The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
169
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sequence length |
425
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structure length |
425
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Chain Sequence |
SLSTNELKEIVRKIGKDLSGKIEDKKLQELFYNCFINTMDTTVEVSEGDAFVITGDIPAMWLRDSTSQVEHYLPFVKEYPELKAIFTGLINRQVKCIFIDPYANAFNKEPNGQKWDNDITKDSPWVWERKYEIDSLCYPVRLIHKYWKESGDETFFNDDIKKAFNMIIDLWRVEQYHREKSDYSFQRLNCSVTDTLSHEGLGTPVTYTGMTWSGFRPSNDACEYGYLIPANMFAVVALRYISEIAEKVYKDEELKEKADSLREEIDNAIEKHGKVYKEGFGEVYAYETDGMGNYNFMDDANVPSLLSIPYLEYKGIEDEVYQNTRKFILSKNNRFFFEGKAAKGIGSPHTPDQYIWHIALSMQGLTTNNQEEIDQLIKLLKETDAGTGYMHEGFHVDDPTKFTRDWFAWSNSLFSHFIYEKVINK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Computational Design of Experiment Unveils the Conformational Reaction Coordinate of GH125 alpha-Mannosidases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Clostridium perfringens (strain 13 / type a)
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| molecule keywords |
1,6-alpha-mannosidase
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| total genus |
169
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| structure length |
425
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| sequence length |
425
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06824 | Glyco_hydro_125 | Metal-independent alpha-mannosidase (GH125) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DL2 A; 3K11 A; 1H13 A; 1NXC A; 2ZZR A; 1GLM A; 5DGQ A; 2JF4 A; 1F9D A; 3WIR A; 1DOG A; 1FO2 A; 1FMI A; 2AFA A; 3E6U A; 3QPF A; 2WYN A; 3ANI A; 4TXT A; 4WU0 A; 3VW5 A; 1KKT A; 4FUS A; 4Q88 A; 3H7L A; 5DGR A; 3WKH A; 1WU6 A; 2GH4 A; 3AFJ A; 2VN4 A; 2EAD A; 2XFG A; 3GT5 A; 1FBW A; 1K72 A; 1V5D A; 3QXF A; 3E73 A; 3QFY A; 4ZH5 A; 2RGK A; 1ULV A; 3T33 A; 3S4C A; 1IA6 A; 3REN A; 2FBA A; 3RX5 A; 4KTR A; 2JG0 A; 1XWQ A; 4Z4J A; 3RX7 A; 1AGM A; 4WVC A; 1H14 A; 4DOD A; 2DRQ A; 3WIW A; 3RSY A; 2YIK A; 3D3I A; 1VD5 A; 2FV1 A; 5CZL A; 2EAC A; 4WVB A; 3ANJ A; 3PMM A; 4WVA A; 2DRS A; 4CJ1 A; 5M7I A; 3WKG A; 4AYR A; 2NVP A; 3EZ8 A; 4TF4 A; 1AYX A; 1WZZ A; 