The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
155
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sequence length |
413
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structure length |
409
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Chain Sequence |
MKWFNTLSHNRWLEQETDRIFDFGKNSVVPTGFGWLGNKGQIKEEMGTHLWITARMLHVYSVAAAMGRPGAYSLVDHGIKAMNGALRDKKYGGWYACVNDEGVVDASKQGYQHFFALLGAASAVTTGHPEARKLLDYTIEIIEKYFWSEEEQMCLESWDEAFSKTEEYRGGNANMHAVEAFLIVYDVTHDKKWLDRAIRVASVIIHDVARNNHYRVNEHFDTQWNPLPDYNKDNPAHRFRAFGGTPGHWIEWGRLMLHIHAALEARCEQPPAWLLEDAKGLFNATVRDAWAPDGADGIVYTVDWEGKPVVRERVRWPIVEAMGTAYALYTVTGDRQYETWYQTWWEYCIKYLMDYENGSWWQELDADNKVTTGKQDIYHLLHCLVIPRIPLAPGMAPAVAAGLLDINAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of YihS in complex with D-mannose: structural annotation of Escherichia coli and Salmonella enterica yihS-encoded proteins to an aldose-ketose isomerase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Uncharacterized sugar isomerase yihS
|
| total genus |
155
|
| structure length |
409
|
| sequence length |
413
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature |
ec
5.3.1.31: Sulfoquinovose isomerase. |
| pdb deposition date | 2007-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07221 | GlcNAc_2-epim | N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RX7 A; 2CQT A; 1WU4 A; 2RI8 A; 3W5M A; 3S4B A; 1UT9 A; 1G9J A; 3H2W A; 3QFZ A; 1IA6 A; 1DL2 A; 3W7W A; 3H7L A; 4KTR A; 1UG9 A; 4Z4L A; 3W7T A; 1FP3 A; 1KKT A; 1H14 A; 4AYQ A; 3ON6 A; 4TF4 A; 3RX5 A; 4WVB A; 2VN7 A; 2WYN A; 1CEM A; 1FBO A; 3RRS A; 1VD5 A; 2ZZR A; 3QDE A; 2AHG A; 2RGK A; 2GZ6 A; 1X9D A; 3ACT A; 3WIR A; 2NVP A; 1H54 A; 2RI9 A; 1KSC A; 3ACS A; 1KRE A; 1XWQ A; 5CZL A; 3GLY A; 5M7I A; 2FV1 A; 2VN4 A; 1F9D A; 3A3V A; 4ZH5 A; 1FO3 A; 3E6U A; 3REN A; 4DOD A; 3QSP A; 1WU6 A; 3RX8 A; 3WIQ A; 5DGR A; 1H13 A; 3QPF A; 1L1Y A; 1WZZ A; 2GH4 A; 3D3I A; 3E73 A; 3P2C A; 1GLM A; 1V7W A; 3VW5 A; 2B4F A; 2EAB A; 4Z4J A; 4AYP A; 4AYR A; 3S4A A; 3TF4 A; 3QT3 A; 4DOE A; 3QWT A; 1XW2 A; 3AFJ A; 4ZG8 A; 1FCE A; 1G6I A; 1H12 A; 4XUV A; 3ANJ A; 3QFY A; 3ANK A; 