The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
151
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sequence length |
589
|
structure length |
589
|
Chain Sequence |
MPTVSVKRDLLFQALGRTYTDEEFDELCFEFGLELDEITSEKEIISKEQGNVKAAGASDVVLYKIDVPANRYDLLCLEGLVRGLQVFKERIKAPVYKRVMPDGKIQKLIITEETAKIRPFAVAAVLRNIKFTKDRYDSFIELQEKLHQNICRKRALVAIGTHDLDTLSGPFTYTAKRPSDIKFKPLNKTKEYTACELMNIYKTDNHLKHYLHIIENKPLYPVIYDSNGVVLSMPPIINGDHSRITVNTRNIFIECTGTDFTKAKIVLDIIVTMFSEYCENQFTVEAAEVVFPNGKSHTFPELAYRKEMVRADLINKKVGIRETPENLAKLLTRMYLKSEVIGDGNQIEIEIPPTRADIIHACDIVEDAAIAYGYNNIQMTLPKTYTIANQFPLNKLTELLRHDMAAAGFTEALTFALCSQEDIADKLGVDISATKAVHISNPKTAEFQVARTTLLPGLLKTIAANRKMPLPLKLFEISDIVIKDSNTDVGAKNYRHLCAVYYNKNPGFEIIHGLLDRIMQLLDVPPGEDKGGYVIKASEGPAFFPGRCAEIFARGQSVGKLGVLHPDVITKFELTMPCSSLEINIGPFL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of human cytosolic phenylalanyl-tRNA synthetase: evidence for kingdom-specific design of the active sites and tRNA binding patterns.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain
|
| total genus |
151
|
| structure length |
589
|
| sequence length |
589
|
| chains with identical sequence |
D, F, H, J, L, N, P
|
| ec nomenclature |
ec
6.1.1.20: Phenylalanine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2009-12-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF03483 | B3_4 | B3/4 domain |
| B | PF03484 | B5 | tRNA synthetase B5 domain |
| B | PF17759 | tRNA_synthFbeta | Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain |
| B | PF18262 | PhetRS_B1 | Phe-tRNA synthetase beta subunit B1 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 | Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 | Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 | Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YRF A; 2ZTG A; 4XTX A; 2CGH A; 3HXX A; 4HVC A; 3HFZ B; 4KQE A; 3L2Z A; 4K88 A; 2E5A A; 2ODR D; 1PYS B; 4H2U A; 5F5W A; 3RAC A; 1SRY A; 1H4T A; 1H4V B; 3L4G B; 2IY5 B; 4YDQ A; 3PCO B; 1NYR A; 4YRQ A; 4EO4 A; 1ASZ A; 3HXV A; 5ELN A; 2DXT A; 2Q7H A; 4YRP A; 1HC7 A; 5E3I A; 2ART A; 4RQE A; 2ARS A; 2P0L A; 2J3L A; 2HNI A; 2DTH A; 3RUX A; 4YRT A; 4YRR A; 1J5W A; 4Q15 A; 4TVA A; 2ZR2 A; 3V7C A; 4XTZ A; 1WQW A; 4NCX A; 4YRJ A; 3HFV A; 