7W A; 1FBO A; 2XFG A; 1KFG A; 4ZH5 A; 1FAE A; 1V5C A; 4WVB A; 2FBA A; 3P2C A; 3K11 A; 1ULV A; 4Z4L A; 4L0G A; 2AHG A; 3TF4 A; 3QSP A; 1X9D A; 1XWQ A; 3VXD A; 3X17 A; 1V7V A; 3VW5 A; 1GLM A; 1DL2 A; 1GAH A; 3QDE A; 2YIK A; 1L2A A; 5CA3 A; 2FUZ A; 1JS4 A; 1NXC A; 1AGM A; 3S4C A; 4XUV A; 3WKH A; 4CE7 A; 2Z07 A; 1KRF A; 3WKI A; 1V5D A; 1WZZ A; 3QXQ A; 2GH4 A; 3GT5 A; 1TF4 A; 1WU6 A; 1F9D A; 3QRY A; 1F9O A; 3QWT A; 1FMI A; 3H2W A; 3RSY A; 4WU0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LNV A; 2PN5 A; 4L9P B; 1KKT A; 3G4F A; 1DOG A; 1RWC A; 1FCE A; 2DRQ A; 3GZK A; 1KRE A; 4GAX A; 3SAE A; 4GTT B; 2RGK A; 5AGD A; 2NVP A; 3WUX A; 3W7S A; 2GZ6 A; 3SDT A; 3D5R A; 5JPN B; 1H3C A; 1N7O A; 1HM3 A; 2FUQ A; 5ILK A; 3SFY B; 1HV6 A; 2JF4 A; 5IL3 A; 2XWJ B; 1JCQ B; 1N1Z A; 4TXT A; 2RI9 A; 1HZF A; 3RX7 A; 3S4B A; 1HXG A; 4AYO A; 4OJZ A; 2ZIS B; 1CLC A; 5DGQ A; 4CJ0 A; 4EL8 A; 5CZL A; 2ZBL A; 1O1T B; 2IEJ B; 5IKH A; 3A3V A; 4AYR A; 5IM1 A; 3PZ4 B; 4WVC A; 1N23 A; 3S4D A; 5EAT A; 3T33 A; 1N4Q B; 3Q75 B; 1IA7 A; 4FXK B; 1W6K A; 2QNO A; 1KZP B; 1X1I A; 4FNV A; 5M7I A; 2AHF A; 1JCS B; 3D5S A; 4Z4J A; 5MEH A; 1D8E B; 1GHQ A; 3REN A; 1J0N A; 3E6U A; 5EAS A; 3WKG A; 3W7W A; 4KKJ A; 3DSX B; 5GZK A; 3DPY B; 2H6F B; 3SDU A; 3W5M A; 1NI1 B; 4EHM B; 3RX5 A; 1N21 A; 4J5T A; 1CB8 A; 4Q2B A; 2DRR A; 1RWH A; 4DOE A; 5IK0 A; 1V7W A; 2XFG A; 4WVB A; 2FBA A; 5JPM B; 4FJQ A; 1H3B A; 3QSP A; 3M75 A; 1R76 A; 2V8I A; 5ILH A; 1V7V A; 3G6J B; 3OED A; 2BRW A; 3N0G A; 4XUV A; 1KRF A; 3E37 B; 4ONT A; 3PZ3 B; 2GH4 A; 1H3A A; 1N4S B; 2H6H B; 1N7Q A; 3QWT A; 1O6H A; 2V3N A; 4D4A A; 2SQC A; 5IL8 A; 3VSM A; 2ONG A; 4LNB B; 2BED B; 1TN6 B; 3EU8 A; 3QFZ A; 5IK6 A; 3DSV B; 5FOB B; 4ZRQ A; 4F13 A; 4GTR B; 1LD7 B; 5KKB A; 2I07 B; 3EZ8 A; 3Q73 B; 1N4P B; 1LTX B; 2D8L A; 3C72 B; 1H37 A; 3LZ9 A; 3S9V A; 2NOJ A; 1KSC A; 3H7L A; 1X81 B; 1FO3 A; 1OJN A; 1RWG A; 2WY7 A; 3M01 A; 3QT9 A; 3W7T A; 1N7P A; 3PMM A; 3M71 A; 3ANK A; 