4JJJ A; 1JS4 A; 4AYQ A; 2ZBL A; 3P2C A; 3X17 A; 4EL8 A; 3WC3 A; 1F9O A; 1G9J A; 3QXQ A; 2RI8 A; 3QG0 A; 3S4D A; 3S4B A; 4Q2B A; 3WKF A; 1WU4 A; 2EAE A; 1GAI A; 4CE7 A; 2A8Z A; 3W5M A; 1FCE A; 1G9G A; 1TF4 A; 3ANK A; 1KRE A; 1KSD A; 2DRO A; 1KS8 A; 4CJ0 A; 4DOE A; 2D8L A; 3TF4 A; 2AHG A; 1LF9 A; 4AYO A; 1GAH A; 3H2W A; 3A3V A; 3GZK A; 3WKI A; 1V5C A; 1V7W A; 4AYP A; 3QRY A; 3QDE A; 1G87 A; 3W7X A; 5GY3 A; 1G6I A; 2F6D A; 1KWF A; 1L2A A; 4L0G A; 1LF6 A; 3W7S A; 3QFZ A; 1FAE A; 3W7U A; 1RQ5 A; 1IA7 A; 1KRF A; 1GA2 A; 5GW7 A; 1L1Y A; 3EQA A; 3QT9 A; 1CEM A; 2D5J A; 1CLC A; 1FP3 A; 5CA3 A; 5MEH A; 2QNO A; 3WIQ A; 1XWT A; 3H3K A; 2RI9 A; 1XW2 A; 1WU5 A; 1IS9 A; 4J5T A; 2OKX A; 2EAB A; 1UT9 A; 2CQT A; 1FBO A; 2FV0 A; 1V7V A; 3WUX A; 3RRS A; 3ACS A; 3ACT A; 3ON6 A; 1KSC A; 3GLY A; 4Z4L A; 4KTP A; 1NC5 A; 2DRR A; 2JJB A; 1V7X A; 2Z07 A; 1UG9 A; 1H54 A; 3QT3 A; 4L6X A; 5E2J A; 4ZG8 A; 1X9D A; 2FUZ A; 3CIH A; 2P0V A; 1KFG A; 5CD2 A; 3VXD A; 2CQS A; 4XUV A; 1HCU A; 2B4F A; 3RX8 A; 1FO3 A; 5M7Y A; 2VN7 A; 5KKB A; 2GZ6 A; 3W5N A; 3QWT A; 3W7T A; 3S4A A; 3W7W A; 3QSP A; 2AHF A; 1H12 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FT2 B; 3K11 A; 3DSU B; 1H13 A; 3M7L A; 3C72 B; 5DGQ A; 1QSJ A; 3WIR A; 3SQC A; 1KKT A; 3PZ4 B; 3M7E A; 3WKH A; 1S64 B; 5ILH A; 3EU8 A; 4ZRQ A; 1V5D A; 5IKH A; 3E73 A; 1W6J A; 5FO9 B; 2G02 A; 3QFY A; 2RGK A; 3N0G A; 1RWG A; 1N1Z A; 2WY7 A; 3T33 A; 3S4C A; 4E1Y A; 1GXN A; 2FBA A; 3E34 B; 1D8D B; 3RX5 A; 2BED B; 1H3B A; 4V1S A; 5EAT A; 1JCQ B; 1QBQ B; 1N95 B; 3WIW A; 3RSY A; 1RW9 A; 1LXM A; 2FV1 A; 2V8I A; 4GTV B; 3G4D A; 3Q78 B; 4WVB A; 2WY8 A; 4GTP B; 3P5R A; 3SAE A; 2X03 A; 5M7I A; 3PZ3 B; 1AYX A; 1CB8 A; 2BBC A; 2I07 B; 2IEJ B; 1N7O A; 5ILJ A; 1RWH A; 3QG0 A; 3DSS B; 3S4B A; 5JMD A; 3WKF A; 1H3A A; 1WU4 A; 1GAI A; 3DRA B; 1LD7 B; 1HZF A; 3HXB B; 1TNY B; 2FUT A; 1TF4 A; 3VSM A; 4D4B A; 1HV6 A; 4MU9 A; 1KSD A; 1KS8 A; 1N4R B; 4CJ0 A; 3TF4 A; 2AHG A; 1LF9 A; 1RWF A; 1GAH A; 4V1R A; 1L2A A; 4L0G A; 1JCR B; 3W7U A; 1C82 A; 5IK6 A; 3KLS A; 1L1Y A; 3QT9 A; 1CEM A; 2D5J A; 1CLC A; 3SDU A; 4D4A A; 3HXD B; 3SDQ A; 1O5M B; 1HXC A; 4J5T A; 1UT9 A; 4Z4L A; 3A0O A; 2JJB A; 4KKI