The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
182
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sequence length |
469
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structure length |
469
|
Chain Sequence |
VDFLPPVGVENREPADATIREKRAKIKEMMTHAWNNYKRYAWGLNELKPISKEGHSSSLFGNIKGATIVDALDTLFIMGMKTEFQEAKSWIKKYLDFNVNAEVSVFEVNIRFVGGLLSAYYLSGEEIFRKKAVELGVKLLPAFHTPSGIPWALLNMKSGIGRNWPWASGGSSILAEFGTLHLEFMHLSHLSGDPVFAEKVMKIRTVLNKLDKPEGLYPNYLNPSSGQWGQHHVSVGGLGDSFYEYLLKAWLMSDKTDLEAKKMYFDAVQAIETHLIRKSSGGLTYIAEWKGGLLEHKMGHLTCFAGGMFALGADGAPEARAQHYLELGAEIARTCHESYNRTYVKLGPEAFRFDGGVEAIATRQNEKYYILRPEVIETYMYMWRLTHDPKYRTWAWEAVEALESHCRVNGGYSGLRDVYIARESYDDVQQSFFLAETLKYLYLIFSDDDLLPLEHWIFNTEAHPFPILR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Substrate recognition and catalysis by GH47 alpha-mannosidases involved in Asn-linked glycan maturation in the mammalian secretory pathway.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Sugar binding protein
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase IA
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| total genus |
182
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| structure length |
469
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| sequence length |
469
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.113: Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase. |
| pdb deposition date | 2016-06-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01532 | Glyco_hydro_47 | Glycosyl hydrolase family 47 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2D8L A; 1KRE A; 3QWT A; 4Z4J A; 4ZG8 A; 1DOG A; 1FBW A; 1FMI A; 1KSC A; 3QFY A; 4Z4L A; 5DGR A; 4KTR A; 3WIR A; 1FO3 A; 2AFA A; 2CQS A; 1DL2 A; 2GH4 A; 1KSD A; 2D5J A; 3GT5 A; 3VXD A; 4EL8 A; 5DGQ A; 2YIK A; 5CZL A; 3W7T A; 4JJJ A; 1GAH A; 1LF6 A; 1IS9 A; 2FV1 A; 2RI8 A; 1RQ5 A; 1KS8 A; 3RX7 A; 4AYP A; 3W7S A; 1ULV A; 3E73 A; 1CLC A; 4DOD A; 3QXF A; 3RRS A; 2EAE A; 1V7W A; 3E6U A; 2A8Z A; 1NC5 A; 1V5C A; 2FBA A; 4ZH5 A; 1VD5 A; 3EQA A; 1L2A A; 1WU5 A; 3WKF A; 1F9O A; 2EAD A; 1H14 A; 3EZ8 A; 1H54 A; 5E2J A; 1NXC A; 1FO2 A; 1FBO A; 2AHG A; 3X17 A; 2Z07 A; 4J5T A; 2EAB A; 4DOE A; 4CJ1 A; 2ZBL A; 3ANJ A; 3WC3 A; 3S4A A; 3GZK A; 1GAI A; 4TF4 A; 1UG9 A; 1KWF A; 5CD2 A; 3K11 A; 1JS4 A; 4CJ0 A; 2FUZ A; 1KRF A; 3QPF A; 3ACS A; 3W7X A; 1V7X A; 1FCE A; 3AFJ A; 1X9D A; 4WU0 A; 1G9G A; 1KFG A; 1V5D A; 1FP3 A; 1H12 A; 3GLY A; 3QDE A; 4WVA A; 2RGK A; 3RSY A; 3S4B A; 1K72 A; 2ZZR A; 1AGM A; 3H7L A; 2B4F A; 5CA3 A; 4AYO A; 3ON6 A; 1WU6 A; 4CE7 A; 3CIH A; 3ANI A; 3QFZ A; 3H2W