1NC5 A; 1DOG A; 1HCU A; 1GAI A; 1GAH A; 2JJB A; 4J5T A; 2JG0 A; 4KTP A; 1CLC A; 3W5N A; 3WC3 A; 1V5D A; 1ULV A; 5CA3 A; 2EAD A; 2DRR A; 4CE7 A; 1NXC A; 3EQA A; 3WKI A; 1LF6 A; 1XWT A; 4WVA A; 2Z07 A; 1KFG A; 3S4D A; 3ANI A; 2OKX A; 3S4C A; 1FMI A; 1V7V A; 2DRQ A; 4L0G A; 2F6D A; 3W7U A; 1LF9 A; 4CJ1 A; 1FAE A; 4FUS A; 4AYO A; 2YIK A; 5MEH A; 2AFA A; 3WKF A; 3WUX A; 3WKH A; 3QRY A; 2ZBL A; 1G9G A; 4EL8 A; 1KWF A; 2D5J A; 5M7Y A; 5CD2 A; 3X17 A; 3WIW A; 2FUZ A; 2CQS A; 3QT9 A; 3GT5 A; 3QXF A; 1KSD A; 1FBW A; 2JF4 A; 2DRO A; 2AHF A; 1IA7 A; 4Q2B A; 5E2J A; 1TF4 A; 3PMM A; 3QXQ A; 4TXT A; 3VXD A; 5KKB A; 2XFG A; 2FBA A; 1F9O A; 1IS9 A; 3CIH A; 4WU0 A; 2EAC A; 1L2A A; 1KRF A; 1V5C A; 4JJJ A; 1AYX A; 1AGM A; 1WU5 A; 3W7X A; 2D8L A; 3WKG A; 1FO2 A; 1G87 A; 2EAE A; 3H3K A; 3RSY A; 2QNO A; 3T33 A; 3K11 A; 2DRS A; 4Q88 A; 4WVC A; 1GA2 A; 4CJ0 A; 1KS8 A; 1V7X A; 2P0V A; 1JS4 A; 1RQ5 A; 5GW7 A; 2A8Z A; 2FV0 A; 1K72 A; 3GZK A; 3QG0 A; 4L6X A; 5DGQ A; 3W7S A; 3EZ8 A; 5GY3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RX7 A; 2WCO A; 3W5M A; 3E80 A; 3M74 A; 1HN0 A; 3EU5 B; 3W7W A; 3H7L A; 1GHQ A; 1N20 A; 1KKT A; 1D8D B; 2WYN A; 4V1S A; 3E33 B; 3SDU A; 4D4C A; 4KKJ A; 3ACT A; 2NVP A; 2RI9 A; 3HXE B; 5CZL A; 1NL4 B; 2FV1 A; 5EAS A; 2E24 A; 4YDO B; 4DOD A; 1GXN A; 3QSP A; 5ILH A; 1H13 A; 4GTP B; 4ZRP A; 3D3I A; 1FT1 B; 3VW5 A; 2EAB A; 3NNB A; 2BRV X; 4OJZ A; 3D5R A; 3TF4 A; 4DOE A; 2V8K A; 1LXK A; 1XW2 A; 3AFJ A; 3QWT A; 1FCE A; 4ZG8 A; 3QFY A; 1DOG A; 1HCU A; 1JCR B; 3WC3 A; 1HMU A; 1V5D A; 2DRR A; 1W3Y A; 2ZIS B; 1XWT A; 1KFG A; 2WY8 A; 3M73 A; 1RW9 A; 1FMI A; 2DRQ A; 4L0G A; 4D4B A; 4CJ1 A; 1X1I A; 1GSZ A; 1R76 A; 1GXO A; 5ILY A; 3PZ2 B; 1H35 A; 3CU7 A; 5ILK A; 3PZ3 B; 1O6Q A; 4ZH1 A; 3DPY B; 4F10 A; 1RWC A; 5M7Y A; 1H36 A; 5CD2 A; 3X17 A; 3WIW A; 1CB8 A; 1KSD A; 1J0N A; 1LXM A; 5E2J A; 1UMP A; 3QXQ A; 4TXT A; 5KKB A; 2XFG A; 1QAZ A; 4GTR B; 3G6J B; 1F9O A; 1IS9 A; 2XWB B; 3NFV A; 1O1T B; 1V5C A; 1AYX A; 3SFX B; 5JPN B; 4LNG B; 3AFL A; 1G87 A; 1HXG A; 3H3K A; 3RSY A; 2QNO A; 3T33 A; 3K11 A; 3DSW B; 2BBC A; 4Q88 A; 5JMF A; 3SDR A; 4BOJ A; 1GA2 A; 1N7O A; 