2VN4 A; 4JJJ A; 4NEI A; 4FUS A; 5ILI A; 1LOH A; 2EAB A; 3Q7A B; 3E73 A; 1UG9 A; 3RRS A; 1H12 A; 3S4A A; 1O1S B; 2CQT A; 1TN7 B; 4TF4 A; 4OZW A; 3SDQ A; 1GA2 A; 1DCE B; 1N7N A; 2WCO A; 4D4C A; 1N22 A; 1CEM A; 3PYA A; 1HX9 A; 2CQS A; 5CD2 A; 1KZO B; 2BB6 A; 4GTV B; 2JG0 A; 2JJB A; 2XWB B; 4DOD A; 1SQC A; 1G9G A; 2DRS A; 1HMW A; 2D5J A; 2BRV X; 5GY3 A; 3KSL B; 3D3I A; 1F9G A; 3ANI A; 3Q78 B; 5ILY A; 1FBW A; 3AFJ A; 1FO2 A; 1LF9 A; 1XW2 A; 3ON6 A; 4GL3 A; 5ILZ A; 2E22 A; 4ZH5 A; 2J5C A; 1LXM A; 1S63 B; 2GOX A; 1O1R B; 1HMU A; 5FO9 B; 3TF4 A; 1I8Q A; 4MMH A; 4D4D A; 1X9D A; 1XWQ A; 1LXK A; 4GTM B; 1C82 A; 1TNB B; 3HXD B; 3DST B; 3HXF B; 1AGM A; 3S4C A; 3WKH A; 4CE7 A; 1JCR B; 4RNQ A; 3EUV B; 4D94 A; 3WKI A; 1H35 A; 1O79 A; 1F9D A; 3QRY A; 2PMV A; 1N95 B; 3M7L A; 4V1R A; 3AFL A; 2WYN A; 2R2L B; 3Q79 B; 3WIW A; 5FO7 B; 3DSS B; 1HXA A; 1OJO A; 2VN7 A; 3ACS A; 1TNZ B; 3KLS A; 3HXE B; 3DRA B; 3M02 A; 3QG0 A; 4AYQ A; 3EQA A; 1KWF A; 2A73 B; 3RJ3 A; 1SA5 B; 1TNO B; 3QFY A; 1L1Y A; 5JMF A; 3QXF A; 1H36 A; 1RWF A; 1O5M B; 3E30 B; 5E2J A; 1QSJ A; 4LNG B; 2FV0 A; 5GW7 A; 4LIX A; 1N1B A; 1RQ5 A; 3CU7 A; 2EAD A; 1GAI A; 3DSU B; 1MZC B; 4E1Y A; 1LF6 A; 4DI5 A; 2ZIR B; 4GTQ B; 3G4D A; 4F10 A; 4WVA A; 3M77 A; 2DRO A; 2A8Z A; 3M7C A; 1FP3 A; 3CIH A; 4ZRP A; 2FV1 A; 3E33 B; 1K72 A; 2EAE A; 3M73 A; 1TNU B; 1G9J A; 1N20 A; 1N4R B; 2RI8 A; 1QQF A; 4L6X A; 5DHI A; 1X1J A; 1IA6 A; 1KSD A; 1SA4 B; 3QT3 A; 4ZG8 A; 2E24 A; 3E34 B; 1J0M A; 2X03 A; 2BB5 A; 1V7X A; 3E32 B; 1H13 A; 4MMI A; 3RX8 A; 3P5P A; 4KTR A; 3M74 A; 2B4F A; 1GXN A; 3M00 A; 3W7U A; 1AYX A; 1WU5 A; 3WC3 A; 3W7X A; 3GLY A; 5EAU A; 1NC5 A; 2AFA A; 2BRP A; 2ZZR A; 1FBO A; 1O6R A; 1KFG A; 1S64 B; 1OJP A; 3K7X A; 3P2C A; 3E7J A; 3M78 A; 1NL4 B; 4YCR A; 2AHG A; 3M76 A; 3X17 A; 3PYB A; 2V8K A; 3VW5 A; 1GLM A; 1DL2 A; 3QDE A; 1L2A A; 2WII B; 5CA3 A; 2FUZ A; 4YDE B; 1FT1 B; 1NXC A; 5DHK A; 1N24 A; 2G02 A; 3NFV A; 4FXG B; 4BOJ A; 4KKI A; 2BBC A; 