A; 3ACT A; 3QT3 A; 3QT9 A; 3S4C A; 2GZ6 A; 4AYR A; 3P2C A; 5M7I A; 2WYN A; 2FV0 A; 3ANK A; 1KKT A; 2DRO A; 1G6I A; 2OKX A; 3PMM A; 1LF9 A; 3H3K A; 1H13 A; 1WZZ A; 1L1Y A; 2DRQ A; 2JJB A; 3QRY A; 4KTP A; 4TXT A; 1XWT A; 3WKG A; 4Q88 A; 1IA7 A; 5GY3 A; 3QXQ A; 3A3V A; 3W5N A; 3WKH A; 3RX8 A; 4FUS A; 2AHF A; 1AYX A; 1G87 A; 3VW5 A; 2QNO A; 2EAC A; 4L6X A; 3REN A; 3QG0 A; 1G9J A; 1XWQ A; 3WIW A; 3W7U A; 3W7W A; 2JF4 A; 3RX5 A; 4AYQ A; 2CQT A; 1CEM A; 3W5M A; 4WVB A; 4Q2B A; 1V7V A; 2XFG A; 3TF4 A; 1HCU A; 3QSP A; 3D3I A; 3WKI A; 1GLM A; 2VN7 A; 2DRS A; 4WVC A; 2NVP A; 1GA2 A; 1UT9 A; 5MEH A; 2RI9 A; 2JG0 A; 3WUX A; 1XW2 A; 3S4D A; 4L0G A; 5GW7 A; 1TF4 A; 5KKB A; 2VN4 A; 1F9D A; 2F6D A; 4XUV A; 1IA6 A; 1FAE A; 2P0V A; 3T33 A; 3WIQ A; 2DRR A; 5M7Y A; 1WU4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BB6 A; 2B39 A; 1DOG A; 1FBW A; 1FMI A; 5DGR A; 4KTR A; 5IK6 A; 1LOH A; 4D4C A; 1SQC A; 3M77 A; 1TNU B; 4QT9 A; 4EL8 A; 3PZ3 B; 1LF6 A; 2RI8 A; 1RQ5 A; 2GOX A; 4AYP A; 4GTP B; 1OJN A; 3QXF A; 5JMD A; 5ILJ A; 2EAE A; 3HXB B; 1NC5 A; 1V5C A; 1O6R A; 3SFY B; 4ZH5 A; 3EQA A; 5DHI A; 1WU5 A; 1F9O A; 1O1T B; 1N22 A; 1S64 B; 1FPP B; 1FT1 B; 1HM3 A; 3SDQ A; 1FBO A; 3X17 A; 4DOE A; 4OZW A; 4D4B A; 4OK4 A; 2V8K A; 1HXG A; 1RWF A; 1KWF A; 5JMF A; 4CJ0 A; 1KRF A; 3M7B A; 1JCR B; 1X9D A; 3SDR A; 4WU0 A; 4GTM B; 1FP3 A; 4WVA A; 2RGK A; 3S4B A; 3M76 A; 2H6I B; 4DI5 A; 3H7L A; 3P5R A; 1C82 A; 4V1R A; 3CIH A; 3D5S A; 1R76 A; 5FO9 B; 4FXG B; 3P2C A; 3ANK A; 3DPY B; 3PMM A; 3G6J B; 3H3K A; 3KSQ B; 4Q88 A; 4C1S A; 1N7R A; 3A3V A; 3M7L A; 3WKH A; 2FUQ A; 1MZC B; 3A0O A; 2QNO A; 2EAC A; 4GTO B; 4ONT A; 3VW5 A; 3OXU A; 2H6G B; 1KZP B; 2CQT A; 1CEM A; 3W5M A; 4WVB A; 3E32 B; 4OJZ A; 3TF4 A; 1J0N A; 4OZV A; 3WKI A; 1I8Q A; 1N9A B; 2DRS A; 1UT9 A; 2XWB B; 3DRA B; 3NNB A; 3SDU A; 3E33 B; 4F13 A; 3E34 B; 4YDE B; 5C05 A; 4LNV A; 3Q7F B; 1N1B A; 3SDV A; 1O6Q A; 3HXE B; 2VN4 A; 1F9D A; 4XUV A; 1FAE A; 1HX9 A; 5JPN B; 2FUT A; 1N7Q A; 3M00 A; 1LTX B; 2V3P A; 4ZG8 A; 3SAE A; 4Z4L A; 3QFY A; 3LZ9 A; 2E24 A; 1KSD A; 1HMU A; 3GT5 A; 1O1R B; 2ZIR B; 3M72 A; 1N21 A; 2H6F B; 2NOJ A; 3PYB A; 3EUV B; 4YDO B; 1IS9 A; 5DHK A; 1KS8 A; 2E22 A; 1S63 B; 3E73 A; 1CLC A; 4DOD A; 1O79 A; 2A8Z A; 4D94 A; 2FBA A; 1VD5 A; 4GTT B; 2F0Y B; 5GZK A; 1X1H A; 2SQC A; 2WII B; 1C3D A; 1LD8 B; 4LNB B; 4GTS B; 4NEI A; 1GXO A; 2R2L B; 4RNQ A; 2X03 A; 1NXC A; 1FO2 A; 4GL3 A; 5IKA A; 1HZF A; 1OJM A; 1RWC A; 2ZBL A; 3ANJ A; 3S4A A; 1TNO B; 5ILZ A; 4FJQ A; 4GAX A; 1HN0 A; 2V3N A; 3Q78 B; 5CD2 A; 4YCR A; 1V7X A; 1W6J A; 2WY7 A; 1V5D A; 3GLY A; 3QDE A; 3E37 B; 1OJO A; 