1E24 A; 4YRS A; 3ICA A; 4XU2 A; 2CIM A; 5K1X A; 5C53 B; 4P75 A; 3RIR A; 3NET A; 4HWT A; 4P74 A; 3MF2 A; 1LYL A; 4XTV A; 2I4M A; 3NEN A; 1BBW A; 3E9I A; 4H02 A; 2E64 A; 3RL6 A; 3R07 A; 2AMC A; 2I4O A; 4K86 A; 2E41 A; 4H2X B; 2CXI A; 4P3N A; 4YCU A; 4UP9 A; 3V7S A; 3WQZ A; 2ALY A; 2ZT8 A; 5HGQ A; 4KR3 A; 1X2H A; 4G84 A; 1NJ1 A; 2ZIM A; 3MF1 A; 1WQ7 A; 4TVW A; 1Z7M A; 2DQ3 A; 3UH0 A; 2PME A; 4J15 A; 3HXZ A; 1RIQ A; 4HWO A; 3VQW A; 1EOV A; 4YRO A; 4WI1 A; 1X01 A; 1GGM A; 1B76 A; 3QO7 A; 3RKW A; 2ZXF A; 4XU0 A; 1B70 A; 4X5O A; 2RHQ A; 4HWS A; 5K1P A; 2DJZ A; 1NJ2 A; 2Q5H A; 3P8V A; 4P74 C; 1VQZ A; 3RGL A; 1E1T A; 1YFR A; 3EFR A; 3NEM A; 1ATI A; 4HWP A; 5KNN A; 3A5Y A; 3KFU A; 4WJ4 A; 1EQR A; 4P72 A; 2CJB A; 2EAY A; 2RHS B; 2P5I A; 4YRL A; 3FJP A; 2AKW A; 4YRM A; 2DQ0 A; 4PG3 A; 3HFZ A; 1YFT A; 3HY1 A; 2C8M A; 1Z7N A; 4UPA A; 1EVK A; 4H2T A; 1EIY A; 1EVL A; 4P3P A; 1PYS A; 3TEG A; 2DXU A; 3VQX A; 3HRI A; 1IL2 A; 11AS A; 1NJ6 A; 3L4G A; 2IY5 A; 1USY C; 1WNL A; 3BJU A; 4YRG A; 3HXU A; 4H2W A; 4TVA B; 2ZNI A; 4WF2 A; 4DQ2 A; 1WU7 A; 4YRI A; 3PZC A; 2ZZF A; 4CS2 A; 3HRK A; 2DTI A; 3QO5 A; 1W66 A; 1KOG A; 4RDX A; 2EJG A; 1X2G A; 4P72 C; 2ZT5 A; 3RKX A; 2DZC A; 3LSQ A; 4H2Y A; 1WLE A; 3HXW A; 4CH4 A; 1YFS A; 2DDZ A; 5C52 B; 4CS3 A; 1B7Y B; 1NNH A; 4YP0 A; 2G4C A; 2J3M A; 1HTT A; 4H2S A; 4ZIB A; 3IG2 A; 1EFW A; 2DEQ A; 4BWA A; 4YRK A; 3VQV A; 4G85 A; 1WPY A; 2QHT A; 4H2X A; 4CH6 A; 3MEY A; 3RF1 A; 4YRC A; 1YB3 A; 2ZCE A; 3A5Z A; 3VBB A; 3REU A; 3REX A; 2ZZE A; 3V8J A; 2ZR3 A; 4PHC A; 1USY A; 3M4Q A; 2CJ9 A; 3EFS A; 2DU7 A; 4CS4 A; 4P3O A; 3HY0 A; 3TEH A; 4WJ3 M; 1G51 A; 5C51 B; 3A7A A; 3A32 A; 3IKM B; 2PMF A; 2QHU A; 4OLF A; 3RKY A; 2EWN A; 3DSQ A; 1G5H A; 3HTZ A; 4YCV A; 1JJC A; 1H4Q A; 4YCW A; 1E22 A; 3UGT A; 1FYF A; 3VQY A; 2CJA A; 3V8L A; 4XU1 A; 1SES A; 3QTC A; 4OP0 A; 2ODR C; 4XEM A; 5ELO A; 1KMN A; 1H4S A; 4O2D A; 4XTW A; 3G1Z A; 2AKW B; 4EX5 A; 2QHS A; 1YGB A; 4CH5 A; 2I4L A; 2XTI A; 2DKG A; 2ZIN A; 4XTU A; 4YRN A; 2E1H A; 1EIY B; 4TTV A; 1ADJ A; 2Q5I A; 4ZTZ B; 3QO8 A; 1QE0 A; 2RHS A; 3P8Y A; 4BW9 A; 2EJF A; 2ZT7 A; 3PCO A; 2Q7G A; 1BIA A; 4UP8 A; 4YRE A; 4XTY A; 2ZNJ A; 4KR2 A; 2E65 A; 3V7R A; 4HA8 A; 3M4P A; 4XU3 A; 1SET A; 4TQD A; 1NJ8 A; 2E3C A; 4XEO