1V5D A; 3M7E A; 5IKA A; 3QXQ A; 3SDV A; 3VSN A; 1TF4 A; 4GTP B; 1F9O A; 4D4B A; 3SDR A; 1UT9 A; 2ONH A; 1HCU A; 1IS9 A; 2H6I B; 3HXC B; 2P0V A; 4Q88 A; 4KTP A; 1TNY B; 3E80 A; 5ILJ A; 4BOK A; 1H54 A; 1VD5 A; 3WKF A; 2EAC A; 1D8D B; 4C1S A; 3WIQ A; 1G6I A; 1LD8 B; 3ANJ A; 2OKX A; 5IK9 A; 3ACT A; 2XQW A; 3PZ2 B; 5DGR A; 3EU5 B; 1QAZ A; 4QT9 A; 3P5R A; 2H6G B; 1N9A B; 1GSZ A; 3HXB B; 3QPF A; 1GXO A; 2WY8 A; 1W3Y A; 2WDA A; 1N7R A; 3N0F A; 1OJM A; 3NNB A; 1XWT A; 2V8J A; 2F6D A; 5M7Y A; 4OZV A; 3SFX B; 1F1S A; 1KS8 A; 3KSQ B; 4GTO B; 2FUT A; 1FPP B; 1H14 A; 3PZ1 B; 2WIN B; 3W5N A; 4AYP A; 3SQC A; 3A0O A; 3WIR A; 1HXC A; 3H3K A; 3OXU A; 2F0Y B; 1G87 A; 4OK4 A; 4ZH1 A; 1O6Q A; 1WU4 A; 1UMP A; 3DSW B; 1TN8 B; 1EGU A; 4GTS B; 1H39 A; 4YDO B; 1RWA A; 2Q1F A; 4OK2 A; 1RW9 A; 4M76 A; 4CJ1 A; 3M7B A; 2G0D A; 1FAE A; 1V5C A; 1HN0 A; 3K11 A; 1ULV A; 4Z4L A; 4L0G A; 3KQ4 A; 5JMD A; 5ILD A; 1X1H A; 1C3D A; 3VXD A; 4MBG B; 1FT2 B; 2B39 A; 1GAH A; 5C05 A; 2YIK A; 1HM2 A; 5FO8 B; 3M72 A; 2V3P A; 4V1S A; 1JS4 A; 3Q7F B; 2Z07 A; 4MU9 A; 1QBQ B; 1WZZ A; 3GT5 A; 1WU6 A; 1W6J A; 1FMI A; 1N94 B; 3H2W A; 3RSY A; 4WU0 A; 1GXM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4LNV A; 2PN5 A; 4L9P B; 1KKT A; 1DOG A; 1FCE A; 2DRQ A; 3GZK A; 1KRE A; 3SAE A; 4GTT B; 2RGK A; 5AGD A; 2NVP A; 3WUX A; 3W7S A; 2GZ6 A; 3SDT A; 3D5R A; 5JPN B; 1H3C A; 3SFY B; 2JF4 A; 2XWJ B; 1JCQ B; 4TXT A; 2RI9 A; 1HZF A; 3RX7 A; 3S4B A; 4AYO A; 2ZIS B; 1CLC A; 5DGQ A; 4CJ0 A; 4EL8 A; 5CZL A; 2ZBL A; 1O1T B; 2IEJ B; 3A3V A; 4AYR A; 3PZ4 B; 4WVC A; 3S4D A; 3T33 A; 1N4Q B; 3Q75 B; 1IA7 A; 4FXK B; 1W6K A; 2QNO A; 1KZP B; 5M7I A; 2AHF A; 1JCS B; 3D5S A; 4Z4J A; 5MEH A; 1D8E B; 1GHQ A; 3REN A; 3E6U A; 3WKG A; 3W7W A; 4KKJ A; 3DSX B; 5GZK A; 3DPY B; 2H6F B; 3SDU A; 3W5M A; 1NI1 B; 4EHM B; 3RX5 A; 4J5T A; 4Q2B A; 2DRR A; 4DOE A; 1V7W A; 2XFG A; 4WVB A; 2FBA A; 5JPM B; 1H3B A; 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