4CJ0 A; 1O6R A; 1KS8 A; 1V7X A; 2V3N A; 5GZK A; 5GW7 A; 1RQ5 A; 3EUV B; 3PYB A; 3GZK A; 1K72 A; 3EZ8 A; 2ONG A; 1WU4 A; 2RI8 A; 3S4B A; 1KZO B; 3M01 A; 3H2W A; 1IA6 A; 1HM2 A; 2H6G B; 1GXM A; 5FO8 B; 1UG9 A; 4Z4L A; 1H14 A; 4TF4 A; 3DRA B; 1W6J A; 3M7C A; 3D5S A; 1CEM A; 3RRS A; 1VD5 A; 1N22 A; 4E1Y A; 2RGK A; 2GZ6 A; 1X9D A; 1OJN A; 4FNV A; 2V8I A; 2X03 A; 1EGU A; 3OXU A; 3Q7A B; 3ACS A; 1XWQ A; 3GLY A; 3A3V A; 1FO3 A; 2ONH A; 4OZV A; 3E6U A; 1TNZ B; 3REN A; 2H6F B; 1TN6 B; 4LNV A; 1WU6 A; 2V8J A; 3WIQ A; 1TN8 B; 3SDV A; 1L1Y A; 3E73 A; 2GH4 A; 1GLM A; 2B4F A; 4Z4J A; 2NOJ A; 2Q1F A; 2PMV A; 3M71 A; 1G6I A; 1H12 A; 4XUV A; 3ANJ A; 3DSS B; 3ANK A; 4OK2 A; 1OJM A; 1FT2 B; 1GAH A; 4J5T A; 1CLC A; 2EAD A; 1H3A A; 4WVA A; 2Z07 A; 3HXB B; 1N23 A; 2J5C A; 2OKX A; 3S4C A; 5ILI A; 5FOB B; 3E32 B; 3W7U A; 1X81 B; 4F13 A; 3M7L A; 1LTX B; 2YIK A; 1QBQ B; 1J0M A; 5IL3 A; 1C82 A; 1LOH A; 1C3D A; 1X1H A; 3QRY A; 1G9G A; 1DCE B; 2D5J A; 5JPM B; 2CQS A; 1TN7 B; 3GT5 A; 2AHF A; 2BRW A; 3VXD A; 4DI5 A; 1HX9 A; 1F9G A; 1TNB B; 3M7B A; 4WU0 A; 4D94 A; 1NI1 B; 1HV6 A; 1WU5 A; 2EAE A; 4KKI A; 4WVC A; 4FXG B; 2B39 A; 2IEJ B; 3HXD B; 2P0V A; 5DHK A; 2A8Z A; 2WY7 A; 2FV0 A; 2BED B; 3QG0 A; 2XWJ B; 1HXC A; 5IK9 A; 5GY3 A; 2CQT A; 4GTT B; 3KQ4 A; 3QFZ A; 3Q78 B; 2H6I B; 4D4A A; 3ON6 A; 5IM1 A; 3RX5 A; 2E22 A; 4FXK B; 5IKH A; 1FBO A; 2ZZR A; 1N1Z A; 3PZ4 B; 4LIX A; 2AHG A; 1H54 A; 1KSC A; 5M7I A; 3DSU B; 2VN4 A; 3RJ3 A; 1MZC B; 1F9D A; 3SFY B; 1RWF A; 2WIN B; 4GTM B; 1HM3 A; 1N4Q B; 2FUT A; 3PZ1 B; 1O79 A; 5IK6 A; 3E7J A; 1X1J A; 4GL3 A; 3VSM A; 3P2C A; 2BB6 A; 1V7W A; 3KSQ B; 3M76 A; 1W6K A; 3K7X A; 4AYP A; 3S4A A; 3QT3 A; 5IKA A; 5DHI A; 3N0F A; 2F0Y B; 1NC5 A; 1GAI A; 1RWG A; 2JJB A; 5ILZ A; 3DST B; 4KTP A; 3W5N A; 1N95 B; 2I07 B; 4FJQ A; 4CE7 A; 1NXC A; 3EQA A; 1LF6 A; 3Q79 B; 2PN5 A; 1N21 A; 3SAE A; 3S4D A; 3ANI A; 1H3B A; 1V7V A; 3KSL B; 3Q73 B; 2F6D A; 4RNQ A; 1LF9 A; 4GTO B; 1FAE A; 2GOX A; 2AFA A; 3WKF A; 4EHM B; 2ZBL A; 1TNU B; 1KWF A; 1HMW A; 4MMH A; 3QT9 A; 5EAT A; 5IK0 A; 1FBW A; 5ILD A; 2DRO A; 1H3C A; 3PMM A; 1D8E B; 1HZF A; 1H39 A; 1JCS B; 4GTS B; 3M75 A; 