The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
187
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sequence length |
492
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structure length |
492
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Chain Sequence |
AYPSFEAYSNYKVDRTDLETFLDKQKEVSLYYLLQNIAYPEGQFNNGVPGTVIASPSTSNPDYYYQWTRDSAITFLTVLSELEDNNFNTTLAKAVEYYINTSYNLQRTSNPSGSFDDENHKGLGEPKFNTDGSAYTGAWGRPQNDGPALRAYAISRYLNDVNSLNEGKLVLTDSGDINFSSTEDIYKNIIKPDLEYVIGYWDSTGFDLWEENQGRHFFTSLVQQKALAYAVDIAKSFDDGDFANTLSSTASTLESYLSGSDGGFVNTDVNHIVENPDLLQQNSRQGLDSATYIGPLLTHDIGESSSTPFDVDNEYVLQSYYLLLEDNKDRYSVNSAYSAGAAIGRYPEDVYNGDGSSEGNPWFLATAYAAQVPYKLAYDAKSASNDITINKINYDFFNKYIVDLSTINSAYQSSDSVTIKSGSDEFNTVADNLVTFGDSFLQVILDHINDDGSLNEQLNRYTGYSTGAYSLTWSSGALLEAIRLRNKVKALA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the complex of a yeast glucoamylase with acarbose reveals the presence of a raw starch binding site on the catalytic domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Glucoamylase GLU1
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Saccharomycopsis fibuligera
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| total genus |
187
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| structure length |
492
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| sequence length |
492
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase. |
| pdb deposition date | 2005-11-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00723 | Glyco_hydro_15 | Glycosyl hydrolases family 15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZBL A; 4KTP A; 1FO2 A; 4CE7 A; 3QWT A; 1IA7 A; 2DRQ A; 4AYO A; 3H7L A; 1GAH A; 1NC5 A; 3QFY A; 1G87 A; 4JJJ A; 2JF4 A; 1DL2 A; 2RGK A; 1DOG A; 3ANI A; 3RX5 A; 2CQS A; 4J5T A; 1FBW A; 3RSY A; 1G9G A; 3S4A A; 4L6X A; 4DOD A; 1V5C A; 4CJ1 A; 3RX8 A; 1CLC A; 2GH4 A; 3GZK A; 1RQ5 A; 4Q88 A; 2F6D A; 2WYN A; 3H2W A; 4AYQ A; 1IA6 A; 3EQA A; 3WKI A; 3WIW A; 2XFG A; 5DGR A; 3RX7 A; 1KKT A; 1KRE A; 1X9D A; 3D3I A; 1GAI A; 1KRF A; 2D8L A; 3WIQ A; 3VXD A; 5CA3 A; 3S4C A; 2VN7 A; 5MEH A; 5GW7 A; 1IS9 A; 1FBO A; 1G9J A; 4Z4J A; 1GA2 A; 1H13 A; 4AYR A; 1ULV A; 2FV1 A; 3QDE A; 4Z4L A; 5E2J A; 2EAE A; 1XW2 A; 3GLY A; 1LF6 