A; 1ADY A; 3QNE A; 3A74 A; 4P71 C; 4RMF A; 1BBU A; 1BIB A; 1ASY A; 2Q7E A; 2DTO A; 4K87 A; 3OD1 A; 3UFG A; 2XGT A; 1C0A A; 2ZZG A; 4TQF A; 4RQF A; 2AMC B; 4AH6 A; 3LC0 A; 2ZT6 A; 3TUP A; 4P73 A; 3W3S A; 1SER A; 2I4N A; 4YPF A; 2ALY B; 3E9H A; 3A7R A; 2FYK A; 4DPG A; 2QHV A; 2EJ9 A; 2DVE A; 4HWR A; 3UGQ A; 1X56 A; 2ZGW A; 1B7Y A; 3CMQ A; 1G5I A; 3V8K A; 2C7I A; 4YYE A; 4L87 A; 1QF6 A; 4Q6G A; 4E51 A; 3LSS A; 12AS A; 4TVY A; 3ERR A; 2EL9 A; 2ZIO A; 4LNS A; 1NJ5 A; 3P8T A; 3I7F A; 1B70 B; 3L1A A; 2RHQ B; 4UP7 A; 3TEH B; 2DU5 A; 2DZ9 A; 3A31 A; 3HXY A; 4TWA A; 1L0W A; 1B8A A; 3BFM A; 4CH3 A; 3A7U A; 3IAL A; 1HXD A; 2E10 A; 1KMM A; 3IKL A; 1JJC B; 2ARU A; 4P75 C; 4ZTU B; 4P71 A; 4P73 C; 1E1O A; 3NEL A; 1N9W A; 1X55 A; 1X54 A; 1NYQ A; 4H2V A; 1WYD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HG7 A; 4YRF A; 2ZTG A; 4XTX A; 2CGH A; 3HXX A; 4HVC A; 3HFZ B; 4KQE A; 3L2Z A; 4K88 A; 4P3E B; 2E5A A; 2ODR D; 1PYS B; 4H2U A; 5F5W A; 3RAC A; 1SRY A; 1H4T A; 1H4V B; 3L4G B; 2LQ3 A; 2IY5 B; 4YDQ A; 1KVN A; 3PCO B; 1NYR A; 4YRQ A; 4EO4 A; 1ASZ A; 3HXV A; 5ELN A; 2DXT A; 2Q7H A; 2V3C A; 4YRP A; 1HC7 A; 5E3I A; 2ART A; 4RQE A; 4DDT A; 2ARS A; 2P0L A; 2J3L A; 2HNI A; 2DTH A; 3RUX A; 4YRT A; 4YRR A; 1J5W A; 4Q15 A; 4TVA A; 2ZR2 A; 3V7C A; 4XTZ A; 1WQW A; 4NCX A; 4YRJ A; 3HFV A; 1E24 A; 4YRS A; 3ICA A; 4XU2 A; 2CIM A; 5K1X A; 3DLV A; 5C53 B; 4P75 A; 3RIR A; 3NET A; 3AXT A; 4HWT A; 4P74 A; 3MF2 A; 1LYL A; 4XTV A; 2I4M A; 3NEN A; 1BBW A; 3E9I A; 3KTV B; 4H02 A; 2E64 A; 3RL6 A; 3R07 A; 2AMC A; 2I4O A; 4K86 A; 2E41 A; 4H2X B; 2CXI A; 4P3N A; 4YCU A; 4UP9 A; 3V7S A; 3WQZ A; 2ALY A; 2ZT8 A; 5HGQ A; 4KR3 A; 1X2H A; 4G84 A; 1NJ1 A; 2ZIM A; 4XCO A; 3MF1 A; 1WQ7 A; 4TVW A; 1Z7M A; 2DQ3 A; 3UH0 A; 2PME A; 4J15 A; 3HXZ A; 1RIQ A; 4HWO A; 3VQW A; 1EOV A; 4YRO A; 4WI1 A; 1X01 A; 1GGM A; 1B76 A; 3QO7 A; 3RKW A; 2ZXF A; 4XU0 A; 1B70 A; 4X5O A; 2RHQ A; 4HWS A; 5K1P A; 2DJZ A; 1NJ2 A; 2Q5H A; 3P8V A; 4P74 C; 1VQZ A; 3RGL A; 4HT4 A; 1E1T A; 1YFR A; 3EFR A; 3NEM A; 1ATI A; 4HWP A; 5KNN A; 3A5Y A; 3KFU A; 4WJ4 A; 1EQR A; 3MQZ A; 5M73 B; 4P72 A; 2CJB A; 2EAY A; 2RHS B; 2P5I A; 4YRL A; 3FJP A; 2AKW A; 1L9A A; 4YRM A; 2DQ0 A; 4PG3 A; 3HFZ A; 1YFT A; 3HY1 A; 2C8M A; 1Z7N A; 4UPA A; 1EVK A; 