A; 1FPP B; 5E2J A; 5GZK A; 1LXK A; 2WCO A; 2P0V A; 3VXD A; 5JPM B; 3RX8 A; 2VN7 A; 4L9P B; 3SDV A; 2AHF A; 1I8Q A; 1RWA A; 1J0M A; 4F13 A; 1F9D A; 4QT9 A; 1FO2 A; 4WU0 A; 2PN5 A; 4TXT A; 1HMU A; 5DGR A; 1WU6 A; 2VN4 A; 2EAD A; 1H3C A; 1K72 A; 1LD8 B; 3OED A; 5IL3 A; 1X81 B; 5ILD A; 2F0Y B; 2WDA A; 4GTR B; 4LNV A; 1J0N A; 1X1I A; 4KTR A; 2V8J A; 2JG0 A; 4ONT A; 1AGM A; 1OJO A; 3KSL B; 2DRQ A; 1OJM A; 2YIK A; 1GXO A; 3ANJ A; 2SQC A; 1H35 A; 3P5P A; 5FOB B; 3Q75 B; 4AYR A; 3D5R A; 2NVP A; 1HXA A; 2ZIS B; 4JJJ A; 2BRV X; 4AYQ A; 2B39 A; 2ZBL A; 3WC3 A; 4EL8 A; 1G9J A; 1N9A B; 5DHI A; 3M7C A; 1O1S B; 3S4D A; 1QAZ A; 4Q2B A; 1FCE A; 1N23 A; 1KRE A; 2DRO A; 2WII B; 3M02 A; 3NNB A; 3WKI A; 1V5C A; 3M01 A; 1G87 A; 3W7X A; 4ZRP A; 2F6D A; 1KWF A; 1LF6 A; 3NFV A; 3EQA A; 4BOK A; 2BB6 A; 2GOX A; 5CA3 A; 1FP3 A; 5MEH A; 1HN0 A; 2QNO A; 2ONH A; 2ZIR B; 2RI9 A; 2V8K A; 4GTM B; 4NEI A; 2Q1F A; 2V3P A; 3RJ3 A; 4MMH A; 5DHK A; 3ON6 A; 1KSC A; 4KTP A; 1NC5 A; 1V7X A; 5JPN B; 2J5C A; 1N1B A; 5IK0 A; 5CD2 A; 3Q7A B; 5M7Y A; 3DPY B; 2GZ6 A; 4OK2 A; 1R76 A; 1HM2 A; 3QWT A; 1HMW A; 3S4A A; 1GXM A; 2A73 B; 3DSW B; 3KQ4 A; 1GLM A; 2JF4 A; 1DOG A; 2AFA A; 2ONG A; 3E6U A; 4GTO B; 2WYN A; 3ANI A; 3VW5 A; 4MBG B; 4FUS A; 2FUQ A; 1X1J A; 2XFG A; 1FBW A; 4D4D A; 1O6Q A; 1TN6 B; 3EUV B; 2R2L B; 5EAS A; 1IA6 A; 3REN A; 1GHQ A; 3E37 B; 1XWQ A; 3E30 B; 4LNB B; 4WVC A; 4Z4J A; 1JCS B; 3RX7 A; 2BRP A; 4GL3 A; 3D3I A; 1O6H A; 5CZL A; 2EAC A; 3M74 A; 5IM1 A; 2E22 A; 3PMM A; 4WVA A; 1W6K A; 4OZV A; 4CJ1 A; 3WKG A; 1N22 A; 1O1R B; 1HXG A; 1TNZ B; 1JS4 A; 3M71 A; 5FO7 B; 3S9V A; 1F9O A; 3QXQ A; 3G6J B; 2RI8 A; 3HXF B; 2EAE A; 4CE7 A; 2A8Z A; 1G9G A; 2V3N A; 1KZO B; 4DOE A; 2D8L A; 4AYO A; 3H2W A; 3A3V A; 3GZK A; 3M7B A; 1NL4 B; 1V7W A; 3HXC B; 3QDE A; 2G0D A; 4EHM B; 4LIX A; 1N21 A; 3QFZ A; 1FAE A; 5IL8 A; 1RQ5 A; 1F9G A; 1GA2 A; 4RNQ A; 4FXG B; 5ILI A; 3WIQ A; 1XWT A; 5IKA A; 3SFX B; 1N4S B; 5C05 A; 1TN8 B; 1XW2 A; 1O1T B; 3M00 A; 4LNG B; 2EAB A; 2CQT A; 1FBO A; 2PMV A; 3ACS A; 3PYA A; 3M78 A; 3GLY A; 2Z07 A; 1UG9 A; 1H54 A; 3QT3 A; 4M76 A; 2FUZ A; 1RWC A; 4YCR A; 3CIH A; 1KFG A; 1X1H A; 3E7J A; 3DSX B; 3SDR A; 1N4Q B; 