1AGM A; 5CA3 A; 3ON6 A; 1WU6 A; 1LXM A; 3ANI A; 3QFZ A; 3D5R A; 3HXC B; 4AYR A; 2WYN A; 5EAU A; 2DRO A; 1G6I A; 1N4S B; 1QSJ A; 3HXF B; 1L1Y A; 2BRW A; 2DRQ A; 5GY3 A; 3W5N A; 2XWJ B; 2AHF A; 1AYX A; 1HMW A; 1KZO B; 1X81 B; 2BRV X; 1XWQ A; 4GTQ B; 3PZ2 B; 2JF4 A; 5AGD A; 1DCE B; 3RX5 A; 2XFG A; 3M71 A; 1FT2 B; 1RWG A; 5FO7 B; 4LIX A; 2G0D A; 5ILY A; 1XW2 A; 3VSM A; 3M78 A; 2J5C A; 3M7C A; 4L0G A; 1NI1 B; 5GW7 A; 1H3C A; 5KKB A; 2P0V A; 2XQW A; 3T33 A; 3N0G A; 2ONG A; 2D8L A; 3DSS B; 1O1S B; 3M73 A; 1FO3 A; 4ZRP A; 4MMH A; 1DL2 A; 1QQF A; 2GH4 A; 4F10 A; 4E1Y A; 2D5J A; 3Q73 B; 3E80 A; 3Q7A B; 2WIN B; 1HXA A; 4BOJ A; 4JJJ A; 1GAH A; 1D8E B; 3SQC A; 1H35 A; 2FV1 A; 1N7O A; 1OJP A; 1TN6 B; 3RRS A; 1V7W A; 3E6U A; 3DSV B; 5ILK A; 1EGU A; 2V8I A; 4MBG B; 3KSL B; 3WKF A; 3VSN A; 1H14 A; 1H54 A; 3P5P A; 5E2J A; 4ZH1 A; 1JCS B; 2AHG A; 4GTR B; 4J5T A; 1D8D B; 2EAB A; 1JCQ B; 4ZRQ A; 5IK0 A; 4CJ1 A; 1CB8 A; 3RJ3 A; 1N4R B; 1GAI A; 1J0M A; 4TF4 A; 3SFX B; 1LXK A; 1RW9 A; 3QPF A; 3ACS A; 1FCE A; 3AFJ A; 1N1Z A; 1G9G A; 1H39 A; 1H12 A; 5ILH A; 3RSY A; 1NL4 B; 3DSX B; 1UMP A; 2PN5 A; 2ZZR A; 3PYA A; 3H2W A; 1H3A A; 3S4C A; 1O6H A; 2GZ6 A; 2BRP A; 2FV0 A; 1KKT A; 1X1I A; 1F9G A; 1TNB B; 3OED A; 2JJB A; 4TXT A; 1XWT A; 1IA7 A; 1N7P A; 5IM1 A; 2V8J A; 1N95 B; 3RX8 A; 4FUS A; 1F1S A; 1G87 A; 4L6X A; 1G9J A; 5JPM B; 3W7W A; 3EU8 A; 3CU7 A; 5IL3 A; 3N0F A; 3SDT A; 2WCO A; 3D3I A; 4MMI A; 5FOB B; 1GLM A; 2VN7 A; 4WVC A; 1GA2 A; 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3QG0 A; 5IKH A; 3W7U A; 5ILI A; 4AYQ A; 2BB5 A; 4Q2B A; 1HCU A; 3DSW B; 3QSP A; 3PZ4 B; 1TN7 B; 3AFL A; 1TNY B; 2NVP A; 3G4F A; 5MEH A; 2RI9 A; 1HM2 A; 3S9V A; 1N4Q B; 3WUX A; 3S4D A; 4FXK B; 1TF4 A; 4D4A A; 1H36 A; 1HV6 A; 1IA6 A; 2IEJ B; 3DST B; 3WIQ A; 2DRR A; 3NFV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2BB6 A; 2B39 A; 1DOG A; 1FBW A; 1FMI A; 5DGR A; 4KTR A; 4D4C A; 1SQC A; 3M77 A; 1TNU B; 4QT9 A; 4EL8 A; 3PZ3 B; 1LF6 A; 2RI8 A; 1RQ5 A; 2GOX A; 4AYP A; 4GTP B; 3QXF A; 2EAE A; 3HXB B; 1NC5 A; 1V5C A; 1O6R A; 3SFY B; 4ZH5 A; 3EQA A; 1WU5 A; 1F9O A; 1O1T B; 1S64 B; 1FPP B; 1FT1 B; 3SDQ A; 1FBO A; 3X17 A; 4DOE A; 4D4B A; 2V8K A; 1KWF A; 4CJ0 A; 1KRF A; 3M7B A; 1JCR B; 1X9D A; 3SDR A; 4WU0 A; 4GTM B; 1FP3 A; 4WVA A; 2RGK A; 3S4B A; 3M76 A; 2H6I B; 3H7L A; 3P5R A; 4V1R A; 3CIH A; 3D5S A; 1R76 A; 5FO9 B; 4FXG B; 3P2C A; 3ANK A; 3DPY B; 3PMM A; 3G6J B; 3H3K A; 3KSQ B; 4Q88 A; 4C1S A; 3A3V A; 3M7L A; 3WKH A; 1MZC B; 3VW5 A; 2QNO A; 2EAC A; 4GTO B; 4ONT A; 3OXU A; 2H6G B; 1KZP B; 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