4H2T A; 1EIY A; 1EVL A; 4P3P A; 1PYS A; 3TEG A; 2DXU A; 3VQX A; 3HRI A; 1IL2 A; 11AS A; 1NJ6 A; 3L4G A; 4LVK A; 2IY5 A; 1USY C; 2DUL A; 3AXS A; 1WNL A; 3BJU A; 4YRG A; 3HXU A; 1KVV A; 4H2W A; 4TVA B; 2ZNI A; 4WF2 A; 4DQ2 A; 1WU7 A; 4YRI A; 3PZC A; 2ZZF A; 4CS2 A; 3HRK A; 4DDW A; 2DTI A; 3QO5 A; 4DDV A; 1W66 A; 1KOG A; 4RDX A; 2EJG A; 1X2G A; 4P72 C; 2ZT5 A; 3RKX A; 2DZC A; 4IOH A; 3LSQ A; 4H2Y A; 1WLE A; 3HXW A; 4CH4 A; 1YFS A; 2DDZ A; 5C52 B; 4CS3 A; 1MFQ B; 1B7Y B; 1NNH A; 4YP0 A; 2G4C A; 2J3M A; 1HTT A; 4H2S A; 4ZIB A; 3IG2 A; 1EFW A; 2DEQ A; 4BWA A; 4YRK A; 3VQV A; 4G85 A; 1WPY A; 2QHT A; 4H2X A; 4CH6 A; 3MEY A; 3RF1 A; 4LVI A; 4YRC A; 1YB3 A; 2ZCE A; 3A5Z A; 3DLU A; 3VBB A; 3REU A; 3REX A; 2ZZE A; 3V8J A; 3NDB A; 2EJU A; 2ZR3 A; 4PHC A; 1USY A; 3M4Q A; 2CJ9 A; 3EFS A; 2DU7 A; 4CS4 A; 4P3O A; 3HY0 A; 3TEH A; 4WJ3 M; 1LNG A; 1G51 A; 5C51 B; 3A7A A; 3A32 A; 3IKM B; 4DDU A; 2PMF A; 2QHU A; 4OLF A; 3RKY A; 2EWN A; 3DSQ A; 1G5H A; 3HTZ A; 2A8E A; 4YCV A; 1JJC A; 1H4Q A; 4YCW A; 1E22 A; 3UGT A; 1FYF A; 3VQY A; 2CJA A; 3V8L A; 4LVL A; 4XU1 A; 1SES A; 3QTC A; 1JID A; 4OP0 A; 2ODR C; 4XEM A; 5ELO A; 1KMN A; 1H4S A; 4O2D A; 4XTW A; 3G1Z A; 2AKW B; 4EX5 A; 2QHS A; 3KTW A; 1YGB A; 4CH5 A; 2I4L A; 2XTI A; 2DKG A; 2ZIN A; 4XTU A; 4YRN A; 2E1H A; 1EIY B; 4TTV A; 2YTZ A; 1ADJ A; 2Q5I A; 4ZTZ B; 3QO8 A; 1QE0 A; 2RHS A; 3P8Y A; 4BW9 A; 2EJF A; 2ZT7 A; 3PCO A; 2EJT A; 2Q7G A; 1BIA A; 4UP8 A; 4YRE A; 4XTY A; 2ZNJ A; 4KR2 A; 2E65 A; 3V7R A; 4HA8 A; 3M4P A; 4XU3 A; 1SET A; 4TQD A; 1NJ8 A; 2E3C A; 4XEO A; 1ADY A; 3QNE A; 3A74 A; 4P71 C; 4RMF A; 1BBU A; 1BIB A; 1ASY A; 2Q7E A; 2DTO A; 4K87 A; 3OD1 A; 3UFG A; 2XGT A; 1C0A A; 2ZZG A; 4TQF A; 4RQF A; 2AMC B; 4AH6 A; 3LC0 A; 2ZT6 A; 3TUP A; 4P73 A; 3USH A; 3W3S A; 1SER A; 2I4N A; 4YPF A; 2ALY B; 3E9H A; 3A7R A; 2FYK A; 4DPG A; 2QHV A; 2EJ9 A; 2DVE A; 4HWR A; 3UGQ A; 1X56 A; 2ZGW A; 1B7Y A; 3CMQ A; 1G5I A; 3V8K A; 2C7I A; 4YYE A; 4L87 A; 4LVJ A; 4Q6G A; 1QF6 A; 4E51 A; 3LSS A; 12AS A; 2NS6 A; 4TVY A; 3ERR A; 1ND9 A; 2EL9 A; 4LNS A; 2ZIO A; 1NJ5 A; 3P8T A; 3I7F A; 1B70 B; 3L1A A; 2RHQ B; 4UP7 A; 3TEH B; 2DU5 A; 2DZ9 A; 3A31 A; 3HXY A; 4TWA A; 1L0W A; 1B8A A; 3BFM A; 4CH3 A; 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