1N24 A; 1MZC B; 3EU5 B; 1H12 A; 1DL2 A; 1N4P B; 3Q7F B; 1O6R A; 2E24 A; 1NXC A; 2ZZR A; 3M72 A; 3QPF A; 1FMI A; 1SA4 B; 5FO8 B; 3PZ1 B; 4Q88 A; 1N7N A; 1O79 A; 3H7L A; 4YDE B; 2GH4 A; 3AFJ A; 4GTQ B; 1N7Q A; 3GT5 A; 3Q79 B; 4OZW A; 4D4C A; 3QXF A; 3LZ9 A; 4DI5 A; 3G4F A; 4GTS B; 5IK9 A; 4ZH5 A; 3AFL A; 3E33 B; 3E32 B; 1ULV A; 1NI1 B; 3M76 A; 4C1S A; 1TNO B; 1N7R A; 1TNU B; 1DCE B; 2XWJ B; 1OJN A; 1H14 A; 4DOD A; 3VSN A; 4D94 A; 1H39 A; 4GTT B; 3K7X A; 3SFY B; 1VD5 A; 4ZH1 A; 1D8E B; 2H6I B; 2NOJ A; 2DRS A; 1F1S A; 3DST B; 2BRW A; 3EZ8 A; 4TF4 A; 4FJQ A; 4OJZ A; 1WZZ A; 3PYB A; 3P2C A; 3X17 A; 3Q73 B; 2WIN B; 1C3D A; 1N94 B; 4FXK B; 3KSQ B; 1GSZ A; 3W5M A; 1W3Y A; 4FNV A; 3ANK A; 2XQW A; 1TN7 B; 3QRY A; 4AYP A; 5GY3 A; 1G6I A; 2BB5 A; 3W7S A; 5EAU A; 2H6H B; 4YDO B; 1N20 A; 4BOJ A; 1IA7 A; 3DSV B; 1KRF A; 5GW7 A; 5JMF A; 1HX9 A; 1S63 B; 1LOH A; 1LTX B; 3H3K A; 1WU5 A; 3D5S A; 3E80 A; 5AGD A; 2OKX A; 1H36 A; 4F10 A; 1QQF A; 2FV0 A; 3WUX A; 1V7V A; 1SQC A; 3RRS A; 3N0F A; 3ACT A; 1UMP A; 1TNB B; 3CU7 A; 4MMI A; 2H6F B; 3HXE B; 5ILK A; 2H6G B; 2DRR A; 4L6X A; 3OXU A; 4ZG8 A; 1OJP A; 1X9D A; 1KZP B; 2XWB B; 1HM3 A; 5ILY A; 3M73 A; 2CQS A; 1N7P A; 3M75 A; 4XUV A; 1HCU A; 4OK4 A; 3SDT A; 5ILZ A; 2B4F A; 3M77 A; 1FO3 A; 3W5N A; 5KKB A; 4GAX A; 1H37 A; 1FT1 B; 1SA5 B; 3W7T A; 3W7W A; 3QSP A; 3PZ2 B; 4KKJ A; 1EGU A; 1IS9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1FT2 B; 3K11 A; 3DSU B; 1H13 A; 3M7L A; 3C72 B; 5DGQ A; 1QSJ A; 3WIR A; 3SQC A; 1KKT A; 3PZ4 B; 3M7E A; 3WKH A; 1S64 B; 3EU8 A; 4ZRQ A; 1V5D A; 3E73 A; 1W6J A; 5FO9 B; 2G02 A; 3QFY A; 2RGK A; 2WY7 A; 3T33 A; 3S4C A; 1GXN A; 2FBA A; 3E34 B; 1D8D B; 3RX5 A; 2BED B; 1H3B A; 4V1S A; 1JCQ B; 1QBQ B; 1N95 B; 3WIW A; 3RSY A; 2FV1 A; 2V8I A; 4GTV B; 3Q78 B; 4WVB A; 2WY8 A; 4GTP B; 3P5R A; 3SAE A; 5M7I A; 3PZ3 B; 1AYX A; 2BBC A; 2I07 B; 2IEJ B; 3QG0 A; 3DSS B; 3S4B A; 3WKF A; 1H3A A; 1WU4 A; 1GAI A; 3DRA B; 1LD7 B; 1HZF A; 3HXB B; 1TNY B; 4D4B A; 1TF4 A; 4MU9 A; 1KSD A; 1KS8 A; 1N4R B; 4CJ0 A; 3TF4 A; 2AHG A; 1LF9 A; 1GAH A; 4V1R A; 1L2A A; 4L0G A; 1JCR B; 3W7U A; 3KLS A; 1L1Y A; 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