1SA5 B; 1O5M B; 4D4D A; 3LZ9 A; 2ZIR B; 3M00 A; 4JJJ A; 5C05 A; 2WDA A; 3HXF B; 3W7X A; 3WKG A; 1N4R B; 3E37 B; 1FO2 A; 4GTQ B; 2DRS A; 1F1S A; 1S64 B; 3HXC B; 3E30 B; 5DGQ A; 3G4F A; 2XQW A; 1S63 B; 1UT9 A; 1G9J A; 4LNB B; 1DL2 A; 4YDE B; 2BB5 A; 1LD8 B; 4KTR A; 1TNO B; 3W7T A; 1FP3 A; 4AYQ A; 3Q7F B; 4OZW A; 1N7N A; 1LD7 B; 4WVB A; 2VN7 A; 3M78 A; 3Q75 B; 3QDE A; 1OJP A; 1N7P A; 1N24 A; 3DSX B; 4ONT A; 3WIR A; 1N9A B; 1N94 B; 1N1B A; 1KRE A; 4NEI A; 3SDT A; 1O6H A; 2FUQ A; 1QQF A; 4ZH5 A; 4MBG B; 1FPP B; 1H37 A; 2H6H B; 2WII B; 3RX8 A; 1O1R B; 3EU8 A; 3M7E A; 5DGR A; 3QPF A; 1WZZ A; 1JCQ B; 1KZP B; 4AYR A; 3VSN A; 3E34 B; 4ZRQ A; 4BOK A; 1SQC A; 1RWA A; 4GAX A; 1RWH A; 2JG0 A; 5EAU A; 5CA3 A; 1ULV A; 1N4S B; 1SA4 B; 4OK4 A; 3WKI A; 3DSV B; 4C1S A; 1OJO A; 2V3P A; 4FUS A; 2G0D A; 3M77 A; 4AYO A; 5ILJ A; 5MEH A; 4L9P B; 5IL8 A; 3WUX A; 1I8Q A; 1N7R A; 1O1S B; 3M72 A; 2A73 B; 3WKH A; 4MMI A; 2R2L B; 1N7Q A; 4MU9 A; 3OED A; 4EL8 A; 2BRP A; 3SDQ A; 1TNY B; 4V1R A; 3S9V A; 3C72 B; 2FUZ A; 3QXF A; 2JF4 A; 5AGD A; 1N4P B; 1IA7 A; 4Q2B A; 1TF4 A; 2FBA A; 4QT9 A; 3CIH A; 3G4D A; 3A0O A; 2EAC A; 2SQC A; 1L2A A; 1KRF A; 4GTV B; 1AGM A; 3SQC A; 2D8L A; 3P5R A; 4YCR A; 1QSJ A; 5JMD A; 4M76 A; 3KLS A; 3M02 A; 1JS4 A; 3PYA A; 3N0G A; 3W7S A; 4L6X A; 3P5P A; 5FO7 B; 1HXA A; 2G02 A; 5FO9 B; #chains in the Genus database with same CATH homology 3RX7 A; 3W5M A; 3M74 A; 3EU5 B; 3W7W A; 3H7L A; 1GHQ A; 1KKT A; 1D8D B; 2WYN A; 4V1S A; 3E33 B; 3SDU A; 4D4C A; 4KKJ A; 3ACT A; 2NVP A; 2RI9 A; 3HXE B; 5CZL A; 1NL4 B; 2FV1 A; 4YDO B; 4DOD A; 1GXN A; 3QSP A; 1H13 A; 4GTP B; 4ZRP A; 3D3I A; 1FT1 B; 3VW5 A; 2EAB A; 3D5R A; 3TF4 A; 4DOE A; 2V8K A; 3QWT A; 1XW2 A; 3AFJ A; 4ZG8 A; 1FCE A; 3QFY A; 1DOG A; 1HCU A; 1JCR B; 3WC3 A; 1V5D A; 2DRR A; 2ZIS B; 1XWT A; 1KFG A; 2WY8 A; 3M73 A; 1FMI A; 2DRQ A; 4L0G A; 4D4B A; 4CJ1 A; 1GSZ A; 1R76 A; 1GXO A; 3PZ2 B; 1H35 A; 3CU7 A; 3PZ3 B; 1O6Q A; 4ZH1 A; 3DPY B; 5M7Y A; 1H36 A; 5CD2 A; 3X17 A; 3WIW A; 1KSD A; 5E2J A; 1UMP A; 3QXQ A; 4TXT A; 5KKB A; 2XFG A; 4GTR B; 3G6J B; 1F9O A; 1IS9 A; 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