A; 1V7V A; 1GLM A; 3QG0 A; 3E73 A; 2DRS A; 3QXF A; 3WUX A; 1F9D A; 3W7X A; 1VD5 A; 2YIK A; 2P0V A; 5DGQ A; 3ACS A; 3WKF A; 2RI8 A; 3AFJ A; 1FMI A; 3QT3 A; 1H14 A; 2A8Z A; 5CD2 A; 2GZ6 A; 2OKX A; 2FBA A; 1G6I A; 3W7S A; 1FAE A; 3RRS A; 1FP3 A; 3W7W A; 1F9O A; 1V7W A; 3T33 A; 1XWT A; 4ZH5 A; 2DRO A; 4EL8 A; 1L1Y A; 1CEM A; 3EZ8 A; 5M7I A; 4TXT A; 3CIH A; 3QPF A; 4L0G A; 3H3K A; 3VW5 A; 5KKB A; 2EAD A; 1KSD A; 1KS8 A; 3S4B A; 2NVP A; 1WU4 A; 1KFG A; 2Z07 A; 3A3V A; 3REN A; 2ZZR A; 1TF4 A; 2JJB A; 1V7X A; 3ANJ A; 2DRR A; 1LF9 A; 3QT9 A; 1WU5 A; 4WVC A; 4WVB A; 4AYP A; 2FUZ A; 1K72 A; 2JG0 A; 3P2C A; 3WKG A; 3W7T A; 3ANK A; 3ACT A; 1NXC A; 3ON6 A; 4TF4 A; 1FCE A; 5GY3 A; 1AYX A; 4WU0 A; 2AHG A; 5CZL A; 3WIR A; 3QSP A; 2EAB A; 4XUV A; 1WU6 A; 2RI9 A; 3W5N A; 3PMM A; 1V5D A; 2B4F A; 4Q2B A; 4DOE A; 3K11 A; 1FO3 A; 1JS4 A; 4KTR A; 2FV0 A; 4WVA A; 5M7Y A; 2AFA A; 4ZG8 A; 1HCU A; 1H12 A; 3QRY A; 3W7U A; 3TF4 A; 3S4D A; 2CQT A; 1AGM A; 3GT5 A; 2EAC A; 3E6U A; 3QFZ A; 2AHF A; 3QXQ A; 1UG9 A; 4CJ0 A; 3W5M A; 1L2A A; 3WC3 A; 3WKH A; 2D5J A; 2VN4 A; 3X17 A; 4FUS A; 1WZZ A; 1KWF A; 1UT9 A; 1KSC A; 1H54 A; 1XWQ A; 2QNO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q78 B; 2J5C A; 4BOK A; 1N22 A; 1NC5 A; 5DHI A; 3ANI A; 1DL2 A; 4D4C A; 3S4A A; 4DOD A; 1G9G A; 5JPM B; 2FUQ A; 1O79 A; 1RWF A; 1KZO B; 3RX8 A; 1CLC A; 1HV6 A; 1RQ5 A; 3M02 A; 1GXM A; 1HMU A; 2XFG A; 1H35 A; 5DGR A; 5FO8 B; 1O6R A; 1N4P B; 1GXN A; 4LNV A; 1KKT A; 4RNQ A; 1KRE A; 1X9D A; 4KKJ A; 1O1S B; 4OJZ A; 1LD7 B; 3E30 B; 3M74 A; 1HXG A; 4Z4L A; 1OJM A; 2EAE A; 3GLY A; 1J0M A; 1X1I A; 3W7X A; 1VD5 A; 5DGQ A; 2P0V A; 3AFL A; 2I07 B; 3PYB A; 4GTV B; 4BOJ A; 2RI8 A; 4YCR A; 4F10 A; 2E24 A; 1R76 A; 1O6H A; 3W7S A; 3VSM A; 1L1Y A; 3KSL B; 5IKA A; 1C82 A; 3HXE B; 3QPF A; 4TXT A; 1HMW A; 3A0O A; 3SDR A; 1CB8 A; 5FO9 B; 5KKB A; 2H6F B; 2EAD A; 1KSD A; 2NVP A; 1WU4 A; 4ZRP A; 1N7N A; 4ONT A; 1X1H A; 2XWB B; 1SQC A; 1V7X A; 4D4B A; 2DRR A; 1LF9 A; 5ILJ A; 3QT9 A; 1WU5 A; 4NEI A; 1K72 A; 2JG0 A; 3LZ9 A; 4TF4 A; 5GY3 A; 1AYX A; 4WU0 A; 3QSP A; 3C72 B; 3PZ2 B; 4QT9 A; 2B4F A; 2ZIS B; 2ONH A; 4FXG B; 3DSV B; 1FO3 A; 4KTR A; 1HZF A; 1O5M B; 1O1T B; 4EHM B; 3E80 A; 5M7Y A; 4ZG8 A; 3M75 A; 2EAC A; 5EAT A; 2AHF A; 3QXQ A; 2XQW A; 1L2A A; 3WC3 A; 3CU7 A; 3X17 A; 1UT9 A; 1WZZ A; 2BRV X; 3G6J B; 2SQC A; 1S63 B; 3M00 A; 3M7E A; 3S9V A; 1RWG A; 1H3C A; 1GAH A; 1G87 A; 4JJJ A; 3WKG A; 1JCS B; 3RSY A; 4J5T A; 1FBW A; 3SDT A; 1TNY B; 4L6X A; 2X03 A; 1V5C A; 3GZK A; 3H2W A; 3M7B A; 1QBQ B; 2WY8 A; 1IA6 A; 3EQA A; 3WIW A; 5ILI A; 5CA3 A; 1N94 B; 2D8L A; 1H37 A; 5IK9 A; 2VN7 A; 4KKI A; 1KZP B; 5MEH A; 5GW7 A; 1TNB B; 3E34 B; 1D8E B; 2XWJ B; 4Z4J A; 4AYR A; 2FV1 A; 3K7X A; 1LF6 A; 1N1B A; 3SFX B; 3E73 A; 3WUX A; 1F9D A; 2ZIR B; 2YIK A; 3SAE A; 2A73 B; 3M7L A; 5EAS A; 3PYA A; 3KLS A; 3Q73 B; 2GZ6 A; 2WY7 A; 4D4D A; 1FAE A; 3RRS A; 3W7W A; 3DSU B; 1N4Q B; 1JCQ B; 1V7W A; 1XWT A; 5AGD A; 5ILD A; 4EL8 A; 3CIH A; 1HM2 A; 3Q79 B; 4LIX A; 2BRP A; 5C05 A; 2BB5 A; 1QAZ A; 1C3D A; 1KS8 A; 1LXK A; 5FO7 B; 1KFG A; 3SQC A; 3A3V A; 1N7O A; 3DPY B; 2ZZR A; 4C1S A; 3ANJ A; 4GL3 A; 4WVC A; 4AYP A; 1H3A A; 1F1S A; 3DRA B; 1TN8 B; 3VSN A; 2B39 A; 2AHG A; 5CZL A; 4LNB B; 2EAB A; 3EU8 A; 2WII B; 2RI9 A; 3W5N A; 3PMM A; 3RJ3 A; 2V8K A; 3NFV A; 3K11 A; 1W6J A; 1JS4 A; 1W6K A; 3DSS B; 4WVA A; 5FOB B; 4FXK B; 2BRW A; 3W7U A; 3TF4 A; 5IKH A; 3S4D A; 1AGM A; 3M76 A; 1FPP B; 1GHQ A; 5ILZ A; 4M76 A; 3W5M A; 1N23 A; 2V8J A; 3D5R A; 3M01 A; 1N4R B; 1H54 A; 1H36 A; 2QNO A; 3E32 B; 1HXA A; 4KTP A; 4CE7 A; 1IA7 A; 2DRQ A; 3M78 A; 3SDV A; 3PZ4 B; 3H7L A; 1QQF A; 3QFY A; 2RGK A; 1DOG A; 3RX5 A; 3PZ3 B; 3M7C A; 4OK2 A; 1D8D B; 1FT2 B; 4GTM B; 2BB6 A; 4CJ1 A; 3OED A; 3Q7A B; 4MMI A; 4Q88 A; 2F6D A; 3E7J A; 2BBC A; 3RX7 A; 3D3I A; 3KQ4 A; 3WIQ A; 1GXO A; 3Q7F B; 1IS9 A; 1N1Z A; 5ILK A; 1H13 A; 4FJQ A; 3HXC B; 1GLM A; 3QG0 A; 2DRS A; 3EUV B; 4ZRQ A; 1LTX B; 3ACS A; 3WKF A; 1HXC A; 1TNZ B; 1H14 A; 4GAX A; 4OZV A; 5GZK A; 2H6H B; 2GOX A; 1N9A B; 1W3Y A; 1SA4 B; 2ONG A; 4GTO B; 1JCR B; 4ZH5 A; 3EZ8 A; 5M7I A; 1N21 A; 4L0G A; 1MZC B; 1J0N A; 4GTQ B; 5JMD A; 2V8I A; 4LNG B; 1TN6 B; 4E1Y A; 5IL3 A; 4WVB A; 3SDU A; 2FUZ A; 3W7T A; 3P2C A; 3ANK A; 1HM3 A; 3ON6 A; 1OJN A; 3WIR A; 3N0F A; 4XUV A; 3D5S A; 1N24 A; 3P5P A; 3DST B; 1UMP A; 2WCO A; 1DCE B; 1O1R B; 2FV0 A; 1HCU A; 1NI1 B; 2CQT A; 4GTT B; 1UG9 A; 3WKH A; 4OZW A; 1TN7 B; 3HXF B; 1H3B A; 2NOJ A; 1I8Q A; 1N4S B; 3P5R A; 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